核酸与蛋白质结构与功能预测分析
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http://www.softberry.com/all.htm http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES /glimmer_3.cgi http://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer http://www.softberry.com/all.htm
Generation http://compbio.ornl.gov/generation/ FGENESH+ http://www.softberry.com/all.htm GenomeScan http://genes.mit.edu/genomescan.html GeneWise http://www.ebi.ac.uk/Wise2/
http://www.fruitfly.org/seq_tools/splice.html
Splice View
http://l25.itba.mi.cnr.it/~webgene/wwwspliceview.html
NetGene2
http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/
FASTA
http://bioinformatics.iastate.edu/cgi-bin/gs.cgi http://www.ncbi.nih.gov/spidey http://sun1.softberry.com/berry.phtml?topic=prot_map&grou
EMBOSS 通用
NCBI Softberry MIT Zhang lab Softberry GIT Maryland
通用 真核 脊椎、拟南芥、玉米 人、小鼠、拟南芥、酵母
真核 原核 原核
Softberry 细菌
FgeneSV http://www.softberry.com/all.htm
Softberry 病毒
开放读码框
基因结构分析
内含子/外显子剪切位点 选择性剪切
转录调控序列 分析
序列组分分析
启动子/转录起始位点
CpG岛 转录终止信号
GC含量 限制性核酸内切酶位点
密码子偏好性使用
GENSCAN GenomeScan
GLIMMER NetGene2
Spidey ProSplicer
Spidey EPD Cister
提交待分析序列
提交同源蛋白质序列 运行GenomeScan
GenomeScan输出结果：文本
预测外显子位置、 可信度等信息
同源 比对 信息
预测结果氨基酸序列
GenomeScan输出结果：图形
ORF识别
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi
Gene Finder
FGENESH GeneMark GLIMMER
FgeneSB
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/plotorf. html http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html http://www.softberry.com/all.htm http://genes.mit.edu/GENSCAN.html http://rulai.cshl.org/tools/genefinder/
CpGPlot Hcpolya genskew NEBcutter CodonW
基因开放阅读框/基因结构分析识别工具
Getorf
wenku.baidu.com
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/getorf.h EMBOSS 通用 tml
Plotorf
ORF Finder BestORF GENSCAN
SPL/SPLM/RNASPL/FSPLICE http://www.softberry.com/all.htm
GeneSplicer
http://www.tigr.org/tdb/GeneSplicer/gene_spl.html
MZEF SpliceProximalCheck
http://www.ebi.ac.uk/~thanaraj/MZEF-SPC.html http://corba.ebi.ac.uk/cgi-bin/sp/wrapper.cgi
SplicePredictor
http://bioinformatics.iastate.edu/cgi-bin/sp.cgi
分析mRNA/cDNA的外显子组成
Web Web Web Web Web/Linux Web
Web
GeneSeqer Spidey PROT_MAP
Sim4 BLAT BLAST
4
GENSCAN输出结果：文本
基因、
预测单元
外显子 正链、 起始、终
及类型 负链 止及长度
相位
编码区 打分值
可信概率、 得分值
GENSCAN输出结果：图形
exon1 exon5
exon2
exon3 exon4
ORF识别： GenomeScan
http://genes.mit.edu/genomescan.html
ORNL Softberry MIT EBI
原核 原核 脊椎、拟南芥、玉米 人、蠕虫
ORF识别：GENSCAN
选择物种 http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
是否显示非最优外显子 序列名称（可选）
显示氨基酸或CDS序列
提交序列文件
运行GENSCAN
提交序列
结果返回到邮箱（可选）
针对核酸序列的预测方法
基因组序列 cDNA序列
翻译
编码区预测 蛋白质序列
蛋白质理化性质 二级结构预测 结构域分析 重要信号位点分析 三级结构预测
基因结构分析
Codon bias
选择性剪切
GC Content 转录调控因子
限制性酶切位点
序列比对 功能注释
KEGG GO 系统发育树
核苷酸序列分析
基因预测
预测结果
设置参数
运行程序
内含子/外显子剪切位点识别
如何分析mRNA/cDNA的外显子组成？ RNASPL 与相应的基因组序列比对，分析比对片段的分布位置 预测工具： Spidey，SIM4，BLAT，BLAST，FASTA
基因开放阅读框/基因结构分析工具
对基因组序列的读码框区域进行预测
NNSplice
Generation http://compbio.ornl.gov/generation/ FGENESH+ http://www.softberry.com/all.htm GenomeScan http://genes.mit.edu/genomescan.html GeneWise http://www.ebi.ac.uk/Wise2/
http://www.fruitfly.org/seq_tools/splice.html
Splice View
http://l25.itba.mi.cnr.it/~webgene/wwwspliceview.html
NetGene2
http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/
FASTA
http://bioinformatics.iastate.edu/cgi-bin/gs.cgi http://www.ncbi.nih.gov/spidey http://sun1.softberry.com/berry.phtml?topic=prot_map&grou
EMBOSS 通用
NCBI Softberry MIT Zhang lab Softberry GIT Maryland
通用 真核 脊椎、拟南芥、玉米 人、小鼠、拟南芥、酵母
真核 原核 原核
Softberry 细菌
FgeneSV http://www.softberry.com/all.htm
Softberry 病毒
开放读码框
基因结构分析
内含子/外显子剪切位点 选择性剪切
转录调控序列 分析
序列组分分析
启动子/转录起始位点
CpG岛 转录终止信号
GC含量 限制性核酸内切酶位点
密码子偏好性使用
GENSCAN GenomeScan
GLIMMER NetGene2
Spidey ProSplicer
Spidey EPD Cister
提交待分析序列
提交同源蛋白质序列 运行GenomeScan
GenomeScan输出结果：文本
预测外显子位置、 可信度等信息
同源 比对 信息
预测结果氨基酸序列
GenomeScan输出结果：图形
ORF识别
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi
Gene Finder
FGENESH GeneMark GLIMMER
FgeneSB
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/plotorf. html http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html http://www.softberry.com/all.htm http://genes.mit.edu/GENSCAN.html http://rulai.cshl.org/tools/genefinder/
CpGPlot Hcpolya genskew NEBcutter CodonW
基因开放阅读框/基因结构分析识别工具
Getorf
wenku.baidu.com
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/getorf.h EMBOSS 通用 tml
Plotorf
ORF Finder BestORF GENSCAN
SPL/SPLM/RNASPL/FSPLICE http://www.softberry.com/all.htm
GeneSplicer
http://www.tigr.org/tdb/GeneSplicer/gene_spl.html
MZEF SpliceProximalCheck
http://www.ebi.ac.uk/~thanaraj/MZEF-SPC.html http://corba.ebi.ac.uk/cgi-bin/sp/wrapper.cgi
SplicePredictor
http://bioinformatics.iastate.edu/cgi-bin/sp.cgi
分析mRNA/cDNA的外显子组成
Web Web Web Web Web/Linux Web
Web
GeneSeqer Spidey PROT_MAP
Sim4 BLAT BLAST
4
GENSCAN输出结果：文本
基因、
预测单元
外显子 正链、 起始、终
及类型 负链 止及长度
相位
编码区 打分值
可信概率、 得分值
GENSCAN输出结果：图形
exon1 exon5
exon2
exon3 exon4
ORF识别： GenomeScan
http://genes.mit.edu/genomescan.html
ORNL Softberry MIT EBI
原核 原核 脊椎、拟南芥、玉米 人、蠕虫
ORF识别：GENSCAN
选择物种 http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
是否显示非最优外显子 序列名称（可选）
显示氨基酸或CDS序列
提交序列文件
运行GENSCAN
提交序列
结果返回到邮箱（可选）
针对核酸序列的预测方法
基因组序列 cDNA序列
翻译
编码区预测 蛋白质序列
蛋白质理化性质 二级结构预测 结构域分析 重要信号位点分析 三级结构预测
基因结构分析
Codon bias
选择性剪切
GC Content 转录调控因子
限制性酶切位点
序列比对 功能注释
KEGG GO 系统发育树
核苷酸序列分析
基因预测
预测结果
设置参数
运行程序
内含子/外显子剪切位点识别
如何分析mRNA/cDNA的外显子组成？ RNASPL 与相应的基因组序列比对，分析比对片段的分布位置 预测工具： Spidey，SIM4，BLAT，BLAST，FASTA
基因开放阅读框/基因结构分析工具
对基因组序列的读码框区域进行预测
NNSplice