SNP基因多态性检测实验服务
疾病相关基因SNP的分析与验证
疾病相关基因SNP的分析与验证随着技术的不断发展，生物信息学研究也日渐深入。
其中，SNP（单核苷酸多态性）成为研究生物学、药理学和医学中最重要的基因变异类型之一。
SNP分析已经成为了检测疾病和药物代谢的重要方法，而在研究人类遗传学和疾病相关基因中，SNP的应用更是不可或缺。
1. SNP的概念和分类SNP，即单个核苷酸的变异，也被称为基因突变或是基因多态性。
SNP是由单个碱基的变异所引起，通常在全基因组中有约1%的概率。
SNP被广泛应用于评估个体对疾病的易感性、药物代谢和肿瘤发生等领域。
SNP按照其在基因组中的位置分类，可分为外显子SNP、内含子SNP和调控SNP。
外显子SNP指的是存在于基因的外显子区域，可以直接影响蛋白质序列的结构和功能；内含子SNP存在于外显子和调节区域之间，通常对基因功能的影响较小；调控SNP存在于基因调节区域，可以影响基因的转录和表达，进而影响基因的功能。
2. SNP的分析SNP的分析通常包括三个步骤：SNP检测、基因型鉴定和统计分析。
其中SNP 检测是最为关键的一步，目前主要的检测技术有PCR-RFLP法、MassARRAY、SNP-PCR等。
在SNP检测的基础上，需要对检测结果进行基因型鉴定。
常见的基因型鉴定方法有PCR引物延伸分析、限制性片段长度多态性分析、基因芯片以及测序等。
最后，需要进行统计分析。
在统计分析中，最常用的是卡方检验和连锁不平衡分析。
卡方检验被广泛应用于检测基因型频率和疾病之间的关联性，而连锁不平衡分析则可以确定SNP之间的互连性。
3. SNP的验证SNP验证是保证SNP检测结果准确可靠的重要步骤。
SNP验证通常包括三个方面：测序验证、多样性验证和遗传流行病学验证。
测序验证是指通过测序对SNP检测结果进行验证。
这种验证方式直接检测SNP并确定其具体的位置和变异。
然而，测序验证的成本较高，时间较长，因此不适合高通量的SNP检测。
多样性验证是指将SNP检测结果与其他不同个体的SNP检测结果进行比较，以此确认SNP检测结果的可靠性。
长牡蛎SNP标记的开发及多态性检测的开题报告
长牡蛎SNP标记的开发及多态性检测的开题报告一、研究背景长牡蛎（Crassostrea plicatula）是一种重要的经济贝类动物，广泛分布于我国南海、东海和黄海等沿海水域。
近年来，随着养殖业的发展，长牡蛎的养殖规模逐渐扩大，但因其容易受到疾病和环境等因素的影响，导致生产效益低下。
因此，对长牡蛎进行分子水平的研究，有助于提高其疾病抵抗力和生产性能，进而推动养殖业的发展。
单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphisms，SNPs）是一种广泛存在于基因组中的遗传变异，其基本形式是在同一位置上出现两种或更多等位基因。
近年来，随着高通量测序技术的不断发展，SNP已成为最常用的分子标记。
SNP标记可广泛应用于基因组维度的分析，包括物种鉴定、遗传变异分析、亲缘关系推断、群体结构分析和基因定位等研究领域。
因此，本研究拟利用RAD-seq技术，对长牡蛎进行SNP标记的开发及多态性检测，为长牡蛎遗传多样性和生产性能研究提供基础数据。
二、研究内容1. 样品收集及DNA提取本研究选取长牡蛎为研究对象，从南海、东海和黄海等沿海水域采集长牡蛎样品，利用基因组提取试剂盒对其进行DNA提取，获取高质量的基因组DNA。
2. RAD-seq测序及SNP标记开发通过RAD-seq技术对长牡蛎样品进行高通量测序，利用双端读取的方式获取大量有效数据。
随后，通过应用一系列的生物信息学分析方法，对数据进行处理和过滤，提取出具有高质量的SNP标记。
3. SNP标记的多态性检测利用群体遗传学分析软件，对获得的SNP标记进行多态性检测，包括遗传多样性、基因型频率、杂合度和遗传连锁不平衡等指标的测定。
三、研究意义随着现代化养殖业的发展，对基因组水平的研究越来越受到关注。
本研究将利用RAD-seq技术，对长牡蛎进行SNP标记的开发及多态性检测，为长牡蛎遗传多样性和生产性能研究提供基础数据，进一步推动长牡蛎产业的发展。
最新单核苷酸多态性SNP概念优点检测方法意义应用课件PPT
方法；第二章 资 格•（四）食品加工经营场所环境、设 备以及食品采购、储存、加工、检 验、运输过程的卫生要求；
• （五）从业人员个人卫生要；（六） 其他与健康相关的食品卫生知识。
第二章 资 格
• 第七条 食品卫生管理员培训分为食 品生产加工、餐饮、食品流通三类。
3.目前几种筛选检测未知或已知SNP多态性的方法 :
1.基于杂交的方法 2.基于酶或PCR的方法 3.以构象为基础的方法 4.直接测序的方法 5.其他方法
3、目前几种筛选检测未知或已知SNP多态性的方
法
1.基于杂交的方法
• 原理:短的核苷酸探针在和互补的目的片段进行杂 交时，完全匹配和有错配两种情况下，根据杂交 复合体稳定性的不同而将SNP 位点检测出来。 （差异越大，检测的特异性就越好）
2)变性梯度凝胶电泳DGGE
3)单链构象多态性SSCP
4)变性高效液相色谱DHPLC
4直接测序:
DNA测序是最容易实施但目前费用仍较昂贵 SNPs检测方法。通过不同个体的同一基因或DNA 片段
的直接测序,然后进行简单的序列比对,SNP变异检 出率可达100%。采用直接测序法,还可以直观地得 到突变碱基的类型及其准确位置等SNPs分型的参 数。随着DNA测序自动化和测序成本的降低,直接测 序法将越来越多地用于未知SNPs的发掘和已SNPs 的检测与分型。
2）.基因芯片技术(Gene chips)
基因芯片是在一微小的基片(硅片、玻片、塑料片等)表面集成了 大量的分子识别探针,能够在同一时间内平行分析大量的基因,进行大 信息量的筛选和检测分析
3).探针技术(TaqMan)
4).动态等位基因特异杂交(Dynamic allelespecific hybridization,DASH)
基因多态性的检测方法
基因多态性的检测方法一、直接方法1.目标基因测序：通过对目标基因进行测序，可以直接得到其等位基因的序列信息。
目前，高通量测序技术的发展使得测序成为一种常用的基因多态性检测方法。
2.杂交技术：杂交技术可以用于检测单核苷酸多态性（SNP）和小片段插入/缺失等变异。
常用的方法包括限制性片段长度多态性（RFLP）和串联重复片段多态性（VNTR）等。
3.聚合酶链反应（PCR）：PCR可以通过扩增目标片段的方法，检测基因多态性。
例如，引物在目标序列上的配对使得PCR扩增产物的长度与目标基因的等位基因有关。
通过测定扩增产物的长度变化，可以确定基因多态性。
4.克隆测序：克隆测序是一种将目标基因克隆到载体中，并对克隆的DNA进行测序的方法。
这种技术可以用于检测较大的插入/缺失变异以及基因拷贝数变异等。
二、间接方法1.单核苷酸多态性（SNP）芯片：SNP芯片是一种高通量并行检测SNP 的技术。
它通过固定在芯片上的特异性探针与待测样品中的SNP位点进行杂交，然后使用荧光信号检测方法来确定不同等位基因的存在情况。
2.DNA芯片：DNA芯片可以广泛用于基因多态性的检测。
它可以同时测定数百甚至数千个基因，快速、准确地检测多个等位基因的存在情况。
3.高分辨率融解曲线分析：高分辨率融解曲线分析可以用来区分等位基因之间的序列差异。
该方法通过双链DNA在升温过程中解旋变性的温度差异，来分析目标序列中的等位基因。
4. 二代测序技术：二代测序技术（如Illumina和Ion Torrent）基于多组重叠的小片段测序，可以用于高通量的基因多态性检测。
它可以同时测定数百万个SNP位点，识别多个等位基因的存在情况。
综上所述，基因多态性的检测方法涵盖了直接方法和间接方法。
这些方法可以用于检测单核苷酸多态性、插入/缺失变异、基因拷贝数变异等不同类型的基因多态性。
随着技术的不断发展，基因多态性的检测方法将变得更加高效、准确和经济。
SNP检测方法
基于SNPs 研究的单倍型图谱计划
寻找标记SNPs 的国际遗传变异图谱计划，即国际 单倍型图谱计划(Haplotype Map Project)已于2002 年10 月正式启动，2003 年中国承担了“国际单倍 型图谱计划”10% 的任务。 HapMap 计划的目标在于，确定人类基因组中普通 模式的DNA 序列变异，通过测定序列变异特征、变 异频率、它们之间的关联，绘出人类基因组的单倍 型块，以及不同单倍型块的标记SNPs 。
SNP检测技术
理想的检测SNPs的方法
——发现未知的SNPs，或检测已知的SNPs
必须具备以下优点: (1) 适合自动化操作,简便、迅速; (2) 分析费用低,特殊试剂用量少; (3) 反应要严紧,即使不纯的样品也可得到可靠的结果; (4) 数据分析简单,易于自动化分析; (5) 反应的通量要大而灵活,一天可以完成几百，甚至到上百万个样品的 检测与分析。
SNP应用前景
1、人类学研究中的应用：人类进化、不同人群、 民族之间的关系、人类的起源、人类的迁移等（例 如Y染色体SNP分型）。 2、遗传病的诊断和疾病的关联分析。 3、疾病相关基因的定位和克隆。 4、法医学中的个体识别和亲权鉴定。 5、个体化疾病预防，真正进入预防医学时代。 6、药物基因组学的应用：新药设计与发明，个体 化疾病治疗与用药。
单核苷酸多态性 （SNP）
林壹明 2011/5/9
主要内容
一、SNP概念、分类与特点 二、SNP检测技术 三、SNP研究现状 四、SNP应用前景
SNP概念
SNP(single nucleotide polymophism) 即单核苷酸 多态性，是指群体中变异频率大于1 %的单个核苷酸 改变而导致的核酸序列多态性，包括转换、颠换、缺 失和插入。但是比较常见的是转换和颠换，大约占 80%。 一般来说，一个 SNP 位点只有两种等位基因，因此 又叫双等位基因。SNP在人基因组中的发生频率比较 高，大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。
SNP检测方法汇总
TaqMan SNP基因分型技术方法：此技术是由美国Life technologies公司研发的SNP分型技术，其技术原理如下简介。
PCR 反应时，加入一对两端有不同荧光标记的特异探针来识别不同的等位基因（allele1和allele2），5’端为报告荧光基团（reporter），3’端为淬灭荧光基团(quencher)。
PCR过程中，两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。
当探针以完整形式存在时，由于能量共振转移，荧光基团只发出微弱荧光。
特异的探针与相应的等位基因杂合后，DNA聚合酶发挥5’到3’外切酶活性，把报告荧光基团切割下来，脱离了3’端淬灭荧光基团的淬灭作用(quench)，从而发出荧光。
两个探针的5’端标有不同的荧光(FAM或VIC)，3’端标有MGB 淬灭基团结合体。
根据检测到的不同荧光，可以判断相应的样本的SNP 等位基因型。
整个技术的示意图如下：应用领域：本方法适用于多个涉及到SNP分型的遗传研究领域。
尤其适合针对全基因组SNP 关联研究获得的初步阳性位点，以及全基因组测序得到的大量初筛突变位点进行进一步的大样品验证研究。
RFLP (多重荧光)SNP分型技术已知的很多SNP位点正好位于限制性内切酶的识别区域，针对这些SNP位点我们就可以使用此方法进行SNP分型。
尤其是对于大样品量的多个SNP分型来说，此方法的优势较为明显。
技术方法：RFLP技术于1980年由人类遗传学家Bostein提出。
它是第一代DNA分子标记技术。
Donis—Keller利用此技术于1987年构建成第一张人的遗传图谱。
DNA分子水平上的多态性检测技术是进行基因组研究的基础。
已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化和分类的研究。
RFLP是根据不同品种（个体）基因组的限制性内切酶的酶切位点碱基发生突变，或酶切位点之间发生了碱基的插入、缺失，导致酶切片段大小发生了变化，通过电泳将其区分。
SNP检测方法汇总
SNP检测方法汇总SNP（Single Nucleotide Polymorphism）是存在于基因组中的最小的遗传变异单位，是指基因组中单个核苷酸发生变化的现象。
SNP检测方法是针对这些变异进行分析和检测的工具或技术。
本文将对目前常用的SNP检测方法进行汇总和介绍。
1.基于PCR的SNP检测方法PCR是一种常用的DNA复制技术，在SNP检测中有多种变体，包括追踪标记PCR（TaqMan PCR）、Allele-Specific PCR（AS-PCR）、限制性片段长度多态性（RFLP）PCR等。
这些方法都利用PCR扩增目标DNA片段，并通过引入特定的引物或酶切位点来区分不同等位基因的差异。
2.基于测序的SNP检测方法测序是一种直接测定DNA序列的方法，可以通过测序检测SNP。
在基于测序的SNP检测中，有两种主要的方法：Sanger测序和大规模并行测序（Next-Generation Sequencing，NGS）。
Sanger测序是一种经典的测序方法，能够准确地确定单个核苷酸的序列，但是对于大规模SNP检测来说成本较高。
而NGS技术则可以同时测定多个样本的DNA序列，且速度和成本都更高效。
3.基于芯片的SNP检测方法芯片技术是通过固相法在芯片上固定已知的DNA片段，再与样本中的DNA进行杂交来实现SNP检测。
常用的芯片技术包括基于碱基延伸法（Primer Extension Assay）的Oligonucleotide Ligation Assay （OLA）、基于碱基延伸法的SNPstream和基于液相杂交法的GeneChip等。
这些方法在检测过程中通常采用荧光探针标记样本的SNP位点，通过荧光检测的方式进行分析和鉴定。
4.基于质谱的SNP检测方法质谱技术是通过检测质量-电荷比（m/z）来对样本中的DNA片段进行分析和检测的方法。
基于质谱的SNP检测主要采用基因分型质谱法（genotyping mass spectrometry），其中常用的方法有MALDI-TOF质谱（Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry）和Sequenom质谱。
检测单核苷酸多态性(SNP)的新方法------Invader assay.
检测单核苷酸多态性（SNP）的新方法------Invader assay 一、什么是单核苷酸多态性及其研究意义：✧SNP (single nucleotide polymorphism)：染色体DNA上某一给定位置的碱基多态性。
✧SNP是直接导致遗传病的原因之一。
镰刀型贫血症（sickle-cell anemia）：血红蛋白的β珠蛋白基因17位的A突变为T，导致Val变Glu，血红蛋白构型改变，其携氧能力大大降低，引发严重贫血。
静脉血栓（venous thrombosis）：凝血因子5（factor V）基因1691位的G突变为A，导致Arg变为Glu，封闭了抗凝血因子APC(activated Protein C)对factor V的切割位点而促使血栓形成。
✧SNP的研究意义：二、Invader assay的原理：✧Invasive complexGTTGGATCAGTTGGA CGGCATG~~~TCAGTCAACCTGCCGTACGCT~~~~✧Flap endonucleases (FENs)特点：1.特异性识别invasive complex结构，包括模板、信号探针（signal probes）和侵入探针（invader probes）。
2.切掉信号探针游离部分，且切割位点固定(N1位点)。
3.两探针必须有至少一个碱基的重叠时才会发生切割，没有重叠则不发生切割。
所以信号探针N1位置的碱基是否与模板配对决定了是否发生切割作用。
（有趣的是，侵入探针3’末端的碱基与酶的切割作用毫无关系。
）NNNNNGTCAGTTGGA CGGCATG~~~TCAGTCAACCTGCCGTACGCT~~~~✧Invader assay的基本原理1999年由Third Wave Technologies 公司研究人员发明。
A.Mut probes Mut target:B.WT probes Mut target:✧Invader assay的具体过程：三、Invader assay技术的优点：✧只有两个探针与模板完全配对后才可形成invasive complex的结构，因此其检测结果比简单杂交的准确性好。
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SNP基因多态性检测实验服务
一、服务介绍
单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)，指由于单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列的多态性。
在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象，即SNP，它包括单碱基的转换，颠换、插入及缺失等形式。
SNP 技术服务平台包括：测序分型、飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）分型、Taqman 探针分型、Multiplex SNaPshot 分型等技术平台。
【晶莱生物】
二、客户提供
1 组织、细胞、血液等
2 rs号或NCBI基因登录号（详细的SNP检测位点）
三、交付内容
实验报告：详细步骤、测序结果、基因分型结果统计等
项目说明周期
测序法SNP分型设计引物、PCR扩增、SNP
位点测序
30个工作日
飞行时间质谱设计引物、PCR扩增、上
机检测、基因型统计
30个工作日
Taqman探针SNP分型荧光定量PCR仪检测、
数据处理、基因型统计
30个工作日
Multiplex SNaPshot SNP分型设计引物、多重PCR、毛
细管电泳、数据处理、
基因型统计
30个工作日
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【平台项目开展范围】慢病毒，腺病毒，RNAi类，分子生物实验，病理实验，免疫学实验，细胞实验，动物实验，蛋白组学实验，芯片类实验，并为广大客户朋友们提供课题设计指导、基金申请指导、SCI、核心期刊等服务。