中国渔业生物DNA条形码信息平台构建及应用
DNA条形码技术鉴定青岛市售三文鱼水产品
随后在中国重要渔业生物DNA条形码数据库 ()和国际 DNA 条形码数 据系统 BOБайду номын сангаасD ()中进行 BLAST比对分析，对样品进行准确的物种鉴定。
未标注产地信息。可见，三文鱼水产品仍存在一定的掺假风险和食品安全风险，这一国际公认的高 端水产品的市场监管还有待于加强，建议相关部门应尽快制定产品标准和检测标准，确保三文鱼水 产品质量安全可溯源。
关键词 三文鱼；DNA条形码；大西洋鮭；虹鱒 中图分类号S932.4文献标识码A 文章编号2095-9869(2021)04-0184-08
鱼主要是进口大西洋鮭,产地有挪威、智利和丹麦等,
而消费者最认可的是挪威产大西洋鮭，商品名为“挪 威三文鱼”。
鮭鱒鱼类中还有一类生活史全部在淡水完成的 物种 虹^(Oncorhynchus mykiss),其分类上隶属 于鮭科、大马哈鱼属(Oncorhynchus) o虹鱒是FAO推 荐的优良淡水养殖种之一，在国际上一直被列为名贵 鱼类。目前，虹鱒是国内养殖范围较广的冷水鱼类，
PCR 反应体系：2xRapid Taq Master Mix 12.5 |1L, 引物 CO I-V 和 CO/・R 各 1 jiL, DNA 模板 2 jiL, 用无菌水补足总体积25 pL。
PCR反应条件：95°C^|43 min； 95°C 15 s, 50°C
10s, 72 °C 40 s, 35 个循环；72 °C延伸 7 mino PCR产物约为680 bp,经1.5%琼脂糖凝胶电泳
“三文鱼” 一词由“Salmon”音译而来，是鮭鱒
鱼类的商品名称。三文鱼因富含蛋白质和不饱和脂肪 酸，营养与保健价值极高，成为国际公认的高档水产 品。但不同种类三文鱼其肉质存在一定差异，且不同 国家消费偏好也有所不同。欧美文化中的三文鱼通常
4种常见鲤科鱼类DNA条形码的研究
4种常见鲤科鱼类DNA条形码的研究王茜;金毅成【摘要】测定了天津地区养殖的彭泽鲫、黄金鲫、乌克兰鳞鲤、鲤鱼4种共13尾鱼长度为814 bp的COI部分基因序列,以白鲢、罗非鱼作为外群.利用Mega4.1软件进行序列组成统计分析、种内及种间遗传距离分析,并用邻接法构建系统发育树(NJ树),在NJ树上共发现由不同物种组成的5个分支,这与传统的分类学结果一致.该研究结果显示,COI基因部分序列不但可以作为物种辨识的良好DNA条码,而且在鲤科鱼类的种间系统发生关系分析方面也具有一定的适用性.【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2014(000)027【总页数】3页(P9281-9282,9316)【关键词】鲤科鱼类;DNA条形码;分子系统学;COI基因【作者】王茜;金毅成【作者单位】天津农学院水产科学系,天津市水产生态及养殖重点实验室,天津300384;天津农学院水产科学系,天津市水产生态及养殖重点实验室,天津300384【正文语种】中文【中图分类】S188利用DNA条形码技术鉴别己知物种和发现新物种构建条形码标准数据库，是目前分子生物学和分类学发展的最新方向［1－3］。
与其他分子标记如RFLP、RAPD、基因芯片技术相比，DNA条形码具有易于构建统一的DNA条形码数据库;重复性高;使用方便等优势。
2003年在美国CSHA(The Cold Spring Harbor Asia Conferences)召开的全球会议制定了国际生命条形码计划(International Barcode of Life projeet)的编定计划，并首次将DNA条形码技术用于海洋生物的普查研究［4］。
很多国际组织也自行建立DNA条形码数据库，有较大影响和较大规模的组织包括FISH－BOL、Canadian Fauna和Birds等。
FISH－BOL组织计划对所有鱼类进行DNA条形码数据库的建立，重点针对1.5万种海洋鱼类的DNA条形码，目前己经获得5 000多种鱼类的DNA条形码数据。
DNA条形码技术在林业科学研究中的应用
ＤＯＩ：１０．１３２７５／ｊ．ｃｎｋｉ．ｌｙｋｘｙｊ．２０１９．０３．０２０
ＤＮＡ条形码技术在林业科学研究中的应用
刘 娟，胡冬南，周增亮，刘 爽，万松泽
（江西农业大学，江西特色林木资源培育与利用协同创新中心，江西 南昌 ３３Ａ条形码技术在林业科学研究中的应用
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１ ＤＮＡ条形码研究进展
作为一种快速鉴定物种的新工具，ＤＮＡ条形码 一经问世就得到了科技界和社会组织的积极响应和 大力支持。２００４年，Ｓｌｏａｎ基因在华盛顿史密斯尼国 家自然历史博物馆（Ｓｍｉｔｈｓｏｎｉａｎ）成立了生命条形码 联盟（Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ ｆｏｒｔｈｅＢａｒｃｏｄｅｏｆＬｉｆｅ，ＣＢＯＬ）。该 组织致力于发展鉴定生物物种的全球标准，积极推 动条 形 码 技 术 的 发 展 和 应 用。２００５年 ２月，由 ＣＢＯＬ和英国自然历史博物馆主办的生命条形码协 会第一次国际会议在伦敦召开，讨论决定建立全球 条形码数据库，随后每隔两年召开一次国际条形码 大会，分 别 于 ２００７年、２００９年、２０１１年、２０１３年、 ２０１５年、２０１７年在台北、墨西哥、阿德拉德、昆明、圭 尔夫、南非等城市举办，吸引了全球近百个国家和地 区的专家 学 者 参 加。 ＤＮＡ条 形 码 相 关 研 究 发 展 迅 速，论文发表连年增加，截止 ２０１８年 ９月，以 ＤＮＡ ｂａｒｃｏｄｉｎｇ为关键词在 ＷｅｂｏｆＳｃｉｅｎｃｅ数据库进行检 索，论文数量已达到 １１４８８篇。
分析方法改进等进一步深入研究。未来 ＤＮＡ条形码将在林业资源评价、保护和可持续利用等方向具有广阔的
应用前景。
关键词：条形码数据库；生物多样性监测；林业发展；森林生态；林业可持续发展
DNA条形码技术在主要观赏鱼物种鉴定中的应用分析
DNA条形码技术在主要观赏鱼物种鉴定中的应用分析陈信忠;郭书林;龚艳清【摘要】通过检索BOLD SYSTEMS数据库和Gen Bank中锦鲤、金鱼、慈鲷、神仙鱼、七彩神仙鱼、血鹦鹉、花罗汉、龙鱼、孔雀鱼、鼠鱼、魟鱼等主要观赏鱼的DNA条形码和基因序列,应用MEGA软件计算种间遗传距离,在BOLD SYSTEMS数据库中检索相似序列,以分析DNA条形码在主要观赏鱼物种鉴定中的应用效果。
结果表明该技术可以有效鉴别大多数种以上阶元的观赏鱼类,但对亲缘关系较近、种类繁多的多种慈鲷、孔雀鱼等观赏鱼物种难以获得准确的鉴定结果,对金龙、红龙等亚洲龙鱼的亚种以及人工繁育的不同品系的锦鲤、金鱼、神仙鱼、七彩神仙鱼、血鹦鹉、花罗汉等鱼类,无法通过COI基因条形码进行鉴别,需要研究其他分子生物学方法。
【期刊名称】《渔业研究》【年(卷),期】2017(039)001【总页数】7页(P8-14)【关键词】观赏鱼 DNA条形码物种鉴定应用【作者】陈信忠;郭书林;龚艳清【作者单位】厦门出入境检验检疫局,福建厦门361026【正文语种】中文【中图分类】S917.4近年来我国观赏鱼产业和国际贸易快速发展。
全球已知具有商业化价值的观赏鱼类约有2 000余种。
虽然约80%的观赏鱼来自人工繁育，但绝大多数观赏鱼的原产地来自非洲、南美洲以及东南亚部分国家和地区[1]。
由于观赏鱼种类繁多，欣赏价值和经济价值相差巨大，因此对观赏鱼物种的准确鉴定，成为观赏鱼国际贸易中迫切需要解决的问题。
传统的形态学鉴别方法主要依据鱼类的形态、体色和斑纹等特征，由于很多鱼类的形态特征容易受年龄、环境和养殖条件等因素的影响，尤其许多鱼类的卵和幼体很难进行形态学鉴别。
因此，迫切需要开发更加准确的物种鉴别方法。
基于DNA序列进行物种鉴定的DNA条形码技术为观赏鱼物种的准确鉴定提供了全新的方法。
全球鱼类生命条形码计划(Fish Barcode of Life Initiative，FISH-BOL)于2004年开始实施，并建立了生命条形码数据系统(Barcode of Life Data Systems，BOLD SYSTEMS)。
DNA条形码在鲱形目鱼类物种鉴定和系统进化分析中的应用
DNA条形码在鲱形目鱼类物种鉴定和系统进化分析中的应用李献儒;柳淑芳;李达;杜腾飞;庄志猛【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2015(022)006【摘要】采用PCR特异性扩增获得中国近海鲱形目(Clupeiformes)2科6属7种的48条线粒体CO Ⅰ基因序列,结合从GenBank筛选出的4科40属83种的CO Ⅰ基因序列225条,对鲱形目鱼类的CO Ⅰ条形码基因特征、种内与种间遗传距离及其分子系统进化关系进行了分析,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性.结果表明,4科41属90种273条CO Ⅰ基因序列的平均碱基组成为T:28.3％、C:28.3％、A:24.2％、G:19.2％,碱基组成表现出明显偏倚性.鲱形目鱼类种间的平均遗传距离为0.131,种内平均遗传距离为0.003,种间距离为种内距离的41倍;系统学分析结果显示,97.8％的鱼类在系统进化树上均为单系.可见,鲱形目鱼类DNA条形码符合物种鉴定的要求,且基于CO Ⅰ基因所建的NJ树对物种分类具有较为准确的辨识力.系统进化分析结果表明,COⅠ基因不仅能够解决低阶分类单元的系统进化关系,对于高阶分类单元的系统分析研究结果也有一定参考价值.【总页数】9页(P1133-1141)【作者】李献儒;柳淑芳;李达;杜腾飞;庄志猛【作者单位】大连海洋大学水产与生命学院,辽宁大连116023;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东省渔业资源与生态环境重点实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东省渔业资源与生态环境重点实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东省渔业资源与生态环境重点实验室,山东青岛266071;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东省渔业资源与生态环境重点实验室,山东青岛266071;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东省渔业资源与生态环境重点实验室,山东青岛266071【正文语种】中文【中图分类】Q959【相关文献】1.基于CO1基因序列的DNA条形码在中尼边境鼠类物种鉴定中的应用 [J], 陈春生;潘其礼;王静;张晓龙;张雪莲;范泉水;牛文忠;胡小兵;格龙;房键慧;曹晓梅2.基于线粒体CO1基因序列的DNA条形码在鲤科鲌属鱼类物种鉴定中的应用 [J], 彭居俐;王绪祯;王丁;何舜平3.DNA条形码在篮子鱼科鱼类种类鉴定和系统进化分析中的应用 [J], 闫亚利;张楠;郭华阳;郭梁;朱克诚;刘宝锁;张殿昌4.DNA条形码在篮子鱼科鱼类种类鉴定和系统进化分析中的应用 [J], 闫亚利;张楠;郭华阳;郭梁;朱克诚;刘宝锁;张殿昌;;;;5.基于CO I和Cytb DNA条形码在鲌属\r鱼类物种鉴定中的应用 [J], 王利华;罗相忠;王丹;李伟;李忠;邹桂伟;梁宏伟因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
利用DNA条形码COI基因分析我国重要贝类系统进化关系
中国水产科学 2018年7月, 25(4): 847-857 Journal of Fishery Sciences of China研究论文收稿日期: 2017-10-01; 修订日期: 2018-03-13.基金项目: 科技部科技基础性工作专项(2013FY110700); 国家水产种质资源共享服务平台(2017DKA30470). 作者简介: 赵庆(1992–), 男, 研究生, 研究方向为贝类遗传与免疫. E-mail: sjxapy@ 通信作者: 刘志鸿, 研究员, 研究方向为贝类遗传与免疫. E-mail: liuzh@ DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.17363利用DNA 条形码COI 基因分析我国重要贝类系统进化关系赵庆1, 3, 吴彪1, 2, 刘志鸿1, 2, 刘寒苗1, 3, 孙秀俊1, 2, 周丽青1, 2, 张高伟1, 3, 杨爱国1, 21. 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室, 中国水产科学研究院黄海水产研究所, 山东 青岛 266071;2. 海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室, 青岛海洋科学与技术国家实验室, 山东 青岛 266273;3. 水产科学国家级实验教学示范中心, 上海海洋大学, 上海 201306摘要: DNA 条形码旨在通过PCR 技术获得一段DNA 序列, 在物种水平上对现存生物类群和未知生物材料进行识别和鉴定。
线粒体细胞色素C 氧化酶I (COI)基因是常用DNA 条形码基因之一, 为研究COI 基因作为DNA 条形码在贝类系统进化中的评估效果, 本文利用PCR 技术扩增获得了60个贝类物种的353条COI 基因序列, 通过聚类法构建了neighbor-joining (NJ)进化树, 同时还对7个物种不同地理群体的遗传进化情况进行了分析。
结果表明, 选用的COI 基因引物在大多数贝类中通用性较强, 除在珍珠贝目中的扩增效率只有10%以外, 在整个研究中扩增效率达到82.7%；60个物种中除太平洋潜泥蛤(Panopea abrupta )、沼蛤(Limnoperna fortunei )和魁蚶(Scapharca broughtoni )等8个物种在进化树中的进化地位与传统系统分类具有一定差别外, 其他物种的聚类关系与传统分类基本一致；对7个物种、共26个地理群体的聚类分析发现, COI 基因基本能对同一物种的不同地理群体进行聚类, 只有极个别群体或群体中的某个个体存在聚类混乱现象。
微型DNA条形码在鱼类物种鉴定中的适用性研究
第３９卷 第４期应用海洋学学报Ｖｏｌ ３９，Ｎｏ ４ ２０２０年１１月ＪｏｕｒｎａｌｏｆＡｐｐｌｉｅｄＯｃｅａｎｏｇｒａｐｈｙＮｏｖ．，２０２０微型ＤＮＡ条形码在鱼类物种鉴定中的适用性研究邢炳鹏，张稚兰，王彦国，孙柔鑫，王春光 收稿日期：２０１９ ０４ １６ 基金项目：自然资源部第三海洋研究所基本科研经费资助项目（海三科２０１７００９，海三种２０１３０１６）；自然资源部海洋生态环境科学与工程重点实验室资助项目（ＭＥＳＥ ２０１７ ０４） 作者简介：邢炳鹏（１９８３—），男，硕士，助理研究员；Ｅ ｍａｉｌ：ｂｌｕｐｒｉｎ＠ｔｉｏ．ｏｒｇ．ｃｎ 通讯作者：王春光（１９７９—），男，硕士，副研究员；Ｅ ｍａｉｌ：ｗａｎｇｃｈｕｎｇｕａｎｇ＠ｔｉｏ．ｏｒｇ．ｃｎ（自然资源部第三海洋研究所，福建厦门３６１００５）摘要：以台湾海峡１１目３８科６６属８５种３５５个鱼类样品为研究对象，选取线粒体ＣＯⅠ基因中长为３１３ｂｐ的序列为微型条形码，探讨微型ＤＮＡ条形码技术在鱼类分类鉴定中的适用性。
共获取３５５条基因序列，序列中Ｔ、Ｃ、Ａ、Ｇ碱基的平均含量占比分别为２９．５０％、３０．１０％、２４．９０％和１５．５０％；ＡＴ含量占比均高于５０％。
样品种内、种间、属间、科间和目间的Ｋ２Ｐ（Ｋｉｍｒｕａ ２ Ｐａｒａｍｅｔｅｒ）遗传距离分别为０．３７％、１８．１０％、２２．１０％、２５．４０％和２７．８０％，遗传距离随着分类阶元的提高而增大，种间遗传距离是种内遗传距离的４９倍，表明该微型ＤＮＡ条形码可用于鱼类的分类鉴定，可有助于渔业资源调查和生物多样性保护。
关键词：海洋生物学；海洋鱼类；ＣＯⅠ基因；微型ＤＮＡ条形码；物种鉴定；台湾海峡ＤＯＩ：１０．３９６９／Ｊ．ＩＳＳＮ．２０９５ ４９７２．２０２０．０４．０１２中图分类号：Ｐ７３５文献标识码：Ａ文章编号：２０９５ ４９７２（２０２０）０４ ０５５９ ０７ 鱼类营养丰富，富含多种不饱和脂肪酸，也是人类重要的蛋白质来源，随着鱼类捕捞量的增加，鱼类资源及其多样性受到严重威胁。
科技部关于发布科技基础性工作专项项目综合绩效评价结果的通知-国科发基〔2020〕353号
科技部关于发布科技基础性工作专项项目综合绩效评价结果的通知正文：----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------科技部关于发布科技基础性工作专项项目综合绩效评价结果的通知国科发基〔2020〕353号各有关项目依托部门：按照科技基础性工作专项组织管理的有关规定，科技部组织完成了2012—2015年度立项的91个科技基础性工作专项项目的综合绩效评价工作。
现将绩效评价结果通知如下。
1.“青藏高原及新疆地区特色微生物资源与多样性调查”等20个项目自立项实施以来，取得了显著成效，验收结论为“优秀”。
“中国自然疫源性疾病流行病学图集编研”等68个项目验收结论为“通过”。
2.“亚欧大陆大地构造系列图编制”“东北森林国家级保护区及毗邻区植物群落和土壤生物调查”等2个项目验收结论为“不通过”，“全国丹霞地貌基础数据调查”项目验收结论为“结题”。
以上3个项目结余资金按《国务院关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》（国发〔2014〕11号）、《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见》（中办发〔2016〕50号）的规定执行。
特此通知。
附件：科技基础性工作专项项目综合绩效评价结果科技部2020年12月18日附件科技基础性工作专项项目综合绩效评价结果序号项目编号项目名称依托部门承担单位负责人绩效评价意见12013FY111300西太平洋暖池区域水文气象综合科学考察中科院中国科学院海洋研究所尹宝树优秀22013FY110400中国孢子植物志的编研中科院中国科学院微生物研究所庄文颖优秀32013FY111800中国沼泽湿地资源及其主要生态环境效益综合调查中科院中国科学院东北地理与农业生态研究所姜明优秀42013FY113000古生物《志书》编研及门类系统总结中科院中国科学院古脊椎动物与古人类研究所邓涛优秀52014FY210700藏北典型湖泊水生生物资源本底考察中科院中国科学院水生生物研究所陈毅峰优秀62012FY110200贵州农业生物资源调查农业农村部中国农业科学院作物科学研究所刘旭优秀72014FY120600我国水环境基准基础数据的调查和整编自然资源部中国环境科学研究院赵晓丽优秀82014FY110200我国土系调查与《中国土系志（中西部卷）》编制中科院中国科学院南京土壤研究所张甘霖优秀92013FY112600《中国植物志》的数字化和DNA条形码中科院中国科学院植物研究所、中国科学院昆明植物研究所张宪春优秀王红102014FY210600我国典型潮间带沉积物本底及质量调查与图集编研中科院中国科学院烟台海岸带研究所刘东艳优秀112014FY120900中国木霉菌资源收集、全息化鉴定与多功能评价教育部上海交通大学陈捷优秀122013FY112700我国PM2.5主要排放源谱的编研中科院中国科学院地球环境研究所曹军骥优秀132014FY210200藏东南动物资源综合考察与重要类群资源评估中科院中国科学院动物研究所雷富民优秀142014FY110100武陵山区生物多样性综合科学考察中科院中国科学院动物研究所杨奇森覃瑞优秀152013FY111400中国西部主要冰川作用中心冰量变化调查中科院中国科学院寒区旱区环境与工程研究所刘时银优秀162012FY111600青藏高原及新疆地区特色微生物资源与多样性调查中科院中国科学院微生物研究所姚一建优秀172012FY112100我国1:5万土壤图籍编撰及高精度数字土壤构建（二期工程）农业农村部中国农业科学院农业资源与农业区划研究所张维理优秀182013FY110900科技基础性工作数据资料集成与规范化整编中科院中国科学院地理科学与资源研究所诸云强优秀192014FY210300东北草地植物资源专项调查中科院中国科学院植物研究所张文浩优秀202013FY110100农产品中高风险农药助剂残留调查、危害分析及助剂分类农业农村部中国农业科学院农业质量标准与检测技术研究所王静优秀212013FY114600中国自然疫源性疾病流行病学图集编研军委科技委中国人民解放军军事医学科学院曹务春通过222013FY113500我国重要自然宿主及媒介昆虫的病毒病原调查中科院中国科学院武汉病毒研究所袁志明通过232014FY210800测绘地物波谱本底数据库建设中科院中国科学院遥感与数字地球研究所肖青通过242015FY111400重要化学毒物的参考品实体库及信息库构建军委科技委中国人民解放军军事医学科学院毒物药物研究所谢剑炜通过252014FY210500罗布泊地区自然与文化遗产综合科学考察中科院中国科学院地质与地球物理研究所秦小光通过262013FY110500中国男性和女性生殖生理常数及基础数据的补充调查卫生健康委国家人口计生委科学技术研究所张树成通过272013FY113400全国农产品加工原料真菌毒素及其产毒菌污染调查农业农村部中国农业科学院农产品加工研究所王凤忠通过282013FY110700我国重要渔业生物DNA条形码信息采集及其数据库构建农业农村部中国水产科学研究院黄海水产研究所庄志猛通过292014FY110500我国近海海洋生物DNA条形码资源库构建中科院中国科学院海洋研究所李新正通过302013FY112100泛喜马拉雅地区植物综合考察与植物志编研中科院中国科学院植物研究所洪德元通过312014FY210900中国运河图志编研中科院中国科学院地理科学与资源研究所何凡能通过322014FY120100西南喀斯特地区特色微生物资源及多样性调查中科院中国科学院微生物研究所蔡磊刘作易通过332015FY110100西藏地区极端特色微生物资源及其多样性研究中科院中国科学院微生物研究所东秀珠通过342014FY110400中国湖泊沉积物底质调查中科院中国科学院南京地理与湖泊研究所张恩楼通过352014FY210100黄土高原生态系统与环境变化考察中科院中国科学院水利部水土保持研究所刘国彬通过362013FY112500典型城市人居环境质量综合调查与城市气候环境图集编制教育部西安交通大学周典通过372013FY112300中国水生植物标本采集、生物多样性编目和植被资源普查教育部武汉大学于丹通过382013FY111000中国古生代区域综合地层及标准化石图集中科院中国科学院南京地质古生物研究所王向东通过392013FY112200典型中小入海河流河口动力沉积地貌与环境本底数据调查自然资源部青岛海洋地质研究所印萍通过402013FY111700华北山区经济树种种质资源收集和保存自然资源部中国林业科学研究院裴东通过412013FY111100黄渤海滨海带环境污染与生态系统状况综合调查中科院中国科学院生态环境研究中心吕永龙通过422014FY210400东北大小兴安岭地区菌物资源考察中科院中国科学院微生物研究所郭良栋通过432014FY110800西部重点矿区土地退化因素调查教育部中国矿业大学卞正富沈渭寿通过442013FY110300阿勒泰中俄哈蒙边境地区特有动物与生物地理区系科学考察中科院中国科学院动物研究所蒋志刚通过452014FY121100《中国癌症地图集》编制卫生健康委中国医学科学院肿瘤研究所陈万青通过462013FY112800新世纪版《中华人民共和国国家大地图集》编研自然资源部国家基础地理信息中心刘毅通过472014FY120800华南地区地方猪种质资源调查教育部中山大学刘小红通过482015FY210400中国大陆现代垂直形变图集的编制与资料整编地震局中国地震局第一监测中心薄万举通过492014FY120400《中国外来入侵植物志》中科院中国科学院上海生命科学研究院马金双通过502013FY114300藏彝走廊世居群体遗传多样性调查教育部西安交通大学李生斌通过512013FY112900中国海海洋地质系列图编研自然资源部国家海洋局第二海洋研究所吴自银通过522013FY113300动物及动物产品质量安全检测标准物质研制农业农村部中国动物疫病预防控制中心王传彬通过532012FY110100我国优势产区落叶果树农家品种资源调查与收集农业农村部中国农业科学院郑州果树研究所曹尚银通过542015FY310100中国标准地层建立—中国地层表的完善自然资源部中国地质科学院姚建新通过552014FY121000全国矿产资源图集编研自然资源部中国地质科学院矿产资源研究所邢树文通过562014FY120500中国森林典籍志书资料整编教育部北京林业大学严耕通过572013FY114100中国国民健康状况和基本生理参数本底调查（二期）卫生健康委中国医学科学院基础医学研究所王恒通过582014FY111000我国主要畜禽饲料资源及其矿物元素含量与分布调查农业农村部中国农业科学院北京畜牧兽医研究所罗绪刚通过592013FY110600传统中兽医药资源抢救和整理农业农村部中国农科院兰州畜牧与兽药研究所杨志强通过602013FY111600中国森林植被调查自然资源部中国林业科学研究院陈永富通过612014FY110700中国重大出生缺陷与遗传病调查与生物资源收集教育部四川大学梁娟通过622014FY211000公共卫生领域重要标准物质与应用规范研究卫生健康委中国疾病预防控制中心职业卫生与中毒控制所闫慧芳通过632014FY111100中药标准饮片制备技术规范制定教育部、中医药局天津大学、中国中医科学院中药研究所高文远肖永庆通过642013FY113200主要农作物有害生物及其天敌资源调查农业农村部中国农业科学院植物保护研究所张朝贤通过652013FY113100动物源性食品中全氟烷基物质的残留水平调查市场监管总局深圳市检验检疫科学研究院岳振峰通过662013FY114500中药资源及相关基础数据的空间网格化融合及共享中医药局中国中医科学院中药研究所黄璐琦通过672014FY120200三峡库区水生生物多样性调查及图鉴编撰中科院中国科学院水生生物研究所蔡庆华通过682013FY111200热带岛屿和海岸带特有生物资源调查中科院中国科学院华南植物园张奠湘通过692012FY112300西太平洋Argo实时海洋调查自然资源部国家海洋局第二海洋研究所许建平通过702015FY111100重金属污染区人体镉等生物效应剂量与早期损害常数调查教育部中南大学陈翔通过712014FY120300我国太阳物理历史观测资料整编中科院中国科学院国家天文台林钢华通过722014FY110900我国水泥工业环境状况调查教育部武汉理工大学赵青林王红梅通过732013FY11400017-23岁中国健康男性外周血压和中心动脉血压常数调查军委科技委中国人民解放军空军总医院王新宴通过742013FY111500罗霄山脉地区生物多样性综合科学考察教育部中山大学廖文波通过752013FY114800中国传统乐器声学测量及频谱分析文化和旅游部文化部民族民间文艺发展中心李松通过762013FY110200中国成年人工效学基础参数调查市场监管总局中国标准化研究院邱月明通过772015FY111700中国各民族体质人类学表型特征调查教育部复旦大学金力通过782014FY120700中国森林土壤调查、标准规范及数据库构建自然资源部中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所王彦辉通过792014FY110300泥河湾盆地古人类遗址考察与研究中科院中国科学院古脊椎动物与古人类研究所高星通过802012FY130100中医药基础学科名词术语规范研究卫生健康委中国中医科学院中国医史文献研究所朱建平通过812015FY110400南水北调（中线）水源地生物群落环境调查中科院中国科学院武汉植物园刘峰通过822013FY112000中国典型河口动力沉积地貌本底数据调查教育部华东师范大学张卫国通过832013FY114400不同体质人群中医正常脉诊生理参数系统调查中医药局中国中医科学院医学实验中心汪南玥通过842013FY110800南方丘陵山区矿山生态环境科学考察教育部中南大学柳建新通过852013FY114700中国人运动能量消耗标准研究体育总局国家体育总局体育科学研究所洪平通过862015FY111200水果和蔬菜中农药化学污染物残留水平调查及数据库建设市场监管总局中国检验检疫科学研究院范春林通过872015FY210600《国家影像地图集》和《国家水文水资源地图集》编研自然资源部国家测绘地理信息局卫星测绘应用中心唐新明通过882015FY310200人卫激光测距数据及相关大地基准产品规范自然资源部中国测绘科学研究院赵春梅通过892012FY120100亚欧大陆大地构造系列图编制中科院中国科学院地质与地球物理研究所张福勤不通过902014FY110600东北森林国家级保护区及毗邻区植物群落和土壤生物调查中科院中国科学院沈阳应用生态研究所王力华不通过912013FY111900全国丹霞地貌基础数据调查教育部中山大学彭华结题——结束——。
DNA条形码技术在海马物种鉴定中的应用分析
现代农业科技2023年第16期动物科学DNA条形码技术在海马物种鉴定中的应用分析曾韵颖陈信忠*朱黄鑫龚艳清郭书林叶鹏（厦门海关技术中心，福建厦门361026）摘要海马具有重要的药用和观赏价值，但因其可供鉴定的形态特征较少，应用形态学对海马进行种水平的鉴定时经常会遇到很多困难。
DNA条形码技术为海马物种鉴定提供了重要的鉴定方法。
通过检索生命条形码数据库（BOLD）和GenBank数据库中海马的DNA条形码信息，应用MEGA软件计算海马种间遗传距离，分析DNA条形码在海马物种鉴定中的应用效果。
结果表明，COI基因条码可以有效鉴别大部分种以上阶元的海马，但对亲缘关系较近的海马难以获得准确的鉴定结果。
还有一些海马尚无相关的基因信息，也无法通过基因条形码进行鉴别。
因此，应用DNA条形码鉴定海马物种尚有一定的局限性。
关键词海马；DNA条形码；物种鉴定；基因信息中图分类号S917.4文献标识码A文章编号1007-5739（2023）16-0176-05DOI：10.3969/j.issn.1007-5739.2023.16.044开放科学（资源服务）标识码（OSID）：Application Analysis of Identification of Seahorse Species Based on DNABarcoding TechnologyZENG Yunying CHEN Xinzhong*ZHU Huangxin GONG Yanqing GUO Shulin YE Peng(Xiamen Customs Technology Center,Xiamen Fujian361026)Abstract Seahorse has important medicinal and ornamental value,but due to the limited morphological features available for identification,there are often many difficulties in using morphology for species level identification of seahorses.DNA barcoding technology provides an important method for species identification of seahorse.By searching the DNA barcoding information of seahorse in BOLD and GenBank databases,MEGA software was used to calculate the genetic distance between seahorse species,and the application effect of DNA barcoding in seahorse species identification was analyzed.The results showed that the COI gene barcode could effectively identify most of the above-mentioned seahorse,but it was difficult to obtain accurate identification results for the seahorse with close genetic relationship. There are also some seahorse that have no relevant genetic information and cannot be identified by gene barcoding. Therefore,there are still some limitations in the application of DNA barcoding to identify seahorse species.Keywords seahorse;DNA barcoding;species identification;gene information海马是一种形态特殊的小型海洋鱼类，主要分布于温带至热带海域，生活方式较隐秘，主要栖息于河口和珊瑚礁等。
基于形态与DNA条形码的中国鲾科鱼类分类研究
个 属： 属、金 属 （Ａｕｒｉｇｅｑｕｕｌａ）、项 属 （Ｎｅｃｈｅｑｕｕｌａ）、马 属 （Ｅｑｕｕｌｉｔｅｓ）、布 氏 属 （Ｅｕｂｌｅｅｋｅｒｉａ）、光 胸 属 （Ｐｈｏｔｏｐｅｃｔｏｒａｌｉｓ）； ＳＰＡＲＫＳ等［５］依据发光器官内在和外在是否存在 性二态，认为科由不存在性二态的属和金 属以及存在性二态的 Ｇａｚｚｉｎａｅ亚科中 ８个属组 成；Ｆｉｓｈｂａｓｅ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｆｉｓｈｂａｓｅ．ｏｒｇ／）记录全 球科至少有 ８属 ４８种，其中中国 ８属 １９种；陈 大刚等［６］记录全球科有 ３属 ３０种，中国有 ３属 ２２种。科鱼 类 无 论 是 外 部 形 态 还 是 内 部 的 发 光器官和组织等特征具有极大的种间相似性［７］， 通过传统形态鉴定存在较大困难。目前国内外 对于科鱼类的研究报道多为生态资源调查［８］、 发光器官和组织的性二态及其发光机制的研究［９］
关键词：科；ＤＮＡ条形码；形态分类 中图分类号：Ｑ３４９ 文献标识码：Ａ
科 （Ｌｅｉｏｇｎａｔｈｉｄａｅ）隶 属 于 鲈 形 目 （Ｐｅｒｃｉｆｏｒｍｅｓ），广 泛 分 布 于 西 太 平 洋 及 印 度 洋 海 域，中国主要分布于南海及台湾海峡。科鱼类 为群居性 小 型 鱼 类，一 般 栖 息 于 岸 边 泥 沙 地、河 口或内湾，在沿岸软底质生态系统中占有重要地 位，并具有 一 定 经 济 价 值 和 药 用 价 值 ［１－２］。 科 鱼类鳞片细小易脱落，体内有可与发光细菌相互 作用的发光器官和组织。目前国际上对科的分 类 标 准 不 统 一 ，如 ＩＴＩＳ（Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ Ｔａｘｏｎｏｍｉｃ ＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＳｙｓｔｅｍ）和 《南 海 鱼 类 检 索 》［３］将 科 分 为 ３ 个 属：小 牙 属 （Ｇａｚｚａ）、 属 （Ｌｅｉｏｇｎａｔｈｕｓ）、 仰 口 属 （Ｓｅｃｕｔｏｒ）； ＣＨＡＫＲＡＢＡＲＴＹ等［４］依据外部形态、体长和体高 的比例、发光器官和组织的特征等，将科分为 ６
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中国水产科学 2018年7月, 25(4): 705713 Journal of Fishery Sciences of China 研究论文
收稿日期: 2017-09-29; 修订日期: 2017-12-07. 基金项目: 科技部科技基础性工作专项(2013FY110700); 中国水产科学研究院基本科研业务费项目(2014A11JC07). 作者简介: 李尚琪(1988–), 助理研究员, 研究方向为鱼类功能基因组学. E-mail: lishq@cafs.ac.cn 通信作者: 庄志猛, 研究员, 研究方向为海洋生物学. E-mail: zhuangzm@ysfri.ac.cn
DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.17356 中国渔业生物DNA条形码信息平台构建及应用 李尚琪1, 李炯棠1, 张研1, 孙晓晴1, 柳淑芳2, 庄志猛2 1. 农业农村部水生动物基因组学重点实验室, 中国水产科学研究院, 北京 100141; 2. 中国水产科学研究院黄海水产研究所, 山东 青岛 266071
摘要: 构建DNA条形码数据信息系统是规范管理DNA条形码数据和实现数据共享的有效解决方案。项目在采集我国重要渔业生物的凭证标本及相应DNA条形码的基础上, 通过统一提交数据的规范格式, 实现物种、凭证标本和DNA条形码的三级关联, 构建了中国渔业生物DNA条形码信息平台(http://www.fishery-barcode.cn)。该平台数据信息由物种名录数据库、凭证标本数据库和DNA条形码数据库组成, 涵盖6020种渔业生物的凭证信息和DNA条形码资源。平台能够提供方便的网络查询, 实现未知渔业生物样本的DNA条形码物种鉴定。研究首次构建涵盖我国重要渔业生物的DNA条形码信息平台, 通过平台实现国内外数据共享和合作交流, 为渔业生物分类、种质资源利用、濒危物种保护和水产品物种物种鉴定提供重要数据资源。
关键词: 渔业生物; 数据库; DNA条形码; 物种鉴定 中图分类号: S917 文献标志码: A 文章编号: 10058737(2018)04070509
DNA条形码是生物体内一段标准的、有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段。由于该DNA片段与物种存在唯一对应关系, 因而该片段可以像商品的条形码一样标识对应的物种信息, 故称为DNA条形码。按照国际生命条形码协会建议, 动物DNA条形码通常选择COI (CO1或者COX1)基因为候选基因, 植物一般采取matK、rbcL、trnH-psbA、ITS基因为候选基因[1]。研究
人员通过分子检测技术, 快速获得未知物种的DNA条形码信息, 比较已知的DNA条形码-物种对应关系, 能准确鉴定未知物种的信息。与传统的形态学分类相比, 条形码技术具有不受样品性别、发育阶段、形态学变化限制的优点, 因此在生命科学、法医学、药学、食品学和检验检疫等领域均有广泛的应用。 在获得DNA条形码与物种分类信息的对应关系后, 如何有效管理DNA条形码、物种分类信息及其二者之间的对应关系信息, 并能方便相关研究人员使用这些数据信息, 即数据管理和信息共享问题, 是限制DNA条形码应用的主要问题。目前, 构建DNA条形码数据信息系统是最有效的解决方案。结合数据库技术和网络技术构建DNA条形码信息平台, 一方面能规范存储和查询存储样品信息和DNA条形码序列, 另一方面能对外提供物种鉴定分析的生物信息学工具, 对推动DNA条形码研究和应用具有重要意义[1]。第一个国际DNA条形码数据系统-生命条形码数据库系统(Barcode of Life Database Systems, BOLD systems), 由国际生命条形码联盟生命条形码协会(Consortium for the Barcode of Life, CBOL)于2007年建立[2]。迄今, BOLD系统内包含超过18
万种动物、6.6万种植物和2.1万种真菌等物种的566.5万条DNA条形码序列[3]。CBOL还针对特
定生物类群设立了单独的条形码数据库, 其中就706 中国水产科学 第25卷 有针对全球鱼类的条形码数据库Fish-BOL(Fish Barcode of Life, http://fishbol.org/)。2011年, 应加入国际生命条形码计划(international Barcode of Life, iBOL)的需求, 我国也建立起中国生命条形码数据门户(http://www.barcodeoflife.cn/)。该数据库包含64176个标本的77957条序列[4]。另外, 国
内各行业有针对性的逐步建立了一系列条形码数据库, 例如中药材DNA条形码鉴定系统(http:// www.tcmbarcode.cn/), 中国珍稀濒危植物DNA条形码鉴定平台(http://www.brep.ac.cn/)以及中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统(http://www. qbol.org.cn/)等。 我国渔业生物资源丰富, 海洋生物种类高达20278种, 其中鱼类3032种[5]。仅在渔业统计和
市场上列名的渔业对象也有200多种, 意味着我国海洋水产生物拥有大量潜在的生物信息数据。尽管Fish BOLD系统和BOLD系统收录全球鱼类和其他海洋生物的DNA条形码数据, 但这两个数据库主要采集欧、美和澳等西方国家的渔业物种信息。鉴于针对中国渔业生物的DNA条形码信息收录较少的现状, 科技部分别于2013年启动科技基础性工作专项“我国重要渔业生物DNA条形码信息采集及其数据库构建”重点项目, 于2014年启动“我国近海海洋生物DNA条形码资源库构建”基础性工作专项。此外, 国内其他科研机构也采集了一些特殊生境下渔业生物或者特定物种的DNA条形码信息。譬如, 沈彦君等[6]采集获得华
中地区和长江中下游区域近100种重要渔业生物的DNA条形码序列。唐伟等[7]采集中华鳖6个地
理群体的111个个体DNA条形码序列。在获得DNA条形码序列后, 有必要建立相关的信息平台, 有效地管理数据和共享信息, 以解决限制DNA条形码应用的主要问题。 综上所述, 本项目在采集我国重要渔业生物的凭证标本及相应DNA条形码的基础上, 拟通过建立中国渔业生物DNA条形码信息平台, 在网络环境下实现对我国渔业生物DNA条形码的物种鉴定、信息浏览及查询功能, 为我国渔业生物DNA条形码数据管理及快速鉴定提供服务平
台, 为物种鉴定、资源保护和质量安全科研人员提供技术支持。
1 材料与方法 1.1 实验材料 本项目选取COI、ITS和rbcL序列为DNA条形码位点, 其中鱼类和甲壳类选择COI, 贝类选择COI和ITS, 藻类主要选择ITS和rbcL为检测位点。 本平台的DNA条形码数据有两部分来源, 一部分来源是项目组采集的渔业生物凭证标本和对应的DNA条形码序列。该部分数据经过实验验证, 有可追溯的凭证标本, 因此数据质量高, 归为标准数据集, 即“标准库”。为保证条形码序列和物种信息可靠性, 对于标准库的序列信息, 利用BLAST比对到NCBI NR数据库, 检测提交的DNA条形码序列是否污染序列以及同源序列是否为上述三个基因。不同于常用的核酸数据库, 除了DNA条形码信息外, 本信息平台还要求提交对应的物种信息、凭证标本号、标本信息、采集信息等信息。这是保证DNA条形码序列质量的可追溯信息, 也是了解对应物种特征的重要信息。其中, 凭证标本是DNA条形码序列信息的实物载体, 是溯源的唯一实物标识。 另一部分来源于GenBank数据库, 这部分数据未经过实验验证, 归为参考数据集, 即“参考库”。选择基因名称为“COI”、“CO1”、“COX1”、“rbcL”和“ITS”, 且物种门类为“Actinopteri”、“Bivalvia”、“Malacostraca”和“Rhodophyta”的基因记录。利用BioPerl进行解析, 保留物种分类信息、物种名称、条形码序列信息。由于GenBank中序列存在冗余, 对于碱基信息一致、物种一致的序列, 仅保留最长序列作为唯一记录。 1.2 数据库设计及实现 本信息平台由物种分类数据库、凭证标本数据库和DNA条形码数据库三个子库组成。数据标准的不统一会在项目组内部和对外共享时造成壁垒, 因此本研究对三个子库的数据建立统一的规范格式, 利用SQL server存储和检索三个子库第4期 李尚琪等: 中国渔业生物DNA条形码信息平台构建及应用 707 的数据。 物种分类数据库是利用NCBI Taxonomy数据库的“门-纲-目-科-属-种”关系构建的, 每个物种有且仅有一个明确的且唯一的分类关系。该数据库中的物种分为鱼类、甲壳类、贝类、藻类以及其他渔业生物五大门类。除物种的分类信息外, 数据库还包括拉丁名、英文名、中文名、同种异名、形态特征、地理分布和参考文献等。为丰富物种的形态特征和地理分布, 本平台还借鉴FishBase (http://fishbase.org/)和国家水产种质资源平台(http://zzzy.fishinfo.cn/)中渔业生物的物种信息。在物种分类数据库中, 每个物种仅有唯一的记录。在上述信息中, 物种的拉丁名和分类地位是必需信息。每条记录以物种拉丁名为主键, 以作为该物种的唯一标识。 凭证标本数据库是各项目组所采集样品的详细信息, 包含凭证标本对应物种的拉丁名、凭证编码、馆藏码、标本保存位置、鉴定者、鉴定日期、采集区域、采集方式、底质、采集日期、水深、样品照片、特征描述、提交者以及录入时间等。在凭证标本数据库中, 每个凭证标本也是唯一的。在上述信息中, 凭证编码、物种的拉丁名和馆藏码是必需信息。其中以凭证编码为主键, 作为该凭证信息的唯一标识; 以物种拉丁名为外键, 与物种分类数据库的物种拉丁名关联; 馆藏码是该标本对应在实体库中的凭证编码。对于每个凭证标本, 仅有唯一对应的物种信息。 DNA条形码数据库是各项目组采集的凭证标本所对应的DNA条形码, 包含物种拉丁名、英文名、中文名、DNA编码、序列长度、录入时间、基因位点、序列提交者、基因类型(COI、ITS或者rbcL序列)、提交机构、Fasta格式序列、PCR扩增引物、实验人员、信息审核者、取样部位、样品提供者、样品来源和采集依据等。在DNA条形码数据库中, 每条DNA条形码也是非冗余的。在上述信息中, 物种的拉丁名、DNA编码和基因类型是必需信息。其中DNA编码为主键, 作为该条形码的唯一标识; 以物种拉丁名为外键, 与物种分类数据库的拉丁名关联。每个DNA条形码仅有唯一对应的物种信息。