HyperChem基本操作 一、画原子
chemoffice ChemDraw 文本说明及原子标记
CH2OH
打开原子标记文本框 显示原子性质对话框 显示俗名(别称)对话框 加入连接点 加入原子数 移除原子标记 移除原子标记或键
P
Ph
19
第四部分 文本说明及原子标记
Bond Editing Hotkeys (键编辑快捷键)
快捷键 1 结果 改变此键为单键 快捷键 c 结果 双键居中
2
3 4
改变此键为双键
R S
c
C l d e E
C
Cl Cl D Et COOC H3
S
t T x 1 2
Si
TMS OTs X n-Bu s-Bu
18
第四部分 文本说明及原子标记
快捷键 f 结果 F 快捷键 3 结果 t-Bu
h
i k m n N o p
H
I K Me N Na O P
6
<Enter> / (slash) = (equals) . (period) ` (single quote) <space> <Backspace>
改变此键为三键 改变此键为四键
l
r f
双键居左
双键居右 键置前
20
第四部分 文本说明及原子标记
使用选择工具标记原子 (方法2)
鼠标指向被标记的原子
用快捷键输入
21
第四部分 文本说明及原子标记
使用选择工具标记多个原子 (方法3)
选择多个被标记的原子
用快捷键输入
22
第四部分 文本说明及原子标记
重复原子标记(方法4)
带电结构(盐)
自由基 含同位素的化合物 无机化合物
混合物或其他多组分体系 聚合物
非标准价态化合物 螺环体系 生物化学 含重金属的有机化合物
化学信息学——第八讲hyperchem 软件学习
HyperChem程序简介 7.5版新增功能 OpenGL绘图： 基础演示模式:已全部转换为全新的 OpenGL模式，使分子演示图形具有更高 质量支持自定义色彩，1600万种颜色代替 了传统的8种标准色。 混合演示：棒型，球型或组合型等分子 演示手段可以用于该分子的任意原子及链 段的演示，及全新的适用于原子的"管型" 演示。增强的蛋白质模型构建功能，支持 多种蛋白质二级结构演示，大分子的电子 密度近似方法。
13
工具 条 •使用图标工具可以简化操作 •从左至右分别是绘制、选择、旋转、平面 转动、平移
14
工作状态
•工作 区： •状态 行：
15
2、打开已存在的数据文件 •File-Open
16
浏览文件夹
17
C60分子
18
选择分子图形的显示方式 •Display- Labels可以选择原子、化学键等 标记方式：
39
计算几何构型 •COMPUTE---GEOMETRY
40
计算结果 •优化结束
41
测量键长、键角、二面角等结构参数 •数值显示在底部状态栏
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单点能计算
•对给定体系优化构型后，可对优化后的构 型再进行单点计算。
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单点能结果 •单点能结果
44
输出结果
45
计算结果的输出文件
• • • • • • • • • • • • • • • HyperChemlog start -- Sun May 28 21:38:15 2000. Geometry optimization, SemiEmpirical, molecule = (untitled). CNDO PolakRibiere optimizer Convergence limit = 0.0001000 Iteration limit = 50 Accelerate convergence = YES Optimization algorithm = Polak-Ribiere Criterion of RMS gradient = 0.0100 kcal/(A mol) Maximum cycles = 150 RHF Calculation: Singlet state calculation Number of electrons = 22 Number of Double Occupied Levels = 11 Charge on the System = 0 Total Orbitals = 22
Chem3D常用功能使用教程讲解学习
显示氢及孤对电子
28
不显示氢及孤对电子的环己烷
原子名称及序数 29
选择工具，双击原子， 按顺序改变原子序号
30
居中 移动到 色彩调节 显示元素符号 显示元素编号 显示实心球 显示点阵表面
调整键长 破坏键 调整键级 就近结合 添加质心 颠倒 调整矩阵
隐藏所选部分 隐藏非选部分 显示所有原子 显示邻近原子 显示背面 定义基团
11
12
建立3D模型 1. 利用键工具建立模型
选择【单键】工具，在模型窗口向右按动
圆柱键模型
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线状模型
14
棒状模型
15
球棍模型
16
比例模型
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X、Y轴旋转指示
选择【轨迹球】工具，使分子模型
在模型窗口沿X、Y轴旋转
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Z轴旋转指示
选择【轨迹球】工具并按“Alt”键， 使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转
102
103
放大、 缩小
播放、暂 停、录制
滑动块
104
105
复制粘贴到 ChemDraw中
63
计算功能演示
（1）查找原子的范德瓦尔斯半径 • 【View】【Atom Types.TBL】窗口，
找到各种元素在不同环境的半径
64
65
66
（2）观察分子的大小 • 建立苯模型。执行【View】【Connolly
Molecular】弹出Suface对话框；【solid】 选项可以选择分子表面的类型； 【Resolution】滑动到右边，其值为100
Wire Frame Sticks Ball-Sticks Cylindrical Bonds
9
带状模型常用于生物分子
chemdraw使用教程
chemdraw使用教程ChemDraw 使用教程ChemDraw 是一个在化学科研中广泛使用的软件工具，用于绘制化学结构图、反应方程、药物分子等化学图像。
本教程将为您介绍ChemDraw 的基本功能和常用操作，帮助您快速上手使用该软件。
一、ChemDraw 的安装和启动1. 在官方网站上下载 ChemDraw 的安装包，根据操作系统选择合适的版本。
2. 双击安装包进行安装，并根据提示完成安装过程。
3. 安装完成后，可以在计算机中找到 ChemDraw 快捷方式并打开该软件。
二、ChemDraw 的界面和基本操作1. 界面介绍：- 菜单栏：包含各种功能选项和操作命令。
- 工具栏：提供常用的绘图工具按钮。
- 图像区域：用于绘制和编辑化学结构图的主要区域。
- 信息栏：显示有关所选化合物的详细信息。
- 侧边栏：提供额外的选项和快捷方式。
2. 绘图操作：- 选择绘图工具：在工具栏中选择绘图工具，如箭头、线段、原子等。
- 绘制化学结构：在图像区域中使用鼠标进行绘图，单击并拖动以确定对象的大小和位置。
- 修改对象属性：选中对象后，使用信息栏中的工具调整颜色、线型、字体、填充等属性。
- 添加标签和文本：使用文本工具添加标签和文本框，然后进行编辑和调整。
3. 快捷方式和操作提示：- Ctrl + Z：撤销上一步操作。
- Ctrl + C：复制选定的对象。
- Ctrl + V：粘贴已复制的对象。
- Ctrl + X：剪切选定的对象。
- Shift + 左键拖动：等比例缩放对象。
- Ctrl + Shift + 左键单击：选定多个对象。
- 长按工具按钮：显示更多相关的操作选项。
三、高级功能和技巧1. 化学模板库：- ChemDraw 提供了大量的化学模板，可帮助您快速绘制特定类型的化学结构。
- 在侧边栏上选择“模板浏览器”选项，并从中选择所需的化学模板。
- 单击所选模板，然后将其拖动到图像区域中开始编辑。
2. 化学方程式的编写：- 在菜单栏中选择“文档”>“化学方程式”，打开化学方程式编辑器。
HyperChem
分子图形与分子模型设计——HyperChem使用简介厦门大学化学系2005年3月HyperChem使用简介HyperChem是HyperCube Inc.的产品，它具有非常强大的综合计算与分析功能，是优秀的分子图形和分子设计的工具软件之一。
HyperChem是运行在Windows系统的分子计算与建模软件，具有量子化学（半经验和从头算）、分子力学、分子动力学、随机动力学、Monte Carlo模拟等计算功能，计算结果可以用三维图形显示。
它还提供用户VB、C/C++和FORTRAN等语言的应用程序接口。
HyperChem 7.5版本已经推出。
图1是HyperChem的工作窗口，最下部是工作状态档。
在菜单下面是常用工具档。
图1 HyperChem的工作窗口HyperChem的操作可以使用鼠标和键盘两种。
在工具档从左开始有8个工具图标，当鼠标点图标之后，鼠标在工作区的形状也改变为该图标的形状：1.绘图工具。
鼠标双击该图标可直接进入缺省元素周期表，选择所要绘制元素。
2.选择工具。
3.xy轴方向旋转工具，也可使用键盘的上下左右光标键进行相同的操作。
4.z轴方向旋转工具，也可使用键盘的Home和End键进行相同的操作。
5.xy轴平移工具，也可使用键盘的Shift+上下左右光标键进行相同的操作。
6.z轴平移工具。
7.缩放工具，也可使用键盘的PgUp和PgDn键进行相同的操作。
8.z轴截片工具。
鼠标操作有较为多样：左点击、右点击、左拖拉、右拖拉、左右拖拉、Shift+左点击、Shift+右点击、双击等。
一般的旋转和平移操作是使用鼠标的左键进行，当完成了某个基团、分子的选择之后，可以使用右键对所选部分进行旋转和平移操作。
HyperChem的详细操作将结合具体的实例进行讲解。
以下通过对HyperChem 5.1的菜单命令的介绍，说明它的主要功能和使用方法。
一、File1.New (Ctrl+N)：新建一个沿尚未命名文件。
chemdraw基本用法 -回复
chemdraw基本用法-回复ChemDraw是一款功能强大的化学结构绘制软件，被广泛应用于化学领域的科研和教学工作中。
本文将详细介绍ChemDraw的基本用法，以帮助读者快速上手并高效运用该软件。
第一步，了解ChemDraw界面和工具栏：ChemDraw的界面清晰简洁，其中包含菜单栏、工具栏、绘图区和属性栏等主要部分。
菜单栏提供了各种功能的快捷入口，工具栏则包含了常用的工具按钮，绘图区是我们绘制化学结构的主要区域，属性栏则用于修改和设置化学结构的属性。
第二步，绘制单原子和多原子结构：使用ChemDraw的Line工具，我们可以绘制单原子结构，例如氢、氧等。
选择Line工具，将光标移至绘图区，单击即可生成一个直线，通过拖动直线两端的控制点，我们可以调整直线长度。
绘制多原子结构时，可以使用Cycle工具绘制环状结构，或者使用Atom工具绘制自定义的多原子结构。
第三步，添加元素和键：在绘图区中，我们可以通过选择元素工具，点击元素周期表中所需的元素，然后单击绘图区，即可添加元素。
添加元素后，我们可以使用Bond工具连接两个元素，选择Bond工具后，将光标移动至一个元素上，点击生成一个键，并将光标移至另一个元素上，点击生成另一个键，两个元素就会被连接成一个化学键。
第四步，编辑和调整结构：除了添加元素和键之外，ChemDraw还提供了许多其他的编辑工具，用于调整和修改化学结构。
例如，选中一个元素后，我们可以通过Rotate 工具进行旋转，或者使用Resize工具调整元素的大小。
此外，通过选中键后，我们还可以使用Add Stereo信息工具为键添加立体化学信息。
第五步，使用模板和样式：ChemDraw提供了大量的化学结构模板和样式，以方便用户快速绘制复杂的化学结构。
在ChemDraw的左侧边栏中，我们可以找到不同类型的模板，包括有机、无机、生物等。
选择所需的模板后，将其拖拽到绘图区中即可使用。
此外，ChemDraw还提供了丰富的样式库，用户可以根据需要选择适合的样式，例如颜色、线型等。
HyperChem程序及其应用
河北师范大学计算量子化学研究所蔡新华教授量子化学在线教学.100/qc/lzhx-0.htmHyperChem 程序及其应用一、HyperChem 程序的运行环境HyperChem 程序包，用C++写源程序，具有工作站、微机等不同的版本，作为教学示例，我们向大家介绍适用于微机运行的程序版本。
可以通过网络选购HyperChem程序包，也可以免费下载演示版本以供学习只用，现在该公司提供的最新版本为V6.0。
该公司的网址为：该公司与98年诺贝尔奖金得主Pople的关系可以参看其网页有关介绍。
1、软件环境Windows95、Windows98或Windows2000系统。
2、硬件环境486以上的微机，内存应在8M以上，硬盘至少有32M以上自由空间。
为了能够以最佳方式显示分子图像，最好有VGA以上显示器。
3、程序安装使用该程序应注意程序版权（注册）。
安装程序默认子目录为：C:\hyper6安装完成后，该目录可以看到如下文件，其中，绿色烧杯为执行程序图标。
有关该程序的使用说明、参考手册等全套文档均可免费获得。
二、程序基本使用方法我们以演示版本为例，说明该程序的基本使用方法。
1、启动程序在屏幕上，双击绿色烧杯可以得到如下画面：点击 Try进入工作区窗口窗口各部分功能简介标题名称：最大、最小化、退出按钮菜单条：FILE、EDIT、BUILD、SELECT、DISPLAY、DATABASE、SETUP 、COMPUTE、CANCEL、SCRIPT、HELP工具条：工作区：状态行：2、打开已存在的数据文件File-Open选择分子图形的显示方式Display- Labels可以选择原子、化学键等标记方式：Dispay-RenderingRenderings-BallsRendering—Balls and Cylinders3、建立计算分子的数据文件以丁二烯为例：选择Build-Default Element可以显示指定元素的基本性质：选择绘图工具后，得到碳碳骨架。
绝对实用chemdraw教程
ChemDraw软件Chemdraw7.0是Cambridgesoft公司出品的Chemoffice系列的最新版本Chemoffice2002的重要组成部分。
一、ChemDraw软件简介1、启动：在Windows下，有两种打开方式：在桌面上，双击ChemDraw图标；或者在“开始菜单”里选择ChemDraw选项。
2、界面简介：下图为ChemDraw的图形化用户界面（GUI）。
关于画图的主要工具——工具栏，其主要功能如下图所示：ChemDraw为绘制化学结构，提供了以下工具。
化学键工具, 环工具, 脂肪链工具, 自动错误矫正, 在ChemDraw Ultra中还新增了从化学名称到结构的功能。
⑴、化学键的绘制：绘制化学键有以下几种工具，利用这些工具，可以直接在文档中单击或者拖拉来绘制化学键。
默认的键长和键角用Object菜单中Fixed Lengths和Fixed Angles选项固定。
⑵、环的绘制：环的绘制，可以使用右边的工具：环的绘制可以用以下的方法，注意以下的细节：如果选择环工具之后，在一个原子上单击，则会在该原子上添加一个环，如果在一条键上单击，则会在键上添加环，具体的演示如下：如果想要绘制共轭环结构，可以按下CTRL键的同时，在文档中单击放置环。
这样，会在环中出现一个圆圈。
当然，这种情况下，环已烷的椅式结构除外。
⑶、脂肪链键的绘制：选择脂肪链工具，在文档上拖动鼠标即可画出长链。
也可以在文档空白区域或者一个原子上单击，在出现的对话框输入想要链长的原子数。
⑷、键的编辑：改变键的类型：选择键工具，指向已经存在的键，单击，则会出现新的类型的键。
改变楔形键和虚格键的方向：选择楔形键和虚格键工具，点击适当的位置，则方向被自动调整。
⑸、移动原子：选择键的工具，指向一个原子，然后按下Shift键的同时，拖动这个原子，就可以改变键的方向。
⑹、自动绘制结构从化合物的名字：从ChemDraw Ultra 的Structure菜单中选择Convert Name to Structure命令，在出现的对话框中输入2-bromobenzoic acid，点击OK后，就可以在文档中看见结构了。
HyperChem程序及其应用
河北师范大学计算量子化学研究所蔡新华教授量子化学在线教学.100/qc/lzhx-0.htmHyperChem 程序及其应用一、HyperChem 程序的运行环境HyperChem 程序包，用C++写源程序，具有工作站、微机等不同的版本，作为教学示例，我们向大家介绍适用于微机运行的程序版本。
可以通过网络选购HyperChem程序包，也可以免费下载演示版本以供学习只用，现在该公司提供的最新版本为V6.0。
该公司的网址为：该公司与98年诺贝尔奖金得主Pople的关系可以参看其网页有关介绍。
1、软件环境Windows95、Windows98或Windows2000系统。
2、硬件环境486以上的微机，内存应在8M以上，硬盘至少有32M以上自由空间。
为了能够以最佳方式显示分子图像，最好有VGA以上显示器。
3、程序安装使用该程序应注意程序版权（注册）。
安装程序默认子目录为：C:\hyper6安装完成后，该目录可以看到如下文件，其中，绿色烧杯为执行程序图标。
有关该程序的使用说明、参考手册等全套文档均可免费获得。
二、程序基本使用方法我们以演示版本为例，说明该程序的基本使用方法。
1、启动程序在屏幕上，双击绿色烧杯可以得到如下画面：点击 Try进入工作区窗口窗口各部分功能简介标题名称：最大、最小化、退出按钮菜单条：FILE、EDIT、BUILD、SELECT、DISPLAY、DATABASE、SETUP 、COMPUTE、CANCEL、SCRIPT、HELP工具条：工作区：状态行：2、打开已存在的数据文件File-Open选择分子图形的显示方式Display- Labels可以选择原子、化学键等标记方式：Dispay-RenderingRenderings-BallsRendering—Balls and Cylinders3、建立计算分子的数据文件以丁二烯为例：选择Build-Default Element可以显示指定元素的基本性质：选择绘图工具后，得到碳碳骨架。
Hyperchem学习
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胡非非
hyperchem学习 hyperchem
*保存文件
• File→Save As→
保存←
*改变键型连接
• 将鼠标移动至需要修改键型的原子上面，左击鼠标同时移 动至另一个原子上面，则
*制作苯环
• 用鼠标单击环形结构中的任一原子，则可画出苯环
*标记原子
• Display→Labels ↓ →→Symbol→OK ↑ ↓ ↑ ↑ →→↑
*编辑个人原子
Line Options→ 移动鼠标 ← ↓ ←
→Turn on Perspective ↓ ←确定
*缩放工具的使用
按着鼠标左键移 动鼠标
*定心和缩放
• Display Select to Y轴的旋转
*Z轴的旋转
将鼠标移动至工作区， 则可以对分子进行旋转
原子间距离显示在 状态栏
*键角测量
• 按住鼠标左键从碳原子拖到氢原子，接着放开鼠标则
键角显示
六、创建多肽
• • • •
Amino Acids对话框的使用 创建一个多肽 创建一个两性分子 位点专一诱变
*Amino Acids对话框的使用
• Databases→Amino Acids→
不同氨基酸结构
• 双击鼠标左键→Element Table→选择原子→关闭Element Table→将鼠标移动至想要编辑的原子上面，单击左键， 则该原子变为自己后面所选原子，如
*选用模型生成器
• Build→Add H and Model Build→
如果没有显示相应原子，则进入 Display→Show Hydrogens
Hyperchem学习
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HyperChem基本操作一、画原子
HyperChem基本操作一、画原子
作者：水云间文章来源：本站原创点击数：571 更新时间：2005-11-11
HyperChem基本操作画原子
1. 打开Element Table对话框。
这里有两种方法：
在Build菜单中选择Default Element，或者双击Drawing工具。
Default
Element对话框允许从周期表中选择缺省元素。
2. 如果单击Properties...按钮，将显示当前选择元素的物理属性。
也可以
按下Shift键同时单击元素按钮，结果是一样的。
单击OK键，物理属性框
消失。
3. 如果Allow Ions或者Explicit Hydrogens打开（用对勾选择），左键单击
这些选项使其关闭。
4. 在缺省元素列表中选择Carbon，接着关闭元素对话框。
缺省元素将设置
为碳。
当然也可以把打开的Default Element对话框移走，这样可以看到
HyperChem工作区。
当画原子非常多的分子时，这是非常有效的。
5. 左键单击Drawing工具，把指针移到工作区。
6. 左键单击工作区左下角，将出现一个小圈，代表未成键的碳原子。
7. 在工作区不同位置画更多的原子。
画价键
1. 把指针移到刚才画的第一个碳上。
2. 按下鼠标左键。
这是价键在第一个原子的位置。
3. 保持鼠标按钮按下的同时拖向工作区的顶端。
4. 放开鼠标按钮。
这是价键在第二个原子的位置。
一条线代表两个碳
原子之间的价键。
5. 用仍旧停留在价键末端的指针, 用左键拖向工作区右下角。
6. 放开鼠标按钮。
这是第三个原子的位置。
7. 在空白工作区画六个价键，形成一个环。
现在你清楚了如何画原子和分子，并且学会了一些基本技巧。
选择原子
在这个练习中，通过选择原子，你可以学到基本的选择技巧。
首先必须设置
选择的级别［原子（atoms），基（residues），或分子（molecules）］。
这里设置为原子（atoms）。
1. 左键单击Select菜单。
2. 左键单击选择Atoms。
接下来，关闭Multiple Selections：
1. 左键单击Select菜单。
2. 如果Multiple Selections打开，左键单击来关闭它。
这样当你重新选择一个原子或者一组原子的时候，前面的选择将会取消。
选择原子：
1. 左键单击Selection工具，把指针移到工作区。
2. 左键单击前面创建的原子。
这将激活这个原子。
可以在Preferences对话
框中设置激活的样式。
Preferences在File菜单中。
3. 左键单击前面创建的价键中部，这个价键就会激活，价键两端的原子就会
被选择。
4. 右键单击工作区的空白处，撤销对所有的原子和价键的选择。
选择一组原子
1. 在Select菜单，确保Select Sphere没有打开。
2. 在工作区左上方挑选一个点。
3. 同时按下鼠标左右键拖向工作区右下角。
HyperChem显示一个代表选择区
域的矩形。
4. 继续拖左右键，直到想要的原子被包括在矩形里。
5. 释放鼠标按钮。
选择区域所有原子就会被激活。
选择第二组原子：
1. 在Select菜单选择Multiple Selections。
打开Multiple Selections
后，在当前的选择中将添加新的选择。
2. 像选择第一组原子一样，左右键同时拖。
3. 释放鼠标按钮，第二组原子被激活。
如果选择工作区中所有的原子，在选择模式中左键单击工作区的空白区域。
撤销对原子的选择：
1. 右键单击未成键原子。
这个原子不再激活。
2. 右键单击选择的价键中部。
价键两端的原子不再激活。
3. 右键单击工作区的空白区域，撤销对所有原子的选择。