dna芯片氨基修饰方法
引物的设计及修饰
1.引物设计的基本原则是什么？引物设计的下列原则供您参考：1)引物最好在模板cDNA 的保守区内设计。
2)引物长度一般在15-30碱基之间。
3)引物GC含量在40%-60%之间，Tm值最好接近72℃。
4)引物3′端要避开密码子的第3位。
5)引物3′端不能选择A，最好选择T。
6)碱基要随机分布。
7)引物自身及引物之间不应存在互补序列。
8)引物5′端和中间△G值应该相对较高，而3′端△G值较低。
9)引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。
10)扩增产物的单链不能形成二级结构。
11)引物应具有特异性。
2.常用引物设计软件有哪些？常用的软件有Oligo6和Primer Premier5.0。
引物设计软件是根据引物设计的指导意见设计而成。
其实，PCR扩增的成败最关键的是反应模板的制备和反应条件的控制。
引物设计软件的缺点是，有时判断为该基因没有一段区域满足标准引物的要求。
金斯瑞为您提供以下引物设计相关软件：引物计算工具引物设计工具测序引物设计软件Real-time PCR引物设计软件3.文献上找到的引物和探针序列能否直接使用？通常国外的文献可信度比较高，可直接使用；但为了保险起见，最好用blast对引物探针的序列进行必要的验证；或者再进一步用引物设计软件对引物探针的二级结构和退火温度进行分析，这样更有利于您对整个实验的把握。
4.如何计算引物的Tm值？Tm值的概念：DNA熔解温度，指把DNA的双螺旋结构降解一半时的温度，亦即DNA变性过程中，紫外吸收值达到最大值的50%时的温度称为DNA的解链温度(Tm)。
金斯瑞采用以下方法计算Tm 值：长度为20mer及以下的引物，Tm计算公式为：Tm=4℃(G+C)+2℃(A+T)。
但这个公式只适用于14~20个碱基的引物，引物的TM值还与引物长度、碱基组成、引物使用缓冲溶液的离子强度等有关。
对于更长的寡聚核苷酸，Tm计算公式为：Tm=0.41(%of GC)–675/L+81.5注：L：引物碱基数；%of GC：引物GC含量；%of GC=GC个数/引物总碱基数5.常见的引物修饰的有哪些?修饰说明3)强烈建议用RNase-free的TE(pH8.0)buffer溶解探针，这样得到的探针溶液更稳定，保存时间更长。
生物芯片表面氨基硅烷化修饰
第 ２ ８卷 第 ５期 ２ ２年 ５月 ０１
无
机
化
学
学
报
Ｖｏ ．８ Ｎｏ５ １ ． ２ ９ ３９ ８ ５ —５
Ｃ Ｎ ＥＪ ＨＩ ＥＳ ０ＵＲＮＡＬ ＯＦ Ｉ Ｎ０ＲＧＡＮＩ Ｃ ＣＨＥＭＩ Ｔ Ｓ ＲＹ
生物芯片表面氨基硅烷化修饰
余 良春 １ 陈 奇 ２ 郎关东 ３ 叶邦策
Ｅ ｓ Ｃ ｉａＵ ｉｅｓｙｏ ｉ ｃ ａｔ ｈｎ ｎｖｒ ｔ ｆＳ ｅ ｅ＆ Ｔ ｃｎ ｌ ｙ Ｓ ａ ｇａ ２ ０ ３． ｈｎ） ｉ ｃ ｎ ｅｈ ｏ ｇ， ｈｎ ｈｉ ０ ２ ７ Ｃ ｉ ｏ ａ （ ｅａｔ ｎ ｏ ｎｒａ ｉ Ｍａ ｒ ｌ Ｅ ｔ ｈｎ ｎｖｒｔ Ｓ ｉ ｃ ２ ｐ ｒ ｔｆＩｏｇ ｃ ｔ ｉｓ ａ ｉａＵ ｉｅ ｉ ｏ ｃ ｎ ｅ＆ Ｔ ｃｎ ｌ ， ｈｎ ａ ２０ ３， ｈｎ） Ｄ ｍｅ ｎ ｅａ．ｓ Ｃ ｓｙｆ ｅ ｅｈｏｏ Ｓ ａｇ ｉ ０ ２ ７ Ｃ ｉ ｙ ｇ ｈ ａ
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DNARNA合成常见问题解答
DNA/RNA合成常见问题解答处理和保存1. 如何保存寡核苷酸?2. 如何重悬寡核苷酸?3. 如果寡核苷酸在室温中放置超过一星期，还可以使用吗?4. 荧光染料标记的寡核苷酸，在储存和使用过程中必须特殊处理吗?纯化和浓缩5. 如何定量合成的寡核苷酸?6. 如何通过紫外吸光度值来定量寡核苷酸?7. 如一个18个碱基的寡核苷酸包括3个dG,4个dC,5个dA和6个dT, OD值是0.7，那么它的量是多少?8. 如何计算寡核苷酸的分子量?9. 如何测定寡核苷酸的质量?10. 如何测定寡核苷酸的质量?11. 如何测定合成的寡核苷酸的Tm值?12. 为什么Bioneer提供的Tm值和我们的Tm值不同?13. 用什么方法调整寡核苷酸的浓度?14. 单位换算表合成与订购15. 如何合成寡核苷酸?16. 标准寡核苷酸结构17. Bioneer能合成的最长的寡核苷酸是多长?18. 当我预订50nmol的寡核苷酸，产品却不足50 nmol，为什么?19. 能合成出高百分比“G”的寡核苷酸吗?20. 能提供寡核糖核酸(RNA)合成吗?21. 合成的寡核苷酸在3' 或5'位有磷酸基吗?22. 简并引物及通用引物是什么?纯化方法23. 怎样纯化合成的寡核苷酸?24. 用于芯片分析的60 mer寡核苷酸如何被纯化呢?修饰寡核苷酸25. 修饰寡核苷酸26. 作为反义脱氧寡核苷酸的硫磷酰化寡核苷酸实验27. 怎样制备双链DNA?Q1. 如何保存寡核苷酸？↑TOP 通常，寡核苷酸应该-20℃保存，该温度下能稳定保存一年以上。
寡核苷酸在溶液中较为稳定，但易被污染的核酸酶降解，因此我们建议应干燥储存。
若要以溶液形式储存，最好将其分装在几管中分别保存，反复冻融会使寡核苷酸降解。
另外，酸性条件下，DNA会因为脱嘌呤作用而降解；碱性条件会使磷酸二酯键水解断裂。
Q2. 如何重悬寡核苷酸？↑TOP 为便于长期保存，我们建议使用TE缓冲液(10 mM Tris-HCl,1 mM EDTA, pH8.0)，而不用无菌水来溶解寡核苷酸。
玻片的氨基基团修饰的原理
玻片的氨基基团修饰的原理玻片的氨基基团修饰是一种常用的实验技术，在生物医学研究和实验室分析中起到非常重要的作用。
本文将介绍玻片的氨基基团修饰的原理及其在科研实验中的应用。
氨基基团修饰是一种将氨基基团引入材料表面的方法，通过在材料表面与氨基化试剂反应，将氨基基团引入到材料上。
这种修饰方法可以为材料提供氨基官能团，从而使其具有特定的化学性质和功能。
玻片是一种常用的实验室工具，广泛应用于细胞培养、荧光染色、蛋白质分析等实验中。
然而，玻片本身不具备特定的化学性质，不能直接与其他物质发生反应。
为了使玻片具有特定的化学性质和功能，研究人员常常需要对其进行修饰。
玻片的氨基基团修饰可以通过两种主要的方法来实现：一种是直接在玻片表面引入氨基官能团，另一种是在修饰剂中引入氨基官能团，然后将修饰剂与玻片表面发生反应。
这两种方法都可以实现玻片的氨基基团修饰，具体选择哪种方法取决于实验的要求和具体情况。
在进行玻片的氨基基团修饰时，需要选择合适的氨基化试剂。
常用的氨基化试剂包括氨基硅烷、氨基磺酸等。
这些试剂具有较高的反应活性和选择性，可以与玻片表面的羟基或硅基等官能团发生反应，引入氨基基团。
在实际操作中，首先需要将玻片进行清洗和干燥，以去除表面的杂质和污染物。
然后将氨基化试剂溶解在适当的溶剂中，将其涂覆在玻片表面。
随后，将涂覆了氨基化试剂的玻片置于适当的条件下，使其与玻片表面的官能团发生反应。
反应时间和温度的选择应根据具体的实验要求来确定。
玻片的氨基基团修饰可以赋予其特定的化学性质和功能，进而实现各种应用。
例如，在细胞培养中，修饰了氨基基团的玻片可以通过静电作用吸附细胞，使细胞在玻片上均匀生长。
在荧光染色中，修饰了氨基基团的玻片可以与荧光标记的抗体等分子发生共价结合，从而实现荧光染色反应。
在蛋白质分析中，修饰了氨基基团的玻片可以与蛋白质发生特异性的化学反应，从而实现蛋白质的固定和分析。
玻片的氨基基团修饰是一种常用的实验技术，可以赋予玻片特定的化学性质和功能，广泛应用于生物医学研究和实验室分析中。
氨基酸 n-甲基化策略
氨基酸 n-甲基化策略氨基酸n-甲基化是一种常见的化学修饰方式，在生物学研究中起着重要作用。
本文将介绍氨基酸n-甲基化的定义、分类、研究方法以及其在生物学中的应用。
氨基酸n-甲基化是指在氨基酸的氨基上添加一个甲基基团的化学修饰方式。
在生物体中，这种修饰方式常见于蛋白质和DNA上。
氨基酸n-甲基化主要发生在精氨酸和赖氨酸上，甲基化酶通过将甲基转移给氨基酸上的氨基，从而发生修饰。
根据甲基化的位置和数量，氨基酸n-甲基化可以分为单甲基化和多甲基化两种形式。
单甲基化指氨基酸上只存在一个甲基基团，多甲基化则指氨基酸上存在多个甲基基团。
在氨基酸n-甲基化中，最为常见的是精氨酸的单甲基化修饰。
氨基酸n-甲基化的研究方法主要包括质谱法、核磁共振波谱法和生物化学方法。
质谱法可以通过质谱仪对修饰后的氨基酸进行分析，确定甲基化的位置和数量。
核磁共振波谱法则可以对氨基酸样品进行高分辨的谱图分析，从而确定甲基化修饰的位置。
生物化学方法主要通过甲基化酶和探针分子进行体外甲基化反应，然后通过质谱法、核磁共振波谱法等手段进行检测和分析。
氨基酸n-甲基化在生物学中起着重要的作用。
首先，氨基酸n-甲基化可以影响蛋白质的功能和活性。
精氨酸的甲基化修饰常见于组蛋白，可以影响染色质的结构和转录调控。
此外，精氨酸的单甲基化修饰还与一些疾病的发生和发展相关，如癌症。
对氨基酸n-甲基化的研究有助于深入理解蛋白质功能的调控机制。
其次，氨基酸n-甲基化在DNA上的修饰也具有重要意义。
DNA的甲基化是一种常见的DNA修饰方式，与基因表达和遗传稳定性密切相关。
而氨基酸n-甲基化在DNA修饰中的作用则是较为新颖的研究方向。
目前，一些研究表明，氨基酸n-甲基化可能影响DNA的亲和性和结构稳定性，从而对基因表达产生影响。
这一领域的研究为我们进一步理解基因组功能提供了新的思路和方向。
综上所述，氨基酸n-甲基化是一种重要的生物化学修饰方式，在生物学研究中具有重要意义。
基因芯片的制作方法
3.5 原位合成法
操作平台
Affymetrix芯片的特点：
光导原位合成的寡核苷酸芯片 高密度的点阵技术 独特的PM-MM探针设计
1.光导原位合成原理
2.高密度的点阵技术
1平方厘米的面积至少可排列上百万个探针合成区（“点”)
3. Affymetrix独特的PM-MM探针设计
图3-11 PM-MM探针设计方案
手臂分子
特异性探针
探针分子与基片表面的作用方式
化学偶联：探针分子与基片表面活性基团发生化学 反应，生成新的共价键。
物理吸附：探针分子与基片表面通过次级键相连接。
3.4 点样仪及点样过程
接触式点样
非接触式点样
1. 接触式点样
点样针。 基本过程： 点样针接触探针溶液，通过浸润现象或毛细现象， 使液体转移到针尖或针的狭缝中。针尖再接触基片，样 品在基片上留下斑点，完成一次点样。
硫醇基修饰的玻片 环氧硅烷化修饰的玻片等
（1）氨基修饰的玻片
羟基
氨基
图3-3 APS修饰玻璃表面反应示意
（2）同型双功能偶联剂包被修饰的玻片
异硫氰基
对苯乙异硫氰酸
醛基
戊二醛
连接分子
手臂分子
特异性探针
（3）连接硫醇基修饰的玻片
硫醇基
图3-7 SMPB连接硫醇基核苷酸和氨基玻片
（4）环氧硅烷化修饰的玻片
不需要 寡核苷酸 约25nt 需要 不需要 高 高 需要
直接点样法
寡核苷酸，cDNA，基因组 DNA，蛋白等 不限制 不需要 需要 低 低
应用
基因表达，突变检测
基因表达，突变检测，CGH
3.2 芯片载体的制作
1. 常见的载体类型
氨基标记的DNA探针与荧光微球偶联反应
：取 6.25*（10*6）luminex羧基荧光微球，加入50微升的0.1mol/l MES,2ul 0.1mol/l氨基修饰的探针，混匀；加入两次2.5微升新鲜配置的10g/l的EDC溶液，室温避光反应各30分钟，然后离心3分钟（12000rpm),用1.0ml 0.02%的Tween 20和1.0ml的SDS(0.1%)各洗一次，震荡，离心，去上清，然后用MES重悬微球。
我的问题在于，Tห้องสมุดไป่ตู้een好像是作用于蛋白质的吧，比如在western-blot洗膜中，它可以洗掉非特异性的结合。SDS也是作用于蛋白质的吧
而我说的这个偶联反应，似乎没有蛋白质的参与。那么用Tween和SDS，到底它是用来洗什么的，原理是什么。
先谢谢各位了。
DNA修饰技术的基本原理及应用
DNA修饰技术的基本原理及应用随着科技的不断进步，DNA修饰技术正在成为生物科学的研究热点之一。
这项技术使用化学或生物学方法改变DNA分子本身的化学组成，从而改变DNA的功能。
这种改变可以是永久的，也可以是可逆的，它可以用于生物学、医学、农业、环境科学等领域。
DNA修饰的基本原理是改变DNA分子的化学结构，以及这些结构对DNA分子的物理性质的影响。
在DNA分子中，有许多化学基团可以被改变，包括氨基、甲基、羟基、磷酸酯键等。
这些基团的改变可以通过化学反应或酶催化来实现。
以下是一些常见的DNA修饰方法：1. 甲基化：DNA甲基化是DNA修饰中最常见的一种方式。
它是通过加入一个或多个甲基基团到DNA分子上来实现的。
这种修饰可以改变DNA分子的结构和功能，影响基因表达的方式等。
2. 磷酸化：磷酸化是DNA修饰中另一种常见的方式。
它是通过添加一个磷酸基团到DNA分子上来实现的。
这种修饰可以改变DNA分子的结构和功能，影响DNA复制和修复等过程。
3. 糖基化：DNA糖基化是通过在DNA分子上添加糖分子来实现的。
这种修饰可以影响DNA的稳定性、抗氧化性等性质。
DNA修饰技术的应用广泛，以下是一些常见的应用：1. 基因编辑：一些DNA修饰技术可以用来编辑基因序列，从而创建新的基因或修复已有的基因。
这种技术在治疗遗传疾病、肿瘤和其他疾病中有很大的潜力。
2. 基因表达：DNA修饰可以影响基因的表达方式，促进或抑制基因的表达。
3. DNA测序：DNA修饰可以对DNA测序的结果产生影响。
通过数据分析和解读，可以获取更准确的测序结果。
4. 毒理学研究：DNA修饰可以用于毒理学研究，了解各种化学物质对DNA的作用机制，促进新型的药物和毒理学相关研究的开展。
5. 免疫学研究：DNA修饰可以影响免疫细胞的功能，促进人类疾病的研究。
总之，DNA修饰技术是一种有潜力、多样化且广泛应用的技术。
它可以改变DNA分子的化学结构，从而改变DNA的功能。
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DNA芯片氨基修饰方法
导言
DNA芯片是一种高通量的分子生物学工具，它可以同时检测数千个DNA序列。
DNA 芯片的核心是由许多微小的探针组成的阵列，这些探针可以与待测样本中的DNA序列特异性地相互作用。
为了提高DNA芯片在生物学研究和临床诊断中的应用价值，研究人员对DNA芯片进行了多方面的改进和优化，其中之一就是氨基修饰方法。
本文将介绍DNA芯片氨基修饰方法的原理、流程和应用，并对其优缺点进行评述。
原理
氨基修饰是指在DNA芯片上引入含有氮原子的化合物，从而增加探针与待测样本中DNA序列的亲和性。
常见的氨基修饰方法包括胺基硅烷修饰、胺基聚合物修饰和胺基PEG修饰等。
胺基硅烷修饰
胺基硅烷修饰是通过在DNA芯片表面引入含有胺基硅烷官能团的化合物来实现。
这种方法的原理是，胺基硅烷官能团可以与DNA芯片表面的羟基或羧基反应，形成共价键。
修饰后的DNA芯片表面具有一定的亲和性，可以更好地捕获待测样本中的DNA序列。
胺基聚合物修饰
胺基聚合物修饰是通过在DNA芯片表面引入含有胺基聚合物的化合物来实现。
这种方法的原理是，胺基聚合物可以与DNA芯片表面上带有电荷的官能团相互作用，形成静电吸附。
修饰后的DNA芯片表面具有更高的亲和性和较强的静电吸附能力。
胺基PEG修饰
胺基PEG修饰是通过在DNA芯片表面引入含有胺基PEG（聚乙二醇）的化合物来实现。
这种方法的原理是，胺基PEG可以与DNA芯片表面上带有羧基或羟基等官能团相互作用，形成共价键或氢键。
修饰后的DNA芯片表面具有较高的亲和性和良好的稳定性。
流程
DNA芯片氨基修饰方法的流程如下：
1.准备DNA芯片：选择合适的DNA芯片，确保其表面干净无杂质。
2.制备修饰液：根据所选修饰方法，制备相应的修饰液。
例如，胺基硅烷修饰
可以使用含有胺基硅烷官能团的溶液。
3.修饰芯片表面：将制备好的修饰液均匀地滴在DNA芯片表面，并进行适当的
温度和时间处理，使修饰物与DNA芯片表面反应。
4.洗涤：用适当的洗涤缓冲液对修饰后的DNA芯片进行充分洗涤，去除未反应
的修饰物和杂质。
5.确认修饰效果：使用相关技术（如原子力显微镜、荧光染色等）对修饰后的
DNA芯片进行检测和确认。
应用
DNA芯片氨基修饰方法在生物学研究和临床诊断中具有广泛的应用价值。
生物学研究
在生物学研究中，DNA芯片氨基修饰方法可以提高DNA芯片对待测样本中DNA序列的敏感性和特异性，从而更准确地检测和分析目标DNA序列。
研究人员可以利用修饰后的DNA芯片进行基因表达谱分析、突变检测、SNP分型等研究，以揭示基因在生物体发育、疾病发生等过程中的作用机制。
临床诊断
在临床诊断中，DNA芯片氨基修饰方法可以用于早期疾病的筛查和诊断。
例如，在肿瘤早期诊断中，可以使用修饰后的DNA芯片来检测癌相关基因的突变和表达水平变化，从而为早期治疗提供依据。
此外，DNA芯片氨基修饰方法还可以应用于传染病的快速检测和药物敏感性测试等方面。
优缺点评述
DNA芯片氨基修饰方法具有以下优点：
•增加亲和性：氨基修饰可以增加DNA芯片与待测样本中DNA序列之间的亲和性，提高探针的特异性。
•提高灵敏度：修饰后的DNA芯片能够更好地捕获少量的目标DNA序列，提高检测的灵敏度。
•扩展应用范围：氨基修饰方法可以根据需要选择不同的修饰化合物，适应不同的研究和诊断需求。
然而，DNA芯片氨基修饰方法也存在一些缺点：
•实验条件要求较高：氨基修饰方法对实验条件的要求较高，如温度、时间等参数需要精确控制，以确保修饰效果和稳定性。
•成本较高：与传统DNA芯片相比，氨基修饰方法涉及到更多的试剂和操作步骤，增加了实验成本和工作量。
结论
DNA芯片氨基修饰方法是一种提高DNA芯片亲和性和灵敏度的重要手段。
通过胺基硅烷修饰、胺基聚合物修饰和胺基PEG修饰等方法，可以使DNA芯片表面具有更好的捕获能力和稳定性。
这种方法在生物学研究和临床诊断中具有广泛的应用前景。
尽管存在一些局限性，但随着技术的不断发展和改进，相信DNA芯片氨基修饰方法将为我们带来更多的机遇和挑战。