烤烟品种南江3号均一化全长cDNA文库构建
拟南芥全长cDNA研究进展

拟南芥全长cDNA研究进展【摘要】全长cdnas是基因组序列注释和基因及其产物功能分析的基础。
目前共分离了155,144个riken拟南芥全长(raf)cdna 克隆。
将得到的155,144个rafl cdnas进行了3’端表达序列标签聚类成14,668个非冗余cdna类,其中60%预测到基因。
同时已从14,034个非冗余cdna类中获得了5’ests,并构建成启动子文库。
rafl cdnas序列数据库的建立有助于启动子分析、预测出转录本单元的正确注释和基因产物的注释。
而且,全长cdnas还为表达谱分析、功能分析和植物蛋白结构分析提供了宝贵的资源。
【关键词】拟南芥;cdna拟南芥因其具有个体小,世代周期短和转化率高等特点,因此在植物研究中被广泛的作为一种模式生物。
为了将拟南芥的小基因组测序,日本、欧洲和美国的科学家共同合作完成了拟南芥基因组测序工程。
拟南芥5条染色体中的2条(2号和4号染色体,不包括核仁组织区和着丝点区)在1991年进行了测序,其余3条染色体在2000年进行了测序。
2001年5月,大约127,000个拟南芥表达序列标签(ests)被提交到est数据库(dbest)。
其中的序列来自法国,美国和日本共同合作的大范围est工程。
这些工程已从不同的组织、器官、种子和发育阶段的拟南芥中获得est数据。
然而,这些基于cdna文库的est工程中的大部分的插入片段都不是全长的。
ests有助于为表达基因提供标签,大圣无法进行基因功能的进一步研究。
因此,全基因组范围的获得表达基因的全长cdna,对于在功能基因组学领域中分析基因及其产物的表达标签和功能是十分重要的。
1.拟南芥全长cdna文库的构建目前已应用biotinylated cap trapper法建立了拟南芥的全长cdna文库。
最近,研究人员有将trehalose-ther-moactivated 反转录酶应用到cap trapper法中,构建了不同处理的拟南芥全长cdna文库。
利用SMART技术构建烟草茎全长cDNA文库

约为 12 c 随机挑取部分克隆进行 测序 , .l. b 并进行生 物信 息学分析 ,75 的序列 烟草 已有 报道 , .% 为烟草 未报道 的基 3 .% 6 5 2 因 ,58 4 .%是未知功 能的基 因 , 明所构建文 库达到了用于 目的基 因分离筛选 和新基 因克隆的建库要求 . 表
8 = 0c保存备用. 【
11 主要试剂 胶 回收试剂盒 和质粒提取试剂盒购 于博 日科技有 限公 司. r e Sr t .. 2 P m r c p 逆转录酶 , i i R ae ni t , fI,x N s I b o S E ,N P D 2 0 和 D 10 0 h ir i d T 、 L0 0 L50 分子标准等购 自大连宝生物公司( A A A , T K R ) 连
关键词 :烟草 ; ;S: A 文章编 号 :6 15 7 (0 2 0 -0 30 17 - 0 2 1 ) 10 5 -5 4
Co sr cin o b c o se I 1 e gh d) i r r t n tu t ft a c tm f l 1n t NA l a y wi S o o I. b h
k o n fn t ng n s h er ut s o a tecn t c dl r ys o db u l e r h q i m n f o iga dsre n n w c o e e.T s s h w t t h s u t b a u eq a f f e u r e t r ln e n g u i  ̄l h o r e i r hl id o t r e i e c n n c T技术 [ 的一种 以采收叶片为主的重要经济作物[ , 7 因此叶片是 主要的研究对象. ] 目前 , 对烟草茎提取物 质已有研究. 如王家隆 研究发现 , 烟草茎秆 含有极 为丰富的糖分、 白质 、 肪、 蛋 脂 无氮浸 出物等 营养物 质, 可以作为饲料 ; 岑小惜等 研究发现 , 烟草茎秆经浸渍法粗提取后含有石油醚、 乙醇、 苯、 丙酮 等成分 ,
烤烟新品种南江3号的特征特性研究

烟 叶烘烤特性等性状 上与原品种红花大金元 有明显差异 , 单株 有效叶数较 多, 叶片较 大 , 色浓绿 , 长势较 强 , 叶 生 叶片 分层 落 黄, 易烘烤; 经贵 州省烟 草科 学研 究所抗 性鉴 定和 多年 田间 自
较远 ( .5 ) 同南 江 3号农 艺 性 状 鉴定 相 符 , 传性 068 , 遗
浓 。与 对 照 K36相 比, 2 新
品种 ( ) 江 3号 的外 观 系 南
品质略优 于对 照 K3 6 。 2
熟度 多数 烟 叶为成熟 , 量 叶片 尚熟 ; 少 中部 烟叶 叶片结
收稿 日期 :0 0—1 —l 21 l 6
作者简介 : 肖丽娜 (9 4一) 女 , 17 , 贵州遵 义人 ; 农艺师 , 主要从事 品种研 究及病虫害防治工作。
构多 为疏松 , 别 叶片 尚疏松 , 部 烟 叶疏松 . 个 上 尚疏 松 ;
Su yo h rcei iso lec rdNe ait N nin o 3 td nC aatr t fFu —ue w V r y aj gN . sc e a
XI AO . a ,TAN in ,LI Li1 l Ja AO n Yo g ,ZHU .a ,YANG o we Zu f Gu - n
表 3 贵 州省 生产 试 验 主 要 农 艺 性 状 (07— 0 8年 ) 2 0 20
高、 叶数 与原 品种有 明显 差 异 , 表 1所示 : 红 花 大 如 与 金元 相 比 , 南江 3号 大 田生 育 期 短 3 0d 打 顶 株 高 高 . 、
1 . m, 效 叶 数 多 3 0片 , 围 大 0 4c 节 距 长 5 7c 有 . 茎 . m 0 7c 最 大叶 面积 大 2 4 3c . m, 7 . m 。主要 农 艺 性状 与红
铁皮石斛均一化全长cDNA文库的构建与序列分析

铁皮石斛均一化全长cDNA文库的构建与序列分析目的:为了获得药用植物铁皮石斛功能基因的信息和筛选功能基因。
方法:以SMART(switching mechanism at 5′ end of RNA transcript)方式合成全长cDNA,结合DSN(duplex-specific nuclease)均一化技术,构建铁皮石斛茎组织的均一化全长cDNA 文库。
结果:该文库重组率为93.9%,文库滴度1.3×106 cfu·mL-1,插入片段平均大小1.5 kb 左右。
随机挑取163个阳性克隆进行单侧测序,通过生物信息学分析,获得150个单一序列,其中147个序列与相应的同源蛋白匹配,GO(gene ontology)分类表明这些序列参与各种生化途径。
8个序列包含了完整编码框,可判断为全长基因。
结论:成功构建了铁皮石斛茎组织均一化全长cDNA 文库,为满足铁皮石斛代谢途径等功能基因筛选和基因信息研究奠定了基础。
标签:铁皮石斛;均一化;cDNA 文库;序列分析铁皮石斛Dendrobium officinale Kimura et Migo是兰科Orchidaceae石斛属多年生草本植物,具有独特的药用价值,为我国名贵中药材。
铁皮石斛以其茎入药,其主要药用成分是石斛多糖、石斛碱、石斛次碱及多种氨基酸及微量元素,有生津益胃、清热养阴及增强人体免疫活性等功效,主要分布于我国云南、广西、浙江、安徽、福建、四川等省区[1]。
铁皮石斛种子小无胚乳,自身繁殖力低,在自然条件下需与某些真菌共生才能萌发,加上人为的过度采挖,其自然资源濒临枯竭[2]。
近些年铁皮石斛的组织培养与栽培管理技术的突破性发展[3],使得人工栽培铁皮石斛逐渐成为一个新兴产业。
由于对天然药物需求的不断增加,解决药物资源匮乏问题一直存在,从20世纪90 年代开始,药用植物功能基因的克隆呈现发展势头[4]。
通过确定药用植物的功能基因,发展药用植物的基因工程,获取药用植物的药用成分,这些都依赖药用植物的功能基因研究开发。
烤烟品种的抗病性鉴定

HY 9 7 中烟 2 1 云 烟 2 2 C 2 8 C 33 云烟 8 -- 0 0 4 8 4 l1 7 5 9
0
5 4
0
5 5
0
5 6
O
5 6
0
5 5
O
5 3
0 5 6O Nhomakorabea5 69
6 0
次, 按调查株数 、 发病株 数 、 病级进行记载 , 计算 病指 , 以病情稳定期 的 病指作为抗性鉴定依 据。 1. . 4抗性鉴定分析 2 对各处理品种在发病 稳定期 的病指进 行抗 性鉴定分 析,按病指高 低 确定 抗性 强弱 , : 即 0~2 : 5 高抗 ,5—5 : 2 O 中感 ,O~7 : 5 5 中感 ,5— 7
1材 料 与 方 法 .
查株数 、 发病株数 、 级进行记载 , 病 计算病指 。 1 3青 枯病 、 . 2 黑胫病的抗性鉴定 利用常年发病 的烟 田的 自然病源观测 比较各烟草 品种分别对青 枯 病、 黑胫病 的抗性强弱 , 鉴定各品种对青枯病和黑胫病的抗性I 于 5月 2 ] 。 1 6月 7日对各处理小区 内的烟草进行定点发病情况调查 , 81 3、 按调查 株数 、 发病株数 、 病级进行记载。 在发病 中后期进行定点发病情况调查 ,
调 查 日期 品种 序 号 品种 名 调 查 株 数
1
5月 1 日 8 1 2 3 4 5 6 湘 一 5 7
O
7
8
9
】 O
1 】
1 2
云烟 9 K 2 南江 3 7 36 号 粤 烟 9 K K 6 7 R 2 5 6
于 5月 1 8日 、 6月 7 日、 6月 2 日对 各 处 理 小 区 内 的烟 草 病 情 各 查 一 5
一套适合烤烟3种RNA病毒的RT-PCR检测方法

2021年第2期GUANGXI PLANT PROTECTION2021,Vol.34.No.2一套适合烤烟3种RNA病毒的RT-PCR检测方法祖庆学1,李宏江2,聂忠扬1,于晓飞2,张翼飞1,李昊熙2*(1.贵州省贵阳市烟草公司开阳县分公司贵阳市550300;2.贵州大学烟草学院/贵州省烟草品质研究重点实验室贵阳市550025)摘要:烤烟是贵州省的重要经济作物,但是烟草花叶病毒(TMV)、黄瓜花叶病毒(CMV)和马铃薯Y病毒(PVY)3种RNA病毒在贵州烤烟产区造成巨大损失。
3种病毒引起的症状相似性造成了田间诊断的困难。
针对贵州烟区的样品,开发了一套包含了靶向3种病毒外壳蛋白基因特异性片段的RT-PCR检测方法。
3对引物涵盖的基因片段长度分别为:TMV-120bp,CMV-240bp,PVY-660bp,退火温度均为55˚C。
通过1次PCR反应,就可以根据扩增条带的大小判断病毒的种类,还可以检测复合侵染的样品中2种病毒与3种病毒混合DNA的种类。
该方法非常适合基层检测站点快速和高效地检测大批量烟叶样品,指导后续防控工作的开展。
关键词:烤烟;烟草花叶病毒;黄瓜花叶病毒;马铃薯Y病毒;检测中图分类号:S432.4+1文章标识码:B文章编号:1003-8779(2021)02-0027-05烤烟是贵州省的一种重要经济作物,但是烤烟生产受到多种病虫害的威胁。
烟草花叶病毒(To⁃bacco mosaic virus,TMV)、黄瓜花叶病毒(Cucum⁃ber mosaic virus,CMV)和马铃薯Y病毒(P otato vi⁃rus Y,PVY)3种正义单链核糖核酸(+ssRNA)病毒长期困扰了贵州各个主要烟区[1-4]。
病毒病不仅降低了烤烟产量,还影响了产品的质量和分级,造成了巨大的经济损失[5]。
由于植物病毒的治疗手段非常有限,抗病毒品种的选育和早期染病植株的清除是控制病毒病的主要手段[6]。
3种病毒中,CMV和PVY主要经过蚜虫等介体昆虫进行非持续性传播,而TMV则主要依靠机械摩擦传播,因此,针对性开展的阻断传播的防控手段就不尽相同。
烤烟良种良法配套技术简介(二)

交选 育而 成 的烤
烟 新 品 种 , 于
20 11 年 22 月 通过 全 国烟草 品种 审 定委员会审定 " 1. 特征特性 " 株式塔 形 , 叶片长 椭 圆形 !叶色绿 !茎 叶角 度 中等 !主脉稍 粗 ; 田间长势 强 , 整齐 度较好 , 移栽 至 现蕾需 6 0 天左右 , 分层落 黄特征 明显 " 大 田生育期 1加 一 3 0 天 , 可 采收 烟 叶 1 18一 20 片 , 着生叶比K326 少2 一 3 片 "最 大 腰叶 长 69 ~7 5 厘米 ! 宽 28 ~35 厘米 , 比 K326 稍长 ! 稍宽 " 烤后 烟叶多为金 黄 色 , 成 熟度好 !油分 多 , 总体 外观 质 量 优于 K 3 2 6 " 云烟 9 适应性较广 , 综合经 济性状优于 K32 6 和 目前主栽 品种 " 2 杭病性 "中抗黑胫病和赤星病 , 感 烟草花叶病毒病 ( TMV )和根结线虫病 , 对主要病害的综合抗性与K3 2 6 相似 " 3. 栽培技 术要 点 "需 氮 量 与 K 咒6 相近 , 氮磷 钾 比例以 l : l ( . = 2 5一 ) 为宜 " 3 注意在烟草普通花 叶病 高发 区慎 重选
烤 烟 良 种 良法 配 套 技 术 简 介
云 烟, S 云 烟 98 系 选 用 Spe ight ( 美 国
(二)
云 烟9 云 烟 99 是 云
种子公 司 )G7 0 为
母 本 , CV89 为 父
南 省烟 草农业 科 学研 究 院 ! 中 国 烟 草育 种研 究 ( 南 方 ) 中心 采用
云 烟 85 与 9 147 杂
本 , 经系 谱 选择 育 成 ,2004 年 7 月 通 过 云南 省烟 草 品种审 评 委 员会 审定 " 1. 特征 特性 " 株型塔型 , 茎围9 . 6厘米 , 平均封顶株高 9 3 厘米 ; 叶片长椭 圆形 , 有效叶 2 0 1 片, 节距 4.1 厘米 , 腰 叶长 6 2 . 6 厘米,宽2 . 9 厘米 , 叶片厚薄均匀 , 分层 落黄好 " 大 田生育期 12 8 天 , 生长整齐 !势强 " 原烟 外观品质较 好 , 烟 叶香气质较好 , 香气 量较足 " . 杭病性 "抗黑胫病 , 低抗赤星病 , 2 中抗根结线虫病 , 感烟草花叶病毒 " 3. 栽培技 术要 点 "云 烟 9 8 综合 性 状优 良 , 具广泛的适应性 , 适 宜在云 南 ! 贵州 !四川等地推 广种 植 " 适宜 中 等肥力地块 , 一般亩施纯 氮7一 8千克 , 氮磷钾 比例 为 1: . 5一 0 l: . 5一 2 3 " 留叶数 18一 1 片 " 叶片较耐成熟 , 中部 叶成熟 2 采收 , 上部叶 充分成熟采 收 , 上部 4 一 6 片叶充分成熟后 , 可一次性采收烘烤 " 4 . 烘烤技 术要 .氛 "可 采用 三段 式 烘烤工艺 , 一次性采收烘 烤 " 其下部叶 片大小 适 中 , 叶片较薄 , 含水 量较 高 , 在烘烤过程 中变黄快 !定色慢 ; 中部叶 片厚薄适 中 , 烘烤特性 好 ; 上部叶 片较 厚 , 含水量较少 , 烘烤时容易干燥 " 烘烤方法参考云烟9 7 "
烤烟新品种南江3号需水特征分析

农艺学现代农业科技2014年第12期摘要分析南江3号需水特性,结果表明:烤烟田间烟株间蒸发量为前期大于后期,蒸腾差异主要表现在对照烟田伸根期蒸腾值大,团棵以后直到采收完毕蒸腾值均小于控水处理。
经测定,伸根期的蒸腾小于蒸发速率,a<0.5,团棵以后a 值在0.75左右,成熟后期a 值在0.5左右。
烤烟在适宜水分状态下的需水量为502.53mm ,伸根期需水量为87.85mm 、旺长期需水量为232.14mm 、成熟前期需水量为123.99mm 、成熟后期需水量为58.55mm 。
整个烤烟生育期内,伸根期和成熟后期需水与降雨较为吻合,中间2个时期吻合程度较差,尤其以旺长期突出。
关键词烤烟品种;南江3号;需水特征中图分类号S572文献标识码A 文章编号1007-5739(2014)12-0022-03Analysis of Water Requirement Characteristic of New Flue-cured Tobacco Variety Nanjiang 3DIAO Chao-qiang 1QIAN Xiao-gang 2HUANG Ning 1ZHOU Jian-yun 1(1Guiyang Branch of Tobacco Company in Guizhou Province ,Guiyang Guizhou 550001;2Guizhou University )Abstract The water requirement characteristic of Nanjiang 3was studied ,the results showed that field evaporation of flue-cured tobacco in early period was more than that in late period.The transpiration difference main showed the evapotraspiration of CK :in root enlongate stage was more ,its evapotraspiration after rosette stage was less than the treatment of water controlling.According to the determination ,evapotraspiration of root enlongate stage was less than evaporation rates ,a<0.5,a value was about 0.75after rosette ,a value was about 0.5in the mature stage.The water requirement of flue -cured tobacco in appropriate water moisture condition was 502.53mm ,the water requirement in root extending stage ,fast growing period ,prematuration period and late maturation period was 87.85mm ,232.14mm ,123.99mm ,58.55mm ,respectively.During the whole growing period of flue-cured tobacco ,in root extending stage and mature stage ,water requirement and rainfall was consistent ,the middle two periods coincide with the extent of poor ,especially in the prosperous long-term outstanding.Key words flue-cured tobacco varieties ;Nanjiang 3;water requirement characteristic烤烟新品种南江3号需水特征分析刁朝强1钱晓刚2黄宁1周建云1(1贵州省烟草公司贵阳市公司,贵州贵阳550001;2贵州大学)烤烟生长季内的降雨总量比较充足,从量上来说基本可以满足烤烟生长发育所需的水分,但是存在与烤烟各个时期需水不吻合的时空分布不均制约烤烟生产的问题[1-2]。
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2011年21(2)生物技术45
烤烟品种南江3号均一化全长cDNA文库构建
蔡刘体,胡重怡,张永眷,韩晓红
(贵州省烟草科学研究所,贵州贵阳550018)
摘要:目的:为了获得功能基因的信息,构建烤烟品种南江3号的均一化eDNA文库。
方法:用RNensyPlantMiniKit提取烤烟南江3号叶片和花的RNA,用反转录酶逆转录合成第一链eDNA。
以LD—PCR扩增获得的双链eDNA为模板,采用基于双链特异性核酸酶(Duplex—SpecificNuclease,DSN)的均一化eDNA文库技术,构建南江3号盛花期的均一化eDNA文库。
结果:构建了南江3号盛花期的均一化eDNA文库,文库重组率大为97.47%,库容量约为1.26×106,插入片段平均长度大于1.2kb。
从文库中随机48个克隆进行PCR检测,挑取20个克隆进行测序,序列通过BLAST比对结果显示文库可能包含大量基因和ESTs序列。
结论:该文库为研究南江3号的基因功能和资源提供材料来源。
关键词:烤烟;基因;均一化;cDNA文库;表达序列标签
中图分类号:¥572.032文献标识码:Adoi:10.3969/j.issn.1004—3lIX.2011.02.045
ConstructionNormalizedFull——lengthcDNAlibraryofFlue—.cured
TobaccoVarietyofNanjiang—-3
CAILiu—ti,HUZhong—yi,ZHANGYong—chun,HANXiao—hong
(GuizhouTobaccoResearchInstitute,Guiyang550018。
China)
Abstract:Objective:InordertOobtaininformationoffunctionalgenes。
anormalizedeDNAlibrayfromFlue—cnredtobaccovarietyofN鲫jiang一3(Nicotianatobacumcv.Nanjiang一3)Wagconstructed.Method:RNAWfl¥extractedfromlea、ri铭andflowersofNanjiang一3accordingtORNeasyPlantMiniKitmanipulation.thefirstcDNAw豳synthesizedbyIt'evelp∞transcriptase.DoubleeDNAobtianedthroughlong—distancepCR(LD—pCR)amplificationmethod髓template,thenormalizedeDNAlibraryofNanjiang一3w鹅constructedbytheSMARTtechnologywhichbasedonthedoublestrandspecificnuclease(Duplex—SpecificNuclease,DSN).Result:Thenormal-izedeDNAlibrary哪constructed,whichcontained1.26×106independentclones,itsrecombinationratiowas97.47%,averageinsertionsizeWaSabove1.2kb.Randomselected48clonesweretestedbyPCR。
then20positivecloneswemseqnencedandBLAST。
theresultsshowedthatmanygenesandexpressionsequencetags(EsTB)werecontainedintheeDNAp001.Conclusion:Basismaterialinformationofresearchforgenetici'eso蝴andgenefunctionofNanjiang-3wereprovidedbythecDNAlibrary.
Keywords:Flue—c删tobacco;gene;normalization;eDNAlibrary;expressedsequencetag
0引言
烤烟新品种南江3号(审定号)是从烤烟栽培品种红花大金元品种中通过系统选择培育获得的,它具有适应性强,易烘烤,中抗赤星病和青枯病等优良农艺性状;而且烟叶外观品质好,烟碱含量适中。
化学成分协调,其主要经济性状与K326比较,产量提高15.71%.产值增加33.93%,符合中式卷烟发展对原料的需求,具有生产应用价值。
也可以作为优异种质在烟草育种中研究和利用…。
均一化eDNA文库技术可以克服基因转录水平上巨大差异给文库筛选和分析带来的障碍,增加克隆低丰度mRNA的机会,有利于研究基因的表达和序列分析。
因此,基于均一化文库技术构建全长cDNA文库被广泛应用,如在植物中构建的水稻全生育期均一化eDNA文库悼】,棉花腺体形成时期的cD-NA文库【3】。
玉米杂交种雌穗均一化eDNA文库H1;亚洲棉全生育期均一化全长eDNA文库”’;玉米MOl7的均一化文
收稿日期:2010—10—26:修回日期:2011—03一03
资助项目:贵州省烟草专卖局项目(“烟草病圃微生物多样性分析及烟草抗病性基因研究”,黔烟科2009—015);国家烟草专卖局项目(“烟草eDNA文库构建及重要基因表达谱研究”,l10200701021)资助
作者简介:蔡刘体(1974一),男,博士,助理研究员,研究方向:烟草发育分子生物学,Email:cailiutiOl@163m,Tel:0851—41i7089。
Fax:0851—41169呻库№J。
烤烟新品种南江3号的基因资源文库资源未见报道,为挖掘其基因信息和保存基因资源,本文采用均一化文库技术构建烤烟新品种南江3号盛花期的均一化eDNA文库。
l材料与方法
1.1材料
1.1.I植物材料
烟草品种南江3号(Nicotiana脚蝴CV.Nanjiang3),取南江3号盛花期的幼叶和花蕾,液氮速冻,-80。
C保存备用。
1.1.2试剂1RNA提取试剂盒RNeasyPlantMiniKit和文库构建试剂盒SMARTeDNALibraryConstructionKit为QIANGEN公司产品;DNA纯化回收试剂盒为大连TaKaRa宝生物公司产品;反转录酶、DNaseI、DL2000和蛋白酶K等试剂为上海生物有限公司产品。
1.2方法
1.2.1RNA提取纯化
南江3号叶片和花蕾的总RNA的提取按照RNeasyPlantMiniKit说明书操作,通过DNaseI消除DNA纯化回收后,用琼脂糖凝胶电泳和紫外分析检测。
1.2.2均一化eDNA文库构建
文库构建按照SMARTeDNALibraryConstructionKit说明。