单倍型
人类Y染色体DNA单倍型类群
目录 [隐藏]∙ 1 树形图∙ 2 单倍型类群A 和 B∙ 3 有M168 (CT)变异的单倍型类群 ∙ 4 单倍型类群 F (G, H & IJK) ∙ 5 单倍型类群 K (M9) ∙ 6 单倍型类群 NO (M214) ∙ 7 单倍型类群 P (M45) ∙ 8 单倍型类群在欧洲的时间发展 ∙ 9 同见 ∙ 10参考文献 ∙11 外部链接[编辑]树形图单倍型类群 S [编辑]单倍型类群A 和B单倍型类群A是非洲人的子单倍型类群，现代的所有单倍型类群起源点。
BT是单倍型类群A的分支。
它有两个主要谱系，单倍型类群B和CT。
定义突变分离CT（除A和B的所有单倍型类群）为M168和M294。
这些突变早于“走出非洲”的迁移。
DE突变的定义可能发生在非洲东北部，大约65,000年前。
[1] P143突变定义了单倍型类群CF。
可能发生在那时，将现代人类带至亚洲南部海岸。
亚, 密克罗尼西亚, 和玻利尼西亚▪单倍型类群C3分布▪单倍型类群D2 (M55, M57, M64。
1, M179, P12, P37。
1, P41。
1 (M359。
1), 12f2。
2)▪单倍型类群D3 (P47)▪单倍型类群E(Y-DNA)分布单倍群F和其后代分布▪单倍型类群F*分布于南部印度, 斯里兰卡, 云南, 朝鲜半岛▪单倍型类群G分布▪单倍型类群G2c1▪单倍型类群H分布45000年前分离▪单倍型类群I分布岛 I2B1 (m223)主要分布于西部, 中部,和北欧。
▪单倍型类群J分布▪单倍型类群L (M20) 分布于南亚, 中亚, 西南亚,地中海▪单倍型类群T分布单倍型类群O分布单倍型类群Q分布Q被定义由SNP M242。
认为出现在大约35000-40000年前的中亚。
单倍型类群Q的亚类型和定义变异,根据2008 ISOGG树[4]在下文提供。
ss4 bp, rs41352448, 不出现在ISOGG 2008树因为STR。
HaplogroupR1b（Y-DNA）
Haplogroup R1b (Y-DNA)在人类遗传学，单倍群r1b是最经常发生的Y染色体单倍型类群在西欧，部分中央欧亚大陆（例如巴什基尔[ 3 ]），并在撒哈拉以南非洲中部（例如在乍得和喀麦隆）。
r1b也是目前在较低频率的整个东欧，西亚，中亚，和部分南亚和北非。
由于欧洲移民也达到高频率在美洲和澳大利亚。
而西欧主要是由r1b1a2（r-m269）分支的r1b，chadic-speaking非洲地区为主的分公司称为r1b1c（r-v88）。
这些代表了非常成功的“树枝”在一个更大的“家庭树”。
“r1b”，“r1b1”，等等都是“进化”或家庭树的名字解释分支的家谱r1b。
例如r1b1a 和r1b1b将分支r1b1降，从一个共同祖先。
这意味着，这些名称可以改变的新发现。
替代道路命名单倍群是指单核苷酸多态性突变用于定义和确定，例如“r-m343”相当于“r1b单倍群。
”r1b是换句话说，现在确定存在的单核苷酸多态性（单核苷酸多态性）基因突变m343，这是发现在2004。
[ 4]从2002至2005，r1b的定义存在的单核苷酸多态性的命名系统。
标准化命名如上所述，使用系统发育或突变系统，首次提出在2002染色体的财团。
2002之前，今天的单倍群r1b有一些名字在不同的命名系统，如hg1和eu18。
[ 5]2002后，一个重大更新的系统发育命名你的概念车是在2008的karafet等人。
它考虑了新发现的分支，可以明确界定的单核苷酸多态性突变，其中包括一些变化的理解，r1b的家谱。
[ 1]2008以来已成为越来越需要参考的经常更新的网站列出了isogg。
[ 2]也在2002之前，主要的基因签名的基础上标记比其他的单核苷酸多态性是公认的。
在西欧，单倍型被称为大西洋模态单倍型被认为是最常见的威尔逊等人。
[ 6]甚至更早的研究采用限制性片段长度多态性基因分型确定不同的单体型在现在所称的r1b1b2。
在欧洲东南部和亚洲西南部（例如巴尔干地区，格鲁吉亚和土耳其）“单倍型35”或“ht35”被认为是一种常见的形式，r1b1b2，而在西欧的“单倍型15”或“ht15”为主的频率。
变异性分析中不管怎样划分种群都是需要选取核心单倍型
变异性分析中不管怎样划分种群都是需要选取核心单倍型变异性分析中的核心单倍型选择随着人类种群研究的逐渐深入，越来越多的人开始涉足变异性分析领域。
在这个领域中，我们需要对不同的种群进行比较，以了解它们之间的差异和相似之处。
然而，在进行变异性分析时，选择核心单倍型是至关重要的，因为这将直接影响到我们的结果和结论。
本文将讨论为什么不管怎样划分种群都是需要选取核心单倍型。
什么是核心单倍型？核心单倍型指的是在种群中频率最高的单倍型或基因型。
在分析种群的变异性时，核心单倍型通常被用作参考基准，因为它代表了该种群中的主要基因型。
根据种群大小和复杂性的不同，核心单倍型的选择可能存在挑战和争议。
为什么需要选择核心单倍型？在进行变异性分析时，通常需要对某个区域的基因进行测序，以确定基因型。
这个区域可以是人类基因组的一小部分，也可以是完整的染色体。
随着频率更高的基因型的发现，核心单倍型往往会变化。
如果不选择核心单倍型，则很难进行种群比较，因为不同的基因型数量和类型可能会相互影响，导致结果的误差和混淆。
因此，核心单倍型选择在变异性分析中是非常重要的。
为什么不管怎样划分种群都是需要选择核心单倍型？在变异性分析中，我们通常需要进行种群分组，以便对比不同种群间的遗传差异。
这种分组可以基于地理位置、性别、种族、年龄等诸多因素进行。
无论该种群如何划分，都需要在每个种群中选择核心单倍型，以确保结果的一致性和精度。
如果没有选择核心单倍型，可能会导致以下问题：1.种群比较的不一致性由于不同的基因型数量和类型，不同种群之间可能会出现误差和混淆，导致结果不可靠。
2.数量有限的数据集如果数据集过小，则有可能无法选择出频率最高的基因型作为核心单倍型，这将使得结果不准确。
3.数据集数量不平衡如果一个数据集中有一些异常值或不同种群的数据不平衡，那么选择核心单倍型就更加困难。
为了解决这些问题，我们需要在变异性分析中始终选择核心单倍型，并以它为基准进行种群比较。
SNP、单倍型与连锁不平衡分析
SNP
• 指染色体DNA序列中的某个位点由于单核 苷酸的变化而引起的多态性，在群体中的 频率>1%
SNP的基本类型
• 转换与颠换 • 转换：颠换=2：1
SNPs分析：基于实验的方法
SNPs分析：基于实验的方法
• 利用数据库中的大量序列信息，采用生物 信息学软件
• NCBI dbSNP /snp/
Expectation-Maximization(EM)算法进行样本 单体型频率的最大似然估计
连锁不平衡
连锁不平衡
LD的定义式：D=fAB- fA*fB
LD产生的原因
• LD是由突变或重组形成的。在染色体某一 SNP附近有新的突变产生时，则LD出现
– 重组的生：两位点间LD程度低。
• 理论上，LD强度与2个SNP间的距离有关
• Ensembl /index.html
单倍型
标签SNP
单倍型推断
• Phase（贝叶斯算法）：根据自然人群中的 理论值预测单倍型的类型
/software.html #fastphase • Haploview（最大似然算法），采用
– 距离越小：发生重组机会越小— LD强 – 距离越大：发生重组机会越大— LD 弱
• 实际上，也有距离很近不存在LD，而距离 相当远（超过100kb）存在LD
LD的度量
• LD的度量一般不直接使用LD定义式，而对D 进行归一化后，用LD系数D’和r2进行检验
• 取值范围：0（无LD）—1(完全LD)
– /software/LDsoftware.shtml
Haplotypes median-joining network
D’的意义
单倍型分析及其在全基因组关联分析中的研究进展
120猪业科学 SWINE INDUSTRY SCIENCE 2017年34卷第08期遗传改良GENETIC IMPROVEMENT 北京顺鑫农业小店种猪分公司协办单倍型分析及其在全基因组关联分析中的研究进展宋志芳，于国升，邢荷岩，芦春莲，曹洪战*（河北农业大学动物科技学院，河北 保定 071000）基金项目：河北省科技计划项目“深县猪新品系的选育”（15226301D）作者简介：宋志芳（1992-），女，硕士研究生，研究方向为动物遗传育种，E-mail ：187********@ 通讯作者：曹洪战（1970-），男，教授，博士，硕士、博士研究生导师，研究方向为养猪生产，动物遗传育种与繁殖，E-mail:chz516@如果要分析某基因中单个位点与动植物复杂疾病或性状的关联程度，产生的结果可能是可靠的[1]。
对某区域内多个位点组成的单倍型块与疾病或性状进行分析，才可能找到与之相关的遗传标记，进而发掘相关的候选基因[2]。
单倍型分析已经成为连锁不平衡分析和寻找重要基因等的工具。
可以通过多种方式和途径进行单倍型的构建及其频率的获得，比如对染色体进行测序、遗传标记结合家系信息进行连锁分析和通过软件计算群体的单倍型频率等[3]。
通过候选基因法和连锁不平衡法可以确定与研究对象相关的单核苷酸多态，但前者需要全基因组测序，成本高。
在对SNP 芯片数据与性状进行GWAS 分析时，单倍型分析是其中重要的一环，获得与疾病或性状显著相关的SNPs 后，判断位点间的连锁程度，并计算每个单倍型的频率及其与疾病或性状相关性的P 值，找到全基因组内是否存在单倍型。
在关联分析中，应该有效利用SNP 信息，找到更多与动植物疾病或性状相关的可靠SNP位点，进行疾病治疗和动植物育种。
1 单倍型分析的有关概念1.1 单倍型（haplotype）单倍型指在同一染色体上或一定区域内若干个决定同一性状的且紧密连锁的SNPs，具有统计学关联性，可以是两个基因座或整条染色体。
如何利用dnasp软件计算单倍型多样性-核苷酸多样性-单倍型数量PAUP软件构建MP树
如何利用dnasp软件计算单倍型多样性，PAUP软件构建MP树1、利用BioEdit和Clustalx对所有需要构建系统进化树的个体进行序列比对2、将Clustalx比对结果中的*.aln文件利用BioEdit打开，在其中删除clustal cons文件，这时候有一行“*******”消失，将该文件转存为*.fst格式文件。
3、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择analysis→DNApolymorphism，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，在弹出的对话框中的Number of Haplotypes,后面对应的数值即为单倍型多样性，Standard Deviation of Haplotype diversity后面对应为SD（标准差）值。
在该对话框中Nucleotidy diversity即为核苷酸多样性。
注：单倍型多样性即指在某一个种群或几个种群中存在差异序列的数量。
4、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择Genetate→HaplotypeDate file，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，在弹出的对话框中输入保存的路径和文件名（注意不要修改扩展名），点击确定，在弹出的对话框中给出了单倍型数量和每个单倍型中包含的样本信息，在后续处理中每个单倍型只需选择一个样本。
5、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择Overview→polymorphismdate，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，里面有单倍型多样性和核苷酸多样性信息。
6、由于PAUP并不识别该格式软件，因此需要利用dnasp软件将其转存为*.nex格式，方法如下，用dnasp软件打比对后的*.fat格式文件，在菜单中选择file→save/export date as→NEXUS file format，命名，选择路径。
7、打开PAUP软件，打开刚才利用dnasp转存的文件。
单倍型的分析及其法医学应用
中图分类号 ：Ｄ ７ ５ Ｆ９． ２
文献标 志码 ：Ａ
ｄ ｉ ０３６ ￣ｉ ｎ１０ — ６ ９ ０ ９０ ．１ ０：１．９９ ．ｓ． ４ ５ １． ０ ． ０ ８ ｓ ０ ９ ２ ０ ）２ ０ ３ — ５ ０ ５ １ （０ ９０ — １３ ０ ４
Ａｎ ｌ ｓｓ ａ ｐｌ ａ ｉ ｎ ｏ ｐｌ ｔ ｐ ｎ Ｆｏ ｅ ｉ Ｍ ｅ ｃ ｎ ａ ｙ ｉ ｎｄ Ａｐ ｉ ｔｏ ｆ Ｈａ ｏ ｙ ｅ ｉ ｒ ｎｓｃ ｃ ｄｉｉ ｅ
ｏ ｙ ｆ ｅ ｐ ｒｍｅ ｔ ｈ ｅ ｕ ｔ ｎ ｆｏ ｐ ｄｇ ｅ ｓ ｎ ｈ ｔ ｔ ｔ ｍｅｈ ｄ ｇ ｏ ｘ ｅ ｉ ｎ ，ｔｅ ｄ ｄ ｃｉ ｒ ｍ ｅ ｉｒ ｅ ａ ｄ ｔ ｅ ｓａｉ ｉ ｏ ｓｃ ｔｏ ．Ｗ ｈ ｎ ｎ ａｌｌ ｌ ｋ ｇ ｄｓ ｑ ｉ ｅ ａ ｌ ｅ ｉ ａ ｅ ｉｅ ｕ — ｅ ｎ
布及其 ３种分析 方法 ： 实验 法、 系谱 推 断和统 计算 法。 当等位基 因间存在连锁 不平衡的 关 系时 。 医学 中 法
的各 种 概 率 要 以 等 位 基 因组 成 的 单 倍 型 来 统 计 。 单 倍 型 的 重 要 性 已被 Ａ ４ 所 认 识 。 ￣＂ Ｊ 其在 法 医 学 中的 应 用 已 经逐 步 开展 起 来 ， 主要 集 中在 Ｙ 染 色体 、 粒体 和 Ｘ 染 色体 ， 为 Ｄ Ａ 遗 传标 记 的 重要 补 充 。 线 作 Ｎ 关 键 词 ：法 医遗 传 学 ； 单倍 型 ； 述『 献 类 型 １ 综 文
法 医 学 杂 志 ２０ ０ ９年
４月 第 ２ ５卷 第 ２期
・
ｌ ３・ ３
单倍型的分析及其法医学应用
叶 懿， 罗海 玻 ， 一 平 侯
（ 川 大 学 华 西基 础 医学 与 法 医 学 院物 证 教 研 室 ， 川 成 都 ６０ ４ ） 四 四 １０ １ 摘 要 ：单倍 型 是 指 一 条 染 色体 或 者 线 粒 体 上 紧 密 连 锁 的 多 个 等 位 基 因 的 线 性 排 列 ， 为 一 个整 体 遗 传 作 给 子代 。 国 际单 倍 型 图 谱 计 划 已于 ２０ 年 启 动 ， 计 划 的 目标 在 于 通 过 测 定序 列 变异 特 征 、 ０２ 该 变异 频 率及 其 相 互 关联 ， 出人 类 基 因组 的 “ 绘 单倍 型 区块 ” 以及 不 同 区 块 的标 记 Ｓ Ｐ ， Ｎ 。本 文 介 绍 了单 倍 型 的 形成 与 分
stacks基础：SNP、基因座、等位基因、基因型、单倍型的概念
stacks 基础：SNP 、基因座、等位基因、基因型、单倍型的概念相关系列第⼀期请戳：stacks 拆包RAD-seq 过程中 process_radtags 没有⾃⼰需要的限制性内切酶怎么办？在stacks 运⾏完毕后，会有*.alleles.tsv.gz, *.snp.tsv.gz, *.matchs.tsv.gz 等结果⽂件⽣成，如果对SNP 、基因座(locus)、等位基因(alleles)、基因型(genotype)和单倍型(haplotypes)的概念没有深刻的理解的话，要读懂这些结果⽂件是⾮常困难的，本⽂将以解析这些概念为切⼊点，解读stacks 产⽣的结果⽂件。
SNPsnp 的定义是单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism)，SNP 所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起，如图1所⽰，也可由碱基的插⼊或缺失所致。
但通常所说的SNP 并不包括后两种情况。
图1.SNP （灰⾊表⽰男性的X 染⾊体，蓝⾊表⽰男性的Y 染⾊体）打开stacks 产⽣的结果⽂件GZ1.tags.tsv.gz ，这是ustacks 运⾏结束后⽣成的，原⽂件内容截取部分如下：[bash]# less GZ1.tags.tsv.gz# ustacks version 2.2; generated on 2020-12-31 21:57:221 2 consensus AATTAGGAAGGATTGGTCGACGAAATATGAACCGAAGACTGAACCTTGATATACCCCATAACAATACATTTTTGTTACCACGAGACATATTGGCAGCCGCTGATCATTTGATTGGACTTAAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTCATCCCTA 1 2 modelOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOUUUUUOOUUUUUOOOEEOEOOOUUUUUUU 1 2 primary 0 282_7_2116_32106_32390/1AATTAGGAAGGATTGGTCGACGAAATATGAACCGAAGACTGAACCTTGATATACCCCATAACAATACATTTTTGTTACCACGAGACATATTGGCAGCCGCTGATCATTTGATTGGACTTAAATTNNNNCCTNNNNTGTCTGATTTTCATCCCTA 1 2 primary 0 282_7_2116_32136_32408/1AATTAGGAAGGATTGGTCGACGAAATATGAACCGAAGACTGAACCTTGATATACCCCATAACAATACATTTTTGTTACCACGAGACATATTGGCAGCCGCTGATCATTTGATTGGACTTAAATTNNNNCCTNNNNTGTCTGATTTTCATCCCTA 1 2 primary 0 282_7_2218_1834_36346/1AATTAGGAAGGATTGGTCGACGAAATATGAACCGAAGACTGAACCTTGATATACCCCATAACAATACATTTTTGTTACCACGAGACATATTGGCAGCCGCTGATCATTTGATTGGACTTAAATTNNNNCCTNNNNTGTCTGATTTTCATCCCTA 1 2 primary 1 236_6_1105_23206_10679/1AATTAGGAAGGATTGGTCGACGAAATATGAACCGAAGACTGAACCTTGATATACCCCATAACAATACATTTTTGTTACCACGAGACATATTGGCAGCCGCTGATCATTTGATTGGACTTAAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTNNNNNNNN 1 2 primary 1 236_6_2211_23409_10187/1AATTAGGAAGGATTGGTCGACGAAATATGAACCGAAGACTGAACCTTGATATACCCCATAACAATACATTTTTGTTACCACGAGACATATTGGCAGCCGCTGATCATTTGATTGGACTTAAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTNNNNNNNN 1 2 primary 1 282_7_1207_5792_18063/1AATTAGGAAGGATTGGTCGACGAAATATGAACCGAAGACTGAACCTTGATATACCCCATAACAATACATTTTTGTTACCACGAGACATATTGGCAGCCGCTGATCATTTGATTGGACTTAAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTNNNNNNNN 1 2 primary 1 282_7_1207_8166_18450/1AATTAGGAAGGATTGGTCGACGAAATATGAACCGAAGACTGAACCTTGATATACCCCATAACAATACATTTTTGTTACCACGAGACATATTGGCAGCCGCTGATCATTTGATTGGACTTAAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTNNNNNNNN 1 2 primary 1 282_7_1207_5558_18537/1AATTAGGAAGGATTGGTCGACGAAATATGAACCGAAGACTGAACCTTGATATACCCCATAACAATACATTTTTGTTACCACGAGACATATTGGCAGCCGCTGATCATTTGATTGGACTTAAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTNNNNNNNN 1 2 primary 1 282_7_1217_3112_55262/1AATTAGGAAGGATTGGTCGACGAAATATGAACCGAAGACTGAACCTTGATATACCCCATAACAATACATTTTTGTTACCACGAGACATATTGGCAGCCGCTGATCATTTGATTGGACTTAAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTNNNNNNNN 1 2 primary 1 282_7_1217_2869_55965/1AATTAGGAAGGATTGGTCGACGAAATATGAACCGAAGACTGAACCTTGATATACCCCATAACAATACATTTTTGTTACCACGAGACATATTGGCAGCCGCTGATCATTTGATTGGACTTAAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTNNNNNNNN为了⽅便观察，我们把⽬光聚焦到后半段：1 2 consensus AAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTCATCCCTA 1 2 model OOOOOUUUUUOOUUUUUOOOEEOEOOOUUUUUUUU 1 2 primary 0 AAATTNNNNCCTNNNNTGTCTGATTTTCATCCCTA 1 2 primary 0 AAATTNNNNCCTNNNNTGTCTGATTTTCATCCCTA 1 2 primary 0 AAATTNNNNCCTNNNNTGTCTGATTTTCATCCCTA 1 2 primary 1 AAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTCNNNNNNN 1 2 primary 1 AAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTCNNNNNNN 1 2 primary 1 AAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTCNNNNNNN 1 2 primary 1 AAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTCNNNNNNN 1 2 primary 1 AAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTCNNNNNNN 1 2 primary 1 AAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTGNNNNNNN 1 2 primary 1 AAATTGTTTCCTGTTAGGTCAAAATTTGNNNNNNN第⼀⾏是consensus ，是由样本的多个locus 形成的⼀致性序列，第⼆⾏是model ，表明在形成⼀致性序列的时候，每个位点的⼀致性状况，O 代表完全⼀致，U 代表Unknown ，E 代表SNP 位点。
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Genetic Differentiation of the Mitochondrial Cytochrome Oxidase c Subunit I Gene in Genus Paramecium(Protista, Ciliophora)
PLoS ONE （2013） IF:3.234
作者：
Yan Zhao1,2, Eleni Gentekaki3*, Zhenzhen Yi2*, Xiaofeng Lin2
汇报人： 卢雪芬
目录
CONTENTS
1 立题依据 2 材料方法
3 结果分析
4 结论
01
立题 依据
纤毛虫的多样性研究只关注形态学特征，现在 基于遗传学的方法被用来补充或代替形态学方 法 由于进化速度更快，线粒体蛋白编码基因越来 越受欢迎，最常用的是COb和COI，大多数研究 使用这些标记重点评估分子变异的程度在种间 和种内水平,识别同形种和抽样地区的遗传变 异性 然而,很少有研究关注评估个体COI基因的遗传 分化以及它的存在可能会影响物种识别和种群 结构分析
of each individual infered from amino acid analysis.
图1， 绿草履虫和尾草履虫的可变位点
结果分析——单倍型网络和地理分布
4个Pb1C1的克隆 5个 Pb1C4的克隆 3个 Pb2C1的克隆
俄罗斯
4个Pb1C2的克隆 7个 Pb1C3的克隆
欧洲、澳大利亚
结果分析——遗传结构分析
AMOVA分析表明,在个体和种群内的遗传分化很高且是有意义的(P<0.00001)。 大多数种群内部个体之间的遗传变异存在(sum of squares = 38.414)。
结果分析——基于COI基因序列的系统发育分析
所有情况下，同一物种的所有克隆序列聚集在一 起，没有在树上看到样性
Table 1 The datasets analyzed in the present investigation.
P. bursaria:11个国家29个物种 P. Caudatum：15个国家38个 物种 Paramecium sp., P. nephridiatum and P. Duboscqui 所有新测序的序列 所有种的新测序的序列
02
03
材料与方法
DNA提取 PCR扩增和测 序 单倍型搜索 遗传结构分析 序列分析
试剂盒：DNeasy & Tissue Kit 引物： F388dT、R1184dT Geneious software program, version 5.1、ClustalW、Geneious v5.1 Network 4.6.1.0、 software program ARLEQUIN 3.11（AMOVA） Modeltest v.3.7、MrBayes v3.1.2
147
序列相似性分析 种内遗传分歧范围从23.0%—30.2%，种内变异0.1%—10.9%，所有五个草履 虫的成对序列分歧度在个体内的水平还不到 2%。
结果分析——序列分析和遗传多样性
47 Table 2 Details of the synonymous and non- synonymous mutation information 27
图四，草履虫属和舟形虫属、四膜虫的263个COI基因序列的条形码区域的系统进化树
结论
所有物种的特异性序列聚集 在一起，没有了物种之间的 单倍型共享。在任何情况下， 没有证据表明轻微的个体差 异影响系统发育关系。 五个Paramecium spp. 存在多个COI的单倍型。
COI基因是一个合 适的标记为解决 草履虫种内和种 间关系
来自于各个群体的单倍型没有地理分 区，基因流动在p. bursaria和 p. caudatum广泛分布的演化支中一 直保持着。
THANKS
欢迎批评指正
2016.3.25
图2，绿草履虫单倍型网络结构图
结果分析——单倍型网络和地理分布
12个克隆6 个单倍型 22个克隆18 个单倍型
22个克隆18 个单倍型
40个克隆 20个单倍型
图3 P. caudatum, Paramecium sp., P. nephridiatum and P. Duboscqui 的单倍型网络