分子生物学第4章重点及试题
分子生物学基础第四章遗传信息的转录—从DNA到RNA 第二节启动子与转录的起始
图4-5 启动子区主要顺式作用元件与基因转录活性
第二节 启动子与转录的起始
图4-6 SV40基因启动子上TATAAA及邻近区域对基因 转录活性的影响
第二节 启动子与转录的起始
二、转录的起始 1．启动子区的识别 2．原核生物转录的起始 原核生物转录起始过程（图4-7）：RNA聚合酶在σ亚 基引导下，识别并结合到启动子上，使DNA局部的双链被 解开，形成的解链区称转录泡（transcription bubble）， 解链发生在与RNA聚合酶结合的部位。RNA聚合酶的催化亚 基按照模板链对碱基的选择，特异识别底物核苷酸，形成 磷酸二酯键并脱下焦磷酸，合成RNA链最初2~9nt。第一个 核 苷 酸 通 常 为 带 有 3 个 磷 酸 基 的 鸟 苷 或 腺 苷 （ pppG 或 pppA）。起始合成后，σ亚基脱离核心酶与启动子，起始 阶段至此结束。
第二节 启动子与转录的起始
3．真核生物启动子对转录的影响 TATA区和其他两个UPE区的作用有所不同（图4-5）。 前者的主要作用是使转录精确地起始，如果除去TATA区或 进行碱基突变，转录产物下降的相对值不如CAAT区或GC区 突变后明显，但发现所获得的RNA产物起始点不固定。研 究SV40晚期基因启动子发现上游激活区的存在与否，对该 启动子的生物活性有着根本性的影响。若将该基因5′上 游–21－–47核苷酸序列切除，基因完全不表达（图4-6）。
分子生物学基础
第四章 遗传信息的转录—从DNA到RNA
第二节 启动子与转录的起始
一、启动子的基本结构 启动子是一段位于结构基因5′端上游区的DNA序列， 能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确地相结合并具有转 录起始的特异性。因为基因的特异性转录取决于酶与启动 子能否有效地形成二元复合物，所以，RNA聚合酶如何有 效地找到启动子并与之相结是转录起始过程中首先要解决 的问题。有实验表明，对许多启动子来说，RNA聚合酶与 之相结合的速率至少比布朗运动中的随机碰撞高100倍。
分子生物学 第四章 核酸的体外扩增
5′ATAAGCCCGAAAGGTTCGTTGATC...........CTAGATAGGTTGCCGATCCGTAAA 3′ tatccaacggctaggcattt
ataagcccgaaaggttcgtt 3′TATTCGGGCTTTCCAAGCAACTAG...........GATCTATCCAACGGCTAGGCATTT 5′
变性（950C，30s）
5′ TATTCGGGCTTTCCAAGCAACTAG...........GATCTATCCAACGGCTAGGCATTT 3′
3′ ATAAGCCCGAAAGGTTCGTTGATC...........CTAGATAGGTTGCCGATCCGTAAA 5′
ataagcccgaaaggttcgtt 退火（450C～550C，30s ～ 1min）
2、酶切分析
3、分子杂交 4、核酸序列分析
1 2 345
4：PCR扩增结果
六、PCR实验中常见问题对策
所有实验结果都有成功或失败，实验的失败可能是，不该出结果而出了结果 我们把它称为假阳性。PCR实验中最常见的问题就是假阴性和假阳性问题。
（一）假阴性：
应该出结果而没有出，我们把它称作假阴性。最常见的原因：
延伸（720C，1 ～ 几分钟）
5′ATAAGCCCGAAAGGTTCGTTGATC...........CTAGATAGGTTGCCGATCCGTAA 3′
ATATTCGGGCTTTCCAAGCAACTAG...........GATCtatccaacggctaggcattt
ataagcccgaaaggttcgttGATC...........CTAGATAGGTTGCCGATCCGTAAA
分子生物学习题及答案（3,4,5章）汇总
分⼦⽣物学习题及答案（3,4,5章）汇总第3章⼀．名词解释（考试时，名词解释为英⽂，要写出中⽂并解释）1、复制(replication): 亲代双链DNA分⼦在DNA聚合酶的作⽤下，分别以每单链DNA分⼦为模板，聚合与⾃⾝碱基可以互补配对的游离的dNTP,合成出两条与亲代DNA分⼦完全相同的⼦代DNA分⼦的过程。
2、复制⼦(replicon)：也称复制单元，是基因组中具有⼀个复制起点（origin，ori）和⼀个复制终点（terminus，ter）并能在细胞中⾃主复制的基本单位。
3、半保留复制（Semi-Conservation Replication）：DNA复制过程中亲代DNA的双链分⼦彼此分离，作为模板，按碱基互补配对原则，合成两条新⽣⼦链，这种⽅式称为半保留复制。
4、冈崎⽚段（Okazaki fragment）冈崎⽚段是相对⽐较短的DNA链（⼤约1000核苷酸残基），是在DNA的后随链的不连续合成期间⽣成的⽚段，这是Reiji Okazaki在DNA合成实验中添加放射性的脱氧核苷酸前体观察到的，因此DNA的复制是半不连续复制。
5、DNA复制的转录激活(transcriptional activation）：RNA聚合酶使双链DNA分⼦局部开链，在合成10~12个核苷酸的RNA⽚段之后，再由DNA聚合酶完成前导链DNA的合成，在完成近1000~2000个核苷酸的DNA合成后，后随链才在引发酶的作⽤下开始启动冈崎⽚段的引物RNA的合成，将这⼀过程称为DNA复制的转录激活。
6、单链DNA结合蛋⽩(single strand DNA binding protein，SSB):在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整性。
7、复制体(replisome)：DNA复制过程中的多酶复合体。
8、端粒（Telomere）：是真核⽣物染⾊体末端的⼀种特殊结构，是为了保证染⾊体稳定的⼀段⾼度重复序列，呈现四股螺旋。
分子生物学第四章习题.doc
第4章DNA复制一、填空题1.在DNA合成中负责复制和修复的酶是o2.染色体中参与复制的活性区呈Y开结构，称为o3.在DNA复制和修复过程中，修补DNA螺旋上缺口的酶称为4.在DNA复制过程中，连续合成的子链称为,另一条非连续合成的子链称为。
5.如果DNA聚合酶把一个不正确的核昔酸加到3,端，一个含3，一5,活性的独立催化区会将这个错配碱基切去。
这个催化区称为酶。
6.DNA后随链合成的起始要一段短的,它是由以核糖核昔酸为底物合成的。
7.复制叉上DNA双螺旋的解旋作用由催化的，它利用来源于ATP水解产生的能量沿DNA链单向移动。
8.帮助DNA解旋的与单链DNA结合，使碱基仍可参与模板反应。
9.DNA引发酶分子与DNA解旋酶直接结合形成一个单位，它可在复制又上沿后随链下移，随着后随链的延伸合成RNA引物。
10.如果DNA聚合酶出现错误，会产生一对错配碱基，这种错误可以被一个通过甲基化作用来区别新链和旧链的判别的系统进行校正。
11.对酵母、细菌以及几种生活在真核生物细胞中的病毒来说，都可以在DNA独特序列的处观察到复制泡的形成。
12.可被看成一种可形成暂时单链缺口（I型）或暂时双链缺口（II型）的可逆核酸酶。
13.拓扑异构酶通过在DNA ±形成缺口超螺旋结构。
14.真核生物中有五种DNA聚合酶，它们是A.； B._； C.； D._； E.；15有真核DNA聚合酶和显示3*->5,外切核酸酶活性。
二、选择题（单选或多选）1.DNA的复制（）。
A.包括一个双螺旋中两条子链的合成B.遵循新的子链与其亲本链相配对的原则C.依赖于物种特异的遗传密码D.是碱基错配最主要的来源E.是一个描述基因表达的过程2.一个复制子是（）。
A.细胞分裂期间复制产物被分离之后的DNA片段B.复制的DNA片段和在此过程中所需的酶和蛋白质C.任何自发复制的DNA序列（它与复制起点相连）D.任何给定的复制机制的产物（如单环）E.复制起点和复制叉之间的DNA片段3.真核生物复制了有下列特征，它们（）。
分子生物学第四章练习题
假定你从一新发现的病毒中提取了核苷酸,请用最简单的方法确定:(1)它是DNA还是RNA?(2)它是单链还是双链?--类型:分析题答:确定碱基比率。
如果有胸腺嘧啶,为DNA,如果有尿嘧啶,则为RNA。
如果为双链分子,那么A与T(或U)的量以及G与C的量应相等。
RNA 是由核糖核酸通过()键连接而成的一种()。
几乎所有的RNA都是由()DNA ()而来,因此,序列和其中一条链()。
--类型:填空题--答案:磷酸二酯;多聚体;模板;转录;互补多数类型的RNA是由加工()产生的,真核生物前体tRNA的()包括()的切除和()的拼接。
随着()和()端的序列切除,3’端加上了序列()。
在四膜虫中,前体TRNA的切除和()的拼接是通过()机制进行的。
--类型:填空题--答案:前体分子;加工;内含子;外显子;5’;3’;CCA;内含子;外显子;自动催化Rnase P 是一种(),含有()作为它的活性部位,这种酶在()序列的()切割()。
--类型:填空题--答案:内切核酸酶;RNA;tRNA;5’端;前体RNA C0t1/2实验测定的是()。
--类型:填空题--答案:41 RNA的复性程度假定摆动假说是正确的,那么最少需要()种TRNA来翻译61种氨基酸密码子。
--类型:填空题--答案:32写出两种合成后不被切割或拼接的RNA:()和()。
--类型:填空题--答案:.真核生物中的5SrRNA;原核生物中的mRNA原核细胞信使RNA含有几个其功能所必需的特征区段,它们是:( ) --类型:选择题--选择: (a)启动子,SD序列,起始密码子,终止密码子,茎环结构(b)启动子,转录起始位点,前导序列,由顺反子间区序列隔开的SD序列和ORF 尾部序列,茎环结构(c)转录起始位点,尾部序列,由顺反子间区序列隔开的SD序列和0RF,茎环结构(d)转录起始位点,前导序列,由顺反子间区序列隔开的SD序列和0RF,局部序列--答案: dtRNA参与的反应有:( ) --类型:选择题--选择:(a)转录(b)反转录(c)翻译(d)前体mRNA 的剪接(e)复制--答案: a氨酰tRNA的作用由( )决定.--类型:选择题--选择:(a)其氨基酸(b)其反密码子(c)其固定的碱基区(d)氨基酸与反密码子的距离,越近越好(e)氨酰tRNA合成酶的活性--答案:c,dI型内含子能利用多种形式的鸟嘌吟,如:( ) --类型:选择题--选择:(a)GMP (b)GDP (c)GTP (d)dGDP (e)ddGMP(2’,3’–双脱氧GMP)--答案:c,dI型内含子折叠成的复杂二级结构:( ) --类型:选择题--选择:(a)有长9bp的核苦酸配对(b)对突变有很大的耐受性(c)形成可结合外来G和金属离子的―口袋‖ (d)使内含子的所有末端都在一起(e)在剪接过程中发生构象重组(f)利用P1和P9螺旋产生催化中心--答案:a,c,eRNase P:( ) --类型:选择题--选择:(a) 其外切核酸酶活性催化产生tRNA成熟的5’末端(b)含有RNA和蛋白组分(c)体内切割需要两个组分(d)体外切割需要两个组分(e)采用复杂的二级与三级结构形成催化位点--答案:a,b,c,e 列出真核生物mRNA与原核生物mRNA的区别。
分子生物学试题第四章
分子生物学试题第四章一、写出英文缩写的全称IF：起始因子EF：伸长因子RF：释放因子ORF：开放读码框架（开放阅读框）open reading frameNLS：核定位序列（Nudear Iocalization signal）二、选择题1.外源基因在大肠杆菌中的高效表达受到很多因素的影响，其中SD序列的作用是（ B ）A．提供一个mRNA转录终止位点B．提供一个mRNA转录起始子C．提供一个核糖体结合位点D．提供翻译的终点2.与tRNA中的反密码子为GCU相配对的mRNA中的密码子是（ B ）A. UGAB. CGAC. AGCD. AGI3. 稀有碱基常出现于（C ）A. rRNAB. mRNAC. tRNAD. hnRNA4. 下列表述不正确的是（A ）A. 共有20个不同的密码子代表遗传密码B. 每个核苷酸三联子编码一个氨基酸C. 不同的密码子可能编码同一个氨基酸D．密码子的第三位具有可变性5. （ B ）的密码子可以作为起始密码子。
A. 酪氨酸B.甲硫氨酸C.色氨酸D. 苏氨酸6. 核糖体的E位点是（B ）A．真核mRNA的加工位点B. tRNA离开原核生物核糖体的位点C. 核糖体中受EcoRI限制的位点D．真核mRNA起始结合位点7. 关于蛋白质合成描述正确的是（ B ）A. 转录转录起始位点+1处是蛋白质翻译的起始部位B. 所谓翻译就是把mRNA上携带的碱基序列转变成氨基酸的过程C. 翻译时mRNA上必须有SD序列D. 翻译起始后携带氨基酸的氨酰tRNA首先进入核糖体的A位点8. tRNA在发挥其功能时的两个重要部位是（D ）A. 反密码子臂和氨基酸臂B．氨基酸臂和D环C. TψC环与可变环D. TψC环与反密码子臂9. 反密码子的化学性质属于（A ）A. tRNAB. mRNAC. rRNAD. DNA三、填空题1. 核糖体上存在三个位点，A位点是新的氨酰tRNA进入的位点，是肽酰tRNA的结合位点，E位点是空的tRNA释放位点。
分子生物学 第四章
DNA聚合酶 填补碱基
DNA连接酶
核苷酸切除与UvrAB修复系统
错配修复中子代DNA的识别
针对复制错误，所以发 生与子代DNA分子
一个问题：如何区分子 代DNA分子?
大肠杆菌中子代新生分 子尚未甲基化，从而可 以区分
甲基化位点： 5’-GATC-3’ A甲基化 5’-CCA/TGG-3’ C甲基化
Holliday模型的缺陷与 Meselson-Radding修正模式
Holliday模型的缺 陷：切口是如何出 现在两条分子的同 一位置的？
单分子切口 切口链侵入未打开
的双螺旋，形成D环 被取代链断开，形 成另一个分子上的 切口 修正：在两分子切 口形成过程中引入 交换的D环
Holliday模型修正后无法解释 基因转换
物理和化学诱变导致突变
化学： 1）碱基类似物替代标准碱基参 与复制 5-溴尿嘧啶和2-氨基嘌呤 2）脱氨 3）烷化 4）嵌入 溴化乙锭
物理： 1）紫外辐射 形成嘧啶二聚体 2）电离辐射 3）加热
突变可能不影响基因组
存在很多不影响基因组功能的突变 沉默突变：
1）突变在基因间非调控区域或基因间非编码区域， 对整体基因组功能无影响的突变。可发生在人类基因 组的98.5%。 2）编码区的突变不影响编码蛋白的氨基酸序列，同 义突变
重组的一般类型----同 源重组（一般性重组）
位点特异性重组（同源 区很短）
转座
同ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ重组
可发生于两条 同源DNA的任 意位点
真核生物中， 发生于减数分 裂时期
重组是由于异源双链体DNA间发 生断裂与重连
两条双链DNA分子间的重组关 键是单链的交换
(整理)分子生物学第四章习题.
第4章DNA复制一、填空题1．在DNA合成中负责复制和修复的酶是。
2．染色体中参与复制的活性区呈Y开结构，称为。
3．在DNA复制和修复过程中，修补DNA螺旋上缺口的酶称为4．在DNA复制过程中，连续合成的子链称为，另一条非连续合成的子链称为。
5．如果DNA聚合酶把一个不正确的核苷酸加到3′端，一个含3′→5′活性的独立催化区会将这个错配碱基切去。
这个催化区称为酶。
6．DNA后随链合成的起始要一段短的，它是由以核糖核苷酸为底物合成的。
7．复制叉上DNA双螺旋的解旋作用由催化的，它利用来源于ATP水解产生的能量沿DNA链单向移动。
8．帮助DNA解旋的与单链DNA结合，使碱基仍可参与模板反应。
9．DNA引发酶分子与DNA解旋酶直接结合形成一个单位，它可在复制叉上沿后随链下移，随着后随链的延伸合成RNA引物。
10．如果DNA聚合酶出现错误，会产生一对错配碱基，这种错误可以被一个通过甲基化作用来区别新链和旧链的判别的系统进行校正。
11．对酵母、细菌以及几种生活在真核生物细胞中的病毒来说，都可以在DNA独特序列的处观察到复制泡的形成。
12．可被看成一种可形成暂时单链缺口（I型）或暂时双链缺口（II型）的可逆核酸酶。
13．拓扑异构酶通过在DNA上形成缺口超螺旋结构。
14．真核生物中有五种DNA聚合酶，它们是A. ；B. ；C. ；D. ；E. ；15有真核DNA聚合酶和显示3'→5'外切核酸酶活性。
二、选择题（单选或多选）1．DNA的复制（）。
A．包括一个双螺旋中两条子链的合成B．遵循新的子链与其亲本链相配对的原则C．依赖于物种特异的遗传密码D．是碱基错配最主要的来源E．是一个描述基因表达的过程2．一个复制子是（）。
A．细胞分裂期间复制产物被分离之后的DNA片段B．复制的DNA片段和在此过程中所需的酶和蛋白质C．任何自发复制的DNA序列（它与复制起点相连）D．任何给定的复制机制的产物（如单环）E．复制起点和复制叉之间的DNA片段3．真核生物复制子有下列特征，它们（）。
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一、名词解释：转录:是指以DNA为模板，在依赖于DNA的RNA聚和酶催化下，以4中NTP（ATP、CTP、GTP和UTP）为原料，合成RNA的过程。
转录单位 (transcription unit):从启动子到终止子的序列 (转录起始点)。
模板链（template strand）:又称反义链, 指与转录物互补的DNA链（极性方向3’→5’）。
编码链:又称有义链, 指不作模板的DNA单链（极性方向5’→3’）。
hnRNA：核内不均一RNA，是存在于真核细胞核中的不稳定，大小不均一的一组高分子RNA的总称。
转录的极性：转录的效率与转录单位的位置有关。
转录起始：RNA聚合酶与DNA转录启动子结合形成有功能的转录起始复合物的过程。
启动子（Promoters）：指DNA分子上被RNA聚合酶、转录调节因子等识别并结合形成转录起始复合物的区域。
核心启动子：RNA聚合酶能够直接识别并结合的启动子。
RNA聚合酶：是催化以DNA为模板（template）、三磷酸核糖核苷为底物、通过磷酸二酯键而聚合的合成RNA的酶。
C端结构域(CTD)：RNApolⅡ的大亚基中有 C 末端结构域。
CTD中含一保守氨基酸序列的多个重复Tyr－Ser p－Pro－Thr p－Ser p－Pro－Ser p C端重复七肽。
沉默子（silencer）：沉默子能够同反式因子结合从而阻断增强子及反式激活因子作用并最终抑制该基因的转录活性的真核基因中的一种特殊的序列。
增强子(enhancer)：是一类正调控元件，能够从转录起始位点的上游或下游数千个碱基处来激活转录。
绝缘子（insulater）：阻断增强子或沉默子的DNA序列。
上游：转录起点上游的序列，是调控区，与转录的方向相反。
下游：转录起点下游的区域，是编码区，与转录的方向一致。
转录起点：＋1位点，RNA聚合酶的转录起始位点，起始NTP多为ATP或GTP。
转录泡：在转录时RNA聚合酶Ⅱ（RNAPⅡ）与DNA模板结合，会形成一个泡状结构，成为转录泡。
转录压制：指转录因子的过度表达，抑制受特异性调节基因的基本转录装置，引起转录抑制。
上游激活序列(UAS)：TATA框上游的保守序列称为上游启动子元件或上游激活序列。
锌指结构：在蛋白质中，一小段保守的氨基酸序列（约23个氨基酸残基）结合一个锌离子而形成的一个相对独立的功能域。
终止子（terminator）：在转录的过程中，提供转录终止信号的RNA序列。
抗终止子：有的蛋白因子能作用于终止序列，减弱或取消终止子的作用，称为抗终止作用，这种蛋白因子就称为抗终止因子。
/引起抗终止作用的蛋白质。
RNA加工：指新合成的前体RNA分子所经历的结构和化学方面的修饰与成熟的过程。
帽子结构：在RNA链长度超过20-30nt之前，其5’端经化学修饰被加上了一个7-甲基鸟苷残基，这种5’末端的修饰称为帽子结构poly（A）尾巴：核内不均一 RNA 和 mRNA 在其3’-末端的一个独特的结构，由 AMP 残基组成的长链。
多聚腺苷化（polyadenylation）：添加 poly（A）到 RNA 分子上的过程。
SD 序列：原核生物起始密码子AUG上游7-12个核苷酸处一段可以与16SrRNA 的3’端反向互补保守区。
选择性剪接：一个hnRNA（pre-mRNA）转录本，通过外显子的剪接、重组，产生多个成熟的mRNA的机制。
组成性剪接：一个基因的转录产物通过剪接只能产生一种成熟的mRNA.它和选择型剪接的区别是后者可以产生多种成熟mRNA。
剪接体：在剪接过程中形成的剪接复合物称为剪接体,剪接体的主要组成是蛋白质和小分子的核RNA(snRNA)。
复合物的沉降系数约为50～60S,它是在剪接过程的各个阶段随着snRNA的加入而形成的。
RNA编辑：指由RNA水平的核苷酸改变所引起的密码子发生变化的一种预定修饰，一种RNA编辑是以另一RNA为模板来修饰mRNA前体。
内含子：断裂基因的非编码区，可被转录，但在mRNA加工过程中被剪切掉。
外显子：断裂基因中的编码序列，在剪接后仍保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。
断裂基因：真核生物结构基因，由若干个编码序列和非编码序列互相间隔开但又连续镶嵌而成，去除非编码序列再连接后，可翻译出由连续氨基酸组成的完整蛋白质。
启动子的清理：当开放的启动子复合物足够稳定是，RNA聚合酶离开启动子，释放出σ亚基，核心酶空出启动子位点以进行下一次转录起始。
指导RNA：一类小RNA分子，其部分序列可与被编辑的RNA序列互补。
二、● 3类特异性转录因子：酸性功能域、富含Gln功能域、富含Pro功能域以3种方式发挥作用：①改变DNA构象②影响基本转录起始复合体装置③影响其他调节因子的活性● RNA转录3个过程（起始、延伸、终止）●真核生物中有三种不同的RNA聚合酶，因此也有三种不同的启动子：RNA pol Ⅰ启动子、RNA polⅡ启动子、RNA polⅢ启动子。
●说明RNApol全酶各个亚基的主要功能。
（2）σ亚基：转录起始时与核心酶结合成全酶，使全酶能识别启动子的Sextama Box(－35区，R位点)、Pribnow Box（-10区，B位点）,选择并紧密与模板链发生特异性结合。
不同的σ因子与核心酶结合，可识别不同的启动子。
全酶完成转录发动后，σ亚基离开全酶。
可重复使用。
（2）α亚基：核心酶的组建因子，促使RNApol 与DNA模板链结合前端α因子－－使模板DNA双链解链为单链尾端α因子－－使解链的单链DNA重新聚合为双链（3）β亚基：模板链结合位点，包含RNA/DNA杂交链结合位点•完成NMP之间的磷酸酯键的连接•编辑功能（排斥与模板链不互补的碱基）•与Rho （ρ）因子竞争RNA 3’－end•构成全酶后，β因子含有两个位点：起始位点I（initiation site. Rifs）:对利福平敏感，该位点专一性地结合ATP或者GTP （需要高浓度的ATP或GTP）延伸位点E（elongation site RifR）:对利福平不敏感，对NTP没有专一性的选择，从而保证了RNA链的延伸（4）β’亚基：促进RNA聚合酶与非模板链结合。
RNA聚合酶核心酶4个功能位点：非模板链结合位点、模板链结合位点、双链DNA 解旋位点、双链DNA重绕位点●原核生物启动子结构及各部分功能。
答：启动子由两个部分组成：上游部分：上游控制因子（UCE）：CAP-cAMP的结合位点CAP：降解物基因活化蛋白cAMP：环腺苷酸（cAMP）的受体蛋白下游部分：核心启动子（core promoter）：－35 区（ RNApol识别位点，R site）、－10区（ RNApol结合位点，B site）、转录起点（+1位点，I site）Sextama 盒：-35区序列（TTGACA），位于复制起点上游35区处的6核苷酸序列，能直接被RNA聚合酶全酶中的σ因子识别并结合。
Pribnow 盒：-10区序列（TATAAT），位于-10区处的6核苷酸序列，能使RNA聚合酶识别DNA双链中的模板链，确保转录的链和方向无误。
●真核生物启动子①RNApolⅠ：负责转录rRNA顺式作用元件：UPE（上游启动子元件）、Core promoter（核心启动子元件）反式作用因子：UBF（上游启动子元件结合因子）、SL1（选择性因子）②RNApolⅡ：负责转录hnRNA（mRNA 前体，核不均一RNA）、部分snRNA（核内小分子 RNA ）顺式作用元件：+1区、-30区、-70区、-90区（Cap site、TATA-box、CAAT-box、GC island）反式作用因子：TFⅡA、TFⅡB、TFⅡD、TFⅡE、TFⅡF、TFⅡH③RNApolⅢ：负责转录5S rRNA、tRNA的前体、Alu序列和部分 snRNA顺式作用元件：内部启动子Ⅰ（A box、B box）内部启动子Ⅱ（A box、B box）反式作用因子：内部启动子Ⅰ（TFⅢC、TFⅢB）内部启动子Ⅱ（TFⅢA、TFⅢC、TFⅢB）（TFⅢC：辅助TFⅢB TFⅢB：定位因子，结合到A-box上游）在 UBF 与DNA结合后，SL1方可结合上来，它类似原核生物RNA聚合酶中的σ因子，确保RNA聚合酶正确定位在起始点上。
UBF 与RNA聚合酶Ⅰ相互作用可识别不同来源的模板，但SL1 具有种属特异性。
TFⅢA ： TFⅢA 在一行上有9个锌指，他们会插入到5S rRNA 基因内部启动子的每一面的大沟中，这就使特异的氨基酸能够与特异的碱基接触并相互作用，形成致密的 protein-DNA 复合物。
启动子上游元件（USE）：GC岛（GGGCGG）:严格控制RNA的转录启动CAAT盒（GG C(T)CAAT CT）：决定启动子起始转录的效率，增强启动子的强度●试比较原核和真核细胞的mRNA的异同.⑴原核生物①原核生物mRNA 的半衰期短。
②许多原核生物mRNA以多顺反子形式存在。
③其5’端无帽子结构，3’端没有或只有较短的poly(A)。
④原核细胞mRNA（包括病毒）有时可以编码几个多肽。
⑤原核生物常以AUG（有时GUG，甚至UUG）作为起始密码子⑵真核生物：①其5’端存在帽子结构。
②绝大多数真核生物mRNA具有poly(A)尾巴。
③其RNA最多只能编码一个多肽。
④真核生物几乎永远以AUG为起始密码子。
●剪接分支位点核苷酸是腺嘌呤核糖核苷酸● RNA链合成的特点：1.RNA是按5’→3’方向合成2.以DNA双链中的反义链（模板链）为模板3.以4种三磷酸核苷（NTPs）为原料4.根据碱基配对原则5.各核苷酸间通过形成磷酸二酯键相连6.不需要引物7.合成的RNA带有于DNA编码链相同的序列●真核生物RNA聚合酶Ⅱ转录起始①TFⅡD因子对TATA盒的识别，TFⅡA与TFⅡD和其中的TBP结合，增强并稳定TFⅡD与TATA盒的结合，形成“前转录起始复合体（TIC）”（TFⅡD因子:TATA 盒结合蛋白TBP、至少8个TBP辅助因子TAF）②随后TFⅡB作为TFⅡD和RNA聚合酶的桥梁因子，富集高浓度RNA聚合酶到启动子周围，TFⅡF和TFⅡH使DNA解螺旋后有助于RNA聚合酶的转录与移动。
形成“基本转录起始复合体（TIC）”③TFⅡH的激酶活性使RBPⅡA型的CTD发生高频的磷酸化，转换为ⅡO型的高转录活性的RNA聚合酶。
形成“完全的转录起始复合体（TIC）”④RNA聚合酶在启动转录前清理转录起始复合体后，仅与TFⅡF因子一起完成转录的延伸（TFⅡD：对增强子和沉默子作出反应）●原核生物与真核生物启动子的主要差别？原核生物TTGACA --- TATAAT------起始位点-35 -10真核生物增强子---GC ---CAAT----TATAA—5mGpp—起始位点-110 -70 -25●增强子的组织和细胞学表达特性：（1）远距离作用（2）增强子的位置无需固定，可在受其调控基因的上游、下游、或内部。