两个水稻颖壳颜色突变体的遗传分析与基因定位
水稻紫色颖壳突变体的转录组分析
水稻紫色颖壳突变体的转录组分析作者：胡昌泉林觅颜静宛林智敏来源：《福建农业科技》2022年第02期摘要：鑒定水稻花青素新基因及揭示其代谢机制，用于水稻新品种选育，是创制功能性水稻的手段之一。
为探讨水稻紫色颖壳形成对花青素积累代谢途径的作用，以从水稻籼稻转化体组织培养中筛选获得的1个紫色颖壳杂合突变体（PiX）为材料，采用Illumina HiSeqTM 6000高通量转录组学（RNA-Seq）技术对其自交获得的突变型、正常型及野生型进行转录组测序研究。
结果表明：突变型（ME）与野生型（F8）相比上调基因5108个、下调基因4288个，自交分离正常表型（PD）与野生型（F8）相比上调基因4653个、下调基因4397个，自交分离正常表型（PD）与突变型（ME）相比上调基因2078个、下调基因2829。
GO功能富集分析表明水解酶活性类基因差异表达变化显著;KEGG Pathway分析结果表明，与野生型相比，在类黄酮生物合成途径中，突变型中与类黄酮合成相关色素基因数量多，且主要受编码查尔酮异构酶OsCHI影响。
该研究结果可为研究水稻花色苷积累的分子机制提供参考。
关键词：水稻;紫壳;花青素;转录组中图分类号：S 511 文献标志码：A 文章编号：0253-2301（2022）02-0020-06DOI： 10.13651/ki.fjnykj.2022.02.004Transcriptome Analysis of A Rice Glume Purple MutantHU Chang-quan， LIN Mi， YAN Jing-wan， LIN Zhi-min*（Institute of Biotechnology， FujianAcademy of Agricultural Sciences， Fuzhou， Fujian 350003， China）Abstracts： There is a way to create functional rice by identifying new rice anthocyanin genes and revealing their metabolic mechanism for the breeding of new rice varieties. In order to explore the effect of purple glume formation on anthocyanin accumulation and metabolism pathway in rice， a purple glume hybrid mutant （PiX） was screened from the tissue culture of Indica rice transformants， and the mutant，normal and wild-type transcripts obtained through its selfing was sequenced by Illumina hiseqtm 6000 high throughput transcriptome （RNA SEQ） technology. The results showed compared with wild-type （F8）， mutant （ME） has 5108 up-regulated genes and 4288 down regulated genes，self segregation normal phenotype （PD） has 4653 up-regulated genes and 4397 down regulated genes，and self segregation normal phenotype （PD） has 2078 up-regulated genes and 2829 down regulated genes compared with mutant （ME）. The Go function enrichment analysis showed that the differential expression of hydrolase activity genes changed significantly. The KEGG pathway analysis revealed that compared with the wild-type， the mutant had more pigment genes related to flavonoid synthesis in the flavonoid biosynthesis pathway， and those genes were mainly affected by the encoding chalcone isomerase OsCHI. The results can provide a reference for studying the molecular mechanism of anthocyanin accumulation in rice.Key words： Rice; Purple glume; Anthocyanin; Transcriptome水稻是世界上主要的粮食作物之一，与小麦、玉米和土豆等三大作物被全球一半的人口消费[1]。
一个水稻黄绿叶突变体的鉴定与基因克隆中期报告
一个水稻黄绿叶突变体的鉴定与基因克隆中期报告一、研究背景水稻作为全球最重要的粮食作物之一，在全球范围内受到广泛关注。
然而，水稻生长过程中常常会出现各种突变现象，比如叶片颜色变异、形态变异等。
这些变异现象虽然是一种自然现象，但是对水稻的生长和产量可能会产生不良影响。
因此，研究水稻突变现象的成因和机制，对于提高水稻品质和产量具有十分重要的意义。
本研究的要点是鉴定和克隆水稻黄绿叶突变体的基因，揭示其形成机制和生物学意义，从而为水稻品种改良提供一定的理论基础。
二、研究内容1.鉴定黄绿叶突变体本研究采用了遗传学和生物化学等多种手段，对水稻黄绿叶突变体进行了全面鉴定。
首先对黄绿叶突变体进行了遗传连锁分析，并利用构建的遗传图谱对该突变体的遗传背景进行了分析。
接着，利用叶绿素荧光分析和叶片组织解剖等手段，对黄绿叶突变体的叶绿素合成和组织结构进行了详细的研究。
2.克隆黄绿叶突变体的基因针对黄绿叶突变体的遗传分析结果，本研究团队使用了高通量测序技术，对黄绿叶突变体所在的基因进行了全长克隆。
接着，采用RT-qPCR技术对该基因在不同发育时期的表达模式进行了分析，以揭示该基因在水稻生长发育过程中的功能。
三、预期成果1.鉴定和命名一种新的水稻黄绿叶突变体；2.克隆该突变体相关的基因；3.揭示该基因在水稻生长发育过程中的功能和作用机制。
四、研究意义本研究的主要意义在于：1.为了解水稻突变现象的成因和机制，提高水稻品质和产量，提供了一定的理论基础和技术支持；2.对于探索生物多样性和遗传变异的机制，具有重要意义；3.对于我们对水稻基因组的认识和理解，将有所促进。
水稻包穗突变体sui2的遗传分析和基因精细定位
作物学报ACTA AGRONOMICA SINICA 2020, 46(11): 1734 1742 / ISSN 0496-3490; CN 11-1809/S; CODEN TSHPA9E-mail: zwxb301@DOI: 10.3724/SP.J.1006.2020.02009水稻包穗突变体sui2的遗传分析和基因精细定位孙琦1,**赵志超2,**张瑾晖2张锋2程治军2,*邹德堂1,*1东北农业大学寒地粮食作物种质创新与生理生态教育部重点实验室, 黑龙江哈尔滨 150030; 2中国农业科学院作物科学研究所, 北京 100081摘要: 水稻穗下倒一节间的伸长和发育对株型的形成起着重要作用, 在水稻不育系中常见的包穗现象是由于穗下倒一节间的伸长和发育受阻造成的, 深入研究水稻包穗分子机制能为水稻不育系株型的改良提供一定的理论意义。
我们在粳稻Kitaake的组织培养后代中获得了1个包穗突变体sui2, 其穗部被剑叶叶鞘包裹程度处于半包裹和全包裹之间, 倒一节间严重缩短细胞学形态分析表明, 倒一节间的缩短是由于节间薄壁细胞的伸长生长不足造成的。
通过对sui2与IRAT129杂交后代分析表明, sui2为单基因显性突变。
对该组合F2的608个正常单株遗传定位分析结果表明,候选基因SUI2被精细定位在4号染色体长臂端, 由InDel标记S4-14.1和S4-14.2界定的110 kb的区域内。
该区间内的编码基因在基因组序列水平上无差异, 而基因LOC_Os04g39430表达量在突变体中升高了264倍, 该基因编码1个参与油菜素内酯(brassinolide, BR)合成的细胞色素P450蛋白, 是D11的等位基因。
qRT-PCR分析结果表明, 突变体中BR信号途径的基因表达量增高, 预示着BR信号途径的基因可能参与了穗下倒一节间的伸长和发育的调控。
关键词:水稻; 包穗; 精细定位; SUI2; BR信号途径的基因Genetic analysis and fine mapping of a sheathed panicle mutant sui2 in rice(Oryza sativa L.)SUN Qi1,**, ZHAO Zhi-Chao2,**, ZHANG Jin-Hui2, ZHANG Feng2, CHENG Zhi-Jun2,*, and ZOU De-Tang1,*1 Key Laboratory of Germplasm Enhancement, Physiology and Ecology of Food Crops in Cold Region, Ministry of Education, Northeast AgriculturalUniversity, Harbin 150030, Heilongjiang, China; 2 Institute of Crop Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081, ChinaAbstract: The elongation and development of rice uppermost internode plays an important role in plant architecture development.In general, the sheathed panicle phenomenon in rice sterility line is caused by the elongation and development hindrance of theuppermost internode. The study on molecular mechanisms underlying sheathed panicle would be helpful for improving plant ar-chitecture in sterility line. At the present study, we reported the study on a sheathed panicle mutant, named sui2, originated from atissue-culture progeny. Its uppermost internode severely shortened, resulted in its pancleen closed by flag leaf sheath, withoutsignificantly length alternation at other internodes. The cytological analysis demonstrated that the shorten of the uppermost inter-node is caused by insufficient elongation of the parenchyma cells. Genetic analysis of the progeny derived from thecross-combination of sui2 and IRAT129 revealed that sui2 is a single gene dominant mutant. Linkage analysis to 608 normal indi-viduals from F2 generation showed that SUI2 was located in a 110 kb region delimited by InDel marks S4-14.1 and S4-14.2 on theend of chromosome 4 long arm. The annotated genes on this region did not display any difference in genomic sequence, while theexpression level of LOC_Os04g39430, encoding a cytochrome P450 protein and an allele of D11, increased by 264 times expres-sion amount in mutant. Analysis of qRT-PCR for several crucial genes on BR (brasssinolide) signaling pathway showed that inmutant the expression level of all these genes increased, indicating that genes in BR signaling pathway may be involved in theregulation to the elongation and development of uppermost internode.Keywords: rice; sheathed panicle; fine mapping; SUI2; BR signaling pathway本研究由国家自然科学基金项目(31871603)资助。
长雄野生稻黑壳基因的分子定位及遗传研究
们对 它们 的 了解 还不 够 全面 ．如 颖壳 的颜 色 ，虽然 经典 的遗 传 学 家对 颖 壳 的颜 色也 作 了一些 遗 传 分析 ，但
对其 在染 色体 上 的位 置 及效应 值 的大小 却未 有定 论 １ ．同时 ， ４ 在研 究水 稻分 类和 驯化 时大 多数研 究 者都 把 目光 集 中在亚 洲栽 培稻 和它 的野 生祖先 种 普通 野 生稻 （ ． ｕ ｉ ｏ ｏ ） ，而 对 于 另一 个栽 培 稻—— 非 洲 栽 ０ ｒ ｆｐ ｇ ｎ 上 培稻 （ ． ｌｂ ｒｉ ） ０ ｇ ａ ｅｒｍａ 的野生祖 先 种长 雄 野 生 稻 （ １ｎ ｉｔｍｉａａ 关 注 却 不 多 ， Ｘａ １基 因成 功克 隆后 ０．ｏ ｇｓａ ｎ ｔ） 在 ２ 引起 了人 们对 长雄 野生 稻 的更多 关注 ．长 雄野 生稻 原产 于非洲 大 陆 ， 高 １ ４ ． Ｉ 株 ． ～１ ６Ｉ，叶 宽 １ ｍ，长 Ｔ ～２ｃ 芒 ， 色颖壳 ，易落 粒 ，花药 长 ５ｍｍ， 肥大 含花 粉多 ， 粉 良好 ，柱 头 紫色 ，长 ４ ５ｍｍ，双 边外 露 率 黑 且 散 ～
表 明长 雄 野 生 稻 黑 色 颖 壳 性 状 是 受 一 对 显性 单 基 因控 制 ．通 过 微 卫 星 标 记 做 基 因 型 分 析 ，将 控 制 黑 色 颖 壳 的 基 因
定 位 在 第 ４染 色 体 Ｒ １５Ｒ １２之 间 ，暂 时命 名 为 Ｂ ４ ￡． Ｍ１ ５一 Ｍ１ ４ ｈ一 （）
年 ．水 稻从 野生祖 先 种驯 化 到栽培种 的过程 中 ，在形 态上 发 生 了一 系列 的 变化 ，如 生长 习 性 上 由匍 匐变 成
直 立 、 药 由长变 短 、柱头外 露 率下 降 ，以及 叶鞘 、柱头 和颖壳 的颜 色都 有 明显 的改变．每一 个性状 的 改变 花 都被 打上 了人 工选 择 的烙 印 ， 这些 变化 究竟 是怎样 发 生 的却 鲜 为人知 。 ． 但 。 随着 基 因组学 的发 展和许 多 作物 上精 细遗传 图谱 的建立 ，为进 一 步研 究 栽 培植 物 的起 源 、演 化 ，阐 明 其分 子机 制奠 定 了 良好 的基 础．Байду номын сангаас自从 Ｐ ｔｒｏ ａｅｓ ｎ等 第 一 次 应 用 分 子标 记 技 术 对 控制 番 茄 重 要农 艺 性 状 的
水稻叶片灰白转黄突变体pyrl的鉴定与基因定位
基础。
关键词 ：灰 白叶；水 稻（ Ｏｒ ｙ ｚ ａ ｓ ａ ｔ ｉ ｖ ａ Ｌ ． ） ；叶绿 体 ；基 因定 位
Ｉ ｄ ｅ ｎ ｔ ｉ ｉｃ ｆ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ａ ｎｄ Ｇｅ ｎｅ Ｍ ａ ｐｐ ｉ ｎ ｇ ｏ ｆ Ｌｅ ａ ｆ Ｐａ ｌ ｅ Ｙｅ ｌ ｌ ｏ ｗ－ Ｒｅ ｖ ｅ ｒ ｔ ｉ ｂｌ ｅ Ｍ ｕｔ ａ ｎ ｔ ｐｙ ｒ ｌ
ａ ｓ ｐ ｙ ｒ ｌ ｗａ ｓ ｏ ｂ ｔ ａ ｉ ｎ ｔ ｅ ｄ ｆ ｒ ｏ ｍｔ ｈ ｅ ｐ ｒ ｏ ｇ ｅ ｎ ｙ ｏ ｆ ｒ ｉ ｃ ｅ（ Ｏ ｒ ｙ ｚ ａ ｓ ａ ｔ ｉ ｖ ａ Ｌ ． ｒ ｅ ｓ ｔ ｏ ｒ ｅ ｒ ｌ ｉ ｎ ｅ Ｊ ｉ ｎ ｈ ｕ ｉ １ ０ ｗｈ ｉ ｃ ｈｗａ ｓ ｉ ｎ ｄ ｕ ｃ ｅ ｄ ｂ ｙ ｅ ｔ ｈ ｙ ｌ ｍｅ ｔ ｈ ａ ｎ ｅ ｓ ｕ ｌ － ｏｎ ｆ ｔｅ ａ （ Ｅ ＭＳ ） ． Ｉ ｎ ｈｅ ｔ ｓ ｅ ｅ ｄ ｌ ｉ ｎ ｇ ｓ ｔ ａ ｇ ｅ ， ｔ ｈ ｅ ｗ ｈ ｏ ｌ ｅ ｌ ｅ ａ ｆ ｏ ｆ ｍｕ ｔ ａ ｎ ｔ ｓ ｐ ｒ ｅ ｓ ｅ ｎ ｔ ｅ ｄ ｐ ａ ｌ ｅ ｎｄ ａ ｓ ｏ ｍｅ ｍｕ ｔ ｎｔ ａ ｓ ｄ ｉ ｅ ｄ ． Ｔ ｈ ｅ ｐ ｙ ｒ ｌ ｄ ｉ ｓ ｐ ｌ ａ ｙ ｅ ｄ ｄ ｉ ｆ ｅ ｒ ｅ ｎ ｔ
三个水稻生殖发育突变体的遗传分析及有关基因的分子标记定位研究的开题报告
三个水稻生殖发育突变体的遗传分析及有关基因的分子标
记定位研究的开题报告
1. 研究背景和意义
水稻是全球最为重要的粮食作物之一，研究水稻的生殖发育机制有助于提高水稻的产量和品质。
目前已知有一些水稻生殖发育突变体，这些突变体在水稻的生殖过程中出现异常，从而影响水稻的产量和品质。
因此，研究这些突变体的遗传机制和有关基因的分子标记定位对于水稻的遗传改良和理解水稻生殖发育的机制具有重要意义。
2. 研究目的和内容
本研究的目的是通过遗传分析和分子标记定位研究3个水稻生殖发育突变体的遗传机制和有关基因。
具体内容包括：
1) 通过分离和鉴定水稻生殖发育突变体，确定它们的遗传类型和性状表现。
2) 分别进行遗传分析，包括连锁分析和寡核苷酸多态性（SNP）标记定位，确定突变体的遗传机制。
3) 基于已有的基因组序列，利用SNP标记将突变体的遗传基因进行定位，以进一步研究这些基因对水稻生殖发育的作用。
3. 研究方法
本研究将采用以下方法：
1) 通过自交和杂交，分离和鉴定3个水稻生殖发育突变体。
2) 统计和分析各突变体的表型性状，包括生育期、穗型、结实率等。
3) 利用连锁分析和SNP标记定位，确定各突变体的遗传机制。
4) 基于已有的基因组序列和SNP标记，将突变体的遗传基因进行定位。
4. 研究预期结果
本研究预期将确定3个水稻生殖发育突变体的遗传机制和有关基因，为揭示水稻生殖发育的分子机制提供基础。
此外，本研究还将开发出相关的分子标记，为水稻的遗传改良提供工具支持。
两个水稻D2基因等位突变体的表型分析及分子鉴定
在双子叶和单子叶植物中, 主要通过筛选 BR 缺陷型和不敏感型突变体, 借助遗传分析对基因进 行定位克隆与功能分析, 确定参与 BR 合成和信号 途径的基因及作用机制。但在单子叶植物如水稻中, 已发现的 BR 相关突变体还不多, BR 合成和信号通 路研究得还不很清楚[17]。目前, 水稻中已克隆 5 个 与 BR 合成相关的基因, 即 D2、D11、BRD1、BRD2 和 OsDWARF4, 其中 4 个编码细胞色素 P450 酶类, 即 CYP90D2/D2 编码 C-23 羟化酶[18], CYP724B1/D11 和 CYP90B2/OsDWARF4 编 码 C-22 羟 化 酶 [15-16], CYP85A1/BRD1 编码 C-6 氧化酶[19], 它们都是 BR 合 成途径中的关键酶。拟南芥 BRI1 是第一个被克隆的 BR 信号转导基因, 编码一个跨膜的富亮氨酸重复的 蛋白激酶, 为 BR 的受体, 水稻 D61 基因与 BRI1 同 源[20]。
到目前为止, 已发现 60 多个水稻矮秆突变体, 其中有些突变体的籽粒小而圆[21]。与 BR 合成相关 突变体通常表现小粒特征, 如 d2 [18]、d11 [16]、brd1 [19] 和 brd2 [22]等。本研究利用 EMS 诱变粳稻品种日本 晴获得 2 个稳定遗传的矮秆突变体, 进行了形态学 观察和 BR 激素处理实验; 对该突变基因的定位和 克隆丰富了控制水稻株高相关基因的理论。
水稻黄绿叶突变体 dj yg 的遗传分析与基因定位
水稻黄绿叶突变体 dj yg 的遗传分析与基因定位李智强;朱丹;王志龙;丁波;王国梁【期刊名称】《中国水稻科学》【年(卷),期】2015(000)006【摘要】在粳稻品种 Dongjin 大田种植过程中,发现一个黄绿叶自然突变体,命名为 dj yg .该突变体在苗期表现明显的黄绿叶表型,抽穗以后,叶色逐渐恢复正常.叶绿素含量测定结果表明,在苗期、分蘖盛期及抽穗期叶绿素 b 的含量分别下降53％、62％、36％.电镜结果表明,分蘖期突变体中基粒、类囊体垛堆凌乱、排列疏松,类囊体基质较为稀薄.qRT-PCR 结果证实,PORA 、Cab1R 、PsbA 的表达量在突变体中均较野生型明显下调.遗传分析结果表明,黄绿叶突变体 dj yg 由一对隐性主效核基因控制,图位克隆确定该候选基因为编码叶绿素合成酶基因YGL1的一个新等位基因.该突变体未影响植株的主要农艺性状,可作为一个理想的表型标记应用于杂交稻育种工作中.%A spontaneous yellow-green mutant was obtained from the japonica rice cultivar Dongjin in the field, designated as dj yg .The mutant showed obvious yellow-green leaf phenotype at the seedling stage but the chlorotic leaves returned to green after the headingstage.Consistent with the phenotype,the chlorophyll b content of the mutant was reduced by 53%,62% and 36% at the seedling,tillering and heading stages,respectively,compared with that of the wild type (WT).At the tillering stage,we observed that the granas and thylakoid stacks displayed a mess and loose structure,as well as less density in the mutant dj yg compared with the WT under a transmission electron microscopy.The transcriptional levels of PORA ,Cab1R ,PsbA were also decreased in the mutant dj yg .Genetic analysis and map-based cloning demonstrated that the phenotype of the mutant was controlled by a major recessive nuclear gene,which is an allele of chlorophyll synthase YGL1 .The mutant dj yg can be used as a phenotypic marker in rice breeding program since the main agronomic traits of the mutant dj yg are normal compared with those of the WT.【总页数】9页(P601-609)【作者】李智强;朱丹;王志龙;丁波;王国梁【作者单位】湖南农业大学农学院，长沙 410128; 作物基因工程湖南省重点实验室，长沙 410128; 中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室，北京 100193;湖南农业大学农学院，长沙 410128; 作物基因工程湖南省重点实验室，长沙 410128; 中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室，北京 100193;湖南农业大学农学院，长沙 410128; 作物基因工程湖南省重点实验室，长沙 410128;中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室，北京 100193;湖南农业大学农学院，长沙 410128; 作物基因工程湖南省重点实验室，长沙 410128; 中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室，北京 100193【正文语种】中文【中图分类】Q343.5;S511.032【相关文献】1.水稻淡绿叶突变体 HM133的遗传分析与基因定位 [J], 施勇烽;贺彦;郭丹;吕向光;黄奇娜;吴建利2.水稻黄绿叶突变体 w390的遗传分析和基因定位 [J], 董青;张迎信;张振华;周全;秦亚芝;王宏;程式华;曹立勇;沈希宏3.一个水稻黄绿叶突变体ygl10的遗传分析和基因定位 [J], 杨海莲;刘敏;郭旻;李荣德;张宏根;严长杰4.水稻淡绿叶突变体HM14的遗传分析与基因定位 [J], 施勇烽;魏彦林;奉保华;王惠梅;徐霞;黄奇娜;吕向光;张晓波;吴建利5.水稻一新黄绿叶突变体ygl10-2(t)的遗传分析与基因定位 [J], 张文慧;杨宜豪;陈铭蔚;王诗语;余艳欢;严长杰;郭旻因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
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两个水稻颖壳颜色突变体的遗传分析与基因定位水稻色素不仅对其自身生长发育有重要生理作用,而且在育种上及景观园艺应用等均比较广泛。
在EMS诱变粳稻长粒粳(CLG)的突变体库内筛选到一个金黄色颖壳与节间突变体gh881。
与野生型相比,突变体的颖壳与节间均呈金黄色;除单株有效穗数外,gh881突变体的株高、每穗总粒数及实粒数、结实率和千粒重等主要性状均极显著降低。
遗传分析和基因定位结果表明,gh881的表型受1对隐性核基因控制,位于第2号染色体短臂,并最终将该基因精细定位于标记FH-13和RH-25之间,物理距离约33.2Kb,该区域中包含四个开放阅读框(ORFs)。
序列分析结果表明,发现其中一个编码肉桂醇脱氢酶(CAD)的基因
OsCAD2(Os02g0187800)的第3563bp处发生了一个单碱基突变(G转换为A),导致该基因编码区的第297位氨基酸由甘氨酸突变为天冬氨酸,由此认为该突变体表型为OsCAD2基因单碱基突变所致。
qRT-PCR结果表明,突变体的节间中OsCAD2相对表达量极显著下调,而在剑叶叶鞘及穗部则基本极显著增加,其他相关基因也发生显著变化,证实OsCAD2是木质素代谢中的重要基因,且可能与其他相关基因存在反馈调节。
同时在该突变体库筛选出一个颖壳褐色与胚乳垩白突变体clg-642。
与野生型相比,突变体颖壳颜色呈褐色,胚乳垩白度明显增大;胚乳扫描电镜图片及直链淀粉含量定量分析表明,突变体胚乳中淀粉颗粒排列疏松且呈圆形,直链淀粉含量较之野生型降低了17.5%;除单株有效穗数和株高与野生型没有显著差异外,
突变体clg-642的结实率、每穗总粒数、每穗实粒数和千粒重等主要农艺性状均极显著降低。
遗传分析结果表明,clg-642受1对单隐性核基因控制;利用MutMap方法进行基因定位,在第4号染色体长臂获得2.52Mb的候选区域,并在该区域筛选到19个可靠的SNPs位点,位于12个候选基因上;序列分析及酶切消化结果显示,其中一个编码细胞壁糖苷水解酶的基因OsCIN2(Os04t0413500)的第3个外显子的1659bp处存在一个SNP(SNP-20,423,829),该位点由原来的G转换为A,导致该基因编码蛋白多肽链氨基酸序列第159位的丙氨酸突变为苏氨酸,因此认为
clg-642表型为OsCIN2单碱基突变,致使功能改变而出现改表型。
qPCR结果表明,基因OsCIN2在水稻籽粒灌浆早期就开始发生作用,且在胚乳发育的不同时期影响淀粉合成与代谢相关基因表达。