使用DnaSP计算核苷酸多样性和单倍型多样性
基于COI基因的光倒刺鲃群体遗传多样性与遗传分化研究
基于COI基因的光倒刺鲃群体遗传多样性与遗传分化研究作者：李文俊李强韩崇李陇旭易祖盛桂林钟良明来源：《安徽农业科学》2021年第22期摘要 [目的]全面了解光倒刺鲃的遗传多样性和遗传结构，为其种质资源保护和利用提供科学依据。
[方法]采用自行设计的引物对9条水系共209尾光倒刺鲃样本的线粒体COI基因序列进行测定与分析，并探讨其遗传结构和遗传多样性水平。
[结果]在209条COI基因序列中，共检测到12个单倍型，单倍型多样性为0.80 核苷酸多样性为0.008 2。
单倍型系统树显示，所有群体聚成2支，东江群体的全部样本及北江、赣江和九龙江水系的部分样本组成Ⅰ支，其余样本组成Ⅱ支。
单倍型网络分析显示，东江群体单倍型与北江、赣江和九龙江部分个体关系较近，但与其他个體关系相对较远;珠江水系大部分群体与长江、钱塘江、九龙江大部分群体分布于不同的分支。
AMOVA分析表明，光倒刺鲃COI基因序列变异主要来自地理区内群体间，占82.33%。
错配分析及中性检验显示，大多数群体相对稳定，未发生过群体扩张。
[结论]光倒刺鲃群体的遗传多样性总体偏低，应加强对其种质资源的保护;东江水系与珠江水系其他群体既存在一定隔离，又存在着基因交流;珠江水系群体与长江水系群体间分化明显。
关键词光倒刺鲃;COI基因;遗传多样性;遗传分化中图分类号 S-917.4 文献标识码 A 文章编号 0517-6611（2021）22-0125-04doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2021.22.030开放科学（资源服务）标识码（OSID）：Genetic Diversity and Genetic Differentiation of Spinibarbus hollandi Based on COI geneLI Wen-jun， LI Qiang， HAN Chong et al（School of Life Science， Guangzhou University， Guangzhou，Guangdong 510006）Abstract [Objective] To understand the genetic diversity and genetic structure of Spinibarbus hollandi more comprehensively， and provide scientific basis for the conservation and utilization of its wild germplasm resources.[Method] The mitochondrial COI gene sequences of 209 S. hollandi samples from 9 rivers were determined and analyzed with designed primers， and its genetic diversity and genetic differentiation level were discussed. [Result] Among 209 COI gene sequences， 12 haplotypes were detected， with haplotype diversity of 0.801 0 and nucleotide diversity of 0.008 2. Phylogenetic tree of haplotypes showed that all haplotypes gathered into two branches （branches 1：all the samples Dongjiang population and some individuals of Beijiang， Ganjiang and Jiulong River）. Network analysis of haplotypes showed that haplotype of Dongjiang population was closely related to some individuals in Beijiang， Ganjiang and Jiulong River， but far related to other individuals. The majority of the population of the Pearl River distributed in different branches compared with the majority of the population of the Yangtze River， Qiantang River， and Jiulong River. AMOVA analysis showed that the variation of COI gene sequences of S. hollandi was mainly from within groups， accounting for 82.33%. Mismatch analysis and neutral test showed that mostpopulations were relatively stable without population expansion. [Conclusion] The genetic diversity of S. hollandi population is generally low， so the protection of its germplasm resources should be strengthened. There is not only certain isolation but also gene exchange between Dongjiang population and other populations in the Pearl River. There is obvious differentiation of populations between the Pearl River and the Yangtze River.Key words Spinibarbus hollandi;Cytochrome oxidase subunit I sequence;Geneticdiversity;Genetic differentiation鱼类线粒体DNA已成为研究鱼类进化遗传与系统演化关系的重要分子标记，广泛应用于群体遗传学研究[1]。
湖南省稻水象甲的遗传多样性及入侵扩散特点
湖南省稻水象甲的遗传多样性及入侵扩散特点贺华良;胡岩;叶波;张龙杰;雷振东;丁文兵;李有志【摘要】为全面了解湖南省稻水象甲的入侵扩散特点,运用简单重复序列间区(ISSR)分子标记方法及对比COⅠ基因、ITS2片段的序列信息,探讨全省17个地理种群的遗传多样性和扩散模式.结果表明:湖南省稻水象甲种群COⅠ基因、ITS2片段的序列非常保守,不能提供有效的多态性位点信息,而ISSR的多态性信息非常丰富,其多态性位点百分率可达93.24％;基于ISSR的数据分析发现,湖南省稻水象甲的Nei''s 基因多样性指数为0.3630,各地理种群间基因分化系数为0.4143,种群之间的遗传距离与地理距离无相关性.湖南省稻水象甲地理种群分化不符合地理隔离模式,以人为因素导致的扩散为主,自然扩散为辅.【期刊名称】《湖南农业大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2018(044)006【总页数】7页(P613-619)【关键词】稻水象甲;简单重复序列间区;遗传多样性;扩散;湖南【作者】贺华良;胡岩;叶波;张龙杰;雷振东;丁文兵;李有志【作者单位】湖南农业大学植物保护学院,湖南长沙 410128;湖南农业大学植物保护学院,湖南长沙 410128;安乡县农业局,湖南安乡 415600;怀化市农业局,湖南怀化418000;湖南省植保植检站,湖南长沙 410005;湖南农业大学植物保护学院,湖南长沙 410128;湖南农业大学植物保护学院,湖南长沙 410128【正文语种】中文【中图分类】Q969.514.5稻水象甲(Lissorhoptrus oryzophilus Kuschel)原出自北美洲，以成虫取食叶片、幼虫蛀食稻根为害，最终导致水稻减产[1–2]。
1988年首次在中国河北省唐山市唐海县被发现[3]。
2001年，湖南省株洲市株洲县报道该虫首次入侵湖南，至今已扩散到8个市(州)[4]。
稻水象甲在湖南省的快速扩散和广域分布，造成对水稻生产的安全隐患。
基于28S rDNA D2区序列的陕南凹缘菱纹叶蝉分子系统学与遗传多样性研究
基于28S rDNA D2区序列的陕南凹缘菱纹叶蝉分子系统学与遗传多样性研究杨金宏;孔卫青【摘要】为探讨陕南桑园凹缘菱纹叶蝉(Hishimonus sellatus Uhler)系统关系与遗传多样性,对陕南7个主要蚕桑产区共132头凹缘菱纹叶蝉的28S rDNA基因D2区序列进行核苷酸多样性和遗传差异分析,同时研究单倍型之间的分子系统关系和网络进化图.结果表明,总群体共存在多态性位点63个,单倍型8个,优势单倍型H1占单倍型总数的74.2％,遗传分化程度较低.分子方差分析显示:种群内变异占总组分的98.94％,差异不显著,且其基因流系数Nst和种群地理距离之间不存在相关性(R2=0.019 7),说明各个地理种群之间存在渐渗杂交.【期刊名称】《西北农业学报》【年(卷),期】2019(028)008【总页数】7页(P1358-1364)【关键词】凹缘菱纹叶蝉;28S rDNA基因;种群;遗传多样性【作者】杨金宏;孔卫青【作者单位】安康学院,陕西省蚕桑重点实验室,陕西安康725000;安康学院,陕西省蚕桑重点实验室,陕西安康725000【正文语种】中文【中图分类】S431.3凹缘菱纹叶蝉(Hishimonus sellatus Uhler)俗称绿头菱纹叶蝉，隶属于昆虫纲(Insecta)半翅目(Hemiptera)叶蝉科(Cicadellidae)殃叶蝉亚科(Euscelinae)[1]。
凹缘菱纹叶蝉是桑树黄花型萎缩病、枣疯病等的重要媒介昆虫，在中国分布广泛[2]。
成虫和若虫均可造成危害。
它们以口针刺吸病树汁液，亦将病原吸入体内，后者移至唾液腺并繁殖；再次取食时病原菌传入新寄主，从而导致健康植株发病。
桑树染病后通常会出现花变叶、矮化、黄化、衰退、簇生、丛枝、小叶等症状，严重影响蚕桑产业的健康发展。
凹缘菱纹叶蝉每年4月下旬至10月下旬发生危害，1 a达3～4代，繁殖速度快，世代周期短，世代重叠，危害严重，且与养蚕周期重合，难以防治。
紫贻贝野生群体与养殖群体线粒体CO_基因的遗传比较分析_庞宇杰
紫贻贝野生群体与养殖群体线粒体CO Ⅰ基因的遗传比较分析庞宇杰，李继姬，郭宝英*（浙江海洋学院海洋科学学院，国家海洋设施养殖工程技术研究中心，浙江舟山316004）摘要［目的］比较紫贻贝野生群体与养殖群体线粒体CO Ⅰ基因的遗传多样性，为其种质资源筛选提供理论依据。
［方法］采集山东省乳山市野生紫贻贝（Mytilus edulis Linnaeus ）和养殖紫贻贝各12个样本；通过设计特异性引物，采用PCR 技术对24个个体的mtDNA CO Ⅰ序列进行了扩增，测序得到的序列总碱基数为706bp ；采用MEGA （Version 4．0）和DnaSP （Version 4．0）软件对序列进行了分析。
［结果］24条序列中T 、C 、A 和G 碱基平均含量分别为34．6%、16．7%、25．9%和22．8%，其中A +T 的含量（60．5%）显著高于G +C 含量（39．5%），表现了明显的碱基偏倚。
24个个体表现为18种单倍型，包括568个多态位点，单倍型间平均遗传距离为0．683，单倍型多态性（h ）为0．953，核苷酸多态性（π）值为0．31769。
［结论］紫贻贝的遗传多样性水平较高，且乳山养殖群体和野生群体无遗传分化。
关键词紫贻贝；CO Ⅰ；遗传多样性；遗传结构中图分类号S944．4+2文献标识码A 文章编号0517－6611（2012）14－08068－03Genetic Diversity Evaluation on Mitochondrial CO ⅠGene between Wild and Cultured Populations of Mytilus edulis PANG Yu-jie et al （National Engineering Research Center of Marine Facilities Aquaculture ，Marine Science College of Zhejiang Ocean Uni-versity ，Zhoushan ，Zhejiang 316004）Abstract ［Objective ］The aim was to compare the genetic diversity of mitochondrial CO Ⅰgene between wild and cultured populations of Mytilus edulis in order to provide theoretical basis for the germplasm screening of Mytilus edulis．［Method ］For evaluating the genetic diversity of Mytilus edulis ，24individuals of Mytilus edulis were collected from Rushan City ，Shandong Province．Half of them were the wild population ，and the other half was the cultured population．Sequences length of the mtDNA CO Ⅰgene was 706bp in 24Mytilus edulis individuals by PCR amplification and electrophoresis．The sequences were analyzed by using the MEGA （Version 4．10）and DnaSP （Version 4．0）software．［Result ］The average con-tents of T ，C ，A and G were 34．6%，16．7%，25．9%and 22．8%，respectively．In the 24samples ，there were 18haplotypes ，and the polymorphicsites ，the average genetic distance between haplotypes ，the haplotypic diversity and nucleotide diversity were 568，0．683，0．953and 0．31769，re-spectively．［Conclusion ］The genetic diversity of Mytilus edulis was high ，and there was no genetic differentiation between the wild and cultured populations．Key words Mytilus edulis ；CO Ⅰ；Genetic diversity ；Genetic structure 基金项目国家海洋公益性行业科研专项（201005013）；国家国际科技合作项目（2010DFA22770）；海洋渔业科学与技术浙江省重中之重学科开放课题（20110218）。
基于线粒体COX1和ND1基因顺序的黄河上游大鼻吻
37°0′0″N
性检验及遗传变异分析。 采用 NETWORK 10. 0 软
36°0′0″N
0 55 110
220
km
图 1 大鼻吻 采样水域
Fig. 1 Sampling location map of R. nasutus
1. 2 基因组 DNA 提取
采用血液 / 细胞 / 组织 DNA 提取试剂盒 ( 北京
收稿日期: 2023-05-17; 修订日期: 2023-10-17
资助项目: 大鼻吻鮈种质资源保护遗传学及生殖发育和人工繁育技术研究(2023BCF01013) ; 农业农村部财政专项 “ 黄河渔业资源与环
境调查” ( HHDC-2022-02)
第一作者简介: 杨立强(1997- ) , 男, 硕士研究生, 专业方向为水产基础生物学研究。 E-mail: yanglq1119@ 163. com
长度 为 1 466 bp, 变 异 位 点 11 个, 占 全 序 列 的
器有限公司) 检测浓度及 OD 值, 采用 1%琼脂糖凝
胶电泳检测 DNA 的完整性后, 于 - 20 ℃ 保存备用。
0. 75%, 其中 简 约 信 息 位 点 7 个, 单 突 变 位 点 4
用于扩增目的片段 COX1 和 ND1 的引物序列
尾、 平罗群体 ( PL) 46 尾、 磴口群体 ( DK) 67 尾,
录号:NC 0244232. 1) 线粒体 COX1 和 ND1 基因序
期间采 集 的 145 尾 样 本, 其 中 永 宁 群 体 ( YN) 32
采样位置分布见图 1。 剪取尾鳍, 蒸馏水洗涤 3 ~ 5
次, 置于装有无水乙醇的 2 mL 离心管中置 - 80 ℃
基于线粒体控制区的嘉陵裸裂尻鱼种群遗传结构分析
基于线粒体控制区的嘉陵裸裂尻鱼种群遗传结构分析王太;杜岩岩;杨濯羽;张艳萍;娄忠玉;焦文龙【摘要】Schizopygopsis kialingensis is an endemic fish of the Bailong River,which is a tributary of the Jialing River.The species' population has been largely reduced in recent years as a result of overfishing,river pollution,and dam construction.To develop effective strategies forpreserving the species'germplasm,it is first necessary to understand the species' genetic variation and population structure.Therefore,in the present study,a 706-bp segment of the mitochondrial control region was sequenced from 147 S.kialingensis specimens that were collected from six populations in the Bailong and Weihe Rivers.Seventeen variable sites and 14 haplotypes were identified.The six populations exhibited high haplotype diversity (0.810) and low nucleotide diversity (0.00698),and the genetic diversity of the Zhouqu County Chengguan Township population was highest,whereas that of the Weiyuan County Qiaoyu Township population was the lowest.AMOVA indicated that significant difference among populations,with 44.29％ molecular variation among the populations and 55.71％ molecular variation within populations.Pairwise fixation index (Fst) values indicated that all the populations were significantly different,except the Tanchang County Nanhe Township and Zhouqu County Chengguan Township populations.Meanwhile,gene flow estimates suggested high levels of gene flow,and the Mantel test indicated that the genetic and geographic distances were significantly correlated.Inaddition,the construction of a neighbor-joining phylogenetic tree and a minimum spanning network indicated that the 14 haplotypes formed two main groups that corresponded to the Bailong River and Weihe River systems,and mismatch distribution and neutrality analyses indicated that the population has not under gone recent expansion.According to these findings,we suggest that the S.kialingensis population in the Bailong River should be protected and that the protection of the Weihe River population should be prioritized,owing to the group's high genetic differentiation and very low genetic diversity.%嘉陵裸裂尻鱼为青藏高原特有鱼类,近年来随自然地理气候的变迁和人类活动的影响,种群数量急剧减少.为了解嘉陵裸裂尻鱼的遗传背景以便更好的保护其遗传资源,本研究采用线粒体控制区部分序列变异,分析了嘉陵裸裂尻鱼6个地理种群的遗传结构和分布动态.在147尾个体中共发现17个变异位点,定义了14种单倍型,群体总的单倍型多样性较高为0.810,核苷酸多样性低为0.00698.AMOVA分析显示,44.29％的分子差异源于群体间,55.71％的分子差异源于群体内,群体间遗传分化极显著.Fst值统计检验表明,除宕昌群体和舟曲群体之间差异不显著外,其余两两群体之间Fst值统计检验均显著.基因流估计显示各群体间的基因流水平较高,遗传交流较频繁.Mantel test检验表明,嘉陵裸裂尻鱼种群之间遗传分化程度与地理距离存在显著相关.系统树和单倍型网络进化图显示,6个地理群体的单倍型按照嘉陵江水系和渭河水系形成两个大的类群.错配分布和中性检验表明嘉陵裸裂尻鱼群体在近期历史上群体大小保持稳定,未出现显著的种群扩张.根据本文所揭示的嘉陵裸裂尻鱼种群遗传结构特征,建议将分布在嘉陵江水系的嘉陵裸裂尻鱼作为一个整体进行保护,嘉陵裸裂尻鱼渭河种群属高度分化的单倍型类群,且遗传多样性极低,需对该种群进行优先保护.【期刊名称】《生态学报》【年(卷),期】2017(037)022【总页数】9页(P7741-7749)【关键词】嘉陵裸裂尻鱼;线粒体控制区;种群遗传结构;遗传多样性【作者】王太;杜岩岩;杨濯羽;张艳萍;娄忠玉;焦文龙【作者单位】甘肃省水产研究所,甘肃省冷水性鱼类种质资源与遗传育种重点实验室,兰州730030;甘肃省水产研究所,甘肃省冷水性鱼类种质资源与遗传育种重点实验室,兰州730030;甘肃省水产研究所,甘肃省冷水性鱼类种质资源与遗传育种重点实验室,兰州730030;甘肃省水产研究所,甘肃省冷水性鱼类种质资源与遗传育种重点实验室,兰州730030;甘肃省水产研究所,甘肃省冷水性鱼类种质资源与遗传育种重点实验室,兰州730030;甘肃省水产研究所,甘肃省冷水性鱼类种质资源与遗传育种重点实验室,兰州730030【正文语种】中文青藏高原作为全球遗传多样性的重要区域,通过对鱼类生物地理学的研究在探讨青藏高原的地质变迁和水系演化方面具有现实意义。
如何利用dnasp软件计算单倍型多样性-核苷酸多样性-单倍型数量PAUP软件构建MP树
如何利用dnasp软件计算单倍型多样性，PAUP软件构建MP树1、利用BioEdit和Clustalx对所有需要构建系统进化树的个体进行序列比对2、将Clustalx比对结果中的*.aln文件利用BioEdit打开，在其中删除clustal cons文件，这时候有一行“*******”消失，将该文件转存为*.fst格式文件。
3、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择analysis→DNApolymorphism，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，在弹出的对话框中的Number of Haplotypes,后面对应的数值即为单倍型多样性，Standard Deviation of Haplotype diversity后面对应为SD（标准差）值。
在该对话框中Nucleotidy diversity即为核苷酸多样性。
注：单倍型多样性即指在某一个种群或几个种群中存在差异序列的数量。
4、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择Genetate→HaplotypeDate file，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，在弹出的对话框中输入保存的路径和文件名（注意不要修改扩展名），点击确定，在弹出的对话框中给出了单倍型数量和每个单倍型中包含的样本信息，在后续处理中每个单倍型只需选择一个样本。
5、用dnasp软件打开该文件，弹出对话框选择关闭，然后选择Overview→polymorphismdate，弹出对话框看一下序列长度对不对，然后点击OK，里面有单倍型多样性和核苷酸多样性信息。
6、由于PAUP并不识别该格式软件，因此需要利用dnasp软件将其转存为*.nex格式，方法如下，用dnasp软件打比对后的*.fat格式文件，在菜单中选择file→save/export date as→NEXUS file format，命名，选择路径。
7、打开PAUP软件，打开刚才利用dnasp转存的文件。
不同物种干细胞因子基因编码区生物信息学分析
不同物种干细胞因子基因编码区生物信息学分析锡建中;周荣艳;张军杰;李祥龙;李兰会;李楠;张振红【摘要】为了解不同物种干细胞因子(stem cell factor,SCF)基因编码区(CDS)的遗传变异,本研究采用生物信息学方法比较分析了山羊、绵羊、牛、白犀、野猪、虎鲸、马、雪貂、人、鼩鼱、裸鼢鼠、褐家鼠、长尾毛丝鼠、小家鼠和智利八齿鼠SCF基因编码区的遗传多样性,并对该基因的氨基酸序列、跨膜结构域、导肽、信号肽和二级结构特征进行了预测和分析.结果发现,在15个物种55条基因序列中共检测到294个多态位点,生成36种单倍型,SCF基因序列编码区在物种间存在丰富的遗传多样性;理论等电点分布广泛,多数肽链呈酸性,亲水;N端具信号肽、无导肽,可溶型蛋白无跨膜结构域,跨膜型蛋白有1个长23个氨基酸的跨膜结构域;这些蛋白二级结构主要为α-螺旋、无序卷曲、伸展链及β-转角.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2014(041)008【总页数】7页(P14-20)【关键词】物种;干细胞因子基因;生物信息学分析【作者】锡建中;周荣艳;张军杰;李祥龙;李兰会;李楠;张振红【作者单位】河北农业大学动物科技学院,河北保定071001;河北农业大学动物科技学院,河北保定071001;河北农业大学动物科技学院,河北保定071001;河北农业大学动物科技学院,河北保定071001;河北科技师范学院动物科技学院,河北昌黎066004;河北农业大学动物科技学院,河北保定071001;河北农业大学动物科技学院,河北保定071001;河北农业大学动物科技学院,河北保定071001【正文语种】中文【中图分类】Q78干细胞因子（stem cell factor，SCF）及其受体kit介导的SCF/kit信号通路与红细胞生成、皮肤着色、免疫应答、生育能力和胃肠动力等一系列生理过程有关，在调节肥大细胞和黑素细胞的存活、分化、移行和增殖等过程中起重要作用（Nishikawa等，1991；Grichnik等，1998）。
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使用DnaSP计算核苷酸多样性和单倍型多样性
2012年09月26日⁄ Evolution ⁄字号小中大⁄评论2 条⁄阅读2,547 次[点击加入在线收藏夹]
熊荣川，中国科学院成都生物研究所
在进行种群遗传学研究时，都会用到核苷酸多样性（π）和单倍型多样性（Hd）。
下面简单介绍怎样用软件DnaSP v5（Librado et al.，2009）得到相关的信息首先我们需要一个比对好的fasta 文件，例如taiwan30aln.fas
打开DnaSP v5
打开文件“taiwan30aln.fas”出现一个数据信息框，或者说软件赋予你的数据的一些默认信息
比如它会默认你的数据是来自常染色体的核基因、是二倍体型，因此我们常常需要对之进行修改以符合我们数据的实际情况，关掉这个信息框之后使用“data”-> “format”选项卡进行修改。
修改好之后，进行DNA 多态性分析“Analysis”-> “DNA Polymorphism”
结果中包含了我们需要的核苷酸多样性（Pi）和单倍型多样性（Hd），当然了还有很多其他相关的信息。