1.2 基因结构
一点红黄脉病毒伴随卫星分子的序列分析
一点红黄脉病毒伴随卫星分子的序列分析专业：班级：姓名：目录引言 (3)1 材料与方法 (8)1.1 材料 (8)1.1.1分析的目标序列来源 (8)1.1.2生物信息学分析过程中的软件介绍 (8)1.2 方法 (9)1.2.1同源分析和检索 (10)1.2.2核苷酸序列处理 (10)1.2.3基因结构分析 (10)1.2.4同源性分析和系统关系分析 (11)1.2.5病毒为一新种的分类标准及其判断方法 (12)2 结果与分析 (15)2.1 核苷酸序列的基本信息分析 (15)2.2 同源检索和分析 (16)2.3 基因结构分析 (16)2.4同源性分析和系统关系分析 (18)3 结论 (22)致谢 (23)参考文献 (24)摘要双生病毒是一类世界范围内广泛发生的植物单链DNA病毒，已在多个国家和地区的作物上造成毁灭性危害，且有逐年加重的趋势。
卫星DNA分子是一些单组份双生病毒在自然寄主上引起典型症状所必需的致病相关分子。
本文报道了侵染一点红的一点红黄脉病毒Fz1分离物伴随有卫星分子DNA-β（Fz1β）的分子特征。
Fz1β全长1337 bp（FJ869906），具有典型的双生病毒伴随卫星的结构：一个功能蛋白（βC1），一个保守区（SCR），一个富A区（A-rich）。
同源性比对结果显示，Fz1β与目前报道的所有DNA-β分子的相似性都极低，其中与广东的稀硷黄脉病毒伴随卫星DNAβ（SibYVB）的相似性最高（50.1%）。
系统关系树分析，也验证了Fz1β与SibYVB的关系最近。
根据双生病毒科卫星分子分类标准，Fz1β 是一个新型的卫星分子。
这个新型DN Aβ的SCR只与SibYVB相差两个碱基，两者与其他卫星明显不同。
Fz1β很可能是获得了SibYVB的SCR区域后与其他分子重组而成的。
Fz1β 的核酸序列及其编码的Fz1β-βC1蛋白的氨基酸序列都与已知的DNAβ分子相似性较低，说明它是独立与EmYVV相伴随的，而非由EmYVV捕获其它双生病毒的DNAβ而来。
ma分子进化基础PPT课件
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▪ 基因型的适合度fitness ，通常用w 表示，是一个关 于该个体的生存和增殖能力的尺度，不过由于一个 群体的大小通常受其所处环境的负载容量限制，所 以某一个体的进化成功不是由其绝对适合度 absolute fitness 而是由其与群体中其他基因型相比 的相对适合度(relative fitness)所决定的。
▪ 点阵法 ▪ 顺序距离法
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How do you extract this information from an alignment?
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Figure 21.4
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3.4 核苷酸替换数的间接估计
▪ 在估计两序列间核苷酸替换数方面最完全的 解决可通过比较它们的核苷酸顺序而得到。 不过替换数也可从其他类型的分子数据，象 限制酶图谱或者DNA-RNA杂交得到的数据， 间接地推断出来。
▪ 对于一个要增加频率的突变型等位基因来说，必须是某 些因子而不是突变来掺入作用，这些因子包括自然选择、 随机遗传漂变、重组和迁徙。
▪ 为了认识进化的过程我们必须研究以上因子是如何影响
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等位基因频率的变化的。
▪ 本书里我们只讨论自然选择和随机遗传漂变, 在涉及形态学性状的经典进化研究中自然选 择被看成是进化的主要驱动力量。
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▪ 前20 年时间里关于中性突变假说的激烈争论给分 子进化带来了很大影响。
▪ 首先，它导致了在考虑分子变化的进化动力学时随 机漂变的作用不容忽视这一点得到普遍承认。
试探IGF2和H19基因与韦伯综合征的关系
试探IGF2和H19基因与韦伯综合征的关系作者：吕欣桐来源：《价值工程》2011年第13期接要：笔者就韦伯综合征（BeckwithWiedemannsyndrome，BWS）的特征，及IGF2与H19印迹基因各自生物学生性、印迹状况以及与BWS疾病的关系展开了详尽阐述。
Abstract: This article presents the characteristics of Weber syndrome (BeckwithWiedemannsyndrome, BWS), and biological nature and imprinted situation of imprinted genes IGF2 and H19, and their relationship with the BWS diseases.关键词：韦伯综合征（BeckwithWiedemannsyndrome，BWS），IGF2与H19印迹基因Key words: Weber syndrome（BeckwithWiedemannsyndrome，BWS），IGF2 and H19 imprinting gene中图分类号：F270文献标识码：A 文章编号：1006-4311（2011）13-0316-010 引言韦伯综合征（BeckwithWiedemannsyndrome，BWS），是先天性疾病。
主要特征为：巨大舌、脐膨出与生长过剩三在特点。
并且，伴有内脏肿大（主要是肝、肾与脾的肿大），出生时，单侧肥大（就是身体一侧生长过剩）、低血糖等发育异常。
发病率是0.07%，没有性别差异，85%是散在发病，15%是家族性遗传，为常染色体的显性遗传[1]。
家族性遗传是母亲单侧遗传，所以显示了与基因印记相关。
BWS的致病基因尚不完全知道，已经了解韦伯综合征（BeckwithWiedemannsyndrome，BWS）的致病基因，位于第11号的染色体短臂15.5区域（11p15.5），于此基因组区域[2]，IGF2、H19、KvLQT1、INS、p57KIP2和LIT1等印记基因，聚集存在，其中IGF2、H19、LIT1和p57KIP2等基因和机体的发育与分化相关。
杨树NRAMP_基因家族全基因组鉴定与生物信息学分析
文章编号 ０５１７－６６１１（２０２３）１４－００９０－０５
ｄｏｉ：１０．３９６９ ／ ｊ．ｉｓｓｎ．０５１７－６６１１．２０２３．１４．０２２
开放科学（资源服务）标识码（ＯＳＩＤ）：
Ｇｅｎｏｍｅ⁃ｗｉｄｅ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｐｏｐｌａｒ ＮＲＡＭＰ Ｇｅｎｅ Ｆａｍｉｌｙ
镉和铁等有吸收和转运功能［４，１０－１２］ 。
植物在生长过程中，如遇重金属污染，过量的重金属会
ｓｉｓｔａｎｃｅ⁃ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ ｐｒｏｔｅｉｎ，ＮＲＡＭＰ）是一类参与金
对植物细胞膜系统造成伤害，影响植物的生长发育。 如镉胁
。 ＮＲＡＭＰ 蛋白属于一种具有典型膜
细胞的有丝分裂速度，使植物生长缓慢；锰虽然是植物必需
摘要 为研究杨树自然抗性相关巨噬细胞蛋白（ＮＲＡＭＰ）家族成员的结构和功能，利用生物信息学方法，从杨树全基因组数据库中筛选
并鉴定 ＮＲＡＭＰ 家族基因序列，并对该家族成员的理化性质、二级结构、基因结构、保守基序、染色体定位、进化树和组织表达量进行分
析。 结果表明：从杨树基因组中共鉴定出 ６ 个 ＮＲＡＭＰ 基因家族成员，编码的氨基酸数量差异较大，为 ５０３ ～ １ ３１０，亚细胞定位表明其均
ＯｓＮＲＡＭＰ３、ＯｓＮＲＡＭＰ５、ＯｓＮＲＡＭＰ６ 和 ＯｓＮＲＡＭＰ７ 对锌、锰、
严重，威胁生态系统，影响人类健康
［１］
。 杨树适应性较强，广
根系发达，对毒性物质具有较强的耐性，对重金属具有较强
的富集及转运能力
［２］
。 天然抗性相关巨噬蛋白（ ｎａｔｕｒａｌ ｒｅ⁃
单核细胞趋化蛋白1MCP1+CCL2与肿瘤关系的研究进展
趋化因子是一类具有相似分子结构的超家族趋 化性细胞因子，依其一级结构中Ｎ端高度保守序列 的４个半胱氨酸残基中前２个的排列分布状况的不 同被分为４类：Ｃ，ＣＣ，ＣＸＣ和ＣＸ３Ｃ［１］。这些趋化 因子与靶细胞膜上相应受体——７次跨膜Ｇ蛋白偶 联趋化因子受体（７ＴＭ—ＧＰＣＲ）蛋白的胞外Ｎ端 结合，介导受体蛋白胞内Ｃ端丝氨酸／苏氨酸磷酸 化，通过不同的跨膜信号转导通路，激活与细胞运
作者单位：复旦大学附属中山医院肝内科，肝癌研究所，上 海２０００３２ 通讯作者：王艳红，Ｅｍａｉｌ：ｗａｎｇ．ｙａｎｈｏｎｇ＠ｚｓ—ｈｏｓｐｉｔａｌ．ｓｈ．ｃｎ
存在形式¨』。 １．２ ＭＣＰ一１的基因结构 人类ＭＣＰ一１基因基因 坐落于１７ｑ１１．２－１２，包含了３个外显子与２个内含 子，第１个外显子编码５’端非翻译区及２３个氨基酸 的信号肽遗传信息及ＭＣＰ一１蛋白的前２个氨基酸， ３～４０个氨基酸由第２个外显子编码，第３个外显 子编码Ｃ端其余３６个氨基酸序列及３’端非翻译 区。ＭＣＰ一１基因５’端上游的增强子中，存在于一 １２８位的ＴＲＥ元件和一６４位的ＧＣ ｂｏｘ，及一２６１２位 的ＮＦ—ｋＢ元件，对于ＩＬ－１ｂ，ＴＮＦ－ａ，ＬＰＳ和ＴＰＡ调 控ＭＣＰ一１基础水平的持续表达具有十分重要的意 义‘“。 １．３ ＭＣＰ一１的细胞来源 人类ＭＣＰ一１，由包括 正常组织细胞、白细胞及许多肿瘤细胞等多种细胞 分泌。在正常组织细胞中，ＭＣＰ一１的主要细胞来源
ＭＣＰ－１的靶细胞除单核细胞外，还包括记忆和 杀伤Ｔ淋巴细胞、ＮＫ细胞、嗜碱性粒细胞、树突状
万方数据
７３６
Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｉｎａ，２（）０８．Ｖ０１．１ ５，Ｎｏ．５
核酸的分子结构
不能转录为 信使RNA， 不能编码蛋 白质
内含子能转录 为信使RNA
真核细胞的基因结构
重复序列按排列方式不同可分为三种类型：
★正向重复（顺向重复） ★反向重复（回文序列）(inverted repeat, palindrome sequence)
★镜象重复（mirror repeat)
★正向重复（顺向重复）：这种重复序列的方向是相同的。 ★反向重复（回文序列）(inverted repeat, palindrome sequence)：重 复序列的方向相反，呈两侧对称。
c. 碱基平面与纵轴垂直，糖环平面与纵轴平行。
Watson-Crick右手双螺旋模型特点
d. 结构参数：DNA直径为2nm， 两个相邻碱基高度为0.34nm， 两核苷酸形成的夹角为36度。 旋转一周为10个核苷酸，上
字母表示法
结构表示法
1.1.3 DNA一级结构的意义
*富含遗传信息(人类基因组计划)
*高级结构的基础
1986年，著名生物学家、诺贝尔奖获得
者杜伯克，在Science杂志上率先提出 “人类基因组计划”（Human Genome
Project简称 HGP）。英国、日本、法国、
德国和中国科学家先后加入这个国际合
Watson和Crick的论 文 获1962年诺贝尔奖
罗莎琳德· 富兰克林----成功拍摄 了DNA晶体的Ｘ射线衍射照片
1953年2月底，33岁的富兰克林在日记
中写道，DNA具有双链结构。 1953年初，沃森和克里克构建出DNA 分子双螺旋结构模型，而此时富兰克林
罗莎琳德· 富兰克林
对这一进展并不知情。
作计划。中国是在1999年加入的，承担
基质金属蛋白酶9(MMP—9)的研究及临床应用进展
基质金属蛋白酶9（MMP—9）的研究及临床应用进展作者：吕锦来源：《医学信息》2016年第21期摘要：基质金属蛋白酶9（MMP-9）属于基质金属蛋白酶超家族成员中明胶酶的一种，又称明胶酶B，因其作用底物广泛，表达细胞众多参与多种疾病及恶性肿瘤的侵袭和转移而备受重视，成为最近国际国内研究的焦点之一。
因此，深入了解MMP-9及其与疾病的关系有助于疾病的及时发现、诊断和治疗。
本文就其生物学特点、检测技术及临床应用进行了综述。
关键词：基质金属蛋白酶9；检测技术；临床应用基质金属蛋白酶（MMPs）是一类活性依赖于锌离子和钙离子的蛋白水解酶，其主要的生理作用是降解细胞外基质。
现已发现26种MMPs（MMP-1～26），称为MMP家族，MMPs 几乎能降解细胞外基质的所有成分，如胶原、明胶、黏性蛋白、纤维黏连蛋白、蛋白多糖等，参与人体许多生理和病理过程[1]。
在MMPs中MMP-9，属于基质金属蛋白酶超家族成员中明胶酶的一种，是人体内最重要的蛋白酶之一。
1 MMP-9的生物学特点[2-3]1.1概述 MMP-9是MMPs家族成员之一，是Reponen和Sahlbergl994年在小鼠胚胎发育中的破骨细胞内发现的。
分子量Mr92×103，根据作用底物又名明胶酶B，依据发现的先后顺序MMP-9又名基质金属蛋白酶9，主要作用是保持酶的稳定性。
MMP-9前体可由单核细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、血管平滑肌细胞、内皮细胞、泡沫细胞、成纤维细胞、小胶质细胞及肿瘤细胞等分泌，在87位氨基酸残基或附近被酶解激活，参与炎性反应、组织构形、创伤修复、基质结合的生长因子的动员及细胞因子的表达。
1.2 MMP-9的基因结构和功能人MMP-9基因全长26000bp，位于20q11.2～q13.1，含有13个外显子和12个内含子，编码相对分子质量为92×103的蛋白。
MMP-9的启动子区位点，人的MMP-9启动子区还有核因子κB、表达序列标签结合位点和转化生长因子β控制元件。
HIV基因组综述
HIV genome的主要简介及其变异性的研究何正兵生化与分子生物学 1433121036摘 要人类免疫缺陷病毒（HIV ），造成人类免疫系统的缺陷的一种病毒，是我们急需要解决的一种疾病。
本文主要论述了HIV 基因组结构、其编码的蛋白和HIV 基因的表达调控，以及对于HIV 基因编码区序列变异性及亚型分析的阐述。
关键词：HIV ；变异性；亚型The mainly introduction of HIV genome and the research of variability Abstract: HIV , which is a virus that defect the human immune system, is necessary for us to solve in a right time. This article mainly demonstrates the structure, encoded protein, Expression and regulation of HIV genome. At the same time, it elaborates HIV gene coding sequence variability and subtype analysis.Key words ：HIV ；variability ；subtype引言人类免疫缺陷病毒（HIV ），俗称艾滋病（AIDS ）病毒，诱发人类获得性免疫缺陷综合症。
1981年，人类免疫缺陷病毒在美国首次被发现，它是一种感染人类免疫系统细胞的慢病毒，属反转录病毒的一种。
该病已在20多年间席卷全球，几乎没有一个国家或地区可以幸免。
截至2010年9月30日，我国累计报告艾滋病病例264302例，而据卫生部等单位对中国艾滋病疫情的估计，中国现存艾滋病病毒感染者和病人约70万，这其中可能有44万人不知晓自己已经被感染。
原核细胞的基因结构
怎样从基因中得 到我们所需的目的基 因呢?基因的有关信息。 如：根据基因的核苷酸序列
基因的功能 基因在染色体上的位置 基因的转录产物mRNA 基因翻译产物蛋白质等特性
2、利用PCR技术扩增目的基因
——显微注射法
将目的基因导入 微生物细胞
——感受态细胞
1、将目的基因导入植物细胞的方法：
（1）农杆菌转化法
①农杆菌特点： 易感染双子叶植物和裸子植物，对大多 数单子叶植物没有感染能力
②原理：Ti质粒上的T---DNA可以转 移到受体细胞，并整合到受体细胞染 色体的DNA上。
③过程：
④优点
（2）基因枪法 （3）花粉管通道法
C、具有标记基因
D、它是环状DNA
练习
3）有关基因工程的叙述中，错误的是（ A ）
A、DNA连接酶将黏性末端的碱基对连接起来 B、 限制性内切酶用于目的基因的获得 C、目的基因须由运载体导入受体细胞 D、 人工合成目的基因不用限制性内切酶
练习
4）有关基因工程的叙述正确的是 （ D ）
A、限制酶只在获得目的基因时才用 B、重组质粒的形成在细胞内完成 C、质粒都可作为运载体 D、蛋白质的结构可为合成目的基因提供 资料
2. 构建基因表达载体
目的基因、启动子、终止子、标记基因
3. 将目的基因导入受体细胞
农杆菌转化法、显微注射法
4. 目的基因的检测与鉴定
检测：是否插入、转录、翻译 鉴定：
练习1：(2019理综山东卷)为扩大可耕地面积，
增加粮食产量，黄河三角洲等盐碱地的开发利
用备受关注。我国科学家应用耐盐基因培育出
1.2 基因工程的基本操作程序
10遗传物质的结构和功能
10遗传物质的结构和功能遗传物质的结构和功能浙江省绍兴县柯桥中学312030 叶建伟1．考纲考点解读1．1考纲介绍考纲主要包括：DNA是遗传物质的证据；DNA的结构和特性；DNA的变性与复性；DNA 的复制；基因结构和基因的表达与调控；RNA的结构；蛋⽩质的⽣物合成；染⾊体的结构。
1．2难点释疑1．2．1DNA的结构和特性DNA的⼀级结构为脱氧核苷酸之间通过3?,5‘—磷酸⼆酯键连接成的脱氧核苷酸链。
⼆级结构：反向平⾏的双螺旋结构。
即⼀条链从5‘—3?，另⼀条链从3‘—5?，两条链都是右⼿螺旋，螺旋表⾯有⼀条⼤沟和⼀条⼩沟。
每个碱基对之间的距离是0.34nm，相邻核苷酸彼此相差360，含有10对碱基，每⼀螺旋长为3.4nm，螺旋直径2nm。
三级结构：在⼆级结构的基础上的超螺旋结构。
另外RNA也具有三级结构，但是⼤家熟悉的tRNA 的“三叶草型结构”是⼆级结构，⽽⽬前了解到的tRNA的三级结构的形状为倒写的字母“L”,是在“三叶草型结构”的⼆级结构的基础上发⽣扭曲形成的。
1．2．2双螺旋结构的稳定性因素：⼤量氢键显然可以增加DNA的稳定性，但是氢键太弱；堆积碱基间的疏⽔作⽤(碱基堆积⼒)是稳定DNA结构的最重要的因素。
还有盐键(离⼦键)可以减少双链间的静电斥⼒，因⽽对DNA 双螺旋结构也有⼀定的稳定作⽤。
所以双螺旋稳定性的最主要因素是碱基堆积⼒。
1．2．3核酸的紫外吸收性质：核酸中的嘌啉和嘧啶环的共轭体系强烈吸收260—290nm波段紫外光，其最⾼的吸收峰接近260nm。
实验室利⽤核酸对紫外线的吸收情况测定DNA和RNA的纯度。
对待测样品可⽤紫外分光光度计读出260nm与280nm的OD值，从OD260／OD280 的⽐值即可判断样品的纯度。
纯的DNA是1.8，纯的RNA是2.0。
1．2．4核酸的变性和复性：⾼温、酸、碱以及某些变性剂(如尿素)能破坏核酸中的氢键，使有规律的螺旋型双链结构变成单链的，称为核酸的变性。