甲基化综述
DNA甲基化的总结
DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶(DNMTs)的催化下,将甲基基团转移到胞嘧啶碱基上的一种修饰方式。
它主要发生在富含双核苷酸CpG岛的区域,在人类基因组中有近5万个CpG岛[5]。
正常情况下CpG岛是以非甲基化形式(活跃形式)存在的，DNA甲基化可导致基因表达沉默。
DNMTs的活性异常与疾病有密切的关系,例如位于染色体上的DNMT3B基因突变可导致ICF综合征。
有报道[6]表明，重度女性侵袭性牙周炎的发生与2条X染色体上TMP1基因去甲基化比例增高有关。
DNMT基因的过量表达与精神分裂症和情绪障碍等精神疾病的发生也密切相关。
风湿性疾病等自身免疫性疾病特别是系统性红斑狼疮(SLE)与DNA甲基化之间关系已经确定[7]，在SLE病人的T细胞发现DNMTs活性降低导致的异常低甲基化。
启动子区的CpG岛过度甲基化使抑癌基因沉默,基因组总体甲基化水平降低导致一些在正常情况下受到抑制的基因如癌基因被激活[8],都会导致细胞癌变。
甲基化作用是转录水平上表达调控的基本方式之一。
由于宿主细胞基因组DNA中不同位点的甲基化程度存在某种平衡，并形成一定的空间结构特点。
一旦转基因的整合破坏了这种平衡及空间特征，破坏后的结构便成为宿主基因组防御系统识别的信号，使新整合的DNA 序列发生不同程度的甲基化，甲基化基因序列则通过抑制甲基化DNA结合蛋白(MeCP2)的结合而抑制转录的顺利进行Ⅲo。
在拟南芥中发现了DNA甲基化可以导致基因沉默汹埘]。
在基因沉默过程中，外源或内源性信号引起部分DNA序列中CpG的甲基化，甲基化CpG结合域蛋白2(MeCP2)结合到甲基化的胞嘧啶上聚集HDACs使组蛋白去乙酰化，该蛋白与去乙酰化的组蛋白通过聚集更多的DNA甲基转移酶来加强沉默信号，从而引起基因沉默H⋯。
⋯。
DNA甲基化对染色质结构和基因表达的作用很可能是通过一组蛋白介导的，这些蛋白可能含有共同的高度保守的甲基化的CpG结合结构域(MBD)L45 J。
甲基化特点-概述说明以及解释
甲基化特点-概述说明以及解释1.引言1.1 概述概述：甲基化是一种重要的表观遗传学修饰方式，指的是DNA分子上的甲基基团与蛋白质相互作用，通过改变DNA的结构和功能来影响基因的表达。
甲基化在生物学中扮演着至关重要的角色，可以影响细胞的分化、发育和疾病的发生。
本文将重点介绍甲基化的定义、在生物学中的重要性以及甲基化的机制，旨在加深对这一重要生物学现象的认识。
1.2 文章结构文章结构部分的内容应该包括对整篇文章的组织和内容安排进行介绍。
在这个部分，我们可以简要说明本文分为引言、正文和结论三个部分，每个部分包含几个小节，以及各个小节的主要内容和要点。
同时也可以提及文章的主题和独特性，以引起读者的兴趣。
具体内容可以包括：本文共分为引言、正文和结论三个部分。
引言部分主要介绍了甲基化的概念和背景，以及本文的研究目的和意义。
正文部分涵盖甲基化的定义、在生物学中的重要性和甲基化的机制三个主要话题，详细介绍了甲基化在基因表达和细胞分化中的作用。
结论部分对整篇文章进行了总结，强调了甲基化的特点和在疾病中的作用，同时展望了未来的研究方向。
通过本文的阐述，读者将对甲基化的重要性和机制有更深入的了解，同时也能够了解到甲基化在疾病中的可能作用，为未来的研究提供了一定的参考和展望。
1.3 目的:本篇文章的目的在于探讨甲基化的特点，深入探讨甲基化在生物学中的重要性以及其机制。
通过对甲基化的定义和相关知识的介绍，使读者对甲基化有更深入的了解。
同时，通过对甲基化在疾病中的作用和未来研究方向的展望，拓展对甲基化在生物学领域中的应用和研究价值的认识，为未来相关研究提供启示和参考。
希望通过本文的深入探讨，能够进一步促进甲基化研究领域的发展，为生物学领域的进步和发展提供新的思路和方向。
2.正文2.1 甲基化的定义:甲基化是一种生物化学反应，指的是DNA分子上甲基基团的添加。
甲基基团是由一个碳原子和三个氢原子组成的小分子，通过DNA甲基转移酶酶的作用，可以将甲基基团加到DNA的嘌呤或嘧啶碱基上。
线粒体DNA甲基化的研究进展
线粒体DNA甲基化的研究进展线粒体是细胞内的重要器官，它主要负责细胞内能量的生产，维持细胞正常的代谢活动。
线粒体DNA（mtDNA）在人类遗传和疾病中起着重要作用。
过去，人们通常认为线粒体DNA相对稳定，但近年来的研究表明，线粒体DNA也会受到一定的甲基化修饰。
线粒体DNA 的甲基化过程对细胞内能量代谢、氧化磷酸化和疾病发生发展有着重要的影响。
本文将对线粒体DNA甲基化的研究进展进行综述。
一、线粒体DNA甲基化的发现线粒体DNA甲基化是近年来的研究热点之一。
1997年，张玉宇等人首次报道了线粒体DNA存在甲基化修饰，证实了线粒体DNA也可以发生甲基化。
而早在1970年代，就有研究者观察到了线粒体DNA存在着甲基化的现象，但长期以来线粒体DNA甲基化研究一直处于较为初步的阶段。
二、线粒体DNA甲基化的研究方法对于线粒体DNA的甲基化研究，研究者主要采用了甲基化敏感的酶切法、甲基化特异性的PCR分析等方法。
也可以利用高通量测序技术对线粒体DNA进行全基因组甲基化分析，更全面地揭示线粒体DNA的甲基化水平和模式。
三、线粒体DNA甲基化与疾病关系近年来，越来越多的研究表明，线粒体DNA甲基化与多种疾病的发生和发展密切相关。
线粒体DNA甲基化异常与肿瘤的发生密切相关。
研究发现，在肿瘤组织中，线粒体DNA甲基化水平普遍显著升高，而且这种升高与肿瘤的发生、发展密切相关。
线粒体DNA甲基化与糖尿病、心血管疾病等多种疾病也有着密切的关系。
研究表明，这些疾病患者的线粒体DNA甲基化水平明显异常，对疾病的发展起到了重要的调控作用。
四、线粒体DNA甲基化与细胞代谢活动线粒体DNA甲基化还与细胞内的能量代谢活动密切相关。
研究表明，线粒体DNA甲基化水平的变化会对细胞内的氧化磷酸化、呼吸链和ATP合成等过程产生明显的影响。
线粒体DNA甲基化还可能会通过影响线粒体的功能，引起线粒体功能受损、能量代谢紊乱等，并最终导致多种疾病的发生。
DNA甲基化综述
分子生物学综述题目：DNA甲基化的研究方法与技术姓名：班级：学号：摘要：DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。
随着对甲基化研究的不断深入，各种各样甲基化检测方法被开发出来以满足不同类型研究的要求。
这些方法概括起来可分为三类：基因组整体水平的甲基化检测、基因特异位点甲基化的检测和新甲基化位点的寻找。
关键字：表观遗传学；DNA甲基化；甲基化研究方法1 导言早在1942年,C.H.Waddington首次提出表观遗传学(epigenetics)的概念,并指出表观遗传与遗传是相对的,它主要研究基因型和表型的关系。
几十年后,霍利迪(R. Holiday)针对表观遗传学提出了更新的系统性论断，也就是人们现在比较统一的认识[1]，即在不改变基因组序列的前提下，通过DNA和组蛋白的修饰来调控基因表达，这种修饰以DNA甲基化最为常见。
其主要任务是绘制出人类基因组中甲基化可变位点图谱，即不同组织与疾病状态下，5-甲基胞嘧啶出现及其分布频率的图谱，以指导和系统地研究DNA甲基化在人类表观遗传、胚胎发育、基因印记、等位基因失活及肿瘤发生中的重要作用[2]。
DNA甲基化的研究，逐渐成为新的研究热点。
随着对甲基化研究的不断深入，各种各样甲基化检测方法被开发出来以满足不同类型研究的要求。
让我一一介绍现有的大部分DNA甲基化研究方法，并对其相关特性进行简要分析与总结。
DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一,可能存在于所有高等生物中。
DNA甲基化能关闭某些基因的活性，去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。
甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鸟嘌呤。
原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化，而真核生物中甲基化仅发生于胞嘧啶。
DNA的甲基化是在DNA甲基化转移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶转变为5'甲基胞嘧啶。
甲基化 白话文解释-概述说明以及解释
甲基化白话文解释-概述说明以及解释1.引言1.1 概述甲基化是一种生物化学过程，它影响着基因表达和遗传信息的传递。
在甲基化过程中，甲基基团被添加到DNA分子的碱基上，通常是胞嘧啶（C）的C5位。
这个甲基化的过程会导致DNA的化学结构发生改变，进而影响基因的活性。
甲基化在细胞发育、细胞分化和基因表达调控等生物学过程中起着重要的作用。
通过甲基化可以维持细胞的特定功能和特征，并且可以在细胞分化的过程中保持细胞记忆。
甲基化还参与了环境因素对基因表达的调控，例如甲基化变化可以受到环境因素的影响，从而导致基因的表达水平发生改变。
甲基化与遗传变异密切相关。
遗传变异是指个体间的遗传差异，它可以通过基因突变、染色体重排等方式产生。
最近的研究发现，甲基化水平的变化也可以导致个体之间的遗传差异。
这种差异可以影响个体的表型特征，并且可能与一些疾病的发生和发展有关。
总的来说，甲基化是一种重要的生物学过程，它在细胞发育、基因表达调控和遗传变异等方面发挥着关键的作用。
对甲基化的研究不仅可以增进我们对生命活动的理解，也有助于深入探索一些疾病的病因机制。
未来的研究可以进一步揭示甲基化的调控机制和影响，为人类健康提供更多的科学依据。
1.2文章结构文章结构是指文章内容的组织和布局方式。
一个良好的文章结构可以使读者更清晰地理解文章的主旨和论点。
在本文中，文章的结构包括引言、正文和结论三部分。
引言部分旨在引出文章的主题，并概述文章要讨论的内容。
其中，1.1小节将简要介绍甲基化的概念和背景，为读者提供必要的背景知识。
1.2小节将详细说明文章的结构，告诉读者接下来的内容会如何组织。
1.3小节则指明了文章的目的，旨在让读者了解作者撰写该文章的意图。
正文部分是文章的核心部分，主要讨论甲基化的定义和原理、甲基化在生物学中的重要性以及甲基化与遗传变异的关系。
2.1小节将详细介绍甲基化的定义和原理，包括甲基化是指DNA或RNA分子上的甲基基团与DNA或RNA分子中的碱基结合的过程。
DNA甲基化的总结
DNA甲基化的总结DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰，通过在DNA分子中加入甲基基团来调控基因的表达和染色质结构。
在生物体发育与生长过程中，DNA甲基化在基因表达调控以及细胞命运决定中起着关键作用。
本文将从DNA甲基化的定义、机制、调控以及在生物体中的重要作用等方面进行总结。
DNA甲基化是指在DNA分子的胞嘧啶基上加入甲基基团，从而产生5-甲基胞嘧啶（5-mC）。
DNA甲基化是一种静默性的表观遗传修饰，即当DNA分子上的一些区域进行甲基化时，这些区域的基因转录活性会被抑制，从而导致基因的表达被关闭。
DNA甲基化主要在CpG二核苷酸位点上发生，CpG岛是一种富含CpG二核苷酸的序列区域，常位于基因的启动子区域。
在正常状态下，CpG岛通常处于无甲基化状态，有利于基因的表达。
然而，一旦CpG岛发生甲基化，就会抑制基因的转录，进而影响到细胞的命运和发育。
DNA甲基化的机制主要涉及DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase，DNMT）以及DNA甲基化的相关蛋白质。
在甲基化过程中，DNMT通过转移甲基基团（CH3）到DNA分子上，从而实现DNA甲基化修饰。
而DNA甲基化的去甲基化过程则是通过DNA去甲基化酶进行，该酶能够将DNA分子上的甲基基团进行脱除。
此外，DNA甲基化修饰还与一系列调控蛋白质相互作用，形成复杂的调控网络，从而精细地控制基因的表达。
DNA甲基化的调控十分复杂，受到多种因素的影响。
首先，DNA序列本身对甲基化修饰的敏感性不同。
CpG岛通常是DNA甲基化的热点区域，而在其他部位则相对不易甲基化。
其次，环境因素也能够影响DNA甲基化的模式。
研究发现，环境因素如饮食、毒物等可以改变DNA甲基化状态，从而对基因表达产生影响。
此外，还有一些调控蛋白质与DNA甲基化直接相关，如DNA甲基转移酶和DNA去甲基化酶，它们能够对DNA甲基化修饰过程进行调节。
DNA甲基化在生物体中发挥着重要的作用。
DNA甲基化和表观遗传学必看的经典综述
DNA甲基化和表观遗传学必看的经典综述甲基化修饰是表观遗传学的经典概念，我们前⾯梳理了最新最热的科研热点RNA甲基化修饰必看的经典综述和⾼分⽂章。
应⼤家要求，今天我们来为⼤家推荐DNA甲基化需要看的经典综述，下⾯的综述的筛选标准是：时间是2016年以来，杂志的影响因⼦⼤于10分，并且尽量照顾到各个领域的研究，⽂末是综述⽂章的下载链接。
DNA甲基化修饰和对基因表达的转录调控作⽤1. 植物免疫过程中的DNA甲基化和去甲基化修饰：DNA Methylation and Demethylation in Plant Immunity.Annu Rev Phytopathol. 2016 Aug 4;54:579-603.2. 转录因⼦作为DNA甲基化的“Reader”和“Effector”：Transcription factors as readers and effectors of DNA methylation.Nat Rev Genet. 2016 Aug1;17(9):551-65.3. DNA甲基化与⼼⾎管系统疾病的风险：The Role of DNA Methylation in Cardiovascular Risk and Disease: Methodological Aspects, Study Design, and Data Analysis for Epidemiological Studies.Circ Res. 2016 Jan 8;118(1):119-131.4. 动脉粥样硬化与表观修饰（含DNA甲基化）：Epigenetics of Atherosclerosis: Emerging Mechanisms and Methods.Trends Mol Med. 2017 Apr;23(4):332-347.5. DNA甲基化与⾃闭症：The landscape of DNA methylation amid a perfect storm of autism aetiologies.Nat Rev Neurosci. 2016 Jul;17(7):411-23.6. DNA羟甲基化酶TET参与的DNA去甲基化过程：TET-mediated active DNA demethylation: mechanism, function and beyond.Nat Rev Genet. 2017 Sep;18(9):517-534.7. 表观修饰与神经退⾏性疾病：The emerging field of epigeneticsin neurodegeneration andneuroprotection.Nat Rev Neurosci. 2017 May 18;18(6):347-361.8、表观遗传学与肿瘤治疗：Targeting the cancer epigenome for therapy.Nat Rev Genet. 2016 Sep 15;17(10):630-41.9.表观遗传学修饰与肾脏⽼化：The role of epigenetics in renal ageing.Nat Rev Nephrol. 2017 Aug;13(8):471-482.10. 表观遗传学修饰与肿瘤治疗：Epigenetic Therapeutics: A New Weapon in the War Against Cancer.基⾦、课题设计、科研辅导群备注：⼊群学习从以下20个热点⼊⼿，每天给⼤家分享⼲货：1miRNA⾮经典机制11肠道菌群2lncRNA的10种机制12细胞⾃噬3circRNA13细胞焦亡、铁死亡4单细胞测序14间充质⼲细胞5转录因⼦15肿瘤⼲细胞6可变剪接16外泌体7SNP17氧化应激8泛素化修饰18调节性T细胞9组蛋⽩修饰19RNA甲基化修饰10蛋⽩激酶和磷酸酶20肿瘤微环境⽽这些研究⽅向参与疾病发⽣发展过程的分⼦机制，可以归纳总结为⼀下⼏类研究：①分⼦（DNA、RNA、蛋⽩质、⼩分⼦）的表观遗传修饰；②分⼦拷贝数的表达变化差异；③RNA分⼦的剪接加⼯、出核、细胞组织⽔平的时空变化研究；④特殊的⼀群细胞类型研究、细胞通讯微环境研究；⑤具有临床应⽤潜⼒的新技术（CRIPSR）或者载体（膜结构、细胞等）；⑥关注细胞⽣理学现象：⾃噬、凋亡、线粒体失功等；。
甲基化
[3]Preparationand performance research of a novel aminomethyl polysulphone affinity membrane孙彦伟;王兵;, 膜科学与技术, 2010,(05), 10-15
[4]Theoretical Studies on the Stacking Interactions between Methylated and Unmethylated DNA Bases 陈益山;余仕问;杨思娅;, 化学学报, 2010,(08), 739-746 [5]邢宝松,郭启祥,马强,阎祥洲,白红杰,. DNA甲基化检测方法研究进展[J]. 河南农业科 学,2007,(11). [6]田筱青,房静远,. 组蛋白甲基化研究进展[J]. 生物化学与生物物理进展,2006,(6).
2.1 DNA甲基化
DNA methylation
• 定义1：在DNA上添加甲基基团的一种化学修饰 作用。DNA甲基化状态的改变可导致基因结构和 功能异常。 (免疫学 ) • 定义2：DNA碱基上添入甲基基团的化学修饰现 象。细菌中的甲基化常发生在腺嘌呤的第6位氨 基与胞嘧啶的5位碳原子上。高等生物中的甲基 化主要是多核苷酸链的CpG岛上胞嘧啶的5位碳 原子，生成m5CpG。DNA的不同甲基化状态(过 甲基化与去甲基化)与基因的活性和功能有关。
(生物化学与分子生物学)
• 定义3：在甲基转移酶的催化下，DNA 的CG两个核苷酸的胞嘧啶被选择性地添 加甲基基团的化学修饰现象。通常发生 在5′胞嘧啶位置上，具有调节基因表达 和保护DNA该位点不受特定限制酶降解 的作用。 (细胞生物学 ) • 定义4：DNA上添入甲基基团的化学修 饰现象。在原核和真核生物的基因表达 中有多种调控功能。 (分子遗传学 )
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DNA甲基化及其在食用菌中的研究潜力
前言
DNA甲基化是在DNA上添加甲基基团的一种化学修饰作用，作为一种表观遗传行为，DNA甲基化状态的改变可导致基因结构和功能异常，进而引起生物体表型的变化。
大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达，其对遗传物质的影响主要是通过抑制基因表达来起作用。
同时，有研究表明，亲代遗传、激素、miRNA、年龄等内源性因素以及温度、湿度、盐离子浓度、重金属等环境因素都对生物体DNA甲基化水平及模式有影响。
目前，DNA 甲基化的检测方法种类较多，如甲基化特异性PCR、亚硫酸测序法、限制性内切酶PCR、变性液相高效色谱法等。
然而，目前DNA甲基化的研究主要集中在动、植物领域，在应用前景广泛并处于方兴未艾阶段的食用菌领域研究较少。
同时，食用菌生长发育容易受到内源性物质以及环境因素的影响，并有研究报道DNA甲基化对蕈菌生长发育有影响。
所以，对DNA甲基化在食用菌领域进行深入地研究是十分有必要和有意义的。
什么是DNA甲基化
DNA甲基化是指，在甲基转移酶的作用下，甲基基团从供体转移到DNA的碱基上。
在动物中，DNA甲基化主要发生在胞嘧啶的第五位碳原子上，形成5-甲基胞嘧啶，而几乎所有的5-甲基胞嘧啶都发现与CG 二核苷酸序列中，这种CG二核苷酸序列经常成串存在，俗称CG岛，并
且大约70–80%的CG二核苷酸序列都被甲基化；在植物中，甲基化的胞嘧啶主要出现在B型DNA的沟内,而该部位正是DNA结合蛋白相互作用的部位。
DNA甲基化是被属于一个基因家族的一系列甲基转移酶所催化，这些酶中常见的有Dnmt1，Dnmt3a和Dnmt3b等。
Dnmt1是一种维持性甲基化酶，它只作用于只有一条链发生甲基化的DNA链，主要通过对亲本甲基化模式进行复制。
在减数分裂时，Dnmt1识别DNA双链中只有亲代链发生甲基化的半甲基化位点，并催化甲基基团从供体转移到未甲基化的胞嘧啶上，使该位点双链全甲基化；Dnmt3a和Dnmt3b属于从头甲基化酶，它们则能够使之前没发生甲基化的区域进行甲基化，从而对细胞分化起调控作用。
甲基化的生物学效应及其作用机理
DNA甲基化精确的功能有待进一步研究，目前学术界公认的两类功能是：宿主防御模型和基因调控模型。
宿主防御模型是指，生物体基因组内转座子的甲基化和外源DNA 的甲基化。
由于转座子大量地存在于基因组中，并且转座效应对生物体大部分是有害的，而转座子发生甲基化能抑制其转座活性，因此转座子甲基化能够保护生物体免受转座效应带来的威胁；同时，生物体在遭受外源DNA侵袭时，例如病毒基因组和基因片段整合到宿主基因组中，容易产生对机体有害的蛋白质或造成基因结构紊乱。
而宿主细胞内甲基转移酶能通过对外源DNA序列进行甲基化，以抑制其对宿主基因组造成伤害。
基因调控模型是指，生物体通过对自身特定基因进行甲基化修饰，来调控特定基因的表达状态。
在细胞分化或者遇到胁迫条件等情况下，生物体需要表达特异蛋白，或者关闭某些不必要的基因的表达，或者是基因表达量的改变，则通过对某些DNA序列进行甲基化修饰来进行调控。
DNA发生甲基化一般效应是特定基因的表达遭到抑制或者表达水平下调，其作用机制一般包括下面几种情况：
1.基因启动子区域的可甲基化位点若发生甲基化，则RNA聚合酶无法结合到启动子上，进而不能对目的基因进行转录，从而抑制表达。
事实上，甲基化酶本身也有抑制基因转录的能力，即使在不发挥其对DNA进行甲基化的能力的情况下。
2.基因序列中某位点的甲基化有可能作为抑制基因表达的蛋白质的识别位点，通过募集抑制蛋白，来抑制目的基因的表达
3.DNA序列发生甲基化，容易使染色质结构发生变化，虽然有报道证明在某些情况下，有些染色质结构的变化能对基因表达水平进行上调，但绝大多数情况下，发生甲基化的区域，染色质结构变得致密，发生浓缩。
因为转录酶是通过自身活性位点与DNA大沟的结合，来催化基因转录，所以染色质结构变得致密是不利于基因转录的。
此时，DNA甲基化通过使染色质结构浓缩、致密，抑制基因的表达，而这种调控可以在远离目的基因的区域对目的基因的表达进行调控。
4.发生甲基化的位点，能够吸引和募集甲基化酶，从而对未发生甲基化的侧翼位点进行甲基化修饰，使转录沉默发生传播。
5.还有一种甲基化修饰能够对基因表达起调控作用，即组蛋白甲基化。
组蛋白甲基化酶通过对核小体组蛋白特异位点进行甲基化，从而改变核小体及其周围DNA序列的致密程度，来调控基因表达。
在端粒、着丝点这些DNA致密程度高的区域，DNA甲基化的程度往往比较高。
事实上，DNA甲基化还有许多功能，例如在DNA修复中和复制中作为标记位点；保证等位基因中仅仅其中一个基因的表达。
DNA甲基化的检测方法
目前对DNA甲基化的检测有很多方法：限制性内切酶PCR法、甲基化特异性PCR、亚硫酸测序法、变性高效液相色谱法、PCR荧光变性曲线分析法等。
其中用得最多的是限制性内切酶PCR法、甲基化特异性PCR、亚硫酸测序法和色谱法。
影响DNA甲基化的因素
经研究表明，有许多因素可影响DNA甲基化的水平或模式，基本可分为内源性因素和外源性因素。
内源性因素包括：激素、年龄、DNA甲基化酶、miRNA等。
已有研究证实，机体激素水平、生物体年龄或细胞年龄、DNA甲基化酶的水平和活性以及干扰RNA都能影响生物体基因组DNA甲基化的水平和模式。
外源性因素包括：温度、湿度、光照、重金属、饥饿、一氧化氮、盐离子浓度等。
已有研究证实，这些外源性因素都能够对生物体基因组DNA甲基化的水平和模式产生影响。
目前DNA甲基化的研究状况以及在食用菌领域的研究前景
目前，DNA甲基化研究主要针对动、植物方面。
因为DNA甲基化与肿瘤的形成有很大的关系，有研究证实，许多癌症的形成是因为癌基因p53甲基化发生异常，所以，对DNA甲基化的研究对于人类疾病的防治有重大意义。
同时，衰老与疾病也会影响DNA甲基化，这在研究中也被证实，发生衰老和病变的细胞内的DNA甲基化加剧，基因表达减弱或异常。
在植物中，已证实环境胁迫对植物DNA甲基化水平和模式能产生影响，例如研究表明：干旱对节节麦、水稻基因组DNA甲基化有影响；镉对萝卜和水稻基因组DNA甲基化有影响；过氧化氢、萘、NO、盐离子浓度等对水稻、棉花等植物DNA甲基化有影响等。
然而，在食用菌领域，DNA甲基化的研究还属于起步阶段，还不够广泛和深入，或者说还很少。
已有的研究证实了在落叶松蕈的rDNA 中存在甲基化胞嘧啶。
因为食用菌在我国出口农产品中占很大比例，研究食用菌有巨大的经济和科学意义，而食用菌生长发育容易受到内源以及外源性因素影响，如光照、温度、重金属、病毒等，而这些因素又已经被证实在动、植物中能够影响生物体DNA甲基化的水平和模式，因此，对食用菌基因组DNA甲基化的研究是十分重要的，如探究环境胁迫对食用菌环境敏感型基因的甲基化的影响，探究病害以及菌龄对食用菌DNA甲基化的影响，研究食用菌如何通过表观遗传修饰来应答外源DNA的侵袭或外界环境因素的影响，甚至通过检测食用菌某序列甲基化水平和模式随着外界环境条件的改变而改变，来找到与该环境因子相关的基因。
总而言之，对食用菌DNA甲基化的研究，在探究食用菌抗性、生
长发育特性、遗传行为方式等方面，都有重大意义。
参考文献。