生物信息学：DNA与蛋白质序列分析

2)首先截取ATG之前3000bp序列
以AF486280为例. 首先要找到包含AF486280的基因组序列.
方法一: 用softberry预测.
方法二: 用Fruitfly网站的promoter预测程序预测.
练习:
(1) 查找序列:AY900120 (2) 请用两种方法分析该基因可能的TSS? 给出从 TSS开始10bp的序列.(提示：首先搜索基因组数据
蛋白质 蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据 库中的序列
Blastx
核酸Baidu Nhomakorabea
Tblastn
蛋白质
TBlastx
核酸
蛋白质 核酸序列翻译成蛋白质序列后和 蛋白质数据库中的序列逐一搜 索。 核酸 蛋白质序列和核酸数据库中的核 酸序列翻译后的蛋白质序列逐 一比对。 核酸 核酸序列翻译成蛋白质序列，再 和核酸数据库中的核酸序列翻 译成的蛋白质序列逐一进行比 对。
酶切位点分析(载体构建)
基因结构分析/启动子序列分析
Part 1. 初级序列分析
序列的组成/分子量/等电点分析
http://zhanglab.njau.edu.cn/
点击“BioXM version 2.6 ” 点击“运行”进行安装
序列组成分析
序列组成分析
序列组成分析
A/G/C/T的组成，尤其是G+C含量的预测（进化？探针设计？）
蛋白分子量和等电点
蛋白分子量和等电点
蛋白分子量和等电点
蛋白质分子量/等电点预测 online Compute pI/MW
http://us.expasy.org/tools/pi_tool.html
Part2. 酶切位点分析
只要进行基因工程利用必须用到各种限制性内切酶
如 GGATCC
BamHI
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
具体步骤
1.登陆blast主页
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果
第3节 序列功能分析的内容
序列组成/分子量/等电点---初级分析
(domain);
G. EST
H. nr/nt
Question 2:
什么是HMM？
如何进行基因结构的预测？
Promoter的位置在哪里?
什么是TSS, 为什么要预测TSS?预测TSS有哪些方
法?
第2节 Blast的应用
主要的blast程序
程序名 查询序列 数据库 Blastn Blastp 核酸 蛋白质 核酸 搜索方法 核酸序列搜索逐一核酸数据库中 的序列
练习:
(5) 请预测AY900120基因编码产物的分子量和等 电点(可以采用BioXM软件); (6) 请对AY900120基因序列进行限制性酶切位点 分析,分析序列中是否存在HindIII和SacI酶切位
点?(可以采用BioXM软件)
(7) 请分析AY900120基因编码产物的功能域
库，获得包括该基因第一个外显子之前3000bp和
该基因的基因组序列；然后进行预测：方法1：搜
索dbEST数据库；方法2：用softberry的
FGENESH进行预测TSS；) (3) 根据（2）的结果请列出该基因的启动子序列; (4) 根据（2）的结果请画出该基因的基因结构图 （包括外显子和内含子的排列和长度）;
promoter
TATA TSS ATG
2)启动子序列分析:
所以，我们必须得到TSS的位置.
如何通过生物信息学方法确定TSS?
首先截取包括ATG之前3000bp和基因的序列采用以下两
种方法
1)软件预测,如Softberry; 2)搜索EST数据库;
分析的目的: 2)首先找到ATG前面约3000: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 首先要找到包含AF486280的基因组序列.
生物信息学 Bioinformatics
第四章 DNA与蛋白质序列分析
第一节 序列比对
第二节 Blast应用
第三节 序列功能分析
Question1:
1. 我刚刚分离一个水稻基因片段序列，大概250bp， 我想初步分析一下它是什么基因，编码什么产物以 及是否已经被别人克隆，应该采用什么工具和数据 库？ A. Blastn E. blastx B.Blastp F. nr C.tblastn, D.tblastx,
Part 3. 基因结构分析/启动子序列分析
Genomic DNA 1）基因结构分析: cDNA
用softberry预测基因结构 http://www.bio-soft.net
一个例子: 用softberry预测基因结构
2)启动子序列分析:
什么是启动子? 启动子序列，一般在TSS之前2000bp， 了解哪个位点是TSS，哪个是起始ATG?