基于连续隐Markov模型的发酵过程关键状态变量软测量
基于贝叶斯LS-SVM的海洋生物酶发酵过程软测量建模

基于贝叶斯LS-SVM的海洋生物酶发酵过程软测量建模黄永红;宋心雷【期刊名称】《仪表技术与传感器》【年(卷),期】2014(000)008【摘要】针对海洋生物酶发酵过程关键生物参数(如基质浓度、菌体浓度等)难以实现直接在线测量的问题,提出了一种基于贝叶斯准则的最小二乘支持向量机(LS-SVM)软测量建模方法.以典型的海洋生物酶—海洋蛋白酶为研究对象,在分析海洋蛋白酶发酵过程机理的基础上,确定了发酵过程软测量模型的辅助变量和主导变量.考虑到在LS-SVM建模中,正规化参数和核参数的优化是建模的难点,采用贝叶斯准则对LS-SVM参数进行优化,进而建立了基于贝叶斯准则的LS-SVM软测量模型.仿真验证结果表明,该模型比传统的LS-SVM具有更高的预测精度和泛化能力.【总页数】4页(P92-94,110)【作者】黄永红;宋心雷【作者单位】江苏大学电气信息工程学院,机械工业设施农业测控技术与装备重点实验室,江苏镇江212013;江苏大学电气信息工程学院,机械工业设施农业测控技术与装备重点实验室,江苏镇江212013【正文语种】中文【中图分类】TP273【相关文献】1.贝叶斯证据框架下LS-SVM的BPMSM磁链建模 [J], 孙晓东;陈龙;杨泽斌;朱熀秋;嵇小辅2.贝叶斯证据框架下的LS-SVM多工况数控机床热误差建模 [J], 余文利;姚鑫骅;傅建中;孙磊3.海洋生物酶发酵过程关键生物参数的软测量 [J], 孙丽娜;黄永红;丁慎平;刘骏4.基于KPCA-DFNN海洋微生物发酵过程软测量建模 [J], 孙丽娜;黄永红;蒋星红;冯培燕5.贝叶斯证据框架下LS-SVM方法在秸秆发酵制乙醇浓度预测中的寻优轨迹研究[J], 孙正凤;窦如凤;刘增元因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
基于MPCA-GP的发酵过程分阶段软测量建模方法

t h e f i r s t p r i n c i p a l c o mp o n e n t c o n t i r b u t i o n r a t e i s u s e d a s t h e i n d e x t o i mp l e me n t t h e p h a s e p a r t i t i o n i n g . A me t h o d t h a t
( C o l l e g e o f I n f o r ma t i o n S c i e n c e& T e c h n o l o g y , B e i j i n g U n i v e r s i t y f o C h e m i c a l T e c h n o l o g y , B e i j i n g 1 0 0 0 2 9 , C h i n a )
j u d g e s t h e m a x i mu m p o s t e r i o r i p r o b a b i l i t y o f s t a t i s t i c i s u s e d t o r e a l i z e t h e p h a s e r e c o g n i t i o n . V a r i o u s s t a g e d t r a i n —
训练样本集分别 建立基于高斯过程 的分 阶段软测量模 型并实现测试样本 的模 型预估 。实验结果表 明所提方法具有较好 的预测
精度 。
关键词 :高斯过程 ; 软测量 ; 分 阶段 建模 ; 发酵过程
中 图分 类 号 : T P 2 7 3 文献 标 识 码 : A 国家标准学科分类代码 : 1 2 0 . 3 0
基于PSO-ANN逆的发酵过程软测量建模

基于PSO-ANN逆的发酵过程软测量建模黄丽;孙玉坤;黄永红;嵇小辅;王博【摘要】针对发酵过程中一些关键生化参量难以通过常规仪表实时测量,而制约发酵生产过程优化控制的问题,提出一种基于粒子群神经网络逆(PSO-ANN逆)的发酵软测量建模方法,以青霉素发酵过程为背景,首先建立其虚拟予系统数学模型,并构建发酵过程逆模型;其次,提出PSO-ANN逆的软测量实现方法,以克服解析法逆运算的复杂性甚至难于实现的问题;最终构建PSO-ANN逆软测量模型,并进行试验及仿真.结果表明:该软测量建模方法能够将机理建模与数据驱动建模方法相结合,充分利用对象模型的先验知识和经验数据,有效解决了青霉素发酵过程中不可在线测量的关键参量实时测量难题,其训练和测试误差分别达到0.037 2和0.046 1,模型具有较高的预测精度和较强的预测能力.%To solve the difficulty of measuring the key biological parameters on line by conventional instruments, a soft sensor modeling method was proposd based on PSO-ANN inversion to realize optimal control in biological fermentation. The mathematical model of assumed subsystem for penicillin fermentation was established to give the inverse model of fermentation. To solve the complex operation of inversion, the soft sensor method based on PSO-ANN inversion was proposed. The PSO-ANN inverse model was finally established to complete simulation and experiments. The results show that the prior knowledge and empirical data can be entirely used by the soft sensor modeling method to measure the key parameters. The proposed model shows high precision and good performance with training error of 0.037 2 and testing error of 0. 046 1.【期刊名称】《江苏大学学报(自然科学版)》【年(卷),期】2012(033)003【总页数】5页(P300-304)【关键词】发酵;软测量;粒子群;逆系统;建模【作者】黄丽;孙玉坤;黄永红;嵇小辅;王博【作者单位】江苏大学电气信息工程学院,江苏镇江212013;南京工程学院,江苏南京211167;江苏大学电气信息工程学院,江苏镇江212013;江苏大学电气信息工程学院,江苏镇江212013;江苏大学电气信息工程学院,江苏镇江212013【正文语种】中文【中图分类】TP18发酵过程是一个高度非线性、时变、多变量、强耦合的复杂生化反应过程.由于包含生命体的生长繁殖,内部机理非常复杂.一些直接反映发酵过程品质的关键参量难以通过传统测量方法实时检测,成为制约发酵过程优化控制的瓶颈问题,严重影响生物反应过程的自动化生产.这些参量常需经实验室离线取样分析,数据测量值受取样间隔影响,滞后大,特别是实际操作中取样易引起发酵染菌[1].采用软测量方法是解决上述参量实时测量问题的有效途径.文献[2-4]均利用各种软测量建模方法对发酵过程关键参量测量展开研究,但这些方法大都基于数据驱动软测量构建模型,属于“黑箱”建模,模型精度过多依赖于样本数据;若能够将发酵机理和数据驱动软测量建模方法有效结合起来,构建基于机理的“灰箱”软测量模型,既可避免完全基于发酵机理建模的复杂性,又可发挥数据驱动软测量建模结构简单、易实现的优点.文中拟将软测量技术运用于发酵过程中关键参量的实时测量,提出一种将逆系统、粒子群算法和神经网络相结合的建模方法,构建基于粒子群神经网络逆(particle swarm optimization artificial neural network inversion,PSO-ANN逆)的软测量模型,并进行青霉素发酵过程关键参量软测量的测试仿真.1 数学模型及可逆性分析对如青霉素发酵这样的生化过程,要想建立精确的数学模型是非常困难的.Constantinides等学者先后用各种方法建模,由R.Bajpai和M.Reuss于1980年建立的青霉素模型被公认为最能反映发酵过程宏观特性的动力学模型[5-6],其灰箱模型如下:式中:ρX,ρS,ρP分别为菌体、基质和产物的质量浓度,g·L-1;V 为发酵液体积,L;c L,c(CO2),c(H+)分别为溶解氧、二氧化碳和氢离子浓度;f cs,f gl,f as,f co,f w分别为玉米浆、葡萄糖、硫酸铵、玉米油和纯化水的流加速率.比生长率μ和μPP,B及转移系数K la分别表示为其他参数均视为常数,符号含义与文献[5]一致.令 x=[x1,x2,x3,x4,x5,x6,x7]T=[ρX,ρS,ρP,c L,c(CO2),c(H+),V]T,u=dd V t,则式(1)中,x4,x5,x6,x7为可用物理或化学传感器测得的量,而x1,x2,x3为不直接可测量,为实现其实时检测,建立软测量模型.假设在原生化反应过程内存在一个虚拟子系统,该系统以x1,x2,x3 为输入,x4,x5,x6,x7 为输出,其逆系统就是所要建立的软测量模型.记z=[z1,z2,z3]T=[x7,x4,x6]T,x^= [x1,x2,x3]T,由式(1)并结合文献[7]建模方法,可构建虚拟子系统模型为其中:由于,则此虚拟子系统可逆,其逆模型为式(11)即为基于发酵机理的软测量模型,可实现对^x的软测量.2 基于PSO-ANN逆的软测量模型为避免逆系统(11)解析逆的求解困难,采用粒子群[8-10]优化神经网络(PSO-ANN)并与逆系统复合,构建PSO-ANN逆软测量模型,如图1所示.根据式(11),该模型有17个辅助变量,3个主导变量,其中,[u1,u2,u3,u4,u5]T=[f cs,f gl,f as,f co,f w]T,^x1,^x2,^x3分别为ρX,ρS,ρP 的软测量值.图1 基于PSO-ANN逆的青霉素发酵软测量模型粒子群算法(PSO)于1995年由 Kennedy和Eberhart博士提出,其概念源于对鸟群和鱼群捕食行为的研究.假设在一个D维目标搜索空间中,有m个粒子组成一个群落,每个粒子被视为搜索空间中的一点,并以一定速度飞行.x i=(xi1,xi2,…,xiD)为粒子当前位置;p i=(pi1,pi2,…,piD)为个体极值;p g=(pg1,pg2,…,pgD)为全局极值;粒子速度为 v i=(vi1,vi2,…,viD).粒子根据以下方程更新速度和位置:式中:i=1,2,…,m;k=1,2,…,K max(K max为最大迭代次数);d=1,2,…,D;c1,c2为非负常数;r1,r2为服从均匀分布的两个独立随机数;ω为惯性权重.PSO-ANN逆模型中的神经网络(ANN)采用应用最为广泛的BP网络,但标准BP网络收敛速度较慢,易陷入局部极小值,泛化性能较差.PSO算法通过群体中粒子间的合作与竞争来搜索全局最优解.将BP网络的权值和阈值映射为一群粒子x i=[˜ω,θ]i.每个粒子的维数表示网络中起连接作用的权的数量与网络阈值数量之和.用PSO算法训练神经网络,可以充分发挥其全局寻优能力和局部快速收敛优势.粒子在权值和阈值空间内移动搜索使得神经网络输出层误差最小,根据图2步骤实现PSO-ANN逆模型中˜ω,θ的参数选择.图2 PSO-ANN逆软测量模型参数优化流程图3 试验与仿真青霉素发酵试验各批次发酵时间180~200 h不等,罐压保持在0.04~0.06 MPa,温度控制在25±0.5℃,电机转速为120 r/min.由流量传感器、溶氧电极、CO2气敏电极、[H+]玻璃电极等以30 min一次的速率采集玉米浆、葡萄糖、硫酸铵、玉米油和纯化水的流加速率,以及溶解氧、CO2、[H+]浓度等数据.对于所需的各阶导数数据,采用五点数值求导法计算获得.每4 h离线取样一次发酵液,通过实验室分析测定获得发酵过程中菌体、基质和产物质量浓度.共采集10个批次,460组数据,剔除32组有明显误差的数据,剩余428组数据用作软测量建模仿真验证.经数字滤波、归一化处理后,将数据分为2部分,其中90%作为软测量模型训练样本集,其余10%作为测试样本集.根据图1建立青霉素发酵PSO-ANN逆软测量模型.经过反复训练最终确定BP网络采用17-29-1的拓扑结构.为了对比该软测量模型性能,用ANN逆软测量模型和PSO-ANN软测量模型分别对相同样本预测输出情况.其中PSO-ANN软测量模型输入量为c(H+)、c(CO2)、c L 和 f gl,网络结构为 4-7-1.预测结果如图3-5所示.比较可得,图3的软测量值能更好地跟踪试验值,拟合程度优于图4,说明采用PSO算法优化后的网络性能优于单纯的神经网络,可避免局部最优等问题,提高神经网络的泛化和学习能力;图5相对于图3、图4而言,虽然预测趋势与实际发酵过程基本相符,但预测值与试验值偏离较大,说明基于纯数据驱动的“黑箱”软测量模型在预测精度和泛化能力上略低于基于发酵反应过程机理的“灰箱”软测量模型精度,这表明PSO-ANN逆软测量模型由于包含有发酵过程机理,能充分利用对象模型的先验知识,再结合经验数据,更能反映实际发酵过程,因此软测量精度更高、预测能力更强,所以文中对发酵过程的软测量建模着眼于对象内部机理,而不是纯粹数据驱动方法.表1为不同软测量模型下的产物浓度均方根误差(RMSE)对比,从表中可以清楚地看到,PSO-ANN逆软测量模型下训练和测试误差分别为0.037 2和0.046 1,均小于其他两种软测量模型下的误差,这也充分说明PSO-ANN逆软测量模型有较高的预测精度和较强的预测能力.表1 软测量模型误差对比RMSE PSO-ANN逆软测量模型训练样本RMSE 测试样本0.037 2 0.046 1 ANN逆 0.048 3 0.059 2 PSO-ANN 0.058 7 0.063 94 结论1)根据青霉素发酵过程的动力学方程,可构建发酵过程虚拟子系统数学模型.2)研究虚拟子系统的可逆性,将发酵过程机理与试验样本结合,提出用PSO-ANN 逆构造虚拟子系统逆的软测量方法.3)PSO-ANN逆软测量模型,采用PSO算法优化选取ANN模型参数,避免了网络易陷入局部最优的缺陷,提高了ANN模型的泛化能力和学习能力.4)仿真结果表明,所构建PSO-ANN逆软测量模型,由于充分利用对象模型的先验知识和经验数据,互相取长补短,克服了各自的局限性.因此该软测量模型更加完善,相对于单纯数据驱动的软测量模型,具有更高的学习精度、更准确的预测能力和更强的泛化能力,可实现青霉素发酵过程关键参量的实时测量.参考文献(References)【相关文献】[1]郑琦,卢卫红,辛平,等.生物传感器在环境监测和发酵工业中的应用[J].仪器仪表学报,2006,27(12):1746-1748.Zheng Qi,Lu Weihong,Xin Ping,et al.Applications of biosensor in environmental monitoring and fermentation industry[J].Chinese Journal of Scientific Instrument,2006,27(12):1746-1748.(in Chinese)[2]杨强大,王福利,常玉清.基于改进BP神经网络的菌体浓度软测量[J].控制与决策,2008,23(8):869-873.Yang Qiangda,Wang Fuli,Chang Yuqing.Soft sensor of biomass based on improved BP neural network[J].Control and Decision,2008,23(8):869-873.(in Chinese) [3]黄丽,孙玉坤,嵇小辅,等.基于CPSO与LSSVM融合的发酵过程软测量建模[J].仪器仪表学报,2011,32(9):2066-2070.Huang Li,Sun Yukun,Ji Xiaofu,et al.Soft sensor modeling of fermentation process based on the combination of CPSO and LSSVM[J].Chinese Journal of Scientific Instrument,2011,32(9):2066-2070.(in Chinese)[4]刘国海,周大为,徐海霞,等.基于SVM的微生物发酵过程软测量建模研究[J].仪器仪表学报,2009,30(6):1228-1232.Liu Guohai,Zhou Dawei,Xu Haixia,et al.Soft sensor modeling using SVM in fermentation process[J].Chinese Journal of Scientific Instrument,2009,30(6):1228-1232.(in Chinese)[5]Birol Gülnur,Ündey Cenk,Çinar Ali.A modular simulation package for fed-batch fermentation:penicillin production[J].Computer and Chemical Engineering,2002,26(11):1553-1565.[6] Bajpai R,Reuss M.A mechanistic model for penicillin production[J].Journal of Chemical Technology and Biotechnology,1980,30:332-344.[7] Dai Xianzhong,Wang Wancheng,Ding Yuhan,et al.“Assumed inherent sensor”inversion based ANN dynamic soft-sensing method and its application in erythromycin fermentation process[J].Computers and Chemical Engineering,2006,30(8):1203-1225.[8] Eberhart Russell C,Shi parison between genetic algorithms and particle swarm optimization[C]∥Proceedings of the Seventh Annual Conference on Evolutionary Programming.San Diego:[s.n.],1998:611-616.[9]张春晓,张涛.基于最小二乘支持向量机和粒子群算法的两相流含油率软测量方法[J].中国电机工程学报,2010,30(2):86-91.Zhang Chunxiao,Zhang Tao.Soft measurement method for oil holdup of two phase flow based on least squares support vector machine and particle swarm optimization[J].Proceedings of the CSEE,2010,30(2):86-91.(in Chinese) [10] Ababneh J I,Bataineh M H.Linear phase FIR filter design using particle swarm optimization and genetic algorithms[J].Digital Signal Processing,2008,18(4):657-668.。
基于阶段识别的诺西肽发酵过程软测量建模

关键词 :阶段识别 ;K均值聚类 ;神经网络 ; 软测量 ; 发酵
中 图分 类 号 : P 7 T 24 文献 标 识 码 : A 国家 标 准 学科 分 类 代 码 : 2 .0 10 3
Ph s de tfc to s d s f e s r m o ei g i she tde a e i n iia i n ba e o ts n o d ln n No i p i
留。针对诺 西肽发酵过程 中关键生化参数难 以在线测量 的问题 , 出了一种 基于阶段识 别的软测量 建模方法 。利用诺西肽发 提
酵过程 的非结构模型状态方程 , 根据 隐函数存 在定 理确定出辅助变量 , 利用 K均值 聚类算法 进行 阶段识 别 , 并 根据识别结果对 现场数据进行分类 , 然后采用多个神 经 网络分别 构建 出对 应于 各个 阶段 的局部 软测量 模 型。实验 结果验 肽发 酵 过 程 软 测 量 建模 木
杨 强大 王 福利 ,常 玉清 , ,
( 东北大学信息科学与工程学 院 1 沈阳 100 ; 10 4 沈阳 100 ) 10 4 2 东北 大学流程 工业 综合 自动化教育部重点实验 室
摘
要 : 西 肽 是 一 种 含 硫 多 肽 类 抗 生 素 , 抗 生 素 是 一 种 优 良 的 非 吸 收 型 饲 料 添 加 剂 , 能促 进 动 物 生 长 且 在 动 物 体 内无 残 诺 该 它
N r e t nU i rt, hn ag10 0 C i ) o hae nv sy Sey n 1 04, hn t s r ei a
Absr c :No i p i e,a n v lt p fs lu - o t i i g p p i e a t ois,i e f c n- s i ltd f e d - ta t she td o e y e o u f rc n a n n e td n i tc bi sa p re ta a smiae e d a di t e,wh c a o t n ma r wt t o tr sd li ni l b d . A o e s r mo e i t d b s d n i v ih c n prmoe a i lg o h wi u e i ua n a ma o y h sf s n o d l t ng meho a e o p a e i e tfc t n i r p s d t ov h i i u te fc u ilb o he c lpa a t ro i eme s r me ti s h s d ni a i sp o o e o s le t e d f c liso r c a i c mi a r mee n- n a u e n n No - i o l - i p i e fr n a o r c s .F rty.u i g t e sae e ai n sa ls d frNo i e i ef r n ai n p o e s,t he td e me tt n p o e s isl i sn h tt qu to se t b ihe o sh ptd e me t t r c s he o s c n a y v ra e r ee t d a c r i g t h mplctf n to xse c h o e e o d r a iblsa e s l ce c o d n o te i ii u ci n e it n e t e r m.Th n,k- a scu t rn g - e me n lse g a o i l rt m su e o ha e ie tf ai n,a d t e fed d t r l si e c o d n o t d n i c t n r s t .L sl i h i s d frp s d n i c to n l aa a e c a sf d a c r i g t he i e tf a i e ul i h i i i o s at y, a s f e o d li e eo d,wh c o it fmutp e l c e r ln t r d l o s nsr mo e s d v lpe t ih c nsss o l l o a n u a ewok mo es,o e fr e c h s .Te t i l n o a h p a e s r s t h w e efc ie e so e pr s n e p r a h e ul s o t fe t n s ft e e t d a p o c . s h v h Ke r s:ph s d n fc t n;k- a scuse i y wo d a e i e t ai i i o me n l trng;n u a ewo k;s f e s r em e tto e r nt r l o s n o ;f r n ai n t
基于改进布谷鸟算法-BP神经网络的松茸发酵过程软测量建模

基于改进布谷鸟算法-BP神经网络的松茸发酵过程软测量建模朱湘临;宋彦;王博;丁煜函;朱莉;姜哲宇;陈威【摘要】针对松茸发酵过程中关键参量难以实时在线检测的难题,提出了一种基于改进布谷鸟算法(CS)与改进BP神经网络(BPNN)相结合的松茸菌丝生物量软测量建模方法;首先采用两阶段动态发现概率法对传统CS进行改进,平衡CS的全局搜索与局部搜索能力;然后引入附加动量和动态调整学习率对BPNN进行改进,提高BPNN参量的修正精度;最后,通过CS算法获取BPNN的初始权值和阈值,并由权值修正公式(附加动量与动态学习率相结合)对权值进行动态修正;仿真结果表明,改进的CS-BPNN软测量模型在预测精度提高了6%以上,能够实现松茸发酵过程实时在线测量的需求.【期刊名称】《计算机测量与控制》【年(卷),期】2019(027)005【总页数】5页(P39-43)【关键词】松茸;布谷鸟算法;软测量;BP神经网络【作者】朱湘临;宋彦;王博;丁煜函;朱莉;姜哲宇;陈威【作者单位】江苏大学电气信息工程学院,江苏镇江212013;江苏大学电气信息工程学院,江苏镇江212013;江苏大学电气信息工程学院,江苏镇江212013;江苏大学电气信息工程学院,江苏镇江212013;江苏大学电气信息工程学院,江苏镇江212013;无锡太湖水务有限公司,江苏无锡214000;江苏大学电气信息工程学院,江苏镇江212013【正文语种】中文【中图分类】TP30 引言松茸作为一种珍贵的食药两用真菌,因其自身特有的抗肿瘤、抗衰老、改善免疫系统功能等功效而大受人们喜爱[1]。
随着我国对松茸需求量的日益增大,传统的培养方式已远远不能满足人们对松茸的需求。
松茸液态深层发酵和其他传统生产方式相比,具有菌丝体生长周期短、产量高、污染小等优越性,并且通过液体深层发酵获得的菌丝体在营养价值上与野生子实体相近。
然而,由于发酵过程的高度时变性和不确定性,目前,关键生物参量还难以实时在线测量。
隐马尔可夫模型的步骤

隐马尔可夫模型的步骤
隐马尔可夫模型(HiddenMarkovModel)是一种描述序列数据的统计模型。
它的应用范围很广,例如语音识别、自然语言处理、生物信息学等领域。
下面是隐马尔可夫模型的步骤:
1. 确定模型参数:隐马尔可夫模型包括状态转移概率矩阵A、发射概率矩阵B和初始状态概率向量π。
这些参数需要通过训练数据进行估计。
2. 确定观测序列:观测序列是模型要处理的数据,通常用符号序列表示,例如语音信号的频率、文本中的单词等。
3. 定义状态空间:状态空间是指模型中所有可能的状态的集合。
每个状态都对应着一个观测值或一组观测值。
4. 确定状态转移概率矩阵A:状态转移概率矩阵A描述了模型中状态之间的转移概率。
对于每个状态,它可以转移到自身或其他状态。
通过训练数据,可以估计出不同状态之间的转移概率。
5. 确定发射概率矩阵B:发射概率矩阵B描述了模型中每个状态产生观测值的概率。
对于每个状态,它可以产生不同的观测值。
通过训练数据,可以估计出每个状态产生不同观测值的概率。
6. 确定初始状态概率向量π:初始状态概率向量π表示模型开始时处于不同状态的概率。
通过训练数据,可以估计出模型开始时处于不同状态的概率。
7. 应用模型:在得到模型参数后,可以用隐马尔可夫模型进行预测。
给定一个观测序列,可以通过模型计算出最可能的状态序列。
这可以用于语音识别、手写识别、自然语言处理等领域。
以上是隐马尔可夫模型的步骤,通过这些步骤可以建立一个可以处理序列数据的统计模型,并应用于不同领域的实际问题中。
一种基于快速成分迁移学习的发酵过程软测量建模方法[发明专利]
![一种基于快速成分迁移学习的发酵过程软测量建模方法[发明专利]](https://img.taocdn.com/s3/m/5e96f708cec789eb172ded630b1c59eef8c79ae8.png)
专利名称:一种基于快速成分迁移学习的发酵过程软测量建模方法
专利类型:发明专利
发明人:刘毅,戴云,朱佳良
申请号:CN202111633686.4
申请日:20211228
公开号:CN114334024A
公开日:
20220412
专利内容由知识产权出版社提供
摘要:本发明公开了一种基于快速成分迁移学习的发酵过程软测量建模方法,包括以下步骤:1)获取青霉素数据;2)青霉素数据的预处理以及数据集划分;3)适配源域和目标域的边缘分布;4)建立基于正则化极限学习机的软测量模型;5)模型表现评估。
本发明基于迁移成分分析方法,减小了源域和目标域的特征分布距离,使得两组数据的特征分布相似。
随后采用正则化极限学习机方法在映射后的源域数据上建立软测量模型,并预测目标域青霉素的浓度。
申请人:浙江工业大学
地址:310014 浙江省杭州市拱墅区朝晖六区
国籍:CN
代理机构:杭州浙科专利事务所(普通合伙)
代理人:汤明
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隐Markov模型在生物信息中的应用及其算法的改进的开题报告

隐Markov模型在生物信息中的应用及其算法的改进的开题报告题目:隐Markov模型在生物信息中的应用及其算法的改进摘要:隐Markov模型(Hidden Markov Model,HMM)是一种常用的分类和预测方法,在生物信息学领域也有广泛的应用。
本文将介绍隐Markov模型的基本原理和生物信息学中的应用,探讨现有算法的局限性及改进方向,提出一种改进的算法,并通过实验验证其性能的提升。
关键词:隐Markov模型;生物信息学;分类;预测;算法改进一、背景隐Markov模型(HMM)是一种基于概率论的统计模型,最早由S.E. K. Dealer和A. Baumberg于1974年提出,用于语音识别和自然语言处理。
隐Markov模型在计算机科学、信号处理、统计学、物理学、生物信息学等领域有广泛的应用。
隐Markov模型是一个包含隐藏状态的模型,它的输出只能由概率计算得出。
在隐Markov模型中,由一些状态连接一些输出。
状态之间的转移和输出的选择都是基于概率的。
因此,隐Markov模型可以描述一个过程,这个过程是在给定一些输入的情况下进行的,这些输入可能是有噪声的。
因此,隐Markov模型可以用于识别和预测,尤其是在有时序性、结构复杂的数据上,表现出了很好的效果。
生物信息学是应用计算机科学和数学工具研究生命科学问题的一门学科。
生物信息学中的任务包括DNA序列比对、蛋白质结构预测、基因定位和功能预测等。
隐Markov模型在生物信息学中的应用包括蛋白质和DNA序列的分类和识别、生物通路分析、基因和蛋白质结构的预测等领域。
二、研究内容本文将介绍隐Markov模型的基本原理和在生物信息学中的应用,重点探讨现有算法的局限性及改进方向,提出一种改进的算法,并通过实验验证其性能的提升。
具体内容如下:(1)隐Markov模型的基本原理介绍隐Markov模型的定义、状态转移概率、输出概率等基本概念,以及隐Markov模型的三个基本问题:概率计算问题、精确匹配问题和状态路径问题。
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1 ≤i ≤N, ( 2) π i = P ( q1 = S i ) , 式中: π i 为在 t = 1 时刻处于状态 S i 的概率. 2) A = [ a ij] 其分量为 N × N 为态转移概率矩阵, a ij = P ( q t + 1 = S j | q t = S i ) , 1 ≤i , j≤N, 式中: a ij 为从状态 S i 转移到 S j 的概率. 矩阵, 其分量为
q1 , q2 , …, qt - 1
max
P ( q1 , q2 , …, qt , qt = ( 5)
Si , o1 , o2 , …, o t | λ) , 然后进行如下 3 步: 1 ) 初始化, 即 δ1 ( i ) = π i b i ( o1 ) ; 2 ) 递归, 即 δ t ( j) = max( δ t - 1 ( i) a ij b j ( o t ) ) ;
3 ) 终结, 即 P ( O | λ ) = max( δ T ( i) ) .
i
2
基于 CHMM 的软测量建模
参数重估公式修正 在 CHMM 的实际应用中, 需要解决 模 型 参 数
430
江苏大学学报( 自然科学版)
参数重估公式修正为
K k ξ1 ( i ) ∑ k =1
第 32 卷
A, B} 的训练问题, 经典 BaumWelch 算法是 λ = { π, 常用的一种 CHMM 学习算法, 其中参数重估公式是 假定在一个观测矢量序列条件下推导出来的
M M
( 3)
3) B = [ b i ( o t) ] N × T 为观测矢量概率密度函数 bi ( ot ) = exp c im b im ( o t ) ∑ m =1 c im ∑ m =1 1 2 πU im 槡
=
× ( 4)
,
{
近年来又成功运用在机械故障诊断领域[7 - 8], 逐渐 成为了模式识别领域的主要研究方向. HMM 根据 观测序列的不同分为 2 类: 离散 HMM ( DHMM ) [5] 和连续 HMM( CHMM) [9]. 文中拟综合考虑生物发酵过程的时序性与多模 型建模方法, 提出一种基于 CHMM 的生物发酵过程 关键状态变量软测量方法; 研究多观测样本序列的 CHMM 软测量模型参数训练方法, 并对传统 BaumWelch 参数重估公式进行修正; 将所提方法应用于 红霉素发酵过程菌体质量浓度软测量, 并与 ANN 软 测量建模方法做对比仿真试验.j Nhomakorabea1
CHMM 基础理论
CHMM 是一种用于描述随机过程概率统计特
性的概率分类统计模型, 它由 Markov 链演变而来. 其基本要素是一系列可相互转移的有限隐状态集 合, 记为 S = { S1 , S2 , …, SN } , 这些状态的转移可间 接地通过观测矢量序列( 记为 O = [ o1 , o2 , …, oT ] ) 来描述. CHMM 建模方法通过样本在模型内的输出概 2. 1
[5 - 6 ]
P( O | ∑ Q
Q, λ) =
∑
( π q1 b q1 ( o 1 ) ) ( a q1 q2 b q2 ( o 2 ) ) … ( a q T - 1 q T × bqT ( oT ) ) . ( 1)
式 1 中的各子项, 意义如下所述:
T 1) π = [ …, π1 , π2 , π N] 为初 始 概 率 分 布 向 量, 其分量为
- ( o t - μ im ) Τ ( o t - μ im ) , 2 U im
}
式中: b i ( o t ) 为状态 S i 时输出观测矢量 o t 的概率密 度函数, 通常采用混合高斯概率密度函数表示; M 为混合高斯数; c im ,μ im , U im 分别为状态 S i 中第 m 列 混合高斯 密 度 的 混 合 权 重, 均值向量和协方差矩 阵[10]. CHMM 模型可以简记为 λ = { π, A, B} . 建模时, 输出概率 P ( O | λ ) 可由 Viterbi 算法[5] 实现. 首先定义 δ t ( i ) 为 t 时刻沿一条路径 q1 , q2 , …, q t ( 且 q t = S i ) 产生 o1 , o2 , …, o t 的最大概率, 即 为 δ t ( i) =
第4 期
刘国海等: 基于连续隐 Markov 模型的发酵过程关键状态变量软测量
生物发酵过程是一复杂、 不确定的非线性动态
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率来衡量样本到模型的相似度. 设 t 时刻 Markov 链 所出状态为 q t , q t ∈ { S1 , S2 , …, S N } . 观测矢量序列 O 在模型 λ 内的输出概率 P ( O | λ ) 为在模型 λ 条件 q1 , q2 , …, q T] 下观测矢量序列 O 和状态序列 Q = [ 同时发生的联合概率, 即为 P( O | λ) =
q1 , q2 , …, qT
过程, 菌体质量浓度是其中一个关键状态变量, 由于 实际工艺技术和成本等原因, 难以进行在线精确测 量, 一般是通过离线分析得到. 但离线分析方法采 数据滞后大, 难以满足发酵过程监测 样间隔时间长、 和控制要求
[1 ]
. 近年来, 软测量技术以其能实现对
不可测 或 难 测 变 量 在 线 估 计 的 优 势 而 被 广 泛 应 用[2 - 4]. J. C. B. Gonzaga 等[2]介绍了基于人工神经 网络( artificial neural networks, 简称 ANN ) 的软测量 建模方法及其应用, 但是该方法仍然存在收敛速度 慢、 过拟合和难以确定隐层神经元个数的缺点. 基 于回归分析的软测量建模方法是一种经验建模方 然 法, 其中部分最小二乘法( PLS ) [3]最为广泛应用, 而 PLS 算法本质上是一种线性方法, 因此只能适用 于线性对象或弱非线性对象. Li Yonggang 等[4] 介 绍了基于 SVM 的软测量建模方法及其应用, 但对于 非线性比较强的系统, 该方法存在算法计算量大和 难以进行在线训练的问题. 然而, 这些软测量建模方 法仍存在一个共同的不足点, 那就是都无法实现对 时序事件序列进行建模. 隐 Markov 模型( HMM) 是一种可用于动态过程 时间序列建模的概率统计模型. HMM 创建于 20 世 纪 70 年代, 随后被广泛应用于语音识别领域
Abstract: To solve the online detection difficulty of the key state variables in fermentation process with instruments, a soft sensing modeling method which was based on continuous hidden Markov model ( CHMM) was proposed. In order to improve the robustness of CHMM,multiobservation training sample sequences were adopted to train the CHMM, and the modified BaumWelch parameters revaluation formula was used to optimize the parameters of CHMM. The new observation vector was inputed into the CHMM model library,and the emission probability of each CHMM in the model library was calculated by Viterbi algorithm. The soft sensing result was obtained by computing the weighted average. The proposed modeling method was applied to the soft sensing modeling of cell concentration in the erythromycin fermentation process. The modeling and simulation were also complished. The results show that the CHMM soft sensing model has high prediction accuracy of cell concentration for fermentation process,which is better than that of artificial neural networks soft sensing model. Key words: fermentation process; biomass concentration; soft sensor; continuous hidden Markov model; modeling method
Soft sensing of key state variables based on continuous hidden Markov model for fermentation process
Liu Guohai,Jiang Xingke,Mei Congli
( School of Electrical and Information Engineering,Jiangsu University,Zhenjiang,Jiangsu 212013 ,China)
收稿日期: 2010 - 06 - 10 基金项目: 国家 “863 ” 计划项目 ( 2007AA04Z179 ) 作者简介: 刘国海( 1964 —) , 男, 江苏高邮人, 教授, 博士生导师( ghliu@ ujs. edu. cn) , 主要从事电机控制、 生物发酵控制等研究. 江兴科( 1985 —) , 男, 福建龙岩人, 硕士研究生( jxk85@ 126. com) , 主要从事生物发酵软测量建模研究.