转录的调节控制

转录的调节控制
转录的调节控制

(四)转录的调节控制

转录的调节是基因表达调节的重要环节,包括时序调节和适应调解。遗传信息的表达可按一定时间程序发生变化,而且随着细胞内外环境条件的改变而加以调整。

原核生物的操纵子:它既是表达单位,也是协同调节的单位。

操纵子是细菌基因表达和调控的单位,它包括结构基因、调节基因和由调节基因产物所识别的控制序列。

操纵子模型,见P561。

由于经济原则,细菌通常并不合成那些在代谢上无用的酶,因此一些分解代谢的酶类只在有关的底物或底物类似物存在时才被诱导合成。如E. coli利用外界乳糖时会需要三种有关的酶,一般情况下极少产生,只有当乳糖存在时,按乳糖操纵子模型这三种利用乳糖所必需的酶才大量产生。

一些合成代谢的酶类在产物或产物类似物足够量存在时,其合成则被阻遏。

P562 图39-21 说明酶诱导和阻遏的操纵子模型。

酶的诱导和阻遏是在调节基因产物—阻遏蛋白的作用下,通过操纵基因控制结构基因或基因组的转录而发生的。

A.酶的诱导:阻遏蛋白结合在操纵基因上,结构基因不表达;但当诱导物与阻遏蛋

白结合使阻遏蛋白不能结合在操纵基因上,结构基因可以表达。

B.酶的阻遏:阻遏蛋白不能与操纵基因结合,结构基因可表达;当代谢产物与阻遏

蛋白结合使阻遏蛋白能够结合在操纵基因上,结构基因不表达。

P563 图39-22 为E. coli中乳糖操纵子模型。

调节有正调节和负调节,原核生物以负调节为主。

阻遏蛋白的作用属于负调节,阻遏蛋白称为负调节因子。

正调节:调节蛋白(激活子)与DNA结合时,使转录发生。

真核生物的调节更为复杂,基因不组成操纵子,以正调节为主,并可在染色质结构水平上进行调节。

(五) RNA生物合成抑制剂

(1)碱基类似物:可作为核苷酸代谢拮抗物而抑制核酸前体的合成,直接抑制核苷酸生物合成有关的酶,或通过掺入到核酸分子中形成异常的DNA或RNA影响核

酸的功能并导致突变:

如6-巯基嘌呤,6-巯基鸟嘌呤,5-氟尿嘧啶等,结构式见P469。

(2)DNA模板功能抑制物:通过与DNA结合,使DNA失去模板功能从而抑制其复制和转录:

如临床上应用的氮芥类似物。(结构见P470)。

环磷酰胺:体外无活性,进入肿瘤细胞后受磷酰胺酶作用水解成活性氮芥,可治疗多种癌症。

苯丁酸氮芥:因含有酸性基团不易进入正常细胞,而癌细胞酵解作用旺盛,大量积累乳酸,pH较低,故容易进入癌细胞。

10-2 RNA的转录后加工

细胞中由RNA聚合酶合成的原初转录物往往需经过一系列变化,包括链的裂解,5‘端与3‘端的切除和特殊结构的形成,核苷的修饰和糖苷键的改变以及拼接和编辑,才能转变为成熟的RNA分子,此过程为转录后加工或称RNA的成熟。

(一)原核生物中RNA的加工

mRNA一般不进行转录后加工,一经转录通常立即进行翻译。

rRNA的基因与某些tRNA基因组成混合操纵子,转录后需切割,断链成为rRNA 和tRNA,如P473 图36-13 大肠杆菌rRNA前体的加工:rRNA前体先经甲基化修饰,再被切割。

tRNA前体加工包括:由内切酶在tRNA两端切断;3‘端切去附加顺序,进行修剪;

3‘端加上-CCA-OH;核苷酸修饰和异构化,ψ和T由U修饰而来。

(二)真核生物中RNA的一般加工

大多数真核基因都是断裂基因,转录产物需通过拼接,去除插入部分(即内含子),使编码区(外显子)成为连续序列。

RNA编码序列改变称为编辑,RNA编码和读码方式的改变称为再编码。由于存在选择性拼接、编辑和再编码,一个基因可以产生多种蛋白质。

真核生物mRNA前体必须经复杂加工过程,还有5‘端加帽子,3‘端加polyA。

rRNA和tRNA加工也需剪接、编辑、内部甲基化、修饰异物化、戴帽和加尾。(三)酶性核酸

四膜虫rRNA的拼接是自我催化下进行,拼接过程没有蛋白质参加,为自我拼接。

RNA拼接有四种方式,如P479 图36-17。四膜虫rRNA前体拼接属于类型Ⅰ自我拼接。Ⅰ型内含子具有高度保守的二级结构(P480图36-19)和三级结构,导致某些活性部位形成。

P479 图36-18 四膜虫rRNA前体的拼接过程:

A:第一次转酯反应,鸟苷酸(或鸟苷)提供游离的3‘-OH,使内含子的5‘-磷酸基转移其上。

B:第二次转酯反应,由第一个外显子产生的3‘-OH攻击第二个外显子的5‘-磷酸基,产生线状内含子片段。

C:第三次转酯反应,线状内含子片段发生环化,形成一个环状分子和一小段15聚核苷酸。

类型Ⅱ内含子自我拼接如P480 图36-20所示。它无需游离鸟苷酸(或鸟苷)发动转酯反应,而是由内含子靠近3‘端的腺苷酸2‘-OH攻击5‘磷酸基引起的,经过两次转酯反应,内含子成为套索结构被切除,两个外显子得以连接在一起。

(四)RNA生物功能的多样化

(1)RNA在遗传信息的翻译中起着决定作用,承担蛋白质生物合成。

(2)RNA具有重要催化功能和其他持家功能。

(3)RNA转录后加工和修饰依赖于各种小RNA和其蛋白质复合物。

(4)RNA对基因表达和细胞功能具有重要调节作用。

反义RNA可通过与靶部位序列互补而与之结合或直接阻止其功能或改变靶部位构象而影响其功能。

(5)RNA在生物进化中起重要作用。

生命起源早期可能首先出现的是RNA。

总之,DNA和RNA是主要遗传信息携带分子,RNA还是重要的功能分子,在遗传信息的传递、加工和调节中起关键作用。

10-3 在RNA指导下的RNA和DNA合成

在有些生物中,RNA也可以是遗传信息的基本携带者。

(一)RNA复制:以RNA为模板,在RNA复制酶催化下合成与模板互补的全序列RNA称为RNA复制。

(1)RNA复制酶:

模板特异性很高,它只识别病毒自身的RNA。

底物为四种NTP,不需引物,需Mg2+。

(+)RNA和(-)RNA:通常将具有mRNA功能的链称为(+)RNA,而它的互补链为(-)RNA。

带(+)RNA的病毒可直接进行与病毒繁殖有关的蛋白质合成。

1.(+)RNA病毒:如灰质炎病毒和噬菌体Qβ。

2.(-)RNA病毒:含有复制酶,如狂犬病病毒。

3.(±)RNA病毒:含双链DNA和复制酶,如呼肠孤病毒。

4.逆转录病毒:致癌RNA病毒,如白血病病毒,AIDS病毒。

P493 图36-34 显示RNA病毒合成mRNA的四种途径。

(二)RNA的逆转录

以RNA为模板在逆转录酶作用下合成DNA,遗传信息由RNA传给DNA。

(1)逆转录酶的发现:

1964年Temin发现致癌RNA病毒(不含DNA)的复制受到DNA合成抑制剂放线菌素的抑制,为此Temin提出“前病毒”学说,认为遗传信息可以由RNA

传递给DNA,存在逆转录传递。

1970年从致癌RNA病毒中发现逆转录酶。

(2)逆转录酶的性质:

模板:RNA。以自身病毒的RNA为模板时活力最高。一些人工合成的多聚核苷酸也表现出很高模板活力,如polyC-dG,可在提纯逆转录酶时用作测酶活力的

模板。真核生物mRNA 3‘端有poly A,可作为逆转录模板(加dT),可制cDNA。

引物:长度至少要4个核苷酸,可为寡聚DNA,也可为寡聚RNA,如病毒RNA逆转录要求特定tRNA为引物,需有3‘-OH。

底物:四种dNTP。

Mg2+和Mn2+;还需要保护酶中-SH的还原剂。

逆转录酶是多功能酶,有3种酶活力:

1. 形成杂合分子RNA-DNA,为RNA指导下DNA聚合活力。

2. 形成双链DNA,为DNA指导下的DNA聚合活力。

3. 水解RNA-DNA杂合分子中的RNA,核酸外切酶活力。

逆转录酶无校正功能,因此错误率较高。

(3)逆转录的生物学意义

逆转录最初发现于致癌RNA病毒,但并不仅限于病毒,在细胞中也频繁发生,但要在一定条件下才表达。端粒酶就是一种逆转录酶,其活性只存在于胚胎和肿

瘤细胞中。

致癌病毒:逆转录产生的前病毒DNA可通过重组与宿主DNA组合在一起,如果重组病毒携带了控制细胞生长分裂的原癌基因,使其以异常高的水平表达或

经突变失去了调节机制,就成为癌基因。

AIDS病:HIV病毒侵入T淋巴细胞后即杀死细胞,造成宿主机体免疫系统损伤。由此设计

药物作用靶部位:HIV的逆转录酶,如AZT(叠氮胸苷),在T淋巴细胞内转变成AZT三磷酸,与dTTP竞争与HIV的逆转录酶结合而作用。

植物转录因子及转录调控数据与分析平台

植物转录因子及转录调控数据与分析平台 PlantTFDB:植物转录因子数据库 URL: https://www.360docs.net/doc/7818775030.html, 包含资源:植物转录因子的家族分类规则、基因组转录因子全谱、丰富的注释、转录因子结合图谱(binding motifs)、转录因子预测、系统发生树等 涉及物种:包含拟南芥、水稻、杨树、大豆、玉米、小麦等165个物种。 PlantRegMap:植物转录调控数据与分析平台 URL: https://www.360docs.net/doc/7818775030.html, 包含资源:植物转录调控元件、植物转录调控网络、转录因子结合位点预测、转录调控预测与富集分析、GO富集分析、上游调控因子富集分析等。 涉及物种:包含拟南芥、水稻、杨树、大豆、玉米、小麦等156个物种。 ATRM: 拟南芥转录调控网络及其结构和演化分析 URL: https://www.360docs.net/doc/7818775030.html, 包含资源:基于文本挖掘和人工校验的拟南芥转录调控网络、植物转录调控网络的结构和演化特征 涉及物种:拟南芥 植物转录因子及转录调控数据与分析平台(导航页) 我们致力于为广大科研人员提供一个关于植物转录因子和转录调控、集数据和分析于一体的高质量平台,为研究和理解植物转录调控系统保驾护航。 植物转录因子数据库(PlantTFDB) 一套完整的植物转录因子分类规则 覆盖绿色植物各大分支的转录因子全谱 丰富的功能和演化注释 基因组范围的高质量转录因子结合矩阵(156个物种) 在线转录因子预测平台 植物转录调控数据与分析平台(PlantRegMap) 基于高通量实验(ChIP-seq和DNase-seq)和比较基因组方法鉴定的多种转录调控元件 基于转录因子结合矩阵和转录调控元件推测的转录调控网络 涉及165物种的GO注释 一套植物转录调控预测与分析工具,包括转录因子结合位点预测、转录调控预测与富集分析、GO富集分析及上游调控因子富集分析等 拟南芥转录调控网络及其结构和演化特征(ATRM) 基于文本挖掘和人工校验的拟南芥转录调控网络 植物转录调控网络的结构和演化特征

转录和转录水平的调控要点

SECTION 5 转录和转录水平的调控 重点: 转录的反应体系,原核生物RNA聚合酶和真核生物中的RNA聚合酶的特点,RNA的转录过程大体可分为起始、延长、终止三个阶段。真核RNA的转录后加工,包括各种RNA前体的加工过程。基因表达调控的基本概念、特点、基本原理。乳糖操纵子的结构、负性调控、正性调控、协调调节、转录衰减、SOS 反应。 难点: 转录模板的不对称性极其命名,原核生物及真核生物的转录起始,真核生物的转录终止,mRNA前体的剪接机制(套索的形成及剪接),第Ⅰ、Ⅱ类和第Ⅳ类内含子的剪接过程,四膜虫rRNA前体的加工,核酶的作用机理。真核基因及基因表达调控的特点、顺式作用元件和反式作用因子的概念、种类和特点. 以及它们在转录激活中的作用。 一.模板和酶: 要点 1.模板 RNA的转录合成需要DNA做模板,DNA双链中只有一股链起模板作用,指导RNA合成的一股DNA链称为模板链(template strand),与之相对的另一股链为编码链(coding strand),不对称转录有两方面含义:一是DNA链上只有部分的区段作为转录模板(有意义链或模板链),二是模板链并非自始至终位于同一股DNA单链上。 2.RNA聚合酶 转录需要RNA聚合酶。原核生物的RNA聚合酶由多个亚基组成:α2ββ'称为核心酶,转录延长只需核心酶即可。α2ββ'σ称为全酶,转录起始前需要σ亚基辨认起始点,所以全酶是转录起始必需的。真核生物RNA聚合酶有RNA-polⅠ、Ⅱ、Ⅲ三种,分别转录45s-rRNA; mRNA(其前体是hnRNA);以及5s-rRNA、snRNA和tRNA。 3.模板与酶的辨认结合 转录模板上有被RNA聚合酶辨认和结合的位点。在转录起始之前被RNA聚合酶结合的DNA部位称为启动子。典型的原核生物启动子序列是-35区的TTGACA序列和-10区的Pribnow盒即TATAAT序列。真核生物的转录上游调控序列统称为顺式作用元件,主要有TATA盒、、CG盒、上游活化序列(酵母细胞)、增强子等等。和顺式作用元件结合的蛋白质都有调控转录的作用,统称为反式作用因子。反式作用因子已发现数百种,能够归类的称为转录因子(TF),相应于RNA-polⅠ、Ⅱ、Ⅲ的是TFⅠ、TFⅡ、TFⅢ。TFⅡ又有A、B、C、D、E、F多种及其亚类。 基本概念: 1.不对称转录: 两重含义,一是指双链DNA只有一股单链用作转录模板(模板链);二是对不同基因同一单链上某些区段作为模板链而另一些区段作为编码链,即模板链并非永远在同一单链上。 2.编码链: DNA双链上不用作转录模板的那一段单链,因其碱基序列除由T代 替U而外,其他与转录产物mRNA序列相同而得名。

真核生物的基因转录及调控

8 真核生物的基因转录及调控 一选择题(单选或多选) 1锌指蛋白与锌的结合 ( ) (a)是共价的 (b)必须有DNA的存在 (c)通过保守的恍氨酸和组氨酸残基间协调进行 (d)位于蛋白质的妒螺旋区域 2锌指蛋白与DNA的结合( ) (a)位于DNA大沟 (b) 通过"锌指"的C端进行 (c)利用蛋白的α-螺旋区域 (d)每个"指"通过形成两个序列特异的DNA接触位点 (e)通过"指"中保守的氨基酸同DNA结合 3 甾醇类受体转录因子( ) (a)结合的激素都是相同的 (b) 与DNA的结合不具序列特异性 (c)与锌结合的保守序列不同于锌指蛋白" (d)通过第二"指"C端的氨基酸形成二聚体 (e)参与转录激活,与DNA和激素结合分别由不同的结构域完成 4糖皮质激素类的甾醇受体( ) (b)所结合的DNA回文序列都不相同 (c)结合的回文序列相同,但组成回文序列两段DNA间的序列不同 (d)RXR受体通过形成异源二聚体后与同向重复序列结合 (e)这类受体存在于细胞核中 5 同源异型域蛋白( ) (a)形成具有三个α-螺旋的结构 (b) 主要通过α-螺旋3和N端的臂与DNA接触 (c)与原核生物螺旋-转角-螺旋蛋白(如λ阻遏物)的结构很相似 (d)通常存在于细胞核中 (e)在果蝇早期发育调控中起重要作用 6 HLH蛋白( ) (a)在序列组成上与原核生物螺旋-转角-螺旋蛋白具有相关性 (b)向通过环区与DNA结合 (c)形成两个α-螺旋与DNA的大沟结合 (d)形成两性螺旋,其中疏水残基位于螺旋的一侧 (e)以上都不是 7 bHLH蛋白( ) (a)在环中含有保守的碱性氨基酸 (b) 不能形成同源二聚体 (c)非诱导表达 (d)通过它们碱性区与HLH相互作用

酿酒酵母中的转录调控网络

酿酒酵母中的转录调控网络 小组成员: 生信1301 唐聪,包健宇,杨帆

摘要:我们已经确定转录因子如何在真核生物酿酒酵母中编码通 过活细胞中的整个基因组基因。正如代谢网络图描述,可以由一个细胞来完成代谢过程的潜在途径,这网络调节基因的相互作用描述了酵母细胞可以通过潜在途径调节全局基因表达程序。我们使用此信息来确定网络结构,最简单的网络结构单元,并且展示了一个可使用基序的转录调控网络的结构组装的自动过程。我们的研究结果表明,真核细胞的功能高度相关联的通过可调节其他转录元件的转录调控元件网络。

实验设计: 第一步:标记并筛选 用全基因组定位分析来研究酵母转录调控因子如何在基因组中绑 定到启动子序列。选定酵母蛋白质组数据库中的且反映出与DNA 结合并拥有转录活性的所有141转录因子用以研究。 方法:酵母转录调节器通过引入了原癌基因的表位标签的编码序列被标记,然后 进入每个调节器正常的基因组位点。以这种方式构建106株酵母菌株,其表达可以在合 适的生长条件进行检测。对106株的进行Chip(染色体免疫共沉淀)。通过ChiP程序富 集的启动子区通过与含有全基因组组酵母启动子区域的芯片杂交被鉴定。

为什么只有106株呢? ?通过聚合酶链反应和免疫印迹分析证实标记的适当插入和标记蛋白的表达。但标记的导入可能会影响某些转录调节的功能。在141转录因子其中有17个,尽管尝试标记每个调节器三次,也无法获得可行的标记细胞。在酵母细胞在 培养基中生长时,在可检测水平上检测,不是所有的转录调节器都按预期可 检测出表达,通过免疫印迹分析表明,124株标记的调节蛋白只有106株可检 测出。

转录及其调控作业习题

第三章 转录及其调控 测试题 一 . 单项选择题 1.对于大肠杆菌 RNA 聚合酶的叙述,不正确的是( ) A .由核心酶和 σ 因子构成 B .核心酶由 α 2ββ′组成 C .全酶与核心酶的差别在于 β 亚单位的存在 D .全酶包括 σ 因子 E . σ 因子仅与转录起动有关 2.真核生物 RNA 聚合酶Ⅱ对 α -- 鹅膏蕈碱的反应为( ) A .不敏感 B .中度敏感 C .高度敏感 D .低度敏感 E .不确定 3. DNA 双链中,指导合成 RNA 的那条链称作( ) A .模板链 B .冈崎链 C .编码链 D .非编码链 E .以上都不对 4. 关于转录和复制的区别,说法正确的是( ) A. DNA 双链均复制和转录 B. 复制的原料是一磷酸脱氧核苷,转录的原料是一磷酸核苷 C. 复制酶是依赖 DNA 的 DNA 聚合酶,转录酶是依赖 RNA 的 DNA 聚合酶 D. 复制需要引物,转录不需要引物 E. 均遵守碱基配对规律,模板中 A 对应的产物是 T 5. ρ- 因子的功能是( ) A .结合阻遏物于启动区域处 B .增加 RNA 合成速率 C .释放结合在启动子上的 RNA 聚合酶 D .参与转录的终止过程 E .允许特定转录的启动过程 6. 下列关于启动子的描绘哪一项是正确的 ? ( ) A . mRNA 开始被翻译的那段 DNA 顺序 B .开始转录生成 mRNA 的那段 DNA 顺序 C . RNA 聚合酶最初与 DNA 结合的那段 DNA 顺序 D .阻抑蛋白结合的 DNA 部位 E .调节基因结合的部位 ) B .核酸酶 C . RNA 指导的 RNA 聚合酶Ⅱ E . RNA 指导的 DNA 聚合酶 9. 下列关于 rRNA 的叙述错误的是( ) A .原核 rRNA 由 RNA 聚合酶催化合成 B .真核生物部分 rRNA 由 RNA 聚合酶Ⅲ转录合成 7. 真核细胞中经 RNA 聚合酶 I 催化转录的产物是( A . hnRNA B tRNA C .5S rRNA D .U4,U5snRNA E . 5.8S,18S,28SrRNA 前体 8. 转录过程中需要的酶 是( A . DNA 指导的 DNA 聚合酶

四、 原核生物种的转录后调控

四、原核生物种的转录后调控 1.稀有密码子对翻译的影响 已知dnaG和rpoD(编码RNA聚合酶亚基)及rpsU(30S核糖体上的S21б蛋白)属于大肠杆菌基因组上的同一个操纵子,而这3个基因产物在数量上却大不相同,每个细胞内仅有dnaG产物50拷贝,而rpoD为2800拷贝,rpsU则高达40 000拷贝之多。细胞通过翻译调控,解决了这个问题。 研究dnaG序列发现其中含有不少稀有密码子,也就是说这些密码子在其他基因中利用频率很低,而在dnaG中却很高。 许多调控蛋白如LacI、AraC、TrpR等在细胞内含量也很低,编码这些蛋白的基因中密码子的使用频率和dnaG相似,而明显不同于非调节蛋白。高频率使用这些密码子的基因翻译过程极容易受阻,影响了蛋白质合成的总量。 2. 重叠基因对翻译的影响 重叠基因最早在大肠杆菌噬菌体ΦX174中发现,用不同的阅读方式得到不同的蛋白质,丝状RNA噬菌体、线粒体DNA和细菌染色体上都有重叠基因存在。 Trp操纵子由5个基因(trpE、D、C、B、A)组成,在正常情况下,操纵子中5个基因产物是等量的,但trpE突变后,其邻近的trpD产量比下游的trpBA产量要低得多。这种与ρ蛋白无关的表达调控,已被证实是在翻译水平上的调控。研究trpE和trpD以及trpB和trpA两对基因中核苷酸序列与翻译耦联的关系,发现trpE基因的终止密码子和trpD基因的起始密码子共用一个核苷酸。

由于trpE的终止密码子与trpD的起始密码重叠,trpE翻译终止时核糖体立即处在起始环境中,这种重叠的密码保证了同一核糖体对两个连续基因进行翻译的机制。 3. RNA高级结构对翻译的影响 以RNA噬菌体f2的RNA作为模板,在大肠杆菌无细胞系统中进行蛋白质合成时,大部分合成外壳蛋白,RNA聚合酶只占外壳蛋白的1/3。用同位素标记分析RNA噬菌体几种蛋白质的起译过程,发现外壳蛋白起译频率比合成酶至少要高3倍。 研究发现f2外壳蛋白基因的琥珀突变也影响了RNA聚合酶合成的起始。但若该突变不是发生在外壳蛋白接近翻译起始区,而是较靠后的位点,对RNA聚合酶的起译就没有影响。现在一般认为,聚合酶的翻译起始区被RNA的高级结构所掩盖,外壳蛋白的起始翻译破坏了RNA的立体构象,使核糖体有可能与翻译起始区结合,导致聚合酶的起译。用甲醛处理RNA可以增加聚合酶的产量,这说明RNA 的高级结构对基因表达调控的可能性。 4. 魔斑核苷酸水平对翻译的影响 科学上,把培养基中营养缺乏,蛋白质合成停止后,RNA合成也趋于停止这种现象称为严紧控制(rel+);反之则称为松散控制(rel-)。研究发现,在氨基

转录的调节控制

(四)转录的调节控制 转录的调节是基因表达调节的重要环节,包括时序调节和适应调解。遗传信息的表达可按一定时间程序发生变化,而且随着细胞内外环境条件的改变而加以调整。 原核生物的操纵子:它既是表达单位,也是协同调节的单位。 操纵子是细菌基因表达和调控的单位,它包括结构基因、调节基因和由调节基因产物所识别的控制序列。 操纵子模型,见P561。 由于经济原则,细菌通常并不合成那些在代谢上无用的酶,因此一些分解代谢的酶类只在有关的底物或底物类似物存在时才被诱导合成。如E. coli利用外界乳糖时会需要三种有关的酶,一般情况下极少产生,只有当乳糖存在时,按乳糖操纵子模型这三种利用乳糖所必需的酶才大量产生。 一些合成代谢的酶类在产物或产物类似物足够量存在时,其合成则被阻遏。 P562 图39-21 说明酶诱导和阻遏的操纵子模型。 酶的诱导和阻遏是在调节基因产物—阻遏蛋白的作用下,通过操纵基因控制结构基因或基因组的转录而发生的。 A.酶的诱导:阻遏蛋白结合在操纵基因上,结构基因不表达;但当诱导物与阻遏蛋 白结合使阻遏蛋白不能结合在操纵基因上,结构基因可以表达。 B.酶的阻遏:阻遏蛋白不能与操纵基因结合,结构基因可表达;当代谢产物与阻遏 蛋白结合使阻遏蛋白能够结合在操纵基因上,结构基因不表达。 P563 图39-22 为E. coli中乳糖操纵子模型。 调节有正调节和负调节,原核生物以负调节为主。 阻遏蛋白的作用属于负调节,阻遏蛋白称为负调节因子。 正调节:调节蛋白(激活子)与DNA结合时,使转录发生。 真核生物的调节更为复杂,基因不组成操纵子,以正调节为主,并可在染色质结构水平上进行调节。 (五) RNA生物合成抑制剂 (1)碱基类似物:可作为核苷酸代谢拮抗物而抑制核酸前体的合成,直接抑制核苷酸生物合成有关的酶,或通过掺入到核酸分子中形成异常的DNA或RNA影响核 酸的功能并导致突变: 如6-巯基嘌呤,6-巯基鸟嘌呤,5-氟尿嘧啶等,结构式见P469。 (2)DNA模板功能抑制物:通过与DNA结合,使DNA失去模板功能从而抑制其复制和转录: 如临床上应用的氮芥类似物。(结构见P470)。 环磷酰胺:体外无活性,进入肿瘤细胞后受磷酰胺酶作用水解成活性氮芥,可治疗多种癌症。 苯丁酸氮芥:因含有酸性基团不易进入正常细胞,而癌细胞酵解作用旺盛,大量积累乳酸,pH较低,故容易进入癌细胞。 10-2 RNA的转录后加工 细胞中由RNA聚合酶合成的原初转录物往往需经过一系列变化,包括链的裂解,5‘端与3‘端的切除和特殊结构的形成,核苷的修饰和糖苷键的改变以及拼接和编辑,才能转变为成熟的RNA分子,此过程为转录后加工或称RNA的成熟。 (一)原核生物中RNA的加工 mRNA一般不进行转录后加工,一经转录通常立即进行翻译。

转录及其调控作业习题

第三章转录及其调控 测试题 一. 单项选择题 1.对于大肠杆菌RNA聚合酶的叙述,不正确的是() A.由核心酶和σ因子构成 B.核心酶由α2ββ′组成 C.全酶与核心酶的差别在于β亚单位的存在 D.全酶包括σ因子 E.σ因子仅与转录起动有关 2.真核生物RNA聚合酶Ⅱ对α--鹅膏蕈碱的反应为() A.不敏感 B.中度敏感 C.高度敏感 D.低度敏感 E.不确定3. DNA双链中,指导合成RNA的那条链称作() A.模板链 B.冈崎链 C.编码链 D.非编码链 E.以上都不对 4. 关于转录和复制的区别,说法正确的是() A. DNA双链均复制和转录 B. 复制的原料是一磷酸脱氧核苷,转录的原料是一磷酸核苷 C. 复制酶是依赖DNA的DNA聚合酶,转录酶是依赖RNA的DNA聚合酶 D. 复制需要引物,转录不需要引物 E. 均遵守碱基配对规律,模板中A对应的产物是T 5. ρ-因子的功能是() A.结合阻遏物于启动区域处 B.增加RNA合成速率 C.释放结合在启动子上的RNA聚合酶 D.参与转录的终止过程 E.允许特定转录的启动过程 6. 下列关于启动子的描绘哪一项是正确的? () A.mRNA开始被翻译的那段DNA顺序 B.开始转录生成mRNA的那段DNA顺序 C.RNA聚合酶最初与DNA结合的那段DNA顺序 D.阻抑蛋白结合的DNA部位 E.调节基因结合的部位 7. 真核细胞中经RNA聚合酶I催化转录的产物是() A.hnRNA B.tRNA C.5S rRNA D.U4,U5snRNA E.5.8S,18S,28SrRNA前体 8. 转录过程中需要的酶是() A.DNA指导的DNA聚合酶 B.核酸酶 C.RNA指导的RNA聚合酶ⅡD.DNA指导的RNA聚合酶 E.RNA指导的DNA聚合酶 9. 下列关于rRNA的叙述错误的是() A.原核rRNA由RNA聚合酶催化合成 B.真核生物部分rRNA由RNA聚合酶Ⅲ转录合成

拟南芥在盐胁迫环境下SOS转录调控网络的构建及分析

HEREDITAS (Beijing) 2010年6月, 32(6): 639―646 ISSN 0253-9772 https://www.360docs.net/doc/7818775030.html, 研究报告 收稿日期: 2009–12–24; 修回日期: 2010–02–08 基金项目:农业部公益性行业科研专项(编号:200803034)和国家重点基础研究发展计划(973计划)项目(编号:2008CB117002)资助 作者简介:谢崇波(1985–), 男, 硕士研究生, 专业方向:作物遗传育种。E-mail: xiechongbo@https://www.360docs.net/doc/7818775030.html, 通讯作者:朱军(1949–), 男, 博士, 教授, 研究方向:数量遗传学与生物信息学。 E-mail: jzhu@https://www.360docs.net/doc/7818775030.html, DOI: 10.3724/SP.J.1005.2010.00639 拟南芥在盐胁迫环境下SOS 转录调控网络的构建及 分析 谢崇波, 金谷雷, 徐海明, 朱军 浙江大学农业与生物技术学院, 杭州310029 摘要: 研究拟南芥在高浓度盐处理环境下的基因调控网络, 有助于了解其在盐胁迫环境下保持正常生长的防 御机制。针对目前广泛研究的SOS (Salt Overly Sensitive)耐盐机制, 文章整合公共数据库中盐胁迫相关的拟南芥基因组表达谱芯片, 通过反向工程方法构建了拟南芥在盐胁迫状态下的SOS 转录调控网络。所获得的调控网络包含70个盐胁迫相关且高度互作的互作基因, 其中27个转录因子为主要调控节点。进而根据SOS 核心基因的表达特性, 所得调控网络内的不同表达模式得到了鉴别。 关键词: 拟南芥; 盐胁迫; 转录调控网络; 转录因子; 基因表达 Construction and analysis of SOS pathway-related transcriptional regulatory network underlying salt stress response in Arabidopsis XIE Chong-Bo, JIN Gu-Lei, XU Hai-Ming, ZHU Jun College of Agriculture and Biotechnology , Zhejiang University , Hangzhou 310029, China Abstract: Elucidating gene regulatory network of Arabidopsis thaliana under high salt treatment is crucial to understand the defense mechanism of maintaining normal growth rate. Here, an Arabidopsis Salt Overly Sensitive (SOS) transcriptional regulatory network under salinity stress was constructed using a reverse engineering method on published genome-wide expression profiles. In this study, the SOS regulatory network constructed contains 70 genes, of which 27 are highly inter-connected transcription factors. According to the expression feature of key genes in SOS signaling pathway, distinct expres-sion patterns of the regulatory network were identified. Keywords: Arabidopsis thaliana ; salt stress; transcriptional regulatory network; transcription factors; gene expression 目前, 土壤盐渍化问题日趋严重, 并不断影响农业生产和农业生态环境。其对植物的胁迫主要有两方面: 一是土壤的盐分浓度偏高会影响植物根部对水分的吸收; 另一方面是植物内部过高的盐分浓度导致植物细胞离子中毒[1]。 为此, 国内外学者对植物耐盐性机理陆续开展了广泛的研究, 包括SOS (Salt Overly Sensitive)信号途径、Ca 2+信号途径、 MAPK 级联反应途径和脱落酸参与的细胞信号途径等。其中, 朱健康等[2,3]提出的SOS 机理, 即拟南芥(Arabidopsis thaliana )高盐环境下离子平衡与信号传导体系, 是目前研究较为深入的耐盐机理。 目前, 已知参与SOS 信号途径的基因有SOS1、SOS2、SOS3、SOS4、AKT1、NHX1和HKT1[4~8]等。在SOS 途径中, SOS1编码细胞膜上的Na +/H +反转运

第二节真核基因转录水平的调控(精)

第二节真核基因转录水平的调控 一、真核生物的RNA聚合酶 有三种RNA聚合酶:RNA聚合酶Ⅰ;RNA聚合酶Ⅱ;RNA聚合酶Ⅲ。 二、真核基因顺式作用元件 (一)、顺式作用元件概念 指DNA上对基因表达在调节活性的某些特定的调控序列,其活性仅影响其自身处于同一DNA分子上的基因。 (二)、种类 启动子、增强子、静止子 1、启动子的结构和功能 启动子与原核启动子的含义相同,是指RNA聚合酶结合并起动转录的DNA序列。 但真核同启动子间不像原核那样有明显共同一致的序列。而且单靠RNA聚合酶难以结合DNA而起动转录,而是需要多种蛋白质因子的相互协调作用。 RNA聚合酶Ⅱ启动子结构 1)TATA框(TATA frame):其一致顺序为TATAA(TAA(T。TATA框中心在-30附近,相当于原核的-10序列(pribnow box)。 对大多数真核生物来说,RNA聚合酶与TATA框牢固结合之后才能开始转录。 TATA框的左右富含G┇C 序列,这就有利于该框与RNA聚合酶形成开放性启动子复合物。

2)CAAT框(CAAT frame):位置在-75附近,一致序列为GG C(TCAATCT。CAAT框可能控制着转录起始的频率。 (3)GC框 在-90bp左右的GGGCGG序列称为GC框。 一个在-30—+15即核心启动子(core promoter element,另一为上游启动子区(upstream promoter element在-150—-50,不同物种的启动子因子有显著差异,启动子区没有和mRNA的TATA和CAAT盒顺序,故物种间大前体-rRNA基因的转录起始是不同的。基因间间隔含一个或几个终止信号可终止其之前的基因的转录而其本身不转录,间隔区含多种反向顺序可作为增强子结合转录因子 2、增强子的结构和功能 增强子(enhancer):又称为远上游序列(far upstream sequence 。它是远距离调节启动子以增加转录速率的DNA序列,其增强作用与序列的方向无关,与它在基因的上下游位置无关。增强子有强烈的细胞类型选择,即不同细胞类型,增强作用不同。 1)它能通过启动子大幅度地增加同一条DNA链上靶基因转录的频率,一般能增加 10~200倍,有的甚至可达千倍。 (2)增强子的作用对同源或异源的基因同样有效,如把SV40 的增强子连接到兔β-珠蛋白的基因上,可使转录强度增大100倍; (3)增强子的位置可在基因5′上游、基因内或其3′下游的序列中,而其作用与所在基因旁侧部位的方向似无关系,因为无论正向还是反向,它都具有增强效应; (4)增强子所含核苷酸序列大多为重复序列,其内部含有的核心序列,对于它进入到另一宿主之后重新产生增强子效应至关重要;

转录调控

分子机制研究套路(五) 转录调控 课题:转录因子A对B基因的转录调控 1.概念介绍: 转录水平的调控是真核生物基因表达调控中重要环节。真核细胞RNA 聚合酶自身对启动子并无特殊亲和力,单独不能进行转录,也就是说基因是无活性的。因此,转录需要众多的转录因子和辅助转录因子形成复杂的转录装置。在基因转录起始阶段,通用转录因子协助RNA 聚合酶与启动子结合,但其作用很弱,不能高效率地启动转录。只有在反式作用因子(基因特异性转录因子)的协助下,RNA 聚合酶Ⅱ和TFⅡ才能有效地形成转录起始复合物。反式作用因子(trans acting factor)在转录调节中具有特殊的重要性。它是能直接或间接地识别或结合在顺式作用元件8~12bp 核心序列上,参与调控靶基因转录效率的一组蛋白质。这类DNA 结合蛋白有多种,能特异性识别这类蛋白的序列也有多种,正是不同的DNA 结合蛋白与不同的识别序列之间的空间结构上的相互作用,以及蛋白质与蛋白质之间的相互作用构成了复杂的基因转录调控机制的基础。 在真核生物中转录因子的调控是最重要,也是研究得最多的。蛋白质相互作用在转录因子活性的调控方面具有重要的意义。细胞内的反式作用因子都是处于有活性和无活性两种状态,这两种状态是可以转换的。反式作用因子处于无活性状态时,与之相应的基因就不能表达;反式作用因子处于有活性状态、并与相应的顺式作用元件结合时,就可以促进RNA 聚合酶和通用转录因子与相应的启动子结合,形成转录起始复合物。所以,真核基因的表达调控主要是调节反式作用因子的活性,随后反式作用因子调控基因的转录起始。 转录因子被激活后,即可识别并结合上游启动子元件和增强子,对基因转录发挥调控作用。大部分转录因子在激活以后与顺式作用元件结合,但也可能有一些转录因子是先结合DNA,

基因的转录、转录后调控

基因的转录、转录后 加工及逆转录 转录 (transcription)是以DNA单链为模板,NTP为原料,在DNA依赖的RNA聚合酶催化下合成RNA链的过程。与DNA的复制相比,有很多相同或相似之处,亦有其特点,它们之间的异同可简要示于表13-1 转录的模板是单链DNA,与复制的模板有较多的不同特点,引出了下列相关概念。转录过程只以基因组DNA中编码RNA(mRNA、tRNA、rRNA及小RNA)的区段为模板。把DNA分子中能转录出RNA的区段,称为结构基因(structure gene)。结构基因的双链中,仅有一股链作为模板转录成RNA,称为模板链(template strand),也称作Watson(W)链(Watson strand)、负(-)链(minus strand)或反意义链(antisense strand)。与模板链相对应的互补链,其编码区的碱基序列与mRNA的密码序列相同(仅T、U互换),称为编码链(coding strand),也称作Crick(C)链(Crick strand)、正(+)链(plus strand),或有意义链(sense strand)。不同基因的模板链与编码链,在DNA分子上并不是固定在某一股链,这种现象称为不对称转录(asymmetric transcription)。模板链在相同双链的不同单股时,由于转录方向都从5’→3’,表观上转录方向相反,如图13-1。 与DNA复制类似,转录过程在原核生物和真核生物中所需的酶和相关因子有所不同,转录过程及转录后的加工修饰亦有差异。下面的讨论中将分别叙述。 参与转录的酶 转录酶(transcriptase)是依赖DNA的RNA聚合酶(DNA dependent RNA polymerase,DDRP),亦称为DNA指导的RNA聚合酶(DNA directed RNA polymerase),简称为RNA聚合酶(RNA pol)。它以DNA为模板催化RNA的合成。 原核生物和真核生物的转录酶,均能在模板链的转录起始部位,催化2个游离的

真核基因转录水平的调控1-3

真核基因转录水平的调控 一、真核生物的RNA聚合酶 有三种RNA聚合酶:RNA聚合酶Ⅰ;RNA聚合酶Ⅱ;RNA聚合酶Ⅲ。 二、真核基因顺式作用元件 (一)、顺式作用元件概念 指DNA上对基因表达在调节活性的某些特定的调控序列,其活性仅影响其自身处于同一DNA分子上的基因。 (二)、种类 启动子、增强子、静止子 1、启动子的结构和功能 启动子与原核启动子的含义相同,是指RNA聚合酶结合并起动转录的DNA序列。 但真核同启动子间不像原核那样有明显共同一致的序列。而且单靠RNA聚合酶难以结合DNA而起动转录,而是需要多种蛋白质因子的相互协调作用。 RNA聚合酶Ⅱ启动子结构 1)TATA框(TATA frame):其一致顺序为TATAA(T)AA(T)。TATA框中心在-30附近,相当于原核的-10序列(pribnow box)。 对大多数真核生物来说,RNA聚合酶与TATA框牢固结合之后才能开始转录。TATA框的左右富含G┇C 序列,这就有利于该框与RNA聚合酶形成开放性启动子复合物。 2)CAAT框(CAAT frame):位置在-75附近,一致序列为GG C(T)CAATCT。CAAT框可能控制着转录起始的频率。 (3)GC框 在-90bp左右的GGGCGG序列称为GC框。 一个在-30—+15即核心启动子(core promoter element),另一为上游启动子区(upstream promoter element)在-150—-50,不同物种的启动子因子有显著差异,启动子区没有和mRNA的TATA和CAAT盒顺序,故物种间大前体-rRNA基因的转录起始是不同的。基因间间隔含一个或几个终止信号可终止其之前的基因的转录而其本身不转录,间隔区含多种反向顺序可作为增强子结合转录因子

真核生物基因表达调控

真核生物基因表达的调控远比原核生物复杂,可以发生在DNA水平、转录水平、转录后的修饰、翻译水平和翻译后的修饰等多种不同层次。但是,最经济、最主要的调控环节仍然是在转录水平上。 DNA水平的调控 DNA水平上的调控主要指通过染色体DNA的断裂,删除,扩增,重排,修饰(如甲基化与去甲基化,乙酰化与去乙酰化等)和染色质结构变化等改变基因的数量、结构顺序和活性而控制基因的表达。 转录水平的调控 转录水平的调控包括染色质的活化和基因的活化。通过染色质改型,组蛋白乙酰化,染色质变得疏松化及DNA去甲基化以便被酶和调节蛋白作用,基因的表达受顺式作用元件包括启动子及应答元件,转座元件,增强子,抑制子的调控,同时受反式作用因子包括基本转录因子,上游转录因子和转录调节因子等的调控。 转录后调控 转录后调控包括hnRNA的选择性加工运输和RNA编辑 在真核生物中,蛋白质基因的转录产物统称为hn RNA,必须经过加工才能成为成熟的mRNA分子。加工过程包括三个方面:加帽、加尾和去掉内含子。同一初级转录产物在不同细胞中可以用不同方式剪接加工,形成不同的成熟mRNA分子,使翻译成的蛋白质都可能不同。转录后的RNA在编码区发生碱基插入,缺失或转换的现象。

翻译水平的调控 阻遏蛋白与mRNA结合,可以阻止蛋白质的翻译并使成熟的mRNA变为失活状态贮存起来。一些调控作用的micRNAh和siRNA 还可以与mRNA作用降解mRNA,阻止其翻译 此外,还可以控制mRNA的稳定性和有选择的进行翻译。 翻译后调控 直接来自核糖体的线状多肽链是没有功能的,必须经过加工才具有活性。在蛋白质翻译后的加工过程中,还有一系列的调控机制。 1.蛋白质折叠 线性多肽链必须折叠成一定的空间结构,才具有生物学功能。在细胞中,蛋白质的折叠必须有分子伴侣的作用下才能完成折叠。 2.蛋白酶切割 末端切割 有些膜蛋白、分泌蛋白,在氨基端具有一段疏水性强的氨基酸序列,称为信号肽,用于前体蛋白质在细胞中的定位。信号肽必须切除多肽链才具有功能。 多聚蛋白质的切割 有些新合成的多肽链含有几个蛋白质分子的序列,切割以后产生具有不同功能的蛋白质分子。

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