Chem 3D模型的化学键属性有哪些修改的方法
Chem 3D模型的化学键属性有哪些修改的方法
很多的用户在绘制化学图形过程中发现很多的图形都是立体结构的，这个时候就需要用Chem3D，它是ChemOffice的核心组件之一，在绘制立体模型和计算化学数据方面具有不可替代的作用。
虽然ChemDraw化学绘图工具非常的好用，但是很多的用户对其一些用法不是很了解，下面就来给大家分享一下Chem 3D模型的化学键属性有哪些修改的方法？
如果用户只想修改Chem3D模型的原子属性只需要在特定原子上右击即可，如果想修改化学键属性，在任意化学键上右击鼠标，该化学键两端的原子也自动被选中（呈黄色），此时弹出的右击菜单（下图所示）中不仅可以修改原子属性还可以修改化学键属性。
化学键的右击对话框
1、通用属性修改
1）、Cut、Copy和Paste是基本编辑操作，绘制者可以剪切复制或粘贴选中部
分的化学键和原子，Replace with Text Tool可以打开文本输入框，以文本替
代Chem 3D模型。
2）、命令后面有实心三角符号，说明该命令下面有子命令，通过Select的子命令绘制者可以选择一定距离或其它特定要求的原子。
3）、Visibility、Color和Display Mode分别可以修改原子或化学键的可见性、颜色和显示方式。
2、修改原子属性
上图第一个红框中的命令均用于修改不同的原子属性，比如Atom Serial Number、Atom Symbol和Atom Dots三项命令分别可以修改是显示或隐藏原子编号、原子符号和原子范围。
Select Object Atom Size命令用于更改特定原子的尺寸大小，而Apply Object Atom Size命令可以决定是否显示该原子。
3、修改化学键属性
第二个红框中的命令用于修改Chem 3D化学键属性，Set Bond Order可以将化
学键改为单键、双键或三键，Break Bond则是分裂该化学键。
与修改原子属性
类似，Select Object Bond Size命令用于更改特定化学键的尺寸大小，而Apply Object Bond Size命令可以决定是否显示该化学键。
最后的Display Bond Length Measurement命令可以标出该化学键的键长。
以上就是对Chem 3D模型的化学键属性有哪些修改的方法的介绍，在使用ChemDraw的过程中，我们会遇到各种问题，这个时候我们可以参考相关的ChemDraw教程。
ACD_ChemSketch_10_中文使用指南
2.6
您能从以下方式中选择任意一种来退出程序：
在屏幕右上脚点击 。
在ACD/Labs菜单中选择Close All，这将退出所有ACD软件。
从File菜单中选择Exit，这将只退出现有的软件。
在退出之前,计算机将提示您存盘。
3.
3.1
本章介绍绘制结构的一些基本知识,这些功能只在结构模式适用。您将掌握以下的功能:
2.这些可兼容的形式包括CS ChemDraw(*.CHM), REACCS Rxnfiles (*.RXN), ISIS/Sketch (*.SKC),可能还有其他格式的文件,这些文件都可以在ChemSketch中打开.具体做法是在您想要添加的选项前的方框内点上对号,然后点击YES键即可。
3.如果您不知道或者不确切地知道ChemSketch将打开的文件的扩展名,不要选任何选项,然后点击NO键。
此外，如果能够对ACD/Labs的如下产品进行了解那是明智的（相关的文章都在ACD/Labs文章的文件夹中，\\DOCS）：
1.ACD/I-Lab (ILAB.PDF)—允许您得到基于互联网的对化工数据库和性质预测程序的立即通入的服务(可从免费下载)。
2.ACD/ChemBasic (CHEMBAS.PDF)—使用户能定制ACD/Labs的特殊编程语言软件(可从免费下载)。
指向(Pointto)：移动鼠标到一个物体。
点击或点击左键(click)：移动鼠标到一个物体，并按下鼠标左键。
点击右键(right-click)：移动鼠标到一个物体，并按下鼠标右键。
双击(double-click)：移动鼠标到一个物体，并迅速按下左键两次。
拖动(drag)：当你移动鼠标时，按下鼠标左键并移动。
Chem3D常用功能使用教程.ppt
在模型窗口沿X、Y轴旋转
19
Z轴旋转指示
选择【轨迹球】工具并按“Alt”键， 使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转
20
光标位于原子上， 自动显示原子信息
模型结构信息
21
工具栏显示原子的符号和标号
22
光标位于键上， 自动显示键信息
模型结构信息
23
模型的进一步信息
显示键长变化 显示键角变化
显示二面角 显示所有没有 相邻的原子的
选择以【Space filling】显示模型。可保存多种格 式，默认格式.c3t。可存为jpg等。 • 还有动画显示功能，可让其绕x轴、y轴、z轴转动， 这样可以从不同角度显示结构，更具立体感。 【Analyze】【Spin About Y Axis】，可通过左下 角调整框放大、缩小、播放、暂停、录制等，还 可存成 Windows AVI Movie（*.avi）格式。
ChemDraw中 画出的分子结构
复制粘贴到Chem3D中 63
Chem3D中 画出的分子模型
复制粘贴到 ChemDraw中
64
计算功能演示
（1）查找原子的范德瓦尔斯半径 • 【View】【Atom Types.TBL】窗口，
找到各种元素在不同环境的半径
65
66
67
（2）观察分子的大小 • 建立苯模型。执行【View】【Connolly
88
显示轨道时 必须选择
89
选择分子轨道
90
能量随所选轨 道不同而不同
选择HOMO 轨道
轨道选项 HOMO和 LUMO各6个
实心显示 （丝网显示 圆点显示 半透明显示）
HOMO轨道 显示
91
乙烯分子的HOMO轨道
chemdraw09 Chem3D使用简介
80
自由基为开壳层
81
选择分子表面后， 选择分子表面后，进行优化
82
优化很快结束
83
查看分子总电荷密度
84
选择自旋密度
85
显示表面
86
87
直接查看自旋密度
88
89
90
Байду номын сангаас1
® ChemDraw
Chemical Structure Drawing Standard
第九部分 Chem3D使用简介 使用简介
9.1 利用键工具建立模型 9.2 利用 利用Replacement Text建立模型 建立模型 9.3 检查结构能量 9.4 ChemDraw和Chem3D信息转换 和 信息转换 9.5 分子轨道 分子轨道(HOMO及LUMO) 及 9.6 在分子表面绘制性能图
使用子结构建立模型
49
子结构模型库
50
选择所需的子结构， 选择所需的子结构，然后复制
51
粘贴复制结果
52
在子结构上进行编辑
53
9.3 检查结构能量
54
模型旋转
对位交叉
55
总能量计算
56
计算结果
空间位阻能： 空间位阻能：0.977kcal/mol
57
模型的二面角数据
58
数据与模型对应
59
显示原子符号及序号
60
按动旋转
数据相应改变
61
对位重叠
62
计算结果
空间位阻能： 空间位阻能：3.906kcal/mol
63
9.4 ChemDraw和Chem3D信息转换 和 信息转换
ChemDraw中 中 画出的分子结构 复制粘贴到Chem3D中 中 复制粘贴到
ChemBio3D
药物化学Structure Browser：对比化学结构和化学性质作者: Susan M. LeBeau 博士通过对比一组小分子的结构和性质来分析小分子组的功能，对工作在药物开发领域的化学家来说非常有用。
为了让化学家更容易的研究成组小分子的结构和它们的性质，CambridgeSoft 在最新版的ChemBio3D 11.0中新增了药物化学Structure Browser，并引入分子性质的概念。
Structure Browser是一个与Model Explorer很类似的控制列表，但不像Model Explorer那样按等级分层显示。
这个列表能把需要进行分析和对比的分子一一列出,使用非常方便。
同时，最新版的ChemBio3D 11.0可以把ChemBio3D模型中的分子性质和分子结构相互关联起来。
通过Structure Browser生成的列表,浏览查看这些待检查的结构很方便。
这项功能可以通过点击View菜单中的Structure Browser项激活，也可以直接将Model Explorer中列示的分子拖放到Structure Browser里进行激活。
分子性质可以从SD文件或Schrodinger Maestro文件中的数据导入。
另外一种方法是，在ChemBio3D模型上点击右键，选择“Auto Populate”项，Structure Browser就会自动填充当前模型的全部分子。
要使用Structure Browser，用户首先需要点击列表中的某个结构，然后用上下键在列表中的结构间进行选择。
被选定的结构会一直以3D方式显示，等待对比。
同时，如果设定结构为可视的话,它的2D结构会显示在ChemDraw面板中。
结构左边的检验栏标示当前的显示状态。
检查框里是黑色对勾的情况，说明这个结构处于“locked”状态,即使在Structure Browser选中的是另外的结构,这个结构仍旧是可见状态。
Chem3D使用教程
9
带状模型常用于生物分子
10
代表用红蓝两种色彩的立体显示
代表用深色显示模型，就是对于模型的部分 按观察者的角度不同着色 代表显示两个立体结构完全相同的模型
代表模拟现实的角度观察模型，使模型更 接近真实 代表显示模型的时候将后面的部分以阴影 形式表示，这样模型的立体感更强。
73
74
75
76
77
78
(4) 检查结构能量
79
模型旋转
对位交叉
80
总能量计算
81
计算结果
空间位阻能：0.977kcal/mol
82
模型的二面角数据
83
数据与模型对应
84
显示原子符号及序号
85
按动旋转
数据相应改变
86
(5) 分子轨道(HOMO及LUMO) 首先用 双键 画出乙 烯分子
40
建立1，2-双甲基环戊烷模型
41
42
整理结构
43
建立Ibuprofen(布洛芬)模型
H3C
CH3 CH CH2
COOH CH CH3
44
45
建立十肽菌素模型
46
47
建立十二丙氨酸醇分子模型
48
49
改变显示方式
模型类型窗口：
50
设为线状模型
51
52
设为带状模型
53
-螺旋模型
19
光标位于原子上， 自动显示原子信息
模型结构信息
20
工具栏显示原子的符号和标号
21
光标位于键上， 自动显示键信息
Chem3D使用说明
? ?
Global Minimum
測量旋轉角
選按 按著Shift鍵不動，將滑鼠 移至任何連續 4 個碳原子 並點選之後不動。 選按「Analyze」「Show Dihedral Angles」
改變旋轉角
Butane 內部旋轉角的能量曲線圖
0º
120º
60º 180º
What does every energy term mean?
以不同的數學方程式描述分子的作用力
C C Bond Stretching = Kb * ( L - L0 ) Angle Bending = Ka * ( A - A 0 )
2 2
Bond Rotation = Kr * cos( n*(T-T0) )
量子力學的基本公式
以薛丁格方程式描述分子的作用力
ˆ H E
2 nuclei 2 electrons nuclei ˆ h 1 2 h H 2 e2 A a 8 2 A M A 8 2 me a A nuclear kinet icenergy electronkinet icenergy electrons
執行Chem3D
於桌面上選按 「開始」「程式集」 「ChemOffice 6.0」 「Chem3D Pro 6.0」
建立新分子C－C－C－C
選按 ，將滑鼠移至任 何位置按拖曳成一直線 後，放開滑鼠即成C2H6。 將滑鼠移至C(1)，按拖 曳成一直線後，放開滑鼠 即成C3H8。 將滑鼠移至C(2)，按拖 曳成一直線後，放開滑鼠 即成C4H10。
109 5
.
100
Chem3D使用教程
95
96
97
98
99
100
其他计算
从头算程序：Gamess Gaussian 需另外安装这两个程序。 半经验或分子力学计算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3) 计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析
101
• 模型的输入和输出：以NaCl晶体为例： • 【File】【Template】选择【NaCl Crystal.C3T】 选择以【Space filling】显示模型。可保存多种格 式，默认格式.c3t。可存为jpg等。 • 还有动画显示功能，可让其绕x轴、y轴、z轴转动， 这样可以从不同角度显示结构，更具立体感。 【Analyze】【Spin About Y Axis】，可通过左下 角调整框放大、缩小、播放、暂停、录制等，还 可存成 Windows AVI Movie（*.avi）格式。
隐 藏 或 显 示 其 它 原 子
31
利用【键】工具建立的结构，键 角及键长可能不正常，应【整理 结构】
32
环己烷的椅式构象
33
2. 利用文本工具建立模型
使用【文本】工具输入结构式
34
按【Enter】自动转化为模型
35
括号表示支链
36
37
整理结构
38
简单优化
观察分子变化
39
4-甲基-2-戊醇模型
消息窗口 状态栏
3
选择 轨迹球
大小调整 单键 双键 三键 虚键 文本 橡皮
4
显示设置
5
视频设置
立体显示
弹出信息
配体显示 原子标记
模型显示设置
结构显示 原子显示
色彩选项
Chem3D常用功能使用教程[精制材料]
•chem3D是一个三维分子结构演示软件
• 提供功能 制作结构： 立体旋转； 读取chemDraw结构； 进行结构优化计算进行量
化结构； 并和数种量子化学软件结
合在一起。
实操应用
1
Chem3D起始界面
实操应用
2
主界面
Chem3D起始界面
实操应用
3
工具栏
模型类型
三维视图
ChemDraw切换
实操应用
45
实操应用
46
建立十肽菌素模型
实操应用
47
实操应用
48
建立十二丙氨酸醇分子模型
实操应用
49
实操应用
50
改变显示方式
模型类型窗口：
实操应用
51
设为线状模型
实操应用
52
实操应用
53
设为带状模型
实操应用
54
a-螺旋模型
实操应用
55
3. 利用子结构建立模型
使用子结构建立模型
实操应用
56
子结构模型库
实操应用
57
选择所需的子结构，然后复制
实操应用
58
粘贴复制结果
实操应用
59
在子结构上进行编辑
实操应用
60
4. 使用模板建立模型
实操应用
61
实操应用
62
5. ChemDraw和Chem3D信息转换
ChemDraw中 画出的分子结构
复实操制应用粘贴到Chem3D中 63
Chem3D中 画出的分子模型
26
乙烯模型中实操应的用 双键信息
27
键级改动
实操应用
Chem3D常用功能使用教程85230
精选完整ppt课件
12
精选完整ppt课件
13
建立3D模型 1. 利用键工具建立模型
选择【单键】工具，在模型窗口向右按动
圆柱键模型
精选完整ppt课件
14
线状模型
精选完整ppt课件
15
棒状模型
精选完整ppt课件
16
球棍模型
精选完整ppt课件
17
比例模型
精选完整ppt课件
18
X、Y轴旋转指示
隐藏所选部分 隐藏非选部分 显示所有原子 显示邻近原子 显示背面 定义基团
精选完整ppt课件
隐 藏 或 显 示 其 它 原 子
32
利用【键】工具建立的结构，键
角及键长可能不正常，应【整理
结构】
精选完整ppt课件
33
环己烷的椅式构象
精选完整ppt课件
34
2. 利用文本工具建立模型
使用【文本】工具输入结构式
72
View/Solvent Accessible 菜单 甲苯结构
精选完整ppt课件
73
（3）计算分子体积
• 建立苯模型。执行【Analyze】 【Compute Properties】在【Available Properties】选框中双击【Connolly
Solvent-Excluded Volume SVEChemPropStd】选项，使之加入到 【Selected Properties】框中。单击ok，
精选完整ppt课件
83
模型的二面角数据
精选完整ppt课件
84
数据与模型对应
精选完整ppt课件
85
显示原子符号及序号
精选完整ppt课件
chemical3D教程
Chapter 1 Introduction1.1启动Chem3D在开始(Start)菜单中点击所有程序(P), 选择弹出菜单中ChemOffice2004中的Chem3D Ultra 8.0即可启动程序1.2Chem3D 界面结构Chem3D软件的最大特点就是界面结构简单。
和ChemDraw类似，Chem3D 打开后的窗口包含：工作窗口, 信息窗口, 列表窗口, 工具栏, 菜单栏等, 如图1所示。
1.3图形工具栏图形工具栏包含所有能够在工作窗口绘制结构图形的工具，选择这些工具后，光标将随之改变成相应的工具形状。
工具板见图1-2其它的类似于ChemDraw，有兴趣的同学可以参考FTP所提供的英文参考资料Chapter 2 建模简要教程2.1 使用键工具建模首先打开工作窗口（File菜单– New Model）2.1.1 建模在工具栏选择单键工具将鼠标移动至工作窗口，按住鼠标左键拖动鼠标即可绘制简单的乙烷分子。
（注意：View-Settings-Model Build – Rectify 选择上后会自动为所绘制的分子结构加上氢原子）2.1.2 旋转模型：选择旋转工具可以在任意方向选择所绘制的分子。
1：将鼠标移动至工作窗口，按住鼠标左键2：在任意方向拖动鼠标可以旋转模型注意：当拖动鼠标时，会出现一个圆。
在圆内拖动鼠标使得模型绕X和Y轴旋转。
当鼠标在圆外时，模型绕Z轴旋转。
如图所示2.1.3 查看模型分子信息选择选择工具，将鼠标移动至相应原子位置将显示相应的原子序数，元素标识及原子类型。
如下图所示将鼠标移至C-C键上将显示键长及相应的键级在选择原子的同时，按住Shift键可以同时选择多原子，可以通过这样查看相应的键角和二面角。
1：选择C（1），C（2）和H（7）2：将鼠标移至任意的所选择的原子或键上将显示所选择的键角类似的操作可以用来显示二面角。
2.2 修改模型分子2.2.1 修改键类型1：选择双键工具2：按住鼠标左键，从C（1）的位置拖动鼠标至C（2）的位置将乙烷分子更改为乙烯分子。