PubMed数据库简介

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PubMed检索

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[PubMed-OLDMEDLINE]
二、PubMed数据范围
PubMed在不断增加新数据的同时,还会向数据库中追加更早 的数据,目前通过PubMed可查到的最早文献为1809年出版 的Medico-chirurgical transactions上的文献,且为免 费全文。 需要注意的是:In Process Citations和Publishersupplied Citations数据未标引主题词,因此使用主题词 检索只能查到Medline中的数据。
字段限定符:[],空格按词组来匹配 如 :Stem [ti] AND neuroscience 截词符:treat* treat treated treatment 查全同一概念的不同词性的变化
双引号:“ ”,表示对引号中的短语进行强迫词组检索。 检索词自动转换匹配功能关闭 对于专有名称和物质名称及缩写的检索时要加“”,提高查准 率。 例如“acute low back pain” “ang Ⅰ”(血管紧张素Ⅰ缩写)
③短语表(Phrase list)。
该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言 系统(UMLS: Unified Medical Language System)和补充概念(物质)名称 表[Supplementary Concept (Substance) Name]。 如果PubMed 系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词,就会查 找短词表。
二、PubMed数据范围
PubMed提供部分免费全文,包括① NLM开发的免费生 物医学数字化期刊全文数据库PubMed Central(PMC); ② 开放获取(Open Access, OA)期刊的文献; ③部分出版商提 供的免费期刊文献。

PubMed 数据库使用介绍

PubMed 数据库使用介绍

Copyright ©2006
Evidence Based Medicine Center,Lanzhou University
Copyright ©2006
Evidence Based Medicine Center,Lanzhou University
Copyright ©2006
Evidence Based Medicine Center,Lanzhou University
Evidence Based Medicine Center,Lanzhou University
Copyright ©2006
二、PubMed收录范围(1)
(一)MEDLINE
——全世界70多个国家和地区的4800余种生物医学期刊 ——自1966年至今数据1400万余条 ——内容每周更新一次,内容涉及医学、护理学、牙科学、兽医学、 卫生保健和前临床科学等。 ——标识[PubMed - indexed for MEDLINE] ——1950 年到1965年全世界生物医学期刊 ——目前数据大约200多万条 ——标识[PubMed - OLDMEDLINE for Pre1966] ——1996年8月开始增加该数据库,只提供基本的引文信息和文摘, ——每天更新,经过标引以后进入MEDLINE,并从PreMEDLINE 中删除这些记录。 ——标识[MEDLINE in process]
Copyright ©2006
Evidence Based Medicine Center,Lanzhou University
Copyright ©2006
2、主题检索(MeSH Database)
Evidence Based Medicine Center,Lanzhou University

Pubmed数据库

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MEDLINE数据库的标记码
(3)出版商提供的电子文献---[PubMed - as supplied by publisher]
(4)NCBI其它数据库的相关记录
Medline数据库
由出版商提供的检索记录
Premedline数据库
Pubmed identifier 本条数据在数据库中的 唯一标识号
所属的美国生物技术信息中心(NCBI
for Biotechnology Information)开发研制的网络文献 检索系统。由许多期刊出版商参与共建
PubMed特点: 1、资源丰富 2、强大的链接功能(LinkOut)可链接许多免费的全 文期刊可根据检中的二次文献直接在网上订购原文。 3、提供多种检索方式 4、提供多种显示格式 5、报道速度比MEDLINE更快,更新。
网络版——PubMed检索系统
美国《医学索引》印刷版
Index Medicus 简称IM,是美国国立医学图书馆 编辑出版的、世界上最负盛名的医学文献检索工具。 包括题录,文摘及部分全文。 美国《医学索引》内容包括: 基础医学、 职业卫生、 卫生管理、 营养卫生、 环境医学、 药理和药剂学、 临床医学、 护理学、 卫生保健、 齿科学、 情报学 兽医学
点击 精确查找
所检索的词本身不是主题词,但此页列 出了所有与其内容相关的主题词---《主题词字顺表》,可以从中选择自己 需要的主题词
Sugar diabetes
点击 精确查找
说明sugar diabetes这个 词组没被收入 主题词数据库
Diabetes mellitus
点击 精确查找
Diabetes mellitus
通过树状结构表的方法来确定主题词主要考察两点:

pubmed数据库检索ppt课件

pubmed数据库检索ppt课件

Web of Science
学科覆盖面较广,不仅限于医学 领域,还涵盖了工程技术、物理 、化学、社会科学等众多领域, 提供引文追踪和分析功能;
Google Scholar
搜索引擎性质,可以搜索到各种 类型的文献,包括学术论文、专 利、会议论文等,覆盖面广泛。
06
PubMed数据库检索应用案 例
临床疾病研究检索案例
总结词
临床疾病研究检索案例
详细描述
PubMed数据库在临床疾病研究方面具有广泛的应用,例如检索关于糖尿病、心 血管疾病、癌症等领域的最新研究成果。通过关键词、主题词、作者等检索条件 ,研究人员可以快速获取相关文献,为临床实践和研究提供科学依据。
药物研发检索案例
总结词
药物研发检索案例
详细描述
在药物研发过程中,PubMed数据库也发挥了重要作用。研究人员可以利用PubMed数据库检索新药 研发相关的文献,了解药物的作用机制、药效学和药代动力学等方面的信息。这有助于加速药物研发 进程,提高新药的成功率和效益。
基础医学研究检索案例
总结词
基础医学研究检索案例
详细描述
基础医学研究是医学领域的重要组成部分,而PubMed数据库在基础医学研究检索方面 也有广泛应用。例如,研究人员可以利用PubMed数据库检索基因、蛋白质、细胞等方 面的最新研究成果,了解生命科学领域的最新进展,为进一步的基础医学研究提供思路
和方向。
提供多种检索方式,支持 关键词、作者、标题等字 段的检索,同时支持高级 检索和模糊检索。
数据库发展历程
01
02
03
04
1996年
美国国家医学图书馆(NLM) 建立PubMed数据库,最初只 收录MEDLINE数据库中的文献。

一PubMed数据库简介-文档资料

一PubMed数据库简介-文档资料

四、PubMed的基本检索功能(一)
自动词语匹配
PubMed 能自动利用它的“自动词语匹配
”功能将重要的词语结合在一起,并将不 规范的词语转换成规范的用词。 如:输入vitamin c common cold,系统会将自动
转 换 成 (“ascorbic acid”[MeSH Terms] OR vitamin c[Text Word]) AND (“common cold”[MeSH Terms] OR common cold [Text Word]) 进行检索。这种处理能使检索结果更精 确和全面。
பைடு நூலகம்
四、PubMed的基本检索功能
词语检索及自动词语匹配 作者姓名检索 杂志名称检索 截词检索 短语检索 逻辑运算符检索
四、PubMed的基本检索功能(一)
词语检索及自动词语匹配
在检索框中键入一到多个检索词,按
“GO”键,即显示检索结果。 “clear” 按钮可以帮你清除查询框中的内容,然 后开始一个新的查询。
杂志名检索


在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写 形式,如:mol boil cell, 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码) 进行检索,如1059-1524。 Cell transplantation [ta]
PubMed辅助检索工具
Limits (限制功能) Preview/Index(预览/索引) History(检索史) Clipboard(剪贴板或文件夹) Details(明细栏)
Journal Browser-杂志浏览器
服务功能
•MeSH Browser-主题词浏览器 •Citation Matcher-在表格输入刊物的引文信息 来定位特定文章。 •Clinical Queries-与临床相关的疗法,诊断,病 因,预后

2网上医学数据库(pubmed)

2网上医学数据库(pubmed)

PubMed页面的结构
检索提问区相关数据库链接、 检索提问框 、辅助检索工具
辅 助 功 能 区
Entrez简介、 PubMed服务、 特有检索、相 关资源
检索提示区
对各项检索功能的简单描述
PUBMED中常用的字段
Tag Name Tag Name AB Abstract AD Affiliation AU Author TI Title CN Corporate Author DPPublication Date EDAT Entrez Date FAU Full Author Name GS Gene Symbol IP Issue IS ISSN JID NLM Unique ID LA Language UID Unique Identifier PMID PMID MH MeSH Terms MHDA MeSH Date PG Pagination PL Place of Publication PMID PubMed Unique Identifier PT Publication Type RF Number of References RN EC/RN Number SO Source TA Journal Title Abbreviation VI Volume
sore各种显示方式的Fra bibliotek要内容1、Summary 2、Brief 3、Abstract 4、Citation 5、MEDLINE
各种显示方式的主要内容
6、ASN.1 7、Text 8、Protein links——可显示链接到蛋白质数据库 相关蛋白质的超链。 9、Nucleotide links——可显示链接到核苷酸数 据库相关基因的超链。 10、Structure links——可显示链接到结构数据 库中相关结构的超链。 11、Genome links——链接到相关基因组。

pubmed数据库

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Entrez中集成的重要数据库
• • • • • • • • • • • • • • • Books 出版社提供之数字生物医学图书与医生参考书籍数据库 Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据 Conserved Domain Database(CDD),蛋白质功能区块保留序列数据库 3D Domains,蛋白质功能区块立体结构数据 Gene,包含许多物种的基因数据库 Genome,包含超过800种物种的基因组数据库 GENSAT,小鼠中枢神经系统基因表现图谱 GEO Datasets,基因表现实验与生物芯片数值结果数据 GEO Profiles,基因表现图谱 HomoloGene,同源基因批注数据库 Journals,期刊文献(包含PubMed) MeSH,医学主题词 NCBI Web Site,所有NCBI网页 NLM Catalog,美国国立医学图书馆馆藏目录 Nucleotide sequence database,核酸序列数据库(包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序 列数据库)
Entrez中集成的重要数据库
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM),孟德尔人类遗传疾病相关文献数据 库 • PopSet,族群演化分析相关研究资料 • Protein sequence database,蛋白质序列数据库(包含Swiss-Prot、PIR、PRF、 PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料) • PubChem BioAssay,化学成分之生物活性筛选资料 • PubChem Compound,小分子化学物质结构 • PubChem Substance,具生物活性之化学物质筛选数据 • PubMed,生物医学文献题录数据库 • PubMed Central,科学文献数字全文免费数据库 • Site Search,可搜寻NCBI的网页与FTP • SNP,单点核酸多样性数据库(dbSNP) • Structure,分子模型数据(MMDB) • Taxonomy,以核酸或蛋白质为基础的分类学信息 • UniGene,人类unique基因序列数据库 • UniSTS,unique序列卷标地址数据库

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自动转换匹配 在检索框中键入一个或多个英文单词(大写或小写 均 可),点击Search按钮,PubMed系统会自动在主题 词表,期刊名表,短语表及作者索引中查询与输入的词 相匹配的形式,这就是它特有的“自动词汇匹配功能”。 例如:检索肿瘤 (cancer)方面的文章。 在检索框中输入:“cancer”,再点击“Search” 按钮。 PubMed将自动地利用它的“自动词汇匹 配”功能将重要的词语结合在一起,并将不规范的词语 转换成MeSH词表中规范的用词进行检索,比如,检索 “cancer” 将自动转换为:"neoplasms"[MeSH Terms] OR "neoplasms"[All Fields] OR "cancer"[All Fields]
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生物工程122班
李菊秋、鞠文君、梁金姬、宋德涵
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PubMed简介 PubMed数据范围 认识新版PubMed PubMed检索方法 检索结果保存

一、PubMed简介
PubMed是美国国立医学图书馆(NLM)
的国家生物技术信息中心 (NCBI)开发的因特网生物医学信息检索系统。 收录1966年以来的包含医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统 及前临床科学的文献。这些数据来源于70多个国家和地区的4000 多种生物医学期刊。 NCBI的任务: 利用计算机信息处理技术,建立分子生物学、生物化学、遗 传学知识的自动存储和分析系统,并开展相关先进方法的研 究。 提供基因数据库、文献数据库、分子结构数据库、基因组等 30多个数据库检索。
比如:检索文章题目中含有高血压的中文文献 检索式:hypertension[ti] AND chi[la]
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  3. 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。

6
2.1 Basic Search & Advanced Search
A basic search for “microbubbles and breast cancer treatment”
精确检索(” ”)、截词检索(*, ?),运算符(AND, OR, NOT)均可用 自动转换功能:对于输入检索框中的非限定检索词系 统将依次到mesh词转换表、刊名转换表、短语表及作者索 引表中进行词语匹配。
– Full Text in other Database
2015/12/15
文献检索与论文写作
19
4. My NCBI
• 定题检索
• 注册后提供个性化服务 • 可保存检索策略并定期推送
2015/12/15
文献检索与论文写作
20
4. My NCBI
• Saving your searches • Saving your results • Filters
2015/12/15 文献检索与论文写作 2
PubMed收录范围
• 70多个国家近5000种主要生物医学期刊的 摘要和免费全文; • 1950年至今,包括预印本文献(Epub ahead of print)
2015/12/15
文献检索与论文写作
3
PubMed的使用
• 进入数据库
• 文献检索 • 检索结果处理 • My NCBI
2015/12/15 文献检索与论文写作 10
2.1 Basic Search & Advanced Search
RSS
定题推送 Save search 保存检索策略 Searching for Ahead of Print Citations 预印本检索:输入 pubstatusaheadofprint
文献检索与论文写作
12
2.2 MeSH Database
Subheadings and other features
如:measles outbreak statistics (麻疹爆发情况统计) 副主题词组配 是否加权 是否扩展
2015/12/15
文献检索与论文写作
13
2.3 Citation Matcher (引文匹配)
作用:输入题录信息,查找特定文献
如查找:王庭槐教授2003年发表在life sciences第73 卷第21期上文献的篇名、其他作者、页码等其他 信息。
Single Citation Matcher 单篇引文匹配
• 刊名要准确,缩写要标准, • 著者姓名大小写不敏感
2015/12/15 文献检索与论文写作 14
Searching by author
作者姓名输入格式:姓(全称)□名(首字母) 如:古练权 Gu LQ 黄民 Huang M 精确检索输入格式:“作者姓名”[au] “Huang M”[au] 2002年以后收录的文章可以按作者全名检索 Use Advanced Search
tags
2015/12/15
文献检索与论文写作
8
2.1 Basic Search & Advanced Search
Searching by author and subject
如:Dodick DW migraine(偏头痛)
输入 Dodick DW migraine
2015/12/15
文献检索与论文写作
9
2.1 Basic Search & Advanced Search
2015/12/15 文献检索与论文写作 4
1. Entering PubM)
PubMed
2015/12/15

文献检索与论文写作 5
2. Searching PubMed
2015/12/15
文献检索与论文写作
23
The end Thanks!
2015/12/15
文献检索与论文写作
17
3. Search Results
2015/12/15
文献检索与论文写作
18
3. Search Results
• See Abstracts • Full Text
– Free Full Text in PMC
– Full Text at Journal Site
2015/12/15
文献检索与论文写作
22
练习
2 利用pubmed数据库检索中山大学颜光美 教授2007年发表在Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine杂志上关于fibrinolytic enzyme的 一篇文献,请列举出2种检索方法。
2015/12/15 文献检索与论文写作 16
3. Search Results
• Display Settings • Send to • Filters
• • • • • • Results by year Related searches Titles with Full text Search details Recent activity
Searching by journal title
Use Basic Search:输入刊名全称、缩写或ISSN号 如:Journal of leukocyte biology、J leukoc biol、0741-5400 如刊名只有单个词或与主题词相同,刊名 后加字段标识符[ta] 如: gene therapy[ta]、science[ta]、cell[ta] Use Single Citation Use Journal Database Links to PubMed
2015/12/15 文献检索与论文写作 11
2.2 MeSH Database
Searching with the MeSH Database
如:chewing - mastication Links to PubMed
Links to PubMed – Major Topic (加权)
2015/12/15
• E-mail Alerts for Journals Articles
2015/12/15 文献检索与论文写作 21
练习
1 利用pubmed数据库检索关于施普善治疗 阿尔茨海默病的相关文献。要求写出检索 途径,检索策略,并列出两条检索结果题 录。(要求利用MeSH Database进行主题 检索,施普善:Cerebrolysin,阿尔茨海默 病:Alzheimer„s disease)
2015/12/15 文献检索与论文写作 15
2.4 Special Queries
• Clinical Queries
– Clinical Study Category – Systematic Reviews – Medical Genetics Searches
• Other Special Queries
• Basic Search & Advanced Search • MeSH (Medical Subheadings) Database
• Single Citation Matcher & Batch Citation Matcher
• Special Queries
2015/12/15
文献检索与论文写作
2.3 Citation Matcher (引文匹配)
Batch Citation Matcher 批量引文匹配
输入格式: journal_title|year|volume|first_page|author_name|your_key|
如: proc natl acad sci u s a|1991|88|3248|mann bj|P32022-1| proc natl acad sci u s a|1999|89|3271|gould se|P26261-1| res microbiol|1992|143|467|ivey dm|P25966-1| science|1987|235|182|palmenberg ac|P12296-2| eschatology|1993|12|22|public jq|C12233-2| virology|1993|193|492|hardy me|Q02945-1|
PubMed数据库简介及使用
于沛 中山大学图书馆 ypei@
PubMed数据库简介
• 免费生物医学文献检索系统;
• 书目索引摘要数据库;
• 美国国立医学图书馆(NLM)所属国家生 物技术信息中心(NCBI)开发; • 检索入口
如:输入 sleepwalking,系统自动转换为 ("somnambulism"[MeSH Terms] OR "somnambulism"[All Fields] OR "sleepwalking"[All Fields])
2015/12/15 文献检索与论文写作 7
2.1 Basic Search & Advanced Search
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