电子克隆及序列分析
生物信息学期末复习资料（小字）
生物信息学期末复习资料（小字）名词解释或辨析。
1.生物信息学：生物信息学是包含生物信息的获取、处理、贮存、分发、分析和解释的所有方面的一门学科，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具进行研究，目的在于了解大量的生物学意义。
2.基因芯片：固定有寡核苷酸、基因组DNA或互补DNA 等的生物芯片。
利用这类芯片与标记的生物样品进行杂交，可对样品的基因表达谱生物信息进行快速定性和定量分析。
3.人类基因组计划：HGP，是一项规模宏大，跨国跨学科的科学探索工程。
其宗旨在于测定组成人类染色体（指单倍体)中所包含的30亿个碱基对组成的核苷酸序列，从而描绘人类基因组图谱，并且辨识其载有的基因及其序列，达到破译人类遗传信息的最终目的。
4.中心法则：分子生物学的基本法则，是1958年由克里克（Crick）提出的遗传信息传递的规律，包括由DNA到DNA的复制，由DNA到RNA的转录和由RNA 到蛋白质的翻译等过程。
20世纪70年代逆转录酶的发现，表明还有由RNA逆转录形成DNA的机制，是对中心法则的补充和丰富。
5.相似性和同源性：相似性（similarity）和同源性（homology）是两个完全不同的概念。
同源序列是指从某一共同祖先经过趋异进化而形成的不同序列。
相似性是指序列比对过程中检测序列和目标序列之间相同碱基或氨基酸残基序列所占比例的大小。
当两条序列同源时，他们的氨基酸或核苷酸序列通常有显著的一致性（identity）。
如果两条系列有一个共同进化的祖先，那么他们是同源的。
这里不存在同源性的程度问题，两条序列要么是同源的要么是不同源的。
1.生物信息学：综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科。
包括生物学数据的研究、存档、显示、处理和模拟，基因组遗传和物理图谱的处理，核苷酸和氨基酸序列分析，新基因的发现和蛋白质结构的预测等。
2.蛋白质组：指由一个基因组，或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。
家蚕hop基因的克隆及序列分析
途径 ， 笔者在 电子 克隆 的基 础 上， 过 Ｒ 通 Ｔ—Ｐ Ｒ对 家 蚕 的 Ｃ
ｈｐ基 因（ ｍ ｏ ） ｃ Ｎ ｏ Ｂ ｈｐ 的 Ｄ Ａ进行克隆和序列分析 ， 有关研究结
果为进一步理解家蚕 Ｊ Ｋ Ｓ Ａ Ａ ／ Ｔ Ｔ途径提供 了帮助。
１ 材 料 与 方 法
１ １ 试 剂 ．
录 。在果蝇中 ， Ｋ Ｓ Ａ Ｊ ／Ｔ Ｔ信号通路由 ３个 配体 （ ｎａｒ ， Ａ Ｕ ｐｉ ｄ ｅ
是近年来新发现的一条信号转 导途径 ， 是干扰素作用 的细胞 内信号转导途径 ， 广泛参与细胞增殖 、 分化、 凋亡 以及免疫调
是鳞翅 目昆虫 的模 式 种 ， 是重 要 的经 济 昆虫 ， 对 Ｊ Ｉ／ 也 但 ＡＬ
ＳＡ Ｔ Ｔ途径中相关基 因克隆 和鉴定方 面 的研 究还 没有 报道 。
立， 总体 过程为 ： 胞外信号 与细胞表面受体的结合 ， 致与受 导
体关联的 Ｊ Ｋ 激 活 ， Ａ ｓ 然后这些 激酶 自我磷 酸化 以及 磷 酸化
与它们关联的受 体 ， 成 Ｓ Ａ ｓ的 Ｓ 结构域 的停泊 位点 ； 形 ＴＴ Ｈ
在通常情况下 ， 在形 成受￣／Ａ Ｊ Ｋ复合 物之前 ，Ｔ Ｔ Ｓ Ａ ｓ以非 活 化 的单体形式存在 于细胞质 中， 一旦形成 受￣ ／Ａ Ｉ Ｊ Ｋ复合物 ， Ｌ
有 的 ＪＫ 中 ， Ａ ｓ 为与受体联 合所必需 ） １个 Ｓ ： 、 Ｈ 结构 域 、 个 １ 调节拟激酶 （ｅｕａ ｒ ｐｅ ｄ —ｋｎｓ） ｒ ｌｔ ｙ ｓｕ ｏ ｉａｅ 结构域 和酪氨酸激 酶 ｇ ｏ
（ — ｉ ｓ） 构 域 Ｙ ｋｎ ｅ 结 ａ …。为 了 进 一 步 研 究 家 蚕 的 Ｊ Ｋ Ｓ Ａ Ａ ／Ｔ Ｔ
途径的差异 ， 笔者在电子克隆 的基础上 ， 已克 隆了家蚕 Ｓ Ａ ＴＴ
小麦Ta—UBX1基因的电子克隆和生物信息学分析
Ａ Ａ ＣＡ ＴＡＣ ＧＡ Ｃ Ｃ （ ＣＣ ＡＴ ＴＩｒ Ｔ Ｔ Ｔ ＧＧ ＴＡ ＣＡ Ｇ ＡＡ Ｃ ＧＡ Ｃ Ａ Ａ Ｃ Ｇ ＡＧ ＡＧ Ｃ
４
Ｇ
刀 ＡＣ 翻 劢 Ｇ ＧＧ￣
ＧＡ ＇ Ｇ ＴＩ ＣＡ Ｃ
酶Ｅ ４的原 型 — — 酵 母 中 的 蛋 白 Ｕ Ｄ 的 碳 末 端 鉴 定 出 来 Ｆ２
物信息学相关软件对其 进行生物信 息学综合分 析 ， 为进一步 研究在小麦发育过程 中的调节作用提供理论基础 。
１ 材 料 与 方 法 １ １ 小麦 Ｕ — ｏ ． ｂｘ蛋 白基 因的 电子 克 隆
Ｈ Ｃ Ｅ 、 Ｉ Ｇ—ｆ ｇｒＥ 、 —ｂｘＥ 。 Ｕ —ｂｘ域 是 决 定 Ｅ Ｔ ３ＲＮ ｉ ｅ ３ Ｕ ｎ ｏ ３ ｏ
关于植物 Ｕ—ｂｘ蛋 白基 因序列 的报道 较多 ， ｏ 但有 关小 麦 Ｕ— ｏ ｂｘ蛋白基 因克 隆的研究 目前 尚未见 报道。本 研究在 前期工作基础上 ， １个在小麦生理 型不 育花药 中上调表 以
分 析
雄性不育与油菜遗传育种研 究。Ｅ— ａ ：ｊ ０ ９ ６ ．ｏ 。 ｍ ｉ ｗ ｓ ９ ＠１３ ｃｒ ｌ ０ ｎ 通信作者 ： 李成伟 ， 博士 ， 教授。Ｅ— ａ ：ｃｅ ｇ ｅ ｋ ｕ ｅｕ ｃ 。 ｍ ｉ ｌｈｎｗ ｉ ｎ ．ｄ ．ｎ ｌｉ ＠ｚ
以小麦序列 Ｔ Ｆ ６ Ｄ ２ ９作为种子序列 ， 利用软件 ＢＯ ｄｔ Ｉ Ｅ ｉ电
的 。 目前 已鉴定 出的真核生 物 的 Ｕ—ｂｘ蛋 白中， ｏ 酵母 体
内发 现 ２种 ， 物 中有 ６种 ， 动 而拟 南 芥 中有 ３ 该 类 蛋 白 Ｊ ７种 。
ROS 克隆电子盘的过程
ROS 克隆电子盘的过程
ros克隆电子盘的过程
ros克隆电子盘的过程+工具（电子盘id修改程序）
采用方法
一:下载解压出镜像
二:把浏览的镜像备份文件cd
三:插入要修改的电子盘到主板ide2接口四:设置电脑从cd启动
五:步入挑选菜单时按f11,例如并无表明错误,id自动修正顺利
六:如需自定义id的请将电子盘id修改程式原文件复制到电子盘再自行修改
全部文件列表如下:
altercis.exe改电子盘序列号主程序；dd.txt改电子盘序列号主程序文件之一；
采用方法：积极支持的电子dom牌子samsung,toshiba,infineon,hynix,renesas,st-micro,micron-p=0x170就是ide2口-p=0x3f0就是ide1口
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a：必须把电子盘收到主板的第二个ideUSB上，即为加装至ide2上；（主板存有二
个ide一个为ide1）b：软件必须在氢铵dos之下运转，然后将所有文件copy至电子盘上，然后继续执行修正dom的软件就可以了；
c：软件使用方法
altris-d=dd.txt-p=0x170\要改的序列号\要改的模块号\-p=0x170则表示dom连到
ide2口
也就是最后的\要改的序列号\要改的模块号\这二个地方可以修改，其它的都不能动；
d：同时我们也可以采用bat的方式去改为，就不必每次都踢命令了，必须修正的时
候轻易修正一下bat就可以了。
克隆技术简介
克隆技术介绍张勋学号：160820216摘要克隆技术是生命科学技术领域里非常重要的部分，随着新时代的到来，克隆技术在人类生产生活中将发挥更加重要的作用。
人们享受着克隆技术带来的巨大好处，但与此同时，克隆技术对人类的可持续发展也提出了问题和挑战。
本文是通过从实质、方法、应用价值等方面对克隆技术进行一些介绍。
一、克隆技术实质1963 年J.B.S.Haldane在题为“人类种族在未来二万年的生物可能性”的演讲上采用“克隆(Clone)”的术语。
学家把人工遗传操作动物繁殖的过程叫“克隆”，这门生物技术叫“克隆技术”，其本身的含义是无性繁殖，即由同一个祖先细胞分裂繁殖而形成的纯细胞系，该细胞系中每个细胞的基因彼此相同。
早在1938年，德国胚胎学家Speman 最早提出克隆设想。
1962年，英国剑桥大学的Gurdon进行了青蛙胚胎核移植，获得成年蛙。
在经历半个多世纪的研究后，终于在1996年的7月5日，在苏格兰罗斯林研究所中，随着用体细胞克隆出来的小羊多莉的诞生，哺乳动物克隆技术真正的来到我们面前。
克隆技术作为人类在生物科学领域取得的一项重大技术突破，反映了细胞核分化技术、细胞培养和控制技术的进步，它对于扩大良种动物群体，提高畜群的遗传素质和生产能力，拯救濒危动物等的方面而言是迄今为止最为理想手段。
克隆也可以理解为复制，就是从原型中产生出同样的复制品，它的外表及遗传基因与原型完全相同，但大多行为思想不同。
时至今日，“克隆”的含义已不仅仅是“无性繁殖”，凡是来自同一个祖先，无性繁殖出的一群个体，也叫“克隆”。
这种来自同一个祖先的无性繁殖的后代群体也叫“无性繁殖系”，简称无性系。
简单讲就是一种人工诱导的无性繁殖方式。
但克隆与无性繁殖是不同的。
克隆是指人工操作动物繁殖的过程，无性繁殖是指：不经过两性生殖细胞的结合由母体直接产生新个体的生殖方式。
植物基因的克隆技术是生命科学研究的重要组成部分，是现代生命科学技术中最核心的内容，它是随着20 世纪70 年代初DNA 体外重组技术的发明而发展起来的，其目标是识别和分离特异基因并获得基因完整序列，确定其在染色体上的位置，阐明其生化功能，并利用生物工程手段应用到生产实践中去。
生物信息学论文
⽣物信息学论⽂⽣物信息学课程论⽂⼀个⽟⽶ Mlo 基因的电⼦克隆与⽣物信息学分析姓名：学号：班级：⽣科2班⼀个⽟⽶ Mlo 基因的电⼦克隆与⽣物信息学分析摘要：Mlo 基因家族在植物抗病⽅⾯有极⼤的优势，但有些 Mlo 基因的功能还未知。
经序列拼接电⼦克隆得到 1 个⽟⽶的 Mlo 基因，采⽤⽣物信息学⽅法预测分析了编码蛋⽩的⼀、⼆、三级结构，并对其功能进⾏了预测。
结果表明：⽟⽶ Mlo 基因编码的蛋⽩有⼀个保守的 DUF1084 结构域，此结构域功能在植物中尚未知。
⽣物信息学分析表明，此蛋⽩很可能是⼀种类似于 G 蛋⽩偶联受体的膜结合转运蛋⽩⽽参与到信号传递过程中。
关键词：⽟⽶；Mlo 基因；电⼦克隆；⽣物信息学植物在长期的⽣物进化中形成了⼀系列复杂⽽严密的防御机制，使⾃⾝免受病原物的侵害[1，2]。
抗病基因是植物防御体系中的最重要组成部分。
Mlo 基因最初在⼤麦中被发现，这类基因在植物中编码⼀个七次跨膜结构域的蛋⽩家族，可能起到与 G 蛋⽩偶联受体(G Protein Coupled Receptor，GPCR)类似的功能。
他们的拓扑结构、亚细胞定位和序列多样化与动物和真菌的 G 蛋⽩偶联受体很相似。
野⽣型 mlo 基因赋予⼤麦对⽩粉菌的⼴谱抗性[3]。
⽩粉病是由⽩粉菌引起的真菌性病害，⽩粉菌能侵染650 多种单⼦叶植物和 9 000 多种双⼦叶植物[4，5]。
⽬前已对拟南芥、⽔稻和杨树中的 Mlo 基因家族有深⼊的研究[6]。
电⼦克隆法是近年来基于表达序列标签(Expressed Sequence Tag，EST)和基因组数据库发展起来的基因克隆新型技术[7]，具有效率⾼、成本低、对实验条件要求低等特点。
因此可以快速获得⼀些新基因，从⽽使新基因的应⽤成为可能。
挖掘⽟⽶中未知的抗病基因对⽟⽶的抗病育种有很⼤帮助。
本研究以⽟⽶为材料，对其中的⼀个 Mlo 基因进⾏电⼦克隆，并对其进⾏部分⽣物信息学⽅⾯分析，为⽟⽶ Mlo 基因的应⽤及⽟⽶的抗病育种提供理论依据。
猪ILF2基因的电子克隆与生物信息学分析
算蛋 白质 等 电点 和相 对 分 子 质量 ， Ｐ Ｏ ＩＥ数 据 库 （ ｔ 在 Ｒ ＳＴ ｈ ．
列 与 牛 、 、 、 鼠 、 洲 爪 蟾 、 马 鱼 的 同源 性 分 别 为 ９ ％ 、９ 、９ 、９ 、０ 、７ 。理 论 等 电点 为 ５ １ ， 子 马 人 小 非 斑 ９ ９ ％ ９％ ９ ％ ９ ％ ８％ ．９ 分 量 为 ４ ５ ．２Ｕ ３０ ０ １ 。Ｎ 端 含 有 一 个 富含 Ｒ Ｇ 的 单 链 Ｒ Ａ结 合 基 序 ， 含 有 １ Ｄ Ｆ锌 指 结 构 。猪 ＩＦ Ｇ Ｎ Ｃ端 个 Ｚ Ｌ ２基 因 的 成 功
—
Ｍ１ ） １。
建 立 了包 括 猪 在 内 ７个 物 种 的 儿 基 因 分 子 进 化 树 ， 果 显 结
示 ， 与 牛 儿 基 因进 化 距 离 最 近 ， 斑 马 鱼 最 远 （ ４ 。 猪 与， ， 东 济 南 人 ， 士 研 究 生 ， 师 ， 事 孙 １８一 女 山 硕 讲 从
ｔ ：／ ｗ ．ｘ ａｙ ｃ／ ｒｓ ｅ ） 检 索 蛋 白 质 的 二 级 结 构 ， ｐ／ ｗ ｗ ｅｐ ｓ．ｈ ｐｏｉ／ 中 ｔ 最 后采用 Ｓ Ｓ ＷＩＳ—ＭＯ Ｅ （ ｔ ：／ｗｓ ｏ ｅ．ｘａｙ ｏｇ ） 站 Ｄ Ｌ ｈｔ ／ ｓｉ ｍ ｄ １ｅｐｓ．ｒ 网 ｐ ｓ ／
ｃｕａ ｓ ｏｌｔ 等将人的 ／Ｆ ｏ Ｌ ２基 因定 位于第 １号染 色体上 Ｊ ０ ５ 。２ ０
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茶树功能候选基因电子克隆的可行性分析
Ｆ ｅ ａ ｓ ｉ ｂ ｉ ｌ ｉ ｔ ｙ Ｓ ｔ ｕ ｄ ｙ ｏ ｆ ｉ ｎ Ｓ ｉ ｌ ｉ ｃ ｏ Ｃｌ ｏ ｎ ｉ ｎ ｇ ｏ ｆ Ｆ ｕ ｎ ｃ ｔ ｉ ｏ ｎ ａ ｌ Ｃａ ｎ ｄ ｉ ｄ ａ ｔ ｅ Ｇｅ ｎ ｅ ｓ ｆ ｒ ｏ ｍ
（ Ｃ ｏ ｎ ｔ ｉ ｇ ） ， 分 别命 名 为基 因 Ｓ ｅ 和Ｔ Ｃ Ｓ ｎ ｅ ｗ ２ 。 将 这 ２个基 因与 Ｇ ｅ ｎ Ｂ ａ ｎ ｋ中 由实验 方 法克 隆得 到的茶 树咖
啡 机 合成 酶基 因 Ｔ Ｃ Ｓ的 ｃ Ｄ ＮＡ进 行核 酸 序列 、 推 导氨 基 酸序 列 比对 ， 及 构 建系 统 发育 树进 行 ３个 基 因推 导 氨 基 酸序 列 问 的同源 性分 析 。结 果 发现 ， 茶 树远 缘物 种 的兴趣 序 列作 为探 针 用于 电子 克 隆获 取 茶树 功 能候 选 基 因与实 验克 隆技 术相 同， 是一 条可 行 的技术 途径 。
Ｔ ｅ ａ （ Ｃ ａ ｍ ｅ ｌ ｌ ｉ ａ ｓ ｉ ｎ ｅ ｎ ｓ ｉ ｓ ）
Ｋｏ ｎｇ Ｘｉ ａ ｎｇ ｒ ｕｉ
Ｉ ｎ ｓ ｔ ｉ ｔ ｕ ｔ ｅ ｏ ｆ Ｔ ｅ ａ Ｒ ｅ ｓ ｅ ａ ｒ ｃ ｈ ， Ｆ ｕ ｊ ｉ ａ ｎ Ａｃ ａ ｄ ｅ ｍｙ ｏ ｆ Ａｇ ｒ ｉ ｃ ｕ ｌ ｔ ｕ ｒ ａ ｌ Ｓ ｃ ｉ ｅ ｎ ｃ ｅ ｓ ， Ｆ ｕ ａ ｎ ， ３ ５ ５ ０ ０ ０
Ｃｏ ｒ ｒ ｅ ｓ ｐ ｏ ｎ ｄ ｉ ｎ ｇ ａ ｕ ｔ ｈ ｏ ｒ ， ＦＡＡＳ
—
ｘ：
ＤＯＩ ： １ ０ ． １ ３ ２ ７ １ ￣ ． ｍｐ ｂ ． ０ １ ２ ． ０ ０ ０ ３ ３ ２ Ａｂｓ ｔ ｒ ａ ｃ ｔ Ｉ ｎ ｏ ｒ ｄ ｅ ｒ ｔ ｏ ｖｅ ｒ ｉ ｆ ｙ ｔ ｈ ｅ ｆ ｅ ａ ｓ ｉ ｂ ｉ ｌ ｉ ｔ ｙ ｏ ｆ ｔ ｈｅ ｅ ｌ ｅ ｃ ｔ ｒ ｏ ｎｉ ｃ ｃ ｌ ｏ ｎ ｉ ｎ ｇ ｔ ｅ ｃ ｈ ｎｏ ｌ ｏｇ ｙ ｉ ｎ ｔ ｅ ａ ｆ ｕ ｎｃ ｔ ｉ ｏ ｎ ａ ｌ ｇｅ ｎ ｅ ｃ ｌ ｏ ｎｉ ｎ ｇ，
黄瓜CsEXP10基因的电子克隆及生物信息学分析
件 预 测 了该 蛋 目 的理 化 性 质 、 曲螺 旋 、 水 性 、 号 肽 、 膜 结 构 、 基 位 点 、 性 位 点 、 细 胞 定 位 及 二 级 和 高级 结 构 结 卷 疏 信 跨 糖 活 亚
果表 明： 该蛋 白是一 个疏 水性稳定蛋 白， 定位 于细胞壁 ， 有 ４个 ｑ 含 一螺 旋 ，１ Ｇ Ｉ 个 一折 叠 ， ５个跨 膜 区域 ，０个糖基 化位 点， ｌ 具 有催化域和 多糖 结合域 两个结构域。
ＣＥ Ｐ０ｐｏ ｉ ｃ ｅ ｈ ｓ ａ ａｄｃｅ ｉ ｒ ｅｔｓ ｃｉｄｃｉ ｈｄｏｈｂ ｉ ， ｉ ａｐｐ ｄ ，ｒ ｓ ｅ ｂａｅｄｍ ｉ ， ｓＸ １ ｒｅ ｓ ｈａ ｔ ｙｉ ｌ ｎ ｈｍｃ ｐ ｐｒｅ， ｏｅ ｏ ， ｙｒ ｏｉｔ ｓｎ ｅｔ ｅ ｔｎｍ ｍ ｒ ｏ ａ ｓ Ｏ—ｇ — ｔｎ ｕ ｓ ｈ ｐ ｃ ｌ ａ ｏ ｉ ｌ ｌ ｐ Ｃｙ ｇｌ ｉ ａ ｎ ｎ ｌ ｙ
Ｓ ＵＮ ｎ Ｙｏ ｇ—ｄ ｎ Ｉ Ａ ｈ ａ ｏ ｇ ，Ｚｔ ＮＧ Ｃ ｕ ｎ—ｌｉ ，Ｌ Ｏ Ｗ ｅ — ｒｎ ＨＡ ｉｇ— ｇ ｏ ａ Ｕ ｉ ｏ ｇ ，Ｚ ＮＧ Ｘ ｎ ｕ２
（ Ｃ ｌｇ ａｄｃ ｅ ｅａ ｓｔｔ Ｓｉ ｃ ｎ ｅ ｎｌ ｙ Ｘｎ ａ ４ ３０ Ｃ ｉ ． ｏｌ ｅｏ ｎａａ ，Ｈ ｎｎＩ ｔｕｅ ｃ ｎｅ ｄＴｃ ｏ ｇ ， ｉ ￣ ５０３， ｈｎ ｅ ｆＬ ｐ ｎｉ ｅ ａ ｈ ｏ ｄ ａ；
鸡pATGL基因的电子克隆及比较基因组分析
Ｅｌｃ ｒ ｎ ｃ Ｃｌｎ ｎｇ ａ ｍ ｐａ ａ ｉ ｅ Ａｎ ｌｓｓｏ ｈ ｉｋｅ ＡＴＧＬ ｅ ｅ ｔ ｏ ｉ ｏ ｉ ｎｄ Ｃｏ ｒ ｔｖ ａ ｙ ｉ ｆｔ ｅ Ｃｈ ｃ ｎ ｐ Ｇ ｎｅ
Ｎ Ｅ Ｑｎ —ｕ ，Ｆ Ｎ ｉ ｉ， Ｉ ｉ ｉ ， Ｉ ｉ ｇ Ｚ Ａ Ｇ Ｘ —ｕ ｎ Ｉ ｉｇｈ ａ Ａ Ｇ Ｍｅ ｘａ Ｌ — ｎ Ｘ Ｅ Ｌａ ， Ｈ Ｎ ｉ ａ — Ｗｅ ｍ ｎ ｑ
脑 和松果腺 、 心脏 、 软骨组织 、 小脑 、 卵巢 乃至胚胎等 组织 中表达 ； ５ 鸡 ｐ Ｔ Ｌ基 因与 Ｃ ５ 、 （） ＡＧ Ｄ１ １ 色体的 紧密连锁群 ， 这种连锁关 系与人 、 鼠以及狗紧密一致． 小 关键词 ： ；Ａ Ｇ 鸡 Ｔ Ｌ基 因；ｐ Ｔ Ｌ基因 ；比较基 因组 ＡＧ 中圈分类号 ：８ １２ ￥ ３ ． 文献标识码 ： Ａ 文章编号 ：０ １４ １ ２０ ）２ ０９ —５ １０ — １Ｘ（０ ８ ０ —０ ４０ 尸 ２位于 ５号染