百日咳鲍特菌全基因测序A啊
百日咳鲍特菌全基因测序
选题的目的和意义
百日咳鲍特菌俗称百日咳杆菌，是人类百日咳的病原体。该菌为鲍特菌属的一种。百日咳杆菌无鞭毛、不形成芽孢。有毒菌株有荚膜和菌毛。专性需氧，最适生长温度35~36℃，最适PH6.8～7.0。营养要求高。百日咳鲍特菌常发生菌落变异。新分离株为S型，称为I 相菌，有荚膜，毒力强。人工培养后，逐渐形成R型菌落，为IV相菌，无荚膜无毒力。同时其形态、溶血性、抗原构造、致病力等亦随之变异。中间过渡相，称为II、III相菌。百日咳鲍特菌抗原结构包括菌体O抗原和K抗原。
主要致病物质有百日咳毒素（PT）是百日咳鲍特菌的主要毒素，其结构由A、B亚单位组成。PT具有免疫致敏等作用，与细菌附着纤毛上皮细胞和阵发性咳嗽有关。丝状血凝素（FHA）促进细菌与纤毛上皮细胞粘附。腺苷酸环化酶毒素（adenylcyclase toxin）、气管细胞毒素（TCT）,皮肤坏死毒素(DNT).百日咳传染源为早期病人和带菌者。儿童易感。通过飞沫传播。潜伏期7～1d.百日咳鲍特菌属不进入血流，主要造成局部组织损伤。
预防百日咳主要依靠疫苗接种进行人工主动免疫。我国采用I相百日咳死菌苗与白喉破伤风类毒素制成三联疫苗（DPT）近年来，日本、美国等许多学者已经研究制备百日咳无细胞菌苗代替全细胞菌苗，可显著减低全细胞菌苗的毒性反应。
国内外研究的基本现状
百日咳疫苗是预防和控制百日咳最经济最有效手段之一。自20世纪30年代制成百日咳菌体疫苗开始，百日咳即成为疫苗可预防疾病。由于百白破疫苗的大量使用是百日咳的发病率大大降低，。然而据世界卫生组织报告,目前全世界每年仍然有4 000万百日咳患者,其中高达3416 万儿童死于百日咳及其并发症,其中98.18 %病例来自不发达国家[1]。即便是发达国家或DTP 接种率很高的国家,近年来百日咳病例也有上升的趋势,局部还有爆发性的流行[2]。值得注意的是，成人和青少年人群中百日咳的报道逐渐增多[3]。分析原因可能是二方面，首先由于百日咳疫苗已经使用70多年的应用历史，而无细胞百日咳疫苗也有20多年的历史，百日咳杆菌的部分基因可能已经发生突变或缺失，使得疫苗失去保护功效。近年来报道aPerV包含纯化的蛋白，如：PT、Prn与流行菌株表达的蛋白不一致，并认为抗原漂移致疫苗的效果降低。荷兰1953年开始使用wPerV，疫苗生产菌株为PtxSlB、PtxSlD亚型，1949～1954年并无PtxSlA亚型菌株，1978～1985年分离到了PtxSlA型菌株，于是认为是新型的变异株[4]。芬兰Elo—maa等[5]在1953～1964年小规模的流行菌株调查过程中并无PtxSlA型菌株，在1982年首次分离到。美国疫苗生产菌株的基因型是ptxSlB 亚型，在20世纪40年代开始使用疫苗，在1970年首次分离出PtxSlA亚型的菌株，在此之前分离的菌株为PtxSlB、PtxSlD亚型[6]。在前苏联的wPerV生产株为PtxSlB、PtxSlD，人群接种疫苗是在1960年左右，在未使用疫苗前的1948～1959年，临床分离株PtxSlB、PtxSlD亚型所占的比例分别为38％、62％。1970～1979年分离到11％的PtxSlA亚型菌株，而到1980～1989年及以后上升到100％[7]。在阿根廷疫苗生产菌株为PtxSlB亚型，在1969年分离到PtxSlA亚型的菌株[8]。这些似乎说明是免疫选择导致了突变株的出现。但在英国疫苗生产株包含PtxslA、PtxSlB亚型。Fry 等收集了1940～1949年50株菌，其中PtxslA亚型占50％；1990到1999年收集的105株百日咳鲍特菌，均为PtxSlA亚型。PtxSlA亚型的菌株最早出现在1949年[9]。可见PtxSlA亚型的菌株并不是新的变异株，因为它在英国流行多年了。波兰Gzyl 等研究收集1960～1990年的临床分离菌株中，在20世纪60年代就分离了PtxSlA
亚型菌株，稍早于波兰使用疫苗的时间，疫苗生产株也包含了PtxslA、PtxslB两种亚型的菌株[10/11]。因此与目前所说的非疫苗成分PtxSl亚型的出现，是疫苗诱导的选择性压力导致的是有争议的，于是推测在未使用疫苗的年代，PtxSlA亚型的菌株就在小范围中流行。因为疫苗的选择性压力或者其它基因的突变，使得PtxSlA亚型菌株的适应性增加，成为主要的流行菌株[12]。有研究利用分子克隆技术产生1株表达变异PT抗原的百日咳鲍特菌，它能与疫苗产生的抗体发生中和，也能与野生型菌株产生的抗体发生中和，由此推断PT序列的氨基酸的变化，并不会彻底的改变其识别和中和PT抗体的能力[13]。在美国、英国、芬兰、荷兰等很多发达国家的疫苗生产菌株均是Prn1亚型，在这些国家的研究中有共同的现象是在使用疫苗的20～30年后，均出现了非Prn1。亚型菌株的流行。研究中荷兰在1981年出现了非疫苗型的Prn亚型，在20世纪90年代分离的菌株90％是非疫苗型的Prn亚型[14]。澳大利亚在1985年后首次分离到Prn3。亚型的菌株，1993年后分离的Prn3。亚型的菌株占主要比例心[15]。英国是在1982～1985年分离的。美国、阿根廷是在1989年后分离到Prn
。亚
2
型的菌株[15]。我国台湾地区在1997年分离到了Prn3亚型的菌株。荷兰、芬兰在20世纪90年代分别流行Prn2亚型和Prn3亚型的菌株，认为这种现象产生的原因是Prn1基因型的wPerV对Prn2亚型的菌株的保护性要强于Prn3亚型的菌株。在动物试验中发现，Prn基因的可变区拥有免疫原性表位，Prn基因的突变会影响疫苗的效力[16]。
其次是全细胞百日咳疫苗的保护力在3~5年后会下降，在10~12年后就没有保护力了。
百日咳杆菌致病性与免疫的复杂性：百日咳杆菌在生长过程中可以产生十几种与致病有关的毒力因子，依据在致病过程中的作用主要分为两大类：一类为毒素因子，包括百日咳毒素( Pertussis toxin，PT) 。脂多糖或内毒素(Lipopolysaccharide，LPS) 、皮肤坏死毒素(Dermonecrotictoxin，DNT) 、气管细胞毒素(Tracheal cytotoxin ，TCT)及酰苷环化酶毒素(Adeny2late cyclasetoxin ，ACT)等。另一类为与细菌的粘附和定居有关的毒力，丝状血凝素( Filamentoush2emagglutinin ,FHA) 、粘着素(Pertactin ，Prn)及凝集原(Agglutinogens ，Agg) 等。每种因子在百日咳杆菌的致病和免疫中发挥不同的作用，其中大部分为百日咳致病过程中的毒力因子。
随着生物技术的迅猛发展，人们对白日咳的基因组结构以及各种毒力因子、抗原成分的结构和功能有了更加深入的了解，为开发新一代基因工程疫苗提供了理论依据。现在研究最多的是亚单位疫苗和DNA疫苗。理想的重组亚单位疫苗应该是能引起显著保护性免疫应答的最小、无毒的蛋白片段。目前，百日咳亚单位疫苗的研究还比较少，而且用于研究的抗原成分主要是PT、FHA和Prn。由于这些抗原成分相对分子质量都很大，直接重组表达基本不可能，现在的研究主要是从中筛选具有免疫原性的片段，并对其保护性进行研究。在百日咳的DNA疫苗研究中，主要是采用S1亚单位的编码基因作为研究对象，以日本研究最多。Kamachi等126J将编码s1亚单位的基因插入哺乳动物表达载体，免疫动物后，可以抑制天然PT所诱导的白细胞活化。
目前在国内用于疫苗生产的百日咳毒株主要包括P3s10株、18530株和CS株其中CS株是我国研究人员于20世纪50 年代自行分离的菌株，现主要用于无细胞百日咳疫苗的生产。CS 株和P3s10 株的血清型均为1、2、3型,18530株为1、3型,3株疫苗生产株均为百日咳杆菌Ⅰ相菌,在我国用于百日咳疫苗的生产已经有了半个多世纪的历史。为了更好地了解我国的百日咳疫苗生产株的基因特征，我将对百日咳杆菌的两种主要保护性抗原分子百日咳毒素的S1蛋白片段和Prn 蛋白的基因进行相关基因序列分析。
研究的理论依据
荧光定量PCR技术
双抗体夹心ELISA
Western blot
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人体正常菌群及常见细菌的分类
人体正常菌群及常见细菌的分类
革兰氏阴性杆菌（G－杆菌）肠杆菌科弧菌科非发酵菌群罕见发酵型其它 一、肠杆菌科： 1、埃希菌属（埃希氏－志贺氏菌属）： 大肠埃希菌弗格森氏埃希菌赫尔曼埃希菌伤口埃希菌蟑螂埃希菌 2、志贺菌属： 痢疾志贺菌福氏志贺菌鲍氏志贺菌宋内氏志贺菌 3、爱德华氏菌属： 迟钝爱德华氏菌保科爱德华氏菌鲶鱼爱德华氏菌 4、沙门氏菌属： 伤寒沙门氏菌猪霍乱沙门氏菌肠炎沙门氏菌 5、枸橼酸杆菌属： 弗劳地枸橼酸杆菌异型枸橼酸杆菌无丙二酸盐枸橼酸杆菌丙二酸盐阴性枸橼酸杆菌生物Ⅰ群6、肠杆菌属： 阴沟肠杆菌产气肠杆菌中间肠杆菌坂崎肠杆菌聚团肠杆菌日勾肠杆菌 河生肠杆菌溶解肠杆菌超压肠杆菌泰洛肠杆菌阿氏肠杆菌何氏肠杆菌致癌肠杆菌 7、克雷伯菌属： 肺炎克雷伯菌臭鼻克雷伯菌鼻硬结克雷伯菌产酸克雷伯菌解乌氨酸克雷伯菌植生克雷伯菌土生克雷伯菌 8、变形杆菌属： 普通变形杆菌奇异变形杆菌产粘变形杆菌潘氏变形杆菌 9、普罗威登斯菌属： 产碱普罗威登斯菌斯氏普罗威登斯菌雷氏普罗威登斯菌海氏普罗威登斯菌 拉氏普罗威登斯菌 10、摩根菌属：
摩氏摩根菌摩氏摩根菌生物Ⅰ群 11、沙雷菌属： 粘质沙雷菌液化沙雷菌深红沙雷菌普城沙雷菌芳香沙雷菌无花果沙雷菌 居泉沙雷菌嗜昆虫沙雷菌 12、耶尔森菌属： 小肠结肠炎耶氏菌弗氏耶氏菌中间型耶氏菌克氏耶氏菌假结膜耶氏菌 鼠疫耶氏菌拉氏耶氏菌毛氏耶氏菌白氏耶氏菌罗氏耶氏菌奥氏耶氏菌 13、其它： 哈夫尼亚菌属西地西菌属爱文氏菌属勒克氏菌属勒米诺氏菌属兰恩氏菌属塔特姆氏菌属致病杆菌属克卢瓦氏菌属克泽氏菌属 二、弧菌科： 1、弧菌属： 霍乱弧菌麦氏弧菌拟态弧菌霍氏弧菌海鱼弧菌河弧菌弗氏弧菌创伤弧菌溶藻性弧菌副溶血性弧菌 2、气单胞菌属： 嗜水气单胞菌温和气单胞菌豚鼠气单胞菌脆弱气单胞菌杀鲑气单胞菌 3、邻单胞菌： 类志贺单胞菌 4、发光杆菌属：对人无致病性 三、非发酵菌群：指不发酵糖类、专性需氧、不产生芽胞的革兰氏阴性杆菌 1、假单胞菌属： Ⅰ群：铜绿假单胞菌荧光假单胞菌恶臭假单胞菌产碱假单胞菌假产碱假单胞菌斯氏假单胞菌曼多辛假假单胞菌
儿童百日咳防治知识
儿童百日咳 百日咳是小儿常见的一种呼吸道传染病，是由百日咳杆菌所传染的。以阵发性痉挛性咳嗽，伴有鸡鸣样吸气声为主要特征。 疾病简介 如果治疗不当，常可并发肺炎、脑病等。另外，百日咳病程长，可持续2—3个月以上，所以对孩子的健康影响很大。因此一旦发现孩子患有百日咳应及早进行治疗。对于百日咳患儿应及早选用抗生素，以清除鼻咽部的百日咳杆菌。如红霉素每日每公斤体重50—100毫克，分2次肌内注射；也可酌情使用复方新诺明或增效联磺片，每次半片，日服2次。以上抗生素应连续应用7—10天。如使用某一种抗生素5天不见效时，可另换一种，如果同时使用2种抗生素也并不能提高疗效，因此以单用为好。在应用抗生素过程中，家长应注意观察以便早期发现其不良反应。据法国医学杂志报道，对于痉挛性咳嗽，用其它药物不能控制时，可使用维生素k，可获得很好的疗效。其理论根据虽然不清楚，但治疗效果比较明显。用法是：小于一岁的孩子每日肌内注射20毫克；大于一岁者，每日肌内注射50毫克。对于病情重的患儿，可使用高价“百日咳免疫球蛋白”肌内注射，每次1毫升，隔日一次，连续用3次。中成药治疗百日咳也有一定疗效，如”百咳灵”，每岁每交服一片，每日服2—3次，温开水送服；”鹭鸶咳丸”，每次一丸（1.5克），日服2次，用梨汤或温开水送服。另外，在以上药物治疗的同时，还应及时进行隔离，以免发生传染。 症状 症状: 吸入的空气中带有病菌，由患者喷嚏、咳嗽或讲话而形成。有那些症状？开始如同流感，流涕、喷嚏、低热、轻咳，其后的二周咳嗽逐渐加剧，有剧烈的阵咳，激烈的咳嗽持续不断而导致呼吸困难。出现这种情况时患者的呼吸呈典型的鸡鸣声。6个月以下的婴儿和成人一般不出现典型的鸡鸣。成年和青年以及未完全免疫的儿童，症状比较温和症状详细描述 本病可分为三期：卡他期，仅表现为低热、咳嗽、流涕、喷嚏等上呼吸道感染症状。7～10天后转入痉咳期，表现为阵发性疼挛性咳嗽，发作日益加剧，每次阵咳可达数分钟之久。咳后伴一次鸡鸣样长吸气。若治疗不善，此期可长达2～6周。恢复期阵咳渐减甚至停止，此期2周或更长。若有呼吸道感染可再致疼咳，病程可2～3月，故有“百日咳”之称。 病因及发病机制 吸入的空气中带有病菌，由患者喷嚏、咳嗽或讲话而形成。百日咳杆菌为鲍特杆菌属，侵入呼吸道粘膜在纤毛上皮进行繁殖，使纤毛麻痹，上皮细胞坏死，坏死上皮，炎性渗出物及粘液排除障碍，堆聚潴留，不断刺激神经末梢，导致痉挛性咳嗽。支气管阻塞也可引起肺不张或肺气肿。】 诊断 （一）流行病学对仅有卡他症状而无特征性临床表现者应注意询问接触史。
百日咳杆菌毒素
百日咳杆菌毒素 自从1909年发现百日咳杆菌对热不稳定毒素（heat-labile toxin, HLT）或称皮肤坏死毒素后，百日咳杆菌的活性物质不断被分离和提纯，其中与致病有关的物质陆续被发现。与百日咳杆菌致病有关的物质除荚膜外，尚有百日咳杆菌的菌毛成分、内毒素（endotoxin）、百日咳毒素（pertussis toxin, PT）和腺苷酸环化酶/溶血毒素（adenylate cyclase/hemolysin toxin, ACT）等：内毒素即百日咳杆菌脂多糖（LPS）；百日咳毒素由于其多重作用而有不同的命名，如因能提高小鼠对组织胺、5-羟色胺等的敏感性而被称作组织胺敏感因子（histamine-sensitizing factor, HSF），因能促进白细胞、淋巴细胞增生又被称作白细胞增生因子或称淋巴细胞增生因子（leukocytosis promoting factor, LPF），因能使百日咳杆菌粘附于呼吸道纤毛上而使细胞损伤导致阵发性咳嗽又被称作气管细胞毒素（tracheal cytotoxin, TCT）；ACT能促进巨噬细胞内的cAMP增加而抑制巨噬细胞功能，而且此环化酶毒素又能活化胰岛B细胞导致大量胰岛素分泌而有被称作胰岛素活化蛋白（islets-activating protein, IAP）；百日咳杆菌有菌毛血凝素（fimbrial hemagglutinin, FHA）和白细胞增生因子-血凝素（lymphocytosis-promoting factor hemagglutinin, LPF-HA），使病人淋巴细胞增多，两者对小鼠均有免疫保护活性。近年对百日咳杆菌的研究热点主要集中在调控百日咳毒素表达的天然启动子和百日咳疫苗的研制上。现将起主要毒素及疫苗的研究进展分述如下。 一.内毒素(1-3) 百日咳杆菌脂多糖又称耐热毒素，是百日咳杆菌的被膜成分。与其他细菌的内毒素同样，其介导活性的主要部分为LPS的类脂A（lipid A）结构。 1.化学性质早期采用热酚/水法提取百日咳杆菌的LPS（Westphal et al, 1952），以后有人用超速离心进行纯化并用各种蛋白酶处理以得到高纯度的LPS，各种不同菌株获得的LPS产量为6~34mg/g细菌干重。 百日咳杆菌内毒素的主要特征是含有两种不同成分的LPS，分别称作LPS-Ⅰ和LPS-Ⅱ。LPS-Ⅰ和LPS-Ⅱ两者比例为2：3。两组分均存在于百日咳Ⅰ相菌和部分Ⅳ相菌。这两组分的差别在于分子的类脂部分不同，一种分子的类脂连着2-3个脂肪酸而另一种含有3-5个脂肪酸，而且脂肪酸的组成也较特殊，含有罕见的2-甲基-3-羟基葵酸和2-甲基-2-羟基四葵酸，其他的成分如磷酸盐、葡萄糖胺、四葵酸、3-羟基四葵酸和3-羟基葵酸大致一致。类脂部分与多糖以3-脱氧-2-辛酮糖酸（KDO）分子相连，但KDO分子在两种LPS 中磷酸化程度不同。将百日咳杆菌LPS用4mol/L HCl在100℃水解，得到一种含分支的三糖，即4-O-（2-氨基-2-脱氧-α-D-吡喃葡萄糖基）-6-O-（2-氨基-2-脱氧-α-D-吡喃半乳糖基尿嘧啶）-D-吡喃葡萄糖。此分子皆存在于两种LPS中。用质谱法精确测定百日咳杆菌LPS的类脂部分的分子量，结合31P-NMR的结果推断的百日咳杆菌类脂A的结构见图1。 2.百日咳杆菌LPS的毒性百日咳杆菌LPS具有明显的致热原性、Shwartzman反应、佐剂活性并具有增强对感染的非特异抵抗力活性等，现将百日咳杆菌LPS的活性小结于表1。 表1 百日咳杆菌LPS的生物学活性 试验方法结果 小鼠体重增长试验（18-20g 小鼠）注射24h，体重改变的最大剂量为1.07μg 家兔热原性试验2μg/kg剂量，最大平均升 高温度为2℃ 家兔局部Shwartzman反应阳性反应的敏感剂量介于 12.5-200μg 保护反应：诱导小鼠对伤寒、大肠杆菌、肺双、绿脓杆菌和金葡菌感染的非特异性抵抗力（LPS和各菌攻击，相隔3天）LPS剂量在12.5-200μg，对所有攻击菌具有显著保护作用，最大保护作用是对肺双，最弱保护作用是对绿脓 佐剂作用：在流感病毒疫苗对小鼠的佐剂活性抗病毒血凝素抗体年度增高2.5倍
细菌的基因预测以及注释
Whole-genome Annotation of an A.baumannii strain A.baumannii ACICU
摘要 随着新一代测序技术的发展，微生物全基因组测序的成本大大减少，DNA序列的生成速度已远远超过其基因的注释速度。功能基因组学的研究已经成为当今研究的主流。然而如此多的数据对现有的基因注释工具提出了巨大的挑战。本研究通过对A.baumanii ACICU染色体序列使用GeneMarks进行基因预测，预测到了3718个基因，然后使用RAST进行基因注释，共注释到了3683个功能基因，将得到的结果与原文献中所注释到的基因进行对比。最后得到结论，基因的预测与注释都需要综合不同软件的结果进行分析，才能得到较为准确的结果。本研究为原核生物全基因组的注释提方法供了参考。 关键字：基因注释全基因组鲍曼不动杆菌GeneMarksRAST
目录 1.引言（Introduction） (2) 1.1.背景介绍 (2) 1.2.全基因组注释软件 (3) 1.3. A.baumannii ACICU相关 (4) 2.材料与方法（Methods and Materials） (5) 2.1.使用GeneMarks进行ORF预测 (5) 2.2.使用RAST进行功能基因注释 (6) 3.结果与讨论（Results and Discussion） (8) 3.1.使用GeneMarks预测ORF的结果以及分析 (8) 3.2.使用RAST进行功能基因注释结果以及分析 (9) 3.3.综合分析 (10) 参考文献 (10) 1.引言（Introduction） 1.1.背景介绍
Ion torrent微生物(细菌)全基因组重测序文库构建实验方案
微生物（细菌）全基因组重测序文库构建实验方案 一、重测序原理 全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。 二、技术路线 ↓基因组DNA提取 细菌DNA（纯化） ↓超声波打断 DNA片段化 ↓ 文库构建 ↓Ion OneTouch 乳液PCR、ES ↓Ion PGM、Ion Proton 上机测序 ↓ 生物信息学分析 三、实验方案 1.细菌总DNA的提取 液氮速冻、干冰保存的细菌菌液：若本实验室可以提供该细菌生长的条件，则对菌液进行活化，培养至对数期时，对该细菌进行DNA提取；若本实验室不能提供该细菌的生长条件，则应要求客户提供尽可能多的样本，以保证需要的DNA量。 细菌DNA采用试剂盒提取法（如TianGen细菌基因组提取试剂盒）。 取对数生长期的菌液，按照细菌DNA提取试剂盒操作步骤进行操作。提取完成后，对基因组DNA进行纯度和浓度的检测。通过测定OD260/280，范围在1.8-2.0之间则DNA较纯，使用Qubit对提取的DNA进行定量，确定提取的DNA 浓度达到文库构建的量。
2.DNA片段化 采用Covaris System超声波打断仪（Covaris M220），将待测DNA打断 步骤： 1）对待打断的DNA进行定量，将含量控制在100ng或者1μg 2）打开Covaris M220安全盖，将Covaris AFA-grade Water充入水浴容器内，至液面到最高刻度线（约15mL），软件界面显示为绿色 3）将待打断DNA装入Ep LoBind管中，其中DNA为100ng或1μg，加入Low TE 至总体积为50mL 4）将稀释的DNA转移至旋钮盖的Covaris管中（200bp规格），转移过程中不能将气泡带入，完成后旋紧盖子 5）选择Ion_Torrent_200bp_50μL_ScrewCap_microTube，将对应的小管放入卡口，关上安全盖，点击软件界面“RUN” 6）打断结束后，将混合液转移至一支新的1.5mL离心管中 3.末端修复及接头连接 3.1 末端修复 使用Ion Plus Fragment Kit进行，以100ng DNA量为例，各组分使用前瞬时离心2s 步骤： 1）加入核酸酶free水至装有DNA片段的1.5mL离心管中，至总体积为79μL 2）向体系中加入20μL 5×末端修复buffer，1μL末端修复酶，总体积为100μL 3）室温放置20min 3.2 片段纯化 片段纯化使用Agencourt AMpure XP Kit进行 步骤： 1）加入180μL Agencourt AMpure XP Reagent beads于经过末端修复的1.5mL离心管中，充分混匀，室温放置5min
微生物基因组研究
微生物基因组研究 微生物是包括细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生动物等在内的一大类生物群体，它个体微小，却与人类生活密切相关。微生物在自然界中可谓“无处不在，无处不有”，涵盖了有益有害的众多种类，广泛涉及健康、医药、工农业、 环保等诸多领域。 微生物对人类最重要的影响之一是导致传染病的流行。在人类疾病中有50％是由病毒引起。世界卫生组织公布资料显示：传染病的发病率和病死率在所有疾病中占据第一位。微生物导致人类疾病的历史，也就是人类与之不断斗争的历史。在疾病的预防和治疗方面，人类取得了长足的进展，但是新现和再现的微生物感染还是不断发生，像大量的病毒性疾病一直缺乏有效的治疗药物。一些疾病的致病机制并不清楚。大量的广谱抗生素的滥用造成了强大的选择压力，使许多菌株发生变异，导致耐药性的产生，人类健康受到新的威胁。一些分节段的病毒之间可以通过重组或重配发生变异，最典型的例子就是流行性感冒病毒。每次流感大流行流感病毒都与前次导致感染的株型发生了变异，这种快速的变异给疫苗的设计和治疗造成了很大的障碍。而耐药性结核杆菌的出现使原本已近控制住的结核感染又在世界范围内猖獗起来。 微生物能够致病，能够造成食品、布匹、皮革等发霉腐烂，但微生物也有有益的一面。最早是弗莱明从青霉菌抑制其它细菌的生长中发现了青霉素，这对医药界来讲是一个划时代的发现。后来大量的抗生素从放线菌等的代谢产物中筛选出来。抗生素的使用在第二次世界大战中挽救了无数人的生命。一些微生物被广泛应用于工业发酵，生产乙醇、食品及各种酶制剂等；一部分微生物能够降解塑料、处理废水废气等等，并且可再生资源的潜力极大，称为环保微生物；还有一些能在极端环境中生存的微生物，例如：高温、低温、高盐、高碱以及高辐射等普通生命体不能生存的环境，依然存在着一部分微生物等等。看上去，我们发现的微生物已经很多，但实际上由于培养方式等技术手段的限制，人类现今发现的微生物还只占自然界中存在的微生物的很少一部分。 微生物间的相互作用机制也相当奥秘。例如健康人肠道中即有大量细菌存在，称正常菌群，其中包含的细菌种类高达上百种。在肠道环境中这些细菌相互依存，互惠共生。食物、有毒物质甚至药物的分解与吸收，菌群在这些过程中发挥的作用，以及细菌之间的相互作用机制还不明了。一旦菌群失调，就会引起腹泻。 随着医学研究进入分子水平，人们对基因、遗传物质等专业术语也日渐熟悉。人们认识到，是遗传信息决定了生物体具有的生命特征，包括外部形态以及从事的生命活动等等，而生物体的基因组正是这些遗传信息的携带者。因此阐明生物体基因组携带的遗传信息，将大大有助于揭示生命的起源和奥秘。在分子水平上研究微生物病原体的变异规律、毒力和致病性，对于传统微生物学来说是一场革命。 以人类基因组计划为代表的生物体基因组研究成为整个生命科学研究的前沿，
常见细菌鉴定
常见细菌鉴定 平装: 331页 正文语种: 简体中文 开本: 16 ISBN: 9787117119610 条形码: 9787117119610 尺寸: x x cm 重量: 540 g 百分网内容简介 《临床常见细菌、真菌鉴定手册》着重对院内感染的常见细菌、真菌及其耐药性检测和研究进行了细致阐述。细菌耐药也是当前临床面临的重大难题之一，抗生素滥用是造成耐药性不断增长的主要原因。微生物是进化史上最成功的例子，存在几十亿年了，新兴的微生态学理论认为，人类和微生物之间是适应而不是对抗。院内感染菌株绝大部分是条件致病菌，当机体免疫力低下、抗生素使用不合理破坏了正常菌群，导致微生态失衡情况下，引起感染的发生、发展。我从事微生态研究多年，深刻认识到只有从生态平衡角度，将传统的单纯“杀菌”理论转变为“杀菌”加“促菌”理论，保护人体的正常菌群，维护人体微生态平衡，提高机体免疫能力，才是控制感染的根本办法。 百分网目录
上篇临床细菌学 第一章需氧及兼性厌氧，革兰染色阴性杆菌、球杆菌、球菌及弯曲菌和螺旋菌 第一节心杆菌属 第二节放线杆菌属、艾肯菌属、金氏杆菌属和色杆菌属 第三节弗朗西丝菌属 第四节布鲁菌属 第五节军团菌属 第六节假单胞菌属 第七节伯克霍尔德菌属、窄食单胞菌属、丛毛菌属和食酸菌属 第八节不动杆菌属 第九节莫拉菌属 第十节金黄杆菌属和威克斯菌属 第十一节奈瑟菌属 第十二节鲍特菌属 第十三节产碱杆菌属、无色杆菌属、苍白杆菌属和根瘤菌属 第十四节弧菌属 第十五节气单胞菌属 第十六节肠杆菌科
第十七节巴斯德菌属 第十八节弯曲杆菌属和弓形菌属 第十九节螺杆菌属 第二十节巴尔通体属 第二十一节钩端螺旋体属 第二十二节疏螺旋体属 第二十三节密螺旋体属 第二章需氧革兰染色阳性球菌及杆菌 第一节葡萄球菌属 第二节链球菌属 第三节肠球菌属 第四节气球菌属及其相关菌属 第五节李斯特菌属和丹毒丝菌属 第六节棒状杆菌属及相关菌属 第七节芽胞杆菌属和其他需氧芽胞杆菌 第八节分枝杆菌属 第九节奴卡菌属、红球菌属 第三章专性厌氧菌 第一节消化球菌属、消化链球菌属、嗜胨菌属、微金菌属和厌氧球菌属 第二节韦荣菌属、氨基酸球菌属和巨形菌属 第三节丙酸杆菌属、放线菌属、双歧杆菌属、真杆菌
常见细菌中英文对照、菌组、菌属及代码(革兰阴性部分)
常见细菌中英文对照、菌组、菌属及代码（革兰阴性部分） 代码 革 兰英文名称中文名称 细菌分 类 菌属 139 - Vibrio cholerae O139 霍乱弧菌O139血清型FERM 弧菌属 157 - Escherichia coli O157:H7 大肠埃希菌O157:H7 EBC 埃希菌属 aba - Acinetobacter baumannii 鲍曼不动杆菌NFR 不动杆菌属abu - Arcobacter butzleri 比茨莱弓形菌GNCB 弓形菌属 ac- - Acinetobacter sp. 不动杆菌属NFR 不动杆菌属aca - Acinetobacter calcoaceticus 醋酸钙不动杆菌NFR 不动杆菌属acb - Actinobacillus sp. 放线杆菌属GNCB 放线杆菌属ach - Achromobacter sp. 无色杆菌属NFR 无色杆菌属acv - Aeromonas caviae 豚鼠气单胞菌FERM 气单胞菌属acx - Acidovorax sp. 食酸菌属NFR 食酸菌属 acy - Arcobacter cryaerophilus 嗜低温弓形菌GNCB 弓形菌属 ade - Alcaligenes xylosoxidans ss. denitrificans 反硝化无色杆菌NFR 无色杆菌属adf - Acidovorax delafieldii 德拉菲尔德食酸菌NFR 食酸菌属 adf - Pseudomonas delafieldii 德拉菲尔德食酸菌NFR 食酸菌属aeh - Aeromonas hydrophila 嗜水气单胞菌FERM 气单胞菌属aeq - Actinobacillus equuli 马驹放线杆菌马驹亚种GNCB 放线杆菌属aer - Aeromonas sp. 气单胞菌属FERM 气单胞菌属aeu - Aeromonas eucrenophila 嗜矿泉气单胞菌FERM 气单胞菌属afa - Alcaligenes odorans 香味类香味菌NFR 产碱杆菌属afc - Acidovorax facilis 速生食酸菌NFR 食酸菌属
微生物基因组研究进展及意义
微生物基因组研究进展及其意义 近年来，病原微生物的基因组研究取得了飞速的进展。所谓基因组研究是指对微生物的全基因进行核苷酸测序，在了解全基因的结构基础上，研究各个基因单独或数个基因间相互作用的功能。由于过去人们大多从表型分析入手，寻找已知功能的编码基因，实际只了解微生物中极少数的基因，如链球菌的链激酶基因、结核杆菌编码的热休克蛋白基因等。还有大量未知基因未被发现。通过基因组研究，则从根本上揭示了微生物的全部基因，不仅可发现新的基因，还可发现新的基因间相互作用、新的调控因子等。这一研究将使人类从更高层次上掌握病原微生物的致病机制及其规律，从而得以发展新的诊断、预防及治疗微生物感染的制剂、疫苗及药品。此外，新发现的微生物酶及蛋白还可能有在工农业生产上的应用价值。因此，全球除已完成了70余株覆盖重要病毒科的病毒代表株全基因组研究外，据美国基因组研究所（The Institute for Genomic Research, TIGR）报道，目前已完成了19种微生物基因组测序，其中11种与人类及疾病相关（嗜血流感杆菌，生殖道支原体，肺炎支原体，幽门螺杆菌，枯草杆菌，伯氏疏螺旋体，结核杆菌，梅毒螺旋体，沙眼衣原体，普氏立克次体）。另外，还有40余种微生物已被登记正在进行测序，预计在1999～2000年完成〔1〕。 病毒基因组研究进展 病毒因其基因组小，是进行基因组研究最早的生物体。早在1977 年已完成了噬菌体DNA的全基因测序。存在于脊髓灰质炎疫苗中的SV40，是最早完成全基因测序的与疾病相关的病毒；此后，许多病毒均已完成了全基因测序，并根据序列的开放阅读框架（ORF）对编码蛋白进行了推导。已对相当一些病毒蛋白进行了重组表达，还对一些病毒基因编码的调控序列进行了研究。除一般大小的病毒已完成了基因组测序，对大基因组病毒，疱疹病毒科，如水痘病毒基因组为0.125Mb(Mega-basepair,兆碱基对)〔2〕。巨细胞病毒，基因组为0.229Mb〔3〕。我国已对痘苗病毒天坛株（约0.2Mb）进行了全基因测序，发现与国外的痘苗毒株序列有明显的差异〔4〕。我国还对甲、乙、丙、丁、戊、庚型肝炎病毒进行了国内毒株的全基因测序。近来还对国内2株发现的虫媒病毒毒株完成了全基因测序。我国从不同来源的标本中发现了不少乙肝病毒变异株，有的具有特殊的生物学特性〔5〕。对病毒基因中调控因子的分析，发现了与乙肝病毒增强子作用的新细胞核因子〔6〕。 因此，目前对病毒的基因组研究已进入了后基因组阶段，即从全基因水平研究病毒的生物学功能，同时发现新的基因功能。对于医学病毒学当前主要方向是研究病毒基因组中与致病及诱生免疫应答相关的基因，从而揭示和解决迄今尚未解决的问题，以达到控制或消灭一些重要病毒感染的目的。 建议目前可进行后基因组研究的领域为： 1．病毒持续性感染：基因组中与持续性感染相关的基因，基因变异或调控因子研究。已报道的乙肝病毒的前核心基因出现终止密码突变，
微生物学整理--苛养菌
苛养菌嗜血杆菌属鲍特菌属军团菌 形态染色1）格兰阴性短小球杆菌，具有多形性 2）无芽孢，无鞭毛，无动力，多数菌株 有荚膜，有荚膜菌株毒力较强1）格兰阴性短小杆菌，两端浓燃，单个 或成对，短链状排列 2）无芽孢，光滑型有荚膜，支气管败血 和鸟鲍特菌有鞭毛 1）格兰阴性杆菌 2）一端鞭毛/侧生鞭毛 培养特征1）需氧或兼性厌氧 2）营养要求高，需要X或/和V因子才 能生长。新鲜血液含X/V因子，但V因 子处于抑制状态，必须加热80~90度，故 巧克力琼脂适于生长，灰白圆形、光滑、 半透明小菌落 3）与金葡共培养，有卫星现象，阴金葡 能合成较多V因子，靠近其周围的嗜血 生长旺盛1）专性需氧，不需CO2 2）对营养要求高，血平板和巧克力琼脂 板均不生长，需要用鲍-金培养基或 CCBA琼脂平板 1）需氧菌 2）营养要求苛刻，且生长慢 3）专业培养基：F-G琼脂培养基， CYE,BCYE 4）在F-G上：3到5天针尖大小菌落， 紫外灯照射下发黄色荧光 5）BCYE 有光泽的刻花玻璃样菌落 生化反应1）氧化酶(+/-)、触酶（+/-），葡，乳，蔗 糖（+/-） 2）根据产生吲哚、尿素酶及鸟胺脱羧酶， 不同流感、副流感可分为8个生物型触酶试验阳性，不发酵糖1）氧化酶（+/-）不分解糖类，硝酸盐还 原（-）脲酶（-） 2）液化明胶（+）多数菌产生β内酰胺 酶 抗原结构荚膜多糖抗原，又可分为6个血清型H抗原无特异性，O抗原有特异性，根据 O进行血清学分型 致病性一．致病物质：荚膜、菌毛、酶类、内毒 素 二．所致疾病：呼吸道感染、急慢性化脓 性感染、继发感染一．致病物质：菌毛、荚膜、内外毒素 二．所致疾病：百日咳 轻症：仅流感样症状 重症：以肺部感染为主，全身多器官严重 损伤
百日咳杆菌
如对您有帮助，可购买打赏，谢谢 常识分享，对您有帮助可购买打赏百日咳杆菌 导语：百日咳杆菌是引起百日咳疾病的病原菌。在我们的日常生活之中，常常可以听到家长带小孩去打“白百破”疫苗，什么是“白百破”疫苗呢？其实“ 百日咳杆菌是引起百日咳疾病的病原菌。在我们的日常生活之中，常常可以听到家长带小孩去打“白百破”疫苗，什么是“白百破”疫苗呢？其实“白百破”疫苗主要是指白喉杆菌、百日咳、破伤风这三种病原菌的疫苗。一般来说，3个月到6岁的儿童需要接种疫苗。 对于“白百破”疫苗我们比较熟悉的应该是他们之中的“百”，“百”指的是百日咳杆菌，它明一种灭活的百日咳杆菌，是一种具有百日咳杆菌的免疫原性没有毒性的疫苗，下面，我们来了解一下。 百日咳杆菌是人类百日咳的病原菌。百日咳杆菌为卵圆形短小杆菌，大小为0.5～1.5×0.2～0.5um，属鲍特氏菌属bordetella)，无鞭毛、芽胞。革兰氏染色阴性。用甲苯胺蓝染色可见两极异染颗粒。专性需氧，初次分离培养时营养要求较高，需用马铃薯血液甘油琼脂培养基(即鲍～金氏培养基)才能生长。经37℃2～3天培养后，可见细小、圆形、光滑、凸起、银灰色、不透明的菌落，周围有模糊的溶血环。液体培养呈均匀混浊生长，并有少量粘性沉淀。生化反应弱，一般不发酵糖类，但分解蔗糖和乳糖，产酸不产气，不产生h2s和吲哚，过氧化氢酶试验阳性。 感染百日咳后可出现多种特异性抗体，免疫力较为持久。仅少数病人可再次感染，再发的病情亦较轻。粘膜局部的分泌型lga具有阻止细菌粘附气管粘膜细胞纤毛的作用，其抗感染作用比血清中的抗体更重要。细胞免疫在百日咳杆菌感染中的作用还不甚明了。 百日咳杆菌感染后，需隔离病人，隔离期自发病起七周。预防以自
百日咳诊断标准及防治原则
百日咳诊断标准及处理原则GB 15998—1995 前言 百日咳是百日咳杆菌引起的呼吸道传染病，传染性强，在婴幼儿中有很高的病死率。临床表现以阵发性痉挛性咳嗽和痉咳终止时出现鸡鸣样吸气吼声为特征，多见于儿童，病程可达2～3个月。 本标准在制定过程中，参考了1989年卫生部制定的《中华人民共和国传染病防治法》及《中华人民共和国传染病防治法实施办法》中的诊断标准，尽量结合我国百日咳的流行病学，临床实践与各地情况，以便易于实施和应用。 本标准附录A是标准的附录； 本标准附录B是提示的附录。 本标准由中华人民共和国卫生部提出。 本标准起草单位：中国预防医学科学院流行病学微生物学研究所、北京市地坛医院、首都儿科研究所。 本标准主要起草人：张荣珍、杨立信、王树山。 本标准由卫生部委托技术归口单位卫生部传染病防治监督管理办公室负责解释。 1 范围 本标准规定了百日咳的诊断标准和处理原则。 本标准适用于各级、各类医疗、卫生、保健机构和人员对百日咳病人的诊断、报告和处理。 2 诊断原则 应根据流行病学资料及临床表现做出临床诊断，确诊需要百日咳杆菌培养阳性或者检测抗百日咳菌特异性抗体。 3 诊断标准 3.1 流行病学史 三周内接触过百日咳病人，或该地区有百日咳流行。 3.2 临床表现 3.2.1 流行季节有阵发性痉挛性咳嗽者。 3.2.2 咳嗽后伴有呕吐，严重者有结膜下出血或舌系带溃疡者。 3.2.3 新生儿或婴幼儿有原因不明的阵发性青紫或窒息者，多无典型痉咳。 3.2.4 持续咳嗽两周以上，能排除其他原因者。 3.3 实验室诊断 3.3.1 白细胞总数显著升高，淋巴细胞占50％以上。 3.3.2 从病人的痰或咽喉部分泌物分离到百日咳杆菌，见附录A。 3.3.3 恢复期血清凝集抗体比急性期抗体呈四倍以上升高，见附录B。 3.4 病例分类 3.4.1 疑似病例 具备3.2.1，3.2.2，3.2.3，3.2.4四项中任何一项，或同时伴有3.1项者。 3.4.2 临床诊断病例 疑似病例加3.3.1。 3.4.3 确诊病例 疑似病例加3.3.2或3.3.3。
志贺菌属
志贺菌属细菌是引起人类细菌性痢疾的主要肠道病原菌之一。 一、分类 志贺菌属可用特异性抗血清将其分为4个血清群(种)：A群为痢疾志贺菌，B群为福氏志贺菌，C群为鲍特志贺菌，D群为宋内志贺菌。1989年CDC分类系统将生化反应特性相近的A、B，C群归为一群，统称为志贺菌A、B、C血清群；而将生化反应特征与之相异，鸟氨酸脱羧酶和β-半乳糖苷酶均阳性的宋内志贺菌单列出来。DNA G+C含量为49~53mol％。 二、临床意义 志贺菌属细菌的致病主要与细菌的侵袭力、内毒素和外毒素有关，志贺菌属细菌因菌毛的作用，细菌黏附于肠黏膜的表面，并侵入上皮细胞内生长繁殖，形成感染病灶，引起炎症反应。本菌属各菌株均有强烈的内毒素，由于内毒素的释放可造成上皮细胞死亡及黏膜下发炎，并形成毛细血管血栓，导致坏死、脱落和溃疡，患者出现典型的脓血便；另一方面可引起全身中毒症状(内毒素血症)，导致发热、意识障碍，甚至中毒性休克。A群志贺菌1型和2型产生的志贺毒素，ST对Vero细胞有毒性作用也称为Vero毒素VT对小鼠有强烈的致死毒性，有VT1和VT2两种。ST属VT1型。 志贺菌属细菌主要引起人类细菌性痢疾，简称菌痢，一年四季均可发病，以夏秋季节发病率最高，典型的急性菌痢表现为腹痛、腹泻、黏液脓血便、里急后重，发热等症状。小儿常可引起中毒性菌痢，患儿常无明显的消化道症状而表现为全身中毒症状，若抢救不及时，往往造成死亡。四种志贺菌中，痢疾志贺菌引起的菌痢较为严重，其他志贺菌引起的感染则相对较轻，具有自限性且很少致死。我国以福氏志贺菌和宋内志贺菌引起的菌痢最为多见。多数菌痢为散发病例，可引起人与人之间的传播。偶可因食用了被污染的水和食物而引起暴发流行。 三、生物学特性 为革兰阴性短小杆菌，菌体大小(1~3μm×(0.7~1.0)μm，无芽胞，无荚膜，无鞭毛，有菌毛。 培养特性为兼性厌氧，最适生长温度为35℃，最适pH为7.2~7.4。营养要求不高，能在普通琼脂培养基上生长，且生长良好。在肠道选择培养基上可形成乳糖不发酵、中等大小、无色透明或半透明菌落，宋内志贺菌常形成粗糙型菌落。 志贺茵属菌种有O抗原，无H抗原，部分菌种有K抗原。O抗原是分类的依据，有群特异性和型特异性两种抗原，根据生化反应和O抗原的不同，将志贺菌属分为4个血清群(A、B、C、D)和40余个血清型。O抗原耐热，加热100℃ 60分钟不被破坏。K抗原存在时能干扰O抗原与相应抗血清的凝集作用。加热100℃ 60分钟可消除K抗原对O抗原的干扰作用。
百日咳鲍特菌全基因测序A啊
百日咳鲍特菌全基因测序 选题的目的和意义 百日咳鲍特菌俗称百日咳杆菌，是人类百日咳的病原体。该菌为鲍特菌属的一种。百日咳杆菌无鞭毛、不形成芽孢。有毒菌株有荚膜和菌毛。专性需氧，最适生长温度35~36℃，最适PH6.8～7.0。营养要求高。百日咳鲍特菌常发生菌落变异。新分离株为S型，称为I 相菌，有荚膜，毒力强。人工培养后，逐渐形成R型菌落，为IV相菌，无荚膜无毒力。同时其形态、溶血性、抗原构造、致病力等亦随之变异。中间过渡相，称为II、III相菌。百日咳鲍特菌抗原结构包括菌体O抗原和K抗原。 主要致病物质有百日咳毒素（PT）是百日咳鲍特菌的主要毒素，其结构由A、B亚单位组成。PT具有免疫致敏等作用，与细菌附着纤毛上皮细胞和阵发性咳嗽有关。丝状血凝素（FHA）促进细菌与纤毛上皮细胞粘附。腺苷酸环化酶毒素（adenylcyclase toxin）、气管细胞毒素（TCT）,皮肤坏死毒素(DNT).百日咳传染源为早期病人和带菌者。儿童易感。通过飞沫传播。潜伏期7～1d.百日咳鲍特菌属不进入血流，主要造成局部组织损伤。 预防百日咳主要依靠疫苗接种进行人工主动免疫。我国采用I相百日咳死菌苗与白喉破伤风类毒素制成三联疫苗（DPT）近年来，日本、美国等许多学者已经研究制备百日咳无细胞菌苗代替全细胞菌苗，可显著减低全细胞菌苗的毒性反应。 国内外研究的基本现状 百日咳疫苗是预防和控制百日咳最经济最有效手段之一。自20世纪30年代制成百日咳菌体疫苗开始，百日咳即成为疫苗可预防疾病。由于百白破疫苗的大量使用是百日咳的发病率大大降低，。然而据世界卫生组织报告,目前全世界每年仍然有4 000万百日咳患者,其中高达3416 万儿童死于百日咳及其并发症,其中98.18 %病例来自不发达国家[1]。即便是发达国家或DTP 接种率很高的国家,近年来百日咳病例也有上升的趋势,局部还有爆发性的流行[2]。值得注意的是，成人和青少年人群中百日咳的报道逐渐增多[3]。分析原因可能是二方面，首先由于百日咳疫苗已经使用70多年的应用历史，而无细胞百日咳疫苗也有20多年的历史，百日咳杆菌的部分基因可能已经发生突变或缺失，使得疫苗失去保护功效。近年来报道aPerV包含纯化的蛋白，如：PT、Prn与流行菌株表达的蛋白不一致，并认为抗原漂移致疫苗的效果降低。荷兰1953年开始使用wPerV，疫苗生产菌株为PtxSlB、PtxSlD亚型，1949～1954年并无PtxSlA亚型菌株，1978～1985年分离到了PtxSlA型菌株，于是认为是新型的变异株[4]。芬兰Elo—maa等[5]在1953～1964年小规模的流行菌株调查过程中并无PtxSlA型菌株，在1982年首次分离到。美国疫苗生产菌株的基因型是ptxSlB 亚型，在20世纪40年代开始使用疫苗，在1970年首次分离出PtxSlA亚型的菌株，在此之前分离的菌株为PtxSlB、PtxSlD亚型[6]。在前苏联的wPerV生产株为PtxSlB、PtxSlD，人群接种疫苗是在1960年左右，在未使用疫苗前的1948～1959年，临床分离株PtxSlB、PtxSlD亚型所占的比例分别为38％、62％。1970～1979年分离到11％的PtxSlA亚型菌株，而到1980～1989年及以后上升到100％[7]。在阿根廷疫苗生产菌株为PtxSlB亚型，在1969年分离到PtxSlA亚型的菌株[8]。这些似乎说明是免疫选择导致了突变株的出现。但在英国疫苗生产株包含PtxslA、PtxSlB亚型。Fry 等收集了1940～1949年50株菌，其中PtxslA亚型占50％；1990到1999年收集的105株百日咳鲍特菌，均为PtxSlA亚型。PtxSlA亚型的菌株最早出现在1949年[9]。可见PtxSlA亚型的菌株并不是新的变异株，因为它在英国流行多年了。波兰Gzyl 等研究收集1960～1990年的临床分离菌株中，在20世纪60年代就分离了PtxSlA
百日咳
百日咳 百日咳(pertussis ，whooping cough)是由百日咳杆菌引起的急性呼吸道传染病，其特征为阵发性痉挛性咳嗽后伴有较长的鸡鸣样吸气性吼声，病程长达2~3个月,故名"百日咳"。幼婴易发生窒息、肺炎或脑病而导致死亡。 病因 百日咳鲍特菌(Bordetella pertussis)简称百日咳杆菌，为革兰氏阴性短小杆菌。该菌在体外、室温下仅能生存2小时：日光暴晒下1小时；加热60℃，15分钟即灭活；可很快被一般常用消毒剂杀灭。副百日咳杆菌(B.parapertussis)可引起类似百日咳的呼吸道症状，但与百日咳杆菌无交叉免疫。 发病机制 百日咳杆菌侵入易感儿呼吸道后，细菌首先粘附在呼吸道上皮细胞的纤毛上，并不侵入细胞中，不断增殖和产生毒素(包括腺苷环化酶毒素、表皮坏死毒素、气管细胞毒素等)，造成纤毛细胞坏死、粘膜广泛炎症和破坏。并引起全身反应。 支气管粘膜纤毛被破坏后不能很好地排出炎症分泌物，以致粘膜感觉神经末梢受到持续刺激，易于反射性地引起连续剧烈咳嗽。阵咳时患儿声门痉挛，处于呼气状态；咳嗽暂停时，大量空气被吸入通过痉挛的声门即发出较长的鸡鸣样吼声，直到粘稠分泌物排出后，痉挛阵咳始暂停。随着分泌物的积聚，阵咳再现。 由于长期剧烈咳嗽在神经中枢形成了兴奋灶，故病愈后数月内受到一些非特异性刺激，即可诱发百日咳样咳嗽。 流行病学 本病传染性很强，人群对本病普遍易感，病人是主要传染源，成人带菌者也有传染性。本病主要通过飞沫经呼吸道直接传播，传播范围一般在患儿周围2．5m以内，很少通过其他物品间接传播。发病前1~2天至病初3周内传染性最强，但恢复期也有传染性。 过去本病可散发或流行(常3、4年发生-次)，广泛预防接种后发病率明显降低，但未改变此周期。本病冬春季较多，但夏秋季也不少见，可能与小儿接触密切有关。密切接触的易感者90％以上发病，包括新生儿。预防接种与患病后的免疫力并不完全，6岁前接受过免疫接种的成人和医院工作人员，由于抗体逐渐消失，可成为带菌者或轻症病人。 临床表现 潜伏期大多7~14天(3~21天)。年龄越小，症状越重。整个病程不发热或仅有低热。典型患者全病程6~8周，可分以下3期： (一) 卡他期从发病到出现痉咳，病期约1~2周。临床呈现感冒症状，如流涕、咳嗽，
百日咳
【概述】 百日咳（pertussis，whooping cough）是小儿常见的急性呼吸道传染病，百日咳杆菌是本病的致病菌。其特征为阵发性痉挛性咳嗽，咳嗽末伴有特殊的吸气吼声，病程较长，可达数周甚至3个月左右，故有百日咳之称。幼婴患本病时易有窒息、肺炎、脑病等并发症，病死率高。近年来幼婴及成人发病有增多趋势。 【诊断】 根据接触史及典型的痉咳期表现，如无典型痉咳者可结合典型血象改变，均可作出临床诊断。病原学诊断有赖于细菌培养和特异的血清学检查。对各年龄组不明原因的持续性咳嗽，特别有痉咳症状者，均需考虑本病的可能，作进一步的检测。 【治疗措施】 （一）一般疗法按呼吸道隔离，保持空气新鲜，避免一切可诱发痉咳的因素。良好护理以预防并发症。注意营养。 （二）抗生素治疗应用于卡他期或痉咳期早期，可降低传染性，减轻症状并缩短病程。 1.红霉素每日40～50mg/kg，最大剂量2g/日，分3～4次口服，连服7～14天。也可加用TMP每日6mg/kg分二次口服，疗程为7天。 2.氨苄西林每日100～150mg/kg，肌注，疗程为7～10天。有谓需大剂量1～2g/次，每日肌注二次，连用7天，可能有效。 3.卡那霉素、复方SMZ及异烟肼亦可使用，疗程各7～10天。
（三）对症治疗祛痰止咳剂如氯化铵等。沙丁胺醇（舒喘灵，albuterol）0.5mg/kg能减轻咳嗽症状。氯丙嗪等可减少夜间咳嗽，有利睡眠。幼婴窒息时应即刻行人工呼吸，给氧，必要时给予止痉排痰。可用普鲁卡因静脉滴注，每日1～2次，连用3～5天，以减少窒息或惊厥，需同时注意心率和血压。百日咳脑病时可用脱水剂。有低钙、低血糖等时，予以对症治疗。 （四）并发症的治疗按并发病种，给予相应治疗。 （五）皮质激素只短期应用于危重患者，如幼婴或有脑病者。强的松龙15～20mg/日，口服。或氢化可的松静脉给药。注意激素的副作用。 【病原学】 百日咳杆菌（Bordetella pertussis）是百日咳的病原菌，为革兰氏阴性短小球杆菌，一般在培养基内需要大量（15%～25%）鲜血才能繁殖良好，血液-甘油-马铃薯（B-G培养基）对分离本菌最为适宜。新鲜分离的百日咳杆菌为Ⅰ相菌。Ⅰ相菌菌落光滑，有荚膜，毒力强，含内毒素和外毒素。连续转种菌落变粗糙后毒力逐渐减弱，抗原性强度也不相同，此种无致病力的百日咳杆菌称为第Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ相。只有Ⅰ相百日咳菌致病产生症状，也必须用Ⅰ相菌制作疫苗才能产生免疫力。该菌在人体外生存能力很弱，室温下只能生存2小时，日光暴晒1小时或加热60℃15分钟即灭活，也能很快被一般常用化学消毒剂所消灭。鲍特氏菌属（Bordetella bacillus）中尚有副百日咳杆菌（B.parapertusis），支气管腐败杆菌（B.bronchiseptica）。此二者形态
百日咳
百日咳 病原菌是鲍特菌属（Bordetella）中的百日咳鲍特菌（B.pertussis），常称百日咳杆菌。已知鲍特菌属有四种杆菌，除百日咳鲍特菌外还有副百日咳鲍特菌、支气管败血鲍特菌和鸟型鲍特菌。鸟型鲍特菌一般不引起人类致病，仅引起鸟类感染。百日咳杆菌长约1.0～1.5μm，宽约0.3～0.5μm，有荚膜，不能运动，革兰染色阴性，需氧，无芽孢，无鞭毛，用甲苯胺蓝染色两端着色较深。 细菌培养需要大量（15%～25%）鲜血才能繁殖良好，故常以鲍-金（Border-Gengous）培养基（即血液、甘油、马铃薯）分离菌落。百日咳杆菌生长缓慢，在35～37℃潮湿的环境中3～7天后，一种细小的，不透明的菌落生长。初次菌落隆起而光滑，为光滑（S）型，又称I相细菌，形态高低一致，有荚膜和较强的毒力及抗原性，致病力强。如将分离菌落在普通培养基中继续培养，菌落由光滑型变为粗糙（R）型，称Ⅳ相细菌，无荚膜，毒力及抗原性丢失，并失去致病力。Ⅱ相、Ⅲ相为中间过渡型。百日咳杆菌能产生许多毒性因子，已知有五种毒素：①百日咳外毒素（PT）；是存在百日咳杆菌细胞壁中一种蛋白质，过去称作为白细胞或淋巴细胞增多促进因子（LPE），组胺致敏因子（HSF）、胰岛素分泌活性蛋白（IAP）。百日咳外毒素由五种非共价链亚单位（S1～S5）所组成。亚单位（S2～S5）为无毒性单位，能与宿主细胞膜结合，通过具有酶活力的亚单位S1介导毒性作用。S1能通过腺苷二磷酸（ADP）-核糖转移酶的活力，催化部分ADP-核糖从烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD）中分离出来，转移至细胞膜抑制鸟苷三磷酸（CTP）结合即G蛋白合成，导致细胞变生。同时还能促使淋巴细胞增高，活化胰岛细胞及增强免疫应答。②耐热的内毒素（endotoxin，ET），100℃60min只能部分破坏，180℃才能灭活。此毒素能引起机体发热及痉咳。③不耐热毒素（HLT）这种毒素加热55℃30min后能破坏其毒性作用，此毒素抗体对百日咳杆菌感染无保护作用。 ④气管细胞毒素（TCT）：能损害宿主呼吸道纤毛上皮细胞，使之变性、坏死。⑤腺苷环化酶毒素（ACT）：存在百日咳杆菌细胞表面的一种酶，此酶进入吞噬细胞后被调钙蛋白所激活，催化cAMP的生成，干扰吞噬作用，并抑制中性粒细胞的趋化和吞噬细胞杀菌能力，使其能持续感染。ACT也是一种溶血素，能起溶血作用。百日咳的重要抗原是百日咳菌的两种血凝活性抗原。一种为丝状血凝素（filamentoushemagglutinin，FHA），因来自菌体表面菌毛故又称菌毛抗原。FHA在百日咳杆菌黏附于呼吸道上皮细胞的过程中起决定作用，为致病的主要原因。 实验发现，FHA免疫小鼠能对抗百日咳杆菌致死性攻击，因此FHA为保护性抗原。另一种凝集原（aggluginogens，AGG）为百日咳杆菌外膜及菌毛中的一种蛋白质成分，主要含1、2、3三种血清型凝血因子。AGG-1具有种特异性；AGG-2、3具有型特异性。通过检测凝集原的型别来了解当地流行情况。目前认为这两种血凝素抗原相应抗体是保护性抗体。百日咳杆菌根据不耐热凝集原抗原性不同分为七型凝集原，1型凝集原为所有百日咳杆菌均具备。7型凝集原为鲍特菌属（包括副百日咳杆菌、支气管败血性杆菌）所共有。2～6型以不同的配合将百日咳杆菌分为不同血清型。测定血清型主要是研究流行时菌株的血清型和选择特殊血清型菌株生产菌苗。此外，副百日咳杆菌与百日咳杆菌无交叉免疫，亦可引起流行。百日咳杆菌对外界理化因素抵抗力弱。55℃经30min即被破坏，干燥数小时即可杀灭。对一般消毒剂敏感，对紫外线抵抗力弱。但在0～10℃存活较长