白斑狗鱼家系亲本遗传结构的微卫星分析_孟玮
剑尾鱼RW-H近交系20个微卫星位点的遗传结构
剑尾鱼RW-H近交系20个微卫星位点的遗传结构刘宇飞;白俊杰;李凯彬;黄志斌;全迎春【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2007(14)4【摘要】为了对水生实验动物剑尾鱼(Xiphophorus helleri)RW-H系近交15代的遗传结构进行研究,寻找该近交系的标志基因位点,选择20个在野生剑尾鱼群体具多态性的微卫星位点,对剑尾鱼RW-H系(红眼白体)30尾个体进行分析.结果表明,其中有17个位点为单态,有可能作为该近交系的标志基因位点;另外3个位点Msa012、Msa033和Msc036具有多态性,多态信息含量值分别为0.304.7、0.3457和0.3648.通过Pop-gene 3.2软件分析得知全部基因位点的纯合率达到了95.83%,个体间平均遗传距离为0.048 2(0.000 0～0.162 5),遗传相似系数为0.951 8(0.850 0～1.000 0),说明剑尾鱼RW-H系已经具有很高的近交程度.几个多态性位点的发现,可以指导近交选育,加快选育进度.本研究方法不仅检测出剑尾鱼RW-H系具较低的遗传多样性,而且可为中国建立分子水平的实验动物监测标准提供基础数据.【总页数】6页(P602-607)【作者】刘宇飞;白俊杰;李凯彬;黄志斌;全迎春【作者单位】中国水产科学研究院,珠江水产研究所,中国水产科学研究院热带亚热带鱼类选育与养殖重点开放实验室,广东,广州510380;上海水产大学,生命科学与技术学院,上海,200090;中国水产科学研究院,珠江水产研究所,中国水产科学研究院热带亚热带鱼类选育与养殖重点开放实验室,广东,广州510380;中国水产科学研究院,珠江水产研究所,中国水产科学研究院热带亚热带鱼类选育与养殖重点开放实验室,广东,广州510380;中国水产科学研究院,珠江水产研究所,中国水产科学研究院热带亚热带鱼类选育与养殖重点开放实验室,广东,广州510380;中国水产科学研究院,珠江水产研究所,中国水产科学研究院热带亚热带鱼类选育与养殖重点开放实验室,广东,广州510380【正文语种】中文【中图分类】S96;Q959.475【相关文献】1.剑尾鱼近交系遗传纯度的RAPD分析 [J], 李霞;吴淑勤;白俊杰2.辽宁省6种常用近交系小鼠10个微卫星位点的遗传质量检测报告 [J], 韩喜彬;苏玉虹;巴彩凤;贺宝军3.近交系剑尾鱼的遗传生化标记研究 [J], 魏杰;刘双环;王洪;马丽颖;岳秉飞4.近交系剑尾鱼的STR遗传检测技术 [J], 魏杰;王洪;马丽颖;刘双环;岳秉飞5.剑尾鱼RW-H近交系的遗传结构分析 [J], 李霞;白俊杰;吴淑勤;叶星;李凯彬;潘厚军因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
利用微卫星标记分析我国13个地方灰羽鹅品种的遗传多样性
生物多样性 2006, 14 (2): 152-158 doi: 10.1360/biodiv.050214Biodiversity Science http: //——————————————————收稿日期: 2005-10-13; 接受日期: 2006-01-08基金项目: 国家农业部重大资源保护项目(2001AA243081)和江苏省公益性研究与服务专项资金项目(MB2005708) * 通讯作者 Author for correspondence. E-mail: tyj3030@利用微卫星标记分析我国13个地方灰羽鹅品种的遗传多样性屠云洁1 陈宽维1* 汤青萍1 王金玉2 高玉时1 顾 荣1 葛庆联11 (中国农业科学院家禽研究所, 扬州 225003)2 (扬州大学动物科学与技术学院, 扬州 225001)摘要: 我国地方鹅品种具有很多优良性状, 但长期以来由于没有形成科学的选育制度和培育方法, 品种的遗传多样性没有得到完整保存。
为了深入了解我国地方鹅品种的遗传结构, 使之得到更好的保护和利用, 作者选用31个多态性较高的微卫星标记(其中19个是首次用磁珠富集法从AFLP 片段中分离), 检测了我国13个地方灰羽鹅 (An-ser cygnnoides ) 品种的遗传多样性。
利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H )、多态信息含量(PIC )和群体间的遗传距离(D A )。
结果表明: 13个地方灰羽鹅品种中, 平均多态信息含量为0.323–0.398，平均杂合度为0.4985–0.6727, 各品种的杂合度都较高, 最高的是狮头鹅(0.6727), 最低的是雁鹅(0.4985)。
用UPGMA 法进行聚类分析的结果显示, 13个品种被聚为4类: 丰城灰鹅、武冈铜鹅、兴国灰鹅、狮头鹅、乌棕鹅、阳江鹅、马冈鹅、钢鹅、雁鹅聚为第1类; 伊犁鹅自聚为第2类; 长乐鹅、右江鹅聚为第3类; 永康灰鹅自聚为第4类。
三个远交系豚鼠微卫星遗传结构分析
三个远交系豚鼠微卫星遗传结构分析刘迪文;谭海明;陈雁虹;卫振【期刊名称】《中国比较医学杂志》【年(卷),期】2018(028)011【摘要】目的评估我校培育的三个远交系豚鼠种群的微卫星遗传结构,筛选不同种群间呈现差异等位基因的微卫星位点,为今后豚鼠遗传育种及应用提供资料.方法使用45对引物通过PCR及电泳技术,对我校三个豚鼠种群的微卫星DNA进行扩增分析,计算各位点等位基因多态性等参数,并筛选出种群间等位基因呈差异变化的微卫星位点.结果所有微卫星位点在豚鼠种群中呈多态性变化,各位点等位基因数2～7不等,平均位点基因数2.29,平均有效基因数1.74;平均期望杂合度为0.39,平均观测杂合度为0.21,多态信息含量的可信范围为0.0739～0.6443,平均PIC为0.32,68.9％的位点呈中度多态性;总Hardy-Weinberg平衡P值平均为0.1734,各种群均为P>0.05,但对每个位点的基因平衡状态来讲,共有20个位点极显著偏离Hardy-Weinberg平衡,种群平均偏离指数D为-0.407;平均分化指数Fst为0.136,平均基因流Nm为5.835,还阐明了种群间的Nei遗传距离及遗传相似度.结论三个豚鼠种群遗传呈中度多态性变化,种群间平均遗传差异无显著性,遗传相似度较高.群体遗传偏离Hardy-Weinberg平衡较突出,出现严重的近交现象,群体处于中等遗传变异水平,但较高的基因流动阻止了遗传分化发生.分析这些问题的原因,主要是本群体繁殖数量偏小,种子选择范围不广泛等,今后在培育过程中要引起重视.本课题还筛选到与不同种群或毛色豚鼠相关的微卫星位点12个,种群特征性微卫星位点7个,可能用于性状基因定位.【总页数】8页(P81-88)【作者】刘迪文;谭海明;陈雁虹;卫振【作者单位】浙江大学实验动物中心,杭州 310058;浙江大学实验动物中心,杭州310058;浙江大学实验动物中心,杭州 310058;浙江大学实验动物中心,杭州310058【正文语种】中文【中图分类】R-33【相关文献】1.三个近交系C57BL/6J小鼠群体微卫星遗传变异分析 [J], 牛屹东;梁蜀龙2.黄颡鱼微卫星标记的筛选及三个野生群体的遗传结构分析 [J], 吴勤超;梁宏伟;李忠;呼光富;罗相忠;沈子伟;邹桂伟3.我国三系杂交稻主要不育系的微卫星标记多样性和遗传结构分析 [J], 彭锁堂;王海岗;魏兴华;吕建珍;张晓丽;袁筱萍;杨武德4.中国鲎(Tachypleus tridentatus)微卫星标记筛选及种群遗传多样性和遗传结构分析 [J], 翁朝红; 谢仰杰; 肖志群; 王志勇5.三个远交群小鼠群体遗传特性的比较研究 [J], 金玫蕾;鲍世民;赵国际;张瑞忠因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
斑点叉尾鮰4个群体遗传多样性的微卫星分析
斑点叉尾鮰4个群体遗传多样性的微卫星分析崔蕾;谢从新;李艳和;于永耀;刘肖莲;张杰;周小云【期刊名称】《华中农业大学学报》【年(卷),期】2012(31)6【摘要】采用16对微卫星引物对斑点叉尾鮰3个引进地理群体(德克萨斯州、阿拉巴马州和密西西比州)和1个"本地优"群体(丹江口水库和青江水库杂交后选育的优良个体)进行遗传多样性分析。
结果表明:4个群体的等位基因数在2～18之间,平均有效等位基因数为5.820 8～6.146 6,平均观测杂合度为0.653 0～0.693 5,平均期望杂合度为0.732 7～0.756 6,平均多态信息含量为0.613 5～0.725 6;哈代-温伯格平衡检验结果显示,4个群体在大部分位点显著偏离平衡,遗传偏离指数D多为负值,表明4个群体均存在一定程度的杂合子缺失。
其中,德克萨斯和密西西比群体的遗传距离最远(0.275 0),相似度最低(0.759 6)。
分子方差分析结果显示:遗传变异4.22%来自群体之间,95.78%来自于群体内部。
基于群体间Nei氏标准遗传距离构建的4个群体的UPGMA系统进化树结果显示,密西西比群体单独聚为一类,德克萨斯、本地优和阿拉巴马群体聚为一类,其中在德克萨斯、本地优和阿拉巴马群体这个分支中,德克萨斯和本地优群体聚为一类。
综上所述,4个群体内遗传变异较大,遗传多样性水平较高,具有一定的育种潜力,可以作为良好的育种材料。
【总页数】8页(P744-751)【关键词】斑点叉尾鮰;微卫星;地理群体;遗传多样性;遗传距离【作者】崔蕾;谢从新;李艳和;于永耀;刘肖莲;张杰;周小云【作者单位】华中农业大学水产学院/农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室【正文语种】中文【中图分类】S917【相关文献】1.长江下游鳙放流群体和天然捕捞群体遗传多样性的微卫星分析 [J], 张敏莹;刘凯;徐东坡;段金荣;周彦锋;方第安;施炜纲2.三种笛鲷的野生群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析 [J], 彭银辉;刘楚吾;郭昱嵩;刘丽;王中铎3.半滑舌鳎养殖群体和减数分裂雌核发育群体的微卫星标记遗传多样性分析 [J], 徐营;邵长伟;邓寒;陈松林4.湖北宜都斑点叉尾鮰微卫星遗传多样性分析 [J], 梁宏伟;邹桂伟;罗相忠;汪登强5.鳜原种群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析 [J], 梅秋兰;刘臻;张学文;谢帝芝;张建社;曾国清;鲁双庆因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
虹鳟6个养殖群体遗传多样性的微卫星分析
虹鳟6个养殖群体遗传多样性的微卫星分析赵莹莹;朱晓琛;孙效文【期刊名称】《遗传》【年(卷),期】2006(28)8【摘要】利用14对微卫星分子标记对虹鳟的6个养殖群体进行遗传多样性分析.结果表明:6个群体的平均等位基因数A为 2.89～4.22,平均有效等位基因数Ne 为2.15～2.78,平均观察杂合度Ho为0.4801～0.6786,平均期望杂合度He为0.5052～0.6211,平均多态信息含量PIC为0.4298～0.5762;其中渤海站群体的等位基因数最多、多态信息含量最高,有效种群最大,通过基因型的P值发现6个群体只在位点AF375034符合Hardy-Weinberg平衡,在其他位点都不同程度的偏离平衡,同时对6个群体的遗传距离进行了估算,聚类分析发现挪威群体与其他群体遗传距离最远.【总页数】7页(P956-962)【作者】赵莹莹;朱晓琛;孙效文【作者单位】中国水产科学院黑龙江水产研究所,哈尔滨,150070;大连水产学院,大连,116023;大连水产学院,大连,116023;中国水产科学院黑龙江水产研究所,哈尔滨,150070【正文语种】中文【中图分类】Q95【相关文献】1.鲤野生和养殖群体遗传多样性分析中的微卫星(SSLP)分析 [J], 梁利群;冯国军;常玉梅;汪海燕2.不同凡纳滨对虾养殖群体的微卫星遗传多样性分析 [J], 唐芳;温贝妮;刘红3.不同凡纳滨对虾养殖群体的微卫星遗传多样性分析 [J], 唐芳;温贝妮;刘红4.三个虹鳟养殖群体遗传结构的微卫星分析 [J], 于冬梅;马海涛;孙效文5.3种虹鳟养殖群体的遗传结构及遗传多样性分析 [J], 刘哲;李勤慎;蔡原;王建福;黄进强;柴文琼;康鹏天因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
雌核发育银鲫微卫星突变速率和突变模式
HEREDITAS (Beijing) 2008年4月, 30(4): 483―490 ISSN 0253-9772 研究报告收稿日期: 2007−09−28; 修回日期: 2008−01−14基金项目: 国家自然科学基金(编号: 30271010)资助[Supported by National Natural Science Foundation of China (No.30271010)] 作者简介: 刘晓锋(1982−), 男, 硕士研究生, 专业方向：分子遗传学。
E-mail: lxf1715@通讯作者: 孙效文(1955−), 男, 研究员, 博士生导师, 研究方向：鱼类基因育种。
E-mail: sunxw2002@DOI: 10.3724/SP.J.1005.2008.00483雌核发育银鲫微卫星突变速率和突变模式刘晓锋1,2, 鲁翠云1, 曹顶臣1, 孙效文1, 梁利群11. 黑龙江水产研究所北方鱼类生物工程育种重点开放实验室, 哈尔滨 150070;2. 大连水产学院生命科学与技术学院, 大连 116023摘要: 银鲫是天然雌核发育的三倍体两性型种群, 因其遗传背景和生殖方式的特殊性, 已经成为研究单性和多倍体脊椎动物进化遗传学的理想模式鱼类。
利用33个微卫星序列对雌核发育银鲫的突变速率和突变模式进行研究, 结果表明: (1) 22个子代个体中, 检测到1尾个体在15个微卫星位点具有18个突变等位基因; (2) 每个微卫星位点每代总体平均突变率是 1.16×10−2, 95%置信区间是6.87×10−3~1.83×10−2, 与其他鱼类相比, 雌核发育银鲫的突变率明显偏高, 这与天然雌核发育鱼类处在单性生殖和两性生殖的过度阶段有密切关系; (3) 具有突变等位基因的13个位点的重复单元数目都在10次以上, 11个复合型微卫星位点的突变率(1.31×10−2)与21个完美型位点(1.00×10−2)的突变率没有明显差异(P = 0.67), 微卫星突变率受到重复单元数目的影响, 然而与重复结构类型和侧翼序列GC 碱基含量无相关性; (4) 序列分析表明, 雌核发育银鲫的微卫星突变模式并不严格遵守逐步突变模型。
雌核发育草鱼群体及两个普通草鱼群体的微卫星遗传分析
雌核发育草鱼群体及两个普通草鱼群体的微卫星遗传分析朱树人;孟庆磊;安丽;李宁;张龙岗;杨玲;许国晶;付佩胜【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2018(025)006【摘要】以草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖群体(YZ)为母本,以紫外线灭活的鲤鱼精子激活草鱼卵子,冷休克抑制第二极体排出的方法诱导获得异精雌核发育草鱼群体(CH).利用12对微卫星引物对YZ群体、YS(扬州广陵长江系家鱼原种场引进草鱼群体)群体、CH群体进行PCR扩增并分析,共检测出194个等位基因,其中75.8个有效等位基因.YZ群体、YS群体、CH群体的平均等位基因数依次为13.0、12.6、4.7;平均有效等位基因数依次是7.7、6.6、2.3;平均期望杂合度依次为0.87、0.82、0.56;平均多态信息含量依次为0.84、0.79、0.49.从每个个体在微卫星位点的纯合率看,YZ群体中个体的纯合度在0.00～0.33,YS群体中个体的纯合度在0.00～0.42,CH群体中个体的纯合度在0.42～0.92.这表明与YZ群体和YS 群体相比,CH群体的遗传多样性显著下降,并且在每个位点的纯合率CH群体均高于普通草鱼群体,表明人工诱导减数雌核发育可加速草鱼大多数基因位点的纯合,是快速建立高纯品系的有效手段.同时,本研究筛选并利用微卫星位点组合建立了雌核发育草鱼子代不同家系及其母本亲缘关系的简易、高效鉴别技术,旨在为雌核发育草鱼标记辅助育种打下基础.【总页数】9页(P1236-1244)【作者】朱树人;孟庆磊;安丽;李宁;张龙岗;杨玲;许国晶;付佩胜【作者单位】山东省淡水渔业研究院,山东省淡水水产遗传育种重点实验室,山东济南 250017;山东省淡水渔业研究院,山东省淡水水产遗传育种重点实验室,山东济南250017;山东省淡水渔业研究院,山东省淡水水产遗传育种重点实验室,山东济南250017;山东省淡水渔业研究院,山东省淡水水产遗传育种重点实验室,山东济南250017;山东省淡水渔业研究院,山东省淡水水产遗传育种重点实验室,山东济南250017;山东省淡水渔业研究院,山东省淡水水产遗传育种重点实验室,山东济南250017;山东省淡水渔业研究院,山东省淡水水产遗传育种重点实验室,山东济南250017;山东省淡水渔业研究院,山东省淡水水产遗传育种重点实验室,山东济南250017【正文语种】中文【中图分类】S917【相关文献】1.两个人工雌核发育草鱼群体遗传纯合性分析 [J], 赵如榕;肖亚梅;彭亮跃;陈松;周工健;刘筠2.草鱼雌核发育后代不同群体的微卫星遗传分析及指纹识别 [J], 王成龙;郑国栋;陈杰;蒋霞云;邹曙明3.两个不同的人工雌核发育草鱼群体基因组DNA的RAPD分析 [J], 陈金辉;黄明敏;郑康;林凯东;罗琛4.ENU诱变草鱼及其雌核发育后代的微卫星遗传分析 [J], 王成龙;郑国栋;陈杰;蒋霞云;邹曙明5.草鱼连续两代的雌核发育群体及湘江流域群体基因组DNA的微卫星比较分析(英文) [J], 郑康;林凯东;刘正华;罗琛因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性
遗 传HEREDIT AS(Beijing)28(6):683～688,2006研究报告利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性耿 波1,2,孙效文1,梁利群1,欧阳洪生2,童金苟3(1.中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,哈尔滨150070;2.吉林大学农学院,长春130062;3.中国科学院水生生物研究所,武汉430072)摘 要:选用实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy2Weinberg平衡偏离指数等方面内容。
结果表明:选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。
江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为31325及31882,平均有效等位基因数分别为31531及21676,多态位点百分率分别为8214及7015,17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在01077～01960之间变动,平均为0.417,两群体位点平均观测杂合度为01385和01360,平均期望杂合度为01452和01422,两个群体间的遗传相似系数为01897,群体间的遗传距离为01109。
关键词:微卫星标记;鳙鱼;遗传多样性;等位基因频率中图分类号:Q347 文献标识码:A 文章编号:0253-9772(2006)06-0683-06Mi c r os a t ellit e Anal ys is of Ge ne tic Di v e r s it yof Aris ti c ht h ys n o bilis i n Chi naGE NG Bo1,2,SUN X iao2Wen1,LI ANGLi2Qun1,OUY ANG H ong2Sheng2,TONG Jin2G ou3(1.Heilongjiang River Fishery Research Institute,Chinese Academy of Fishery Science,Harbin150070China;2.Jilin University,Changchun130062,China;3.Institute of Hydrobiology,Chinese Academy of Sciences,Wuhan430072,China)Abs t ra ct:Seventeen microsatellite markers of Aristichthys nobilis previously discovered by our lab were selected to analyze the genetic diversity and characteristics of two populations of Aristichthys nobilis from Jiangxi and Sichuan province s.The following parameters were calculated:heterozygosity,polymorphism in formation content(PIC),valid allele number,allele frequency,genetic distance,genetic similarity coefficient,Hardy2Weinberg balance deflection in2 dex and so on.Results show that there are four monomorphic and13polymorphic markers among the17selected mic2 rosatellite markers.The average of allele number in each microsatellite locus of the Jiangxi population and Sichuan populations is31325and31882,respectively;the average valid allele number is31531and21676,respectively;and the number of total allele s of these17microsatellite loci is71.The PIC of polymorphic loci varies between01077～01960,and the average PIC is01417.The average observed heterozygosity(H o)of two populations is0.385and 01360,re spectivelyand the average expected heterzygosity(He)is0.452and0.422,respectively.The genetic sim2 ilarity coefficient of two populations of Aristichthys nobilis is01897and the genetic distance of these populations is 01109.Ke y w or ds:microsatellite marker;Aristichthys nobilis;genetic diversity;allele frequency收稿日期:20050616;修回日期:20051008基金项目:国家计划(973)项目重要养殖鱼类品种改良的遗传和发育基础研究(编号:2004CB117405)[Supported by National Project“973”item“Research on the genetic and developing base of modified varieties of importance cultivated fish”(No.2004CB117405)]作者简介:耿 波(1975—),女,助理研究员,吉林大学博士研究生,研究方向:鱼类分子生物学。
黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)全基因组微卫星分布特征分析
基因组学与应用生物学，2020年，第39卷，第12期，第5488-5498页研究报告Research Report黄颖鱼/uM draco)全基因组微卫星分布特征分析徐杰杰郑翔李杰尹绍武#王涛‘南京师范大学海洋科学与工程学院，南京，210023* 共同通信作者，*****************;******************摘要本研宄利用N C B I上已公布的黄颡鱼全基因组测序结果，使用M ISA软件对黄颡鱼全基因组的微 卫星进行筛选并分析；结合M ISA文件和基因组g ff注释文件通过编写脚本定位微卫星在基因组的位置，并 对外显子区含有微卫星的基因进行G O注释和KEGG富集。
在黄颡鱼基因组713 8丨0 725 bp序列中，共筛选 出418 550个完整型的微卫星，其长度为12974 321 bp，占基因组序列总长度的1.8%,相对丰度为586个/Mb。
在1〜6不同碱基重复类型微卫星中，二碱基重复数目最多，共173 177个，占微卫星总数的41.38%。
然后依 次是单碱基(40.26%)、四碱基(9.37%)、三碱基(7.63%)、五碱基(1.15%)和六碱基(0.21%)。
基因组中重复数目最 多的丨〇种微卫星类别依次为T、A、A C、TG、GT、C A、TC、TA、A G和AT。
同时通过对基因组微卫星进行定位，16 381个微卫星定位在基因外显子上，并分布在3 853个基因上。
G O注释结果显示注释到分子功能的基因 数目最多,富集前10的条目主要与电压门控钠通道复合物、电压门控钠通道活性和蛋白去憐酸化有关。
KEGG 富集分析显示共富集到21个通路，其中Hippo信号通路最为显著。
研究结果为今后黄颡鱼微卫星标记的开 发以及微卫星的定位功能等提供了一定的理论基础。
关键词黄颡鱼，基因组，微卫星，特征分析Distribution Characteristics of Whole Genome Micro s ate l lite of Pelteoba-grus fulvidracoXu Jiejie Zheng Xiang Li Jie Yin Shaowu*Wang Tao*College of Marine Science and Engineering, Nanjing Normal University, Nanjing, 210023*Co-correspondingauthors,*****************;******************DOI: 10.13417/j.gab.039.005488Abstract The study used the published genome-wide sequencing results of the P elteobagrus fu lv id r a c o on NCBI to screen and analyze the microsatellites of the whole genome using MISA software.The MISA file and the genomic gff annotation file were combined to map the position of the microsatellites in the genome,and the gene containing the microsatellites in the exon region was subjected to GO annotation and KEGG enrichment.In the713 810 725 bp long sequence of the P elteo b a g ru s fu lv id r a c o genome,418 550 perfect microsatellites were screened with a length of 12 974 321 bp,accounting for1.8% of the total length of the genome sequence,and the relative abundance is586 per Mb.Among the 1to6 different base repeat types of microsatellites,the number of two base repeats was the highest, reaching a total of173 177, accounting for41.38% of the total microsatellites.Then,it is followed by single base (40.26%), four bases(9.37%), three bases(7.63%), five bases(1.15%), and six bases(0.21%). T,A,AC,TG,GT,CA, TC,TA,AG and AT were the 10 microsatellite categories with the largest number of repeats in the genome.At the same time,by locating the genomic microsatellites, 16 381 microsatellites were localized on the gene exons and基金项目：本研究由江苏省重点研发计划(现代农业)重点项目(BE2017377)、江苏省农业重大新品种创制项目(PZCZ201742)和江苏省研究生科研与实践创新计划项目(SJCX18_0364)共同资助引用格式：Xu J.J., Zheng X.，Li J” Yin S_W., and Wang T., 2020，Distribution characteristics of whole genome microsatellite of Pe/- Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics and Applied Biology), 39(12): 5488-5498 (徐杰杰，郑翔，李杰, 尹绍武,王涛，2020,黄颡鱼全基因组微卫星分布特征分析，基因组学与应用生物学，39(12): 5488-5498)黄颖鱼(Pp/feoAngnti/H/W rfraco)全基因组微卫星分布特征分析5489distributed on 3 853 genes.The GO annotation results showed that the number of genes annotated to molecular function was the highest,and the top 10 entries were mainly related to voltage-gated sodium channel complexes, voltage-gated sodium channel activity,and protein dephosphorylation.KEGG enrichment analysis showed a total of 21 pathways,of w hich Hippo signaling pathway was the most significant.The research results provide a theoretical basis for the development of microsatellite markers and the positioning function of microsatellites in the future. Keywords Pelteobagriis fulvidraco,Genome,Microsatellite,Characteristics微卫星(Microsatellite)又称为简单重复序列(Simple sequence repeats)，一般由1~6个碱基串联重复而 成(Li et al.，2010)，广泛分布于真核生物和原核生物 的基因组中(Tautz and Renz，丨984)。
利用微卫星标记分析东平湖黄颡鱼的遗传多样性
利用微卫星标记分析东平湖黄颡鱼的遗传多样性马洪雨;姜运良;郭金峰;岳永生【期刊名称】《激光生物学报》【年(卷),期】2006(15)2【摘要】采用27对鲤微卫星引物对山东东平湖黄颡鱼进行全基因组扫描,结果有19对引物能获得稳定的扩增条带,其中有6个微卫星位点具有多态性.对这6个位点的扩增产物进行分析,结果显示:6个位点共检测到22个等位基因,每个位点的等位基因数从2个到6个不等;平均基因纯合率为41.67%,平均多态信息含量(PIC)为0.488,平均杂合度为0.5833.这表明东平湖黄颡鱼种群结构合理,群体遗传多样性较丰富,种质资源处于安全状态.【总页数】4页(P136-139)【作者】马洪雨;姜运良;郭金峰;岳永生【作者单位】山东农业大学动物分子遗传育种实验室,山东,泰安,271018;山东农业大学动物分子遗传育种实验室,山东,泰安,271018;山东农业大学动物分子遗传育种实验室,山东,泰安,271018;山东农业大学动物分子遗传育种实验室,山东,泰安,271018【正文语种】中文【中图分类】Q3-3;Q311【相关文献】1.应用微卫星标记分析4个黄颡鱼群体的遗传多样性 [J], 王婷婷;宋学宏;许爱国;张磊磊;孟祥雨;张红英2.利用微卫星标记分析军曹鱼养殖群体的遗传多样性 [J], 李伟强; 汤保贵; 陈刚; 马骞; 黄建盛; 施钢; 潘传豪; 周晖; 谢瑞涛; 张健东3.利用微卫星分子标记分析渤海湾的口虾蛄遗传多样性 [J], 谷德贤;王婷;许玉甫;吴宁;王娜;郝郁;王刚;李文雯;刘国山4.三个黄颡鱼群体遗传多样性及亲缘关系的微卫星标记分析 [J], 郭金峰;王玉;马洪雨;岳永生5.利用微卫星标记分析兰坪长毛山羊遗传多样性 [J], 朱兰;孙利民;袁跃云;洪琼花;马兴跃因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
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收稿日期：2013-08-15基金项目：新疆维吾尔自治区高技术研究发展项目（201211111）.作者简介：孟玮（1982-），男，工程师，从事渔业种质资源研究.E-mail:mengwei1982@hotmail.com通信作者：杜劲松（1967-），男，研究员，从事水产动物繁殖和养殖技术研究.E-mail:xjfdjs@126.com
文章编号：1005-3832（2014）01-0017-05
Vol.27，No.1Feb.2014第27卷第1期
2014年2月
水产学杂志
CHINESEJOURNALOFFISHERIES
白斑狗鱼（Esoxlucius）属鲑形目（Salmoniformes），狗鱼科（Esocidae），分布于北半球极地附近地区，是湖泊、河流、半咸水中常见的捕食者，具有商业和休闲渔业价值[1]。白斑狗鱼在我国自然分布于额尔齐斯河流域。由于济海引水渠的建成，乌伦古湖和吉力湖也有分布。由于种质退化及各种人为因素对栖息地的破坏，白斑狗鱼产量大幅下降。在波罗的海，过去40年中狗鱼产量下降了90%以上[2]。20世纪30~50年代，哈萨克斯坦白斑狗鱼年产量500~1200t，波赫坦尔明斯柯水库建成后，水库水位下降，不利于繁殖，加之不合理的捕捞，白斑狗鱼产量急剧下降，失去了捕捞意义。在我国，白斑狗鱼曾是185团额尔齐斯河渔场的主要捕捞鱼类，产量占渔获物总量的20%左右，20世纪60年代末产量迅速下降，1999年185团渔场白斑狗鱼产量仅为5t[3]。
白斑狗鱼自然资源日益枯竭，但其养殖业却逐渐兴盛。目前白斑狗鱼人工繁殖技术已获成功，成为新疆的重要特色养殖鱼类。选择育种能够使群体内有育种价值的基因频率增加，培育具有优良经济性状的鱼类品种[4]。家系
白斑狗鱼家系亲本遗传结构的微卫星分析孟玮，杨天燕，海萨，杜劲松
（新疆维吾尔自治区水产科学研究所，新疆乌鲁木齐830000）
摘要：近年来，新疆土著鱼类白斑狗鱼（Esoxlucius）已成为重要的养殖对象。本研究用8对微卫星标记扩增了190~360bp的2~7条带，分析构建了白斑狗鱼家系亲本的遗传结构。白斑狗鱼雌、雄亲鱼的观测杂合度和预期杂合度分别为0.6438、0.7066和0.6500、0.7076,表明白斑狗鱼亲本杂合度较高。雌、雄亲鱼平均多态信息含量分别为0.6464和0.6486。总体上8个微卫星位点具有较高的多态性，雌雄亲本间遗传距离为0.0426，适于分析白斑狗鱼亲本的遗传结构。F统计显示，白斑狗鱼近亲交配不严重，适合作为家系选育亲本。关键词：白斑狗鱼；亲本；家系选育；微卫星；遗传结构中图分类号：S917文献标志码：Ａ
GeneticStructureAnalysisofNorthernPikeEsoxluciusBroodstockFamilyby
MicrosatelliteMarkersMENGWei,YANGTian-yan,HAISa,DUJin-song
（XinjiangFisheriesResearchInstitute,Urumqi830000,China）Abstract:NorthernpikeEsoxluciusasanendemicfishinXinjianghasbeenanimportantcandidateforaquacultureinrecentyears.Inthisstudy,eightpairsofmicrosatellitemarkerswereusedtoanalyzethegeneticstructureofbroodstockfishestoconstructnorthernpikefamilies.Theamplificationbandswerefoundtoberangedfrom2to7,andtheproductswerevariedfrom190bpto360bpsize.Thefemalebroodstockhadobservedheterozygosityof0.6438,andexpectedheterozygosityof0.7066andthemaleonesshowedob-servedheterozygosityof0.6500,andexpectedheterozygosityof0.7076,indicatingthatnorthernpikehadhighheterozygosity.ThePICvalueswerefound0.6464infemaleparentsand0.6486inmaleparents.Theresultsshowedthattherewashighpolymorphismin8mi-crosatelliteslocionthewhole,whichwassuitableforgeneticstructureanalysis.Thegeneticdistanceof0.0426wasobservedbetweenfemaleandmalebroodstocks,andnoseriousinbreedingwasshownbyFstatisticsintheparentswhichweresuitableforfamilycon-struction.Keywords:Esoxlucius；parentfish；familyselection；microsatellite；geneticstructure选育是指以家系为单位，以各家系受选择性状的平均值为标准所进行的选择育种。通过家系选育，可大幅度避免近亲交配的发生率，防止鱼类养殖群体的遗传衰退；可不断地改良经济性状，使优良性状的相关基因型不断富集。白斑狗鱼作为新疆土著鱼类，在疆内外已广泛推广养殖，养殖技术日渐成熟。但是其苗种都未经过人工选育，生长速度、抗病能力等都未达到良种化程度。为解决这一系列问题，进行白斑狗鱼家系选育十分必要。繁殖亲本是家系选育的基础材料。探查家系选育亲本的遗传结构，弄清其遗传背景，可以加快家系选育的进程。微卫星又称简单序列重复（simpleshortrepeat，SSR），SSR标记是一种共显性分子标记，符合孟德尔遗传规律，能够鉴别杂合子和纯合子，对个体鉴定具有特殊意义。SSR标记数量丰富，覆盖整个基因组，分布均匀；且所需DNA量少，对DNA质量要求不高，已广泛应用于群体遗传学、系统发育学、遗传连锁图谱构建及遗传育种研究等[5]。本研究用8对微卫星引物，分析白斑狗鱼家系选育亲本遗传多样性、亲缘关系，比较雌雄亲本遗传差异，为家系选配工作提供遗传数据支持。1材料与方法1.1样本采集和DNA提取2012年在新疆水生野生动物救护中心采集雌雄白斑狗鱼各40尾，用于构建家系。其中雌鱼为人工养殖后挑选的个体，雄鱼为自然群体样本。剪取部分腹鳍鳍条后，保存于95%酒精中，采用传统酚-氯仿法抽提基因组DNA[6]。1.2微卫星分析从GenBank中下载白斑狗鱼微卫星序列，用Premier5.0设计引物，选择8对扩增效果好且有多态性的引物进行PCR扩增（表1）。PCR反应体系为25μL，其中：10×buffer2.5μL，正反向引物（100μM）各0.1μL，DNA聚合酶1U，DNA模板1μL（50ng），加灭菌水补足25μL。反应条件为：95℃预变性5min，设置30个循环，分别为：94℃变性30s，退火30s，72℃延伸30s，最后72℃再延伸7min。取3μLPCR扩增产物用浓度为12%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离（100V，14~15h），0.1%硝酸银染色后用数码相机拍照、记录。1.3数据处理用POPGEN32软件计算观测等位基因数（Ob-servedallelesnumber，Na）、有效等位基因数（Effectiveallelesnumber，Ne）、观测杂合度（Observedheterozy-gosity，Ho）、期望杂合度（Expectedheterozygosity，He）、
群体内近交系数（Withinpopulationinbreedingcoeffi-cient，FIS）、总近交系数（Totalinbreedingcoefficient，FIT）、群体分化系数（Populationdifferentiationcoeffi-cient，FST）和基因流（geneflow，Nm）。用Genepop软件进行哈迪温伯格平衡检验与连锁不平衡检验。根据公式d=（Ho-He）/He计算遗传偏离指数。根据Botstein等[7]的公式计算微卫星位点多态信息含量（Pol-ymorphisminformationcontent，PIC）。以Populations
表1引物序列及退火温度Tab.1Primersequencesandannealingtemperature
座位B1
B2B3B4B5B6B7B8
引物序列F:TTCCTACGCTTCGTCACAGR:AGTAATCTGCTGCTTCTGCF:AGGCATCCAGTCCGTATCR:AGGCAGGACAGACCATCAF:TGTCAGTGTGACTTGCTCCR:GTATTGTCAGCATTTCAGCTCF:TGAAGTCATAGCCACCTGACR:ATTGAAGCTGCTAATCATCGF:AGTGGTGAGATGCCGTATTGR:CCACGGAGTGCTGTTCTTCF:GGCTGCTGCTGTCTGTGCR:AGACACTGGGGCAACGCTF:CTGTAGACATTCACTTCACGGGR:CTGGAGGTAGGACTGGCTGF:GTATTGGACCGTAGGGGAR:TGAGAGGGTGGATGAAGTG
片段大小(bp)210~240
250~270230~250250~280190~220340~360210~250230~250
退火温度(℃)55
57595556565656
重复类型(ACAG)5AT(AGAT)9
(CTAT)8
(TG)11
(TG)12
(CA)6TA(CA)18
(TG)17
(AC)14
(TATC)7(TACC)5
水产学杂志
第27卷
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