如何利用dnasp软件计算单倍型多样性,核苷酸多样性,单倍型数量PAUP软件构建MP树
POPGENE、NTSYS、AMOVA软件使用心得
前言做分子标记的同学都知道，数据分析基本全靠软件。
目前网上有很多软件可以用，POPGENE、NTSYS、AMOV A是最常用的，几乎所有文献中都有用到这三种，另外如果要计算异交率、自交率还要用到MLTR软件，但是这个软件我在网上找了好久都没有中文的使用说明，自己摸索了一段时间，虽然数据格式算是弄懂了，但数据分析时参数的设置还是搞不懂，所以索性没用这个软件分析了。
我的课题是用ISSR检测遗传多样性的，当时在网上搜罗软件的时候就发现，各种软件都有热心网友进行了总结，也写了使用攻略，只是一般都是单个软件写的，找起来挺麻烦，当时找了好几个论坛才找齐，所以我当时对自己说，等我写好论文，我要把这些软件的使用方法全总结在一起，方便大家使用，现在论文撰写总算告一段落了，也该实践这个承诺了。
下面我就依次把POPGENE、NTSYS、AMOV A的使用方法通过图文的方式展现给大家，数据用我自己论文的数据。
不过我的水平有限，也只会对有限的几个参数进行检测，这篇文章也只能作抛砖引玉了，希望有更多的朋友把自己的心得发上来，如果有会用MLTR的也希望能把使用方法拿出来共享一下啦！生物秀ID：bobolove第一部分POPGENE 1.32POPGENE这个软件可以用来测很多遗传多样性参数，包括等位基因数（Na，Ne）、Nei’s 遗传多样性指数（He）、shannon’s多样性信息指数（I）、多态位点百分率（PPB）、遗传分化值（Gst）、基因流（Nm）、遗传距离等等，是用来检测遗传多样性最普遍的软件，使用起来也不难，只要把数据格式弄好就可以了。
1.1 数据格式数据格式在所有软件使用里都是最重要的，把我们检测到的条带在EXCLE里转换成01矩阵后，要再输入TXT里才能在POPGENE中使用。
图1-1是在TXT文档里的数据格式。
图1-1 POPGENE数据格式1.2 打开软件，载入数据依次执行：file→load data→dominate marker data(对ISSR来说是显性标记)→目标TXT 文档，打开后如图1-2所示。
利用DNA池和测序技术快速筛查候选效应单倍型
农业生物技术学报 Journal of Agricultural Biotechnology 2008,16(2):281~285*基金项目：国家重点基础研究发展规划项目(No.2006CB102100)资助。
**通讯作者。
Author for correspondence.教授， 博导， 主要从事分子遗传与动物育种研究。
Email:<xqzhang@>. 收搞日期：20070725 接受日期： 20070929 ·研究论文· 利用 DNA 池和测序技术快速筛查候选效应单倍型*杜红丽 1 ，崔建勋 2，张细权 3 **（1.华南理工大学生物科学与工程学院， 广州 510640； 2.广东省农业科学院科技情报研究所， 广州 510640；3.华南农业大学动物科学学院，广州510642） 摘要： 选取产蛋性能具有明显差异的 4 个鸡 （） 品种 （莱航鸡、 阳山鸡、 丝羽乌骨鸡和隐性白洛克鸡）构建品种 DNA 池， 通过测序研究鸡催乳素基因 5' 侧翼调控区部分序列 （1028bp ） 的单倍型， 快速筛查到由 4 个单核苷酸多态性 （SNP ） 位点 （C2402T 、 C2161G 、 C2062G 和 G2040A ） 组成的 2 种最常见单倍型 CCCG 和 TGGA ， 其中 CCCG 在莱航鸡品种中的频率接近 1， 可能利于产蛋。
再利用 RFLP 和 SSCP 将这 4个位点在品种及家系中进行基因分型， 基因分型之后的统计结果与测 序的结果基本相符。
利用农大褐伊泰和丝羽乌骨鸡家系检测CCCG 单倍型的效应， 发现含有此单倍型的单倍型组合具有更高的 产蛋量。
由 6个位点组成的单倍型H3 （CCTCTG ， 由CCCG 再加上T2101和T2054组成） 在莱航鸡的频率为 1， 在参考家系中 检测H3的效应， 发现含有 H3的单倍型组合具有很高的产蛋量， 并且与其它类型达到显著性差异。
应用软件计算生物多样性指数
应用软件计算生物多样性指数在生物多样性研究中，计算生物多样性指数是一项关键任务。
随着科技的进步，应用软件的发展为这类计算提供了极大的便利。
本文将介绍一款应用软件，并阐述如何使用它来计算生物多样性指数。
本文的主题为“应用软件计算生物多样性指数”。
在此主题下，我们将介绍一款专门为此目的设计的软件，并详细说明如何使用它来计算生物多样性指数。
本款应用软件名为“生物多样性计算器”，它是一款专门为生物多样性研究者设计的工具。
软件界面友好，操作简便，并能有效处理大规模数据。
通过该软件，研究者可以轻松计算生物多样性指数，从而更好地进行生物多样性评估与保护工作。
(1)数据输入：用户可以直接输入生物种类和种群数量等数据，或者导入外部数据文件。
(2)数据分析：软件内置多种生物多样性指数计算方法，如Simpson 指数、Shannon-Wiener指数等。
(3)数据可视化：软件支持将计算结果以图表形式呈现，方便研究者进行结果分析。
(4)数据导出：用户可以将计算结果和可视化图表导出为CSV或PNG文件，以便进一步处理和使用。
(1)下载并安装“生物多样性计算器”软件。
(2)打开软件，在主界面中选择需要计算的生物多样性指数类型，如Simpson指数或Shannon-Wiener指数。
(4)点击“计算”按钮，软件将自动计算并显示出生物多样性指数。
(5)如果需要，可以使用软件提供的数据可视化功能，将计算结果以图表形式呈现。
(6)可以将计算结果和可视化图表导出为CSV或PNG文件，以便进一步处理和使用。
在撰写本文时，我们始终注重逻辑清晰和条理分明。
首先介绍了应用软件计算生物多样性指数的主题，然后阐述了软件的基本概念和功能，最后详细讲解了如何使用该软件进行生物多样性指数计算。
通过逐步展开情节的方式，使读者能够轻松理解整个计算过程。
在本文的撰写过程中，我们始终注重语言的准确性和简洁性。
通过使用通俗易懂的语言，以及避免使用口语化和夸张的表达方式，我们确保了文章的语言表达准确无误。
如何利用dnasp软件计算单倍型多样性核苷酸多样性单倍型数量PAUP软件构建MP树
如何利用dnasp软件计算单倍型多样性，PAUP软件构建MP树1、利用BioEdit和Clustalx对所有需要构建系统进化树的个体进行序列比对2、将Clustalx比对结果中的*.aln文件利用BioEdit打开，在其中删除clustal cons文件，这时候有一行“*******”消失，将该文件转存为*.fst格式文件。
3、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择analysi s→DNA polymorphism，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，在弹出的对话框中的Number of Haplotypes,后面对应的数值即为单倍型多样性，Standard Deviation of Haplotype diversity后面对应为SD（标准差）值。
在该对话框中Nucleotidy diversity即为核苷酸多样性。
注：单倍型多样性即指在某一个种群或几个种群中存在差异序列的数量。
4、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择Genetate→Haplotype Datefile，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，在弹出的对话框中输入保存的路径和文件名（注意不要修改扩展名），点击确定，在弹出的对话框中给出了单倍型数量和每个单倍型中包含的样本信息，在后续处理中每个单倍型只需选择一个样本。
5、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择Overview→polymorphismdate，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，里面有单倍型多样性和核苷酸多样性信息。
6、由于PAUP并不识别该格式软件，因此需要利用dnasp软件将其转存为*.nex格式，方法如下，用dnasp软件打比对后的*.fat格式文件，在菜单中选择fil e→save/export date as →NEXUS file format，命名，选择路径。
7、打开PAUP软件，打开刚才利用dnasp转存的文件。
R软件计算生物多样性指数
R软件计算生物多样性指数R软件计算生物多样性指数R软件中有众多的程序包可以进行生物多样性指数的计算，这里介绍一下用vegan包计算生物多样性指数的方法：将R软件安装好后，输入以下命令，即可计算出常用的生物多样性指数。
#第一步#是矩阵的整理，建议在Excel中整理成如下格式，再用R整理成物种矩阵,注意:列的名字要完全一致，包括大小写。
plotname species abundanceplot1 sp1 3plot1 sp2 6plot1 sp3 1plot1 sp4 2plot1 sp5 1plot2 sp1 8plot2 sp3 30plot3 sp4 2plot3 sp2 1plot3 sp6 1plot3 sp7 3.....#在Excel中，另存为csv格式，如存名称为 herbplots.csv。
#第二步读取文件herb.data<- read.csv("D:/herb/herbplots.csv", header=T)#第三步转换为矩阵#导入spaa程序包，如果没有安装的话，需要用install.packages('spaa')安装library(spaa)herb.mat<- data2mat(herb.data)#此时生成的矩阵，形式如下：plots sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7plot1 3612100plot2 80300000plot3 0102013#导入vegan ，如果没有安装的话，需要先安装vegan程序包install.packages("vegan")library(vegan)#计算Shannon-Wiener指数Shannon.Wiener <- diversity(herb.mat, index ="shannon") #计算Simpson指数Simpson <- diversity(herb.mat, index ="simpson")#计算Inverse Simpson指数Inverse.Simpson <- diversity(herb.mat, index ="inv")#计算物种累计数S <- specnumber(herb.mat)plot(S)#计算Pielou均匀度指数J <- Shannon.Wiener/log(S)。
序列分析软件DNAMAN_的使用方法中文
4．DNA 序列比对分析 （Dot Matrix Comparision）
要比较两个序列，可以使用DNAMAN 提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision （点矩阵比较）通过 Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面， 点击对比界面左上角的按钮，出现下列 对话框：
Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数， 其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许 可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项， 是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点 表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
饶志明
博士/教授／ 博士生导师
江南大学生物工程学院工业微生物中心 江南大学工业生物技术教育部重点实验室
E-mail: raozhm@
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析 软件。由于它功能强大，使用方便，已 成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：
3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
将待分析的序列装入Channel，点击要分析的 Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开 对话框， 参数说明如下： Results 分析结果显示 其中包括： Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点） Draw restriction map（显示限制性酶切图） Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）
基因测序数据分析的方法与工具介绍
基因测序数据分析的方法与工具介绍基因测序是一种广泛应用于生物学和遗传学研究的技术，它可以揭示生物体的基因组结构和功能。
然而，从测序仪中获得的原始数据是一大批序列片段，需要经过严格的数据分析和解释才能提取有用的信息。
本文将介绍基因测序数据分析的一些常用方法和工具，帮助读者更好地理解和应用基因测序数据。
1. 数据预处理基因测序数据通常包含原始测序片段，这些片段需要进行一系列的预处理步骤，以确保数据质量和一致性。
预处理可以包括去除低质量碱基、去除引物序列、纠正读长和碱基错误等。
常用的工具包括Trimmomatic、Cutadapt和FastQC等。
2. 序列比对与拼接在数据预处理之后，将测序片段与参考基因组或相关数据库中的序列进行比对和拼接，以确定样品中的基因组成。
常用的比对工具有Bowtie、BWA和BLAST等。
拼接工具可以将测序片段组装成连续的序列，如SOAPdenovo和SPAdes等。
3. 变异检测与注释变异检测是基因测序数据分析的重要一环，可以帮助鉴定基因组中存在的变异，如单核苷酸多态性（SNP）、插入/缺失（Indel）和结构变异等。
常用的变异检测工具有GATK、Samtools和VarScan等。
注释工具可以对检测到的变异进行功能注释，如SnpEff和ANNOVAR等。
4. 转录组分析转录组测序是研究基因表达的重要手段，可以揭示不同条件下基因的表达差异和转录本变异。
转录组分析通常包括表达量估计、差异表达基因分析和功能富集分析等。
常用的工具有Cufflinks、DESeq2和GOseq等。
5. 小RNA测序分析小RNA是一类长度较短的RNA分子，具有多种生物学功能。
小RNA 测序分析可以帮助研究者鉴定和定量各种类型的小RNA，如miRNA、siRNA和piRNA等。
常用的工具有miRDeep、mirBase和RNAhybrid等。
6. 元组分析元组分析可以从基因组和转录组的角度研究微生物群落的组成和功能。
Shesis软件使用说明中文说明
主页/SHEsisMain.htm计算页面/myAnalysis.phpShesis软件使用说明1． Choose the analysis you need，选择你所需要的分析种类，一共有3种：I Single site analysis 也就是对每个位点进行分析，主要是进行等位基因频率，基因型频率的统计，以及针对等位基因和基因型分别进行case组和control组的卡方检测和odds ratio的计算，最后当然也会分别对case组和control组进行HWE的检测。
II Pair-loci D’/r2 value 选择了这个选项后，软件会对输入的所有位点进行两两的D’和r2的计算。
比如说输入了3个位点的数据，那么就会进行12，13和23这三种组合的计算。
D’和r2都是用来对位点间LD紧密程度进行度量的两个值。
III Haplotype analysis 选择了这个选项的话，就可以对单倍型进行分析了。
分析结果包括这些位点形成了哪些单倍型，每个单倍型的频率，以及单倍型频率在case和control中的分布是否有差异。
这时候软件会为每种单倍型都给出一个p值，这个值代表这种单倍型是否在分组中有差异，另外还会给出一个总的p值，这个值是对所有单倍型综合考察后得出的。
最后也会给出odds ratio的值。
以上3项至少选1项，可以3项都选。
2． Number of sites 这里输入你所需要分析的位点数，不要输错哦。
3． Selected sites for haplotype analysis 在这里你可以通过输入一个字符串来选择对哪些位点进行单倍型分析，比如你输入了4个位点的数据，但是你只想分析第一，第二，第四个位点形成的单倍型的情况，那么你可以输入1 1 0 1，这样的话第三个位点就不会被分析了。
如果不输入，默认是所有位点都分析。
4． Calculate linkage disequilibrium in 这个下拉菜单可以让你选择在计算LD的时候，是只在case中或者control中计算还是全都计算。
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如何利用dnasp软件计算单倍型多样性，PAUP软件构建MP树
1、利用BioEdit和Clustalx对所有需要构建系统进化树的个体进行序列比对
2、将Clustalx比对结果中的*.aln文件利用BioEdit打开，在其中删除clustal cons文件，这
时候有一行“*******”消失，将该文件转存为*.fst格式文件。
3、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择analysi s→DNA polymorphism，
弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，在弹出的对话框中的Number of Haplotypes,后面对应的数值即为单倍型多样性，Standard Deviation of Haplotype diversity后面对应为SD（标准差）值。
在该对话框中Nucleotidy diversity即为核苷酸多样性。
注：单倍型多样性即指在某一个种群或几个种群中存在差异序列的数量。
4、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择Genetate→Haplotype Date
file，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，在弹出的对话框中输入保存的路径和文件名（注意不要修改扩展名），点击确定，在弹出的对话框中给出了单倍型数量和每个单倍型中包含的样本信息，在后续处理中每个单倍型只需选择一个样本。
5、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择Overview→polymorphism
date，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，里面有单倍型多样性和核苷酸多样性信息。
6、由于PAUP并不识别该格式软件，因此需要利用dnasp软件将其转存为*.nex格式，方法
如下，用dnasp软件打比对后的*.fat格式文件，在菜单中选择fil e→save/export date as →NEXUS file format，命名，选择路径。
7、打开PAUP软件，打开刚才利用dnasp转存的文件。
这时会在对话框下方出现如图1所
示文字。
图1
8、在下面的框中依次输入下面命令即可。
命令如下：
注：其中第三和第四步需要运行一段时间后再输入下一命令。
第七步需要输入要保存的文件名。
将红色的*换成文件名。
这样就构建完MP树了。
1）set criterion = parsimony maxtrees = 1000 increase = auto autoclose = yes
2）pset gapmode = newstate
3）hsearch addseq = random nreps = 100 swap = TBR
4）bootstrap nrep = 1000 keepall = yes cutoffpct = 0
search = heuristic / addseq = random nreps = 20 swap = TBR
5）showtree all / root = outgroup
6）describetree 1 / plot = phylogram brlens = yes root = outgroup
7）savetrees file = *.tre root = yes brlens = yes savebootp = both from = 1 to = 1
8）log stop
9）factory
10)quit
简便MP建树方法，适合于单倍型大于80的计算：
1. outgroup 外群1 外群2 外群3……
2. set criterion = parsimony maxtrees = 100（数值可以随意，但不能是1000，系统运算不过来）
3. pset gapmode = newstate
4. hsearch addseq = random nreps = 100 swap = TBR
5. bootstrap nrep = 1000 keepall = yes cutoffpct = 0
search = heuristic / addseq = random nreps = 20 swap = TBR
6. showtree all / root = outgroup
7. describetree 1 / plot = phylogram brlens = yes root = outgroup
8. savetrees file = *.tre root = yes brlens = yes savebootp = both from = 1 to = 1
9. log stop
10. factory
11. quit。