信号通路研究思路
信号通路研究思路
信号通路研究思路1.研究背景和意义：在开始研究之前，首先需要明确研究的背景和意义。
可以考虑以下问题：该研究对于现有技术有何改进？有何应用前景？是否能够解决一些现有问题？通过明确背景和意义，可以引导研究方向的确定。
2.文献综述：为了充分了解该领域的最新研究进展和相关技术，需要进行文献综述。
通过检索相关的学术论文和专利文献，了解已有的研究成果和方法。
可以考虑以下问题：已有研究的主要内容和方法有哪些？存在的问题和不足有哪些？还有哪些方向可以进一步研究？3.建立模型：在进行信号通路研究时，一般需要通过建立数学模型来描述系统的行为。
可以根据研究的具体内容选择相应的数学模型，例如传输线模型、电路模型或者控制系统模型等。
建立模型时需要考虑系统的非线性特性、噪声干扰以及其他可能的影响因素。
4. 仿真与实验：通过数学模型进行仿真和实验是信号通路研究的重要手段。
仿真可以通过计算机软件（如Matlab或SPICE）进行，通过输入相应的参数和初始条件，观察系统的响应特性。
实验则需要搭建实际的电子电路或者控制系统，通过测量和观测来验证理论分析和仿真结果。
在进行仿真和实验时，需要选择适当的检测手段和仪器设备，并合理设计测试方案。
5.仿真与实验结果分析：根据仿真和实验结果，进行相应的数据分析和结果解释。
可以应用统计学方法，比较不同参数下系统的性能指标，并对结果进行可视化展示。
通过对结果的分析，可以评估所提出方法的有效性和可行性。
6.结果讨论与总结：在得到仿真和实验结果的基础上，进行结果讨论和总结。
其中，需要对实际应用中可能存在的限制和局限性进行讨论，总结研究的优点和不足之处。
同时，可以对未来的研究方向提出展望，以引导相关领域的进一步发展。
综上所述，信号通路研究的思路一般包括研究背景和意义、文献综述、建立模型、仿真与实验、结果分析、讨论与总结等几个方面。
通过科学规划和有序实施这些步骤，可以提高研究的有效性和科研工作的质量。
研究植物信号通路机制的新技术和新方法
研究植物信号通路机制的新技术和新方法植物信号通路机制是指植物细胞内的一系列复杂调控网络，包括激素、蛋白质激酶、蛋白质磷酸酶等一系列分子信号。
人们通过研究这些信号通路了解植物生长发育、逆境应答等生理过程，对于提高植物产量、品质、抗逆性等，都有着重要的意义。
近年来，随着分子生物学、遗传学、生物物理学等科学技术的不断发展和完善，对植物信号通路机制研究也逐渐进入了新的阶段。
下面，本文将从几个方面介绍一些新技术和新方法。
\subsection{表观遗传技术在植物信号通路研究中的应用}表观遗传指的是通过非DNA序列相关的改变，来影响某个基因的表达和功能。
包括DNA甲基化、组蛋白去乙酰化、甲基化等多种修饰方式。
这些修饰方式可以影响基因转录后的产物，如mRNA或其他非编码RNA的产生和翻译后蛋白的质量和数量等。
最近，表观遗传被广泛用于研究植物生长发育、逆境应答等方面，同时，也是研究植物信号通路机制的新技术。
例如，Cui和他的同事们使用表观遗传技术分析了拟南芥中蛋白激酶（MAPK）信号通路与ABA反应元件（ABRE）结合因子（AREB）信号通路的交叉效应。
他们使用了针对拟南芥两条与 MAPK 信号通路有关的基因AtMEKK1和AtMKK1的突变体，以及通过 CRISPR/Cas9 技术制作的AtAREB2基因缺失突变体areb2。
这些突变体不同程度影响了MAPK信号通路和AREB信号通路，从而表观遗传修饰的模式随之改变，它们能够形成监测关键基因的表观遗传变化的专利申请。
\subsection{高通量测序技术在植物信号通路研究中的应用}通常我们会采用烟草或拟南芥等植物作为实验材料，以实验方案设计和处理方式为基础，对植物特定的信号通路进行研究。
有时候，一些研究者也会对多种植物进行研究。
而高通量测序技术则是应用次世代测序技术，可同时对不同物种、不同组织和时期的大量DNA片段进行高通量测序，进而高效地研究信号通路中所涉及的基因和相关的关键调节因子。
植物信号通路的分子生物学研究
植物信号通路的分子生物学研究植物是生物界中最为复杂的生命体，它们依靠土壤、水分、光线等自然环境中物理化学因素来生长发育。
与此同时，植物还要应对各种内在和外在的环境压力，如细菌和病毒侵染、水分和营养不足、温度和光照变化。
植物如何感知和响应这些信号成为了一个激动人心的研究课题。
植物信号传递的机制是一个复杂而多样的过程，其中的分子生物学是目前研究的重点。
一、植物信号通路的基本机制植物感知环境信号后，会立即启动一系列的生物化学反应，最终导致基因的表达和代谢的调节。
这个过程涉及到许多信号分子，例如植物激素、信号蛋白、离子通道和反应器官等。
这些信号分子与细胞膜、细胞质和细胞核组成了一个复杂的信号转导网络，从而实现了植物对外部环境的自适应和调节。
植物信号通路的基本机制可以分为三个部分：信号识别、信号传导和响应。
首先，植物需要识别外界环境中各种信号，如光、病原体、腐烂产物、营养物质、激素等。
这些信号分子会结合到特定的感受器，如受体蛋白和离子通道等，从而诱导细胞产生相应的细胞内传递事件。
其次，这些信号会通过一系列的分子和酶相互作用和媒介，传导到细胞的细胞质和核内，激活一些信号途径和基因进行转录和翻译。
最后，这些基因产物将调节植物生长发育和对环境压力的响应。
二、植物信号通路的典型例子植物信号通路非常复杂，但是许多相关学者通过分析某些信号分子与特定受体和媒介物质的相互作用关系，推测出了一些典型的信号通路。
下面讨论两个典型的植物信号通路。
1、植物激素信号通路植物激素是一类重要的信号分子，它们涉及到植物的许多生长和发育调节。
例如，赤霉素、生长素、脱落酸和乙烯等激素，都能呈现不同种类、时间和剂量的生物学效应。
这些激素分子主要起到了激活一系列的基因转录和蛋白激酶活性，从而调节植物体内代谢通路的功能。
植物激素信号通路的典型例子是赤霉素信号途径。
下面简单地介绍一下：a. 赤霉素感受器当赤霉素分子与感受器结合时，感受器将进入细胞质，并与TIFY蛋白结合。
促癌基因信号通路研究实验设计思路
促癌基因信号通路研究实验设计思路一、概述信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。
这些细胞外的分子信号（称为配体ligand）包括激素、生长因子、细胞因子、神经递质以及其它小分子化合物等。
细胞内的各个信号通路中上游蛋白对下游蛋白活性的调节（包括激活或抑制作用）主要是通过添加或去除磷酸基团，从而改变下游蛋白的立体构象完成的。
构成信号通路的主要成员是蛋白激酶和磷酸酶，它们能够快速改变和恢复下游蛋白的构象。
受体蛋白将细胞外信号转变为细胞内信号，经信号联放大、分散和调节，终产生一系列综合性的细胞应答，包括下游基因表达的调节、细胞内酶活性的变化、细胞骨架构型和DNA合成的改变等。
这些变化并非都是由一种信号引起的，也可以通过几种信号的不同组合产生不同的反应。
二、分类1、当信号分子是胆固醇等脂质时，它们可以轻易穿过细胞膜，在细胞质内与目的受体相结合；2、当信号分子是多肽时，它们只能与细胞膜上的蛋白质等受体结合，这些受体大都是跨膜蛋白，通过构象变化，将信号从膜外domain 传到膜内的domain，然后再与下一别受体作用，通过磷酸化等修饰化激活下一别通路。
三、信号通路研究策略1、确定某一效应和参与该效应的信号通路：利用蛋白芯片或PCR芯片等确定该信号通路参与这一效应，以及该通路是处于激活状态还是抑制状态（这里的效应既可以是细胞水平，也可以是疾病水平）。
2、确定通路中关键分子的表达水平：可以WB或qPCR检测相关分子的的变化，包括表达水平，定位变化以及活性变化。
3、确定通路中关键分子与该效应的关系：利用突变或干扰关键分子，检测相应的表型，确定该分子与这一效应之间的因果关系；以及后期过表达该关键分子做恢复实验进行验证。
4、确定分子之间的作用方式：通过分子共表达、分子互作手段（如IP，GST-Pull down等）、分子共定位、活性、构象等检测手段，进一步明确分子作用的方式，以及结合的序列、结构域等。
信号通路研究的技术方法
Relative kinase activity
12 10 8
6
4 2 0 0 5 10 20 30 60 90 120
Time (min)
Effect of individual MAPK pathways on PRAK activity in intact cells
Control MKK7(D) MKK1(E)
几种MAPK通路抑制剂的化学结构示意图:
O NH2 OCH3 N H N OH O
N
F
PD98059
OCH3 O CH=CH OH
SB202190
N
H N S N CH3 O
O
CH=CH
OH OCH3
F
Curcumin
SB203580
Effects of SB203580 and PD98059 on endogenous PRAK activity
25 36 32 35 38
Construction of p38 loop-12 to ERK like structure
p38 p38(E) p38(6+) p38(6+E) p38(VAP) p38(DL) p38(VAPD6+LE) ERK2
...DFGLARHTDDE------MTGYVATRWYRAPE... ...DFGLARHTDDE------MTEYVATRWYRAPE... ...DFGLARHTDDEHDHTGFMTGYVATRWYRAPE... ...DFGLARHTDDEHDHTGFMTEYVATRWYRAPE... ...DFGLARVADPE------MTGYVATRWYRAPE... ...DFGLARHTDDD------LTGYVATRWYRAPE... ...DFGLARVADPDHDHTGFLTEYVATRWYRAPE... ...DFGLARVADPDHDHTGFLTEYVATRWYRAPE...
基础医学中的细胞信号通路研究进展
基础医学中的细胞信号通路研究进展近年来，基础医学领域对于细胞信号通路的研究取得了令人瞩目的进展。
细胞信号通路是细胞内外通过分子信号调控细胞生理和病理过程的重要途径，对于揭示疾病的发生和发展机制以及药物研发具有重要意义。
本文将从细胞外信号、细胞膜信号、细胞核信号三个方面介绍基础医学中细胞信号通路的研究进展。
一、细胞外信号的传递通路细胞外信号是指细胞受到外界刺激后所接收到的信号。
在细胞外，信号分子通过特定信号通路传递给细胞膜或细胞内部，触发一系列生理反应。
目前，对于细胞外信号传递通路的研究已经取得了重要突破。
以G蛋白偶联受体（GPCRs）为例，许多药物目标都是与GPCRs有关的。
通过研究GPCRs的结构和功能，可以设计出更为精确的药物，提高治疗效果。
二、细胞膜信号传递通路细胞膜信号传递是指细胞外信号经由细胞膜上的受体传递到细胞内的过程。
受体激活后，会引发一系列的信号级联反应，最终导致细胞内信号的改变。
目前，已经发现了多种与细胞膜信号传递相关的蛋白家族，例如酪氨酸激酶受体家族（RTKs）和离子通道受体家族等。
这些家族的研究为疾病治疗提供了新的思路和方向。
三、细胞核信号传递通路细胞核信号传递是指细胞内或细胞间的信号通路直接作用于细胞核，通过改变基因表达来调控细胞的功能和命运。
以转录因子为例，它们在调控细胞核信号通路中发挥着重要作用。
目前，通过对转录因子的研究，我们可以更好地理解疾病的发生机制，并寻找新的治疗方法。
例如，通过针对特定转录因子的调控，我们可以抑制疾病相关基因的表达，从而达到治疗目的。
细胞信号通路的研究不仅对于理解细胞的生理和病理过程具有重要意义，同时也为药物研发提供了新的思路和方向。
通过深入探究细胞信号通路的机制，我们可以揭示疾病的发生和发展机制，并开发出更加精确和有效的治疗方法。
因此，基础医学中细胞信号通路的研究进展对于提高人类健康水平具有重要意义。
综上所述，基础医学中的细胞信号通路研究已经取得了显著的进展。
胶质母细胞瘤信号通路的研究
胶质母细胞瘤信号通路的研究胶质母细胞瘤（GBM）是一种常见的恶性脑肿瘤，其治疗难度很大，患者的生存率较低。
研究人员一直在努力寻找新的治疗方法，以提高患者的生存率。
在这个过程中，对胶质母细胞瘤信号通路的研究变得尤为重要。
胶质母细胞瘤信号通路是指在胶质母细胞瘤中发挥重要作用的一系列信号传导通路。
这些通路包括了一系列参与细胞增殖、生长和凋亡的分子，它们能够促进或抑制肿瘤的生长和扩散。
了解这些信号通路的工作原理，有助于揭示肿瘤的发病机制，为研发靶向治疗药物提供理论基础。
在胶质母细胞瘤信号通路的研究中，科学家们发现了一些关键的分子和通路。
EGFR信号通路是目前研究的热点之一。
EGFR是一种受体酪氨酸激酶，它通过激活多条信号通路参与了细胞增殖和生长的调控。
在胶质母细胞瘤中，EGFR信号通路被发现异常活跃，这导致了肿瘤细胞的异常增殖和转移。
研究人员希望通过抑制EGFR信号通路来阻断肿瘤的发展。
除了EGFR信号通路外，PI3K/Akt/mTOR信号通路也受到了研究人员的关注。
这一信号通路在多种肿瘤中发挥重要作用，包括胶质母细胞瘤。
PI3K/Akt/mTOR信号通路能够促进细胞的增殖、生长和凋亡的抑制，因此成为了研究治疗胶质母细胞瘤的潜在靶点。
针对胶质母细胞瘤信号通路的研究还揭示了一些其他重要的分子和通路，比如STAT3、MAPK、WNT等。
这些分子和通路通过不同的途径影响肿瘤的生长和扩散，也为研究靶向治疗提供了新的思路。
除了研究信号通路的活化和抑制外，研究人员还致力于寻找能够干预这些信号通路的药物。
目前，已经有一些针对胶质母细胞瘤信号通路的靶向治疗药物进入了临床试验阶段，其中一些已经取得了一定的临床疗效。
这些药物包括EGFR抑制剂、PI3K/Akt/mTOR抑制剂、STAT3抑制剂等。
胶质母细胞瘤信号通路的研究对于胶质母细胞瘤的治疗具有重要意义。
通过深入了解信号通路的工作原理和参与的分子，研究人员能够为靶向治疗药物的研发提供理论支持。
植物信号通路及其生物合成途径的研究
植物信号通路及其生物合成途径的研究植物是地球上最重要的生命形式之一，不仅为人类提供食物、森林、药品，还能修复环境、减少气候变化。
植物要面对的生存压力不仅包括环境的限制，还有来自其他生物的竞争与威胁。
为了适应这些压力，植物发展了一套复杂的信号通路及其生物合成途径来调节自己的生长和发育。
本文将就这方面的研究做一些讨论。
植物的信号传递主要通过激素、蛋白质、磷酸化和Ca2+等物质来实现。
激素是植物细胞内作用的一类物质，可以调控植物的生长、发育、免疫和逆境适应等生理过程。
植物激素的种类很多，可以分为激动素、生长素、细胞分裂素、赤霉素、乙烯、脱落酸等。
这些激素在植物体内形成复杂的信号通路，最终调控植物的生长、分化、胁迫响应和免疫反应等细胞行为。
除了激素外，植物还运用蛋白质、磷酸化和Ca2+等物质，通过信号传递方式调节自身的生化反应，发挥维持生命活动和应对外界环境等作用。
固氮作用、植物异黄酮、细胞信号转导、植物内生质体传递等领域的研究对这些传递方式进行了深入探究和解析。
生物分子的合成途径也是植物在面对复杂环境的生存策略之一。
植物可以通过生物合成途径制备很多生物活性物质，如卡蒂斯醇、肽类激素、萜类物质、黄酮类化合物等。
这些物质对植物生长和发育有着不同的调节作用，可以提高植物逆境适应能力，甚至拥有一定的药用价值。
植物合成途径的研究已经涉及到生物合成酶、转录因子的研究和分子生物学工具的开发等方面，对于植物体内的生命活动调节和产物的开发利用具有深刻的意义。
植物信号通路及其生物合成途径的研究始终是植物学研究领域重要的研究方向之一。
这些方面的深入研究不仅有助于揭示植物细胞生长和发育的规律，而且可以为植物的育种、防治病虫害和应对气候变化等方面的研究提供有益的参考和支持。
未来植物信号通路和生物合成途径的研究，将不断深入，有望推进植物学研究的新发展。
总之，植物的信号通路和生物合成途径的深入研究对于我们认识植物世界、开发利用植物资源具有重要意义。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
证明一个药物能通过抑制P38表达而发挥保护细胞的作用，需要做的是：要证明你的药物是通过抑制P38表达而发挥保护作用，首先要证明P38表达增加会导致损伤。
其次，要证明你的药物存在保护作用。
再次，证明你的药物可以抑制P38表达。
最后，证明你的药物是由于抑制了P38表达而发挥保护作用。
首先证明P38表达增加会导致损伤。
这里需要建立一个损伤模型。
正如你提到的，钙离子导致P38mapk的增高，如果某种损伤可以通过钙离子导致P38mapk的增高，那么你就建立起了一个损伤模型。
这时，对P38做个RNA干扰，使其表达下降，再来损伤刺激，如果这时损伤刺激不会导致损伤，那么可以说P38mapk的增高会导致损伤。
这里最好不要用P38的抑制剂SB来处理，因为这个抑制剂是针对P38活性的抑制剂，抑制的是P38的磷酸化，而不是表达量。
如果说明的问题是p38磷酸化水平增加而导致损伤，那么我建议用抑制剂。
这时还可以用Dominant-negative。
抑制剂的实验证实该药物不影响P38表达，而影响其活化。
（应该首先考虑选用抑制剂，因为目前一些药物的作用机制不是抑制靶点的表达，而是抑制靶点的激活。
如果在此应用RNAi的话，很可能会漏掉这个机制或增加实验步骤。
）其次，要证明你的药物存在保护作用。
当然就是用你的药物先处理一下，再来损伤刺激，如果这时损伤刺激不会导致损伤，那么可以说你的药物存在保护作用。
再次，证明你的药物可以抑制P38表达。
用你的药物先处理一下，再来损伤刺激，再检测P38表达，如果用药组相对于没有用药组P38表达下降，那么可以说你的药物可以抑制P38表达。
最后，证明你的药物是由于抑制了P38表达而发挥保护作用。
这一步看似不必要，其实是最重要的步骤，而国内的文章往往忽略了这一关键环节。
这里建议还是用RNA干扰P38表达，再用你的药物处理，再进行损伤刺激，如果用药组与没有用药组的损伤程度一致，那么才可以说你的药物是由于抑制了P38表达而发挥保护作用。
抑制剂也有其局限性，有时是“致命”的，主要原因是抑制剂缺乏特异性。
虽然我们在文章里看到用抑制剂的时候都说是什么什么的特异性抑制剂，但真的那么特异吗？其实往往是作者为了写文章发文章的需要而夸大了抑制剂的特异性。
细胞里无数的信号通路，谁也不能保证抑制剂在作用于靶分子时不会影响其他信号通路。
其实无论什么抑制剂，对剂量的要求都相对比较苛刻，为什么？就是因为一旦浓度高了，就不知道会干扰到其他哪些信号通路，从而产生很多说不清道不明的现象。
PI3K的抑制剂---LY294002和wortmannin,它们都能抑制PI3K和相关的激酶，但LY294002的浓度达到200μM常用来抑制DNA依赖的蛋白激酶（DNA-PK）；wortmannin在浓度超过3μM常用来抑制运动失调性毛细血管扩张基因突变（ATM)以及DNA-PK。
相对而言，MEK1/2的抑制剂U0126和PD98059以及P38MAPK的抑制剂SB203580就要好一些。
所以研究人员一般应用LY294002时采用20μM，应用wortmannin时采用0.2μM，以此来最小化其他的效应。
有些学者们同时应用两种抑制剂进行对比，也许也有顾及于此的原因吧。
但是，从严谨的角度讲起特异性的话，RNAi也不能说是绝对特异的，我们只能说它是高特异性，因为RNAi的机制中还有很多没有完全阐明。
一些研究者会在RNAi处理后，还要在实验中应用Western来同时检测该蛋白所在家族的其他成员的表达量变化以检测其特异性和选择性，以表严谨。
举个例子：比如针对Survivin进行RNAi之后，你最好同时检测XIAP , cIAP1/2等蛋白。
当然，如果你所针对基因的siRNA构建已经很成熟，有前人的文章检测特异性做基础，那就另当别论了，所以给科研态度很严谨的lwjssry兄弟提个醒，如果你的siRNA序列尚无很好的文献应用基础，这个问题你也许应该考虑的。
临时找到一个描诉相关内容的06年文献，影响因子3分多，截取其中的内容供lwjssry兄参考吧：信号通路有细胞特异性和条件特异性，即同一信号通路在不同的细胞之间或同一细胞在不同的条件下，作用机理可能是不同的。
细胞内的信号通路之间存在复杂的相互作用，想证明哪一个分子是另一分子的充要条件真的很难。
本人最近研究了一个信号系统的两个信号分子，A和B。
A在细胞质，B在细胞核。
以往的研究已经证明A是B的上游信号通路之一。
我们的研究是想证明在某种病理过程中A和B作为一个系统发挥作用。
我们首先应用能够提升该系统的药物干预，发现A升高的同时B也得到升高，但这也不能说明什么问题。
所幸的是A分子目前有特异性的阻断剂，于是我们便对A分子的激活进行阻断，结果发现B分子的激活也收到抑制。
由此初步推测A 和B可能在某种病理过程中作为一个系统发挥作用。
但也只能证明了A是B的必要条件而已。
做信号传导的在于你研究一种的机制有什么作用，其机制是否于信号传导有关，有哪些关系，是什么原因导致此信号传导的表达，表达后的下游基因怎么变化》？这中间最好有基因敲出或者抑制剂和激动剂干预后看看上游下游之间的变化和你预期的结果有没有关系。
如果单纯的做信号传导而去做没有什么意义的，就像前面楼上说的一样信号的启动/最终发挥功能！“想证明哪一个分子是另一分子的充要条件真的很难”。
我最近正在做一个实验，证明A对B的作用。
先用外源物处理细胞，跑wetern blot，发现A和B都有所增加，B的量增加在A 之后。
于是用抑制剂抑制A，以及用siRNA使A knockdown，然后看B的表达量也下来了。
但是这也只能证明A和B有关联，无法证明A对B是直接作用还是间接作用。
甚至无法说明B的改变是A信号knockdown造成的，还是A信号knockdown以后，细胞为了弥补该信号的不足，补充促进了C信号，而C信号可以改变B信号。
最近在考虑用Co-IP证明A和B 有结合作用，也许能证明A和B的直接关系。
探讨信号转导中分子间的充要条件，与探讨数学中的充要条件是不一样的，因为细胞中信号转导通路往往存在反馈机制。
即使X是上游信号，Y是下游信号，改变Y信号也会通过反馈机制使得X信号发生改变。
所以，在考虑生物体内的信号分子间充要条件时会复杂得多，要慎之又慎下结论。
信号分子的环路效应普遍存在个人觉得研究A分子与某个信号通路应该更具体得分为两种情况：1，以前还不知道A分子是这个信号通路的成分，这时我们要证明A分子是这个信号通路的成分，这时的研究就是上文谈到的研究内容了。
2，A分子是信号通路的成分，这是已知的，现在发现某个现象跟这个通路有关，现在我们要证明A分子是这个信号通路参与这个现象的关键分子，则又是另一种模式。
1，“创造信号通路”，别人没有研究过A和B 之间的相互作用，而你发现了，并证明了，这就是创造，其实准确点说应该是“发现”，因为信号通路是客观存在的，只不过被找到了而已，不过用“创造”这个词比较形象。
这一类的研究是开创性的，比较困难的，研究的时候常常是用免疫共沉淀去把与某个蛋白结合的一堆蛋白都搞出来，再做质谱分析，进行鉴定，再进一步证明两者间的相互作用，这就涉及到充分必要条件的证明。
单纯进行这一类的研究缺乏目的性和研究的意义，所以通常还是建立于某种现象基础上的，用自己“创造”的信号通路来解释某种现象，也就是下面说的第二种模式。
2，“利用信号通路”，利用别人或自己“创造”的信号通路来解释某个具体的现象，比如，某个药物、某种毒物、某种应激、某种射线、等等，在这些刺激下，具体到某种细胞的某条信号通路发挥调控作用。
在第一类中，是用充分必要条件来证实A分子与B分子的作用。
在第二类中，是用充分必要条件来证实A现象与B信号通路之间的关系。
看文献是最基础的训练，看文献，一是看思路，二是学技术和逻辑思维。
思路告诉我们为什么去做，技术和逻辑思维教我们怎么去做。
过表达A基因，发现B基因的mRNA水平明显增加，对应的B的蛋白水平也明显增加；干扰A基因表达，发现B基因的mRNA水平明显降低，对应的B的蛋白水平也明显降低。
投稿，被拒稿，主要原因是审稿人提出：应该弄清楚A是如何调控B的表达的。
请问各位老师，A调控B可能是通过什么途径？需要做什么实验？A和B都是脂类代谢中的酶基因，它们在胞浆和核内都有表达。
回答：1、下一步应该搞清楚B基因mRNA改变的原因是什么，在转录水平还是影响了RNA的稳定性。
2、假设A和B是直接关联的（假定A影响B的转录），是否一般得做两个实验：Luciferase reporter assay和CHIP assay？只做一个CHIP实验行不行？其中Luciferase reporter assay是否就是为了检验A蛋白是否能结合到B基因的Promoter区？是不是A蛋白必须得是转录因子才有可能结合到B基因的Promoter区？另外，怎么知道A蛋白是不是转录因子呢？——针对这个问题的回答：不过建议找几篇JBC上的文章看看，JBC上这种调调的文章挺多的，精读3-5篇，把它的outline搞清楚，你就胸有成竹了。
——我打开JBC网站一看，呵呵，每期专门有Gene Regulation板块。
根据JBC上面的文章，A调控B基因，很多都是通过第三者如转录因子实现的。
我再翻出以前自己的Real-time PCR实验结果，发现过表达A基因后，转录因子C的mRNA水平显著增加，而干扰A基因表达，转录因子C的mRNA水平显著降低。
目前这个现象还没有文献报道。
后期，我准备通过Luciferase reporter assay和CHIP assay来验证转录因子C是否能与B基因作用。
我想请教的问题是：A基因调控转录因子C，除了前期的Real-time PCR实验（当然再补一个Western Blot实验），我还需要做其他实验吗？会不会审稿人再提出：你需要弄清楚A基因如何调控转录因子C才行。
说简单点：A基因通过转录因子C调控基因B，是否要将A影响C，C影响B两步都弄清楚？——看你的目标杂志了，如果是JBC这样偏机制的，估计会要你说清楚的3、A可以影响B的mRNA水平，也能影响B的蛋白水平，这样的话，可能是只通过影响B 的RNA水平影响B的蛋白表达，也可能同时影响B的RNA水平和B的蛋白稳定性。
B的蛋白稳定性你可以通过加入CHX检测B的半衰期。
另外就是你说的Luciferase reporter assay实验。
4、A和B的变化总是一致的，应该很有可能是通过转录水平调控的，因为你的mRNA、蛋白都变了。
既然是转录水平，那就要找到B的启动子的序列，对应和这个序列结合的蛋白，这个蛋白可能是A也可能是其他的间接的。