利用SSR 分子标记对鹅掌楸自由授粉子代的父本分析

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玉米种子纯度SSR分子标记检测研究报告

作物产量的多少和品质的优良，而种子纯度的高低又是显示 1.2.1 SDS 法提取玉米种子的 DNA
[2]
种子质量好坏的一项重要因素。种子纯度的检测是发挥
[13]
参考郭景伦等的方法，提取玉米 DNA，每个品种随
作物产量潜能和保证作物质量的必要措施。根据前人的研究，机选取 50
2 结果与分析
1.1 材料试验材料：金庆 707 杂交种及其父母本种子、世宾 338
及其父母本种子，20 对 SSR 引物序列来自数据库（https:// /）。
试剂：氯仿、SDS 提取液、异丙醇、5 mol/L 氯化钠溶液、
2.1 用于金庆 707 和世宾 338 纯度鉴定的多态性 SSR 引物筛选
[8]
有多态性高、呈共显性、操作简便等优点。SSR 分子标记
循环；72 ℃延伸 10 min，PCR 产物保存于 4 ℃。反应程序
法已广泛应用于各种农作物的真实性以及纯度鉴定，李苗 [9]、的反应时间、温度、次数等可根据 PCR 仪器、酶以及引物
[10]
[11]
刘宏魁、李阳等人利用多态性 SSR 引物对玉米种子纯
12试验方法121sds法提取玉米种子的dna参考郭景伦等13的方法提取玉米dna每个品种随机选取50粒种子提取种子胚中的dna122ssr引物筛选及纯度鉴定选取玉米品种鉴定技术规程nyt24752013中公布的20对玉米ssr引物由北京六合华大基因科技股份有限公司合成
研究 RESEARCH REPORT 报告
白质的不同得以鉴定，蛋白质电泳鉴定容易遭受环境和生长 Taq DNA 聚合酶 0.2 μL，模板 DNA 2 μL，无菌水补全到
状况的影响。陈皆辉 [6]、张承毅 [7] 等人利用生化标记鉴定 20 μL。SSR 的扩增程序为：94 ℃预变性 4 min，94 ℃变

作物育种学总论第十四章分子标记辅助选择育种

PCR-based markers
PCR: polymerase chain reaction（多聚酶链式反应）
amplification of tracts of DNA defined by border sequences that hybridize to selected DNA polymerase primers
How to use a genetic marker for marker-assisted selection
Weaver Carrier Sire
M1
M2
W
+
M1
M3 M2
M3
W
++
+
W=Weaver +=Normal
目标基因的标记筛选（gene tagging）是进行分子标记辅助选择（MAS）育种的基础。用于MAS育种的分子标记须具备三个条件：
生化标记
主要包括同工酶和等位酶标记。同工酶是：指结构不同、功能相似的酶，也即具有同一底物专一性的不同分子形式的酶。属于一个以上基因座位编码的酶的不同形式；而等位酶是指由一个基因座位的不同等位基因编码的酶的不同分子形式。分析方法是从植物组织的蛋白粗提物中通过电泳和组织化学染色法将酶的多种形式转变成肉眼可辩的酶谱带型。
供体
M
R
受体
m
r
M
m
R
r
RR Rr rr
(1-r)2 2r(1-r) r2
目标基因与DNA标记间的遗传距离位p
亲本中DNA标记的带型
M—抗性标记 R—抗性基因 m—感病标记 r—感病基因
F1杂种中DNA标记的带型
在F2分离群体中分子标记类型即MM,Mm,mm

基于SSR分子标记的78份核桃种质资源遗传多样性分析

江西农业学报㊀２０２０，３２（６）：１１１６ＡｃｔａＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｅＪｉａｎｇｘｉ㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｊｘｎｙｘｂ．ｃｏｍＤＯＩ：１０．１９３８６／ｊ．ｃｎｋｉ．ｊｘｎｙｘｂ．２０２０．０６．０３基于ＳＳＲ分子标记的７８份核桃种质资源遗传多样性分析敬丹，骆翔，陈利娜，李好先，唐丽颖，曹尚银∗㊀㊀收稿日期：２０２０－０２－１７基金项目：中国农业科学院科技创新工程特色果树资源与育种（ＣＡＡＳ－ＡＳＴＩＰ－２０２０－ＺＦＲＩ）㊂作者简介：敬丹（１９９５─），女，河南南阳人，硕士研究生，主要从事果树遗传育种研究㊂∗通信作者：曹尚银㊂（中国农业科学院郑州果树研究所，河南郑州４５０００９）摘㊀要：以７８份核桃农家品种及栽培种为材料，利用ＳＳＲ分子标记技术，从２５对ＳＳＲ引物中筛选出８对引物对７８份核桃资源的遗传多样性进行分析，为核桃种质资源保存和利用㊁培育核桃优良新品种提供参考依据㊂结果显示：共检测到５５个多态性位点，平均每个位点检测到的等位基因数为６．８７５个，等位基因的变化范围为１１６个，每个ＳＳＲ位点的多肽信息含量（ＰＩＣ）在０．０７５０．２２８，平均为０．１５１㊂基于遗传相似系数，利用ＵＰＧＭＡ方法进行聚类分析，结果显示供试材料之间遗传相似系数介于０．６０５１．０００，当遗传系数为０．７０４时，可将７８份资源分为５部分，分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显，存在相互渗透的现象㊂７８份材料间遗传距离较小，平均为０．２３，遗传相似度高㊂用Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ２．２分析群体结构发现最佳亚群体数为２，分别包含２５和５３份核桃资源㊂关键词：核桃；ＳＳＲ分子标记；遗传多样性中图分类号：Ｓ６６４．１㊀文献标志码：Ａ㊀文章编号：１００１－８５８１（２０２０）０６－００１１－０６ＧｅｎｅｔｉｃＤｉｖｅｒｓｉｔｙＡｎａｌｙｓｉｓｏｆ７８ＷａｌｎｕｔｓＢａｓｅｄｏｎＳＳＲＭｏｌｅｃｕｌａｒＭａｒｋｅｒＪＩＮＧＤａｎ，ＬＵＯＸｉａｎｇ，ＣＨＥＮＬｉ－ｎａ，ＬＩＨａｏ－ｘｉａｎ，ＴＡＮＧＬｉ－ｙｉｎｇ，ＣＡＯＳｈａｎｇ－ｙｉｎ∗（ＺｈｅｎｇｚｈｏｕＦｒｕｉｔＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｚｈｅｎｇｚｈｏｕ４５０００９，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆ７８ｗａｌｎｕｔｌａｎｄｒａｃｅｓａｎｄｃｕｌｔｉｖａｒｓｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄｕｓｉｎｇＳＳＲｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｂｙ８ｐａｉｒｓｐｒｉｍｅｒｓｗｉｔｈｃｌｅａｒｂａｎｄｓｓｅｌｅｃｔｅｄｆｒｏｍ２５ｐａｉｒｓｏｆＳＳＲｐｒｉｍｅｒｓ，ｗｈｉｃｈｐｒｏｖｉｄｅｄｒｅｆｅｒｅｎｃｅｉｎｐｒｅｓｅｒｖａｔｉｏｎａｎｄｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎｏｆｗａｌｎｕｔｇｅｒｍｐｌａｓｍｒｅｓｏｕｒｃｅｓａｎｄｔｈｅｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎｏｆｎｅｗｗａｌｎｕｔｖａｒｉｅｔｉｅｓｉｎｔｈｉｓｓｔｕｄｙ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄａｔｏｔａｌｏｆ５５ｐｏｌｙｍｏｒ⁃ｐｈｉｃｌｏｃｉｗｅｒｅｄｅｔｅｃｔｅｄ，ｗｉｔｈ６．８７５ａｌｌｅｌｅｓｐｅｒｌｏｃｕｓａｎｄａｒａｎｇｅｏｆ１１６．Ｔｈｅｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｃｏｎｔｅｎｔ（ＰＩＣ）ｏｆｅａｃｈＳＳＲｌｏｃｕｓｗａｓ０．０７５０．２２８，ｗｉｔｈａｎａｖｅｒａｇｅｏｆ０．１５１．Ｂａｓｅｄｏｎｇｅｎｅｔｉｃｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔ，ｇｅｎｅｔｉｃｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇａｎａｌｙｓｉｓｗｉｔｈｔｈｅｍｅｔｈｏｄｏｆＵＰＧＭＡｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔａｍｏｎｇｔｅｓｔｅｄｍａｔｅｒｉａｌｓｗａｓ０．６０５１．０００．Ｗｈｅｎｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔｗａｓ０．７０４，ｔｈｅｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｗａｓｄｉｖｉｄｅｄｉｎｔｏ５ｐａｒｔｓ．Ｔｈｅｒｅｗａｓａｐｈｅｎｏｍｅｎｏｎｔｈａｔｔｈｅｖａｒｉｅｔｉｅｓｆｒｏｍｄｉｆｆｅｒｅｎｔｇｅｏｇｒａｐｈ⁃ｉｃａｌｓｏｕｒｃｅｓｗｅｒｅｎｏｔｃｌａｓｓｉｆｉｅｄｃｌｅａｒｌｙｗｉｔｈａｍｕｔｕａｌｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ．Ｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎ７８ｗａｌｎｕｔｓｗａｓｓｍａｌｌ，ａｎｄｔｈｅａｖｅｒ⁃ａｇｅｗａｓ０．２３．Ｉｔｉｎｄｉｃａｔｅｄｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｗａｓｈｉｇｈ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｏｆｇｒｏｕｐｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｎａｌｙｓｉｓｕｓｉｎｇｓｔｒｕｃｔｕｒｅ２．２ｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅｏｐｔｉｍａｌｇｒｏｕｐｎｕｍｂｅｒｗａｓ２，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ２５ａｎｄ５３ｗａｌｎｕｔｒｅｓｏｕｒｃｅｓｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｗａｌｎｕｔ；ＳＳＲｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒ；Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙ㊀㊀核桃（ＪｕｇｌａｎｓｒｅｇｉａＬ．）属于胡桃科㊁核桃属的木本树种，是世界著名四大干果之一，也是世界上重要的油料树种，与油桐㊁油茶㊁乌桕并称我国四大木本油料树种［１］㊂核桃具有较高的经济价值，其中叶㊁青皮㊁核仁㊁木材以及核桃林本身的经济价值都很高［２］㊂核桃还具有重要的营养药用价值，核桃仁是上好的滋补品，含有多种营养成分，对人体健康及饮食健康起到了重要作用㊂我国是核桃属植物的起源和分布中心之一，栽培历史悠久，种质资源丰富，分布广泛［３］㊂加强对种质资源的收集和保护，既是对优良基因的一种保护，又是种质资源创新的前提㊂一般来说农家品种对自生境有较强的适应性，含有更多优良基因㊂然而核桃优良的农家品种资源分布较散，往往分布在山地㊁丘陵地区，收集存在着一定的障碍和困难，国内也尚未有专门单位对其进行收集㊂此外，将收集来的农家品种进行鉴定和分类保存不仅需要专门的种质资源圃，也需要耗费大量的人力㊁物力㊂再者由于传统的形态学鉴定方法存在一定的短板之处，随着核桃品种的多样化，一些亲缘关系较为接近的品种仅靠形态学鉴定方法难以鉴别品种间的差异，导致研究者对农家品种的重视程度不高［４］㊂因此，加强核桃优良农家品种的收集，建立一种有效的苗木品种资源鉴定方法，对于核桃种质资源的创新及核桃产业的发展尤为重要和迫切㊂分子标记技术是在形态标记㊁细胞标记和生化标记后出现的一种新兴的技术手段，它以ＤＮＡ多态性为基础，直接反映ＤＮＡ水平上的遗传变异［４］㊂目前常用的分子标记有限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）㊁随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）㊁扩增片段多态性（ＡＦＬＰ）㊁单核苷酸多态性（ＳＮＰ）㊁简单重复序列（ＳＳＲ）等［１］㊂在果树的育种工作中，分子标记技术可用于研究果树种质资源及亲缘关系的远近㊁分析其遗传多样性，这对于果树种质资源的评价和保存具有重要意义，同时还可利用分子标记技术辅助育种，加快育种效率㊂目前，分子标记技术已被广泛应用于植物遗传研究和育种实践中，如桃㊁苹果㊁梨㊁核桃㊁茶树等［４－５］㊂Ｆｒｅｅｍａｎ等利用ＳＳＲ技术对不同地域茶树品种的亲缘关系及居群的分化程度进行了分析［６］㊂张鹏等对４２份云南玉米自交系进行了遗传多样性分析，为云南地区玉米育种提供了参考依据［７］㊂在核桃方面的应用主要集中在核桃种群遗传结构分析㊁遗传标记开发等方面［８－９］㊂目前核桃中已有数百对特异性ＳＳＲ引物，它们已被证明在核桃的多种遗传分析中具有实用价值［１０］㊂但是大部分是针对核桃的优良品种之间的遗传多样性及亲缘关系的研究，而对于核桃农家品种资源的相关研究尚未见报道㊂本研究旨在收集分布在全国各地的核桃农家品种资源，利用ＳＳＲ标记对所收集到的核桃农家品种及部分栽培种进行分子标记遗传多样性分析，以期为核桃农家品种资源的保存和利用以及核桃种质资源的创新奠定一定的工作基础㊂１㊀材料与方法１．１㊀试验材料试验材料为收集来的７８份核桃资源的幼嫩叶片，采后用锡箔纸包裹，在液氮中速冻，然后带回置于－８０ħ超低温冰箱保存，所有材料均采自中国农业科学院郑州果树研究所品种资源圃（表１）㊂１．２㊀试验方法１．２．１㊀ＤＮＡ提取㊀采用ＣＴＡＢ法提取７８份核桃叶片的基因组ＤＮＡ㊂利用１％的琼脂糖凝胶以及Ｂｉｏ－Ｐｈｏｔｏｍｅｔｅｒ核酸检测仪（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ）检测ＤＮＡ的质量㊁浓度与纯度，并将ＤＮＡ样品的浓度稀释至５０ｎｇ／μＬ，置于－２０ħ冰箱保存备用㊂１．２．２㊀ＳＳＲ分析㊀以７８份核桃的基因组ＤＮＡ为模板，根据已发表的ＮＣＢＩ公共数据库中核桃的ＳＳＲ引物，在各材料中进行扩增，所有引物均由尚亚生物技术有限公司合成㊂所用反应体系为２０μＬ的ＰＣＲ反应体系，其中１０ˑＰＣＲｂｕｆｆｅｒ２μＬ，２．５ｍｍｏｌ／Ｌ的ＭｇＣｌ２１．６μＬ，２．５ｍｍｏｌ／Ｌ的４ˑｄＮＴＰ１．２μＬ，４μｍｏｌ／Ｌ的上㊁下游引物各０．８μＬ，５Ｕ／μＬ的ＴａｑＤＮＡ聚合酶０．１μＬ，３０ｎｇ／μＬ的ＤＮＡ２μＬ，用ｄｄＨ２Ｏ补至体积为２０μＬ㊂ＰＣＲ反应程序为：９４ħ４ｍｉｎ；９４ħ４０ｓ，４５６０ħ４０ｓ，７２ħ１ｍｉｎ，３５个循环；７２ħ１０ｍｉｎ；４ħ保存㊂ＰＣＲ扩增产物用６％非变性聚丙烯酰胺凝胶在ＤＹＹ－Ⅱ型垂直板电泳仪及ＤＹＣ－３０型电泳槽中检测㊂吸取ＰＣＲ产物２μＬ进行加样，上样完毕后在２０ｍＡ电流条件下电泳４０ｍｉｎ㊂电泳结束后进行银染㊂１．２．３㊀谱带的记录及数据统计与分析㊀根据各分子标记在相同电泳迁移率（相同分子量片段）的有无对银染后的凝胶图像进行条带统计，在相同位置上，有ＤＮＡ扩增条带记为１，无带记为０㊂利用ＰｏｗｅｒＭａｒｋｅｒＶ３．２５软件计算等位基因数（ＮＡ）㊁多态信息含量（ＰＩＣ）及遗传距离（ＧＤ）等信息㊂利用ＮＴｓｙｓ２．１软件采用ＳＡＨＮ功能进行ＵＰ⁃ＧＭＡ（类平均法）聚类分析㊂利用Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ２．２软件进行７８份核桃资源群体结构分析，其中ＬｅｎｇｔｈｏｆＢｕｒｎｉｎＰｅｒｉｏｄ参数设为１００００，ＮｕｍｂｅｒｏｆＭＣＭＣＲｅｐｓａｆｔｅｒＢｕｒｎｉｎ设为５００００，Ｋ设置为１１０，每个Ｋ值重复２０次㊂最佳Ｋ值根据Ｌ（Ｋ）和ΔＫ随Ｋ值的变化确定［１１］，其中Ｌ（Ｋ）及ΔＫ的计算参照曾可为等［１２］的方法进行㊂２㊀结果与分析２．１㊀７８份核桃农家品种资源ＳＳＲ标记多态性分析在７８份核桃农家品种资源中，一共从２５对ＳＳＲ引物中筛选出８对具有一定多态性的ＳＳＲ引物，如表２所示㊂㊀㊀对这８对引物进行分析发现，等位基因（ＮＡ）数量变幅为１１６，共扩增出了５５个多态性位点，２１江㊀西㊀农㊀业㊀学㊀报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀３２卷平均每对引物扩增出的等位基因数为６．８７５㊂其中引物Ｍ０２的扩增产物最多，扩增出１６条带；最少的为引物Ｗ０８，仅有１条带㊂此外，主等位基因频率（ＭＡＦ）㊁基因多样性（ＧｅｎｅＤｉｖｅｒｓｉｔｙ）㊁多态信息含量（ＰＩＣ）之间也存在一定的差异㊂每个ＳＳＲ位点的ＰＩＣ在０．０７５０．２２８，平均为０．１５１㊂ＭＡＦ范围为０．８２３０．９５９，平均为０．８９３㊂基因多样性范围为０．０７８０．２７１，平均为０．１７３（表３）㊂表１㊀７８份核桃资源汇总品种编号品种名称地理来源品种编号品种名称地理来源Ｈ１陇南Ｌ甘肃Ｈ４０西２－２河南郑州Ｈ２中短０２河南郑州Ｈ４１瓜草地４号北京Ｈ３中短０５河南郑州Ｈ４２郑０河南郑州Ｈ４中短１２河南郑州Ｈ４３万德１号山东济南Ｈ５宋南２东５河南巩义Ｈ４４龙王庙核桃河南洛阳Ｈ６巴格湾１号新疆Ｈ４５安家滩１号北京Ｈ７中短２１河南郑州Ｈ４６秦优２号陕西Ｈ８中短２２河南郑州Ｈ４７客龙早四川成都Ｈ９中短２５河南郑州Ｈ４８南地１２－２河南郑州Ｈ１０中短２６河南郑州Ｈ４９北辛庄核桃１号河北保定Ｈ１１中短２７河南郑州Ｈ５０闫村４号河南洛阳Ｈ１２中短２９河南郑州Ｈ５１北辛庄核桃２号河北保定Ｈ１３中短３０河南郑州Ｈ５２巴格湾７号新疆Ｈ１４中短３１河南郑州Ｈ５３慈母川４号北京延庆Ｈ１５中短３４河南郑州Ｈ５４银河村核桃２号河北保定Ｈ１６中短３５河南郑州Ｈ５５巴格湾６号新疆Ｈ１７宋南３东４河南巩义Ｈ５６ＣＡＯＳＹＬＹＱ００５河北保定Ｈ１８高岭４号北京Ｈ５７巴格湾２号新疆Ｈ１９宋西１北１河南巩义Ｈ５８西１－１河南郑州Ｈ２０郑大果河南郑州Ｈ５９康选３号甘肃陇南Ｈ２１济西１１号河南济源Ｈ６０永州付东沟核桃河南安阳Ｈ２２响水湖怀柔５号北京Ｈ６１中短１８号河南郑州Ｈ２３鸡爪绵核桃２号山东济南Ｈ６２陇南Ｋ甘肃Ｈ２４安家滩５号北京Ｈ６３康选３６号甘肃陇南Ｈ２５安家滩４号北京Ｈ６４陇南Ｘ甘肃Ｈ２６抗晚霜核桃河北阜平Ｈ６５台村１号北京Ｈ２７王河核桃２号河南登封Ｈ６６藏０１２嘎玛村核桃西藏Ｈ２８汾阳绵核桃１０号山西吕梁Ｈ６７郭庄核桃１号河南登封Ｈ２９西扶１号陕西Ｈ６８贵堂核桃湖南Ｈ３０宋房西－２河南巩义Ｈ６９西藏核桃西藏Ｈ３１朗县酥油核桃西藏Ｈ７０十三陵１号北京Ｈ３２周口店３号北京Ｈ７１中核３号河南郑州Ｈ３３周口店１号北京Ｈ７２ＧＬ４北京Ｈ３４北辛庄核桃３号河北保定Ｈ７３ＳＮ３Ｄ４河南巩义Ｈ３５中短１６号河南郑州Ｈ７４宋南２东９河南巩义Ｈ３６黑水县核桃四川Ｈ７５宋南１东９河南巩义Ｈ３７寿长核桃１号河北保定Ｈ７６宋南５东６河南巩义Ｈ３８高岭３号北京Ｈ７７棚内８号河南郑州Ｈ３９银河村核桃１号河北保定Ｈ７８济西１５号河南济源㊀注：划线部分为栽培种，其余为农家品种㊂表２㊀ＳＳＲ标记引物信息引物名称引物序列（５ᶄ－３ᶄ）Ｗ０１Ｆ：ＣＡＴＣＡＡＡＧＣＡＡＧＣＡＡＴＧＧＧＲ：ＣＣＡＴＴＧＧＴＣＴＧＴＧＡＴＴＧＧＧＷ０２Ｆ：ＡＴＴＧＧＡＡＧＧＧＡＡＧＧＧＡＡＡＴＧＲ：ＣＧＣＧＣＡＣＡＴＡＣＧＴＡＡＡＴＣＡＣＷ０３Ｆ：ＴＴＡＧＡＴＴＧＣＡＡＡＣＣＣＡＣＣＣＧＲ：ＡＧＡＴＧＣＡＣＡＧＡＣＣＡＡＣＣＣＴＣＷ０４Ｆ：ＣＴＣＧＧＴＡＡＧＣＣＡＣＡＣＣＡＡＴＴＲ：ＡＣＧＧＧＣＡＧＴＧＴＡＴＧＣＡＴＧＴＡＷ０５Ｆ：ＡＧＣＴＴＣＣＣＣＣＡＴＴＣＴＣＣＴＡＡＲ：ＧＧＡＣＣＴＣＣＡＣＡＡＣＣＡＡＡＡＧＡＷ０６Ｆ：ＣＡＴＧＣＡＴＧＣＡＧＧＣＴＴＴＡＡＡＡＴＲ：ＣＧＣＡＴＣＣＧＧＡＧＴＡＧＴＴＣＴＴＴＷ０７Ｆ：ＣＧＡＣＧＡＴＴＣＧＧＴＧＡＡＧＡＡＡＴＲ：ＧＡＡＡＡＣＣＣＡＧＴＴＴＣＴＧＴＣＧＧＷ０８Ｆ：ＴＧＧＣＴＡＴＴＧＣＡＡＡＡＴＣＡＧＧＴＣＲ：ＣＡＡＡＡＧＣＡＴＧＴＡＧＧＴＣＧＧＧＴ㊀注：Ｆ表示上游引物，Ｒ表示下游引物㊂３１㊀６期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀敬丹等：基于ＳＳＲ分子标记的７８份核桃种质资源遗传多样性分析表３㊀８对ＳＳＲ引物扩增结果及多态性信息标记样本大小等位基因数主等位基因频率基因多样性多态信息含量Ｗ０１７８９０．８２３０．２７１０．２２８Ｗ０２７８１６０．８３００．２４６０．２０７Ｗ０３７８８０．８９６０．１７３０．１５０Ｗ０４７８５０．８４９０．２５２０．２１８Ｗ０５７８３０．８９３０．１６８０．１４２Ｗ０６７８８０．９４６０．１０００．０９３Ｗ０７７８５０．９５９０．０７８０．０７５Ｗ０８７８１０．９４９０．０９７０．０９３平均７８６．８７５０．８９３０．１７３０．１５１２．２㊀７８份核桃品种间遗传多样性分析基于这８对引物，采用ＵＰＧＭＡ方法对７８份资源进行聚类分析㊂７８份核桃品种资源之间的遗传关系较为接近，遗传相似系数在０．６０５和１．０００之间发生变化，其中陇南Ｌ（Ｈ１）和高岭４号（Ｈ１８）㊁宋南３东４（Ｈ１７）和中短０５（Ｈ３）㊁济西１１号（Ｈ２１）和寿长核桃１号（Ｈ３７）㊁响水湖怀柔５号（Ｈ２２）和汾阳绵核桃１０号（Ｈ２８），安家滩４号（Ｈ２５）㊁抗晚霜核桃（Ｈ２６）和王河核桃２号（Ｈ２７）㊁宋南２东５（Ｈ５）和中短２２（Ｈ８）之间的遗传相似系数较大，遗传距离较小，说明这些品种间的差异较小，遗传关系较为接近㊂由图１可知，当Ｎｅｉｓ遗传距离为０．７０４时，可将７８份核桃资源分为５部分，分别为Ⅰ㊁Ⅱ㊁Ⅲ㊁Ⅳ和Ⅴ㊂其中Ⅰ和Ⅱ品种较多，Ⅰ包括６５个品种，占供试材料的８３．３３％㊂Ⅱ包括９个品种，占供试材料的１１．５４％㊂Ⅲ和Ⅳ分别仅包含ＧＬ４（Ｈ７２）㊁西藏核桃（Ｈ６９）一个品种，分别来自北京和西藏㊂Ⅴ包含两个品种，即宋南５东６（Ｈ７６）和宋南２东９（Ｈ７４），两者均来源于河南巩义㊂此外，该群体内的平均遗传距离为０．２３，遗传距离０．２０．３所占比例最大，为２６．８６％；遗传距离０．５以内的占９６．３８％（图２）㊂图１㊀７８份核桃资源的ＵＰＧＭＡ聚类结果２．３㊀群体结构分析利用Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ２．２软件对７８份核桃资源进行群体结构分析，结果发现随着Ｋ值的增加，对数极大似然值Ｌ（Ｋ）值呈现递增的趋势，无明显的转折点（图３Ａ）；但ΔＫ值随Ｋ值增加呈先增加后下降的趋势㊂根据最大Ｋ值确定最佳亚群数［１３］，当Ｋ＝２时，ΔＫ值出现最大峰值（图３Ｂ），由此说明该群体最适可划分为２个亚群（图４），分别为Ｑ１（红色）和Ｑ２（绿色）㊂其中Ｑ１包含２５份核桃资源，主要来自河南（１０份），其余来源于北京㊁甘肃㊁新疆及河北等地；Ｑ２包含５３份核桃资源㊂７８份资源未明显按照地理来源进行群体划分，该结果与ＵＰＧＭＡ聚类结果相似，说明群体的划分与地理来源不完全相关㊂此外有３１份种质既含有红色部４１江㊀西㊀农㊀业㊀学㊀报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀３２卷分，又包含绿色部分，这些资源可能是两个祖先亚群杂交而来㊂图２㊀７８份核桃资源的遗传距离分布３㊀结论与讨论不同物种适应新环境的基础是具备一定的遗传多样性，遗传多样性水平越高，该物种或种群对新环境的适应能力就越强［１４－１５］㊂目前遗传多样性的研究已从传统的形态学标记研究向分子标记研究转变，利用分子标记技术对多种核桃资源进行品种间的鉴定与分类不断取得进展㊂中国是核桃起源地之一，栽培历史悠久，种质资源丰富，核桃因其较好的食用价值㊁经济价值被推荐为世界各地人类健康饮食的重要资源，受到了广泛的欢迎，但中国核桃产业良种化程度不高，品种㊁类型混杂，难以区分㊂利用分子标记技术对一定群体内的核桃种质资源进行遗传特性分析，对于种质资源的区分㊁评价和保存及优良种质的选育具有重要的意义［１６］㊂ＷａｎｇＨ等［１０］利用ＳＳＲ标记揭示了西藏地区核桃及泡核桃的遗传多样性和杂种优势，发现西藏核桃群体具有平均水平的遗传多样性和大量的稀有等位基因㊂周于波等利用ＳＳＲ技术，对四川２９份核桃良种资源进行了遗传多样性分析和聚类分析，增强了品种间的区分能力［１］㊂与前人研究相比，本研究所选７８份试材大部分为农家品种资源，一般来说，地方性品种对自生境适应性较强，对分散于全国各地的核桃农家品种资源进行遗传多样性分析，了解农家品种现有资源的多样性及其结构，可为遗传资源的保护和优良种质的筛选提供重要信息㊂Ａ为７８份核桃资源的Ｌ（Ｋ）与Ｋ值关系图；Ｂ为ΔＫ与Ｋ值关系图㊂图３㊀７８份核桃资源的Ｌ（Ｋ）㊁ΔＫ与Ｋ值关系图图４㊀当Ｋ＝２时７８份核桃资源的群体结构㊀㊀本研究利用２５对ＳＳＲ引物对７８份核桃资源进行遗传多样性研究，最终筛选出８对引物，可加强对７８份资源的鉴别㊂从７８份供试材料共扩增出５５个多态性条带，平均每对引物扩增出６．８７５个多态性位点㊂杨本芸等［１７］利用１０对引物对２１份核桃品种进行扩增，每对引物平均扩增出６．７个多态性位点，多态性位点的相同与否可能与引物本身的多态性有关㊂７８个不同品种间的遗传相似系数变化范围在０．６０５１．０００之间，而遗传相似系数可作为判断品种间亲缘关系远近的标准［１］，本研究品种间遗传相似系数较大，遗传距离较小，平均遗传距离为０．２３，由此说明该研究所采用的７８份资源之间亲缘关系较为接近，遗传背景较为相似㊂这与陈良华等［１８］对四川核桃遗传多样性的研究中野生核桃群体亲缘关系相近的结果相似㊂基于遗传相似系数，对７８份材料进行ＵＰＧＭＡ聚类分析，在遗传系数为０．７０４时，将群体分为５部分，分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显，存在相互渗透的现象，也说明遗传聚类组的划分与地理来源不完全相关㊂姚明哲等［１９］对江北地区茶树资源进行研究发现也存５１㊀６期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀敬丹等：基于ＳＳＲ分子标记的７８份核桃种质资源遗传多样性分析在该现象，四川的茶树品种被聚类到重庆茶树群体中㊂此外利用Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ２．２软件对核桃群体进行遗传结构分析，发现最佳亚群体数为２，群体结构并不复杂，但存在相互渗透现象，可能存在种质的遗传变异或者基因交流［２０］㊂种质资源的研究是育种工作的一个重要基础，正确评价核桃种质资源的遗传多样性对其种质资源的创新具有重要意义㊂利用分子标记技术，同时结合形态学标记等方法对不同核桃品种的遗传多样性进行系统的研究与评价，可为培育核桃优良新品种㊁提高核桃现有种质资源的品质及抗性提供重要的科学理论依据㊂本研究７８份核桃资源间的遗传关系相似，大部分品种间亲缘关系较为接近，因此应加强品种资源的有效利用，加强材料共享与交流，利用分子标记技术辅助育种，提高育种效率㊂参考文献：［１］周于波，朱鹏，龚伟，等．四川核桃良种ＳＳＲ指纹图谱构建及遗传多样性分析［Ｊ］．西北植物学报，２０１８，３８（７）：１２５４－１２６１．［２］汪文科，鲁维民，杨会光．核桃的经济价值及用途［Ｊ］．中国果菜，２０１７，３７（２）：１１－１４．［３］张力思，陈新，徐丽，等．核桃种质资源工作现状与展望［Ｊ］．落叶果树，２０１７，４９（６）：１７－２１．［４］周于波，朱鹏，龚伟，等．基于ＳＳＲ标记的川西南泡核桃良种ＤＮＡ指纹图谱构建及聚类分析［Ｊ］．分子植物育种，２０１８，１６（１７）：５６８３－５６８９．［５］ＡｒａｎｚａｎａＭＪ，ＡｒｕｓＰ，ＣａｒｂｏＪ，ｅｔａｌ．ＡＦＬＰａｎｄＳＳＲｍａｒｋｅｒｓｆｏｒｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎａｌｙｓｉｓａｎｄｃｕｌｔｉｖａｒｉｄｅｎｔｉｆｉ⁃ｃａｔｉｏｎｉｎｐｅａｃｈ（Ｐｒｕｎｕｓｐｅｒｓｉｃａ（Ｌ．）Ｂａｔｓｃｈ）［Ｊ］．ＡｃｔａＨｏｒｔｉｃｕｌｔｕｒａｅ，２００１，５４６：３６７－３７０．［６］ＦｒｅｅｍａｎＳ，ＷｅｓｔＪ，ＪａｍｅｓＣ，ｅｔａｌ．Ｉｓｏｌａｔｉｏｎａｎｄｃｈａｒａｃ⁃ｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｏｆｈｉｇｈｌｙｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅｓｉｎｔｅａ（Ｃａ⁃ｍｅｌｌｉａｓｉｎｅｎｓｉｓ）［Ｊ］．ＭｏｌｅｃｕｌａｒＥｃｏｌｏｇｙＲｅｓｏｕｒｃｅｓ，２０１０，４（３）：３２４－３２６．［７］张鹏，管俊娇，黄清梅，等．４２份云南玉米自交系基于ＳＳＲ荧光标记的遗传多样性分析［Ｊ］．江西农业学报，２０１９，３１（１０）：２９－３３．［８］ＨａｎＨ，ＷｏｅｓｔｅＫ，ＨｕＹＨ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆｃｏｍｍｏｎｗａｌｎｕｔ（Ｊｕｇｌａｎｓｒｅｇｉａ）ｉｎＣｈｉｎａｂａｓｅｄｏｎＥＳＴ－ＳＳＲｓａｎｄｔｈｅｎｕｃｌｅａｒｇｅｎｅｐｈｅｎｙ⁃ｌａｌａｎｉｎｉｅａｍｍｏｎｉａ－ｌｙａｓｅ（ＰＡＬ）［Ｊ］．ＴｒｅｅＧｅｎｅｔｉｃｓ＆Ｇｅｎｏｍｅｓ，２０１６，１２（６）：１１１－１２２．［９］ＶｉｓｃｈｉＭ，ＣｈｉａｂａＣ，ＲａｒａｎｃｉｕｓＳ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆｗａｌｎｕｔ（ＪｕｇｌａｎｓｒｅｇｉａＬ）ｉｎｔｈｅｅａｓｔｅｒｎＩｔａｌｉａｎａｌｐｓ［Ｊ］．Ｆｏｒｅｓｔｓ，２０１７，８（３）：８１－９４．［１０］ＷａｎｇＨ，ＰａｎＧ，ＭａＱ，ｅｔａｌ．ＴｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎｄｉｎｔｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎｏｆＪｕｇｌａｎｓｒｅｇｉａａｎｄＪｕｇｌａｎｓｓｉｇｉｌｌａｔａｉｎＴｉｂｅｔａｓｒｅｖｅａｌｅｄｂｙＳＳＲｍａｒｋｅｒｓ［Ｊ］．ＴｒｅｅＧｅｎｅｔｉｃｓ＆Ｇｅｎｏｍｅｓ，２０１５，１１（１）：８０４．［１１］ＥｖａｎｎｏＧ，ＲｅｇｎａｕｔＳ，ＧｏｕｄｅｔＪ．ＤｅｔｅｃｔｉｎｇｔｈｅｎｕｍｂｅｒｏｆｃｌｕｓｔｅｒｓｏｆｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓｕｓｉｎｇｔｈｅｓｏｆｔｗａｒｅＳＴＲＵＣＴＵＲＥ：Ａｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓｔｕｄｙ［Ｊ］．ＭｏｌｅｃｕｌａｒＥｃｏｌｏｇｙ，２００５，１４（８）：２６１１－２６２０．［１２］曾可为，宋文，王青云，等．基于微卫星标记的鳜种质遗传多样性与群体遗传结构分析［Ｊ］．华中农业大学学报，２０１９，３８（６）：１０４－１１５．［１３］ＨｕｂｉｓｚＭＪ，ＦａｌｕｓｈＤ，ＳｔｅｐｈｅｎｓＭ，ｅｔａｌ．Ｉｎｆｅｒｒｉｎｇｗｅａｋｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｗｉｔｈｔｈｅａｓｓｉｓｔａｎｃｅｏｆｓａｍｐｌｅｇｒｏｕｐｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ［Ｊ］．ＭｏｌｅｃｕｌａｒＥｃｏｌｏｇｙＲｅｓｏｕｒｃｅｓ，２００９，９（５）：１３２２－１３３２．［１４］ＯＣｏｎｎｅｌＭ，ＷｒｉｇｈｔＪＭ．ＭｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅＤＮＡｉｎｆｉｓｈｅｓ［Ｊ］．ＲｅｖｉｅｗｓｉｎＦｉｓｈＢｉｏｌｏｇｙ＆Ｆｉｓｈｅｒｉｅｓ，１９９７，７（３）：３３１－３６３．［１５］安宗燕，唐红，李婉茹．基于ＥＳＴ－ＳＳＲ的紫斑牡丹品种遗传多样性分析［Ｊ］．分子植物育种，２０１８，１６（２０）：６７４４－６７５２．［１６］ＬｕｏＸ，ＣａｏＳＹ，ＨａｏＺＸ，ｅｔａｌ．Ａｎａｌｙｓｉｓｏｆｇｅｎｅｔｉｃｓｔｒｕｃ⁃ｔｕｒｅｉｎａｌａｒｇｅｓａｍｐｌｅｏｆｐｏｍｅｇｒａｎａｔｅ（ＰｕｎｉｃａｇｒａｎａｔｕｍＬ．）ｕｓｉｎｇｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔＳＳＲｍａｒｋｅｒｓ［Ｊ］．ＪｏｕｒｎａｌｏｆＨｏｒｔｉ⁃ｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１８，９３（６）：６５９－６６５．［１７］杨本芸，杨敏生，梁海永，等．不同核桃品种的ＳＳＲ分析［Ｊ］．河北农业大学学报，２００８（４）：５１－５５．［１８］陈良华，胡庭兴，张帆，等．用ＡＦＬＰ技术分析四川核桃资源的遗传多样性［Ｊ］．植物生态学报，２００８（６）：１３６２－１３７２．［１９］姚明哲，刘振，陈亮，等．利用ＥＳＴ－ＳＳＲ分析江北茶区茶树资源的遗传多样性和遗传结构［Ｊ］．茶叶科学，２００９，２９（３）：２４３－２５０．［２０］罗亦纾，张霞，毛君林，等．３５份重庆大茶树种质资源遗传多样性的ＳＳＲ分析［Ｊ］．分子植物育种，２０１９，１７（１９）：６５４９－６５５７．（责任编辑：许晶晶）６１江㊀西㊀农㊀业㊀学㊀报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀３２卷。

基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究

基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究1. 引言1.1 研究背景烟草是世界上重要的经济作物之一，而烟草的品质和产量受到遗传因素的影响。

烟草品质的提高和烟草新品种的培育需要对烟草种质资源的遗传多样性进行深入研究。

传统的遗传多样性分析方法存在着效率低、成本高以及信息有限的缺点。

利用SSR（Simple Sequence Repeat）分子标记技术对烤烟种质资源的遗传多样性进行研究具有重要意义。

SSR是一种微卫星DNA序列，具有高度可变性，是遗传研究中常用的分子标记。

通过SSR分子标记技术，可以快速准确地对烤烟种质资源进行遗传多样性分析，揭示不同品种之间的遗传关系和遗传变异。

利用SSR分子标记技术对烤烟种质资源的遗传多样性进行研究，有助于为烟草品质改良和新品种选育提供科学依据，促进烤烟产业的可持续发展。

本研究旨在利用SSR分子标记技术对部分烤烟种质资源的遗传多样性进行系统研究，为烟草遗传资源的保护与利用提供科学依据。

1.2 研究目的研究目的：通过基于SSR分子标记的方法，对烤烟种质资源的遗传多样性进行系统研究和分析，旨在揭示烤烟种质资源的遗传背景和遗传变异情况，为烤烟品种改良和新品种选育提供科学依据。

具体目的包括：1.探究烤烟种质资源的遗传多样性水平，分析其遗传结构和遗传距离，为种质资源的保护和利用提供理论基础；2.研究烤烟种质资源的遗传多样性分布规律，揭示其潜在遗传变异特点，为烤烟遗传改良及种质改进提供参考；3.探讨烤烟种质资源的遗传多样性对抗逆境胁迫的响应机制，为烤烟的抗逆性育种提供科学依据；4.总结烤烟种质资源的遗传多样性特点和利用潜力，为烤烟种质资源的有效保护、合理利用和可持续发展提供科学指导。

通过以上研究目的的实现，可以深入了解烤烟种质资源的遗传多样性特征，为保护和利用烤烟遗传资源提供科学参考和理论支撑。

1.3 研究意义烤烟是重要的经济作物之一，其遗传多样性的研究对于研究其遗传演化、育种和种质资源保护具有重要意义。

利用SSR分子标记技术鉴定和分析茄子杂种F_1的纯度

ｕｓｉｎｇＳＳＲｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
ＷＡＮＧＹａｎ－ｎａ，ＷＡＮＧＹｉ－ｋｕｉ，ＬＩＷｅｎ－ｊｉａ曩… ＪＩＡＮＧ￣ａ－ｑｉｎ，
ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ：ｉｓｓｎ．２０９５－１１９１．２０１５．０９．１５５１
利用ＳＳＲ分子标记技术鉴定和分析茄子杂种Ｆ的纯度
王艳娜・ ’ ２Ｉ，王益奎＇３ ’ ，李文嘉，，蒋雅琴，吴永官。，黎炎，康德贤
南方农业学报
ＪｏｕｎａｒｌｏｆＳｏｕｔｈｅｒｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ２０１５，４６（９）：１５５１ — １５５６
ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｆｎｙｘｂ．ｃｏｍ
ＩＳＳＮ２０９５ —１１９１；ＣＯＤＥＮＮＮＸＡＡＢ
Ａｂｓｔｒａｃｔ：【Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ】ＴｈｅＦｌｈｙｂｉｒｄｐｕｉｒｔｙｏｆｅｇｇｐｌａｎｔｗａｓｉｄｅｎｔｉｉｆｅｄａｎｄａｎａｌｙｚｅｄ，ｉｎｏｒｄｅｒ，ｔｏｐｒｏｖｉｄｅｒｅｆｅｒｅｎｃｅｆｏｒｉｍｐｒｏｖｉｎｇｃｒｏｓｓｂｒｅｅｄｉｎｇｅｆｉｆｃｉｅｎｃｙｏｆｅｇｇｐｌａｎｔ．【Ｍｅｔｈｏｄ］ＴｈｅＳＳＲｍｏｌｅｃｕｌａｒｍｒｋａｅｒｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｗａｓｕｓｅｄｔｏｉｄｅｎｔｉ￣ｈｙｂｉｒｄ

茶树新品种“湘波绿2号”父本的SSR标记鉴定

摘要：为在分子水平上鉴定“ 湘波绿２号” 的父本，本研究采用ＳＳＲ标记对其母本和５个可能父本进行了分析。结果表明，筛
选的２９对引物共检测到８３个等位位点，每个引物１～４个，平均２．８６个。湘波绿２号与福鼎大白茶及５个可能父本的相同位点数分别占其扩增总位点数的７１．９３％、６４．９１％、９４．７４％、６６．６７％、５２．６３％和７０．１８％，最多的为湘波绿，最少的为云大７２ — ０４。７份供试材料间相似系数变幅为０．４５～０．８０，平均０．５５，其中湘波绿２号与湘波绿的相似系数最大（０．８ｏ）。根据相似系数ＵＰＧＭＡ
ａｍｐｌｉｉｆｅｄｕｓｉｎｇ２９ｃｏｒｅＳＳＲｐｉｆｍｅｍ，ｈｅｔｎｕｍｂｅｒｏｆａｌｌｅｌｅｓｐｅｒｐｉｒｍｅｒｒａｎｇｅｄｆｒｏｍ１ｔｏ４，ｏｎａｖｅｒａｇｅｏｆ２．８６．ＴｈｅｐｅｒｃｅｎｔａｇｅｏｆｃｏｍｍｏｎａｌｌｅｌｅｓｗｉｈｔＸｉｎｎｇｂｏｌｖ２ｉＳ７１．９３％，６４．９１％，９４．７４％，６６．６７％，５２．６３％，７０．１８％ｅａｃｈｏｔｈｅｒ，ｔｈｅｍａｘｉｍｕｍｉＳｘｉｎｇａｔ，ｏｌｖ，ｔＩｌｅｍｉｎｉｍｕｍｉｓ

利用微卫星（SSR）分子标记进行油松无性系种子园及其子代群体结构的研究

植株问密度的调节。

３．１．２实验材料的采集及样本处理样本的采集以建园无性系为单位，每个无性系采集一个单株，另外考虑到松类针叶中所含的多糖和次生代谢物（如酚，脂、菇等）会影响到ＤＮＡ的提取质量，本试验选择的采集部位为当年新抽的嫩梢（２００４年３月采集），约３～６∞长，每个无性系视嫩梢长度采集６～８条来代表该无性系基因型，共采集４９个无性系。

同时，根据无性系在种子园内分布的情况，于２００４年１０月分别选出三棵无性系单株作为采种母树。

１６＃无性系作为采种母树的单株位于１大区２０小区、２２＃无性系作为采种母树的单株位于１大区２０小区、４１＃无性系作为采种母树的单株位于１大区１９小区，分别从这三棵母树上采集球果若干。

将从三株母树上得到的种子分别按无性系置于培养皿中蒸馏水至少浸泡４８个小时，然后摆放在发芽盒内，２５℃光照培养箱中发芽，每天补水。

当幼苗长到大约５～６ｃｍ时取出，去除种壳和残余胚乳，将整株幼苗放入．７０＂（２冰箱中保存。

用种子发芽得到的整株幼苗（去除种壳和残余胚乳）中提取的ＤＮＡ来代表子代基因型。

三棵母树的种子幼苗代表子代群体。

图１无性系种子ＦｉｇＡＣｌｏｎａｌｓｅｅｄｓ图３种子发芽２Ｆｉｇ．３Ｓｅｅｄｓｓｐｒｏｕｔｉｎｇ（２）图２种子发芽１Ｆｉｇ．２Ｓｅｅｄｓｓｐｒｏｕｔｉｎｇ（１）圈４畸形苗（１、２）和正常苗（３，４）Ｆｉｇ．４Ｍｏｎｓｔｅｒｓｅｃｄｉｎｇｓ‘１．２）ａｎｄｎｏｒｍａｌｓｅｅｄｉｎｇｓ（３．４）３．２试验方法３．２．１ＤＭ的提取针对不同的材料分别用两种方法提取ＤＮＡ：胚乳ＤＮＡ的提取采用ＳＤＳ法；嫩梢及整株幼苗总ＤＮＡ的提取采用最简单的ＣＴＡＢ法。

擅越璧蕴趁苣旦△丝数理亟Ｉ．将约Ｏ．２９材料放入１．５ｍｌＥｐｐｅｎｄｏｒｆ管中，将塑料研磨棒插入Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ管＂（压紧植物材料），放入液氮中约１分钟；２．迅速研磨后，加入约５００１．ｔ１的１．５％ＣＴＡＢ提取缓冲液（７５ｍＭＴｆｉｓ．ＨＣＩ（ｐＨ８．Ｏ）。

利用SSR分子标记构建甜菜登记品种的分子身份证

利用SSR分子标记构建甜菜登记品种的分子身份证王宇晴;李乔乔;阚文亮;邳植;吴则东【期刊名称】《江苏农业科学》【年(卷),期】2022(50)18【摘要】通过构建111份甜菜登记品种的分子身份证,促进甜菜品种DUS测试标准体系的建立,实现甜菜品种的快速检索与比对,为甜菜品种指纹鉴定和溯源管理提供理论依据。

利用22对简单重复序列(SSR)核心引物,基于最适的取样策略对来自国内外不同地区的111份甜菜登记品种进行遗传多样性分析以及分子身份证构建。

结果显示,22对引物共检测到101个等位基因,每对引物检测出3~7个等位基因,平均为4.59个;Shannon多样性指数(I)为0.60~1.73,平均为0.95;Nei s期望杂合度(H_(e))为0.41~0.79,平均为0.56;PIC值范围为0.91~0.99,平均值为0.96,22对引物可用于区分甜菜品种。

利用UPGMA聚类分析,22对引物将111份材料划为3个类群(G1~G3),聚类结果大致与其地理来源一致;通过获得的等位基因计算遗传距离,111份甜菜品种的遗传距离范围为0.059~0.564,平均值为0.325,甜菜品种间具有一定的遗传多样性。

基于最少引物区分最多品种的原则,通过UPGMA聚类分析,仅用6个SSR引物组合可将全部材料区分。

结果表明,基于6对SSR引物扩增的结果,通过数字与英文的形式,使用在线二维码软件构建的111份甜菜登记品种的分子身份证,丰富了甜菜品种指纹图谱的可视化形式,从而提高了品种鉴定的效率,保护育种者及消费者权益。

【总页数】6页(P289-294)【作者】王宇晴;李乔乔;阚文亮;邳植;吴则东【作者单位】黑龙江大学现代农业与生态环境学院/黑龙江省普通高校甜菜遗传育种重点实验室;黑龙江省农垦总局九三农业科学研究所【正文语种】中文【中图分类】S566.302.4【相关文献】1.基于SSR标记构建中国芍药品种资源分子身份证2.利用与大豆灰斑病抗性基因连锁的SSR标记构建大豆品种(系)的分子身份证3.利用SSR标记构建枸杞品种分子身份证4.利用SSR构建甜菜品种的分子身份证5.利用荧光标记SSR绘制中国芍药品种分子身份证因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

利用SSR分子标记分析茶树地方品种的遗传多样性

利用SSR分子标记分析茶树地方品种的遗传多样性王丽鸳;姜燕华;段云裳;成浩;周健;曾建明;韦康【期刊名称】《作物学报》【年(卷),期】2010(36)12【摘要】正确评价茶树地方品种的遗传多样性是有效保护和利用茶树地方品种的前提条件.本研究从西湖龙井群体种中选取91个单株,用SSR分子标记分析其遗传多样性.采用计算机模拟方法,探讨了抽样群体样本量、SSR引物等位基因数影响茶树地方品种的主要遗传多样性参数值的变化规律.结果表明,样本量对茶树地方品种的遗传多样性参数值有不同程度的影响,当样本量达到15个单株时,各遗传参数值趋于稳定;SSR引物等位基因数对茶树地方品种各遗传多样性参数值的影响很大,而且达到总体遗传多样性90%所需的样本量也很不一样.当SSR引物等位基因数为5时,24个茶树单株才能达到茶树地方品种总体90%以上的遗传变异.本研究为茶树地方品种遗传多样性的评价和采用合理的保护策略提供了科学依据.【总页数】5页(P2191-2195)【作者】王丽鸳;姜燕华;段云裳;成浩;周健;曾建明;韦康【作者单位】中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,浙江杭州,310008;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,浙江杭州,310008;南京农业大学,江苏南京,210095;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,浙江杭州,310008;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,浙江杭州,310008;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,浙江杭州,310008;中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心,浙江杭州,310008【正文语种】中文【相关文献】1.云南茶树地方品种与野生茶遗传多样性的ISSR分析 [J], 孙雪梅;赵才美;李友勇;程在全;尚卫琼;杨盛美;杨兴荣;矣兵;刘本英2.利用SSR分子标记研究国内外黍稷地方品种和野生资源的遗传多样性 [J], 连帅;陆平;乔治军;张琦;张茜;刘敏轩;王瑞云3.贵州茶树地方品种的EST-SSR遗传多样性分析 [J], 牛素贞;刘玉倩;杨锦标;樊卫国4.广西茶树地方品种遗传多样性和遗传结构的EST-SSR分析 [J], 周炎花;乔小燕;马春雷;乔婷婷;金基强;姚明哲;陈亮5.我国西南地区玉米地方品种遗传多样性的SSR分子标记分析(英文) [J], 姚启伦;杨克诚;潘光堂;荣廷昭因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

利用SSR分子标记建立辣椒纯度鉴定体系

水稻杂交种的纯度体系，并注册国家专利，产生了巨大的经济效益。我国辣椒每年采用传统种子纯度鉴定方法需要
土地５４８５．ｈ２费用２０５．～６５ｍ，２５０～２０９０万元，如果利用ＳＲ分子标记技术只需２２元即可完成Ｓ２６万
较均一，提供的遗传信息多，且具有重复性好，稳定性高，成本较低廉和易于操作等优点，建立辣椒杂交种纯度快速鉴定ＳＲ分子标记技术体系，Ｓ为辣椒种
子纯度鉴定工作者提供参考，同时为辣椒种子指纹图谱的建立奠定基础。
２１年第１００期
◆试验研究◆
２１兴蔬３１兴蔬２１兴蔬绿燕、湘秀丽、０、０、０、福福湘
１．ＰＲ产物的检测扩增完成后在８．４Ｃ２％聚丙烯酰胺凝胶上电泳（６Ｖ，４ｍｉ）电泳完成后观察１０１０ｎ，
纯度鉴定。因此，辣椒种子纯度鉴定ＳＲ技术体系Ｓ的建立不但为种子企业节约了种子纯度鉴定成本、
为市场提供了优质的种子，缓减我国人多地少的还矛盾，我国辣椒杂交种种业的可持续性发展具有对
重要意义。
本研究旨在利用ＳＲ在辣椒基因组中分布比Ｓ
建立奠定了基础。
关键词
辣椒；Ｓ纯度ＳＲ；
辣椒（ａｓｕｎｕ．是我国重要的蔬菜，ＣｐｉｍａｕｍＬ）ｃＨ也是重要的调味品，目前我国辣椒年种植面积１０１０万ｈ总产值２０３０亿元，５１０７０ｔ２。随着育种进程的加快，椒品种急辣剧增多，优质杂交种的种类和需求量的日益增加，

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植物学通报Chinese Bulletin of Botany 2007, 24 (5): 590−596, www.chinbullbotany.com

收稿日期: 2006-12-08; 接受日期: 2007-06-04基金项目: 江苏省自然科学基金(No.BK2006211)* 通讯作者。E-mail: hgli@njfu.com.cn

.研究论文.利用SSR分子标记对鹅掌楸自由授粉子代的父本分析孙亚光, 李火根*南京林业大学林木遗传与基因工程重点实验室, 南京 210037摘要利用自行开发的12个EST-SSR分子标记, 采用最大似然法对鹅掌楸(L.chinense (Hemsl.) Sarg.)实验群体3个半同胞家系的180个子代进行父本分析。结果表明, 每个SSR位点的等位基因数为3－7, 平均为4.67; 其平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)及平均多态信息含量(PIC)分别为0.458、0.635和0.580。利用12个SSR标记可在95%的可信度确定114个子代的父本, 占子代群体的 63.3%, 其累积排除概率为98.52%。自由授粉状态下, 鹅掌楸的自交率为11.6%, 而北美鹅掌楸自交率为0, 且种内交配比例大于种间交配。鹅掌楸平均有效花粉散布距离为20－30 m, 最大散布距离为70 m。

关键词鹅掌楸, 交配方式, 父本分析, 花粉流, SSR孙亚光, 李火根 (2007). 利用SSR分子标记对鹅掌楸自由授粉子代的父本分析. 植物学通报 24, 590−596.

花粉散布是植物基因流(gene flow)的重要组成因子,花粉有效散布距离及散布模式是影响植物有性繁育过程及种群遗传结构的重要因素(Hamrick and Nason,2000)。早期花粉流的研究多采用花粉跟踪法, 一般应用荧光染色(Levin and Kerster,1974; Waser et al.,1996)和放射性同位素标记技术(Schlising and Turpin, 1971;Reincke and Bloom,1979), 通过对花粉的捕获或标记来定性地研究基因流, 但该法无法真实反映花粉的有效散布模式。DNA分子标记技术的发展为花粉流的研究提供了强有力的工具。与RAPD等随机引物分子标记相比, 共显性的分子标记, 如RFLP、SSR和SNP等能够检测出丰富的遗传信息, 表现出高度的稳定性、可靠性和高效性, 能够精确地估计群体遗传多样性和花粉散布模式, 是研究植物种群遗传结构、基因流及交配系统最理想的分子标记(Byrne et al., 1996; Streiff et al.,1998,1999; Gerber et al., 2000)。亲本分析是直接估算基因流的最常用方法之一(Snow and Lewis,1993)。采用遗传标记研究种群及个体间的亲缘关系, 即判定种子或幼苗是由哪个个体自交或哪两个个体杂交产生的。亲本分析能够描述群体内的交配方式, 估算个体繁殖贡献率, 对于了解群体间或世代间的基因流及性选择适合度有重要的理论意义(张冬梅等, 2003)。目前, 亲本分析的统计方法大致归为3类,即遗传排除法(genetic exclusion)、最大似然分析法(maximum likelihood analysis)和父性拆分法(fractionalpaternity assignment) (陈小勇, 1999; 何田华和葛颂,2001)。木兰科(Magnoliaceae)鹅掌楸属(Liriodendron)现仅存2个种, 即鹅掌楸(L.chinense (Hemsl.) Sarg.)和北美鹅掌楸(L. tulipifera L.)。鹅掌楸因现存个体数少且处于片段化生境而被列为国家二级珍稀濒危保护树种。该属2个种虽然地理分布间隔遥远, 分布与生存状况截然不同, 但种间可配性高, 因而是植物系统进化、交配系统和基因流研究的理想材料(王章荣, 2005)。关于鹅掌楸花粉流的分子检测, 国内曾有过报道(黄双全等,1998), 但以往所用的分子标记为随机引物标记RAPD,所得结果有很大的局限性。本文旨在以特异性的SSR分子标记为工具, 通过父本分析研究鹅掌楸有效花粉散布模式, 为鹅掌楸交配系统研究及保护策略的制定提供技术参考。591孙亚光等: 利用SSR分子标记对鹅掌楸自由授粉子代的父本分析1 材料与方法1.1 实验材料实验材料采自南京林业大学下属林场的鹅掌楸种源试验林及其自由授粉子代。试验林概况参见文献(李火根等,2005)。该试验林为孤立群体, 周围2 km范围内无成熟的鹅掌楸林分或个体。选取3株位于种源试验林中部的个体作为本实验的母本, 其中1株为鹅掌楸(Liriodendron chinense(Hemsl.) Sarg.)(来自江西庐山, LS), 另2株为北美鹅掌楸(L. tulipifera L.)(LYS 和 BM)。将母本100 m半径范围内的个体视为该母本半同胞子代的候选父本。因鹅掌楸为雌雄同株同花, 自然状态下有低水平的自交现象(王章荣, 2005), 故将3株母本也视为候选父本, 共得候选父本99个。2004年10月下旬, 采集3株母本所有自由授粉种子, 并于2005年2月播种于南京林业大学校园苗圃。2005年4月, 从3个半同胞家系实生苗群体中各随机抽取60株构成父本分析的子代群体, 共抽取180个子代, 每个子代采取数片新鲜无病斑的嫩叶, 放入－70°C冰箱中保存备用。

1.2 实验方法1.2.1 总DNA的提取基因组DNA采用改进的CTAB裂解-硅珠吸附法进行提取(张博等, 2004), 紫外分光光度计检测纯度, 置于－20°C冰箱保存备用。

1.2.2 引物来源及SSR-PCR反应条件实验所用的引物来自于本实验室从北美鹅掌楸EST序列中开发出的EST-SSR引物 (Xu et al., 2006)。选取12对通用性好且多态性高的SSR引物用于研究。SSR-PCR反应体系为10 µL, 包含10－20 ng样本DNA, 1×PCR缓冲液(10 mmol.L–1 Tris-HCl pH 8.0, 50mmol.L－1 KCl), 0.25 mmol.L－1 Mg2+, 0.2 mmol.L－1dNTP, 正反引物各0.25 µmol.L－1 , Taq聚合酶 0.25 U(TaKaRa)。扩增反应程序采用Touch-down PCR：

94°C预变性4分钟, 随后15个Touch-down循环(94°C变性15秒, 60°C退火15 秒, 72°C延伸30秒, 每次循环的退火温度依次降0.7°C); 再进入主循环94°C变性15秒, 49.5°C退火15秒, 72°C延伸30秒; 最后1小时延伸反应。SSR-PCR产物在8%的聚丙烯酰胺凝胶上电泳, 银染检测。

1.2.3 数据处理与统计分析利用CERVUS (Version 2.0)软件对99个候选父本及180个自由授粉子代进行父本分析。CERVUS适用于双亲或单亲未知情况下的亲本分析。该软件基于最大似然法推断亲本, 要求用共显性标记的数据(Marshallet al.,1998; 何田华和葛颂, 2001)。其原理为：借助于观测位点的等位基因频率进行10 000次循环的模拟,估算子代各候选父本的似然性值比率(LOD值), LOD值最高者为“真实”父本。最大和次大的LOD值之差定义为∆值, 通过比较∆值与临界值以检验∆值的显著性。∆值的显著性水平用可信度(confidence level, CL)表示。可信度一般分2种, 即95%(strict CL, 相当于P=0.05的显著性水平)和80% (relaxed CL)(Meagher,1986; Marshall et al.,1998)。此外, 该软件还能获得亲代与子代群体中各位点等位基因数目NA、等位基因频率Pi、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量(PIC)等信息。

2 结果与分析2.1 SSR多态性分析12个SSR位点在实验群体(候选父本群体与子代群体共279个个体)中检测结果如表1。每个位点的等位基因数为3－7, 平均等位基因数为4.67, 其中位点LTPR102的等位基因数最多(7个); 位点LTPR026的等位基因数最少(3个)。实验群体平均观测杂合度、期望杂合度及多态信息含量分别为0.458、0.635和0.580。

2.2 自由授粉子代的父本分析利用CERVUS软件对鹅掌楸自由授粉子代进行父本分592植物学通报 24(5) 2007析, 结果见表2。利用12个SSR位点以95%可信度可明确推断出114个子代的父本(占子代群体总数的63.3%), 其累积排除概率为98.52%。其中, 引物LTPR102排除概率最高, 达44.20%。此外, 其余66个子代也可在80%的可信度下确定其父本。2.3 有效花粉的散布模式图1显示所有候选父本的空间分布与交配格局。不同的母本与父本之间的交配距离及父本数量上存在差异。相对而言, 母本LS的交配距离(即有效花粉散布距离)短, 且父本数量少(7个); 而母本BM及母本LYS的交配距离远且父本数量多(分别为17和22个), 表明鹅掌楸雌雄配子的结合具有选择性, 其机理有待于进一步探究。亲本之间的交配距离即为有效花粉的散布距离, 它反映了种群内的交配格局。鹅掌楸为虫媒传粉, 该交配距离能够很好地反映昆虫的大致飞行距离。研究结果表明：鹅掌楸个体间的交配距离存在差异, 总体上, 交配距离呈近似正态分布。在母本LS已确定的48个自由授粉子代中, 距离15－35 m的个体间的交配比例最高, 占41.7%, 平均交配距离为26.2 m; 最大交配距离达60 m。母本BM和母本LYS的交配距离也呈近似正态分布, 平均交配距离分别为34.9 m和21.8 m, 两者分别有32.3%和60%的有效花粉来自15－35 m区域内, 其最大交配距离分别为70 m和48 m(图1, 图2)。

2.4 交配方式由于本实验群体涉及鹅掌楸的2个种共17个种源, 因此,自由授粉状况下, 其交配方式多样, 如自交与异交, 种间交配与种内交配。种内交配又可分为种源间、种源内不同个体间交配等。

表1 鹅掌楸EST-SSR的多态性Table 1 Polymorphism of EST-SSR in Liriodendron L.

LocusNumber of allelesPiObservedExpectedPolymorphic(NA)(Range)heterozygosity (Ho)heterozygosity (He)information content (PIC)LTPR00240.036 0－0.604 30.3090.5320.481LTPR01540.077 3－0.522 70.5360.6730.611LTPR01740.109 7－0.582 70.6120.6020.559LTPR02630.163 7－0.690 60.3530.4760.428LTPR05660.001 8－0.625 90.2910.5520.505LTPR08040.005 4－0.459 60.6800.6440.571LTPR09160.032 4－0.406 50.5070.7150.669LTPR10270.012 6－0.439 90.5940.7480.704LTPR12150.005 4－0.451 40.5970.6440.573LTPR12440.012 6－0.482 00.3960.6270.553LTPR13840.109 7－0.390 30.3600.7000.643LTPR16150.021 6－0.375 90.2630.7100.657Mean4.670.4580.6350.580