犬干扰素基因的生物信息学分析
藏獒犬_干扰素全基因的克隆与序列分析_陈红英
安徽农业大学学报,2009,36(1):1242127Journal of Anhui Agricultural University藏獒犬α2干扰素全基因的克隆与序列分析陈红英1,2,董海聚1,崔保安1,23,贾艳艳1,2,宋亚朋1,2,王淑娟1(11河南农业大学牧医工程学院,郑州450002;21河南省动物性食品安全重点实验室,郑州450002)摘 要:根据Gen Bank发表的犬α2干扰素(I F N2α)基因核酸序列(AB102731),设计并合成1对引物,利用PCR 技术从藏獒犬肝脏基因组DNA中扩增犬α2干扰素全基因,并进行克隆和测序。
结果表明,获得了犬I F N2α全基因序列,其大小为564bp,包含1个完整阅读框,编码187个氨基酸残基。
序列比较分析发现,克隆的藏獒犬I F N2α基因序列与Gen Bank中5条犬I F N2α基因序列核苷酸同源性在9618%～9913%之间,氨基酸同源性在9417%～9819%之间,并无插入和缺失变异,但是存在氨基酸点变异。
藏獒犬与人和其他8种动物的I F N2α基因序列分析和系统进化分析表明,I F N2α基因存在种属的差异性,亲缘关系越近,同源性越高。
犬I F N2α基因的成功克隆为进一步研究藏獒犬I F N2α基因表达、生物学活性和应用奠定基础。
关键词:犬;α2干扰素基因;扩增;基因克隆;序列分析 中图分类号:Q789文献标识码:A文章编号:16722352X(2009)0120124204C lon i n g and sequence ana lysis of i n terferon2αgene of Zangao can i n eCHEN Hong2ying1,2,DONG Hai2ju1,CU IBao2an1,2,J I A Yan2yan1,2,S ONG Ya2peng1,2,WANG Shu2juan1(1.College of Ani m al Husbandry and Veterinary,Henan Agricultural University,Zhengzhou450002;2.Ani m al Food Safety Key Laborat ory of Henan Pr ovince,Zhengzhou450002)Abstract:One pair of p ri m ers was designed and synthesized according t o the canine interfer on al pha gene (I F N2α)nucleic acid sequence(AB102731)published in the Gen Bank.Canine I F N2αgene was a mp lified by PCR fr om genome DNA extracted directi onally fr om liver of Zangao canine,then cl oned and sequenced.The result showed the full length sequence of Zangao canine I F N2αgene was consisted of564bp,which includes one open2 reading fra me,encoding187a m ino acid residues,three potential N2glycosalati on sites and ten cysteines in deduced a m ino acid sequence.The results of comparative sequence analysis and phyl ogenetic tree analysis showed there was difference of genus in I F N2αgene,the nearer relati onshi p,the higher homol ogy.This study set a basis the way for future study of bi ol ogical functi on and app licati on of canine I F N2α.Key words:canine;interfer on2αgene;a mp lificati on;gene cl oning;sequence analysis 随着人们生活水平日益提高,犬类动物在人类的生活中越来越占据重要的部分,如作为伴侣动物、警犬、救护犬等,但是狂犬病、犬细小病毒病、犬瘟热和犬腺病毒病等各种病毒性疾病严重危害着犬的健康和生存,也困扰着我国的养犬业,加之各种原因造成的免疫程序失败,使病毒病的预防和治疗显得尤为重要。
犬a干扰素的基因工程研究进展
随着研究和应用的深入 ， 人们发现犬 ａ 干扰素虽 然是很有效 的抗病毒药物 ， 但是它也有一定的不良反应 。 随着
基因转移技术的发展， 人们开始尝试将细胞因子直接导入肿瘤细胞， 使导入的细胞因子在局部表达释放 ， 避免全
身性应用 而引起 的严重的不 良反应 。有研究者开始研究如何将犬 ａ 干扰素直接靶 向效应细胞。 犬类动物在人类的生活中占据越来越突 出地位 。如作为伴 侣动物 、 警犬 、 救护犬等。但 目前在兽 医临床 ， 各种
一
、
对 犬 ａ 扰 素 基 因序 列 的研 究 干
基因本身的序列对基 因的表达有着重要 的影响 。在利用大肠杆菌表达干扰素时 ，人们发现 由于宿主细胞 内
Ｍｅ特异性氨肽酶作用不完全而会 引起 Ｎ端不均一 ， ｔ 而且不均一 的程度 因宿 主菌 、 表达载体 、 表达 条件 而有 差异。 早在 ２ 世纪 ８ 年代就有人化学合成了含有大肠杆菌偏爱密码子 的 ＩＮ ａｂ基 因， ０ ０ Ｆ —２ 他们 先合 成了 ６ 个小核苷酸 ８ 片段 ， 再将这些片段连成 ３个大片段 ， 最后 由这 ３个大片段连 成完 整的干扰素基 因 ， 并在大肠杆 菌中获得 了较高
胞免疫活性 ； Ⅱ型干扰 素又称免疫干扰素 ， Ｉ 与 型干扰素使用不同的受体 ， 对免疫 系统有调节作用。干扰素是 由能 ａ
在脊椎动物的各种类型 的细胞增殖的病毒诱导 白细胞产生的， 主要活性是 ： 通过诱 导机体产生抗病毒蛋 白而发挥
பைடு நூலகம்
广谱 的抑 制病毒繁殖活性 ， 抑制细胞的增殖（ 如肿瘤细胞等 ） 从而发挥抗肿瘤活性作用 ， 加强 Ｎ Ｋ细胞杀伤病毒感 染细胞的能力从而抑制病毒的增殖 和扩散 ， 而增强机体细胞免疫应答 水平 。 从 犬ａ 干扰素的研究最早是从 １８ ９ ７年开始 ， 由国外学者报道了其基 因序列并专利控制 了该基 因的使用。 随着养
牧羊犬IFN-茁基因的克隆和序列分析(精)
摘要院为对犬干扰素-茁(IFN-茁)进行研究袁用 PCR 技术从犬血细胞基因组 DNA 中扩增了牧羊犬 IFN-茁 基因袁并克隆到 pGEM-T
载体袁转化大肠杆菌 JM109 感受态细胞袁阳性克隆经 PCR 和酶切鉴定后进行测序遥 结果表明院牧羊犬 IFN-茁 基因含 561bp袁编码
186 个氨基酸袁前 21 个为信号肽遥 成熟蛋白理论分子量为 20kD袁等电点为 5.737袁有 2 个潜在磷酸化位点尧5 个 N 糖基化位点和 4
Identification of recombinant plasmid by PCR; C. Identification of recombinant plasmid by Sac I digestion)
M. DNA Ladder; 1. Negative control; 2. PCR product; 3. Negative control
沈阳农业大学学报袁圆园11原08袁42穴4雪院449-453 允燥怎则灶葬造 燥枣 杂澡藻灶赠葬灶早 粤早则蚤糟怎造贼怎则葬造 哉灶蚤增藻则泽蚤贼赠袁圆园11原08袁42穴4雪院449-453
牧羊犬 IFN-茁 基因的克隆和序列分析
夏润玺 1袁张曼夫 2*
渊1.沈阳农业大学 生物科学技术学院袁沈阳 110161曰2.中国农业大学 生物学院袁北京 100094冤
酶切鉴定结果显示袁 重组质粒被切成约 500bp 和约 3000bp 的 2 个片段渊图 1C冤袁与理论相符遥 2.3 基因测序和序列分析
将 2 个鉴定正确的重组克隆测序袁 结果表明 2 个克隆序列一致袁 测得的核苷酸序列及推导的氨基 酸序列如图 2遥 分析表明袁克隆的序列与 GenBank 中 犬 IFN-茁 基因序列一致袁含 561bp袁是一个完整的读 码框袁编码 186 个氨基酸袁前 21 个为信号肽遥 成熟蛋
京巴犬α-干扰素全基因的克隆与分子进化分析
京巴犬α-干扰素全基因的克隆与分子进化分析陈红英;李新生;董海聚;崔保安;郭明彦;宋亚朋【期刊名称】《江西农业大学学报》【年(卷),期】2009(031)003【摘要】根据基因库(CenBank)中收录的犬α-干扰素(IFN-α)基因核苷酸序列(AB102731),设计并合成了1对引物,PCR扩增京巴犬IFN-α全基因,并克隆、测序.结果表明,犬IFN-α基因全基因序列为564 bp,包含1个开放阅读框,编码187个氨基酸的多肽,推导氨基酸序列有3个潜在的N-糖基化位点,有10个与二硫键形成有关的半胱氨酸.序列比较分析发现,京巴犬IFN-α基因序列与GenBank发表的其它品种犬IFN-α基因序列核苷酸同源性为96.3%以上,氨基酸同源性为94.1%以上,其中与AB102731核苷酸同源性最高,为99.5%.仅有3个碱基差异.京巴犬与人和其他8种动物的IFN-α基因序列分析和系统进化分析表明,IFN-α基因存在种属的差异性,亲缘关系越近,同源性越高.京巴犬IFN-α基因的成功克隆为进一步研究犬IFN-α基因表达、生物学活性和应用奠定基础.【总页数】5页(P512-516)【作者】陈红英;李新生;董海聚;崔保安;郭明彦;宋亚朋【作者单位】河南农业大学牧医工程学院,河南郑州450002;河南省动物性食品安全重点实验室,河南郑州450002;河南农业大学牧医工程学院,河南郑州450002;河南农业大学牧医工程学院,河南郑州450002;河南农业大学牧医工程学院,河南郑州450002;河南省动物性食品安全重点实验室,河南郑州450002;河南农业大学牧医工程学院,河南郑州450002;河南农业大学牧医工程学院,河南郑州450002;河南省动物性食品安全重点实验室,河南郑州450002【正文语种】中文【中图分类】Q789【相关文献】1.地方品种固始鸭γ-干扰素基因的克隆与分子进化分析 [J], 陈红英;崔保安;李新生;胡功政;赵丽;王东方2.梅花鹿α干扰素全基因的克隆与分子进化分析 [J], 苏凤艳;宗颖;魏吉祥;曾范利;王全凯3.梅花鹿α干扰素全基因的克隆与分子进化分析 [J], 苏凤艳4.固始鸭白细胞介素-18全基因克隆与分子进化分析 [J], 陈红英;李新生;崔保安;夏平安;赵丽;方丽云5.藏獒犬α-干扰素全基因的克隆与序列分析 [J], 陈红英;董海聚;崔保安;贾艳艳;宋亚朋;王淑娟因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
牧羊犬IFN-β基因的克隆和序列分析
（． ｏｌｇ ｆＢｏｏｉａ Ｓｉｎｅ ａｄ Ｔｃ ｎｌｇ， ｈ ｎａｇＡｇｉ ｌ ｒ ｎｖｒｉ ， ｈｎ ａｇ １０ ６ ，Ｃ ｉａ ２ ｏｌｇ ｆＢｏ ｇｃ ｃｅｃ， １ Ｃ ｌ ｅｏ ｉｌｇ ｌ ｃｅｃ ｎ ｅｈ ｏ ｙ Ｓ ｅｙ ｎ ｒ ｕｔ ａ Ｕ ｉｅｓｙ Ｓ ｅｙｎ １ １ ｈｎ； ．Ｃ ｌ ｅｏ ｉｌ ｉａ Ｓ ｉ ｅ ｅ ｃ ｏ ｃ ｕｌ ｔ １ ｅ ｏ ｌ ｎ Ｃ ｉａＡｇｉ ｌ ｒ ｎｖｒｉ，Ｂ ｉｎ ０ ０ ４ Ｃ ｉａ ｈｎ ｒ ｃ ｔ ａ Ｕ ｉ ｓｙ ｅ ｉｇ １０ ９ 。 ｈｎ） ｕ ｕｌ ｅ ｔ ｊ
沈 阳农 业大 学学报 ，０ １ ０ ，２ ）４ ９ ４ ３ ２ １— ８ ４ （ ：４ — ５ ４
Ｊ ｕ ｎ ｌｏ ｈ ｎ ａ ｇ ．ｒ ｕｔｒｌＵｎｖ ｒｉ ， ０ ｌ ０ ， ２４ ： ４ — ５ ｏ ｒ ａ ｆＳ ｅ ｙ ｎ ￣ ｉ ｌ ａ ｉｅｓｔ ２ １ 一 ８ ４ ｆ）４ ９ ４ ３ ｇｃ ｕ ｙ
１６个 氨 基 酸 ， ２ 个 为 信 号 肽 。 熟 蛋 白理 论 分 子 量 为 ２ ｋ 等 电点 为 ５７ ７ 有 ２个 潜 在磷 酸化 位 点 、 个 Ｎ糖 基 化 位 点 和 ４ ８ 前 １ 成 ０ Ｄ， ．３ 。 ５ 个 半 胱 氨 酸 残 基 ， 部 分 为亲 水 区 。二 、 级 结 构 预 测 显 示 ， 白 主 要 由 ５段 ０螺 旋 组 成 。犬 ＩＮ Ｂ基 因 与赤 狐 的 完 全 相 同 ， 大 三 蛋 ／ ． Ｆ— 与 貉 、 貂 和 猫 的 同源 性 很 高 （ ５ ９ － ）在 进 化 树 中处 于 同一 分 支 ， 与禽 类 和 鱼类 的 同 源性 仅 为 ２９ ８６ 雪 ８ ％一 ８４ ， ％ 而 ．％～ ．％。
犬β干扰素基因在毕赤酵母中的表达的开题报告
犬β干扰素基因在毕赤酵母中的表达的开题报告1. 研究背景β干扰素是一种重要的细胞因子，具有抗病毒、抗肿瘤、免疫调节等多种生物学功能。
而在犬体内，β干扰素也扮演着重要的生物学角色。
因此，研究犬β干扰素的表达，对于深入了解其作用机制，及其在医学和农业领域中的应用具有极其重要的意义。
毕赤酵母作为一种单细胞真菌，具有表达异源蛋白和蛋白质工程的良好能力。
而且毕赤酵母的乙醇代谢通路与犬乙醇代谢途径相似，为表达犬β干扰素基因提供了可能实现的途径。
2. 研究目的本研究旨在将犬β干扰素基因导入毕赤酵母中，通过优化表达条件，建立表达犬β干扰素的毕赤酵母系统，并对其进行初步的表达性状和功能评价。
3. 研究方法3.1 选择适宜的毕赤酵母菌株本研究将采用毕赤酵母作为表达载体，因此需要选择合适的毕赤酵母菌株。
本研究将采用乙醇代谢能力强、易于表达异源蛋白的毕赤酵母菌株。
并通过PCR验证菌株是否合适，以及是否存在其他异源与E.coli杂交引源序列(HT)。
3.2 构建犬β干扰素基因表达质粒本研究将采用重组DNA技术构建含有犬β干扰素基因的表达质粒。
首先，根据犬β干扰素基因序列设计引物，通过PCR扩增该基因，并与表达载体质粒进行连接。
然后，将重组质粒转化至毕赤酵母中。
3.3 表达犬β干扰素基因将重组质粒转化至毕赤酵母菌株中后，采用不同的诱导剂、初始pH值、密度等条件，寻求最佳表达犬β干扰素的条件。
采用SDS-PAGE和Western blot等方法对犬β干扰素进行初步的鉴定。
同时采用ELISA、吡咯烷酮酸酐(PCA)、细胞毒活性试验等方法，进行表达产品的定量和活性评价。
4. 研究意义犬β干扰素在犬体内具有多种生物学功能，如抗病毒、抗肿瘤、免疫调节等。
而在医学和农业领域中，犬β干扰素的应用前景广阔，例如开发犬用疫苗和治疗药物，治疗犬出血热和犬伤寒等疾病，为犬的养殖和保健提供技术支持等。
此外，本研究还可为毕赤酵母在异源蛋白表达和蛋白质工程方面的应用提供技术参考。
犬干扰素-γ的复性及活性测定的开题报告
犬干扰素-γ的复性及活性测定的开题报告一、选题背景和意义犬干扰素-γ（Canine interferon-γ, C-IFN-γ）是一种具有抗病毒、抗肿瘤和免疫调节等多种生物学功能的细胞因子。
目前已有大量的研究表明，C-IFN-γ在犬的免疫防御中发挥着重要的作用，尤其在免疫调节和免疫耐受中有着重要的地位。
因此，研究C-IFN-γ的复性及活性测定有着重要的理论和应用价值。
二、研究内容和目标本项目主要研究C-IFN-γ的复性及活性测定方法，具体包括以下内容：1. 犬干扰素-γ的表达、纯化及初步鉴定。
2. 犬干扰素-γ的复性条件的筛选及优化。
3. C-IFN-γ活性测定方法的建立及优化。
本项目旨在建立一个可靠、准确、可重复的C-IFN-γ的复性及活性测定方法，为进一步研究C-IFN-γ的生物学功能提供重要的基础。
三、研究方法和技术路线1. 犬干扰素-γ的表达、纯化及初步鉴定（1）构建表达犬干扰素-γ的载体。
（2）通过真核表达系统表达产生可溶性的C-IFN-γ。
（3）利用亲和层析和凝胶过滤层析进行纯化，初步鉴定纯化产物的纯度。
（4）Western blotting和质谱等方法进行进一步的鉴定和分析。
2. 犬干扰素-γ的复性条件的筛选及优化（1）确定影响犬干扰素-γ复性的因素，如温度、PH值、离子强度等。
（2）通过单因素试验和正交试验等方法进行筛选优化，找出适宜的复性条件。
3. C-IFN-γ活性测定方法的建立及优化（1）选择犬细胞系建立IFN-γ抗病毒活性检测体系。
（2）通过ELISA等方法建立IFN-γ结合活性测定体系。
（3）通过建立IFN-γ抗病毒活性和结合活性的临界浓度测定最优的IFN-γ活性测定方法。
四、预期成果和意义本项目的预期成果为建立C-IFN-γ的复性及活性测定方法，达到如下目标：1. 成功表达并纯化出犬干扰素-γ。
2. 筛选出适宜的C-IFN-γ复性条件。
3. 建立可靠、准确、可重复的C-IFN-γ活性测定方法。
拉布拉多犬和德国牧羊犬干扰素alpha基因克隆及测序_夏春
农业生物技术学报Journal of A gricultural Biotechnolog y1999,7(3) 拉布拉多犬和德国牧羊犬干扰素alpha基因克隆及测序夏 春 汪 明 夏兆飞(中国农业大学动物医学院,北京100094)摘 要:本研究采用PCR技术扩增和克隆了拉布拉多犬和德国牧羊犬的干扰素基因alpha IF N。
测序结果显示拉布拉多犬和德国牧羊犬的alpha IFN基因序列一致,全长均为513个核苷酸,共编码170个氨基酸。
两种犬alpha IFN蛋白分子量均为18 504kD。
结果也揭示了犬属动物的alpha IF N基因十分保守,仅存在0 3%的变异。
关键词:犬;干扰素基因;P CR法M olecular Cloning of Interferon-alpha Genes from T wo kinds of Dog(Labrader Retriever and German Shepherd Dog)Xia Chun Wang M ing Xia Zhaofei(College of Veterinary M edicine,China A gricultural U niversity,Beijing100094)Abstract:T wo alpha IF N genes were isolated from L abrader Retriever and German Shepherd dog by PCR us-ing primers based on hig hly conserved amino acid sequence blocks of do g's alpha IFN genes.T he cloned I FN g enesbetween L abrader Retriever and German Shepherd dog are similarities,and are513nucleotides long and deduced170amino acid.T his data w ould sug gest the alpha IF Ns o f dog be highly conser ved,and the amino acid sequenceshav e99 3%~100%homolog y with those of dog's alpha IF N g enes.Key words:dog;interferon gene;PCR method干扰素(Interferon,缩写为IFN)是一类能诱导动物细胞产生多种广谱抗病毒蛋白的细胞因子,具有阻止病毒繁殖、调节机体免疫反应的生物学功能,是当今应用前景广阔的重要生物制剂之一[1]。
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犬的α干扰素CaIFN-a的生物信息学分析摘要：犬的α干扰素（CaIFN- α)具有广谱抗病毒、抗肿瘤、抑制细胞增殖以及提高免疫功能等作用，有很高的研究应用价值。
利用生物信息学的方法与手段对犬的α干扰素基因序列进行分析对重组干扰素的基因设计，蛋白大量表达乃至临床应用均具有极大地意义。
关键词：生物信息，犬的α干扰素；序列分析Bioinformatics analysis of CaIFN-aAbstract：Dogs α interferon (CaIFN-α) has broad-spectrum anti-viral, anti-tumor, inhibition of cell proliferation and enhance immune function, has high research value. Bioinformatics methods and means of interferon-α gene sequences were analyzed dogs genetically engineered recombinant interferon, a large number of protein even have clinical applications are greatly significant.Keywords: Bioinformatics；CaIFN- α; Sequence analysis前言：干扰素（Interferon,IFN）是人和动物细胞受到病毒感染，或者核酸、细菌内毒素、促细胞分裂素等干扰素诱生剂刺激后，由巨噬细胞、淋巴细胞等产生的一种高活性、多功能糖蛋白。
在正常机体的脾、肝、肾、外周血淋巴细胞和骨髓中都可以检出。
具有广谱抗病毒、抗肿瘤和增强免疫等多生物活性，为现今一种最理想的抗病毒生物制剂。
干扰素分为两大类：Ⅰ型和Ⅱ型[1]。
Ⅰ型干扰素由白细胞产生，主要功能为抗病毒、免疫激活和细胞生长调节。
在发挥抗病毒作用时，并不是其直接杀伤或抑制病毒，而是通过细胞表面受体作用使细胞产生抗病毒蛋白，此类蛋白能够抑制病毒DNA和RNA的复制，提高免疫机能，达到预防和治疗病毒病的效果[2]。
α干扰素属于I型干扰素。
犬的α干扰素（CaIFN- α)具有广谱抗病毒、抗肿瘤、抑制细胞增殖以及提高免疫功能等作用，有很高的研究应用价值，研究发现CaIFN- α对临床犬瘟热、犬细小病毒感染和犬冠状病毒感染等均有较好的治疗效果。
因此CaIFN- α作为抗病毒药物和免疫佐剂应用于犬传染病的防治具有广泛的临床应用前景。
随着信息时代的迅猛发展,软硬件的快速更新,生物信息学这一集合了生命科学与计算机科学等众多领域的交叉学科的日益成熟,为后基因组时代的研究提供了更快、更新、更准确的研究手段[3]。
生物信息学包含了生物信息的获取、处理、储存、分析和解释等方面,集合数学、统计、计算机与生物医学等工具研究,阐明大量生物学数据所包含的生物学意义。
也就是说,生物信息学是把核酸、蛋白质等生物大分子的数据库作为主要的研究对象,并结合数学、统计、计算机科学等研究手段来对大量生物学原始试验数据进行存储、整理、管理、注释、加工,使之成为具有明确生物学意义的生物信息[4]。
利用生物信息学的方法与手段对犬的α干扰素基因序列进行分析对重组干扰素的基因设计，蛋白大量表达乃至临床应用均具有极大地意义。
1.材料与方法1.1材料：犬的α干扰素CaIFN-a基因 NCBI：GenBank: AB102731.21.2生物信息学方法开放阅读框（ORF）分析、同源性分析、、系统进化树分析、蛋白质电荷分析、蛋白质结构预测。
2.生物信息学分析结果2.1获取基因序列全长使用NCBI：/ 检索AB102731.2得到犬的α干扰素基因序列如下：ORIGIN GenBank格式：ORIGIN1 atggccctgc cctgctcctt ctcggtggcc ctggtgctgc tcagctgcca ctccctgtgc 61 tgtctggctt gcgacctgcc cgacacccac agcctgcgca actggagggt cctgacgctc 121 ctgggacaga tgaggagact ctccgccagc tcttgtgacc actacaccac tgactttgcc 181 ttccccaagg aactgtttga tggccagcgg ctccaggagg cgcaagccct ctctgtggtc 241 cacgtgatga cccagaaggt cttccacctc ttctgcacga acatgtcctc tgctccttgg 301 aacatgaccc tcctggagga attgtgctcg gggctctctg agcagctgga tgacctggat 361 gcctgtcccc tgcaggaggc agggctggcc gagacccccc tcatgcatga agactccacc 421 ctgaggacct acttccaaag gatctccctc tacctgcaag acaggaacca cagcccgtgt 481 gcctgggaga tggtccgagc agaaatcggg agatccttct tctccttgac catcttgcaa 541 gaaagagtaa ggaggaggaa atgaFASTA格式序列：>gi|38198218|dbj|AB102731.2| Canis lupus familiaris ifn-a gene for interferon-alpha subtype 4, complete cds ATGGCCCTGCCCTGCTCCTTCTCGGTGGCCCTGGTGCTGCTCAGCTGCCACTCCCTGTGCTGTCTGGCT TGCGACCTGCCCGACACCCACAGCCTGCGCAACTGGAGGGTCCTGACGCTCCTGGGACAGATGAGGAGA CTCTCCGCCAGCTCTTGTGACCACTACACCACTGACTTTGCCTTCCCCAAGGAACTGTTTGATGGCCAG CGGCTCCAGGAGGCGCAAGCCCTCTCTGTGGTCCACGTGATGACCCAGAAGGTCTTCCACCTCTTCTGC ACGAACATGTCCTCTGCTCCTTGGAACATGACCCTCCTGGAGGAATTGTGCTCGGGGCTCTCTGAGCAG CTGGATGACCTGGATGCCTGTCCCCTGCAGGAGGCAGGGCTGGCCGAGACCCCCCTCATGCATGAAGAC TCCACCCTGAGGACCTACTTCCAAAGGATCTCCCTCTACCTGCAAGACAGGAACCACAGCCCGTGTGCC TGGGAGATGGTCCGAGCAGAAATCGGGAGATCCTTCTTCTCCTTGACCATCTTGCAAGAAAGAGTAAGG AGGAGGAAATGA2.2 同源性分析网址如下：/Blast.cgi。
序列AB102731.2的blast 分析结果如图2.2.1所示。
图2.2.1序列AB102731.2的进化树如下图2.2.2所示;图2.2.22.3限制性酶切分析从NCBI上下载序列AB102731.2用软件DNAMAN进行限制性内切图2.3.1图2.3.2DNAMAN的限制性酶切结果如上图所示操作时选择环状DNA显示得到图2.3.2酶文件选择RESTRICT.ENZ酶选择为全选。
限制性酶切位点分析结果如下限制性酶切分析 >gi|38198218|dbj|AB102731.2| Canis lupus familiaris ifn-a gene f_ 甲基化：dam-否 dcm-否使用 117 酶屏蔽，找到26 个位点BalI TGG/CCA 1: 203BbvII GAAGACNN/ 2: 416, 252Bpu1102I GC/TNAGC 1: 40Bsc91I GAAGACNN/ 2: 416, 252BspMI ACCTGCNNNN/ 2: 83, 461Bsu36I CC/TNAGG 1: 421CvnI CC/TNAGG 1: 421Eco31I GGTCTCN/ 1: 385Eco72I CAC/GTG 1: 243EcoNI CCTNN/NNNAGG 2: 313, 373EspI GC/TNAGC 1: 40MscI TGG/CCA 1: 203MstI TGC/GCA 1: 97MstII CC/TNAGG 1: 421NsiI ATGCA/T 1: 407PmaCI CAC/GTG 1: 243PstI CTGCA/G 1: 374PvuII CAG/CTG 2: 44, 345RleAI CCCACANNNNNNNNNNNN/ 1: 103SauI CC/TNAGG 1: 421XmnI GAANN/NNTTC 1: 2592.4开放阅读框（ORF）分析打开网址/gorf/orfig.cgi输入序列AB102731.2的FASTA格式序列分析序列的ORF结果如图所示2.5二级结构预测从NCBI上下载犬α干扰素的蛋白序列interferon-alpha subtype 4 [Canis lupus familiaris]GenBank: BAC56891.1>gi|28268781|dbj|BAC56891.1| interferon-alpha subtype 4 [Canis lupus familiaris] MALPCSFSVALVLLSCHSLCCLACDLPDTHSLRNWRVLTLLGQMRRLSASSCDHYTTDFAFPKELFDGQ RLQEAQALSVVHVMTQKVFHLFCTNMSSAPWNMTLLEELCSGLSEQLDDLDACPLQEAGLAETPLMHED STLRTYFQRISLYLQDRNHSPCAWEMVRAEIGRSFFSLTILQERVRRRK用NPSA网站进行蛋白质二级结构预测网址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/secpred_phd.pl结果如图所示。
图2.5.1图2.5.2从NCBI下载蛋白序列文件载入DNAMAN进行蛋白质二级结构预测结果如图2.5.3所示预测准确度= 68.68%图2.5.32.6蛋白质电荷分析载入蛋白序列用DNAMAN分析结果如图所示蛋白质等电点pI=6.38，由此可知该蛋白为一个酸性蛋白质。