基因组学研究进展-华中科技大学研究生院
芸薹属A,B和C基因组之间关系研究进展
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人类基因组学的研究进展与应用前景展望
人类基因组学的研究进展与应用前景展望随着科技的快速发展，基因科学日益成为人们关注的热点。
基因是人类身体构成和功能实现的重要基础，而人类基因组学的研究侧重于对人类基因组的解析和理解，以期为疾病的治疗和个性化治疗提供更好的远景。
本文将重点介绍人类基因组学的研究进展和应用前景展望。
一、人类基因组学的研究进展人类基因组是指所有的DNA序列，包括编码基因和非编码区域。
通过大规模DNA测序技术以及计算生物学手段，可以对人类基因组进行全序列的解析和研究。
1. 基因组测序技术的不断升级随着高通量测序技术的快速发展，人类基因组的测序速度和质量得到了大幅度提高。
当代的测序技术已经从最初的Sanger测序逐渐演变到放大和直接测定人类基因组，其速度和精度显著提高。
同时，新一代基因组测序技术，如单分子测序、纳米孔高速测序、第三代基因组测序等，也在不断提高人类基因组学的研究效率。
2. 遗传学的深度研究人类基因组的变异是造成个体差异的主要原因之一，而遗传学研究着重于探究这些变异的原因和机制。
人类遗传学可以研究单基因遗传病、复杂疾病等遗传现象。
在单基因遗传病的研究方面，人类基因组学已取得了较大的进展，如囊性纤维化、癌症、唐氏综合征等疾病的致病基因已经鉴定或部分鉴定。
针对复杂疾病，人类基因组学的研究正层出不穷。
3. 高分辨率基因组学技术的发展基于大规模的基因单核苷酸多态性（SNP）基因芯片、CNV （Copy number variation，拷贝数变异）分析和基因关联分析（GWAS），人类基因组学可以实现更加高分辨率的基因组浏览，这对某些高频复杂疾病的发生有一定的研究意义。
此外，其他高通量技术的发展，如单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学和单细胞结构组学，也在向人类基因组学的精细化方向推进。
4. 基因编辑技术的突破CRISPR-Cas9是目前最常用的基因编辑技术之一，已被广泛应用于基因组工程和制药等领域。
通过“剪切-取代”或“剪切-关闭-注册”的原理，CRISPR-Cas9在基因组编辑方面具有极高的效率和精度。
基因组学的研究现状与未来发展趋势
基因组学的研究现状与未来发展趋势随着科技的不断进步和人们对基因的认识不断深入，基因组学成为了当今生命科学中备受瞩目的研究领域。
基因组学是研究染色体中基因组的组成、结构和功能，以及与人类疾病之间的关联性的科学。
本文将介绍基因组学的研究现状以及未来发展的趋势。
一、基因组学的研究现状在过去几十年中，基因组学得到了巨大的发展。
人类基因组计划（Human Genome Project）的成功完成，标志着基因组学研究进入了全新的时代。
现代基因组学的研究主要分为以下几个方面：1. 基因组测序基因组测序是基因组学的核心技术之一。
通过测定一个生物个体基因组的DNA序列，可以了解其中的基因和非编码DNA等信息，以及它们之间的相互作用。
近年来，新一代测序技术的发展大大提高了测序效率和准确性，降低了成本，为基因组学的研究提供了有力支持。
2. 功能基因组学研究功能基因组学研究致力于理解基因组中的各个元件（如蛋白质编码基因、非编码RNA、调控元件等）的功能和相互关系。
它通过基因的表达调控机制、基因间和基因内的相互作用等方面的研究，揭示了基因组的整体功能与调控网络。
3. 组学数据分析组学数据分析是基因组学研究中不可或缺的环节。
在大规模基因组测序等研究中，会产生大量的数据，如基因表达数据、DNA甲基化数据等。
通过对这些数据的整合和分析，可以揭示基因功能与调控的规律，发现与疾病发生发展相关的新的生物标志物。
二、基因组学的未来发展趋势基因组学在未来的发展中将面临一些新的机遇和挑战。
以下几个方面是基因组学未来发展的趋势：1. 单细胞基因组学传统的基因组测序技术往往是基于大量细胞的群体测序，忽略了个体细胞之间的差异。
而随着单细胞基因组学的发展，可以对单个细胞进行基因组测序和分析，揭示细胞间的异质性，这对于理解组织和器官的发育、功能和疾病起源具有重要意义。
2. 环境基因组学环境基因组学是基于基因组技术研究生物体与环境相互作用的学科。
它结合了生态学、地球科学等多学科的知识，通过对环境中DNA的测序和分析，揭示了微生物世界的多样性、功能和生态系统中的物质循环等信息。
基因组学研究的现状与未来方向
基因组学研究的现状与未来方向在科学技术快速发展的时代，人们对基因组学研究的兴趣也越来越高涨。
基因组学是研究基因组和基因在生物中的功能和相互关系的一门学科，基因组学的发展为我们了解人类生命的本质提供了基础。
本文将介绍基因组学研究的现状以及未来方向。
一、基因组学的发展现状随着基因测序和生物信息学等技术的不断发展，基因组学的研究也在不断扩展，现今涉及到基因组学的多个领域。
其中包括了基因组的测序和分析，基因组编辑和调节以及基于基因组的生物活性研究。
1. 基因组的测序和分析测序技术的不断进步，已经可以对大量的基因进行精准的测序，其中最受关注的就是全基因组测序（Whole genome sequencing，WGS）和全外显子组测序（Whole Exome sequencing，WES）技术。
这两项技术可以分别对整个基因组和基因组中编码蛋白质的外显子序列进行深度测序以获得大量的基因信息。
基因组测序技术不仅可以用来研究人类基因组，还可以用于生物多样性研究、进化分析以及种群基因学等领域的研究。
基因组测序技术的普及，使得生命科学研究者拥有了前所未有的数据，进而推动了基于大数据和人工智能的计算方法的发展。
这些计算方法可以深度挖掘基因数据，并发现潜在的基因-表型（Phenotype）相关性关系和基因-基因（Gene-gene）互作关系等，提高了科研者们研究基因的效率和深度。
2. 基因组的编辑和调节基因组编辑和调节是通过改变基因组序列或基因的表达，来研究基因在生物体中的功能和相互关系。
这其中，最广泛应用的是基因组编辑技术CRISPR-Cas9技术，CRISPR-Cas9技术可以非常精准地改变目的基因序列，进而研究基因在生物体中的功能。
此外，还有一种基于基因编辑的方法，叫做TAL-OR技术，通过改变基因的调节区间，来改变基因的表达量。
这种方式有助于我们更深入地研究基因与表型之间的关系。
3. 基于基因组的生物活性研究基因组学的研究不仅带来了基础研究的进展，也拓宽了生物科技的发展道路。
基因组学和表观基因组学的研究进展
基因组学和表观基因组学的研究进展在最近的几十年里，基因组学和表观基因组学已经成为了生物科学的两个前沿领域。
这两个领域的研究不仅能够深入了解生命系统的构成和调控，还能够为人类健康、环境保护等问题提供有益的信息和建议。
本文将探讨基因组学和表观基因组学的研究进展及其前景。
1. 基因组学基因组学是一门致力于研究生物体所有基因（基因组）及其功能、结构和组织方式的学科。
随着科技的迅猛发展，人们已经能够直接获取和分析基因组数据，这使基因组学的研究向更高层次和广度推进。
目前，基因组学在人类基因组计划（HGP）等重大项目的带动下，取得了一系列有影响力的研究成果。
1.1 基因组广度分析人类基因组计划是基因组学研究的里程碑和标志性事件。
这个计划于1990年开始，历时13年，旨在将人类的基因组序列测定并进行比较。
它的完成为基因组学全球的迅速发展奠定了重要基础。
此外，还有African Genome Variation Project（AGVP）等的精度推动基因组学研究的进展。
近年来，随着测序成本的下降，越来越多的生物体的基因组被测序，如草履虫、温血动物、爬行动物、鱼类、昆虫、植物等，基因组研究的广度也随之提高。
同时，研究人员也更注重不同物种之间基因组的比较和分析。
例如，采用发育基因组学或不同物种的互补基因组学方法，可以寻找出物种间的遗传变异和动态变化，这对于理解物种间的进化关系和适应性有着重要的意义。
1.2 基因组深度分析基因组广度研究尚不能直接显示所有基因的功能。
深度研究分子机制、细胞生物学、生物化学等领域，则能为判断基因功能提供更为直接的证据。
大量的研究表明，同样的基因在不同组织和环境中可能具有不同的表达方式，也可能受到不同的调控机制的影响。
基因组深度研究的代表性进展之一就是造出了大规模基因微阵列。
大规模基因微阵列允许同时检测成千上万个基因的表达。
这将大大缩短了研究的时间，并在分子生物学、组织学、药理学和生物信息学等领域中有了广泛应用。
基于连锁不平衡的标签SNP预测
华中科技大学硕士学位论文基于连锁不平衡的标签SNP预测姓名：方哲翔申请学位级别：硕士专业：生物信息技术指导教师：周艳红20071110华中科技大学硕士学位论文摘要单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)是人类基因组中最丰富的遗传变异，占人类基因组遗传多态性的90%以上。
基因组上的SNP位点及其相应单体型的信息已经广泛地应用于疾病易感基因定位和药物基因组学研究。
近来研究表明，许多SNP位点间存在着一定的关联性，小规模的SNP位点—标签SNP（tagSNP）就可以提供全体SNP的遗传模式信息。
将标签SNP位点应用于复杂遗传疾病以及药物反应的关联分析中，可以极大地减少SNP基因分型的费用，提高关联分析的效率。
因此，如何有效地预测标签SNP已经成为当前生物信息学领域的研究热点之一。
为此，开展了标签SNP预测的相关研究。
针对SNP基因型数据集，开发了基于连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）的标签SNP预测程序tagSNPPRE。
首先以SNP序列中成对SNP间的连锁不平衡为基础，划分模糊单体域（haplotype block）；并使用贪心穷举的混合算法预测出所有候选标签SNP集；再融合单个SNP位点的基因型分型率（%genotype）、最小等位基因频率（MAF）以及哈迪-温伯格平衡P值（HWPval）三个统计特征对所有候选标签SNP集进行筛选，最终得出最佳的标签SNP集。
在广泛使用的基因型数据集上进行测试，测试结果显示tagSNPPRE具有较好的预测效果。
为了方便标签SNP相关新特征的挖掘和发现，初步构建了本地二级数据库—SNP数据库。
以国际知名的数据库dbSNP作为数据来源，对dbSNP数据库进行了分析和处理，完成了SNP数据库的初步构建工作，并提供SNP查询服务。
关键词：单核苷酸多态性; 标签SNP; 连锁不平衡; 单体域; 单体型华中科技大学硕士学位论文AbstractSingle nucleotide polymorphism (SNP) is the most common type of genetic variants in human genome，taking up more than 90% of human genetic polymorphisms. SNPs and haplotypes in the human genome have been widely used in the identification of disease-associated genes and the study of pharmacogenomics. Recent studies have revealed that many SNPs are strongly correlated, which makes it feasible to choose a small amount of SNPs that contain almost the entire genetic model information. The use of tagSNPs can greatly reduce genotyping expense and is promising to improve the effect of association studies. Therefore, how to effectively predict the tagSNP has become one of the most important studies in the field of Bioinformatics, and a study of tagSNP prediction is presented.A computational program tagSNPPRE is developed to predict tagSNPs on the genotype dataset. First, it partitions the haplotype blocks based on linkage disequilibrium of pairwise SNPs and uses the greedy exhaustive hybrid approach to work out all the potential tagSNP sets. Then it predicts the best tagSNP set out of potential tagSNP sets using three statistical features(%genotype、MAF and HWPval). Testing results on the widely used genotype dataset demonstrate that tagSNPPRE has better prediction accuracy.In order to mine new features for the prediction of tagSNPs, a secondary local SNP database is preliminarily constructed. The SNP database is built based on the information and biological data provided by the famous database dbSNP. The downloaded primary data is analyzed and processed, and then is successively shifted into local database for further research. The preliminary construction of SNP database has finished, and then the search service has been provided.Key words: single nucleotide polymorphism; tagSNP; linkage disequilibrium;haplotype block; haplotype独创性声明本人声明所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。
中国先天性心脏病患者TBX1基因突变的研究
华中科技大学硕士学位论文中国先天性心脏病患者TBX1基因突变的研究姓名：黄莹申请学位级别：硕士专业：儿科指导教师：金润铭20070501华中科技大学硕士学位论文中国先天性心脏病患者TBX1基因突变的研究华中科技大学同济医学院附属协和医院儿科硕士学位申请者：黄莹导师：金润铭教授中文摘要目的 22q11.2微缺失综合征（22q11.2 deletion syndrome，22q11DS）是人类最常见的微缺失综合征，以心脏畸形、颅面畸形、胸腺发育不良、低钙血症、认知和精神异常等为主要表现。
其中，心脏畸形因为较高的发生率以及作为致死的主要原因受到研究者的重视。
近年的研究表明，Tbx1是22q11.2微缺失综合征最重要的候选基因，其在心血管发育过程中起重要作用。
我们通过聚合酶链反应-单链构像多态性(PCR-SSCP)技术检测中国先天性心脏病患者TBX1基因突变的情况，以探讨TBX1基因突变与非综合征心脏畸形发生的相关性。
方法 应用聚合酶链反应-单链构像多态性(PCR-SSCP)技术对73例先天性心脏病患者和70例健康人样本的TBX1基因进行突变分析。
（1）常规酚氯仿法从73例先天性心脏病患者和70例健康人的外周血中提取基因组DNA；（2）聚合酶链反应(PCR)分别扩增TBX1基因编码区内的各个外显子；（3）应用单链构像多态性(SSCP)技术检测PCR产物；（4）对SSCP发现改变的PCR产物进行测序；（5）采用χ2检验确定TBX1核苷酸变异的频率差异。
结果 先天性心脏病患者和正常对照组中均检测到928G→A核苷酸变异和933A→G 核苷酸变异。
73例先天性心脏病患者中存在1例纯合928G→A核苷酸变异，8例杂合928G →A核苷酸变异（其中有2例伴有杂合933A→G核苷酸变异），23例纯合933A→G核苷酸变异，2例杂合933A→G核苷酸变异（即为上述伴杂合928G→A核苷酸变异者）。
正常对照组中存在4例杂合928G→A核苷酸变异（其中有2例伴有杂合933A→G核苷酸变异），22例纯合933A→G核苷酸变异，2例杂合933A→G核苷酸变异（即为上述伴杂合928G→A 核苷酸变异者）。
基因组学研究在生物学中的意义与前沿领域
基因组学研究在生物学中的意义与前沿领域基因组学是研究生物体基因组的科学，它的出现为生物学领域带来了巨大的突破和进展。
通过对基因组的研究，我们能够更好地理解生物体的遗传信息、进化历程以及与环境的相互作用。
本文将探讨基因组学研究在生物学中的意义和一些前沿领域。
首先，基因组学的研究使我们能够深入了解生物体的遗传信息。
基因组是生物体所有基因的总和，它包含了决定生物体性状和功能的遗传密码。
通过对基因组的测序和分析，我们可以识别出生物体的基因组成，并了解每个基因的功能和相互关系。
这为我们解析生物体的遗传机制提供了重要的线索，有助于我们更好地理解生物体的发育、生长和繁殖过程。
其次，基因组学的研究有助于揭示生物体的进化历程。
基因组是生物体进化的结果，通过对不同物种基因组的比较，我们可以了解它们之间的遗传关系和演化轨迹。
基因组学研究揭示了不同物种之间的共同祖先和分支演化关系，为我们理解生物多样性和进化机制提供了重要的依据。
例如，通过对人类基因组的研究，我们发现人类与其他灵长类动物之间的遗传相似性，从而证实了人类与其他灵长类动物的共同进化起源。
此外，基因组学的研究还有助于探索生物体与环境的相互作用。
基因组是生物体对环境变化做出反应的基础，通过对基因组的研究，我们可以了解生物体对环境刺激的适应机制和响应方式。
例如，通过对植物基因组的研究，我们可以了解植物对干旱、盐碱等逆境的适应机制，有助于培育耐旱、耐盐等抗逆性强的作物品种，从而提高农业生产效益。
此外，基因组学的研究还涉及一些前沿领域，如基因编辑和人类基因组学。
基因编辑是指通过技术手段对基因组进行精确的编辑和修饰，以改变生物体的性状和功能。
这项技术的出现引发了巨大的关注和争议，它有望用于治疗遗传性疾病、改善农作物品质等领域。
人类基因组学是指对人类基因组的研究，它涉及人类遗传信息的解读、疾病的基因诊断和个性化治疗等方面。
人类基因组学的发展为医学研究和临床实践带来了巨大的变革和希望。
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生命科学与技术学院
国际一流水平研究生课程简介
1978-1984 华中师范大学生命科学院学士学位硕士学位
研究领域：
主要从事麦类作物品质基因分离、作物品质蛋白基因结构与功能关系、基因表达调控研究。
首次获得了能正确表达外源品质基因，明显提高面筋强度的转基因硬粒小麦；提出了小麦品质构成的分子机制与终产品特性关系模型。
论文与获奖情况（截止2009年3月）：
先后主持了国家转基因生物新品种培育重大专项、“863”计划项目、“973”研究项目子课题、国家自然科学基金、中英国际合作项目等二十余项国家级和国际合作课题，发表研究论文二百余篇。
指导的博士生（姚琴）被选为我国2007年出席诺贝尔奖获得者大会人选并出席了德国林岛的会议。
主参编《植物基因工程》等专著6部。
由于在科学研究和国际科技合作方面取得的成绩，他组建和领导的实验室于2007年受科技部委托成功主持了中欧科技年暨中欧植物生物技术学术研讨会(武汉)；实验室于2008年被科技部授予国际科技合作基地（基因工程）称号；2008年实验室被国家重大专项办公室直接委托为首批“转基因生物新品种培育”重大专项任务承担单位。
2001年被聘为华中科技大学校特聘教授
2003年入选教育部跨世纪优秀人才
2004年被评为湖北省优秀研究生导师
2005年获华中科技大学优秀共产党员称号
2005年获湖北省优秀指导教师奖
2006年获国务院特殊津贴
Syllabus of World-class Graduate Courses in。