核酸电泳常见问题及解决方案
琼脂糖凝胶电泳常见问题解答
琼脂糖凝胶电泳常见问题解答核酸分子是两性解离分子，在高于其等电点的电泳缓冲液中，其碱基不解离，而磷酸基团全部解离，核酸分子因而带负电荷，电泳时向正极迁移。
琼脂糖主要从海洋植物琼脂中提取而来并经糖基化修饰，为一种聚合链线性分子，使用琼脂糖凝胶作为电泳支持介质，发挥分子筛功能，使得大小和构象不同的核酸分子的迁移率出现较大差异，从而达到分离的目的。
琼脂糖凝胶电泳操作简单、快速，通过调整其使用浓度，使得分辨率达到大多数实验的要求，因此成为分离、鉴定、纯化核酸分子的常用方法。
但操作过程中仍有不少要注意的问题。
1 凝胶制作1．1 凝胶浓度配制凝胶的浓度据实验需要而变，一般在0．8％～2．0％之间，如果一次配制凝胶100 ml，没用完的凝胶可以再次融化，但随着融化次数的增加，水分丢失也越多，凝胶浓度则会越来越高，导致实验结果不稳定，补水办法：一是在容器上标记煮胶前的刻度，煮胶后补充相应的水分至原刻度；二是在煮胶前称重，煮胶后补充水至原重量。
粗略一点的方法是通过多次较恒定的煮胶条件得出一个经验补水值。
以保证凝胶浓度基本维持在原浓度。
核酸染色剂溴化乙锭(ethidium bromide)可加在融化的琼脂糖中，终浓度为0．5 t*g ／ml；也可在电泳结束后染色。
1、2 梳板的选用一般每个制胶模具均配有多个齿型不同的梳板，梳齿宽厚，形成的点样孑L容积较大，用于DNA 片段回收实验等；相反，梳齿窄而薄，形成的点样孑L容积就较小，用于PCR产物、酶切产物鉴定等。
梳板的选择主要是看上样量的多少而定，一般来说，上样量小时尽量选择薄的梳板制胶，此时电泳条带致密清晰，便于结果分析。
另外，每次制胶时都要注意梳齿与底板的距离至少要1 mm，否则，拔梳板时易损坏凝胶孑L底层，导致点样后样品渗漏。
当然，点样孑L的破坏还与拔梳板的时间和方法有关，一般凝胶需冷却30 min以上方可拔梳板，应急的情况下可以将成型的凝胶块放4℃冰箱中冷却15 min 左右，拔梳板的方法是将制胶槽放置在电泳槽中的电泳缓冲液中，然后垂直向上慢慢用力，因为有液体的润滑作用，梳板易拔出且不易损坏点样孑L。
PCR操作中常见问题一览与解决方案
PCR常见问题总汇PCR产物的电泳检测时间一般为48h以内，有些最好于当日电泳检测，大于48h后带型不规则甚致消失。
假阴性，不出现扩增条带PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量及，④PCR 循环条件。
寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。
模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有Taq酶抑制剂，③模板中蛋白质没有消化除净，特别是染色体中的组蛋白，④在提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。
⑤模板核酸变性不彻底。
在酶和引物质量好时，不出现扩增带，极有可能是标本的消化处理，模板核酸提取过程出了毛病，因而要配制有效而稳定的消化处理液，其程序亦应固定不宜随意更改。
酶失活：需更换新酶，或新旧两种酶同时使用，以分析是否因酶的活性丧失或不够而导致假阴性。
需注意的是有时忘加Taq酶或溴乙锭。
引物：引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称，是PCR失败或扩增条带不理想、容易弥散的常见原因。
有些批号的引物合成质量有问题，两条引物一条浓度高，一条浓度低，造成低效率的不对称扩增，对策为：①选定一个好的引物合成单位。
②引物的浓度不仅要看OD值，更要注重引物原液做琼脂糖凝胶电泳，一定要有引物条带出现，而且两引物带的亮度应大体一致，如一条引物有条带，一条引物无条带，此时做PCR有可能失败，应和引物合成单位协商解决。
如一条引物亮度高，一条亮度低，在稀释引物时要平衡其浓度。
③引物应高浓度小量分装保存，防止多次冻融或长期放冰箱冷藏部分，导致引物变质降解失效。
④引物设计不合理，如引物长度不够，引物之间形成二聚体等。
Mg2+浓度：Mg2+离子浓度对PCR扩增效率影响很大，浓度过高可降低PCR扩增的特异性，浓度过低则影响PCR扩增产量甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带。
反应体积的改变：通常进行PCR扩增采用的体积为20ul、30ul、50ul。
或100ul，应用多大体积进行PCR扩增，是根据科研和临床检测不同目的而设定，在做小体积如20ul 后，再做大体积时，一定要模索条件，否则容易失败。
PCR常见问题分析及对策
PCR反应常见问题汇总（转自tiangen）----PCR常见问题分析及对策1.PCR产物的电泳检测时间一般为48h以内，有些最好于当日电泳检测，大于48h后带型不规则甚致消失。
2.假阴性，不出现扩增条带PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备，②引物的质量与特异性，③酶的质量及，④PCR 循环条件。
寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。
模板：①模板中含有杂蛋白质，②模板中含有Taq酶抑制剂，③模板中蛋白质没有消化除净，特别是染色体中的组蛋白，④在提取制备模板时丢失过多，或吸入酚。
⑤模板核酸变性不彻底。
在酶和引物质量好时，不出现扩增带，极有可能是标本的消化处理，模板核酸提取过程出了毛病，因而要配制有效而稳定的消化处理液，其程序亦应固定不宜随意更改。
酶失活：需更换新酶，或新旧两种酶同时使用，以分析是否因酶的活性丧失或不够而导致假阴性。
需注意的是有时忘加Taq酶或溴乙锭。
引物：引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称，是PCR失败或扩增条带不理想、容易弥散的常见原因。
有些批号的引物合成质量有问题，两条引物一条浓度高，一条浓度低，造成低效率的不对称扩增，对策为：①选定一个好的引物合成单位。
②引物的浓度不仅要看OD 值，更要注重引物原液做琼脂糖凝胶电泳，一定要有引物条带出现，而且两引物带的亮度应大体一致，如一条引物有条带，一条引物无条带，此时做PCR有可能失败，应和引物合成单位协商解决。
如一条引物亮度高，一条亮度低，在稀释引物时要平衡其浓度。
③引物应高浓度小量分装保存，防止多次冻融或长期放冰箱冷藏部分，导致引物变质降解失效。
④引物设计不合理，如引物长度不够，引物之间形成二聚体等。
Mg2+浓度：Mg2+离子浓度对PCR扩增效率影响很大，浓度过高可降低PCR扩增的特异性，浓度过低则影响PCR扩增产量甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带。
反应体积的改变：通常进行PCR扩增采用的体积为20ul、30ul、50ul。
双向聚丙烯酰胺凝胶电泳中的问题及其解决方法
双向聚丙烯酰胺凝胶电泳是一种在两个方向上进行电泳分离的技术，通常用于核酸和蛋白质的分析。
在进行这种电泳过程中，可能会遇到一些问题。
以下是一些常见问题及其可能的解决方法：
1.电泳带模糊或不清晰：
-可能原因：
-样品质量不纯。
-缓冲液配制有问题。
-电场均匀性差。
-解决方法：
-使用纯净的、高质量的核酸或蛋白质样品。
-重新配置新鲜的缓冲液。
-检查电场均匀性，确保电场平均分布。
2.电泳速度过快或过慢：
-可能原因：
-电流设置不当。
-缓冲液浓度不正确。
-解决方法：
-调整电流，确保在设备规定的范围内。
-检查并重新配置适当浓度的缓冲液。
3.电泳带变形或扭曲：
-可能原因：
-样品加载不均匀。
-凝胶浓度选择不当。
-解决方法：
-确保样品加载均匀，使用适当的体积和加载方法。
-重新制备适当浓度的凝胶。
4.电泳凝胶干燥或开裂：
-可能原因：
-凝胶聚合物浓度太高。
-电泳室湿度不足。
-解决方法：
-降低凝胶聚合物的浓度。
-提高电泳室的湿度，可以考虑使用湿度控制设备。
5.样品负载量过多或过少：
-可能原因：
-样品量测量错误。
-样品浓度过低。
-解决方法：
-确保准确测量样品量。
-调整样品的浓度，确保在电泳中可以产生明显的带。
在实验过程中，及时记录实验条件和参数，有助于更容易地识别和解决问题。
如果问题持续存在，建议向实验室同事、导师或相关领域的专家寻求帮助。
电泳常见问题及处理方法
电泳常见问题及处理方法电泳是一种常用于分离生物分子的实验技术，但在实验过程中常常会遇到一些问题。
以下是电泳实验中常见问题及相应的处理方法：**1. ** 电流不稳定或电流为零：- **可能原因：** 电源故障、电极接触不良、电极泄露或电极材料老化。
- **处理方法：**-检查电源设备，确保其正常工作。
-检查电极接触情况，确保良好接触。
-替换老化的电极材料。
**2. ** 样品移动过快或过慢：- **可能原因：** 缓冲液浓度、电场强度、电泳时间等因素影响。
- **处理方法：**-调整缓冲液的浓度，确保适当的离子浓度。
-调整电场强度。
-控制电泳时间，确保合适的分离时间。
**3. ** 电泳带模糊或扩散：- **可能原因：** 样品浓度过高、电场强度过大、电极材料老化等。
- **处理方法：**-减少样品浓度。
-降低电场强度。
-更新电极材料。
**4. ** 电泳带畸变：- **可能原因：** 缓冲液PH值不合适、电极材料污染、样品准备不当等。
- **处理方法：**-调整缓冲液PH值。
-清理电极材料。
-重新准备样品。
**5. ** 电泳槽泄露：- **可能原因：** 电泳槽密封不良、槽体老化等。
- **处理方法：**-检查槽体密封情况。
-更换老化的槽体。
**6. ** 电泳带粘在电极上：- **可能原因：** 电极表面污染、电场强度过大等。
- **处理方法：**-清理电极表面。
-降低电场强度。
**7. ** 电泳结束后凝胶上有色斑：- **可能原因：** 染色不充分、凝胶中存在异物等。
- **处理方法：**-加强染色过程。
-小心操作，避免在凝胶中引入异物。
**8. ** 凝胶破裂：- **可能原因：** 凝胶制备不当、电场强度过大等。
- **处理方法：**-仔细制备凝胶，确保无气泡。
-降低电场强度。
电泳实验中出现问题时，及时采取正确的处理方法是确保实验成功的关键。
通过检查设备、调整实验条件和注意样品制备，可以有效避免或解决电泳过程中的常见问题。
电泳常见问题
Marker参考见解：marker有时会出现这样的问题,应该是时间久了。
新买时跑胶在点样孔没有,过一段时间就会在点样孔出现亮点。
也可能是蛋白，有时DNA提的不纯含有蛋白时就会出现上样孔有条带的现象琼脂糖凝胶电泳检测DNA时,跑出的带后面出现拖尾现象,什么原因造成的?参考见解：DNA带模糊??：1、DNA降解??避免核酸酶污染。
2、DNA上样量过多??减少凝胶中DNA上样量。
3、所用电泳条件不合适??电泳时电压不应超过20V/cm，温度＜30℃,巨大DNA链，温度应＜15℃，核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力。
4、DNA样含盐过高??电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。
5、有蛋白污染??电泳前酚抽提去除蛋白。
6、DNA变性，?电泳前勿加热，用20mM NaCl缓冲液稀释DNA。
将从组织提取的DNA进琼行脂糖凝胶电泳，用的1.5%的胶加了EB，80V跑1小时，溴酚蓝已经跑到头了，在紫外灯观察什么带也没有，只见孔里面有橘红色的亮光。
好象没跑出来，是怎么回事？参考见解：1、根据目的条带长度来调整凝胶浓度，一般1.5％左右，也不一定。
2、紫外灯下没见带，不一定没有出孔，而是量少看不到，可以测一下浓度看一下，或直接试跑一下PCR。
3、最好加一个marker孔，尤其你第一次跑胶时。
4、电泳时间可能过长，一般75v×30min左右，但是具体看溴酚蓝的离孔距离和目的条带离孔距离。
怎样根据目测条带亮度来判断DNA浓度？参考见解：1、跑胶时候marker 可以加成定量marker，如1kb、100bp等marker，按说明书的量上样电泳，如加500ng量的DNA marker，电泳完毕后，就可将目的DNA条带和MARKER 条带的亮度做个大致的比较，找出两者最接近亮度的条带。
因为marker的各条带都已知所含的DNA浓度（说明书中详细注明），因此根据条带的亮度、大小大致就可推测目的DNA的浓度。
2、在通过目测DNA浓度的时候，最好要把加样量设一个梯度，比如从0。
DNA电泳常见问题分析
D N A电泳常见问题分析The final revision was on November 23, 2020DNA电泳常见问题凝胶电泳操作注意事项1、琼脂糖：不同厂家、不同批号的琼脂糖，其杂质含量不同，影响DNA的迁移及荧光背景的强度，应有选择地使用。
2、凝胶的制备：凝胶中所加缓冲液应与电泳槽中的相一致，溶化的凝胶应及时倒入板中，避免倒入前凝固结块。
倒入板中的凝胶应避免出现气泡，以免影响电泳结果。
3、电泳缓冲液：为保持电泳所需的离子强度和pH，应经常更新电泳缓冲液。
4、样品加入量：一般情况下，宽的梳子可加μg的DNA量,加样量的多少依据加样孔的大小及DNA中片段的数量和大小而定.当加样孔大时,样品上样量应相应加大,否则会造成条带浅甚至辨认不清;反之则应适当减少加样量，但是上样量过多会造成加样孔超载，从而导致拖尾或弥散，对于较大的DNA此现象更明显。
5、DNA样品中盐浓度会影响DNA的迁移率，平行对照样品应使用同样的缓冲条件以消除这种影响。
6、DNA迁移率取决于琼脂糖凝胶的浓度，迁移分子的形状及大小。
采用不同浓度的凝胶有可能分辩范围广泛的DNA分子，制备琼脂糖凝胶可根据DNA分子的范围来决定凝胶的浓度。
小片段DNA的检测应采用聚丙烯酰胺凝胶电泳，以提高分辨率。
7.选择的实验材料要新鲜，处理时间不易过长。
8.在加入细胞裂解缓冲液前，细胞必须均匀分散，以减少DNA团块形成。
9. 提取的DNA不易溶解：不纯，含杂质较多；加溶解液太少使浓度过大。
沉淀物太干燥，也将使溶解变得很困难。
10. 电泳检测时DNA成涂布状：操作不慎；污染核酸酶等。
11.分光光度分析DNA的A280/A260小于；不纯，含有蛋白质等杂质。
在这种情况下，应加入SDS至终浓度为%，并重复步骤2～8。
12.酚/氯仿/异戊醇抽提后，其上清液太黏不易吸取：含高浓度的DNA，可加大抽提前缓冲液的量或减少所取组织的量DNA电泳常见问题分析之一1 请问配制聚丙烯酰胺凝胶电泳胶时，促凝的是TEMED还是过硫酸铵胶聚时间很长如何解决过硫酸铵提供驱动丙烯酰胺和双丙烯酰胺聚合所需的自由基，而TEMED通过催化过硫酸铵形成自由基而加速它俩的聚合。
[指南]核酸电泳的注意事项
![[指南]核酸电泳的注意事项](https://img.taocdn.com/s3/m/a356bd4a3a3567ec102de2bd960590c69ec3d863.png)
核酸电泳的注意事项1. 琼脂糖：不同厂家、不同批号的琼脂糖，其杂质含量不同，影响DNA的迁移及荧光背景的强度，应有选择地使用。
2. 凝胶的制备：凝胶中所加缓冲液应与电泳槽中的相一致，溶解的凝胶应及时倒入板中，避免倒入前凝固结块。
倒入板中的凝胶应避免出现气泡，以免影响电泳结果。
3. 电泳缓冲液：为保持电泳所需的离子强度和pH，应常更新电泳缓冲液。
4. 样品加入量：一般情况下，0.5cm宽的梳子可加0.5μg的DNA量，加样量的多少依据加样孔的大小及DNA中片段的数量和大小而定。
当加样孔大时，样品上样量应相应加大，否则会造成条带浅甚至辩认不清；反之则应适当减少加样量，但是上样量过多会造成加样孔超载，从而导致拖尾和弥散，对于较大的DNA此现象更明显。
5. DNA样品中盐浓度会影响DNA的迁移率，平行对照样品应使用同样的缓冲条件以消除这种影响。
DNA迁移率取决于琼脂糖凝胶的浓度，迁移分子的形状及大小。
采用不同浓度的凝胶有可能分辨范围广泛的DNA分子，制备琼脂糖凝胶可根据DNA分子的范围来决定凝胶的浓度。
小片段的DNA电泳应采用聚丙烯酰胺凝胶电泳以提高分辨率。
回收率低或为零1. 漂洗缓冲液中没加入乙醇.在使用前应确保乙醇已加入漂洗液PW中。
2. 吸附材料上有乙醇残留.洗脱时硅胶膜或硅胶树脂上有漂洗缓冲液残留，因含乙醇会降低洗脱效率。
在洗脱前可通过再次离心或置于50℃烤箱中5-10分钟，彻底去除漂洗缓冲液。
3. 洗脱缓冲液pH值偏低.DNA只在低盐buffer中才能被洗脱，如洗脱缓冲液EB (10 mM Tris·Cl, pH 8.5)或水。
洗脱效率取决于pH值。
最大洗脱效率在pH7.0-8.5间。
当用水洗脱时确保其pH值在此范围内。
4. 洗脱液加入位置不正确.洗脱液应加在硅胶膜中心部位以确保洗脱液会完全覆盖硅胶膜的表面，达到最大洗脱效率。
DNA质量不好洗脱产物含有乙醇残留.洗脱时硅胶膜或硅胶树脂上有漂洗缓冲液残留，会使洗脱产物中含有乙醇，影响下游操作。
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电泳缓冲液未完全浸没凝胶
上样和电泳时，确保缓冲液始终能完全覆盖凝胶
电压过高或电泳时间过长致使凝胶过热和DNA变性
根据凝胶大小和电泳缓冲液类型，使用适当的电压进行电泳
凝胶中加入EB造成染色不均
加入EB时充分混匀或电泳结束后再染色
凝胶中有气泡或污染物
使用纯水和洁净容器制胶；缓慢灌胶，并赶除气泡
判断DNA分子是否有特殊结构，如缺口、超螺旋、二聚体等；富含AT碱基的DNA迁移率比同分子量富含GC碱基的DNA片段慢
梳子变形，点样孔不在同一水平线上
使用完好的梳子制胶
带型异常
不同样本的上样条件不同
选用相同的上样缓冲液，上样量尽可能接近
上样量过大或过小
选择合适大小的上样孔，样品应完全覆盖点样孔底部
核酸样品纯度差，含有DNA结合蛋白或高浓度的盐份
电压过低，电泳时间过长
根据凝胶大小和电泳缓冲液类型，使用适当的电压进行电泳
染色时间过长或拍照前放置过久，DNALeabharlann 带弥散电泳结束后及时观察、拍照
条带缺失
DNA条带分子量过大
使用脉冲凝胶电泳
分子量接近的DNA条带没有分开
选择适当的凝胶浓度进行电泳
电泳缓冲液使用不当
SD和TBE缓冲液适于分析较小分子量的DNA片段，大片段分子不能完全分离；TAE缓冲液不适于分离很小的DNA片段
电泳时间过长或电压过高，DNA走出凝胶
缩短电泳时间，调整电压
电极插反，DNA走出凝胶
正确连接电极方向
条带大小不正确
核酸降解或形成聚合物
加热处理或重新制备样品
λ DNA酶切Marker的cos位点复性
电泳前65°C加热5分钟，冰上冷却5分钟以后再上样
相同分子量的DNA片段由于结构或序列的差异而有不同的迁移率
问题
可能原因
解决方法
DNA Marker降解
核酸酶污染
每次吸取时更换灭菌枪头，勿将电泳缓冲液带入管中；用后密闭4°C保存
保存不当
4°C或-20°C保存，避免多次反复冻融；不可加热
DNA Marker无法正确分离
琼脂糖质量差
使用质量可靠的琼脂糖制胶
电泳缓冲液多次使用后失效
更换缓冲液
条带黯淡
核酸浓度过低
增加上样量
核酸降解
使用不含核酸酶的试剂和耗材制备样品
DNA条带被示踪染料掩盖
提高上样量；避免使用与目的片段迁移率相同的示踪染料
条带模糊或弥散
电泳缓冲液多次使用后失效
更换缓冲液
核酸部分降解
使用不含核酸酶的试剂和耗材制备样品
核酸样品纯度差，含有DNA结合蛋白或高浓度的盐份
酚/仿抽提或乙醇沉淀去除蛋白、盐份等杂质
点样孔质量差
待凝胶完全凝聚后再取出梳子；