植物分类学

├→金粟兰目（金粟兰科）

├→金鱼藻目（金鱼藻科）

├→木兰藤目（木兰藤科、五味子科、腺齿木科）

├→睡莲目（莼菜科、独蕊草科、睡莲科）

├→无油樟目（无油樟科）

├→木兰分支

│├→白桂皮目（白桂皮科、林仙科）

│├→胡椒目（短蕊花科、胡椒科、菌花科、马兜铃科、三白草科）

│├→木兰目（单室木兰科、番荔枝科、帽花木科、木兰科、舌蕊花科、肉豆蔻科）

│└→樟目（杯轴花科、蜡梅科、莲叶桐科、坛罐花科、腺蕊花科、香皮茶科、樟科）

├→单子叶植物分支

│├→百合目（白玉簪科、菝葜科、菝葜藤科、百合科、刺藤科、垂花科、黑药花科、金梅草科、

││六出花科、秋水仙科）

│├→菖蒲目（菖蒲科）

│├→露兜树目（百部科、翡若翠科、环花草科、露兜树科、霉草科）

│├→薯蓣目（纳茜菜科、薯蓣科、水玉簪科）

│├→天门冬目（澳韭兰科、刺叶树科、芳香草科、兰科、蓝星科、矛花科、毛石蒜科、石蒜科、

││天门冬科、仙茅科、香水花科、血剑草科、鸢尾科、鸢尾蒜科）

│├→无叶莲目（无叶莲科）

│├→泽泻目（波喜荡草科、川蔓藻科、大叶藻科、花蔺科、丝粉藻科、水鳖科、水麦冬科、

││水蕹科、天南星科、岩菖蒲科、眼子菜科、泽泻科、芝菜科）

│└→鸭跖草分支

│├→禾本目（苞穗草科、刺鳞草科、灯心草科、二柱草科、凤梨科、谷精草科、禾本科、

││黄眼草科、拟苇科、偏穗草科、莎草科、梭子草科、苔草科、香蒲科、须叶藤科、

││帚灯草科）

│├→姜目（芭蕉科、闭鞘姜科、鹤望兰科、姜科、兰花蕉科、美人蕉科、蝎尾蕉科、

││竹芋科）

│├→鸭跖草目（匍茎草科、田葱科、血草科、鸭跖草科、雨久花科）

│├→棕榈目（棕榈科）

│└→未定目（多须草科）

├→真双子叶植物分支

│├→黄杨目（黄杨科、无知果科）

│├→昆栏树目（昆栏树科）

│├→毛茛目（防己科、领春木科、毛茛科、木通科、小檗科、星叶草科、罂粟科）

│├→山龙眼目（莲科、山龙眼科、悬铃木科、青风藤科）

│└→核心真双子叶植物分支

│├→虎耳草目（茶藨子科、扯根菜科、枫香科、虎耳草科、胶藤科、金缕梅科、

││连香树科、交让木科、景天科、芍药科、四果木科、鼠刺科、

││围盘树科、小二仙草科）

│├→石竹目（瓣鳞花科、棒木科、浜藜叶科、闭籽花科、柽柳科、番杏科、非洲桐科、

││钩枝藤科、回欢草科、吉粟草科、节柄科、蓝雪科、蓼科、龙树科、

││露叶毛毡苔科、落葵科、马齿苋科、玛瑙果科、茅膏菜科、南商陆科、

││肉叶刺茎藜科、商陆科、石竹科、粟麦草科、粟米草科、双钩叶科、土人参科、││仙人掌科、小鸡草科、苋科、翼萼茶科、油蜡树科、猪笼草科、紫茉莉科）

│├→檀香目（青皮木科、山柚子科、桑寄生科、蛇菰科、檀香科、铁青树科、羽毛果科）

│├→五桠果目（五桠果科）

│├→洋二仙草目（香灌木科、洋二仙草科）

│├→智利藤目（鳞枝树科、智利藤科）

│├→菊分支

││├→杜鹃花目（安息香科、报春花科、捕蝇幌科、翅萼树科、杜鹃花科、

│││凤仙花科、福桂花科、花荵科、肋果茶科、帽蕊草科、猕猴桃科、

│││蜜囊花科、瓶子草科、山茶科、山矾科、山榄科、山柳科、四籽树科、

│││柿树科、五列木科、岩梅科、玉蕊科）

││├→山茱萸目（刺莲花科、假石楠科、南非茱萸科、山茱萸科、水穗草科、

│││绣球花科）

││├→唇形分支

│││├→唇形目（车前科、唇形科、胡麻科、环生籽科、角胡麻科、爵床科、

│││苦苣苔科、狸藻科、列当科、马鞭草科、密穗草科、木犀科、

│││母草科、泡桐科、蒲包花科、透骨草科、土蔓兜科、腺毛草科、

│││香茜科、四粉草科、玄参科、夷地黄科、紫葳科）

│││├→绞木目（杜仲科、绞木科）

│││├→龙胆目（胡蔓藤科、夹竹桃科、龙胆科、马钱科、茜草科）

│││├→茄目（茄科、山醋李科、田基麻科、楔瓣花科、旋花科）

│││└→未定目（茶茱萸科、二歧草科、管花木科、五蕊茶科、紫草科）

││└→桔梗分支

││├→川续断目（忍冬科、五福花科）

││├→冬青目（冬青科、金檀木科、青荚叶科、心翼果科、叶茶藨科）

││├→菊目（草海桐科、花柱草科、假海桐科、桔梗科、菊科（菊花）、

││卢梭木科、石冬青科、睡菜科、头花草科、五膜草科、雪叶科）

││├→盔瓣花目（盔瓣花科）

││├→鳞叶树目（鳞叶树科、弯药树科）

││├→南鼠刺目（南鼠刺科）

││└→伞形目（海桐花科、裂果红科、彭南特氏木科、鞘柄木科、伞形科、

││五加科、夷茱萸科）

│└→蔷薇分支

│├→葡萄目（葡萄科）

│├→豆分支

││├→豆目（豆科、海人树科、远志科、皂皮树科）

││├→葫芦目（棒果木科、葫芦科、马桑科、秋海棠科、四数木科、四柱木科、

│││野麻科）

││├→蒺藜目（刺球果科、蒺藜科）

││├→金虎尾目（包芽树科、川苔草科、垂籽树科、大花草科、大戟科、

│││毒鼠子科、多子科、非洲核果木科、沟繁缕科、古柯科、合丝花科、│││红树科、胡桐科、槲树果科、金虎尾科、金壳果科、金莲木科、

│││金丝桃科、堇菜科、苦胡桃科、裂药树科、裂药花科、毛药树科、│││粘木科、三角果科、藤黄科、五翼果科、西番莲科、香膏科、

│││小盘木科、亚麻科、杨柳科、叶下珠科、油桃木科、钟花科）

││├→壳斗目（胡桃科、桦木科、木麻黄科、南青冈科、山毛榉科、太果木科、

│││杨梅科）

││├→蔷薇目（八瓣果科、大麻科、钩毛树科、胡颓子科、蔷薇科（梅）、

│││桑科、鼠李科、荨麻科、榆科）

││├→卫矛目（卫矛科、洋酢浆草科）

││└→酢浆草目（瓣裂果科、杜英科、火把树科、牛栓藤科、蒜树科、

││土瓶草科、酢浆草科）

│└→锦葵分支

│├→锦葵目（半日花科、红木科、锦葵科、龙脑香科、球萼树科、瑞香科、

││沙莓科、文定果科、旋花草科、旋花树科）

│├→牻牛儿苗目（牻牛儿苗科、蜜花科、曲胚科）

│├→美洲苦木目（美洲苦木科）

│├→十齿花目（非杨柳科、十齿花科、瘿椒树科）

│├→十字花目（澳远志科、池花科、刺茉莉科、刺枝树科、叠珠树科、

││番木瓜科、旱金莲科、环蕊科、辣木科、藜木科、烈味三叶草科、││瘤药树科、木犀草科、山柑科、十字花科、夷白花菜科、醉蝶花科）│├→燧体木目（单果树科、旌节花科、南线梅科、省沽油科、四棱果科、

││栓皮果科、燧体木科）

│├→桃金娘目（管萼科、蜡烛树科、柳叶菜科、千屈菜科、使君子科、

││双翼果科、桃金娘科、野牡丹科、隐翼科）

│└→无患子目（白刺科、番苦木科、橄榄科、苦木科、楝科、漆树科、

│无患子科、薰倒牛科、芸香科）

└→地位未定{离花科、锁阳科、胶蘼属科、枇藤属（倾向锦葵目）、尼科巴缨花属（倾向卫矛科）}

蕨类植物门

├→石松亚门

│├→石松目（石杉科、石松科）

│└→卷柏目（卷柏科）

├→水韭亚门

│└→水韭目（水韭科）

├→松叶蕨亚门

│└→松叶蕨目（松叶蕨科）

├→楔叶蕨亚门

│└→木贼目（木贼科）

└→真蕨亚门

├→薄囊蕨纲

│├→槐叶苹目（槐叶苹科、满江红科）

│├→苹目（苹科）

│└→水龙骨目（蚌壳蕨科、柄盖蕨科、车前蕨科、凤尾蕨科、骨碎补科、光叶藤蕨科、

│海金沙科、槲蕨科、禾叶蕨科、姬蕨科、剑蕨科、睫毛蕨科、金星蕨科、蕨科、

│里白科、鳞毛蕨科、鳞始蕨科、瘤足蕨科、卤蕨科、鹿角蕨科、裸子蕨科、

│膜蕨科、球子蕨科、莎草蕨科、三叉蕨科、肾蕨科、实蕨科、舌蕨科、书带蕨科、

│双扇蕨科、水蕨科、水龙骨科、桫椤科、藤蕨科、蹄盖蕨科、蓧蕨科、铁角蕨科、

│铁线蕨科、碗蕨科、乌毛蕨科、稀子蕨科、雨蕨科、岩蕨科、燕尾蕨科、中国蕨科、

│肿足蕨科、竹叶蕨科）

├→厚囊蕨纲

│├→观音座莲目（观音座莲科、合囊蕨科、天星蕨科）

│└→瓶尔小草目（瓶尔小草科、七指蕨科、阴地蕨科）

└→原始薄囊蕨纲

└→紫萁蕨目（紫萁蕨科）

裸子植物门

├→盖子植物纲

│├→麻黄目（麻黄科）

│├→买麻藤目（买麻藤科）

│└→百岁兰目（百岁兰科）

├→红豆杉纲

│└→红豆杉目（红豆杉科）

├→松柏纲

│├→松杉目（柏科、南洋杉科、杉科、松科）

│├→罗汉松目（罗汉松科）

│└→三尖杉目（三尖杉科）

├→苏铁纲

│└→苏铁目（苏铁科、泽米铁科）

└→银杏纲

└→银杏目（银杏科）

《被子植物APGⅢ分类法（2009）》

被子植物APG III分类法是被子植物种系发生学组（APG）继1998年APG I及2003年APG II之后，花了6年半时间修定的被子植物分类法，于2009年10月正式在林奈学会植物学报发表。APG III承认了早前版本的所有45目，并新接受了14个目，共计59目。新增的目有：无油樟目、睡莲目、金粟兰目、无叶莲目、昆栏树目、黄杨目、智利藤目、葡萄目、蒺藜目、美洲苦木目、十齿花目、南鼠刺目、鳞叶树目及盔瓣花目。APG III所承认的科共有415个，有许多小型科被合并，早前被建议合并的55科之中有44个被合并，即八角茴香科、葱科、百子莲科、龙舌兰科、星捧月科、西丽草科、风信子科、异蕊草科、假叶树科、紫灯花科、独尾草科、萱草科、独叶草科、荷包牡丹科、蕨叶草科、双颊果科、水青树科、齿蕊科、高柱花科、花茎草科、谷木科、微形草科、马尾树科、水母柱科、羽叶树科、王冠草科、时钟花科、钟萼木科、地果莲木科、弯子木科、骆驼蓬科、旱霸王科、珙桐科、厚皮香科、假红树科、桃叶珊瑚科、陀螺果科、半边莲科、离水花科、黄锦带科、川续断科、北极花科、刺续断科及败酱科等。其它被APG III合并的科有：黄花绒叶草科、菝葜木科、黑三棱科、杜香果科、异裂果科、裸木科、方枝树科、喙萼花科、梅花草科、杜茎山科、紫金牛科、假轮叶科、寄奴花科、多香木科、智利木科、假茱萸科、参棕科及番茱萸科等。此外，APG III也承认了19个新的科：刺藤科、青皮木科、粟麦草科、南商陆科、小鸡草科、土人参科、回欢草科、裂药树科、胡桐科、南线梅科、非杨柳科、十齿花科、醉蝶花科、簇花草科、帽蕊草科、管花木科、母草科及土蔓兜科等。（还有首次提到眠树科，但已并入盔瓣花科。）和APG II相比，APG III被子植物之中许多类群的关系已经获得进一步厘清，地位未定的科从早前的39科大幅减少到10科，即离花科、锁阳科、多须草科、清风藤科、五桠果科、紫草科、二歧草科、茶茱萸科、管花木科及五蕊茶科。这10科中有8科的位置也已经大致确定，只有离花科及锁阳科未有归属。此外，还有3个属的地位未定，即Gumillea、Nicobariodendron 及Petenaea；其中Nicobariodendron 及Petenaea是首次在此列出。