pubmed数据库

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注:如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配的词时,PubMed就将短语
五、PubMed基本检索规则
如: single cell 系统会自动将其分成两个词:single和 cell检索,其检索表达式为:“single AND cell ”。
五、PubMed基本检索规则
强制检索功能
• 强迫短语检索,在检索词上加双引号,将不执行自 动转换匹配和扩展检索.
收录PubMed中未经标引的最新记录。经过主题 词、文献类型、基因库存取号等加工索引后,添加到 Medline数据库中,并从PreMedline库中删除。
[PubMed-in process]
Publisher-Supplied Citations
出版商直接提供的文献,每条记录都标有 [PubMed-as supplied by publisher]。
二、Entrez资源整合系统
Entrez是NCBI为广大生物研究人员提供的一个 基于文本的集成检索系统。通过该平台可以检 索到NCBI提供的28个数据库,这些数据库包括 文献数据库、DNA和蛋白质序列数据库、三维 蛋白质结构数据库、种群研究库、表达库、完 全人类基因组库、分类信息等。
二、Entrez资源整合系统
主题检索
• 《医学主题词表》是对生物医学文献进行主题分析、 标引和检索的权威性词表,它的作用是使医学文献的 主题标引和检索达到统一和一致,并指导用户高质量 地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题 词,告诉用户主题词如何使用,显示主题词之间的相 互关系。
基本概念
• 主题词表:PubMed采用的主题词表是美国国立 医学图书馆的医学主题词表(Medical Subject Headings,简称MeSH) 。 • MeSH :是美国国立医学图书馆编制的权威性主题 词表。它是一部规范化的可扩充的动态性叙词表。 美国国立医学图书馆以它作为生物医学标引的依据, 编制《医学索引》(Index Medicus)及建立计算 机文献联机检索系统MEDLINE数据库。《MeSH》汇 集约24,357多个医学主题词(2007年)。

一PubMed数据库简介

一PubMed数据库简介
?clinicalalerts公布nih资助重要临床研究结果?clinicaltrials对公众提供临床科研的当前信息?pubmedcentral可免费提供全文生命科学文献服务功能pubmedpubmed在检索框中键入一到多个检索词按go键即显示检索结果
一、PubMed数据库简介
PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)下属 的 国 家 生 物 技 术 信 息 中 心 (NCBI) 开 发 的 、 基 于WWW的医学数据库查询系统。
图1
其它库 NCBI其它数据库的相关记录:
PubMed建立了与NCBI其他数 据库之间联系。它们是双向网 络互连的关系(见下页图)。
NCBI中通过Entrez可互查的数据库
三、PubMed页面的结构
登录 PubMed主页
/entrez/query.fcgi /PubMed/
PubMed的网址: /pubmed
特点:收录范围广、内容全、检索途径多、 检索体系完备,可少部分获取原文。
P75
二、通过PubMed可检索 到如下的信息
MEDLINE PreMedline 出版商提供的书目信息 NCBI其它数据库的相关记录
MEDLINE:是美国国立医学ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ书馆
检索Common Cold AND Vitamin C
preview1
五、 PubMed辅助检索工具(三)
3. History:
保留所有的检索策略和结果,只有在执行了一次检索后, History才能有记录。 显示检索序号、检索词、检索时间以及检索结果数量。 可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索,如#2 AND #6 单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。 点击Clear History按键可以清除History和Preiew/Index中的 信息。 最多存贮检索式数为100个,检索式的存贮时间为1小时。

pubmed数据库及获取文献小技巧

pubmed数据库及获取文献小技巧

检索字段及标识符
AD(Address): 第一作者所属单位和地址 ALL(All Fields): 全部字段 AU(Author): 作者姓名 DP(Publication Date): 出版时间 EDAT(Entrez Date): 录入时间 1AU(First Author Name): 第一作者姓名 FAU(Full Author Name): 作者姓名全称(02年以后) LASTAU(Last Author) 最后一个作者(通讯作者) IP(Issue): 期号、部分号、增刊号 IS(ISSN): 国际标准刊号 LA(Language): 原文语种

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河北省图书馆
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河北省图书馆 代理中国


science
Science[ta]
single cell
Pubmed检索
高级检索
nature
Searching by a specific field
chronic proctitis
Pubmed检索
主题检索
《医学主题词表》:
Gastric Neoplasms Gastric Cancer Stomach Cancer Stomach Neoplasms
收录2400多万条题录信息,周 二~周六每日更新,更新2000 ~ 4000条信息。

Pubmed数据库概况
PUBMED收录的文献主要来自三个数据库: 1. Medline 2. In Process Citations 3. Publisher-Supplied Citations
Pubmed数据库
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MEDLINE数据库的标记码
(3)出版商提供的电子文献---[PubMed - as supplied by publisher]
(4)NCBI其它数据库的相关记录
Medline数据库
由出版商提供的检索记录
Premedline数据库
Pubmed identifier 本条数据在数据库中的 唯一标识号
所属的美国生物技术信息中心(NCBI
for Biotechnology Information)开发研制的网络文献 检索系统。由许多期刊出版商参与共建
PubMed特点: 1、资源丰富 2、强大的链接功能(LinkOut)可链接许多免费的全 文期刊可根据检中的二次文献直接在网上订购原文。 3、提供多种检索方式 4、提供多种显示格式 5、报道速度比MEDLINE更快,更新。
网络版——PubMed检索系统
美国《医学索引》印刷版
Index Medicus 简称IM,是美国国立医学图书馆 编辑出版的、世界上最负盛名的医学文献检索工具。 包括题录,文摘及部分全文。 美国《医学索引》内容包括: 基础医学、 职业卫生、 卫生管理、 营养卫生、 环境医学、 药理和药剂学、 临床医学、 护理学、 卫生保健、 齿科学、 情报学 兽医学
点击 精确查找
所检索的词本身不是主题词,但此页列 出了所有与其内容相关的主题词---《主题词字顺表》,可以从中选择自己 需要的主题词
Sugar diabetes
点击 精确查找
说明sugar diabetes这个 词组没被收入 主题词数据库
Diabetes mellitus
点击 精确查找
Diabetes mellitus
通过树状结构表的方法来确定主题词主要考察两点:

pubmed的文章类型review

pubmed的文章类型review

从上世纪60年代至今,Pubmed数据库已经收录了大量的医学相关的文献,其中包括了大量的review文章。

review文章在医学领域中扮演着非常重要的角色,它们可以帮助医生、研究人员和学生们及时地了解最新的研究进展和临床应用。

本文将就Pubmed数据库中的review文章类型进行详细的介绍,并分析其在医学领域中的重要性。

一、Pubmed数据库概述Pubmed是由美国国家医学图书馆(NLM)维护的一个免费的医学文献数据库,其中包括了生物医学领域的文献索引。

它涵盖了生物医学的各个子领域,如临床医学、基础医学、生物化学等。

Pubmed提供了对于数以百万计的医学文献的检索和查阅服务,使得医学工作者可以方便地获取最新的研究成果和临床实践。

二、Pubmed中的review文章类型在Pubmed数据库中,review文章类型是一种非常常见的文献类型。

review文章是对某一特定主题进行综合性总结和回顾的文献,通常由专业领域的权威人士或者研究团队撰写。

这类文章不仅可以总结该领域的最新进展,还可以对领域中的争议性问题进行梳理和讨论。

在Pubmed中,review文章通常被归类到专门的review文章类型下,便于用户进行查找和阅读。

三、review文章的重要性review文章在医学领域中具有非常重要的地位和作用。

它们可以帮助医学工作者及时了解某一领域的最新研究成果。

由于医学研究的进展非常迅速,一些研究成果可能会在短时间内产生影响。

而review文章可以将这些研究成果进行总结和梳理,便于医学工作者快速获取信息。

对于一些复杂的疾病或者治疗方案,review文章可以对领域内的各种观点和研究成果进行梳理和综合,帮助医学工作者更好地制定临床治疗方案。

对于医学学生和研究生来说,review文章是他们了解某一领域研究历史和现状的重要参考资料。

四、如何利用Pubmed查找review文章在Pubmed中查找review文章非常简单。

2网上医学数据库(pubmed)

2网上医学数据库(pubmed)

PubMed页面的结构
检索提问区相关数据库链接、 检索提问框 、辅助检索工具
辅 助 功 能 区
Entrez简介、 PubMed服务、 特有检索、相 关资源
检索提示区
对各项检索功能的简单描述
PUBMED中常用的字段
Tag Name Tag Name AB Abstract AD Affiliation AU Author TI Title CN Corporate Author DPPublication Date EDAT Entrez Date FAU Full Author Name GS Gene Symbol IP Issue IS ISSN JID NLM Unique ID LA Language UID Unique Identifier PMID PMID MH MeSH Terms MHDA MeSH Date PG Pagination PL Place of Publication PMID PubMed Unique Identifier PT Publication Type RF Number of References RN EC/RN Number SO Source TA Journal Title Abbreviation VI Volume
sore各种显示方式的Fra bibliotek要内容1、Summary 2、Brief 3、Abstract 4、Citation 5、MEDLINE
各种显示方式的主要内容
6、ASN.1 7、Text 8、Protein links——可显示链接到蛋白质数据库 相关蛋白质的超链。 9、Nucleotide links——可显示链接到核苷酸数 据库相关基因的超链。 10、Structure links——可显示链接到结构数据 库中相关结构的超链。 11、Genome links——链接到相关基因组。

PubMed数据库

PubMed数据库
自动转换匹配 在检索框中键入一个或多个英文单词(大写或小写 均 可),点击Search按钮,PubMed系统会自动在主题 词表,期刊名表,短语表及作者索引中查询与输入的词 相匹配的形式,这就是它特有的“自动词汇匹配功能”。 例如:检索肿瘤 (cancer)方面的文章。 在检索框中输入:“cancer”,再点击“Search” 按钮。 PubMed将自动地利用它的“自动词汇匹 配”功能将重要的词语结合在一起,并将不规范的词语 转换成MeSH词表中规范的用词进行检索,比如,检索 “cancer” 将自动转换为:"neoplasms"[MeSH Terms] OR "neoplasms"[All Fields] OR "cancer"[All Fields]
PubMed数据库
生物工程122班
李菊秋、鞠文君、梁金姬、宋德涵
PubMed数据库
PubMed简介 PubMed数据范围 认识新版PubMed PubMed检索方法 检索结果保存

一、PubMed简介
PubMed是美国国立医学图书馆(NLM)
的国家生物技术信息中心 (NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统。 收录1966年以来的包含医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统 及前临床科学的文献。这些数据来源于70多个国家和地区的4000 多种生物医学期刊。 NCBI的任务: 利用计算机信息处理技术,建立分子生物学、生物化学、遗 传学知识的自动存储和分析系统,并开展相关先进方法的研 究。 提供基因数据库、文献数据库、分子结构数据库、基因组等 30多个数据库检索。
比如:检索文章题目中含有高血压的中文文献 检索式:hypertension[ti] AND chi[la]

PUBMED数据库检索

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PubMed - indexed for MEDLINE



PubMed 概述 PubMed 的各种检索方法 PubMed 检索结果的处理 My NCBI
PubMed的基本检索界面
检索功能区
辅助功能区
检索途径与方法

基本检索 - Basic Search 高级检索 - Advanced Search 限定检索 - Limits Search 主题词检索 - MeSH Browser 特定文献查找- Citation Matcher 临床查询 – Clinical Queries

PUBMED具有自动词语匹配功能,系统将按顺 序自动使用如下3种索引,对检索词进行转 换后再进行检索。Mesh转换表、刊名转换表、 著者索引。如果在Mesh表找到相匹配的主题 词,系统用Mesh词和Text Word进行OR组配 检索。
Aspirin
强制检索
十年间发表的人类乙肝疫苗 临床试验研究的英文文献?
保存到剪贴板中的记录
My NCBI的注册与登录
保存到的检索式或记录
保存到NCBI中的记录
保存到NCBI中的记录


充分认识到PubMed在医学文献检索 中的重要作用 掌握PubMed的各种检索方法,包括基 本检索、限定检索、高级检索,重 点掌握主题词检索 掌握PubMed检索策略和检索记录的 存储 注册My NCBI帮助自己管理检索结果
PUBMED数据库检索



PubMed 概述 PubMed 的各种检索方法 PubMed 检索结果的处理 My NCBI
PubMed数据库简介
PubMed是美国国立医学图书馆开发的生物医学信息 书目数据库MEDLINE的免费网络版 内容包括美国《 Index Medicus》、《 Index to Dental Literature》、《 International Nursing Index》和部分生命科学领域的期刊文献 内容涉及基础医学、临床医学、环境医学、营养卫 生、职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药 学、社会医学等领域。 可检索1950年以来世界70多个国家和地区出版的 5,200余种生物医学期刊上发表的文献
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Entrez中集成的重要数据库
• • • • • • • • • • • • • • • Books 出版社提供之数字生物医学图书与医生参考书籍数据库 Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据 Conserved Domain Database(CDD),蛋白质功能区块保留序列数据库 3D Domains,蛋白质功能区块立体结构数据 Gene,包含许多物种的基因数据库 Genome,包含超过800种物种的基因组数据库 GENSAT,小鼠中枢神经系统基因表现图谱 GEO Datasets,基因表现实验与生物芯片数值结果数据 GEO Profiles,基因表现图谱 HomoloGene,同源基因批注数据库 Journals,期刊文献(包含PubMed) MeSH,医学主题词 NCBI Web Site,所有NCBI网页 NLM Catalog,美国国立医学图书馆馆藏目录 Nucleotide sequence database,核酸序列数据库(包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序 列数据库)
Entrez中集成的重要数据库
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM),孟德尔人类遗传疾病相关文献数据 库 • PopSet,族群演化分析相关研究资料 • Protein sequence database,蛋白质序列数据库(包含Swiss-Prot、PIR、PRF、 PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料) • PubChem BioAssay,化学成分之生物活性筛选资料 • PubChem Compound,小分子化学物质结构 • PubChem Substance,具生物活性之化学物质筛选数据 • PubMed,生物医学文献题录数据库 • PubMed Central,科学文献数字全文免费数据库 • Site Search,可搜寻NCBI的网页与FTP • SNP,单点核酸多样性数据库(dbSNP) • Structure,分子模型数据(MMDB) • Taxonomy,以核酸或蛋白质为基础的分类学信息 • UniGene,人类unique基因序列数据库 • UniSTS,unique序列卷标地址数据库
特点
免费检索服务 检索词自动转换匹配 链接功能强大,部分记录能链接到全文
登录入口
/
四、PubMed数据库收录范围
Medline
收录了1966年以来全世界包括美国在内的80多个国 家的5000多种生物医学期刊,内容涉及医学的各个领 域、牙科学、护理学、兽医学、保健系统和基础医学。 数据库中大多数记录为英文或具有英文摘要。
PubMed 检索系统
陈 萍 2014.9
一、NCBI
NCBI:美国生物技术信息中心的缩写。 (National Central for Biotechnology Information,NCBI) 网址:/ NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家,分 子生物学家,数学家,生物化学家,实验物理学家, 和结构生物学家,集中于计算分子生物学的基本的和 应用的研究。该中心创办了一个生物技术和生命科学 的优秀网站,建立了一系列的生物信息事实数据库和 文献数据库,提供网络的免费信息服务。 Entrez是NCBI网站基于多种数据库的集成检索系统, 也是网上最大的免费检索生物医学资源的网站。
五、PubMed基本检索规则
逻辑运算符
• 支持逻辑且前后都要有一个空格)
如:common cold AND Vitamin C 字段限定符
检索词[字段标识符] 如:cancer[ti]
五、PubMed基本检索规则
词汇自动转换
收录PubMed中未经标引的最新记录。经过主题 词、文献类型、基因库存取号等加工索引后,添加到 Medline数据库中,并从PreMedline库中删除。
[PubMed-in process]
Publisher-Supplied Citations
出版商直接提供的文献,每条记录都标有 [PubMed-as supplied by publisher]。
特点一:它把序列、结构、文献、基因组、系 统分类等不同类型的数据库有机地结合在一起, 通过超文本链接,用户可以从一个数据库直接 转入另一个数据库。 特点二:它把数据库和应用程序结合在一起。 如通过“Related sequence”工具,可以直接 找到与查询所得蛋白质序列同源的其它蛋白质。 查询得到的蛋白质三维结构,可以通过在用户 计算机上安装的Cn3D软件直接显示分子图形。
Pubmed新界面
五、PubMed检索规则
数据库结构
AB-Abstract LA-Language AD-Affiliation 第一责任者的工作单位、地址 AU-Author Name 著者姓名 ALL-All Fields Pubmed可供检索的全部字段 CY-Country PT-Publication Type DP-Publication Date SO-Source EDAT-Entrez Date TA-Journal Title Abbreviation GS-GeneSymbo TI-Title IS-ISSN UID-Unique Identifiers 备注:检索词[字段标识符] 如:[AB]、[TI]、[AD]
二、Entrez资源整合系统
Entrez是NCBI为广大生物研究人员提供的一个 基于文本的集成检索系统。通过该平台可以检 索到NCBI提供的28个数据库,这些数据库包括 文献数据库、DNA和蛋白质序列数据库、三维 蛋白质结构数据库、种群研究库、表达库、完 全人类基因组库、分类信息等。
二、Entrez资源整合系统
Entrez中各数据库的记录数
三、PubMed数据库简介
概况
PubMed检索系统由隶属于美国国立医学图书馆(NLM)的国家 生物信息中心(NCBI)于1997年推出的基于internet的免费 生物医学文献检索系统,是检索生物医学期刊论文的重要工 具,可免费检索MEDLINE、PREMEDLINE,部分记录还可链接到 全文。
注:如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配的词时,PubMed就将短语
五、PubMed基本检索规则
如: single cell 系统会自动将其分成两个词:single和 cell检索,其检索表达式为:“single AND cell ”。
五、PubMed基本检索规则
强制检索功能
• 强迫短语检索,在检索词上加双引号,将不执行自 动转换匹配和扩展检索.
检索结果保存方式 检索结果显示方式设置
高级检索界面
检索构建器
检索式编号
检索历史
检索出的篇数
检索时间
清楚历史检索式
Details
匹配过程
检索词 转换明细
系统经词汇自动转后的详细检索式
检索式
基本检索举例
1、查找转基因动物(Transgenic Animal)的基 因(genetics)的临床试验、meta分析和随机 对照试验方面的文献。 2、查找南京医科大学(NANJING MEDICAL UNIVERSITY)流行病学教研室沈洪兵在 Cancer Letters上发表的文章。
主题检索
• 《医学主题词表》是对生物医学文献进行主题分析、 标引和检索的权威性词表,它的作用是使医学文献的 主题标引和检索达到统一和一致,并指导用户高质量 地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题 词,告诉用户主题词如何使用,显示主题词之间的相 互关系。
基本概念
• 主题词表:PubMed采用的主题词表是美国国立 医学图书馆的医学主题词表(Medical Subject Headings,简称MeSH) 。 • MeSH :是美国国立医学图书馆编制的权威性主题 词表。它是一部规范化的可扩充的动态性叙词表。 美国国立医学图书馆以它作为生物医学标引的依据, 编制《医学索引》(Index Medicus)及建立计算 机文献联机检索系统MEDLINE数据库。《MeSH》汇 集约24,357多个医学主题词(2007年)。
• 副主题词:又称限定词(Qualifiers),与主题词进 行组配,对某一主题词的概念进行限定或复分,使 主题词具有更高的专指性。如诊断(Diagnosis, DI)、药物治疗(Drug Theray,DT)、血液供给 (Blood Supply,BS)等。正确选择副主题词也很 关键。例如肺发育不全,输入主题词“肺”后,在 副主题词菜单中选择“畸形”表示发育不全;再例 如,双子宫 ——用 子宫/畸形 检索。
• • • • • MeSH Translation table(MeSH转换表) Journals Translation table(刊名转换表) Phrase List(短语表) Author Index(著者索引) 检索词自动对照上述四个表中进行词语的匹配查询, 直到找到合适的词。
分开,再重复以上顺序单独分别查找,直到找到相匹配的词。如果仍 找不到匹配词,则用AND 将短语中的单个词连接起来在全部字段中查 找。
[PubMed-indexed for MEDLINE]
OLDMedline 收录1946-1965年的约200万条记录。没有摘要。
[PubMed-OLDMEDLINE for Pro1966]
四、PubMed数据库收录范围
In Process Citations(PreMedline)临时医 学文献数据库
输入检索词
检索结果
检索结果显示方式设置
检索结果按年度分析
相关检查
在题目中检索的结果
检索结果 的过滤与限定
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