进化树
进化树算法
2）要构建一个进化树（to reconstrut phyligenetic tree） 构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法（discrete character methods）和距离依靠法（distance methods）。所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的（例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点，而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的，也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点的状态，当多个序列进行进化树分析时，进化树的拓扑形状也就决定着这些碱基的状态了）。而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两序列的进化距离决定的。进化树枝条的长度代表着进化距离。独立法包括最大简约法（maximum parsimony methouds,MP）和最大可能性法（maximum likelihood methods，ML）；距离依靠法包括除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法（neighbor-Joining，NJ）。
3）对进化树进行评估 主要采用Bootstraping 法。进化树的构建是一个统计学的问题，构建出来的进化树只是对真实进化关系的评估或者模拟。如果采用一个适当的方法，那么所构建的进化树就会更接近真实的“进化树”模拟的进化树需要一个数学的方法来对其进行评估。不同的算法有不同的适用目标。一般来说，MJ适用于符合以下条件的多序列：
Hale Waihona Puke ①所要比较的碱基差别小；②对于序列上的每一个碱基有近似相等的变异率；③没有过多的颠换/转换的倾向；④所检验的序列碱基数目较多(大于几千个碱基），用ML分析序列则不用上述诸多条件，但是此种方法计算及其耗时，如果分析的序列较多，有可能要花上几天的时间才能计算完毕。UPGMAM假设在进化过程中所有核苷酸/氨基酸都有相同的变异率，也就是存在着一个分子钟。这个算法的得到的进化树相对来说不是很准确，现在已很少使用。NJ是一个经常被使用的算法，它构建的进化树相对准确，而且计算快捷。其缺点是序列上的所有位点都被同等对待，而且，所分析的序列的进化距离不可能太大。另外，需要特别指出的是对于一个特定多序列对象来说可能没有任何一个现存的算法非常适合它。最好是发展一个更好的算法来解决它，当无疑非常困难。如果有人能建立这样的算法的话，那他（她）完全可以在Proc.Natl A上发一篇高质量的文章。
生物信息学进化树
生物信息学进化树进化树是生物信息学中的一项重要工具，用于揭示生物物种之间的进化关系。
通过分析不同物种的基因组序列，可以推断它们之间的亲缘关系和进化历史。
进化树可以帮助我们了解生物的演化过程，揭示不同物种的共同祖先以及它们之间的分支关系。
在构建进化树的过程中，首先需要收集各个物种的基因组数据。
这些数据可以是DNA序列、蛋白质序列或其他形式的生物分子序列。
然后，通过比较这些序列之间的相似性和差异性，可以计算出它们之间的进化距离或相似性分数。
接下来，利用计算机算法可以根据这些进化距离或相似性分数构建进化树。
常见的算法包括最大简约法、邻接法和最大似然法。
这些算法会根据进化距离或相似性分数来确定物种之间的分支关系，从而构建出一棵树状图。
进化树的树枝代表物种的分支演化，而树叶代表当前的物种。
树枝的长度通常表示进化时间的长短，较长的树枝表示较早的分支，较短的树枝表示较晚的分支。
进化树的形态可以有很多种，例如二叉树、无根树和有根树等。
通过观察进化树，我们可以了解到不同物种之间的共同祖先以及它们之间的分支关系。
进化树的分支点代表物种的分裂事件，分支越早代表物种差异越大，分支越近代表物种差异越小。
进化树还可以显示出一些重要的进化事件，例如物种的起源、灭绝、迁移和适应等。
进化树在生物分类学、系统发育学和进化生物学等领域有着广泛的应用。
它可以帮助科学家研究物种的起源和演化过程，揭示生物多样性的来源和演变规律。
进化树还可以用于判断物种的分类和命名，帮助我们更好地理解和研究生物界的多样性。
近年来，随着高通量测序技术的发展，获得大规模的基因组数据变得越来越容易。
这使得构建进化树变得更加准确和可靠。
同时，生物信息学的快速发展也为进化树的构建提供了更多的工具和方法。
例如，基于分子标记的进化树、基于基因组的进化树和基于大数据的进化树等。
生物信息学进化树是一种重要的工具，可以帮助我们揭示生物物种之间的进化关系和演化历史。
通过构建进化树，我们可以了解到不同物种之间的共同祖先以及它们之间的分支关系。
生物进化树怎么分析？
生物进化树（Phylogenetic tree）用于描述不同物种之间的进化关系和亲缘关系。
分析生物进化树可以帮助我们理解物种的演化历史和形成过程。
以下是分析生物进化树的一般步骤：
1. 收集数据：首先，收集相关物种的形态特征、遗传信息或分子序列数据。
这些数据可以包括形态特征的测量值、DNA 或蛋白质序列等。
2. 构建数据矩阵：将收集到的数据转化为一个数据矩阵，每行代表一个物种，每列代表一个特征或基因。
3. 选择进化模型：选择合适的进化模型来描述物种之间的进化过程。
不同的模型适用于不同类型的数据，例如形态数据、DNA序列或蛋白质序列。
常用的模型包括最大似然法、贝叶斯推断等。
4. 构建进化树：使用进化模型和数据矩阵来构建进化树。
构建进化树的方法包括邻接法、最小演化法、最大似然法、贝叶斯推断等。
这些方法根据不同的原理和假设来计算物种之间的进化关系。
5. 评估进化树：通过计算进化树的可靠性指标来评估树的准
确性。
这可以包括计算节点的支持值（如Bootstrap值）或进行统计模拟。
6. 解读进化树：根据构建的进化树，可以对物种之间的进化关系进行解读。
进化树提供了关于物种的共同祖先、形态特征的演化和物种分类等信息。
值得注意的是，生物进化树的构建是一个复杂的过程，涉及到数据收集、模型选择和数据分析的多个环节。
因此，对于具体的研究目的，可能需要结合专业知识和相应的软件工具来进行生物进化树的分析。
动物进化的进化树物种关系与进化历程
动物进化的进化树物种关系与进化历程动物进化的进化树物种关系与进化历程是生物学中一个重要的研究领域。
通过构建进化树，我们可以了解不同物种之间的亲缘关系以及它们的进化历程。
本文将介绍动物进化的进化树、物种关系以及动物的进化历程。
一、动物进化的进化树动物进化的进化树是基于其遗传信息和形态特征的演化关系图。
这些树状图显示了不同物种之间的演化关系。
在进化树中，物种之间的分支表示它们之间的共同祖先，而分支之间的距离则表示演化的时间跨度。
进化树的分支越长，物种与物种之间的差距越大。
以鸟类为例，鸟类的进化树可以追溯到恐龙的共同祖先。
在进化树上，鸟类与鳄鱼和恐龙有共同的祖先，但与哺乳动物和爬行动物的共同祖先则远离。
这样的进化树分析可以帮助我们了解不同动物类群之间的演化关系，以及它们的共同起源。
二、物种关系通过进化树的构建，我们可以了解不同物种之间的亲缘关系。
物种之间的亲缘关系可以分为近缘种和远缘种。
近缘种指的是演化树上靠近的分支，它们有着较近的共同祖先，并且在进化过程中的分化时间相对较近。
例如，猫科动物中的狮子和老虎就是近缘种，它们有着共同的祖先，并且在较短的时间内分化出了不同的物种。
远缘种指的是演化树上较远的分支，它们之间的共同祖先更为遥远，并且在进化历程中的分化时间相对较长。
例如，鸟类和爬行动物就是远缘种，它们的共同祖先可以追溯到几亿年前。
三、动物的进化历程动物的进化历程是指动物从原始形态到现代多样化形态的演化过程。
通过对化石记录和遗传分析的研究，可以揭示动物的进化历程。
例如，鸟类进化历程的研究表明，鸟类起源于具有带状牙齿的小型肉食恐龙。
随着时间的推移，恐龙逐渐演化出了羽毛和飞行的适应性特征，并形成了现代鸟类。
这一进化历程的揭示对于我们理解鸟类的起源和多样化具有重要意义。
另一个例子是人类的进化历程。
通过研究早期人类化石和现代人类的遗传信息，科学家可以了解人类从灵长类到现代人的演化历程。
人类的进化历程包括了步行直立、大脑发展以及文化与语言能力的演化。
动物类群进化树
动物类群进化树
动物类群进化树是一种用来追溯动物历史的模型，它由多条线组成，每条线代表一种物种的进化轨迹。
人类位于支配的高位，而其他
所有生物都位于它的下方。
进化树由五大分支组成，分别是节肢动物，古脊椎动物，无脊椎动物，原核生物和真核生物。
节肢动物分为鱼类，节肢动物，两栖动物，爬行类，鸟类，穿山甲，哺乳动物，其中哺乳
动物又分为淡水动物，侏儒类，驯鹿，狼，犬亚目，类人猿，并包括
人类。
古脊椎动物分为鱼，蜥脚类，爬行类，虾螯节肢动物，爬行器，节肢动物，有袋类，虾螯类等。
无脊椎动物分为裸露型，壳形，软体
动物和腔肠动物。
原核生物分为植物，古细菌，嗜氧古细菌，原核动物，细菌单细胞及病毒。
而真核生物则分为真核植物和真核动物。
进化树
bioinformatics
Bioinformatics
Liaoning University
系统发育树
张力
Bioinformatics
Liaoning University
什么是系统发育进化树？
系统发育进化树（Phylogenetic tree）是用一种类似 树状分支的图形来概括各种生物tics
Liaoning University
系统发育树的主要构成
节点（node）：每个节点表示一个分类单元（属、种群 ）。 进化分支（clade）：由同一生物进化而来的单一进化 系统群。
Bioinformatics
进化树的结构
进化拓扑结构： 进化树中不同枝的拓扑图形。
Liaoning University
构建进化树
点击Data，Phylogenetic Analysis
然后回到程序主界面，点击Analysis, Phelogeny,选择 构建进化树的方法，这里我们使用N-J法构建进化树， 选择第二个选项。
Bioinformatics
Liaoning University
Bioinformatics
Liaoning University
多序列比对
将未知蛋白的氨基酸序列和BLAST搜索下载到的 Thioredoxin序列合并为一个FASTA文件 使用MEGA打开此文件，使用ClustalW进行多序列比对。 （方法参照多序列比对章节）
Bioinformatics
构建进化树
建树参数的设置
按照右图修改参数 其中Test of Phylogeny代表 的是评估进化树可信度的方 法，这里选择Bootstrap metod，一般设置重复次数 1000次 设置完成后点击Compute
纯菌鉴定进化树
纯菌鉴定进化树纯菌鉴定进化树是一种通过分析微生物的遗传信息，构建菌株间进化关系的方法。
在微生物学和生物分类学中，了解不同菌株的进化关系对于研究它们的功能、生态和传播方式非常重要。
一、纯菌鉴定进化树的原理纯菌鉴定进化树的构建基于微生物遗传信息的比较。
微生物的遗传信息主要通过核酸序列（如16S rRNA序列）来表达。
通过测定不同菌株的核酸序列，并将这些序列进行比较，可以揭示它们之间的进化关系。
在构建进化树时，常用的方法是计算菌株间的遗传距离或相似性，并根据这些距离或相似性构建树状结构。
常用的计算方法包括最小进化距离法、最大似然法和贝叶斯推断等。
这些方法可以帮助确定菌株之间的亲缘关系，并揭示它们的进化历史。
二、纯菌鉴定进化树的方法构建纯菌鉴定进化树的方法通常包括以下几个步骤：1. 菌株的筛选和培养：从样品中筛选出需要鉴定的菌株，并进行纯化培养，确保研究对象的纯度和可重复性。
2. DNA提取和测序：从纯化的菌株中提取DNA，并进行测序。
常用的测序方法包括Sanger测序和高通量测序技术（如二代测序和三代测序）。
3. 序列比对和分析：将获得的核酸序列与数据库中已知的序列进行比对，计算菌株之间的遗传距离或相似性。
4. 进化树构建：根据菌株之间的遗传距离或相似性，使用适当的计算方法构建进化树。
常用的构建方法包括最小进化距离法、最大似然法和贝叶斯推断等。
5. 进化树的验证和解读：对构建的进化树进行验证和解读，评估其可靠性和解释其意义。
可以使用统计方法对进化树进行Bootstrap 分析，评估节点的支持度。
三、纯菌鉴定进化树的应用纯菌鉴定进化树在微生物学领域有广泛的应用。
以下是一些常见的应用：1. 物种鉴定：通过构建纯菌鉴定进化树，可以确定未知微生物菌株的物种归属，帮助进行准确的分类和鉴定。
2. 进化关系研究：纯菌鉴定进化树可以揭示不同菌株之间的进化关系，帮助研究者了解它们的起源和演化历史。
3. 功能预测：通过比较不同菌株的进化树，可以推断它们的功能差异和共同点，为研究微生物的功能和代谢途径提供线索。
基因组进化树
基因组进化树
基因组进化树是研究生物种间的亲缘关系的重要工具。
进化树通
过比较不同生物的基因组序列、表型特征和共同祖先等因素，揭示了
生物进化的历史和演化关系。
基因组进化树揭示了生物界的分类，可以追溯到生命起源的共同
祖先。
生物可以分为不同的域，包括原核域（细菌和古菌）以及真核
域（真核生物）。
原核域和真核域之间存在着显著的差异，例如细菌
的细胞壁与真核生物的细胞膜结构不同。
而在真核域内，还划分为更
多的分类单位，如界、门、纲、目和科等。
进化树可以根据不同生物的遗传关系来构建。
例如，通过比较多
个物种的DNA序列，可以分析它们之间的相似性和差异，并推测它们
在演化上的关系。
这些数据可以通过计算机程序进行分析和构建进化树。
基因组进化树不仅可以帮助我们理解生物演化的历史，还可以指
导我们在生物学、生态学和医学等领域的研究。
进化树可以帮助我们
预测不同物种之间的亲缘关系，并推测它们可能存在的功能和特征。
这对于疾病研究、物种保护和生物技术等领域具有重要意义。
总之，基因组进化树通过比较不同生物的基因组信息，揭示了生
物进化的历史和演化关系。
它是了解生物分类和亲缘关系的重要工具，对于研究生物学和相关领域具有广泛的应用价值。
进化树方法
进化树方法
进化树方法（phylogenetic tree methods）是一种通过分析生物序列、形态等特征，建立生物分类理论模型的方法。
其基本原理是将不同生物样本的特征数据进行比对和分析，计算出它们之间的相似性和差异性，并按照一定的规则将它们归类，最后绘制出一棵进化树（phylogenetic tree）。
该方法主要用于研究生物进化和系统发育等领域，可以帮助我们更好地理解不同生物之间的关系和演化历程。
常见的进化树方法包括距离法、最小进化原理法和最大简约原则法等。
其中距离法基于不同生物的遗传距离来建立进化树，最小进化原理法则是寻找最小的进化路径，而最大简约原则法则是保留最少的节点和分支，以得到最简洁的进化树。
进化树方法与分子时钟方法、分子标记等方法相结合，可以使研究更加准确和全面。
进化树揭示生物亲缘关系的工具
进化树揭示生物亲缘关系的工具进化树是一种图形化的表示方式，可以揭示生物种类之间的亲缘关系和演化历史。
它是通过对生物的遗传信息进行比较和分析，构建出一棵树状图，以展示不同物种之间的演化关系和共同祖先。
进化树在生物学研究中起着至关重要的作用，为科学家们研究生物分类、物种起源和进化过程提供了有力的工具。
1. 进化树的基本原理进化树的构建基于多种数据来源，其中包括形态学、分子生物学和生态学等方面的信息。
首先，科学家会收集不同物种的遗传材料，如DNA序列，然后通过比较这些遗传信息的差异性来判断它们之间的亲缘关系。
根据这些差异，科学家可以通过计算方法和统计分析来构建进化树，进而推断物种之间的演化路径和关系。
2. 进化树的构建方法在构建进化树的过程中，科学家们使用了多种方法和算法，以满足不同的研究需求。
其中，常用的方法包括距离法、最大简约法和最大似然法等。
距离法是一种基于遗传距离的构建方法，它通过计算遗传差异的数量来评估物种之间的关系。
这种方法适用于相对简单的数据集和小规模的研究对象。
最大简约法是一种经典的构建进化树的方法，它基于最小化进化树的分支数量来推断物种之间的关系。
这种方法包括邻接法、扰动法和队列法等，可以应用于包括分子信息在内的大规模数据集。
最大似然法是一种基于统计模型的构建方法，它通过建立最适合数据的进化模型，推断物种之间的进化树。
这种方法可以考虑更多的因素和复杂性，适用于高度复杂的数据集和研究对象。
3. 进化树的应用进化树在生物学研究中有着广泛的应用。
首先，它可以揭示物种之间的进化历史和亲缘关系，帮助科学家了解不同物种的起源和演化过程。
其次，进化树可以用于分类学研究，帮助科学家对物种进行分类和命名。
通过比较物种的遗传信息，可以判断它们是否属于同一类别或同一个属。
此外，进化树还可以用于基因组学研究、物种保护和生态系统分析等方面。
总结：进化树是一种重要的工具，可以帮助我们揭示生物之间的亲缘关系和演化历史。
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16S rRNA序列
拟 杆 菌 科
脱硫弧菌属（亲缘关系未定属） 脱硫脱硫弧菌 丁酸弧菌属（亲缘关系未定属） 溶纤维丁酸弧菌 琥珀酸弧菌属（亲缘关系未定属） 溶糊精琥珀酸弧菌
弧 菌 科
弧菌属 霍乱弧菌、副溶血弧菌、 鳗弧菌、费氏弧菌、 助生弧菌、创伤弧菌 《伯杰细菌鉴定手册》.第八版
RNA作为进化的指征
• 选择需要的建树方法:
(1)一般来讲，如果模型合适，ML的效果较好。 (2)MP一般不用在远缘序列上，这时一般用NJ或ML。 (3)对相似度很低的序列，NJ往往出现Long-branch attraction（LBA，长 枝吸引现象），有时严重干扰进化树的构建。 (4)一些人认为贝叶斯的方法最好，其次是ML，然后是MP。其实如果序列的 相似性较高，各种方法都会得到不错的结果，模型间的差别也不大。
Vibrio vulnificus Vibrio fischeri Vibrio parahaemolyticus Vibrio cholerae Vibrio anguillarum Succinivibrio dextrinosolvens
1003BGOR ES191 TVS8 ATCC 14035 SMQ29 0554 WH-1
100 100 100
费氏弧菌 创伤弧菌 斯托普氏蛭弧菌 溶糊精琥珀酸弧菌
97 100 100
鳗弧菌 副溶血弧菌
0.0
1.0
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
0.8
0.6
0.4
0.2
进化树分析
1.以上几种不同的方法构建进化树，得到的进化树拓扑结构基本相同，
说明结果较为可靠。
2.以上几种进化树中，Bootstrap的值一般大于70，大致可以认为构建的 进化树较为可靠。但是有些进化树的Bootstrap的值过低，可以通过其他 方法进行互补。 3.通过进化树大致可以推断出：脱硫弧菌属和琥珀酸弧菌属可能来自弧 菌科；丁酸弧菌属可能来自螺菌科。
费氏弧菌
创伤弧菌
ME法建树
100 93
霍乱弧菌 助生弧菌
98
溶纤维丁酸弧菌 噬菌蛭弧菌
脱硫脱硫弧菌
98
97 99
斯塔尔蛭弧菌
费氏弧菌
创伤弧菌 溶糊精琥珀酸弧菌
100 100
斯托普氏蛭弧菌
96
鳗弧菌 副溶血弧菌
0.2
UPGMA法建树
100 98
噬菌蛭弧菌 溶纤维丁酸弧菌 霍乱弧菌
100
助生弧菌 斯塔尔蛭弧菌 脱硫脱硫弧菌
脱硫脱硫弧菌
噬菌蛭弧菌
49
溶纤维丁酸弧菌
霍乱弧菌
99
助生弧菌
斯托普氏蛭弧菌
67 97 100
溶糊精琥珀酸弧菌 鳗弧菌 副溶血弧菌
0.2
MP法建树
98 99
噬菌蛭弧菌 溶纤维丁酸弧菌 霍乱弧菌
99
100
助生弧菌 斯托普氏蛭弧菌
97
100 100
溶糊精琥珀酸弧菌 鳗弧菌
100
100
副溶血弧菌 斯塔尔蛭弧菌 脱硫脱硫弧菌
16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”
1）rRNA具有重要且恒定的生理功能； 2）在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度 保守和高度 变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究； 3）16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析； 4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取； 5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同源分子是 18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。
《微生物学》.沈萍.第二版.P328
序列 查找
序列 比对
构建 进化树
进化树 分析 与修饰
序列查找
16S ribosomal RNA gene ,partial/complete sequence
中文学名 拉丁学名 菌株型号 GenBank检索号 序列长度 分子类型 日期
创伤弧菌 费氏弧菌 副溶血弧菌 霍乱弧菌 鳗弧菌 溶糊精琥珀酸弧 菌
AY676130.1 DQ026825.1 KF142388.1 NR_119051.1 KC884650.1 NR_026476.1 EU684229.1 NR_102470.1 AF084852.1
1460 bp 1454 bp 1453 bp 1463 bp 1417 bp 1463 bp 1417 bp 1493 bp 1457 bp 1371 bp 1521 bp
多序列比对
构建进化树
• 建树的方法有： UPGMA（类平均法）不准确，少用 ME（Minimum Evolution，最小进化法）少用 NJ（Neighbor-Joining，邻接法）适用于进化平均距离小于1 MP（Maximum parsimony，最大简约法）适合近缘物种 ML（Maximum likelihood，最大似然法）较好但极其耗时 贝叶斯（Bayesian）最好 ……
NJ法建树
ML NJ ME UPGMA MP
100 92 97
霍乱弧菌 助生弧菌
溶纤维丁酸弧菌 噬菌蛭弧菌
脱硫脱硫弧菌
97 97 99
斯塔尔蛭弧菌 费氏弧菌 创伤弧菌
斯托普氏蛭弧菌
96 100 100 0.2
溶糊精琥珀酸弧菌 鳗弧菌 副溶血弧菌
ML法建树
97 52 88 29
费氏弧菌 创伤弧菌 斯塔尔蛭弧菌
linear DNA linear DNA linear DNA linear DNA linear DNA linear DNA linear DNA linear DNA linear DNA linear DNA linear DNA
2005/3/21 2007/10/9 2013/7/1 2014/5/20 2013/5/21 2014/3/31 2008/5/18 2013/5/1 2000/3/3 2002/3/7 2006/4/17
（5）对于进化树的构建，如果对理论的了解并不深入，需要选择模型的时 候用NJ或者ML建树。 （6）一般推荐用两种不同的方法构建进化树，如果所得到的进化树类似， 则结果较为可靠。 （7）Bootstrap几乎是一个必须的选项。一般Bootstrap的值>70，则认为 构建的进化树较为可靠。如果Bootstrap的值太低，则有可能进化树的拓 扑结构有错误，进化树是不可靠的。
溶纤维丁酸弧菌 Butyrivibrio fibrisolvens 噬菌蛭弧菌 斯塔尔蛭弧菌 斯托普氏蛭弧菌 脱硫脱硫弧菌
Bdellovibrio bacteriovorus Tiberius Bdellovibrio starrii Bdellovibrio stolpii Desulfovibrio desulfuricans DSM 12778 SRB16
AJ288899.1 DQ450463.1
助生弧菌
Vibrio costicola
ATCC 35508T
X74699.1
1485 bp
linear DNA
1995/9/11
序列比对
序列相似性比较
费氏弧菌---霍乱弧菌 94% 霍乱弧菌---噬菌蛭弧菌 82% 费氏弧菌---噬菌蛭弧菌 80% 相似性大于50%，比较容易推测出两序列为同源序列
背景介绍
费 氏 弧 菌
霍 乱 弧 菌
脱硫脱硫弧菌、溶纤维丁酸弧菌、溶糊精琥珀酸弧菌、 噬菌蛭弧菌、斯托普氏蛭弧菌、斯塔尔蛭弧菌、副溶 血弧菌、鳗弧菌、助生弧菌、创伤弧菌、大肠弧菌、 厚弧菌 ……
夏威夷短尾乌贼---隐身
海地爆发的大规模疾病---霍乱
细菌分类中存在的问题
螺 菌 科
蛭弧菌属（位置不定属） 噬菌蛭弧菌、斯托普氏蛭弧菌、斯塔尔蛭弧菌 弯曲杆菌属 NCBI中查询不到 大肠弧菌、厚弧菌（位置未定种）