第10章 酶的作用机制
酶的作用机理有哪些

酶的作用机理有哪些酶是一类具有生物催化功能的蛋白质,它在生物体内起着至关重要的作用。
酶通过降低反应的活化能,加速了生物体内的化学反应,实现了生物体内的新陈代谢、生长和繁殖等生命活动。
那么,酶的作用机理究竟是如何实现的呢?1. 酶的底物亲和力酶的底物亲和力是酶催化反应的基础。
酶能够特异性地结合其底物形成酶-底物复合物,并在复合物中使底物发生化学变化。
酶与底物之间的结合是通过酶的活性部位与底物的亲和作用实现的,这种亲和力保证了酶只在特定的底物上发挥作用。
2. 酶的催化作用酶能够降低反应的活化能,使底物之间更容易发生反应。
酶与底物结合后,通过调整底物的构型或提供辅助功能团,降低了化学反应的能量峰值,促使底物之间的键合和断裂更容易进行。
这种催化作用使得生物体内的反应能够在较温和的条件下进行,节省了能量消耗。
3. 酶的稳定性酶在反应中本身并不消耗,反复使用并保持稳定是酶作用的重要机理之一。
酶在一定的温度和pH范围内能够保持其催化活性,这得益于酶分子的空间构象稳定以及酶的特定结构对环境条件的适应性。
4. 酶的调控机制酶的活性往往受到多种调控因素的影响,如温度、pH值、离子浓度、辅因子、抑制物等。
这些因素能够改变酶的构象或与酶结合,进而影响酶的活性。
酶在生物体内往往处于动态平衡状态,在不同的条件下能够调整自身的活性以适应生物体的需要。
综上所述,酶的作用机理主要包括底物亲和力、催化作用、稳定性和调控机制等几个方面。
了解酶的作用机理有助于我们更好地理解生物体内的化学反应过程,同时也为生物医学和生物工程领域的研究提供了重要理论基础。
酶的作用机理是什么

酶的作用机理是什么酶是一种生物大分子,广泛存在于生命体内,是生物体内化学反应的催化剂。
酶在生物体内的作用是非常广泛的,它参与了几乎所有生物体内的代谢过程。
酶能够在生物体内加速和调节化学反应的速率,降低反应所需的能量,使生物体得以维持生命活动。
那么,酶的具体作用机理又是什么呢?酶的结构与功能首先,了解酶的基本结构对探究其作用机理至关重要。
酶通常由蛋白质构成,在其特定的活性中心具有高度特异性。
酶的活性中心是一个能够识别特定底物并催化化学反应的部位。
酶与底物之间的结合是基于酶的空间构象与底物的化学结构之间的配对作用。
酶的作用过程酶的作用可分为多个步骤,包括底物与酶的结合、化学反应过程、生成产物和酶的解离。
在酶的作用过程中,酶通过提供一种受控的环境,降低底物之间的结合能,促使底物之间形成过渡态并加速反应速率。
酶的催化机制酶的催化作用是通过两种主要机制来实现的:酶-底物互作和酶的构象变化。
在酶-底物互作机制中,酶通过辅助底物之间的结合,使底物中的键易于断裂或形成。
而在酶的构象变化机制中,酶通过在底物结合后发生构象变化,使其更容易进行化学反应。
酶的调节和活性酶的活性通常可以受到多种调节因素的影响,包括温度、pH值、离子强度等。
这些调节因素可以改变酶的构象和活性中心的特性,影响酶与底物之间的相互作用。
此外,一些辅助因子如辅酶、金属离子等也可以增强酶的催化活性。
结语综上所述,酶的作用机理是多方面因素共同作用的结果,其重要性不可低估。
深入研究酶的作用机理有助于揭示生物体内代谢过程的本质,为生物技术和医药领域的发展提供重要参考。
对酶的作用机理有更深入的理解,将为探索生命的奥秘提供更广阔的视野。
10第十章 酶的作用机制和酶的调节

第十章酶的作用机制和酶的调节目的和要求:理解、掌握酶活性部位的相关概念和特点;掌握酶催化高效性的相关机理;了解几种酶的催化机制,理解结构和功能的适应性;了解酶活性的调节方式,掌握酶活性的别构调节、可逆共价调节和酶原激活调节方式及生物代谢中的作用。
一、酶的活性部位㈠酶的活性部位的特点1、概念:三维结构上比较接近的少数特异的氨基酸残基参与底物的结合与催化作用,这一与酶活力直接相关的区域称酶的活性部位。
结合部位:专一性催化部位:催化能力,对需要辅酶的酶分子,辅酶或其一部分就是活性中心的组成部分;组成酶活性部位的氨基酸数目对不同酶而言存在差异,占整个酶氨基酸残基小部分酶活性部位的基团:亲核性基团,丝氨酸的羟基,半胱氨酸的巯基和组氨酸的咪唑基。
酸碱性基团:天冬氨酸和谷氨酸的羧基,赖氨酸的氨基,酪氨酸的酚羟基,组氨酸的咪唑基和半胱氨酸的巯基等。
2、特点⑴活性部位在酶分子的总体中只占相当小的部分(1%~2%)⑵酶的活性部位是一个三维实体⑶酶的活性部位并不是和底物的形状互补的⑷酶的活性部位是位于酶分子表面的一个裂隙内⑸底物通过次级键结合到酶上⑹酶活性部位具有柔性㈡研究酶活性部位的方法1、酶分子基团的侧链化学修饰⑴非特异性共价修饰:活力丧失程度与修饰剂浓度有正比关系;底物或可逆的抑制剂可保护共价修饰剂的修饰作用。
⑵特异性共价修饰:分离标记肽段,可判断活性部位的氨基酸残基,如二异丙基氟磷酸(DFP)专一性与胰凝乳蛋白酶活性部位丝氨酸残基的羟基结合。
⑶亲和标记:利用底物类似物和酶活性部位的特殊亲和力将酶加以修饰标记来研究酶活性部位的方法。
修饰剂的特点:①结构与底物类似,能专一性引入到酶活性部位;②具活泼化学基团,能与活性部位某一氨基酸共价结合,相应的试剂称“活性部位指示剂”。
胰凝乳蛋白酶和胰蛋白酶,TPE是酶的底物,TPCK是酶的亲和试剂,当酶与TPCK温浴后,酶活性丧失,这种结合具有空间结构的需求,同时也阻止其他试剂如DFP结合。
《生物化学》酶的作用机制和酶的调节

side view
胃蛋白酶原
在pH5.0以下断裂 切去44个氨基酸片断
胃蛋白酶
溶菌酶
必需基团
酶的活性中心往往只是包括酶蛋白的几个氨基酸残 基,而对于活性中心以外的氨基酸残基,并非是可有可无 的,有些氨基酸残基也是酶表现催化活性所必需的,称为 必需基团。因此酶的活性中心属于必需基团的一部分,必 需基团还包括其它一些对酶活性必需的氨基酸残基。
(五)金属离子催化
1、需要金属的酶分类 (1)金属酶 含紧密结合的金属离子,多属于过渡金 属离子如,Fe2+、Fe3+、Cu2+、Zn2+、 Mn2+或Co3+。 (2)金属-激活酶 含松散结合的金属离子,通常为碱和碱 土金属离子,如Na+、K+、Mg2+或Ca2+。
(五)金属离子催化
2、金属离子以三种主要途径参加催化过程: (1)通过结合底物为反应定向 (2)通过可逆的改变金属离子的氧化态调 节氧化还原反应 (3)通过静电稳定或屏蔽负电荷
(一)酶活性部位的特点
1、活性部位在酶分子的总体中只占相当小的部分。 2、酶的活性部位是一个三维实体。 3、酶的活性部位并不是和底物的形状正好互补的,而 是在酶和底物结合的过程中,底物分子或酶分子, 有 时是二者构象同时发生变化后才互补的。 (诱导 契合学说)。 4、酶的活性部位位于酶分子表面的一个裂缝内,底物 分子结合到裂缝内并发生催化作用。 5、底物通过次级键较弱的的力结合到酶上。 6、酶活性部位具有柔性或可运动性。
广义酸基团 (质子供体) 广义碱基团(质子受体)
(四)共价催化(covalent catalysis)
共价催化又称亲核催化或亲电子催化,在催化时, 亲核催化剂或亲电子催化剂能分别放出电子或汲 取电子并作用于底物的缺电子中心或负电中心,迅 速形成不稳定的共价中间复合物,降低反应活化能, 使反应加速。
第10章 酶促反应动力学(共86张PPT)

—— Km较小者为主要底物
〔2〕Vmax和k3〔kcat)的意义
一定酶浓度下,酶对特定底物的 Vmax也是一个常数。
[S]很大时, Vmax= k3[E] 。 k3表示当酶被底物饱和时,每秒钟每 个酶分子转换底物的分子数,
[St]。E +S E S E +P
〔一〕底物浓度对酶反响速率的影响〔文字描述〕
1、底物浓度低时,反响速率与底物成正比,为 一级反响。
2、底物浓度较高时,反响速率随底物浓度升高 而增加,但不成正比,为混合级反响。
3、底物浓度到达某一恒定值时,反响速率到达最大 ,不在增加。为零级反响。
〔二〕反响速度与底物浓度关系的数学方程式—— 米氏方程〔方程描述)
k1
米氏常数
V= V0[S] Km + [S]
〔三〕米氏曲线〔图形描述〕
最V
大
反V
应 速 率
V/2
b.当[S]很大时
V=V[S]/[S]=V 0 级反响
混合级
a.当[S]很小时
V=V[S]/Km 一级反响
0 Km (米氏常数)
[S]
米氏曲线
〔四〕动力学参数的意义
1、米氏常数Km的意义
V Vmax
③根据Km:
判断某[s]时v与Vmax的关系
判断抑制剂的类型 当t=t½时,c=1/2c0,那么t½=0.
对于简单的二步反响,Km的意义是真实解离常数; 〔一〕基元反响和化学计量方程 酶的最适温度不是一个固定不变的常数。 氰化物、青霉素、毒鼠强等。 反响分子数:反响中真正相互作用的分子的数目。 k3表示当酶被底物饱和时,每秒钟每个酶分子转换底物的分子数,
酶的作用和作用机理

酶的作用和作用机理
在生物化学领域中,酶是一类高效的催化剂,对生物体内各种生物化学反应起着至关重要的作用。
酶在细胞内起到了调控代谢途径、合成分子和分解废物等重要功能。
本文将探讨酶的作用与作用机理。
酶的作用
酶在生物体内参与了各个生物化学反应,可以加速反应速率,降低活化能,从而促进生物体的正常代谢。
以消化系统为例,唾液中的唾液淀粉酶可以催化淀粉分解成葡萄糖,使得食物中的多糖得以被吸收。
类似地,胃蛋白酶可以将蛋白质分解成氨基酸,以供生物体合成自身所需的蛋白质。
此外,酶还可以通过调控代谢路径来维持细胞内的稳态。
例如,ATP合成酶和ATP分解酶协调合成和分解ATP,保持细胞内ATP的水平,从而满足细胞对能量的需求。
酶的作用机理
酶的作用机理主要是通过诱导适当的环境条件,使得底物能够更容易地进入酶的活性中心,并促使反应发生。
酶的活性中心通常是一个具有特定结构的裂解活性相对较高的部分。
酶的活性中心与底物结合后形成酶底物复合物,而这个复合物的形成使得反应能够以更少的活化能发生。
此外,酶的活性会受到温度、pH值等环境条件的影响。
一般来说,酶对于适宜的温度和pH值会有最高的活性,当环境条件偏离适宜范围时,酶的活性会受到影响。
这也是为什么在一些生物学实验中,需要严格控制温度和pH值的原因。
总的来说,酶作为生物体内重要的催化剂,在调控细胞代谢、合成和分解各种生物分子等方面发挥着非常重要的作用。
通过了解酶的作用和作用机理,可以更好地理解生物体内种种生物化学过程的本质。
生物化学(第三版)第十章 酶的作用机制和酶的调节课后习题详细解答_ 复习重点

第十章酶的作用机制和酶的调节提要酶的活性部位对于不需要辅酶的酶来说,就是指酶分子中在三维结构上比较靠近的几个氨基酸残基负责与底物的结合与催化作用的部位,对于需要辅酶的酶来说,辅酶分子或辅酶分子上的某一部分结构,往往也是酶活性部位的组成部分。
酶活性部位有6个共同特点。
研究酶活性部位的方法有:酶分子侧链基团的化学修饰法,动力学参数测定法,X射线晶体结构分析法和定点诱变法,这些方法可互相配合以判断某个酶的活性部位。
酶是催化效率很高的生物催化剂,这是由酶分子的特殊结构所决定的。
经研究与酶催化效率的有关因素有7个,即底物和酶的邻近效应与定向效应,底物的形变与诱导契合,酸碱催化,共价催化,金属离子催化,多元催化和协同效应,活性部位微环境的影响。
但这些因素不是同时在一个酶中其作用,也不是一种因素在所有的酶中起作用,对于某一种酶来说,可能分别主要受一种或几种因素的影响。
研究酶催化的反应机制,始终是酶学研究的一个重点,通过大量的研究工作,已经对一些酶的作用机制有深入了解,该章对溶解酶、胰核糖核酸酶A、羧肽酶A、丝氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶等的催化作用机制进行了详尽的讨论。
酶活性是受各种因素调节控制的,除了在第8章中已介绍的几种因素外,主要还有①别构调节,例如ATCase。
②酶原的激活,如消化系统蛋白酶原的激活及凝血系统酶原的激活。
③可逆共价修饰调控,如蛋白质的磷酸化,一系列蛋白激酶的作用。
通过以上作用,使酶能在准确的时间和正确的地点表现出它们的活性。
别构酶一般都是寡聚酶,有催化部位和调节部位,别构酶往往催化多酶体系的第一步反应,受反应序列的终产物抑制,终产物与别构酶的调节部位相结合,由此调节多酶体系的反应速率。
别构酶有协同效应,[S]对υ的动力学曲线呈S形曲线(正协同)或表现双曲线(负协同),两者均不符合米氏方程。
ATCase作为别构酶的典型代表,已经测定了其三维结构,详细研究了别构机制和催化作用机制。
为了解释别构酶协同效应的机制,有两种分子模型受到人们重视,即协同模型和序变模型。
第10章 酶的作用机制和酶的调节

溶菌酶 胰凝乳蛋白酶 胃蛋白酶 木瓜蛋白酶 羧肽酶A 129 241 348 212 307 Asp52, Glu35 His57, Asp102, Ser195 Asp32, Asp215 Cys25, His159 Arg127, Glu270,Tyr248,Zn 2+
(一)别构调控
1、别构酶的概念 别构酶也称变构酶,它是代谢过程中的关键酶。除了具有酶的 活性部位外,还有一个调节部位。通过效应物(调节物)和酶 的别构部位的结合来调节其活性,从而调节酶反应速度和代谢 过程。
2、别构效应(allosteric effect):调节物或效应物
与酶分子上的别构中心结合后,诱导出或稳定住酶分子的某种 构象,使酶活性中心对底物的结合和催化作用受到影响,从而 调节酶反应速度及代谢过程,此效应即为酶的别构效应。 凡能使酶分子发生别构作用的物质称为效应物或别构剂,通常为小 分子代谢物或辅因子。如因别构导致酶活性增加的物质称为正效应 物或别构激活剂。反之称为负效应物或别构抑制剂。
在非极性环境中两个带电基团之间的静电作用比在极性 环境中显著增高。当底物分子与酶的活性部位相结合, 就被埋没在疏水环境中,这里底物分子与催化基团之间 的作用力将比活性部位极性环境的作用力要强得多。这 一疏水的微环境大大有利于酶的催化作用。
三、
52
五、酶活性的调节控制
(三)研究酶活性部位的方法
1.酶分子侧链基团的化学修饰法
(1)非特异性共价修饰
某些化学试剂能和酶蛋白中氨基酸残基的侧链基团反应而 引起共价结合、氧化或还原等修饰反应,使基团的结构和 性质发生改变。如果某基团修饰后不引起酶活力的变化, 可以初步认为,此基团可能是非必需基团。反之,如修饰 后引起酶活力的降低或丧失,则此基团可能是酶的必需基 团。 修饰剂已和活性都位基团结合的鉴别标准有两个: ①酶活力的丧失速率和修饰剂浓度成正比。 ②底物或与活性部位结合的可逆抑制剂可保护共价修饰剂 的抑制作用。
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第十章酶的作用机制
P384
(一)酶的活性部位
(1)酶活性部位:酶的特殊催化能力只局限在大分子的一定区域,活性部位又称活性中心。
酶分子中与酶活力直接相关的区域称为活性中心,分为:
①结合部位:负责与底物结合,决定酶的专一性。
②催化部位:负责催化底物键的断裂或形成,决定酶的催化能力。
对需要辅酶的酶,辅酶分子或辅酶分子某一部分结构往往是酶活性部位组成部分。
(2)酶活性部位特点:
1. 活性部位只占酶分子中相当小的部分,通常1~2%。
P384 表10-1列举一些酶活性部位的氨基酸残基。
如溶菌酶一共129个氨基酸残基,活性部位为Asp52和Glu35;胰凝乳蛋白酶241个残基,活性部位为His57,Asp102,Ser 195。
2. 活性部位为三维实体。
活性部位氨基酸残基在一级结构上可能相距甚远,甚至不在一条肽链上,但在空间结构上相互靠近。
因此空间结构破坏酶即失活。
活性中心以外部分可为酶活性中心提供三维结构。
3. 酶与底物的结构互补是指在酶和底物结合过程中,相互构象发生一定变化后才互补。
如P385 图10-1。
4. 活性部位位于酶分子表面的一个裂缝内。
裂缝中为一个疏水微环境,也含有某些极性氨基酸残基有利于催化,底物在此裂缝内有效浓度很高。
5. 酶与底物结合形成ES复合物主要靠次级键:氢键、盐键、范德华力和疏水相互作用。
6. 酶活性部位具有柔性和可运动性。
(二)研究酶活性部位的方法
(1)酶侧链基团化学修饰法:
1.特异性共价修饰:如二异丙基磷酰氟(DFP)专一地与酶活性部位Ser-OH的羟基共价结合,使酶失活。
如胰凝乳蛋白酶共28个Ser,但DFP只与活性中心的Ser反应,见P386。
反应后,用HCl将酶部分水解,得含二异丙基磷酸酯(DIP)基团的肽的片断,序列分析定出DIP-Ser为Ser195。
2.亲和标记:用与底物结构相似的修饰剂,对酶活性部位进行专一性共价修饰。
如TPCK(结构式见P387),结构与胰凝乳蛋白酶的底物对甲苯磺酰-L-苯丙氨酸乙酯(TPE)类似,TPCK只与胰凝乳蛋白酶中His57结合,说明His57为该酶活性部位的一个氨基酸残基。
(2)X-射线晶体结构分析:
可提供酶分子三维结构,了解酶活性部位氨基酸残基所处相对位置与状态,与底物结合后酶分子在底物周围氨基酸残基排列状况,被作用键周围残基状况等。
由此提出活性中心处氨基酸残基组成及催化作用形式。
如溶菌酶:对它水解的糖苷键周围氨基酸残基分析后确定酶的催化基团为Glu35和Asp52。
又如胰凝乳蛋白酶经X-射线晶体结构分析,表明活性部位由Ser195、His57和Asp102组成,并提出这三个氨基酸残基联在一起形成一个“电荷中继网”,如P409 图10-40所示:①没有底物时,His57未质子化,三联体排列为A;②在加上底物后,Ser195转移一个质子给His57,带正电荷的咪唑环通过带负电荷的Asp102静电相互作用被稳定,成为B。
详细酶作用机制见P410 图10-42。
(三)影响酶催化效率的有关因素:
(1)底物和酶的邻近效应与定向效应。
酶催化反应高效率一重要原因是将分子间反应变为分子内反应。
邻近效应:底物与酶先形成中间体络合物,两分子成一个分子,分子内反应速度比分子间反应速度提高。
P388 图10-2 所示:用咪唑催化乙酸对硝基苯酯水解来证实:咪唑可催化乙酸对硝基苯酯的酯键水解成乙酸和对硝基苯酚;若将咪唑分子先共价连接在底物上,在分子内催化酯键
水解,可增速24倍。
定向效应:底物反应基团和酶催化基团正确取位会大大加速反应。
P389 表10-3 用二羧酸单苯酯水解相对速度和结构关系实验表明:分子内催化反应,当催化基团羧基与酯键愈邻近并有一定取向,反应速度愈大。
每移去一个旋转自由度,反应速度约增加200倍。
又如P389所示制备邻羟苯丙酸内酯的分子内酯化反应表明:当在分子中引入甲基使羧基和酚羟基定位,反应速率可提高2.5×1011倍。
(2)底物的形变和诱导契合:
酶使底物分子内敏感键中某些基团的电子云密度增高或降低,产生“电子张力”,底物扭曲而接近过渡态,使反应加速。
如具有五元环构象的乙烯环磷酸酯(P390),由于构象更接近磷酸酯水解时的过渡态,P-O 键有电子张力,因此水解速度是磷酸二甲酯的108倍。
溶菌酶作用细菌细胞壁,水解由N-乙酰基葡萄糖胺等构成的糖苷键。
溶菌酶与底物结合时会引起糖环构象由椅式变成半椅式,可加速水解。
(3)酸碱催化:
酶为广义酸碱催化。
咪唑基既是一个强亲核基团,又是一个有效的广义酸碱催化功能基团,因此蛋白质中His含量虽少,但却占有重要的地位。
此外酶蛋白中还有氨基、羧基、巯基、羟基等,都具有广义酸碱催化功能。
(4)共价催化:
有亲核催化或亲电催化。
酶在催化过程中形成中间物,P392 表10-5列出形成共价中间物的一些酶。
酶分子中氨基酸侧链上有许多亲核基团如羟基、巯基、咪唑基等,可进攻底物的酰基、磷酰基和糖基等。
(5)金属离子催化:
几乎三分之一的酶催化需要金属离子,金属离子可以与酶紧密结合,也可以是松散结合。
①金属作用与H+相似,但由于带正电荷更多而作用更强,且容易维持一定浓度。
②金属离子可通过电荷屏蔽作用而促进反应。
如Mg++屏蔽ATP中磷酸基负电荷,消除负电荷排斥作用而加速激酶的反应,此时激酶真正作用底物是Mg2+-A TP,而不是ATP,见P394。
③金属离子通过水的离子化,使水分子更具酸性,促进亲核催化。
④许多氧化还原酶都含有金属的辅基。
(6)多元催化和协同效应:
酶催化反应时常常是几个功能团适当排列共同作用。
如胰凝乳蛋白酶活性中心处三个氨基酸残基组成“电荷中继网”,催化肽键水解;核糖核酸酶催化水解时,His12起广义碱催化作用,接受一个质子,而His119起广义酸作用,和磷酸的氧原子形成氢键。
亚胺内酯水解:在咪唑缓冲液中得酰胺,而在磷酸缓冲液中,尽管pH相同产物却为胺和酯,其区别即为磷酸盐双功能催化。
(7)微环境影响:
酶促反应在酶表面的疏水裂缝(活性中心)中进行,如同反应在有机溶剂中进行,反应基团不为溶剂化,亲核亲电反应均可加速。
如溶菌酶Glu35的羧基在非极性区,催化功能增速3×106倍。
模拟酶由此设计胶束模拟酶和环糊精等。
(四)酶催化反应机制实例:
溶菌酶(Lysozyme,EC3.2.1.17)是第一个用X-衍射阐明结构和功能的酶。
生物功能为催化某些细菌细胞壁多糖的水解,结构如P395图10-9所示。
细胞壁是由NAG(N-乙酰氨基葡萄糖)和NAM(N-乙酰氨基葡萄糖乳酸)通过β(1→4)糖蔗键交替排列而成的多糖。
溶菌酶底物为NAG-NAM交替的六糖,可表示为ABCDEF。
(1)在酶活性部位凹穴中,底物受酶影响D-环发生变形,糖环构象从椅式变成能量较高的半椅式或船式,接近过渡态构象。
(2)酶活性基团处于非极性区的Glu35的羧基不解离,提供一个H+到D环与E环间的糖苷键上氧原子上,D环上的C1与氧原子间的糖苷键断开,形成正碳离子(SP2)过渡态中间物,并
为处于极性区的活性基团Asp52上的羧基负离子所稳定。
六糖中的E及F两糖残基成HO-EF离开,如P398图10-16所示。
(3)正碳离子中间产物进一步与来自溶剂中的-OH反应,解除SP2张力,ABCD四糖残基离开酶分子,Glu35同时质子化恢复原状。
如P399图10-17所示。
(4)至次一次反应完成,细胞壁打开一个缺口。