i、ii型剪接名词解释
分子生物学：第3章RNA的转录习题和答案
第三章RNA的转录一、名词解释1．转录2．模板链（反义链）3．非模板链（编码链）4．不对称转录5．启动子6．转录单位7．内含子8．外显子9．sigma因子10．RNA编辑11．核酶12．gRNA 13．GU-AG规则14．转录后加工15．核内不均一RNA 16．RNA复制二、填空题1．由逆转录酶所催化的核酸合成是以_______为模板，以_______为底物，产物是_______。
2．RNA生物合成中，RNA聚合酶的活性需要_______模板，原料是_______、_______、_______、_______。
3．大肠杆菌RNA聚合酶为多亚基酶，亚基组成_______，称为_______酶，其中_______亚基组成称为核心酶，功能_______；σ亚基的功能_______。
4．用于RNA生物合成的DNA模板链称为_______或_______。
5．RNA聚合酶沿DNA模板_______方向移动，RNA合成方向_______。
6．真核生物RNA聚合酶共三种_______、_______、_______，它们分别催化_______、_______和_______的生物合成。
7．某DNA双螺旋中，单链5’… ATCGCTCGA … 3’为有意义链，若转录mRNA，其中碱其排列顺序为5’… _______… 3’。
8．能形成DNA--RNA杂交分子的生物合成过程有_______、_______。
形成的分子基础是_______。
9．DNA复制中，_______链的合成是_______的，合成的方向和复制叉移动方向相同；_______链的合成是_______的，合成的方向与复制叉方向相反。
10．一条单链DNA(+)的碱基组成A2l％、G29％，复制后，RNA聚合酶催化转录的产物的碱基组成是_______。
11．RNA聚合酶中能识别DNA模板上特定起始信号序列的亚基是_______ ，该序列部位称_______。
生物化学名词解释
名词解释Aantigen，Ag（抗原）：凡能刺激机体免疫系统产生免疫应答，并能与相应的抗体和（或）致敏淋巴细胞受体发生特异性结合的物质。
antibody，Ab（抗体）：抗原刺激机体产生能与相应抗原特异结合并具有免疫功能的免疫球蛋白。
active center (酶的活性中心)：指必需基团在空间结构上彼此靠近，组成具有特定空间结构的区域，能与底物特异结合并将底物转化为产物。
activation energy (活化能) ：底物分子从初态转变到活化态所需的能量activator (激活剂)：使酶由无活性变为有活性或使酶活性增加的物质aerobic oxidation (糖的有氧氧化)：指葡萄糖在有氧条件下彻底氧化成水和二氧化碳的反应过程。
apolipoprotein, apo (载脂蛋白) ：指血浆脂蛋白中的蛋白质部分。
acetyl CoA carboxylase (乙酰CoA羧化酶)：是脂酸合成的限速酶，存在于胞液中，其辅基是生物素，Mn2+是其激活剂。
其活性受别构调节和磷酸化、去磷酸化修饰调节。
Bbiological oxidation（生物氧化）：物质在生物体内进行的氧化分解称生物氧化，主要指糖、脂肪、蛋白质等在体内分解时逐步释放能量，最终生成CO2 和H2O的过程。
Cconformation（蛋白质分子的构象）：指蛋白质分子中原子和基团在三维空间上的排列、分布及肽链的走向。
又称空间结构、立体结构、高级结构和三维构象cis-acting element（顺式作用元件）：与相关基因同处一个DNA分子上，对基因转录起调控作用的一段DNA序列。
顺式作用元件不转录任何产物，可位于基因的5’上游区、3’下游区或基因内部。
启动子和增强子就是最常见的一类顺式作用元件。
codon（密码子）：在mRNA的开放阅读框架区，以每3个相邻的核苷酸为一组，代表一种氨基酸，这种三联体形式的核苷酸序列称为密码子catabolic repression (分解代谢阻遏)：葡萄糖对乳糖操纵子的阻遏作用称分解代谢阻遏。
分子生物学常考名词解释
?管家基因：是指所有细胞中均要表达的一类基因，其产物是对维持细胞基本生命活动所必须的。
H
?核内不均一RNA(hnRNA)：是真核生物细胞核内的mRNA前体分子，分子量较大，并且不均一，含有大量的内含子。
?终止子：提供转录终子信号的DNA序列称为终止子，有两类：依赖r -因子的终止子和不依赖r -因子的终止子。
?终止因子：协助RNA聚合酶识别终止信号的辅助因子（或蛋白质）。
?增强子：是指能使和它连锁的基因转录频率明显增加的DNA序列。
?翻译：是在RNA的控制下，根据核酸链上每三个核苷酸决定一个氨基酸的三联体密码规则，合成出具有特定氨基酸顺序的蛋白质肽链过程。
?负控诱导
G
?滚环复制：DNA复制的特殊形式，在环状DNA双链的一条链造成切口，5‘端被置换出来，3’端-OH在DNA聚合酶作用下不断延伸，DNA另一条链进行滚动，复制和滚环同步进行，这种复制方式为滚环复制。
B
?半保留复制：DNA复制时，亲代DNA的两条链解开，分别作为模板，在DNA聚合酶的作用下以四种三磷酸核苷为原料，根据碱基互补配对原则，合成新的双链DNA分子，其中一条链来自亲本，另一条为新合成的，这种复制方式为半保留复制。
?不对称转录：在RNA生物合成中，DNA只有一条链的一段作为模板指导RNA的合成称为不对称转录。
?半不连续复制：在DNA复制中，前导链是连续合成的，滞后链是不连续合成的，这种复制方式为半不连续复制。
C
?C值与C值反常：指生物单倍体DNA的总量，生物由简单到复杂C值一般是逐步增加的，但部分生物由于有大量的无效DNA，不符合此规律而出现反常，此现象为C值反常现象。
分子生物学名词解释
中心法则：生物体遗传信息流动途径。
现包括反转录和RNA复制等内容。
复制：是指遗传物质的传代，以母链DNA为模板合成子链DNA的过程。
转录：以DNA的一条链的一定区段为模板，按照碱基配对原则，合成一条与DNA链互补的RNA链的过程。
翻译：以mRNA为模板，氨酰-tRNA为原料直接供体，在多种蛋白质因子和酶的参与下，在核糖体上将mRNA分子上的核苷酸顺序表达为有特定氨基酸顺序的蛋白质的过程。
翻译的基本要素：tRNA、核糖体和mRNA顺式作用元件：指调控真核生物结构基因转录的DNA序列，包括启动子、上游启动子元件、增强子、加尾信号和反应元件等。
它们通过与反式作用因子相互作用来发挥转录调控作用。
反式作用因子：指真核基因的转录调节蛋白，包含DNA结合结构域和转录激活结构域。
它们与顺式作用元件、RNA聚合酶相互作用，以及转录因子之间相互协同或者拮抗，反式调控另一基因的转录。
操纵子：原核生物绝大多数基因按照功能相关性成簇串联排列，与启动子、操纵基因等调控元件共同组成一个转录单位，实现协调表达。
（原核生物中控制蛋白质合成的功能单位，包括结构基因和调控部分。
）乳糖操纵子：控制β半乳糖苷酶诱导合成的操纵子。
包括调控元件P(启动子)和O(操纵基因)，以及结构基因lacZ、lacY和lacA。
在没有诱导物时，调节基因lacI编码阻遏蛋白，与操纵基因O结合后抑制结构基因转录；乳糖的存在可与阻遏蛋白结合诱导结构基因转录，以代谢乳糖。
色氨酸操纵子：控制色氨酸合成的元件之一。
大肠杆菌的色氨酸操纵子有启动子和操纵基因控制一个多顺反子mRNA的转录，控制编码色氨酸生物合成需要的各种酶，另外，还有前导区和衰减区。
当培养基中有足够的色氨酸时，操纵子关闭，，缺乏色氨酸时，操纵子开启。
诱导与阻遏：若调节蛋白和操纵基因结合后，抑制其所调控的基因转录，称阻碍物，反之诱导。
（与调节蛋白结合的效应小分子，辅诱导物）基因表达：指将来自基因的遗传信息合成功能性基因产物的过程。
《细胞生物学》核糖体与核酶自习报告
核糖体与核酶引言：1.核糖体（ribosome）是细胞内的一种核糖蛋白颗粒，其唯一的功能是按照mRNA的指令将氨基酸合成蛋白质多肽链，所以核糖体是细胞内蛋白质合成的分子机器。
6.1 核糖体的形态结构1.核酶是具有催化活性的反义RNA6.1.1 核糖体的类型和化学组成6.1.1.1 核糖体的类型和大小1.核糖体有种类型：细胞质核糖体、线粒体核糖体、叶绿体核糖体2.核糖体分为：真核生物核糖体和原核生物核糖体3.核糖体由大小两个不同的亚基组成，在不进行蛋白质合成时是分开的，各自游离在细胞质中，在进行蛋白质合成时结合在一起4.在真核细胞中，核糖体在进行蛋白质合成时：1.游离在细胞质中称游离核糖体2.附着在内质网的表面，称膜旁核糖体或附着核糖体。
6.1.1.2 核糖体的化学组成1.核糖体的大小两个亚基都是由核糖体RNA（rRNA）和核糖体蛋白质组成。
6.1.2核糖体的蛋白质与rRNA6.1.2.1 核糖体蛋白1. E.coli核糖体21个小亚基，为S1~S21,大亚基的核糖体蛋白命名为L1~L336.1.2.2 核糖体rRNA1.30S核糖体亚基的形态主要是由16S rRNA决定的6.1.3细菌核糖体的结构模型1.S4、S5、S8、S12等4个蛋白定位在核糖体的小亚基上，并且是背向大亚基。
2.小亚基中确定了与信使RNA（mRNA）和转移RNA（tRNA）结合位点3.催化肽键形成的位点位于大亚基，和GTP水解的功能区6.2核糖体的生物发生1.在细胞内，核糖体是自我装配的。
2.核糖体的生物发生包括蛋白质和rRNA的合成、核糖体亚基的组装等。
6.2.1 核糖体rRNA基因的转录与加工1.编码核糖体的基因分为两类：一类是编码蛋白质的基因，另一类是rRNA基因6.2.1.1 编码rRNA基因的过量扩增1.细胞为了满足大量需求的rRNA，在进化的过程中形成了一种机制：增加编码rRNA基因的拷贝数。
2.增加拷贝数有两种方法：1.在染色体上增加rRNA基因的拷贝数2.通过基因扩增6.2.1.2 真核生物18S、5.8S、28S rRNA和5S rRNA基因1.在真核生物的染色体中，18S、5.8S、28S rRNA和5S rRNA基因是串联在一起的，每个基因被间隔区隔开，5S rRNA基因位于不同的染色体上。
内含子的比较
核酶是一种金属离子依赖酶
金属离子的结作用： 特异的结构作用或参与活性部位的化学过程 促进RNA整体折叠 二价金属离子（Mg2+)与底物活性部位直接相
互作用或参与过渡中间复合物的产生
显子。
第三次转酯反应是线性内含子的环化，发生在已 切除的内含子片段中，内含子的3'-OH攻击其5'端附近的第15和第16核苷酸之间的磷酸二酯键， 从5'-端切除15nt的片段，并形成399nt的环状RNA。 环状RNA随即被切割生成线状RNA，由于切割 位置与环化位置相同，生成的线状RNA依然为 399nt。接着，再从5'-端切去4个核苷酸，最终产 物是395nt的线性RNA，由于这一产物比最初释 放的内含子少19个核苷酸，因而被称作L19。
structure); 3.内部引导顺序(Internal guide seguence
IGS); 4.剪接通过转酯反应（Transesterification).
8.5.2.1 II型内含子的特点
II型内含子主要存在于某些真核生物的线粒体和叶绿体rRNA 基因中，也具有催化功能，能够完成自我剪接.几乎所有的细 菌II型内含子能够编码逆转录酶，并可作为逆转录转座子，或 逆转录转座子的衍生物高频率插入特定区域，或低频率插入其 它区域。II型内含子是由内含子靠近3'-端的腺苷酸2'-羟基攻击 5'-磷酸基启动剪接过程，经过两次转酯反应连接两个外显子， 并切除形成套索结构的内含子(图8-17)。
在II型内含子剪接过程中，首 先由内含子靠近3'-端d6结构中 的分支点保守序列上A的2'OH向5'-剪接位点的磷酸二酯 键发动亲核攻击，形成外显子 1的3'-OH，内含子5'-端的磷酸 基与分支点A的2'-OH基形成2', 5'-磷酸二酯键，产生套索结构， 完成第一次转酯反应。接着， 外显子1的3'-OH亲核攻击3'-剪 接位点，切断3'-剪接位点的磷 酸二酯键，并形成外显子1与 外显子2之间的3', 5'-磷酸二酯 键，完成第二次转酯反应。经
内含子
பைடு நூலகம் 3. 提高进化速率
内含子增加了基因的长度，提高了基因间的重组频率。重组易发生 在外显子之间的内含子之中，这样可形成蛋白结构域的新组合，而减少 在外显子上发生重组，若发生这样的重组可能导致蛋白质功能的破坏， 内含子的存在提高了有效重组。 蛋白质的三维结构与内含子和外显子的分布有密切的相关性。在进 化中，外显子是稳定的，内含子的序列和长度是迅速随机突变的。由于 在内含子的存在在保留原有蛋白的同时，可产生一种新的蛋白，具有进 化优势。
细胞器RNA
细胞器RNA 真核生物细胞核前体tRNA 不同的RNA
Ⅰ型内含子及其剪接机制
1980年代初，发现原生动物四膜虫 (Tetruhymenu) 的rRNA内 含子能够自我剪接(self splicing)，这一类内含子后被称作Ⅰ型内含 子.后来在酵母菌的线粒体rRNA基因中也含有此类内含子.
经过两次转酯反应，两个外显子 被连接在一起，并释放含有套索结构 的内含子。
四.内含子的功能
Gilbort（1978年）指出：断裂基因的存在可能有两种意义：（1）有利于 储存较多的遗传信息，如SV40的T和t蛋白；（2）有利于变异和进化，若 在交界序列处发生突变，就可能影响正常的剪切方式从而使蛋白的结构 发生较大的变化。
1. 有的内含子可编码内切酶
酵母的细胞色素b基因含有3个外显子(417bp，14bp和100bp)和两个内含 子(765bp和1240bp)。 酵母w蛋白内含子的归巢(Homing)。
2. 内含子对基因表达的调控
2.1 正调控
例子 一 例子 二 例子 三 例子 四
谢先芝等发 现番茄蛋白 酶抑制剂Ⅱ 基因的内含 子TPI对报告 基因gusA表 达活性具有 明显的增强 效应 。
基因表达 名词解释
拼板理论(piecing theory)：真核生物的基因转录通常需要多个转录因子，转录因子之间相互协同、竞争、拮抗并与顺式作用元件、RNA聚合酶相互作用，发挥转录激活或者转录抑制作用。因此，数百个转录因子的不同排列组合就可以启动数万种基因的转录
锌指(zinc finger)：真核细胞转录因子的DNA结合结构域的一种结构形式，包含数个相同的指结构。每个指结构包含有β2α等结构形式，其中４个残基(Cys2/His或者Cys2/Cys2)与锌离子形成配位键。锌指结构的指尖部分能够嵌入DNA双螺旋的大沟。
亮氨酸拉链(leucine zipper)：真核细胞转录因子的DNA结合结构域的一种结构形式，指周期性每隔4-7个残基出现1个Leu残基，形成兼性α-螺旋，具有极性的氨基酸残基形成的亲水面和Leu残基形成疏水面。两条具有此结构域的多肽链之间通过Leu的疏水侧链结合成二聚体，形成犬牙交错的拉链状47:00
名词解释
基因表达(gene expression):基因转录和翻译的过程，基因表达的最终产物是蛋白质和tRNA、rRNA等。
不对称转录(asymmetric transcription)：对于基因而言，转录的模板链仅仅是DNA双螺旋中的一条单链。对于多个基因而言，模板链可以位于DNA分子的不同单脸上，由于模板始终是3'-5'方向，故DNA两股链上的基因转录方向相反。
反式作用元件/转录因子(trans-acting element)：真核基因的转录调节蛋白，包括DNA结合结合结构域。它们与顺式作用元件、RNA聚合酶相互作用，以及转录因子相互协同或拮抗，反式调控另一基因的转录。
基础转录因子(basal/general transcription factor)：与RNA聚合酶、启动子直接结合的真和转录调节蛋白，是转录起始复合物的最基本组件，基本不受环境因素影响。
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i、ii型剪接名词解释如下：
•I型剪接：I型内含子的剪接主要是转酯反应，即剪接反应实际上是发生了两次磷酸二脂键的转移。
在第一个转酯反应中，由
一个游离的鸟苷或者鸟苷酸介导，鸟苷或鸟苷酸的3’-OH作为
亲核基团攻击内含子5’端的磷酸二脂键，从上游切开RNA链。
在第二个转酯反应中，上游外显子的自由3’-OH作为亲核基团
攻击内含子3’位核苷酸上的磷酸二脂键，使内含子被完全切开，上下游两个外显子通过新的磷酸二脂键相连。
•II型剪接：II类内含子主要存在于真核生物的线粒体和叶绿体rRNA基因中，在II类内含子切除体系中，转酯反应无需游离
鸟苷或鸟苷酸，而是由内含子本身的靠近3’端的腺苷酸2’-OH
作为亲核基团攻击内含子5’端的磷酸二脂键，从上游切开RNA
链后形成套索结构。