白黄侧耳Pleurotus cornucopiae微卫星间区(ISSR)分析(1)
黄花菜维生素E_含量遗传分析及QTL_定位

第46卷第4期2023年7月河北农业大学学报JOURNAL OF HEBEI AGRICULTURAL UNIVERSITYVol.46 No.4Jul.2023黄花菜维生素E含量遗传分析及QTL定位段春宇,熊 雄,景梦岳,高 阳,侯非凡,邢国明,李 森(山西农业大学 园艺学院/大同黄花产业发展研究院,山西 太谷,030801)摘要:维生素E是黄花菜中重要的营养成分。
本研究以黄花菜地方品种‘东庄黄花’和‘冲里花’杂交获得的F1群体为研究对象,对杂交后代连续2年的维生素E含量进行检测分析,结果显示黄花菜F1群体维生素E含量的变异系数为50.44%~54.23%,变异系数较大,整体呈现正态分布趋势,并出现了含量超过双亲的超亲后代个体;遗传分析显示黄花菜维生素E含量符合2对主基因-加性-显性模型(2MG-AD),第1对基因加性效应更为显著,主基因遗传效率高达95%以上;对黄花菜维生素E含量进行QTL定位,共检测到2个与黄花菜维生素E相关的QTL,分布于8号和10号连锁群上,LOD峰值的范围为2.96~3.60,单个QTL贡献率介于10.80%~13.00%。
本研究结果为黄花菜高维生素E含量的新品种选育和品种改良提供了数据基础。
关 键 词:黄花菜;维生素E;遗传分析;QTL定位中图分类号:S644.3 开放科学(资源服务)标识码(OSID):文献标志码:AGenetic analysis and QTL localization of vitamin E content inHemerocallis citrina BaroniDUAN Chunyu, XIONG Xiong, JING Mengyue, GAO Yang, HOU Feifan, XING Guoming, LI Sen(College of Horticulture, Shanxi Agricultural university/Datong Daylily Industrial Development Research Instiute,Datong 037004, China)Abstract: Vitamin E is an important nutrient in Hemerocallis citrina Baroni. In this study, the F1 population obtainedby crossing the local variety of Hemerocallis citrina Baroni ‘Dongzhuang Huanghua’ and ‘Chonglihua’ was usedas the research object, and the vitamin E content of the cross progeny was examined and analyzed for 2 consecutiveyears. The results showed that the vitamin E content in the F1 pulation of Hemerocallis citrina Baroni displayedan normal distribution with a large coefficient of variation that ranged from 50.44% to 54.23%. There were super-parental progeny whose content exceeded that of both parents. Genetic analysis showed that the vitamin E contentof Hemerocallis citrina conformed to the additive-dominance model controlled by two major genes(2MG-AD). Thegenetic efficiency of the main genes are over 95%. QTL analysis has identified two locus related to vitamin E inHemerocallis citrina Baroni. The two locus distributed on the linkage group 8 and 10, and the range of LOD peak was收稿日期:2023-01-01基金项目:2021年山西省研究生创新项目(2021Y323);国家重点研发计划项目子课题(2021YFD1600301-2);山西农业大学生物育种工程项目(YZGC122);2021年度大同黄花产业发展研究院科研合作项目(2022QT003-1).第一作者:段春宇(1996-),男,山西朔州人,硕士研究生,主要从事园艺植物种质资源创新与利用.E-mail:****************通信作者:李 森(1982—),男,山西高平人,博士,教授,主要从事园艺植物种质资源创新与生物技术应用研究.E-mail:****************本刊网址:文章编号:1000-1573(2023)04-0038-08DOI:10.13320/ki.jauh.2023.005739第4期2.96-3.60. The contribution rate of individual QTL ranged from 10.80% to 13.00%. The results of this study provide a data base for the selection of new varieties and variety improvement of Hemerocallis citrina Baroni with high vitamin E content.Keywords: Hemerocallis citrina Baroni; vitamin E; genetic analysis; QTL localization位于大豆1、4、9、13、14、15、17以及20号连锁群上[16]。
草问荆(木贼科)的地理分布

木贼属(E quis et um L. )隶属楔叶类木贼纲、木贼 目、木贼科, 是早期陆地维管植物楔叶类唯一的现存代 表(Gifford and Fost er, 1989)。该属特征为: 茎具明显 的节和节间, 节间有纵向脊和沟, 脊和沟在节部交错; 叶 轮生, 基部联合成叶鞘, 孢子叶特化为孢囊柄, 孢子具弹 丝; 染色体基数 n=108(Hauk e, 1978, 1993)。该属近 于世界分布, 分布范围主要在北温带 40°-60°N, 目前仅 澳大利亚、南极洲和新西兰尚无记载(Hauk e, 1993)。 全世界有 15 个现存种, 中国 10 种(张丽兵, 2004)。
40 °E 34 °E-36 °E 12 5. 4°E
12 6. 5°E 13 6°E-14 2°E 14 0°E-14 5°E
Beian
12 6. 5°E
Ac heng
12 6. 9°E
应用高通量测序法分析延边朝鲜族传统发酵泡菜发酵初期微生物多样性

分析检测Analysis and Testingdoi:10.16736/41-1434/ts.2022.04.054应用高通量测序法分析延边朝鲜族传统 发酵泡菜发酵初期微生物多样性Diversity of Culturable Microorganisms in Traditional Fermented Sauerkraut in the Korean Nationality of Yanbian as Analyzed by High-Throughput Pyrosequencing◎ 刘丽宅1,刘笑笑1,白 实2,金永梅1,魏春雁1,李 刚1(1.吉林省农业科学院,吉林 长春 130033;2.敦化市动物疫病预防控制中心,吉林 敦化 133799)LIU Lizhai1, LIU Xiaoxiao1, BAI Shi2, JIN Yongmei1, WEI Chunyan1, LI Gang1(1.Jilin Academy of Agricultural Sciences, Changchun 130033, China;2.Dunhua Animal Disease Prevention and Control Center, Dunhua 133799, China)摘 要:为探究朝鲜族传统发酵泡菜中核心菌群,本文采用高通量宏基因测序技术对8种泡菜中的群落多样性和丰度进行分析。
结果表明,8种泡菜具有高度的细菌多样性,且不同样品间存在一定的共性和差异。
细菌水平上,优势菌门为蓝藻门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);优势菌属为链球菌属(Streptophyta)、魏斯氏菌属(Weissella)和明串珠菌属(Leuconostoc)。
真菌水平上,优势菌门为泡泡藻门(Phragmoplastophyta)和链球菌门(Streptophyta);优势菌属为芸薹属(Brassica)、辣椒属(Capsicum L.)、葱属(Allium)和紫苏属(Perilla)。
萝卜种质亲缘关系的分子标记分析

㊀山东农业科学㊀2023ꎬ55(3):22~29ShandongAgriculturalSciences㊀DOI:10.14083/j.issn.1001-4942.2023.03.004收稿日期:2022-06-30基金项目:山东省农业良种工程项目(2019LZGC00603)ꎻ山东省蔬菜产业技术体系项目(SDAIT-05)ꎻ山东省农业科学院农业科技创新工程项目(CXGC2022D01)作者简介:刘辰(1988 )ꎬ男ꎬ山东烟台人ꎬ博士ꎬ助理研究员ꎬ主要从事萝卜遗传育种与生物技术研究ꎮE-mail:lcis062595@163.com付卫民(1986 )ꎬ男ꎬ山东泗水人ꎬ博士ꎬ助理研究员ꎬ主要从事萝卜遗传育种与生物技术研究ꎮE-mail:fuweimin2014@163.com∗同为第一作者ꎮ通信作者:王淑芬(1967 )ꎬ女ꎬ山东青岛人ꎬ博士ꎬ研究员ꎬ主要从事萝卜遗传育种与生物技术研究ꎮE-mail:mwangshufen@sina.com萝卜种质亲缘关系的分子标记分析刘辰ꎬ付卫民∗ꎬ刘贤娴ꎬ徐文玲ꎬ郭栋ꎬ王淑芬(山东省农业科学院蔬菜研究所/山东省设施蔬菜生物学重点实验室/国家蔬菜改良中心山东分中心ꎬ山东济南㊀250100)㊀㊀摘要:本研究以118个分子标记在108份萝卜种质中进行筛选ꎬ得到56个带型清晰㊁多态性好的标记用于亲缘关系分析ꎮ用这56个标记共扩增出130条多态性条带ꎬ每个标记2~5条ꎬ平均2.3条ꎻ观测等位基因数的平均值为2.3214ꎬ有效等位基因数的平均值为1.8643ꎬNei基因多样性指数的平均值为0.4573ꎬShannon多态性指数的平均值为0.6766ꎬPIC值介于0.29~0.55之间ꎮUPGMA聚类和PCA分析结果较为一致ꎬ在遗传相似系数为0.61处可将108份种质分为4大类ꎬ黑皮白肉萝卜㊁樱桃萝卜㊁心里美类型萝卜种质各聚为一类ꎬ其余种质聚为一类ꎬ表明萝卜种质亲缘关系与肉质根皮色㊁肉质色㊁大小的联系较密切ꎮ关键词:萝卜ꎻ亲缘关系ꎻ分子标记ꎻ遗传多样性ꎻ聚类分析中图分类号:S631.101㊀㊀文献标识号:A㊀㊀文章编号:1001-4942(2023)03-0022-08MolecularMarkerAnalysisonGeneticRelationshipofRadishGermplasmsLiuChenꎬFuWeimin∗ꎬLiuXianxianꎬXuWenlingꎬGuoDongꎬWangShufen(InstituteofVegetablesꎬShandongAcademyofAgriculturalSciences/ShandongKeyLaboratoryofGreenhouseVegetableBiology/ShandongBranchofNationalVegetableImprovementCenterꎬJinan250100ꎬChina)Abstract㊀Inthisstudyꎬ118molecularmarkerswereusedand56oneswithclearbandsandpolymor ̄phismwereselectedforgeneticrelationshipanalysisof108radishgermplasms.Atotalof130polymorphicbandswereamplifiedusingthese56markersꎬ2to5bandswereamplifiedforeachmarkerꎬwithanaverageof2.3bandsꎻthemeanvalueofobservedalleleswas2.3214andthemeanvalueofeffectivealleleswas1.8643ꎻthemeanvalueofNei sexpectedheterozygositywas0.4573andthemeanvalueofShannon sinformationin ̄dexwas0.6766ꎻthePICvalueofthe56markersrangedfrom0.29to0.55.ConsistentresultswereobtainedfromUPGMAclusteringandPCAanalysisꎬthe108germplasmsweredividedintofourgroupswithclusteringthresholdof0.61ꎻtheblackskinandwhitemeatradishꎬcherryradishandXinlimeiradishgermplasmseachclusteredintoonecategoryꎬwhiletherestofthegermplasmsclusteredintoonecategoryꎬindicatingthatgenet ̄icrelationshipwascloselyrelatedtoskincolorꎬfleshcolorandsizeoftaproot.Keywords㊀RadishꎻGeneticrelationshipꎻMolecularmarkerꎻGeneticdiversityꎻClusteranalysis㊀㊀萝卜(RaphanussativusL.)属十字花科萝卜属ꎬ是一种非常重要的蔬菜作物ꎬ不仅营养价值丰富ꎬ且具有广泛的用途ꎬ其肉质根可作为蔬菜鲜食和制干食用ꎬ叶和种子皆可入药ꎬ食用㊁药用和保健价值较高[1]ꎮ大㊁中型萝卜主要分布在亚洲地区ꎬ尤其是中国㊁日本和韩国等[2]ꎮ我国作为萝卜的起源地之一ꎬ产区分布很广ꎬ几乎每个地区都有种植ꎬ而且拥有世界上最为丰富的种质资源ꎮ萝卜的类型十分多样ꎬ可以根据叶形㊁根形㊁皮色肉质色㊁栽培季节㊁用途等进行分类ꎬ目前我国国家蔬菜种质资源库中保存的萝卜种质资源已超过2000份[3]ꎮ种质资源是开展育种工作的基础ꎬ只有充分了解萝卜种质资源的遗传多样性ꎬ才能更有效地纯化和利用种质开展品种选育工作ꎮ早期对萝卜种质遗传多样性的分析方法是建立在形态水平上的ꎬ一般根据叶型㊁根形㊁根皮色㊁肉质色㊁抗逆性㊁抗病性㊁风味等可以测量㊁易于观察的特征进行分类[4-6]ꎮ这类方法虽然相对简单㊁易于操作ꎬ但存在形态标记数量较少且容易受环境条件㊁观察者主观因素等影响ꎮ之后ꎬ国内学者采用生理生化水平的技术方法对萝卜种质资源进行分析ꎬ如用同工酶㊁硫代葡萄糖苷等指标作为标记对来源于国内外的种质进行分类[7-10]ꎮ这类方法具有标记指标数量多㊁不易受环境影响等优点ꎬ已被广泛用到很多物种的遗传多样性研究中ꎮ近年来ꎬ随着分子生物技术的不断发展ꎬ大量的分子标记被开发出来ꎬ由于具有成本低㊁重复性好㊁标记数量多等优点ꎬ越来越多的种质遗传多样性分析开始采用分子标记ꎮ在萝卜的相关研究中ꎬ较早应用的是RAPD㊁AFLP等类型的标记[11-14]ꎬ但随着标记数量的增多和种类的丰富ꎬSSR㊁ISSR等更易于操作的标记已成为目前采用较多的标记类型[15-18]ꎮ国内外已有利用分子标记技术对萝卜种质资源亲缘关系进行分析的报道ꎬ但多是对不同种质进行分类或是对某一特定类型种质进行的分析[19ꎬ20]ꎬ而且选用的种质类型各不相同ꎬ材料数量也从几份到几十份不等ꎬ因此得到的结果并不完全一致ꎮ本研究用来源于国内外不同国家和地区的108份萝卜种质为试材ꎬ对分布在整个基因组上的118个标记进行了筛选ꎬ获得56个多态性好的标记并用于分析萝卜种质的亲缘关系ꎬ以期为更好地评价种质资源㊁了解其遗传进化关系进而指导品种选育工作提供数据支持ꎮ1㊀材料与方法1.1㊀试验材料及引物1.1.1㊀试验材料㊀本研究选用的108份不同类型萝卜种质(表1)ꎬ包括绿皮绿肉类型30份㊁绿皮淡绿肉类型6份㊁绿皮白肉类型3份㊁心里美类型6份㊁红皮白肉类型19份(其中2份为穿心红类型)㊁浅红皮白肉类型1份㊁黑皮白肉类型1份㊁白皮白肉类型34份㊁红皮白肉类型樱桃萝卜6份㊁白皮白肉类型樱桃萝卜2份ꎬ均由山东省农业科学院蔬菜研究所萝卜课题组提供ꎮ所有种质的种子经催芽后ꎬ在铺有滤纸的小培养皿中培养(23ħꎬ光周期为16h光照/8h黑暗)ꎬ待子叶完全展开时取样ꎬ每份材料随机从5个单株上摘取嫩叶ꎬ保存于-20ħ冰箱备用ꎮ㊀㊀表1㊀108份供试萝卜种质序号材料编号皮色肉质色根形来源序号材料编号皮色肉质色根形来源1青40绿皮绿肉长圆柱山东55白199白皮白肉长圆柱北京2青52绿皮绿肉圆形山东56白213白皮白肉长圆柱云南3青3绿皮绿肉圆柱山东57白214白皮白肉长圆柱日本414青A绿皮绿肉短圆柱山东58AM45白皮白肉长圆柱日本514青B绿皮绿肉短圆柱山东59BL59白皮白肉长圆柱日本6青6绿皮绿肉长圆柱天津60QH-64绿皮白肉长圆柱青海701-11A绿皮绿肉长圆柱山东61CB-65白皮白肉长圆柱日本801-11B绿皮绿肉长圆柱山东62白132白皮白肉长圆柱韩国9青71绿皮绿肉长圆柱山东63白141白皮白肉长圆柱日本1006引A-1绿皮绿肉长圆柱山东64白145白皮白肉纺锤形日本1106引A-2绿皮绿肉长圆柱山东65青69绿皮绿肉圆形乌兹别克斯坦1206引B绿皮绿肉长圆柱山东66青35绿皮绿肉圆柱山东13青74绿皮绿肉圆柱山东67青51绿皮白肉短圆柱河南14青76绿皮绿肉圆柱山东68MX-72心里美圆形北京15DL-77绿皮绿肉圆柱山东69白73白皮白肉长圆柱巴基斯坦16青78绿皮绿肉圆柱山东70白120白皮白肉长圆柱韩国32㊀第3期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀刘辰ꎬ等:萝卜种质亲缘关系的分子标记分析㊀㊀表1(续)序号材料编号皮色肉质色根形来源序号材料编号皮色肉质色根形来源17泰绿81绿皮绿肉长圆柱山东71白129白皮白肉长圆柱韩国18昆绿92绿皮绿肉圆柱云南72白130白皮白肉长圆柱山东19昆绿93绿皮绿肉圆柱云南73白131白皮白肉圆柱韩国20青95绿皮绿肉圆柱河北74白134白皮白肉长圆柱日本21青96绿皮绿肉圆柱湖南75青79绿皮绿肉圆柱天津22沈绿98绿皮绿肉圆柱辽宁76白177白皮白肉圆柱广东23沈绿99绿皮绿肉长圆柱辽宁77白81白皮白肉圆形江苏24青100绿皮绿肉长圆柱山东78白179白皮白肉长圆柱湖北25莱绿101绿皮绿肉长圆柱山东7964A红皮白肉圆形山东26纯系3-13绿皮绿肉短圆柱山东8064B红皮白肉圆形山东27纯系3-17绿皮绿肉圆柱山东81AB81白皮白肉细长圆柱日本28红28红皮白肉ꎬ穿心红圆柱江苏82AZ82白皮白肉细长圆柱日本29红29红皮白肉ꎬ穿心红圆柱安徽83KR-125A白皮白肉细长圆柱日本30QY-3心里美圆柱山东84KR-125B白皮白肉细长圆柱日本31QY-4心里美圆形北京85青137绿皮淡绿肉圆柱浙江32JX-122心里美圆形山东86HL-4黑皮白肉圆形俄罗斯33QX-123心里美圆柱山东87青91绿皮淡绿肉长圆柱山东34昆红17红皮白肉圆柱云南88青92绿皮淡绿肉长圆柱山东35昆红16红皮白肉圆形云南89青41绿皮淡绿肉长圆柱山东36昆红18红皮白肉圆形云南90青94绿皮淡绿肉圆柱河南37昆红19红皮白肉圆形云南91青195绿皮淡绿肉圆柱河南38TH-24A红皮白肉圆形山东92HC-107心里美圆形河北39TH-24B红皮白肉圆形山东93红117红皮白肉圆柱黑龙江40YH-217红皮白肉长圆柱山东94红141红皮白肉短圆柱辽宁41ZH-230A红皮白肉圆形山东95红99红皮白肉长圆柱江苏42ZH-230B红皮白肉圆形山东96红100红皮白肉长圆柱辽宁43红155浅红皮白肉圆柱湖北97BC-158白皮白肉长圆柱韩国44红156红皮白肉圆柱湖北98白102白皮白肉圆柱广东45TH-5A红皮白肉圆形山东99白103白皮白肉圆柱浙江46白167白皮白肉长圆柱台湾100白104白皮白肉细长圆柱日本47白170白皮白肉圆柱日本101HY-105红皮白肉樱桃萝卜山西48白176白皮白肉短圆柱江苏102HY-106红皮白肉樱桃萝卜河北49青178绿皮白肉长圆柱青海103HY107红皮白肉樱桃萝卜北京50白52白皮白肉长圆柱日本104HY108红皮白肉樱桃萝卜荷兰51DC-180白皮白肉长圆柱韩国105BY-109白皮白肉樱桃萝卜河北52BC-185白皮白肉长圆柱韩国106BY-110白皮白肉樱桃萝卜北京53纯系6-1白皮白肉长圆柱国内107HY-111红皮白肉樱桃萝卜河北54纯系8-8白皮白肉长圆柱国内108HY-112红皮白肉樱桃萝卜北京1.1.2㊀试验所用引物㊀本研究所用引物全部来源于萝卜的参考基因组网站(http://radish-ge ̄nome.org/)ꎬ其中SSR引物27对ꎬInDel引物80对ꎬIBP引物11对[21]ꎮ引物用无菌水稀释到10μmol/Lꎬ-20ħ保存备用ꎮ1.2㊀DNA提取采用快捷型植物基因组DNA提取试剂盒[天根生化科技(北京)有限公司]提取DNAꎬDNA提取质量通过1.0%琼脂糖凝胶电泳进行检测ꎬDNA浓度利用紫外吸收法进行检测ꎬ根据检测的浓度情况用ddH2O稀释至10ng/μLꎬ置于-20ħ冰箱保存备用ꎮ1.3㊀PCR扩增及检测本研究所用PCR反应体系总体积为10μL:2ˑTaqPCRMix5μLꎬ正反向引物各0.5μLꎬDNA模板1μLꎬddH2O3μLꎮPCR反应程序为:94ħ预变性3minꎻ94ħ变性30sꎬ55ħ退火30sꎬ72ħ延伸1minꎬ25个循环ꎻ72ħ充分延伸5minꎻ4ħ保存ꎮ扩增产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳ꎬ银染检测ꎮ选择条带清晰㊁多态性好的标记进42㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀山东农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第55卷㊀行数据统计及后续分析ꎮ1.4㊀数据统计分析根据电泳检测结果ꎬ选择清晰且容易分辨的条带进行统计ꎬ有条带记为1ꎬ没有条带记为0ꎬ缺失条带记为9ꎬ在MicrosoftExcel2013中记录统计结果ꎬ建立所有材料的数据矩阵ꎮ使用DataFor ̄mater2.7软件对所建矩阵进行数据转换ꎬ利用POPGENE1.31软件计算观测等位基因数(Na)㊁有效等位基因数(Ne)㊁Shannon多态性指数(I)和Nei遗传多样性指数(H)ꎬ采用PIC_CALC0.6软件计算各标记的多态信息量(PIC)ꎮ根据NTSYSpc2.10软件要求的格式将原始矩阵数据进行转换ꎬ并通过该软件计算出所有种质材料的遗传相似系数ꎬ利用SHAN程序中的Treeplot绘制关于材料遗传距离的UPGMA(算术平均非加权配组法)聚类树状图ꎮ利用Origin2019b程序进行主成分分析(PCA)ꎮ2㊀结果与分析2.1㊀分子标记筛选分析将所有标记在108份萝卜种质中进行扩增ꎬ根据扩增结果挑选出带型清晰㊁多态性好的分子标记56个ꎮ这56个标记在萝卜基因组的每条染色体上都有分布ꎬ其中ꎬ8号染色体上的标记数最少ꎬ只有3个ꎻ5号染色体上最多ꎬ有11个标记(图1)ꎮ56个标记扩增出的条带总数为130条ꎬ平均每个标记2.3条ꎻPIC值在0.29~0.55之间ꎬ高于0.50的标记有3个ꎬ分别为RsIBP18㊁RsSSR109和RsIBP17ꎻ扩增出条带最多的标记为RsSSR109ꎬ扩增出5条带ꎻ43个标记(76.8%)只扩增出2条多态性条带ꎬ分别有9个和3个标记扩增出3条和4条多态性条带ꎬ只有1个标记扩增出5条多态性条带(表2)ꎮ通过POPGENE1.31软件分析ꎬ108份萝卜材料的观测等位基因数平均值为2.3214ꎬ有效等位基因数平均值为1.8643ꎬ有效等位基因的比例为80.31%ꎬNei遗传多样性指数平均值为0.4573ꎬShannon多态性指数平均值为0.6766(表3)ꎮ图1㊀标记在染色体上的分布情况㊀㊀表2㊀56个标记在108份材料中的扩增情况标记扩增条带数多态性条带数多态性比率(%)多态信息量PIC引物扩增条带数多态性条带数多态性比率(%)多态信息量PICRsInD82331000.36RsIBP17331000.51RsIBP20221000.34BrEST5441000.41RsInD244331000.38RsInD52221000.31RsInD96331000.45RsInD45221000.34RsIBP6221000.33RsInD39221000.37RsInD75221000.31RsInD217221000.37RsInD48331000.42RsInD25221000.37RsInD70221000.32RsInD225221000.32RsInD38221000.37RsInD210221000.38RsIBP18441000.51RsSSR178221000.35RsInD91221000.33RsInD68221000.31RsInD51221000.37RsIBP19221000.37RsInD56221000.34RsInD43331000.36RsInD61221000.37RsInD37221000.29RsInD71331000.34RSS0166221000.35RsInD67221000.31RsSSR108441000.32RSS2359221000.30RsSSR107221000.35RsInD65221000.37RsInD42221000.32RsSSR197221000.36RSS1896221000.3752㊀第3期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀刘辰ꎬ等:萝卜种质亲缘关系的分子标记分析㊀㊀表2(续)标记扩增条带数多态性条带数多态性比率(%)多态信息量PIC引物扩增条带数多态性条带数多态性比率(%)多态信息量PICRsInD50221000.34RSS3174221000.34RsInD95221000.33RsInD31221000.36RsInD90331000.38RsInD60221000.36RsInD246221000.33RSS2168221000.32RsSSR109551000.55RsInD54221000.35RsInD73221000.35RsInD79221000.37RsInD92331000.38RsIBP14221000.35RsInD28221000.30RsInD233221000.37RsInD27221000.37RsSSR102221000.37㊀㊀表3㊀108份萝卜种质材料的遗传多样性指数项目观测等位基因数Na有效等位基因数NeNei遗传多样性指数HShannon多态性指数I平均值2.32141.86430.45730.6766标准差0.66350.21220.05690.10972.2㊀遗传多样性分析基于上述筛选得到的56个标记ꎬ计算出108份萝卜种质间的遗传相似系数ꎬ遗传距离的变化范围为0.54~0.99ꎬ利用SHAN程序和UPGMA方法进行聚类分析ꎬ结果(图2)显示ꎬ在相似系数为0.61处ꎬ可将108份萝卜种质分为4大类ꎬ第1类主要包括大㊁中型的绿萝卜㊁白萝卜和红皮白肉的萝卜材料ꎬ共94份ꎻ第2类包括6份绿皮红肉的心里美类型种质材料ꎻ第3类仅为1份黑皮白肉的黑萝卜ꎻ第4类则是小型的樱桃萝卜类型ꎬ包含7份材料ꎮ进一步分析ꎬ在相似系数为0.677处可将第1类的94份材料分为8个亚类ꎮA亚类包含材料最多ꎬ共有42份ꎬ约占供试材料总数的45%ꎮ在相似系数为0.71处ꎬ可进一步将A亚类分为2个组ꎬ第1组包括27份材料ꎬ均为绿萝卜类型(21份为绿皮绿肉㊁5份为绿皮淡绿肉㊁1份为绿皮白肉)ꎬ除来源于乌兹别克斯坦的1份材料根形为圆形外ꎬ其余材料肉质根均为长圆柱㊁圆柱或短圆柱形ꎬ均来源于国内ꎬ以山东为主ꎻ第2组的组成较为复杂ꎬ15份材料中有9份为红皮白肉㊁5份为白萝卜㊁1份为绿萝卜ꎬ根形以圆柱和长圆柱形为主ꎬ来源地也比较分散ꎮB亚类共9份材料ꎬ除1份白萝卜来源于日本ꎬ其余均为国内的绿萝卜种质ꎬ根形包括圆形㊁短圆柱㊁圆柱和长圆柱ꎮC亚类的3份材料均为国内的绿萝卜ꎬ根形圆柱或长圆柱形ꎮD亚类为国内的红皮白肉萝卜ꎬ全部是圆形ꎮE亚类是2份山东的红皮白肉的圆萝卜材料ꎮF亚类的2份材料是国内的白萝卜ꎬ肉质根圆柱形ꎮG亚类除了1份浅红皮白肉的国内种质ꎬ其余均为白萝卜ꎬ来源于国内㊁韩国㊁日本和巴基斯坦ꎬ根形包括短圆柱㊁圆柱㊁长圆柱和细长圆柱形ꎮH亚类是4份来自日本的细长圆柱形的白萝卜材料ꎮ利用Origin2019b对108份种质进行主成分分析ꎬ结果(图3)与UPGMA聚类分析结果基本一致ꎬPC1㊁PC2和PC3所能解释的遗传变异分别为11.0%㊁9.3%和6.0%ꎮ值得注意的是ꎬ第1类中红皮白肉的圆形种质昆红19与其他种质距离较远ꎬ第2类中QY-3和QX-123这两份圆柱形的心里美种质与同类群的圆形心里美种质距离较远ꎮ3㊀讨论了解种质的遗传多样性及其亲缘关系有利于更好地对其进行评价鉴定ꎬ并可为育种研究提供数据支持[22]ꎮ相较于形态标记和同工酶标记等分析方法ꎬ分子标记具有操作简便㊁周期短㊁准确度更高等优点ꎮ已有研究发现ꎬ不同类型的分子标记在分析种质遗传距离时存在一定差异ꎬ采用多种标记综合分析可以使结果更加准确㊁可靠[23]ꎮ本研究以分布在9条染色体上的118个分子标记在108份萝卜种质中进行筛选ꎬ得到56个多态性好的标记ꎬ包括39个InDel标记㊁11个SSR标记和6个IBP标记ꎬPIC值在0.29~0.55之间ꎬ属于中高度多态性标记[24]ꎬ符合筛选高质量分子标记的条件ꎮ这些标记在每条染色体上都有分布ꎬ以5号染色体上最多(11个)ꎬ8号染色体上最少(3个)ꎬ这与每条染色体上开发出的标记62㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀山东农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第55卷㊀图2㊀108份萝卜种质的UPGMA聚类分析结果72㊀第3期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀刘辰ꎬ等:萝卜种质亲缘关系的分子标记分析图3㊀108份萝卜种质的主成分分析数量有很大关系[21]ꎮ进一步分析结果表明ꎬ这些标记的观测等位基因数平均为2.3214ꎬ有效等位基因数平均为1.8643ꎬ有效等位基因的比例为80.31%ꎬ与之前报道的利用ISSR和SSR标记分析的结果相似[16]ꎻNei基因多样性指数的平均值为0.4573ꎬShannon多态性指数的平均值为0.6766ꎬ反映出本研究供试萝卜种质材料具有较高的遗传多样性ꎮ在种质分类方面ꎬ形态标记与分子标记具有一定的一致性[25]ꎮ本研究供试的108份萝卜种质被分为4类ꎬ第1类主要是绿萝卜㊁白萝卜㊁红皮萝卜ꎬ第2类是心里美萝卜ꎬ第3类是黑萝卜ꎬ第4类是红皮和白皮的樱桃萝卜ꎮ心里美材料㊁黑萝卜材料和樱桃萝卜材料各自聚为一类ꎬ说明这三种类型材料间亲缘关系较远ꎮ孔秋生等[11]利用RAPD标记对56份种质的聚类分析结果也将1份心里美材料㊁1份黑萝卜材料㊁8份樱桃萝卜材料各自聚为一类ꎬ与本研究结果一致ꎮ另外ꎬ本研究选用的108份材料中有6对雄性不育系及其保持系ꎬ聚类分析结果显示ꎬ这6对材料中的01-11A/B㊁ZH-230A/B㊁TH-24A/B和KR-125A/B都与相同皮色㊁肉质色的材料聚类在一起ꎬ并且雄性不育系及其对应的保持系亲缘关系最近ꎻ14青A/B和64A/B虽然没有与大多皮色㊁肉质色相同的材料聚在一起ꎬ但其不育系及保持系之间的亲缘关系也是最近的ꎮ这也证明了本研究结果的可靠性ꎮ关于决定萝卜种质亲缘关系的关键因素ꎬ已有研究得到的结论并不完全一致ꎬ如Pradhan等[26]利用RAPD标记分析发现ꎬ与按照地理起源进行分类相比ꎬ按照表型对萝卜进行分类更可靠ꎻ孔秋生等[12]通过AFLP标记分析发现ꎬ萝卜肉质根的根皮色是我国国内种质资源分类的重要参考因素ꎻ周娜等[27]的研究则表明ꎬ与种质资源亲缘关系最密切的不是表型指标ꎬ而是材料的来源地ꎬ其次才是根肉色ꎮ在本研究中ꎬ前3类是大中型萝卜种质ꎬ其分类与肉质根皮色㊁肉质色关系密切ꎬ第1类中的8个亚类也主要是皮色㊁肉质色相同的种质聚类较近ꎻ进一步分析第1类的8个亚类可以发现ꎬ在确定皮色㊁肉质色的前提下ꎬ种质聚类也与根形有一定的联系ꎮA亚类和C亚类的绿皮绿肉种质主要是长圆柱和圆柱形ꎬB亚类主要是圆柱㊁短圆柱和圆形ꎻA亚类中的红皮白肉种质主要是长圆柱㊁圆柱和短圆柱形ꎬ在D和E亚类中的则全部是圆形ꎻF亚类中的2份白皮白肉萝卜是圆柱形ꎬG亚类中的白萝卜主要是长圆柱形ꎬH亚类中的是4份细长圆柱形种质ꎮ此外ꎬ第2类的6份心里美种质也是按圆柱形和圆形分别聚在了一起ꎮ前人研究中也有类似报道ꎬ即扁圆形和长圆柱形的白皮白肉种质分别聚类[27]ꎮ但将本研究所用种质的来源地与聚类结果进行联系ꎬ并没有发现明显的规律ꎮ对中㊁日㊁韩三个白萝卜主产国的种质分析发现ꎬ韩国种质全部聚在第1类的G亚类ꎬ日本种质全部在G亚类和H亚类ꎬ而中国的白萝卜种质在A㊁B㊁F㊁G四个亚类中都有分布ꎬ这在一定程度上反映了我国的种质资源更为丰富ꎮKobayashi等[28]的研究表明ꎬ韩国种质均与中国种质聚在一起ꎬ日本种质虽与中㊁韩种质有所重叠ꎬ但差异较大ꎬ这与本研究结果有一定的一致性ꎮ4㊀结论综合本研究结果ꎬ萝卜种质亲缘关系与肉质根皮色㊁肉质色的联系较密切ꎬ其次为根形ꎮ基于形态标记的分类虽与分子标记分类具有较高的关联性ꎬ但由于受主观判断㊁生长环境等因素影响ꎬ分类结果并不完全一致ꎮ因此ꎬ在实际育种工作中ꎬ育种者要想快速㊁准确地评价种质材料以充分利用杂种优势配置组合ꎬ应当在丰富的育种经验基础上适当采用分子标记进行辅助分析ꎮ参㊀考㊀文㊀献:[1]㊀ShinTꎬAhnMꎬKinGOꎬetal.Biologicalactivityofvariousradishspecies[J].OrientalPharmacyandExperimentalMedi 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利用ISSR检测桉树组培苗遗传稳定性的研究

ma r k e r s i n e u c a l y p t u s h a d h i g h e r s e n s i t i v i y ,wh t i c h c a n d e t e c t e d t h e i n t e r s p e c i i f c a n d i n t r a s p e c i i f c g e n e t i c
2 0 1 3年 4月
Ap r .2 01 3
热 带 农 业 科 学
CHI NE S E J OURNAL OF TROP I C AL AGRI CUL T URE
第3 3卷第 4期
Vo 1 . 3 3,No . 4
利用 I S S R检测桉树组培苗遗传稳定性的研究①
( 1 Gu a n g x i F o r e s t r y R e s e a r c h I n s t i t u t e ,Na n n i n g ,G u a n g x i 5 3 0 0 0 1
2 G u a n g x i N a n n i n g L i a n g f e n g j i a n g N a t i o n a l F o r e s t P a r k ,N a n n i n g , G u a n g x i 5 3 0 0 3 1)
关键 词
分类号
Байду номын сангаас
桉 树 属 ;组 培 苗 ;继 代 次 数 ;遗 传 变 异 ;I S S R
¥ 7 9 2 + 3 9:Q 2 9 1
Ge n e t i c S t a b i l i t y o f E u c a l y p t u s Re p e a t e d l y S u b c u l t u r e d
某理工大学《微生物学教程》考试试卷(3899)

某理工大学《微生物学教程》课程试卷(含答案)__________学年第___学期考试类型:(闭卷)考试考试时间:90 分钟年级专业_____________学号_____________ 姓名_____________1、判断题(230分,每题5分)1. 微生物有极广的碳源谱,它不论对整个微生物界整体或对个别微生物种来说,都是一致的。
()答案:错误解析:碳源谱是把所有微生物当作一整体时其可利用的碳源范围,而不是针对某个别微生物种。
2. 当今研究表明:所有的细菌都是肉眼看不见的。
()答案:错误解析:费氏刺尾鱼菌的细胞长度可以达到200~500μm,是肉眼可见的大型细菌。
3. 转座子可自主复制,因此在不同细胞间传递时不需要载体。
()答案:错误解析:转座子在细胞内可进行自主复制,但在不同细胞间传递时也需要载体。
4. 呼吸链中的细胞色素系统只能传递电子而不能传递质子。
()答案:正确解析:呼吸链中的细胞色素系统能传递电子,不能传递质子。
5. 在补体结合试验中,指示系统中的溶血素实为一红细胞的特异抗体。
()答案:正确解析:补体结合试验中指示系统包括绵羊红细胞和溶血素,其中溶血素是绵羊红细胞的特异抗体。
6. 以明胶作凝固剂的固体培养基中,明胶的含量在2左右。
()答案:错误解析:以明胶作凝固剂的固体培养基中,明胶的含量在5~12,以琼脂作凝固剂的固体培养基中,琼脂的含量在1~2。
7. 在对厌氧菌进行液体培养时,常在培养基中加入铁屑或铁丝等成分,借以保证它们对无机元素的需要。
()答案:错误解析:在对厌氧菌进行液体培养时,常在培养基中加入铁屑或铁丝等成分是作为还原剂。
8. 环丝氨酸和青霉素抑制肽聚糖生物合成的机制,都属于代谢类似物对酶的活性中心发生竞争性抑制作用这一类。
()答案:正确解析:环丝氨酸和青霉素抑制肽聚糖的生物合成是因为代谢类似物对酶的活性中心发生了竞争性抑制。
9. 利用E花结试验(E玫瑰花环试验)就可方便地检测外周血中T 细胞的数目及其比例。
微卫星标记
鳗及其近交后代微卫星分子标记研究RAPD指纹方面的初步研究,但采用微卫星分子标记进行分析的研究还相对较少。
而微卫星分子标记方法在动植物育种上己经作为一种育种辅助标记广泛应用。
2遗传标记的发展及应用遗传标记(GelleticMarkers)是指与目标性状紧密连锁,同该性状共同分离可以明确反映遗传多态性的生物特征,是基因型特殊的可识别的表现形式,它是生物分类学、育种学、遗传学和物种起源与进化等研究的主要技术指标之一。
广义的遗传标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质,狭义的遗传标记概念只是指DNA分子标记(Parke:。
tal.,1998)。
理想的遗传标记一般必须达到以下几个要求: (1)具有高度的多态性;(2)共显性遗传,即利用分子标记可鉴别二倍体中杂合和纯合基因型;(3)能明确辨别等位基因;(4)遍布整个基因组;(5)除特殊位点的标记外,要求分子标记的位点均匀分布于整个基因组;(6)选择中性,即无基因多效性;(7)检测片段简单、快速,实验程序易自动化;(8)开发成本和使用成本尽量低廉;(9)在实验室内和实验室间重复性好,便于数据交换。
但是,目前发现的任何一种分子标记均不能满足以上所有要求(贾继增,1996;邱芳等,1998;赵淑清等,2000)。
遗传标记已作为一种辅助育种标记广泛应用于动、植物及其它领域。
从不同层次水平上看,它可分为形态学标记、细胞学标记、生化标记、分子标记四种2.1形态学标记形态学标记(MO甲hologicalmarkers)是指那些从表型上看显示遗传多态性的特征,即生物特征,如鱼的体高、体长、体色等。
由于形态学标记易观察、识别,因此它一直是选种、育种的重要标记,也是孟德尔遗传学创立的重要基础。
由自发突变或物理化学诱变均可获得具有特定优良性状的形态特征,通过人工选育工作使那些优良胜状稳定遗传下来,从而达到选育的目的和效果,自上个世纪80年代,我国科研工作者就开始采用形态学方法对鱼类种质资源鉴定进行研究,李思发等(1990) 对长江、珠江、黑龙江鳞、墉、草鱼种质资源进行了调查和研究。
基于DNA条形码技术鉴别有毒鹅膏菌属物种
基于DNA条形码技术鉴别有毒鹅膏菌属物种白文明1,2,邢冉冉2,陈丽萍3,彭 涛2,雷红涛1,陈 颖2,*(1.华南农业大学食品学院,广东广州510642;2.中国检验检疫科学研究院,北京100176;3.中华人民共和国昆明海关检验检疫技术中心,云南昆明650051)摘 要:收集27 个鹅膏菌属物种共38 份样本,提取样品基因组DNA,应用通用引物扩增其内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)、核糖体大亚基(large ribosomal subunit,LSU)、RNA聚合酶的第二大亚基(the second largest subunit of RNA polymerase II,RPB2)、β-微管蛋白(β-tubulin)基因序列并进行Sanger双向测序,将得到的序列进行校对拼接后与NCBI的GenBank数据库中的参考序列进行比对鉴别物种来源;计算物种的种内、种间Kimura-2-Parameter(K2P)遗传距离并构建系统发育树。
结果表明,β-tubulin、ITS基因序列鉴别能力优于RPB2、LSU基因序列,可将β-tubulin与ITS两者联合用于鹅膏菌属的物种鉴别,为有毒蘑菇诱发的食源性中毒风险进行预警。
β-tubulin基因序列长度较LSU、ITS、RPB2等基因序列短,适合对深加工的蘑菇制品以及误食毒蘑菇后的呕吐物进行分析,可作为鹅膏菌属中毒事件中物种鉴定及溯源的优选条形码。
关键词:鹅膏菌属;DNA条形码;物种鉴别DNA Barcoding for Identification of Toxic Amanita SpeciesBAI Wenming1,2, XING Ranran2, CHEN Liping3, PENG Tao2, LEI Hongtao1, CHEN Ying2,*(1. College of Food Science, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China;2. Chinese Academy of Inspection and Quarantine, Beijing 100176, China;3. Inspection and Quarantine Technical Center, Kunming Customs District P. R. China, Kunming 650051, China)Abstract: In this study, we collected a total of 38 samples of 27 Amanita species and extracted their genomic DNA.Universal primers were used to amplify the internal transcribed spacer (ITS), large ribosomal subunit (LSU), the second-largest subunit of RNA polymerase II (RPB2), and the β-tubulin gene sequences. Sanger bidirectional sequences were obtained, proofread and then submitted to the NCBI GenBank for sequence alignment to identify the species. We calculated the intra-species and inter-species Kimura-2-Parameter (K2P) genetic distance and constructed the phylogenetic tree. The results indicated that β-tubulin and ITS were more suitable than RPB2 and LSU for use in the identification of Amanita species. The combined use of β-tubulin and ITS could be recommended to identify Amanita species, providing early warning of foodborne poisoning caused by poisonous mushrooms. β-tubulin was shorter than LSU, ITS, and RPB2, being suitable for use in the analysis of highly-processed mushroom products and vomits after eating poisonous mushrooms by mistake. Thus, β-tubulin can be used as the optimal barcode to identify and trace Amanita species causing mushroom poisoning.Keywords: Amanita; DNA barcoding; species identificationDOI:10.7506/spkx1002-6630-20200116-202中图分类号:Q939.5 文献标志码:A 文章编号:1002-6630(2021)04-0278-09引文格式:白文明, 邢冉冉, 陈丽萍, 等. 基于DNA条形码技术鉴别有毒鹅膏菌属物种[J]. 食品科学, 2021, 42(4): 278-286.DOI:10.7506/spkx1002-6630-20200116-202. BAI Wenming, XING Ranran, CHEN Liping, et al. DNA barcoding for identification of toxic Amanita species[J]. Food Science, 2021, 42(4): 278-286. (in Chinese with English abstract) DOI:10.7506/spkx1002-6630-20200116-202. 收稿日期:2020-01-16基金项目:“十三五”国家重点研发计划重点专项(2017YFF0211301)第一作者简介:白文明(1993—)(ORCID: 0000-0003-1172-3485),女,硕士研究生,研究方向为食品物种鉴别。
利用微卫星(SSR)分子标记进行油松无性系种子园及其子代群体结构的研究
植株问密度的调节。
3.1.2实验材料的采集及样本处理样本的采集以建园无性系为单位,每个无性系采集一个单株,另外考虑到松类针叶中所含的多糖和次生代谢物(如酚,脂、菇等)会影响到DNA的提取质量,本试验选择的采集部位为当年新抽的嫩梢(2004年3月采集),约3~6∞长,每个无性系视嫩梢长度采集6~8条来代表该无性系基因型,共采集49个无性系。
同时,根据无性系在种子园内分布的情况,于2004年10月分别选出三棵无性系单株作为采种母树。
16#无性系作为采种母树的单株位于1大区20小区、22#无性系作为采种母树的单株位于1大区20小区、41#无性系作为采种母树的单株位于1大区19小区,分别从这三棵母树上采集球果若干。
将从三株母树上得到的种子分别按无性系置于培养皿中蒸馏水至少浸泡48个小时,然后摆放在发芽盒内,25℃光照培养箱中发芽,每天补水。
当幼苗长到大约5~6cm时取出,去除种壳和残余胚乳,将整株幼苗放入.70"(2冰箱中保存。
用种子发芽得到的整株幼苗(去除种壳和残余胚乳)中提取的DNA来代表子代基因型。
三棵母树的种子幼苗代表子代群体。
图1无性系种子FigAClonalseeds图3种子发芽2Fig.3Seedssprouting(2)图2种子发芽1Fig.2Seedssprouting(1)圈4畸形苗(1、2)和正常苗(3,4)Fig.4Monstersecdings‘1.2)andnormalseedings(3.4)3.2试验方法3.2.1DM的提取针对不同的材料分别用两种方法提取DNA:胚乳DNA的提取采用SDS法;嫩梢及整株幼苗总DNA的提取采用最简单的CTAB法。
擅越璧蕴趁苣旦△丝数理亟I.将约O.29材料放入1.5mlEppendorf管中,将塑料研磨棒插入Eppendorf管"(压紧植物材料),放入液氮中约1分钟;2.迅速研磨后,加入约5001.t1的1.5%CTAB提取缓冲液(75mMTfis.HCI(pH8.O)。
高中生物实验大全
高中生物实验大全1.观察DNA、RNA在细胞中的分布2.检测生物组织中还原糖、脂肪和蛋白质3.用显微镜观察多种多样的细胞4.观察线粒体和叶绿体5.通过模拟实验探究膜的透性6.观察植物细胞的质壁分离及复原7.探究影响酶活性的因素8.叶绿体色素的提取和分离9.探究酵母菌的呼吸方式10.观察细胞的有丝分裂11.模拟探究细胞表面积与体积的关系12.观察细胞的减数分裂13.低温诱导染色体加倍14.调查常见人类遗传病15.探究植物生长调节剂和扦插枝条生根的作用16.模拟尿糖的检测17.探究培养液中酵母菌数量的动态变化18.土壤中动物类群丰富度的研究19.探究水族箱(或鱼缸)种群落的演替生物实验总结实验一观察DNA和RNA在细胞中的分布实验原理:DNA绿色,RNA红色分布:真核生物DNA主要分布在细胞核中,线粒体和叶绿体内也含有少量的DNA;RNA主要分布在细胞质中。
实验结果:细胞核呈绿色,细胞质呈红色.实验二物质鉴定还原糖+斐林试剂砖红色沉淀脂肪+苏丹III橘黄色脂肪+苏丹IV红色蛋白质+双缩脲试剂紫色反应1、还原糖的检测1)材料的选取:还原糖含量高,白色或近于白色,如苹果,梨,白萝卜。
2)试剂:斐林试剂(甲液:0.1g/mL的NaOH溶液,乙液:0.05g/mL的CuSO4溶液),现配现用。
3)步骤:取样液2mL于试管中→加入刚配的斐林试剂1mL(斐林试剂甲液和乙液等量混合均匀后再加入)→水浴加热2min左右→观察颜色变化(白色→浅蓝色→砖红色)★模拟尿糖的检测1、取样:正常人的尿液和糖尿病患者的尿液2、检测方法:斐林试剂(水浴加热)或班氏试剂或尿糖试纸3、结果:(用斐林试剂检测)试管内发生呈现砖红色沉淀的是糖尿病患者的尿液,未呈现砖红色沉淀的是正常人的尿液。
4、分析:由于糖尿病患者的尿液中含有还原糖,与斐林试剂发生反应产生砖红色沉淀,而正常人尿液中无还原糖,所以没有发生反应。
2、脂肪的检测1)材料的选取:含脂肪量越高的组织越好,如花生的子叶。
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菌物学报26(1):115-121,2007 Mycosystema
白黄侧耳Pleurotus cornucopiae 微卫星间区(ISSR)分析 张金霞 黄晨阳 管桂萍 李辉平 张瑞颖 胡清秀 (中国农业科学院农业资源与农业区划研究所,北京100081) 摘要:本试验对我国1982年至2004年22年间栽培的白黄侧耳Pleurotuscornucopiae 30个菌株进行了锚 定ISSR分析,试验表明,引物P4和P5都能对白黄侧耳 cornucopiae进行多态性扩增,P4将供试菌株扩 增出45个条带,大小在200 ̄20 000 bp,P 将供试菌株扩增出39个条带,大小在500~15 000 bp,扩增 出的条带100%具多态性。聚类分析在遗传相似性61%的水平下将30个供试菌株划分为15个类群,即15 个具一定遗传差异的菌株;具有相同ISSR图谱、遗传相似性程度100%的可能为同一菌株,属于同物异 名。试验表明我国的食用蕈菌野生环境面临人工栽培种质的污染,采自河北、山东、云南自然环境下的白 黄侧耳P cornucopiae与此前大量栽培的一些商业品种具完全相同的ISSR指纹图谱,聚类分析相似性系 数100%。 关键词:锚定ISSR,商业菌株,菌株鉴定,遗传分析 中图分类号:Q939.5 文献标识码:A 文章编号:1672.6472(2007)01.0115—0121
Inter simple sequence repeat analysis for Pleurotus cornucopiae ZHANG Jin・-Xia HUANG Chen--Yang GUAN Gui--Ping LI Hui・-Ping ZHANG Rui・-Ying HU Qing--Xiu (InstituteofAgriculturalResourcesandRegionalPlanning,ChineseAcademyofAgriculturalSciences,Beijing10008i) Abstract:The anchored ISSR analysis of Pleurotus cornucopiae was carried out for identification of the thirty cultures cultivated from 1982 to 2004 in China.The polymorphic DNA fragments could be produced by both of the primer P4 and P5 for the tested cultures ofP cornucopiae.Forty-five bands arose from primer P4,200 ̄20000 bp in length and thirty—nine bands arose from primer P5,500-1 5000 bp in length.All of the bands brought polymorphic among the tested strains.The thirty cultures ofP cornucopiae were divided into 15 groups,i.e.15 stains under similarity of 61%by cluster analysis.The cultures with the same ISSR profiles and 100%similarity of cluster analysis probably belong to the same strain.The results show that the environment of the wild mushrooms is faced with the contamination of germplasms from the commercial varieties.The ISSR profiles of wild cornucopiae in Hebei,Shandong and Yunnan are equal to those of commercial varieties cultivated before, and the similarity analyzed by UPGAMA is 100%. Keywords:Anchored ISSR,commercial strains,strain identification,genetic analysis.
白黄侧耳Pleurotus cornucopiae(Paulet:Pers.)Rolland俗称姬菇、小平菇(mini oyster), 也有人误称其为秀珍菇、珍珠菇,是世界性分布的食用蕈菌,我国河北、黑龙江、吉林、
基金项目:科技部三峡移民科技开发专项2004EP090020 收原稿日期:2006—04—11,收修改稿日期:2006—06—19
维普资讯 http://www.cqvip.com l16 菌物学报 26卷 山东、江苏、四川、安徽、江西、河南、广西、新疆、云南等地均有分布(卯晓岚,1998), 是平菇(oyster)的主要栽培种,我国主要栽培食用蕈菌之一,也是全球性栽培的食用蕈菌。 由于其栽培简便,生物转化率高,成为发展中国家重要蛋白质来源,全球产量持续增长。 为了获得优良的农艺性状和商品性状,育种者应用多种方法进行优良品种的选育。但 是,由于子实体分化程度远远低于绿色植物,应用形态的多样性进行特异性、一致性和稳 定性(Dus)的鉴定十分困难。美国、意大利、荷兰等国家对食用蕈菌商业菌株实行了专 利和品种权保护,然而在专利保护的实际应用上,由于形态常受环境条件的影响,也同样 遇到了特有的困难。应用分子标记技术研究食用蕈菌的遗传多样性,并应用于品种权保护, 已经成为近年的研究热点之一。分子标记具有稳定、迅捷、成本低等诸多优势,但是,不 同的标记技术适宜的种类不同。目前在食用蕈菌中应用较多的有随机扩增多态性DNA (random amplified polymorphic DNA,RAPD)、限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)和扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphisms,AFLP),而应用微卫星间区(inter simple sequence repeat,ISSR)技术进行 食用蕈菌的品种鉴定尚未见报道。 微卫星DNA(microsatellite)是短的、串联的简单重复序列(simple sequence repeat, SSR),广泛存在于真核生物的基因组,SSR在种内居群间、个体间存在高度多态性。以 SSR为基础,发展的ISSR指纹技术不需要事先知道SSR序列,以SSR为引物进行PCR 扩增,电泳分析扩增产物的多态性。改进的锚定ISSR.PCR,在序列引物的3’或5’端添加 1~7个兼并碱基,将引物锚定在微卫星序列的5’或3’端,有效防止扩增过程中引物的滑动, 使ISSR的稳定性和可重复性显著提高(Grist et a1.,1993;Zietkiewicz et a1.,1994;Fisher et a1.,1996)。ISSR在柑橘(Fang&Roose,1994),兰莓(Levi&Towland,1997)等经济 作物的品种鉴定和种质资源分析方面已取得良好的结果。 本研究对我国1982年以来栽培的白黄侧耳 cornucopiae菌株进行了锚定ISSR分析, 目的在于探讨ISSR技术在食用蕈菌栽培菌株遗传分析中应用的可能性和可靠性,为该种 内菌株间遗传多样性分析、种质资源评价、育种和商业菌株的鉴定、为育种者的品种权保 护提供快速鉴定技术。
1材料和方法 1.1供试菌株及其来源 30个供试菌株中,27个为不同年代的商业栽培菌株,主要来自国内食用菌科研单位,
2个作者分别采自山东和云南(序号23、29),1个引自香港中文大学作为标准菌株(序号 1),所有菌株均保藏于中国农业微生物菌种保藏管理中心(ACCC)(表1)。 1.2方法 1.2.1 DNA提取:采用CTAB法。 1.2.2引物:5’端锚定引物P4和P5。 1.2.3扩增反应体系:PCR反应体系的总体积为25gL,其中10 ̄PCR缓冲液2.5gL,dNTPs (10mmol/L)为2gL,引物(5gmol/L)为2gL,TaqDNA聚合酶为0.75U,模板为50ng。 阴性对照中用ddH2O代替模板。 1.2.4扩增反应条件:扩增反应在iCycler型PCR仪上进行,预变性92℃,5 mira变性92℃, 1 min;复性49℃,1 min;延伸72℃,5 min;30个循环,补平72℃,7 min。
维普资讯 http://www.cqvip.com 序号No. 原号Original No ACCC No 来源Origin 1.2.5电泳及数据处理:扩增产物用1.4%琼脂糖凝胶电泳分离,以LDNA/HindIII+EcoR I 作标记,0.5 ̄tg/ml EB染色后,用水冲洗后置凝胶成像仪上观察。应用Gel—Pro Analyzer软 件,以凝胶DNA片段的有无分别记为1或0。用统计软件计算菌株间遗传相似性系数,用 UPGAMA法进行聚类分析,构建树状图,进行遗传相似性分析。
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