土壤微生物快速检测方法

土壤微生物快速检测方法

基本的定义，所需仪器（基本的仪器），检测所需时间，数据详细程度（得到什么样的数据），成本，与现有的平台的差距，是否具有可行性!

列表对比：

一、土壤微生物检测方法

1、气相色谱法

微生物细胞的气相色谱分析是研究微生物分类的有效方法之一。其原理是将微生物细胞经过水解,甲醇分解,提取,以及硅烷化,甲基化等衍生化处理后,使之分离尽可能多的化学组分供气相色谱进样分析。不同微生物所得到的色谱图中,通常大多数的峰是有共性的,只有少数的峰具有特征性,可被用来进行微生物鉴定。大量分析检测各种常见细菌、酵母菌、霉菌和其它微生物的组成成分,并建立微生物组分标准色谱图文库,储存在计算机中,然后将待鉴定微生物的组分色谱图与标准图谱相比较,可迅速鉴定其种类。

目前，基于气相色谱最常用的检测方法为磷脂脂肪酸(PLFA）法。这种方法不仅可以检测土壤中生物多样性，还可以检测到它的变化。而且还可以根据峰值判断具体的是哪一种微生物。

2、PCR技术

PCR技术在环境微生物的检测方面已得到越来越广泛的应用,利用PCR技术检测土壤中的转基因细菌,后来用于检测土壤中不可培养的微生物,跟踪环境中的特定细菌或DNA,揭示土壤生态系统的基因多

样性等。利用PCR技术来检测环境中的微生物,关键的问题是环境样品中DNA的抽提和纯化。来自环境的样品含有非常复杂的成分,有些对PCR有抑制作用的杂质会一直伴随DNA的抽提过程而难以除去,而且DNA还可以被黏土等吸附而降低产量。从土壤或沉积物中提取DNA的现有方法可以分为2类,一是在土壤中直接裂解微生物体,再提取DNA。另一类是先将微生物菌体与土壤颗粒分开,再提取DNA。目前土壤中DNA样品的纯化有密度梯度离心法、凝胶过滤法和琼脂糖凝胶电泳纯化法等。

二、色谱法和PCR法比对

色谱法PCR法

所需仪器气相色谱仪或质谱

仪、检测器、色谱柱、PCR仪、电泳仪、凝胶成像系统（配备电脑）

仪器价钱16-23万（Agilent）10万左右

其它前期萃取所需的小瓶

价钱贵，并且一般为

一次性。后期测序，需测序公司代理，一个序列约25元。