第一性原理分子动力学
第一性原理简介

第⼀性原理简介1什么是第⼀性原理?根据原⼦核和电⼦互相作⽤的原理及其基本运动规律,运⽤量⼦⼒学原理,从具体要求出发,经过⼀些近似处理后直接求解薛定谔⽅程的算法,称为第⼀性原理。
⼴义的第⼀原理包括两⼤类,以Hartree-Fock⾃洽场计算为基础的从头算和密度泛函理论(DFT)计算。
从定义可以看出第⼀性原理涉及到量⼦⼒学、薛定谔⽅程、Hartree-Fock⾃洽场、密度泛函理论等许多对我来说很陌⽣的物理化学定义。
因此我通过向师兄请教和上⽹查资料⼀点点的了解并学习这些知识。
2第⼀性原理的作⽤以密度泛函理论(DFT)为基础以及在此基础上发展起来的简单⽽具有⼀定精度的局域密度近似(LDA)和⼴义梯度近似(GGA)的第⼀性原理电⼦结构计算⽅法,与传统的解析⽅法⼀样,不但能够给出描述体系微观电⼦特性的物理量如波函数、态密度、费⽶⾯、电⼦间互作⽤势等,以及在此基础上所得到的体现体系宏观物理特性的参量如结合能、电离能、⽐热、电导、光电⼦谱、穆斯堡尔谱等等,⽽且它还可以帮助⼈们预⾔许多新的物理现象和物理规律。
密度泛函计算的⼀些结果能够与实验直接进⾏⽐较,⼀些应⽤程序的发展乃⾄商业软件的发布,导致了基于密度泛函理论的第⼀原理计算⽅法的⼴泛应⽤。
密度泛函理论(DFT)为第⼀性原理中的⼀类,在物理系、化学、材料科学以及其他⼯程领域中,密度泛函理论(DFT)及其计算已经快速发展成为材料建模模拟的⼀种“标准⼯具”。
密度泛函理论可以计算预测固体的晶体结构、晶格参数、能带结构、态密度(DOS)、光学性能、磁性能以及原⼦集合的总能等等。
3第⼀性原理怎么⽤?⽬前我所学到的利⽤第⼀性原理的软件为Material Studio、V ASP软件。
其中Materials Studio(简称MS)是专门为材料科学领域研究者开发的⼀款可运⾏在PC上的模拟软件。
使化学及材料科学的研究者们能更⽅便地建⽴三维结构模型,并对各种晶体、⽆定型以及⾼分⼦材料的性质及相关过程进⾏深⼊的研究。
第一性原理计算判断材料稳定性的几种方法

第一性原理计算判断材料稳定性的几种方法当我们通过一些方法,如:人工设计、机器学习和结构搜索等,设计出一种新材料的时候,首先需要做的一件事情就是去判断这个材料是否稳定。
如果这个材料不稳定,那么后续的性能分析就犹如空中楼阁。
因此,判断材料是否稳定是材料设计领域中非常关键的一个环节。
接下来,我们介绍几种通过第一性原理计算判断材料是否稳定的方法。
1.结合能结合能是指原子由自由状态形成化合物所释放的能量,一般默认算出来能量越低越稳定。
对于简单的二元化合物A m B n(A,B为该化合物中包含的两种元素,m,n为相应原子在化学式中的数目),其结合能可表示为:其中E(A m B n)为化学式A m B n的能量,E(A)和E(B)分别为自由原子A和B的能量,E b越低,越稳定。
2.形成能形成能是指由相应单质合成化合物所释放的能量。
同样,对于二元化合物A m B n,其形成能可表示为:其中E(A)和E(B)分别为对应单质A和B归一化后的能量。
用能量判断某一材料稳定性的时候,选择形成能可能更符合实际。
因为实验合成某一材料的时候,我们一般使用其组成单质进行合成。
如果想进一步判断该材料是处于稳态还是亚稳态,那么需要用凸包图(convex hull)进行。
如图1所示,计算已知稳态A x B y的形成能,构成凸包图(红色虚线),其横轴为B在化学式中所占比例,纵轴为形成能。
通过比较考察化合物与红色虚线的相对位置,如果在红色虚线上方则其可能分解(如:图1 插图中的D,将分解为A和B)或处于亚稳态(D的声子谱没有虚频);如果在红色虚线下方(如:图1 插图中的C),则该化合物稳定。
图 1:凸包图用于判断亚稳态和稳态[[1]]3.声子谱声子谱是表示组成材料原子的集体振动模式。
如果材料的原胞包含n个原子,那么声子谱总共有3n支,其中有3条声学支,3n-3条光学支。
声学支表示原胞的整体振动,光学支表示原胞内原子间的相对振动。
计算出的声子谱有虚频,往往表示该材料不稳定。
第一性原理分子动力学

第一性原理分子动力学第一性原理分子动力学是一种基于量子力学的计算方法,它能够准确地模拟原子和分子在不同条件下的运动和相互作用。
这种方法的核心是通过求解薛定谔方程来描述原子核和电子的运动状态,从而得到系统的能量、结构和性质等信息。
相比传统的分子动力学方法,第一性原理分子动力学不需要任何经验参数,能够提供更加准确和可靠的结果,因此在材料科学、化学、生物学等领域得到了广泛的应用。
首先,第一性原理分子动力学的基本原理是薛定谔方程。
薛定谔方程是描述微观粒子运动的基本方程,它能够准确地描述原子核和电子的运动状态,并通过求解得到系统的能量和波函数等信息。
在分子动力学中,我们可以利用薛定谔方程来模拟原子和分子在外力作用下的运动轨迹,从而了解系统的动力学行为。
其次,第一性原理分子动力学的核心是第一性原理计算。
第一性原理计算是一种基于量子力学的计算方法,它不需要任何经验参数,能够通过解析求解薛定谔方程来得到系统的能量、结构和性质等信息。
在分子动力学中,我们可以利用第一性原理计算来模拟原子和分子的结构和动力学行为,从而得到系统的稳定结构、振动频率、力学性质等重要信息。
第一性原理分子动力学在材料科学领域有着广泛的应用。
通过模拟原子和分子在不同条件下的运动和相互作用,我们可以研究材料的力学性质、热学性质、电子结构等重要信息,从而为材料设计和应用提供重要的参考。
例如,我们可以通过第一性原理分子动力学来研究新型材料的力学性能,为材料的设计和合成提供重要的指导。
此外,第一性原理分子动力学在化学和生物学领域也有着重要的应用。
通过模拟分子在不同条件下的运动和相互作用,我们可以研究化学反应的机理和动力学行为,为新型催化剂和反应体系的设计提供重要的参考。
同时,我们还可以利用第一性原理分子动力学来研究生物分子的结构和功能,为药物设计和生物技术提供重要的支持。
总的来说,第一性原理分子动力学是一种基于量子力学的计算方法,能够准确地模拟原子和分子在不同条件下的运动和相互作用。
分子动力学MS的应用实例

MD含温度与时间, 还可得到如材料的玻璃化转变温度、 热容、晶体结晶过程、输送过程、膨胀过程、动态弛豫(relax) 以及体系在外场作用下的变化过程等。
分子动力学模拟应用实例
速度,原子i所受的力 一阶导数,即 Fi (t)
可Fi (以t,)直Ur其i 接中用U为势势能能函函数数对(坐简标称的势ri
函数或力场),因此对N个粒子体系的每个粒子有
mi
vi t
F
U ri
...
• r (t )
v(t )
求解这组方程要通过数值方法,即给出体系中每个粒
子的初始坐标和速度,从而产生一系列的位置与速度,即 为任意时刻的坐标和速度。
MD是用计算机方法来表示统计力学,用来研究不能用解 析方法来解决的复合体系的平衡和力学性质,是理论与实验 的桥梁。
经典力学定律
分子动力学的基本思想
分子动力学中处理的体系的粒子遵从牛顿方程,即
Fi (t) miai(t)
式中 是Fi(粒t) 子所受的力, 为m粒i子的质量, 是ai原(t)子i的加
准备试样
解N个粒子(分子)组成的 模拟体系的牛顿运动方程 直至平衡,平衡后进行材
料性能的计算
将试样放入测试仪器中进 行测量
对模拟结果 进行分析
测量结果的分析
启动计算
分子动力学运行流程图
设定坐标、速度的初始值
时间更新 回路
t+Δt
时间步长
——参考原子或分 子特征运动频率来 选取
计算作用于原子上的力Fi
MM和MD的应用,通常称作分子模拟(molecular simulation, molecular modeling) 或 分子设计(molecular design)。
第一性原理分子动力学

3
理论基础
1、从头计算分子动力学 实际上很难直接求解多电子体系分子或固体的方程 式,因而早在量子力学发展初期就曾提出将电子运动与 原子核的运动分开处理的方案,这就是著名的波恩-奥 本海默绝热近似。
4
理论基础
1、从头计算分子动力学
波恩-奥本海默绝热近似
物理思想: 原子核的质量比电子大1840倍以上,电子的运动速 度远远快于核的速度。对于分子或固体中的电子系统, 总的电子波函数取决于做热振动的离子的瞬时相对位置。 • 电子运动很快,以至于绝热近似地来适应缓慢运 动着的离子的影响; • 离子缓慢运动,快速运动的电子可以看成一个均 匀的背景; • 电子和离子可以看成两个独立的子系统。
i (r , t ) i (r , t t ) 2 i (r , t ) i (r , t t ) t 2 t 2 1 E 2 i (r , t ) i (r , t t ) ij j (r , t ) * i (r , t ) j 2
26
共轭梯度算法
最速下降方法
F g x
1
x x1
假设最速降落的方向可以通过该点的负梯度得到,则
g1 Gx1
那么,沿此方向移动就可到达该方向的最小值,即
x b g
1
1 1
27
共轭梯度算法
最速下降方法
F (x b g )min
1 1 1
g G(x b g ) 0
9
Hellmann-Feynman定理
E H RI RI H H H RI RI RI E H E RI RI RI E H RI RI H RI
第一性原理分子动力学

第一性原理分子动力学第一性原理分子动力学(First Principles Molecular Dynamics, FPMD)方法是一种用于模拟原子尺度下材料行为的计算方法。
该方法从一组基本的物理原理出发,通过对原子间的相互作用进行详细建模,可以模拟和预测材料的结构、性质和反应。
在FPMD方法中,原子的运动是根据牛顿第二定律进行计算的。
该定律描述了质点在外力作用下运动的规律,可以表示为F=ma,其中F是作用在质点上的力,m是质点的质量,a是质点的加速度。
FPMD方法在真实的原子尺度下模拟材料中原子的运动,因此能够提供准确的结果。
FPMD方法的关键是对原子间相互作用的精确建模。
在这方面,第一性原理的密度泛函理论(Density Functional Theory, DFT)扮演了重要的角色。
DFT基于量子力学的原理,通过求解系统中电子的波函数,可以得到系统的总能量和力。
在FPMD方法中,通过将DFT方法与分子动力学方法相结合,可以模拟材料中原子的运动。
FPMD方法的主要步骤包括:确定初始结构、计算系统的势能和力、求解牛顿方程、更新原子的位置和速度、重复以上步骤直至达到所需的时间。
在每一步中,都需要用到精确的DFT计算来获得系统的势能和力。
这些计算通常是通过迭代求解Kohn-Sham方程来完成的,其求解复杂度较高,需要利用高性能计算机。
FPMD方法在材料科学、化学、生物学等领域中得到了广泛的应用。
通过模拟材料中原子的运动,可以研究材料的结构演化、相变、热力学性质和动力学过程等。
例如,可以通过FPMD方法来研究催化反应中的原子吸附和解离、材料中的缺陷运动和扩散等。
FPMD方法还可以用于开发新的材料和设计新的催化剂,从而推动科学研究和工程应用的发展。
然而,FPMD方法也存在一些挑战和限制。
首先,由于对系统中所有原子的运动都进行了详细建模,计算成本很高,通常需要使用高性能计算机。
其次,由于DFT方法在描述电子行为方面存在一定的近似,因此在一些情况下,FPMD方法可能会产生一些误差。
第一性原理发展简史(3)电子相互交换能与相互关联能

第⼀性原理发展简史(3)电⼦相互交换能与相互关联能此说法“但⼀般观点认为密度泛函理论与分⼦动⼒学同为⼴义第⼀性原理的两⼤主要分⽀”误导⼀些不是做第⼀原理计算的⼈。
分⼦动⼒学和第⼀原理两种不同尺度的模拟⽅法,前者从原⼦与原⼦作⽤出发来模拟,⽽原⼦受的⼒由⽜顿⼒学描述,⽽后者从电⼦与电⼦的相互作⽤出发,通过量⼦⼒学原理描述体系。
⽽当今也有第⼀原理分⼦动⼒学,它和经典MD的最⼤差别是原⼦收到的⼒不是⽜顿⼒学⽽是量⼦⼒学⾥⾯的的⽅法计算⼒。
回复:“第⼀性原理本⾝是强调“从头算”这个概念,⾄于从头⽤什么算,量⼦还是经典,其实都算第⼀性原理的。
从这个⾓度讲,尺度区别,归根结底也就是量⼦和经典的差别⽽已。
当然作者承认狭义的第⼀性原理仅指量⼦理论。
早期的计算,复杂度不⾼,最初也是⼀个很痛苦的过程。
最开始的⼀些简单体系,使⽤传统薛定谔⽅程的解。
今天的计算软件⼀般先采⽤孤⽴原⼦的解作为最初的试探解,当然了不同软件有他们各⾃的特点不完全如此”弼马温卖了好⼏次关⼦了,这次我们来讲⼀讲⼤家⼀直很好奇的交换关联能。
如前所述,上世纪50~60年代物理学家们为密度泛函理论的诞⽣作了⼤量的理论铺垫,在前两期介绍的理论框架下,⼈们普遍认为绝⼤多数材料学当中可能的因素已经考虑了。
因此科恩-沈吕九⽅程中哈密顿量第三项最初设定是误差项,表⽰实际能量与理论计算能量的差值。
先将熟悉的明确的因素⼀⼀列举,然后再对剩下的误差项进⾏细细分析。
这种操作办法体现了从⽜顿⼒学诞⽣⾄今物理学典型的理念——将明确的、已经被普遍认可的规律明确化,然后将剩余的因素逐个简化,“抓住问题的主要⽭盾,暂时忽略次要⽭盾”。
然⽽读者可能也会想到,往往理论和现实之间存在巨⼤鸿沟,这种想法有时候显得⾮常⾃负——⼈类⼤脑中的想法很难完备地解释、模拟、再现⾃然世界中的每⼀个细节,因⽽过于简化的理论有时会带来⿇烦。
具体点说,科恩-沈吕九⽅程前两项的理论忽略了原⼦核的瞬时运动、电⼦波函数之间的相位差、电⼦对原⼦核运动状态的改变能⼒(改变原⼦核的动量),但是这些因素是实实在在影响材料的性质的,即使⾮常⼩。
第一性原理分子动力学

第一性原理分子动力学
第一性原理分子动力学是一种基于量子力学理论和第一性原理计算方法的分子动力学模拟技术。
它能够通过求解薛定谔方程,来模拟分子和固体材料中原子之间的相互作用和运动。
在第一性原理分子动力学模拟中,将体系中的原子视为量子粒子,其运动状态可以由波函数或电子密度来描述。
通过求解薛定谔方程,可以得到体系的能量、力和力常数等相关信息。
第一性原理分子动力学模拟的优势在于可以准确地计算分子和固体材料的结构、热力学性质、反应动力学等。
它可以预测和解释实验现象,探索复杂体系的性质和行为。
通过第一性原理分子动力学模拟,可以研究分子和固体材料在不同温度、压力和化学环境下的性质变化,揭示其在原子尺度上的结构、动力学和电子结构等方面的信息。
然而,第一性原理分子动力学模拟也存在一些限制。
首先,计算成本较高,尤其是对于大型体系和长时间尺度的模拟。
其次,在处理大变形和化学反应等复杂情况时,模拟结果的可靠性还需要进一步验证和改进。
总之,第一性原理分子动力学模拟是一种重要的计算模拟技术,能够揭示分子和固体材料的微观结构和性质。
随着计算能力的提高和方法的发展,它将在材料科学、化学、生物科学等领域中发挥越来越重要的作用。
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dr V (r ) mB B(r ) (r ) V (r ) mB B(r ) (r )
对应的Kohn-Sham方程和SDFT方程为
1 2 ˆ H eff i (r ) Veff i (r ) 2 2 2 U i i (r ) i i (r ) i (r ) i i ( r ) (r ) 2m ni
第一性原理分子动力学的体系及应用
相应的配分函数为
2 1 Z 2 QW ( f 1)
12
E 1 exp dV dP dr 3N kTeq N !
ˆ ˆ exp i H e j i H i kTeq i i, j N Pi2 exp (r ) PexV kTeq i1 2mi
第一性原理分子动力学的体系及应用
四、两个算例的讨论
1.铁素体与奥氏体相变及磁性的从头计算动力学分析 2. Ab Initio Molecular Dynamics Study of B2-B19' Phase transformation for NiTi Alloy
第一性原理分子动力学的体系及应用
2 1 2 QW ( f 1)
12
E exp ZTPN kTeq
第一性原理分子动力学的体系及应用
1 ZTPN dV dP dr 3N N ! ˆ ˆ exp i H e j i H i kTeq i i, j N Pi2 exp (r ) PexV kTeq i 1 2mi
,
第一性原理分子动力学的体系及应用问题
对应的Lagrangean函数为 2 1 1 2 3 3 i i s d r i L i d r 2 2 1 2 1 2 E i mi Ri i ,RI , 2 2 波函数 i 和自旋波函数 i 满足完整约束条件
第一性原理分子动力学的体系及应用
运动常量泛函可以写为
ˆ H ˆ E i H e j i i
i, j i N mi 2 2 3 2 1 N N Zi Z j i s V x 2 i 1 j 1 Ri R j i 1 2
Q 2 W 2 f 1 kTeq ln s V PexV s 2 2
p ms 2 , p F (q), s ps Q q s p 2 ms 3 ( X 1)kT s p
1984年Shuichi Nosé提出了正则系综的分子动力 学模拟方法,为第一性原理分子动力学计算提供了可 选用的NVE,NHP和NPT系综。[6]
第一性原理分子动力学的体系及应用
s
kTeq
第一性原理分子动力学的体系及应用
(*)式定义了一个广义动能 K 和势能 U 1 1 2 3 i i s d 3r K i d r i 2 2 N mi 2 2 3 2 1 2 i s V x 2 i 1 2 Q 2 W 2 V s 2 2
2
(*)
第一性原理分子动力学的体系及应用
上述Lagrangean函数构成下列关于参数 i 、i 、 RI 、 、s 和 V 的动力学方程
s (r, s , t ) E (r, s , t ) s i , i , i (r, sz , t ) i z s i z E mR
E MIR I RI
与之对应的Kohn-Sham方程,增加电子自旋密度
(r ) i i (r )
2
第一性原理分子动力学的体系及应用问题
s (r ) i i (r, sz )
2
1985年William G. Hoover提出正则动力学:平衡相 空间分布的概念,建立了来自非牛顿力学的正则分布。 [5] 得到NoséHamiltonian运动方程
2
U (V 1 3 x) f 1 kTeq ln s PexV
第一性原理分子动力学的体系及应用
,就可以改 、 i 、 x s V 变换速度 、 、 和 i i 变温度。
当温度 T 0 , 系统达到平衡能量最小状态。 0 、 0下, 0、 0 、 s 0 和 V x0 、 在平衡态 经典动能 K 可以通过动力学方程产生的轨迹对其求关 于时间的平均值,并且用与此系统相适应的归一化条件得 到。
第一性原理分子动力学的体系及应用问题
当前的一个趋势是从介观研究领域走向微观领域,采 用第一性原理从头计算法分子动力学则是一个选项。 1965年Kohn和Sham提出Kohn-Sham方程[1],标志着 密度泛函理论的诞生。 1972年von Barth和Hedin [2]以及Pant和Rajagopal [3] 分别提出了自旋密度泛函理论(Spin Density Functional Theory, SDFT)。 1985年R. Car和M. Parrinello首先提出“分子动力学 和密度泛函理论的统一方法”[4],由此得到三个运动方程:
K ap 和 U ap 是附加动能和势能项,这就是耦合原子运动和电 子运动以及电子自旋的能量方程。
第一性原理分子动力学的体系及应用
金属晶体结构,如果忽略热力学过程中外加应力场对 晶体的作用,则可以用等温等压Gibbs正则系综NPT进行 描述。NPT系综是NVE系综的扩展,因此定义相同。
用S. Nosé 正则系综分子动力学方法,可以将Lagrangean 函数写为
这样建立的模型就是随温度变化的模型。
第一性原理分子动力学的体系及应用
在讨论铁素体和奥氏体相变时,由于各部分存在 能量交换,而每部分在热力学平衡态可以用Gibbs 正 则系综理论进行描述。在用常规的分子动力学模拟具 有周期边界条件的金属晶体时,如果质量中心固定, 那么分子速度就是常数,根据Boltzmann 理论热力学 过程等效于恒温过程。如果忽略压力改变,系统在热 力学过程中可以用恒温恒压系综NPT描述。这时位于 Born-Oppenheimer势能面等能面上的特定点,对恒压 情况而言,可以当成分子动力学计算中的运动常量。
当前的第一性原理分子动力学均为不包括电子自旋的 分子动力学,也未见报道用将该方法用于材料的微结构分 析,尤其是材料磁性质的研究。 二、考虑电子自旋的第一性原理分子动力学的体系 对应于考虑电子自旋的Hamiltonian函数,由此可以写 出在Born-Oppenheimer等能面上的能量泛函 关于电子运动
3 sz 2
d 3 r i (r , t ) (r , t ) ij
2 z
d r (r, s )
3
d r (r, 2) d r (r, 2)
2 3
2
1
第一性原理分子动力学的体系及应用
对应于Lagrangean函数的Hamiltonian函数因此写为
ˆ H ˆ H i H e j i i
i, j i N Pi 2 1 N N Zi Z j PextV K ap U ap 2 i 1 j 1 R i R j i 1 2mi
式中第一项是电子运动Hamiltonian量平均值;第二项是电子 自旋运动Hamiltonian量平均值;第三项是离子间的Coulomb 作用势。
第一性原理分子动力学的体系及应用
三、考虑电子自旋第一性原理分子动力学的应用 考虑电子自旋第一性原理分子动力学是基于量子力学 的算法,因此可以对材料的微观结构进行分析,如相变分 析以及磁性计算等。如果某些材料的磁性质是次要的,则 可以不考虑电子自旋的影响。考虑电子自旋的温度相关模 型,则可以分析材料磁性质随温度变化的关系,同时也可 以分析基于磁致伸性质的材料压磁效应。 材料的断裂力学性质,是与材料的缺陷,尤其是材料 中的微缺陷相关,基于第一性原理分子动力学,预计可以 探究裂纹产生的微机理,以及相关的磁记忆特性。
一、第一性原理分子动力学的发展情况 用分子动力学方法讨论金属材料的结构相变及力学 性质,已经有很多文献报导,并且分子动力学的方法也 因势函数的选取有很多种,诸如Lennard-Jones势分子 动力学、Morse势分子动力学方法等。 针对不同的材料,构建介观条件下的对势,取决于 对材料介观结构的深刻理解,这给函势数的构建带来一 定的困难,从而给分子动力学的模拟带来困难。
第一性原理分子动力学 的体系及应用
彭向和
黄均平
重庆大学工程力学系 2012.11.01
第一性原理分子动力学的体系及应用
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一、第一性原理分子动力学的发展情况 二、考虑电子自旋的第一性原理分子动力学体系 三、考虑电子自旋第一性原理分子动力学应用 四、两个算例的讨论
第一性原理分子动力学的体系及应用
i (r, t ) E i (r, t ) k ik k (r, t )
E
mi sV x Qs
23 i 1 N 2 i
i
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Ri
f
1
N N 1 2 23 2 i ri Pex WV mi s V x 3V i 1 ri i
1 1 2 3 i i s d 3r L i d r i 2 2 N mi 2 2 3 2 Q 2 13 i (V x ) s s V x 2 i 1 2 W 2 f 1 kTeq ln s V PexV 2
考虑变形梯度张量的恒温恒压系综NPT