环境科学高级建模方法Chemoffice使用

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化学软件chemoffice安装和基本教程

化学软件chemoffice安装和基本教程
➢改变元素:
双击需要改变元素符号的原子,弹出输入框,输入元素符号,按回车 键完成原子序号的更改。若原子的三维结构中显示孤对电子,执行关闭 “Tools”菜单中的“Show H’s ans Lp’s”命令,可不显示氢原子和孤对电子。
ChemDraw结构式与3D模型的转换
(1)ChemDraw结构式转换为3D模型 (2)3D模型转换为平面结构式
化学物质检索方法
“ChemFinder”对话框
图 4-40分子结构信息对话框
请按
化学反应的检索
查找免费网络资源
免费资源查找链接
分子模型及仿真软件Chem3D
主界面
3D模型绘制与编辑
(1)利用键工具建立模型 (2)利用文本工具建立模型
(3)利用子结构建立3D模型
子结构模型库
使用模板建立3D模型
利用模板建立富勒烯 3D模型
改变元素序号与替换元素 ➢ 改变元素序号:
首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select All”命令或ctrl + A快捷键; 然后整理结构,执行“Tools”菜单中的“Clean Up Structure”菜单命令。 使用垂直工具栏中 的工具,双击需要改变序号的原子,弹出输入框, 输入原子序号,按回车键完成原子序号的更改。
结构式 名称
(2) 结构式名称
预测核磁共振化学位移(structure---predict 1H-NMR shifts)
Structure—predict 1H-NMR shifts
分析结构估计性质
(3)化学反应方程式绘制举例
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
➢环己烷的椅式构型直接点击为水平放置,按Shift键点 击可由水平变为垂直。

(精品)化学软件应用---ChemOffice

(精品)化学软件应用---ChemOffice

以心安得化合物为例:
【Analysis】窗口 【Chemical Properties】】窗口
• 1.3.9 元素周期表
ChemDraw提供了一张使用起来十分方便的元素周 期表。 【View】/【Show Periodic Table Window】即可打 开元素周期表窗口。 单击周期表上的元素符号,就可以得到该元素的物理 性质。单击表中的 按钮,可以打开或关闭周期表下 方的物理性质详细列表。
菜单栏
套索 结构透视
实线单键 多重箭
虚线键 碎线键 碎线楔键 粗键
楔形键 空楔形键 波浪键
序列工具 脂肪族链
环丙烷 环戊烷 环庚烷
椅式环己烷 环戊二烯
选取框
质谱碎片 橡皮
文本工具
笔 箭头
轨道 绘图元素
括号 化学符号
询问工具
高级工具
模板
环丁烷
环己烷 环辛烷
椅式环己烷 苯环
常用工具栏 格式工具栏
绘图窗口
【File】/【Save As】,弹出【另存为】对话框, 即可保存。【保存类型】有多种选项,可另存为Chem Draw 3.x版的格式(“chm”),或“gif”、“bmp”图形 格式,或另存为ISIS格式。
• 3.1.3.3 图形的旋转或缩放
如果不改变图形模板的话,在绘图区每单击一次鼠标, 就会出现一个选定模板的图形。单击鼠标左键后不松 手,则可以通过移动鼠标使图形旋转,待转动到希望的 位置时松手即可。
垂直工具栏上的【模板】包含了多种较复杂的分子种
类和玻璃仪器模板。分别如下:
氨基酸(Amino Acids Side Chains)
氨基酸(Amino Acids)
芳香族(Aromatics)

chemoffice20.0用法 -回复

chemoffice20.0用法 -回复

chemoffice20.0用法-回复ChemOffice 20.0 是一款功能强大的化学绘图和化学信息管理软件,它可以帮助化学研究人员进行分子模拟、反应预测、数据分析等工作。

本文将详细介绍ChemOffice 20.0 的使用方法,帮助用户更好地使用该软件。

一、安装和启动ChemOffice 20.01. 下载ChemOffice 20.0 的安装文件,并双击运行该文件。

2. 在安装向导中选择安装类型,可以选择完整安装或自定义安装。

3. 在安装向导中选择安装位置,并点击“下一步”。

4. 设置快捷方式和额外的安装选项,然后点击“安装”按钮。

5. 安装完成后,可以在开始菜单或桌面上找到ChemOffice 20.0 快捷方式,双击启动软件。

二、界面和布局1. ChemOffice 20.0 的主界面由菜单栏、工具栏、侧边栏和绘图区组成。

2. 菜单栏提供了各种功能和操作选项,可以通过点击相应的菜单项来执行操作。

3. 工具栏上有常用的工具按钮,可以通过单击工具按钮来快速执行某些操作。

4. 侧边栏显示了一些常用选项和常用功能的快捷方式,可以方便地访问这些功能。

5. 绘图区可以用于绘制化学结构、编辑分子属性等。

三、绘制化学结构1. 在绘图区中,可以通过选择不同的绘图工具来绘制不同类型的化学结构,如原子、键、官能团等。

2. 使用选择工具可以选择已经绘制的结构,然后进行拖动、删除、复制等操作。

3. 使用文本工具可以在绘图区中添加文本,如化学式、反应方程、注释等。

4. 使用模板库可以快速插入常见的化学结构和官能团,可以通过搜索关键字来查找需要的结构。

四、编辑和修改化学结构1. 选择绘图区中的结构,可以通过右键点击来访问编辑菜单,进行修改、调整和变换结构的操作。

2. 可以选择某个原子,然后更改其化学元素、原子量、电荷、立体构型等属性。

3. 可以选择某个键,然后更改键的类型、键长、键角等属性。

4. 可以使用分子模型工具来创建和编辑分子的三维结构,通过拖动原子和键来调整分子的立体构型。

第三章 ChemOffice 软件的操作与使用

第三章   ChemOffice 软件的操作与使用
等工具和对象的旋转、缩放等操作
3. Newman(纽曼)投影式
关键在于化学键的叠放顺序(图层相互覆盖的问题), 方法是选中一部分对象,按鼠标右键选择Send to Back和 Bring to Front以改变其层次关系。 Newman投影式绘 制相对比较简单。
4. 立体化学
下图中的四个结构 式是同一种物质
执行【Structure】/【Predict 1H-NMR-Shift】菜单命令
分别执行【View】/【Show Analysis Window】和 【View】/【Show Chemical Properties Window】 菜单命令
执行【View】/【Show Period Table Window】 菜单命令,并可以得到 该元素的物理性质
箭头、轨道、绘图元素、括弧、 化学符号、询问工具模板 氨基酸模板 芳香族、双环、生物艺术模板 玻璃仪器模板 构象异构体模板 环戊二烯、环烷模板 DNA、RNA模板
超分子模板
绘图实例
绘制阿司匹林结构式
O
利用模板按左图绘制出简式;
O
O
单击选取框按钮,选中画好的 阿司匹林结构式;
第二个图形是使用Object 菜单的ShowStereochemistry 命令建立的 第三个图形是第二个图 形水平反转的结构
第四个图形是第三 个图形垂直旋转180度 的结果
为了出现Rotate180 Vertical,这个菜单项 需要同时按住Alt键
3.2.3 ChemNMR-核磁谱的计算
执行【Structure】/【Clean Up Structure】菜单命令,整理图形 到最佳状态。
OH
aspirin
图形存盘 ChemDraw文件的扩展名为“cdx”,执行 【File】/【Save As】菜单命令,即可保存。

ChemOffice2004使用手册

ChemOffice2004使用手册

ChemOffice 2004使用手册CS ChemOffice 2004是由美国剑桥软件公司开发,包括增强版和标准版。

CS ChemOffice包括三个软件:ChemDraw、Chem3D、ChemFinder。

其中Chemdraw主要用来绘制分子结构式、反应方程式;Chem3D可以显示分子的三维立体图象;ChemFinder可以建立自己的数据库。

这三部分既可以单独使用,又可以联合起来应用到教学和编辑的工作之中。

该软件可以运行于Microsoft Windows98、2000以及Windows NT下,也可以运行在多种操作系统中。

由于Windows环境下具有的友好用户界面的切换功能,使得其资料可更加方便地共享于各软件之间。

§2.1 ChemDraw的使用ChemDraw的特点ChemDraw的程序界面是标准的Windows窗口(图1),在窗口中点击左键以激活快捷工具。

用来画分子图形的各种常用操作均用图标形式显示于左边的工具箱中,不必记忆任何操作命令,亦可采用下拉式菜单方式使用。

有的工具按钮上有“向右的小三角”图标,表明有多重选项。

如果需要对分子图形进行放大和缩小或者进行任意角度旋转等操作,可以直接用鼠标选中相应的结构,就可进行操作。

该软件提供了各种类型的化学键、化学分子轨道、电荷、球(椭球);并且自带了12类几百个模板,从芳环、多元环、羰基化合物到糖、氨基酸等应有尽有,使用十分方便;ChemDraw还具有了分子结构的扩展,例如在写分子式时可以用Me代替甲基,Ph代表苯环,在利用展开分子式功能可以将这些缩写展开。

图1 ChemDraw的主窗口ChemDraw的一大特点是具有强大的分子图形编辑功能。

对分子图形可以进行组合与分块处理——即可以将许多分块的结构组合成为一个结构来进行处理,或者将一个结构分解成若干个小结构进行处理,这就使得使用者可以根据需要用不同的方式对化学结构进行编辑。

ChemDraw具有对化学分子式的上下标记功能,使得对于图形的各种处理,特别是局部的处理提供了很大的灵活性。

Chem3D常用功能使用教程讲解学习

Chem3D常用功能使用教程讲解学习
27
显示氢及孤对电子
28
不显示氢及孤对电子的环己烷
原子名称及序数 29
选择工具,双击原子, 按顺序改变原子序号
30
居中 移动到 色彩调节 显示元素符号 显示元素编号 显示实心球 显示点阵表面
调整键长 破坏键 调整键级 就近结合 添加质心 颠倒 调整矩阵
隐藏所选部分 隐藏非选部分 显示所有原子 显示邻近原子 显示背面 定义基团
11
12
建立3D模型 1. 利用键工具建立模型
选择【单键】工具,在模型窗口向右按动
圆柱键模型
13
线状模型
14
棒状模型
15
球棍模型
16
比例模型
17
X、Y轴旋转指示
选择【轨迹球】工具,使分子模型
在模型窗口沿X、Y轴旋转
18
Z轴旋转指示
选择【轨迹球】工具并按“Alt”键, 使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转
102
103
放大、 缩小
播放、暂 停、录制
滑动块
104
105
复制粘贴到 ChemDraw中
63
计算功能演示
(1)查找原子的范德瓦尔斯半径 • 【View】【Atom Types.TBL】窗口,
找到各种元素在不同环境的半径
64
65
66
(2)观察分子的大小 • 建立苯模型。执行【View】【Connolly
Molecular】弹出Suface对话框;【solid】 选项可以选择分子表面的类型; 【Resolution】滑动到右边,其值为100
Wire Frame Sticks Ball-Sticks Cylindrical Bonds
9
带状模型常用于生物分子

环境科学高级建模方法建模方法

环境科学高级建模方法建模方法

04
对于一些非线性系统和不确定性因素,系 统动力学模型的预测精度可能有限。
高级建模方法:生
03
态足迹模型
生态足迹模型的基本概念
生态足迹模型是一种评估人类活动对环境影响的量化工具 ,通过计算人类对自然资源的需求和排放的废物量来评估 环境的可持续性。
它基于一个假设,即地球的生态系统可以提供足够的资源 来满足人类的需求,同时吸收人类活动产生的废物,前提 是人类活动不超过生态系统的再生能力。
系统动力学模型的应用实例
气候变化
01
系统动力学模型可以模拟气候系统中温室气体排放、气候变化
和生态系统的相互影响,为政策制定提供依据。
城市规划
02
通过建立城市发展系统动力学模型,可以模拟城市人口、经济
、环境等各要素的发展趋势,为城市规划提供决策支持。
资源管理
03
系统动力学模型可以模拟资源开发、利用和保护的动态过程,
环境决策支持系统的优缺点
01
优点
02 1. 提供全面、准确的环境信息和分析,帮助决策 者做出科学合理的决策。
03 2. 通过模型模拟和预测,可以预见未来环境变化 趋势,为长期规划提供依据。
环境决策支持系统的优缺点
• 支持多目标决策分析,综合考虑经济、社会和环境因素, 促进可持续发展。
环境决策支持系统的优缺点
在地方层面,生态足迹模型被用于评 估地区的生态承载力,制定城市规划 和土地利用政策。
生态足迹模型的优缺点
优点
生态足迹模型是一种简单易懂的量化工具,可以直观地反映人类活动对环境的影响。它可以帮助决策者制定可持 续发展的政策和规划,并促进公众对环境问题的关注。
缺点
生态足迹模型是一种静态评估工具,只能反映某一时刻的资源利用状况。它忽略了生态系统的时间动态和空间异 质性,以及不同地区之间的差异。此外,生态足迹模型还无法考虑一些复杂的生态过程和环境因素,如生物多样 性、气候变化等。

chemoffice20.0用法

chemoffice20.0用法

chemoffice20.0用法ChemOffice20.0是一款强大的化学信息软件,它提供了全面的化学信息数据库,包括分子建模、反应机制、光谱分析等功能,广泛应用于化学、生物、材料等领域。

本文将详细介绍ChemOffice20.0的用法,帮助用户更好地掌握软件功能。

一、安装与启动ChemOffice20.0的安装过程较为简单,只需要按照安装向导的提示即可完成安装。

安装完成后,可以通过启动图标进入软件。

首次启动ChemOffice20.0时,会提示用户选择一个模板,以便进行分子建模和计算。

二、基本操作1.创建分子模型:在ChemOffice20.0中,可以通过点击“新建”按钮创建一个新的分子模型。

在创建过程中,可以选择不同的建模工具和参数,以满足不同的建模需求。

2.编辑分子模型:创建分子模型后,可以通过各种编辑工具对分子结构进行修改。

例如,可以使用“旋转”工具将分子模型旋转到正确的角度,以便观察分子的细节。

3.保存和导出分子模型:完成分子模型的编辑后,可以将其保存到本地或导出为常见的文件格式,如XYZ、MOL、PDB等。

三、化学信息查询ChemOffice20.0提供了丰富的化学信息查询功能,包括分子轨道、键能计算、光谱分析等。

用户可以通过软件内置的数据库查询所需的化学信息。

四、反应机制模拟ChemOffice20.0支持反应机制模拟,用户可以通过软件内置的反应模块构建反应路径,观察反应过程中的能量变化和产物生成。

五、光谱分析ChemOffice20.0提供了多种光谱分析工具,如红外光谱、核磁共振光谱、拉曼光谱等。

用户可以通过选择相应的光谱模块,导入分子模型,并设置相应的参数进行光谱分析。

六、软件优化与升级在使用ChemOffice20.0的过程中,可能会遇到一些性能问题或bug。

为了解决这些问题,用户可以参考软件官方论坛或社区,获取相应的优化方法或补丁程序。

同时,为了获得更好的使用体验和功能更新,用户可以定期检查软件的升级提示,及时进行软件更新。

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3、Chem-3D的使用:半经验方法等设置:计算类型,
理论,参数,输出文件的位置。
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
五、ChemOffice程序的使用
3、Chem-3D的使用:
输出文件的格式:标准生成热,键长,键 角,二面角,原子电荷。 文件名.log
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原子的更改 半经验方法等设置 输出文件位置的指定 根据计算结果画分子结构图
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五、ChemOffice程序的使用
3、Chem-3D的使用:原子更改: 双击原子,出现长条框,
输入需要的元素符号后,回车。
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五、ChemOffice程序的使用
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
五、ChemOffice程序的使用
2、ChemDraw的使用:
公具栏的使用 网格的显示 选定,旋转,质量分裂 化学键:单,双,叁…等等 箭头,轨道,括号,电荷 常用特殊结构
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
ChemDraLeabharlann 的使用环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
五、ChemOffice程序的使用
1、内容简介:
ChemOffice 主要包括三个模块: ChemDraw(化学结构绘图) Chem3D(分子模拟分析绘图) ChemFinder(化学信息搜寻整合系统)
此外还加入了E-Notebook、BioAssay Pro、量化软件MOPAC、 Gaussian和GAMESS的界面,ChemSAR、Server Excel、ClogP、 BioViz、CombiChem/Excel等一系列完整的软件。
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
ChemDraw的工具
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
ChemDraw的使用
元素周期表
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
ChemDraw的使用
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
ChemDraw的使用
文档设置
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
五、ChemOffice程序的使用
2、ChemDraw的使用:
画出α-萘磺酸的分子结构图。
画出乙酸乙酯的分子结构图。 查找资料,画出维生素D的结构式。
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
五、ChemOffice程序的使用
3、Chem-3D的使用:
五、ChemOffice程序的使用
1、内容简介 2、ChemDraw的使用 3、Chem-3D的使用 4、在ChemDraw中画出分子的结构 5、在WORD文档中画出分子的结构 6、第四次作业
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五、ChemOffice程序的使用
1、内容简介:
在信息技术日益发展的今天,化学化工软件已成为相关专业工作者 日常工作中不可或缺的基本工具。它不仅可以解决化学计算中的复 杂问题,而且可以利用虚拟的程序模拟化学世界的微观结构,并可 以将微观结构的光谱形态等形象直观地展示出来,因此熟悉常用化 学化工软件并掌握其使用方法便成为相关专业工作者必备的技能之 一。 ChemOffice Ultra是美国剑桥软件公司研究和开发的一款化学专业 应用软件,是目前世界上最优秀的桌面化学软件之一。它集强大的 应用功能于一身,提供了优秀的化学辅助系统,可使化学工作者的 日常工作更加便捷。经过多年的发展,ChemOffice系列软件已经成 为国内、外化学化工领域的常用软件。迄今为止,该软件已经发布 了11个版本,目前最新版本为CambridgeSoft ChemOffice Ultra 2008(简称ChemOffice 2008)。
3、Chem-3D的使用: 显示元素符号
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
五、ChemOffice程序的使用
3、Chem-3D的使用: 显示棒球形状
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
五、ChemOffice程序的使用
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
五、ChemOffice程序的使用
环境科学高级建模方法 Chemoffice使用
2020/11/23
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
2D-QSAR方法
活性数据
分子结构、热力学参数
实验方法
量子化学计算
交叉验证,F 检验,VIF 评

建立模型
SPSS 12.0 for Windows
预测相关活性
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
ChemDraw的工具 工具栏
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
ChemDraw的工具
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
ChemDraw的工具
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
ChemDraw的工具
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
ChemDraw的工具
五、ChemOffice程序的使用
3、Chem-3D的使用: GEOMETRY OPTIMISED USING EIGENVECTOR FOLLOWING (EF). SCF FIELD WAS ACHIEVED
ChemDraw的使用
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原子标记 标题
颜色
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ChemDraw的使用
国外化学期刊默认文档格式
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
五、ChemOffice程序的使用
2、ChemDraw的使用:
画出α-萘磺酸的分子结构图。
画出乙酸乙酯的分子结构图。
环境科学高级建模方法Chemoffice使 用
五、ChemOffice程序的使用
1、内容简介:
ChemDraw 是世界上最受欢迎的纯粹化学结构绘图软件,是 各论文期刊指定的格式; Chem3D模块是提供工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道的 特性分析,并能和数种量子化学软件结合在一起的软件; ChemFinder模块是进行化学信息搜寻整合系统的软件,它 既可以建立、储存及搜索化学数据库,也可以与ChemDraw、 Chem3D联合使用,还可以使用现成的化学数据库。
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