多维色谱-质谱联用技术分析胰腺癌血清差异表达蛋白
质谱分析蛋白表达差异
百泰派克生物科技
质谱分析蛋白表达差异
质谱分析蛋白表达差异是利用质谱技术研究蛋白表达差异。
研究蛋白质表达差异，可以帮助我们认识生命活动的本质。
百泰派克生物科技提供基于质谱的蛋白表达差异分析服务。
蛋白表达差异
蛋白质是由基因转录后翻译形成的，是生物体中一类重要的生物大分子。
蛋白质除了参与生物体细胞和组织的组成，还可以在生物体中发挥广泛的功能，例如催化代谢反应、参与DNA复制、对刺激（如病原体）作出反应，以及将分子从一个位置运输到另一个位置等等。
蛋白表达差异，指的是蛋白质在表达水平上的变化，它可以发生在细胞在不同功能状态、不同细胞周期，或者是在不同条件或药物刺激等情况下。
研究蛋白质表达差异，可以帮助我们认识生命活动的本质，更有助于帮助我们研究疾病的早期诊断、疾病的病程，和检测药物对疾病的疗效等等。
质谱分析蛋白表达差异
质谱分析蛋白表达差异是利用质谱技术对蛋白表达差异进行研究。
质谱技术通过检测不同样品中蛋白质的差异表达，来实现样品中蛋白表达差异的分析。
借助生物信息学技术，还可以对有表达差异的蛋白进行分析，例如基于质谱数据可以对差异表达的蛋白质进行统计分析，如韦恩图和火山图，通过韦恩图可以看出两个差异样品之间的共有的和特有的差异表达蛋白数量，通过火山图（Volcano Plot）可以查看蛋白在两个不同样品中表达水平的差异，以及差异的统计学显著性。
胰腺癌血清差异蛋白表达谱
胰腺癌血清差异蛋白表达谱周金桥;刘秋红;高景;宋来君【期刊名称】《基础医学与临床》【年(卷),期】2012(032)004【摘要】目的通过胰腺癌患者血清差异蛋白表达谱鉴定胰腺癌的血清学生物标志物.方法用固相配体文库技术处理胰腺癌及非癌对照的血清,二维电泳技术分析差异点、串联质谱鉴定与胰腺癌变相关的血清差异蛋白质分子；用ELISA检测血清中凝集素的表达.结果7种蛋白质分子在胰腺癌患者血清中的表达量升高,包括凝集素、玻连蛋白、补体C4-A、维生素蛋白D结合蛋白、抗凝血酶Ⅲ、补体C6和凝血酶原；补体C7血清表达量下降.胰腺癌患者血清凝集素水平为674 ±49 mg/L,显著高于非癌对照组的224±25 mg/L(P ＜0.05).结论凝集素可能与胰腺癌的发生、发展过程密切相关,血清凝集素检测可能是重要的胰腺癌诊断生物标志物.【总页数】4页(P433-436)【作者】周金桥;刘秋红;高景;宋来君【作者单位】郑州大学第一附属医院外科综合部,河南郑州450052;郑州大学第一附属医院重症医学科,河南郑州450052;郑州大学第一附属医院重症医学科,河南郑州450052;郑州大学第一附属医院外科综合部,河南郑州450052【正文语种】中文【中图分类】R735.9【相关文献】1.双相障碍患者HPA轴改变与血清蛋白表达谱差异研究 [J], 程宇航;谢静;何山;田玉洁;马征;李文标2.胰腺癌患者血清中骨桥蛋白及CA19-9蛋白表达及临床意义 [J], 栾功一;王建杰;罗文哲3.基因表达谱芯片在胰腺癌组织差异表达相关基因筛选中的应用 [J], 贾长河;刘志亮;张成伟4.人胰腺癌BxPC-3细胞上皮-间质转化过程中的微小RNA差异表达谱 [J], 李博;马俊;贺欢;郭婉薇;宁晓燕;王丽萍;许鸣5.胰腺癌患者血清外泌体酪氨酸蛋白激酶受体EphA2蛋白表达变化及其意义 [J], 魏倩;李泽;冯红蕾因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
蛋白质组学技术筛选肝癌血浆_血清中的差异蛋白质_尚京川
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重庆医科大学学报 2010 年第 35 卷第 8 期 （Journal of Chongqing Me dical Unive rs ity 2010. Vol.35 No.8）
技术与方法 文章编号：0253- 3626（2010）08- 1212- 05
蛋白质组学技术筛选肝癌血浆/血清中的差异蛋白质
1 材料和方法
1.1 仪器与试剂 多重亲和去除系统（MARS，Agilent high capacity multiple
afinity removal system spin cartridge，Hu- 6HC）（美国 Agilent 公 司）；尿素，二硫苏糖醇（DTT），CHAPS，SDS，Tris，碘乙酰胺， 矿物油，甘油，丙烯酰胺，甲叉双丙烯酰胺、纯胰酶（上海生 工）；两性电解质（pH4~6，pH5~7）（Bio- Rad 公司），碳酸氢胺 （美国 Sigma 公司）；硫代硫酸钠、碳酸钠、硝酸银、甲醇、无水 乙醇、甲醛、冰醋酸、乙腈（国产分析纯）；Millipore 去离子水。 Protean IEF Cell 等电聚焦仪（Bio- Rad 公司）、垂直电泳系统 （Protean ⅡⅪ Cell），中晶 4850Ⅱ透射扫描仪，KDC- 160HR 高速冷冻离心机。质谱外标混合液 Mixyure 2[包括以下片段： Angiotensin Ⅰ1 297.51；ACTH（1~17）2 094.46；ACTH（18~39） 2 466.72；ACTH（7~38）3 660.19；insulin 5 734.59（+1），2 867.80 （+2）]，α- 氰 基 - 4- 羟 基 肉 桂 酸（α- cyano- 4- hydroxycinnamic acid）；三氟乙酸（THA）（Fluka 公司）。 1.2 研究方法 1.2.1 研究病例 按照原发性肝癌诊断标准[5] ，选取 10 例 HCC 患者（来自重庆医科大学附属第一医院），8 例健康志愿者（5 例男性，年龄（21±2）岁，HIV，HBV，HCV 和梅毒均为阴性）。 1.2.2 血液样品的采集 按照国际人类血浆蛋白质组计划 （PPP）推荐的方法采集处理血液样本[6]，血浆为 10 例患者枸 橼酸血浆，血清为 10 例患者中的 8 例 9（表 1）。健康志愿者 混合血浆/血清由采集的 8 例健康志愿者血浆和血清分别混 匀后处理。 1.2.3 免疫亲和色谱去除血浆高丰度蛋白 按 Agilent MRS 说明书去除血浆/血清中的高丰度蛋白质，得到的低丰度蛋 白质的溶液经浓缩后用 20 mmol/L NH4HCO3、2 mmol/L EDTA （pH8.5）缓冲溶液交换，Bradford 法测定蛋白质浓度，进一步用 4％～12％梯度聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS- PAGE）验证 MARS 柱去除人血浆高丰度蛋白的效果，- 80℃保存，备用。 1.2.4 双向凝胶电泳分离、染色和图像分析[7] 取 300μg 血浆/血清低丰度蛋白溶液，参照文献[7]对血液样品进行双 向电泳分析。2- DE 所得凝胶进行酸性银染色，染色后凝胶由 Image Scaner 采集图像，分离所得蛋白质斑点由 Image Master 软件进行分析。 1.2.5 质谱分析与蛋白质鉴定 将银染色后的凝胶用于获
正常组织和胰腺癌组织中差异表达蛋白的鉴定
正常组织和胰腺癌组织中差异表达蛋白的鉴定金红;狄扬;陈耀辉;傅德良;杨芃原【期刊名称】《高等学校化学学报》【年(卷),期】2009(30)2【摘要】采用双向凝胶电泳和生物质谱技术,对12对胰腺癌组织和癌旁组织样品、3个胰腺良性疾病样品、 3个正常胰腺组织样品的蛋白质进行了分离和鉴定,获得了重复性较好的双向凝胶电泳图谱;鉴定了胰腺癌和癌旁组织的差异表达蛋白质,发现了30个差异表达蛋白质;应用MALDI-TOF-MS/MS技术对差异表达蛋白质进行鉴定,共有24个蛋白质得到鉴定,其中15个蛋白质在胰腺癌组织中表达上调,9个蛋白质表达下调.这些蛋白质与胰腺癌的发生相关,可能成为胰腺癌的分子标志物和药物治疗的靶蛋白.【总页数】6页(P302-307)【作者】金红;狄扬;陈耀辉;傅德良;杨芃原【作者单位】复旦大学化学系,上海,200433;复旦大学生物医学研究院,上海,200032;复旦大学附属华山医院,上海,200030;复旦大学生物医学研究院,上海,200032;复旦大学附属华山医院,上海,200030;复旦大学化学系,上海,200433;复旦大学生物医学研究院,上海,200032【正文语种】中文【中图分类】O629.73;O657【相关文献】1.C-myc和LIN28B蛋白及其mRNA在胃癌组织和相应癌旁正常组织中的表达及其与胃癌发生发展的相关性 [J], 尚春香;董春霞;马海军;韩娜;张声林;马兰2.FEZF1在结直肠癌组织和癌旁正常组织中的表达及临床意义 [J], 李宗鑫;贺正池;肖雪薇;罗玉;兰洋;吴传芳3.腋窝淋巴结转移与无转移乳腺浸润性导管癌患者癌组织中差异表达蛋白的筛选与验证 [J], 杨亮; 许文婷; 赵倩; 吴涛; 迪力夏提·金汗; 李丹; 杜露; 王波; 朱丽萍4.胰腺癌组织中差异表达蛋白的筛选与鉴定 [J], 狄扬;陈耀辉;龙江;金红;金忱;虞先浚;傅德良;倪泉兴5.胰腺正常组织、癌组织及癌旁组织LDH活性及其同工酶谱分析 [J], 张树华;熊炯炘;杨智勇;王春友因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
多维液相色谱分离技术及其在蛋白质组研究中的应用
采用多根并行色谱柱同时进行分离的方式缩短整个
MDLC系统的分离时间, 从而实现复杂样品的高通 量分离分析。W agner等 [ 21] 最早采用并行的两根反 相液相色谱柱作为第二维分离模式构建了 2D SCX RPLC, 并对人胎儿纤维原细胞裂解液中的蛋白质进
图 1 2D SCX 阵列 RPLC M S /M S 联用系统示意图 [ 23] F ig. 1 Schem atic d iagram of 2D SCX array RPLC M S /M S sy stem [ 23]
此外, 整体柱具有传质速度快、背压低等优点, 可通过采用细内径、长柱长的色谱柱提高 2D SCX RPLC的分离能 力、分 析通 量和检 测灵敏 度。 Luo 等 [ 24] 制备了 3 2 m 长、10 m 内径的聚苯 乙烯毛 细管开管整体柱, 并将其作为第 二维分离模式, 从 75 ng宫颈癌细胞提取蛋白质胶上分离的 15 000 ~ 40 000处条带的酶解产物中鉴定出 536种蛋白质。
行分析; 在 95 m in 内得到了 1 000个色谱峰。张祥 民等 [ 22] 以 SCX 作为第一维分离模式, 10根平行的 RPLC柱 作为第二维分离模式, 构 建了 2D SCX 阵 列 RPLC系统, 并从肝癌组织中提取的蛋白质酶解 产物中鉴定出 1 202种蛋白质。随后该研究小组将 强阳离子交换分离的 18个组分捕集到 18根预柱上 后, 再将其转移 至 18 根毛细管 RPLC 柱上进 行分 离, 最 后 直 接 点 样 至 基体 辅 助 激 光 解 吸 离 子 化 (MALDI)质 谱 的靶 板 上进 行 鉴定。整 体系 统 如 图 1[ 23] 所示。与传 统的 2D SCX RPLC 相比, 可将 蛋白质组样品的分离时间由 54 h缩短至 3 h, 分离 通量提高 18倍。
人胰腺癌胰液蛋白质差异表达分析
人胰腺癌胰液蛋白质差异表达分析朱峰;吕顺莉;高军;龚燕芳;李兆申【期刊名称】《中国肿瘤临床》【年(卷),期】2008(035)005【摘要】目的:应用蛋白质组学方法分析人胰腺癌患者胰液蛋白质表达.方法:通过内镜下逆行胰胆管造影术(ERCP)中放置鼻胰管引流收集患者胰液,利用双向凝胶电泳,分离5例胰腺癌、6例慢性胰腺炎和3例胆总管结石等量混合胰液(200μg)的总蛋白质,用图像分析软件识别差异表达的蛋白质;应用质谱仪得到相应的肽质指纹图谱,搜索数据库鉴定部分差异蛋白质点.结果:1)经ERCP留置鼻胰管成功收集胰液标本,胰液量约为35～200ml,Brad-ford法测定蛋白质浓度为0.8～4.6μg/μl.同一胰液标本(200μg) 的3块胶在蛋白质点位置上有较好的重复性;5例胰腺癌、6例慢性胰腺炎和3例胆总管结石等量混合胰液自身比较后可重复的蛋白质点均在75%以上.2)对图像分析软件识别的9个差异蛋白质点进行基质辅助激光解析电高飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析,鉴定出胰腺癌相关的差异表达蛋白质.结论:人胰腺癌、慢性胰腺炎和胆总管结石患者胰液的蛋白质谱存在一定的差异.【总页数】4页(P265-268)【作者】朱峰;吕顺莉;高军;龚燕芳;李兆申【作者单位】上海交通大学附属第一人民医院;第二军医大学附属长海医院消化内科,上海市,300080;第二军医大学附属长海医院消化内科,上海市,300080;第二军医大学附属长海医院消化内科,上海市,300080;第二军医大学附属长海医院消化内科,上海市,300080【正文语种】中文【中图分类】R73【相关文献】1.胰腺癌与慢性胰腺炎的胰液差异蛋白组学研究 [J], 胡和平2.人胰腺癌组织的差异蛋白质组学研究 [J], 汪建国;侯令密;敬保迁;杨正伟;张小明;邓世山3.胰腺癌胰液差异蛋白质丝氨酸蛋白酶2在胰腺癌组织和细胞株中的表达 [J], 吕顺莉;高军;李淑德;黄文;龚燕芳;李兆申4.胰腺癌胰液蛋白质组学分析 [J], 田美;崔亚洲;宗美娟;陈彧;韩金祥5.复方斑蝥胶囊血清诱导人肝癌SMMC-7721细胞蛋白质组差异表达分析 [J], 曹永艳;王猛;黄开顺;阳强;丁敏因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
质谱技术在蛋白质组学和代谢组学中的研究应用
1 质谱分析技术质谱(mass spectrometry, MS)是带电原子、分子或分子碎片按质荷比(m/z)的大小顺序排列的图谱。
质谱仪是一类能使物质粒子转化成离子并通过适当的电场、磁场将它们按空间位置、时间先后或者轨道稳定与否实现质荷比分离, 并检测强度后进行物质分析的仪器。
质谱技术是研究、分析和鉴定生物大分子的前沿方法, 有力地推动了蛋白质组学的研究［1］。
可以获得样品的相对分子质量、分子式、分子中同位素构成和分子结构等多方面的信息［2］。
质谱仪主要有5个部分组成：进样系统、离子源、质量分析器、检测器和数据处理系统。
进样方式的选择取决于样品的性质、纯度及所采用的离子化方式。
进样方式主要有：直接进样、气相色谱/质谱联用(GC/MS)、液相色谱/质谱联用(LC/MS)、超临界流体色谱/质谱联用(SFC/MS)、毛细管电泳/质谱联用(CE/MS)等。
根据待测化合物的性质及拟获取的信息类型, 可以选择不同的离子化方式, 使待测化合物生成气态正离子或负离子, 进一步质谱分析。
离子化方式主要有：电子轰击离子化(EI)、化学离子化(CI)、快原子轰击(FAB)或快离子轰击离子化(LSIMS)、基质辅助激光解吸离子化(MALDI)、电喷雾离子化(ESI)。
质量范围、分辨率是质量分析器的两个主要性能指标。
质量范围指质谱仪所能测定的质荷比的范围, 分辨率表示质谱仪分辨相邻的、质量差异很小的峰的能力。
常用的质量分析器有扇形磁场分析器、四极杆分析器、离子阱分析器、飞行时间分析器和傅里叶变换分析器。
现代飞行时间分析器具有质量分析范围宽、离子传输效率高(尤其是谱图获取速度快)、检测能力多重、仪器设计和操作简便、质量分辨率高的特点, 已成为生物大分子分析的主流技术［3］。
2 质谱技术用于筛选疾病差异表达蛋白血清蛋白质组学是研究血清中表达的全部蛋白质, 包括所有源于细胞、组织和器官的蛋白质, 直接反映了机体生理及病理情况下的功能和代谢状态［4］。
利用二维色谱与质谱联用技术检测大肠癌蛋白质谱差异表达
Ｆ Ｎ 属 于 肌 动 性 结 合 蛋 白 （ｅ ｎ ｂｎ ｉ ｒ． Ｌａ ａｔ ｉｄ ｇｐｏ ｉ ｎ
ｔｎＡ Ｐ ， ｅ ，Ｂ ）参与细胞骨架 的形成 ， ｉ 与细胞的增殖 、 粘 附 、 徙 、 号 转 导 及 肿 瘤 发 生 等 密 切 相 关 ＿。 迁 信 ２ Ｊ
Ｆ Ｎ 基 因结 构 高 度 保 守 ， 达 广 泛 ， 哺 乳 动 物 的 Ｌａ 表 对
收集吉林大学第 三医院 １ 例手术治疗的大肠 ８ 癌患 者 的 肿 瘤 组 织 标 本 均 经 病 理 学 检 查 证 实 为
Ｄ ｋｓ ｕｅ 及 各 患 者距 离 肿 瘤 组 织 边 缘 １ ｍ 以外 Ｂ期 ０ｃ 的上 端癌 旁组 织标 本 ， 前 均经 患 者 同意 。患 者 术 术 前未 接 受 任 何 治 疗 ， 龄 ４ 年 ９—７ ８岁 ， 中位 年 龄 ５ ７ 岁 ， 中男 １ 人 ， ５人 。将 所 获 得 的 新 鲜 标 本 离 其 ３ 女 体后 用 生理盐 水 冲洗 干净 后 ， 人 液氮 冷冻 ， ０ 放 一８ ℃ 保存 。
Ｃ ｉ ａ ａｎ， ｃｍｂ ｒ２ １ ， ｌ１ Ｎｏ．２ ｈｎＪＬ ｂ Ｄｉｇ Ｄｅｅ ｅ ，０ １ Ｖｏ ５， １
文 章 编 号 ：０７ ２７ ２ ｌ）２ １８～ ３ １０ —４ ８（０ １ １ ～２３ ０
利 用 二 维 色 谱 与质 谱 联 用 技 术 检 测 大 肠 癌蛋 白质 谱 差 异表 达
（ ） 织 总蛋 白质 的提 取及 蛋 白浓度 分析 ： 组 １组 对
基金项 目： 吉林省 自然基金（Ｏ ９４ １ ２ １７３ ２ｏ０６ 及 ０ １１） ＊通 讯作 者
应用每个蛋白质的谱图数来评价其丰度。对于
在 不 同样本 中丰度 发 生 变 化 的蛋 白， 谱 图数 变 化 其
一组早期胰腺癌模型差异表达的相关蛋白质及其应用[发明专利]
专利名称：一组早期胰腺癌模型差异表达的相关蛋白质及其应用
专利类型：发明专利
发明人：刘海林,王磊
申请号：CN200910197735.7
申请日：20091027
公开号：CN102053159A
公开日：
20110511
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明通过建立7，12-二甲基苯并蒽(DMBA)诱导的大鼠胰腺上皮内瘤变和胰腺癌模型，应用DIGE蛋白质分析技术，分别动态检测正常胰腺、胰腺上皮内瘤变和早期胰腺癌大鼠胰腺组织中蛋白质的差异表达，利用生物信息学软件从中筛选出随胰腺癌变程度表达同步发生显著变化的蛋白质，并利用质谱技术对其进行鉴定，明确在早期胰腺癌发生中差异表达的具体蛋白质。
本发明公开一组在早期胰腺癌模型胰腺组织中差异表达的灵敏性高，特异性强的相关蛋白质，并作为胰腺癌早期诊断的蛋白标记物的应用，为临床早期诊断胰腺癌提供有效的方法。
差异蛋白质点的PMF图利用Mascot软件在美国国家生物技术信息中心数据库中搜库。
申请人：上海交通大学医学院附属第九人民医院
地址：200011 上海市黄浦区制造局路639号
国籍：CN
代理机构：上海翼胜专利商标事务所(普通合伙)
代理人：翟羽
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胰腺癌组织相关蛋白质分子的差异表达
胰腺癌组织相关蛋白质分子的差异表达李兴华;屠振兴;赵航;龚燕芳;许爱芳;李兆申【摘要】目的用双向凝胶电泳的方法建立胰腺癌、癌旁组织和正常胰腺组织的蛋白质组二维图谱并分析差异蛋白质点.方法提取人正常胰腺组织、胰腺癌和癌旁组织总蛋白质,双向电泳分离蛋白,比较不同组织中蛋白质表达的差异.每份组织均重复电泳3次.结果在同一份组织的3张银染的凝胶蛋白质图谱上均可辨识1 000个左右的蛋白质点,蛋白质点在形状、位置和密度上一致,重复性好.在不同组织之间发现了22个明显差异的蛋白质点,初步确定了其等电点和分子量.正常胰腺组织有一个高表达的蛋白质点,癌和癌旁组织有21个高表达的蛋白质点.结论正常胰腺组织、胰腺癌、癌旁组织蛋白质组二维图谱存在明显的差异,部分差异蛋白质可能具有诊断应用价值.【期刊名称】《中华胰腺病杂志》【年(卷),期】2006(006)001【总页数】3页(P5-7)【关键词】胰腺肿瘤;蛋白质组;基因表达【作者】李兴华;屠振兴;赵航;龚燕芳;许爱芳;李兆申【作者单位】200433,上海,第二军医大学长海医院消化内科;200433,上海,第二军医大学长海医院消化内科;200433,上海,第二军医大学长海医院消化内科;200433,上海,第二军医大学长海医院消化内科;200433,上海,第二军医大学长海医院消化内科;200433,上海,第二军医大学长海医院消化内科【正文语种】中文【中图分类】R576胰腺癌近年来发病率有逐渐增多的趋势。
手术切除率虽然有所提高，但5年生存率仍不到5%[1]，而提高生存率的关键是早期诊断。
胰腺癌发病隐匿，很难早期发现与治疗。
现有的肿瘤标志物敏感性和特异性均不理想。
蛋白质组学的出现为寻找一种敏感性和特异性较高的肿瘤标志物带来了希望[2，3]。
我们运用二维电泳蛋白质组学技术，对胰腺癌、癌旁组织及正常胰腺组织进行蛋白质差异分析，旨在寻找胰腺癌相关的蛋白质分子，为进一步研究奠定基础。