生物信息学填空题(个人整理)
1、BLAST教案所程序中，哪个方法是不存在的？（D）
A：BLASTP B：BLASTN C：BLASTX D:BLASTQ
2、下列哪个软件不是常用来观察蛋白质结构视图的？（D）
A：AVS B：Chimera C:MICE D:HMM
3、下列哪个不是点突变的类型?(A)
A:染色体畸变 B：错义突变 C：无义突变 D：移码突变
4、基因突变的效应不包括：（C）
A：有利突变 B：中性突变 C：移码突变D：遗传多态现象
5、人类基因组的结构特点不包括：（A）
A：基因进化 B：基因数目 C：基因重复序列 D：基因组复制
6、世界上三大数据库不包括：（B）
A:NCBI B:BLAST C:UCSC D:Ensembl
7、常用序列比对方法错误的是：（C）
A：编辑距离 B：点阵描图 C：局部比对 D：记分模式
8、下列哪个不是蛋白质结构模型？（D）
A：同源性模型 B：折叠识别 C：ab initio折叠 D： MoLScript结构9、下列哪个选项不是微阵列实验设计的内容？（A）
A：贝叶斯网络法 B：对照组的选择 C：重复样本的使用 D：随机化原则10、构建序列进化树的一般步骤不包括：（A）
A：建立DNA文库 B：建立数据模型 C：建立取代模型 D：建立进化树
11、下列中属于一级蛋白质结构数据库的是：（C）
A. EMBL
B. DDBJ
C. PDB
D.SWISS-PROT
12．蛋白质结构预测分为：（B）
A．一级和三级结构预测 B. 二级和空间结构预测
C. 三级和空间结构预测
D. 二级和三级结构预测
13．数据挖掘的四个步骤不包括下列哪个：（C）
A. 数据选择
B. 数据转换
C. 数据记录
D. 结果分析
14．下列哪项不是生物学研究必备的工具：（A）
A.数据分析Ｂ．数据统计Ｃ．因素分析Ｄ．多元回归分析
15.Linux中rmdir 命令的功能是：（D）
A．改变工作目录 B.删除工作目录
C. 创建目录
D.删除空目录
16．BLAST教案所程序中，哪个方法是不存在的？（D）
A：BLASTP B：BLASTN C：BLASTX D:BLASTQ
17．下列哪个不是蛋白质结构模型？（D）
A：同源性模型 B：折叠识别 C：ab initio折叠 D： MoLScript结构18．人类基因组的结构特点不包括：（A）
A：基因进化 B：基因数目 C：基因重复序列 D：基因组复制
19、下列哪个选项不是微阵列实验设计的内容？（A）
A：贝叶斯网络法 B：对照组的选择 C：重复样本的使用 D：随机化原则20、构建序列进化树的一般步骤不包括：（A）
A：建立DNA文库 B：建立数据模型 C：建立取代模型 D：建立进化树三、填空题
1、数据格式的建立、数据的准确性和质量控制、方便的数据搜寻方式以及数据的及时更新是数据库建立和维护中的重要问题。
2、按碱基配对原则将DNA分子的遗传信息拷贝到mRNA分子中，称为转录。
3、线粒体基因组含有细胞核基因组之外的遗传信息，有其独特的遗传特点表现为:mtDNA具有半自主性、线粒体基因组所用的遗传密码与核基因的通用密码有所不同、mtDNA呈母系遗传、mtDNA具有异质性与均质性、mtDNA具有阀值效应、mtDNA的进化率极高。
4、分子生物学数据库中的信息可以是DNA序列，保守的DNA结构域、基因组、基因表达、蛋白质序列、蛋白质家族、基因突变、基因多态性和代谢途径。
5、BLAST是一种快速序列比较工具，采用启发式方法根据优化的局部相似性构建比对关系。
6．药物基因组学中的三大技术平台：SNP分型，基因表达芯片和生物信息学7．数据格式的建立、数据的准确性和质量控制、方便的数据搜寻方式以及数据的及时更新是数据库建立和维护中的重要问题。
8．蛋白质的折叠预测方法：同源性模型，折叠识别和从头开始折叠
9．生物膜的特性：流动性和不对称性
10．分子生物学数据库中的信息可以是DNA序列，保守的DNA结构域、基因组、基因表达、蛋白质序列、蛋白质家族、基因突变、基因多态性和代谢途径。
1. 常用的三种序列格式：NBRF/PIR,FASTA和GDE
2. 初级序列数据库：GenBank，EMBL和DDBJ
3. 蛋白质序列数据库：SWISS-PROT和TrEMBL
4. 提供蛋白质功能注释信息的数据库：KEGG（京都基因和基因组百科全书）和PIR（蛋白
质信息资源）
5. 目前由NCBI维护的大型文献资源是PubMed
6. 数据库常用的数据检索工具：Entrez，SRS，DBGET
7. 常用的序列搜索方法：FASTA和BLAST
8. 高分值局部联配的BLAST参数是HSPs（高分值片段对），E（期望值）
9. 多序列联配的常用软件：Clustal
10. 蛋白质结构域家族的数据库有：Pfam，SMART
11. 系统发育学的研究方法有：表现型分类法，遗传分类法和进化分类法
12. 系统发育树的构建方法：距离矩阵法，最大简约法和最大似然法
13. 常用系统发育分析软件：PHYLIP
14. 检测系统发育树可靠性的技术：bootstrapping和Jack-knifing
15. 原核生物和真核生物基因组中的注释所涉及的问题是不同的
16.检测原核生物ORF的程序：NCBI ORF finder
17. 测试基因预测程序正确预测基因的能力的项目是GASP（基因预测评估项目）
18. 二级结构的三种状态：α螺旋，β折叠和β转角
19. 用于蛋白质二级结构预测的基本神经网络模型为三层的前馈网络，包括输入层，隐含层
和输出层
20. 通过比较建模预测蛋白质结构的软件有SWISS-PDBVIEWER（SWISS—MODEL网站）
21. 蛋白质质谱数据搜索工具：SEQUEST
22. 分子途径最广泛数据库：KEGG
23.聚类分析方法，分为有监督学习方法，无监督学习方法
24. 质谱的两个数据库搜索工具：SEQEST和Lutkefish
二填空题
1生物信息学的发展大致经历了3个阶段，分别为（前基因组时代）（基因组时代）和（后基因组时代）p2
2后基因组时代的标志性工作是（基因组分析）（蛋白质组分析）以及（各种数据的比较和整合）p3
3前基因组时代的标志性工作是（生物数据库的建立）（检索工具的开发）以及（DNA和蛋白质的序列分析）p2
4基因组时代的标志性工作是（基因寻找和识别）（网络数据库系统的建立）以及（交互界面的开发）p2
5遗传图谱的图距单位是（厘摩）代表（1%）的交换值，物理图谱的图距以（物理长度）为单位p155-156 如果两个遗传标记之间的重组率是1%，则他们之间的遗传距离就是（1cM）
6 人类基因组中大小约（3×109）对核苷酸，含（30000）个基因，人类基因组中编码DNA的序列占（10%），junkDNA占（）p151
7 人类基因组计划的目标是完成四张图，分别是（遗传图谱）（物理图谱）（序列图谱）和（基因图谱）
8 HGP由（六）个国家完成，我国完成了HGP的（1%，即３号染色体上３０００万个碱基）的测序工作。
9蛋白质组分析的关键技术主要有（双向凝胶电泳）和（蛋白质鉴定方法）p183 10国际著名的三大公共核苷酸数据库为（GenBank）（DDBJ）（EMBL）p56
11 Genebank由（NCBI）管理运行，（BLAST）是一种快速检索相似性序列的工具，（Entrez）是一个整合的数据查询系统p56
12最常用的序列相似性查询工具是（BLAST）和（FASTA），两个系统的服务分别由（NCBI）和（EBI）维护p73
13 BLAST系列程序有（序列对位排列）（序列同源性）（相似性记分）和（全局排列）p73
14 NCBI中主要的数据库有（DDBJ ）（EMBL）和（GenBank）？
15基因组浏览的数据库主要有（）和（）？
16蛋白质序列数据库主要有（PIR）和（SWISS-PROT）等，蛋白质结构数据库主要有（PDB）
17生物信息数据库分为（核酸和蛋白质一级结构数据库）（基因组数据库）和（生物大分子三维空间结构数据库）
18生物分子数据库专集每年均在（Nucleic Acids Research）杂志的第一期看出p52
19生物信息学数据常见的数据格式主要有（FASTA）（GenBank）和（SwissProt）等
20生物信息学数据库之间的联系方式有（相似性）和（硬链接）
21真核生物基因内含子一般以（GT）两个基因开始，以（AG）两个基因结束22生物信息学识别基因两种途径为（基因组外显子识别）和（EST策略的基因鉴定）
23人类基因组计划具体任务是建立四张图谱，分别为（遗传图谱）（物理图谱）（序列图谱）和（基因图谱）
24建立人类遗传图谱的关键是要有足够的高度多肽的遗传标记。第一代遗传标
记为（RFLP），第二代遗传标记为（STR），第三代遗传标记为（SNP）。
25大规模基因组测序的基本策略主要有（逐个克隆法）和（全基因组鸟枪法）26距离矩阵法主要有（UPGMA）和（邻接法）
27基因诊断常用技术方法有（核酸分子杂交技术）（PCR技术）和（生物芯片）（基因测序）
28基因治疗的总体策略主要有（基因矫正）（基因置换）（基因增补）（基因失活）29序列比对相似性分支主要取决（取代矩阵）（空位罚分）
30构建系统树的三种主要方法是（距离矩阵法）（最大简约法）（最大似然法）31构建系统树的常用软件（PHYLIP）（TREE-PUZZLE）（MEGA）（PAUP）(课件上还有PAML和TreeView）
生物信息学复习题及答案
生物信息学复习题 名词解释 1. Homology (同源):来源于共同祖先的序列相似的序列及同源序列。序列相似序列并不一定是同源序列。 （直系同源）：指由于物种形成的特殊事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，它们具有相似的功能。 （旁系（并系）同源）：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因复制产生的一组基因，这些基因在功能上的可能发生了改变。基因复制事件是促进新基因进化的重要推动力。 (异同源)：通过横向转移，来源于共生或病毒侵染而产生的相似的序列，为异同源。 Score：The sum of the number of identical matches and conservative (high scoring) substitutions in a sequence alignment divided by the total number of aligned sequence characters. Gap总是不计入总数中。 6.点矩阵（dot matrix）：构建一个二维矩阵，其X轴是一条序列，Y轴是另一个序列，然后在2个序列相同碱基的对应位置（x，y）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连成直线。 7. E值：得分大于等于某个分值S的不同的比对的数目在随机的数据库搜索中发生的可能性。衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列（query）相匹配的随机或无关序列的概率，E值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意义，E值越接近零，越不可能找到其他匹配序列。 值：得分为所要求的分值比对或更好的比对随机发生的概率。它是将观测得到的比对得分S，与同样长度和组成的随机序列作为查询序列进行数据库搜索进行比较得到的HSP（高分片段对）得分的期望分布联系起来计算的。通常使用低于来定义统计的显著性。P=1-e-E 9.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法,是序列相似性分析的基础，其不同的选择将会出现不同的分析结果。 10．空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。 ：美国国家生物技术信息学中心，属于美国国立医学图书馆的一部分，具有BLAST, Entrez ,GenBank等工具，还具有PubMed文献数据库。另外还具有Genome, dbEST, dbGSS , dbSTS, MMDB, OMIM, UniGene, Taxonomy, RefSeq, etc. 序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有大于号（>）开始的核苷酸或者氨基酸序列的新文件，其中大于号后可以跟上序列的相关信息，其他无特殊要求。 13genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释，主要包含生物功能或数据库信息；第三部分是feature，对序列的注释；第四部分是序列本身，以“统发生树（Phylogenetic tree ）是研究生物进化和系统发育过程中的一种用树状分支图来概括各种生物之间亲缘关系，是一种亲缘分支分类方法。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。是用来研究物种进化与多样性的基础，是相近物种相关生物学数据的来源。17.基因树与物种树：物种树反映一组物种进化历程的系统树，其中每一个内部节点就代表一个物种形成的过程，而基因树则是代表来源于不同物种的单个同源基因的差异构建的系统树，而其内部的一个节点则代表一个祖先基因分化为两个新的独特的基因序列的事件。基因
诊断学练习题及答案
《诊断学》复习题 一、单项选择题 1.属于诱导性提问的是（ D 。 A.您感觉哪儿不舒服 B.多在什么情况下发病 C.您起病有什么原因 D.您上腹痛时向右肩放射吗 2.疟疾的发热多见于（ C ）。 A.波状热 B.弛张热 C.间歇热 D.回归热 3.咯痰量多、痰液出现分层现象，应首先考虑（ D ）。 A.咽喉炎 B.肺癌 C.肺水肿 D.支气管扩张 4.目前，我国肺部疾病出现咯血最常见于（ C ）。 A.肺炎 B.肺脓肿 C.肺结核 D.肺梗死 5.呕吐呈喷射状，应首先考虑（ A ）。 A.颅内高压 B.偏头痛 C.尿毒症 D.胃神经官能症 6.意识障碍伴双侧瞳孔针尖样缩小，应首先考虑（ C ）。 A.酒精中毒 B.低血糖状态 C.有机磷中毒 D.脑炎 7.下列关于正常人体温的波动，正确的是（ C ）。 A.正常人在24小时内体温的波动范围达1-2℃ B.早晨略低，中午较高，下午较低 C.运动或进食后体温不受影响 D.妇女在月经前或妊娠期体温略高 8.脉压减小的病因有（ A ）。 A.主动脉瓣狭窄 B.动脉导管未闭 C.严重贫血 D.老年
主动脉硬化 9.某肾病患者，长期服用肾上腺皮质激素治疗，该患者面圆色红，伴痤疮。该患者属（ B ）。 A.肾病面容 B.满月面容 C.急性病容 D.肢端肥大症面容 10.食管癌转移，常出现（ A ）。 A.左锁骨上窝淋巴结肿大 B.右锁骨上窝淋巴结肿大 C.腋窝淋巴结肿大 D.颈部淋巴结肿大 11.小儿肋骨与肋软骨交接处增厚隆起呈串珠状，常因（ D ）。 A.原发性肺结核 B.骨质增生 C.肋软骨炎 D.佝偻病 12.弥漫性肺间质纤维化常表现出（ C ）。 A.呼气性呼吸困难 B.吸气性呼吸困难 C.混合性呼吸困难 D.中枢性呼吸困难 13.肾结石、肾绞痛患者，腹痛症状发作时多采取（ D ）。 A.强迫蹲位 B 强迫俯卧位 C 辗转体位 D 强迫坐位 14.患者右侧锁骨上窝可触及一种大淋巴结，质硬，无压痛，活动度差，重点应考虑的疾病是（ A ）。 A.肺癌 B.乳腺癌 C.鼻咽癌 D.肝癌 15.小儿囟门闭合过早可形成（ A ）。 A.小颅 B.方颅 C.巨颅 D.前囟隆起 16.某老年男性，胸部体检示胸廓前后径明显增宽，肋间隙饱满，腹上角增大。此胸廓形态为（ C ）。
生物信息学期末考试重点
第一讲 生物信息学（Bioinformatics）是20世纪80年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新型交叉学科，它体现了生物学、计算机科学、数学、物理学等学科间的渗透与融合。 生物信息学通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析，达到揭示数据所蕴含的生物学意义从而解读生命活动规律的目的。 生物信息学不仅是一门学科，更是一种重要的研究开发平台与工具，是今后进行几乎所有生命科学研究的推手。 生物技术与生物信息学的区别及联系 生物信息学的发展历史 ?人类基因组计划（HGP） ?人类基因组计划由美国科学家于1985年提出，1990年启动。根据该计划，在2015年要把人体约4万个基因的密码全部揭开，同时绘制出人类基因的谱图，也就是说，要揭开组成人体4万个基因的30亿个碱基对的秘密。HGP与曼哈顿原子弹计划和阿波罗计划并称为三大科学计划，被誉为生命科学的登月计划。(百度百科) 随着基因组计划的不断发展，海量的生物学数据必须通过生物信息学的手段进行收集、分析和整理后，才能成为有用的信息和知识。换句话说，人类基因组计划为生物信息学提供了兴盛的契机。上文所说的基因、碱基对、遗传密码子等术语都是生物信息学需要着重研究的地方。 ：
】 第二讲回顾细胞结构 细胞是所有生命形式结构和功能的基本单位 细胞组成 细胞膜主要由脂类和蛋白质组成的环绕在细胞表面的双层膜结构 细胞质细胞膜与细胞核之间的区域：包含液体流质，夹杂物存储的营养、分泌物、天然色素和细胞器 细胞器细胞内完成特定功能的结构：线粒体、核糖体、高尔基体、溶酶体等 细胞核最大的细胞器 DNA的结构 碱基（腺嘌呤A、鸟嘌呤G、胞嘧啶C、胸腺嘧啶G） 。 核苷酸 核苷酸是构成DNA分子的重要模块。每个核苷酸分子由一分子称作脱氧核糖的戊 糖（五碳糖）、一分子磷酸和一分子碱基构成。每种核苷酸都有一个碱基对，也就 是A、T、C、G 基因是什么 基因是遗传物质的基本单位 基因就是核苷酸序列。 大部分的基因大约是1000-4000个核苷酸那么长。 基因通过控制蛋白质的合成，从微观和宏观上影响细胞、组织和器官的产生。 基因在染色体上。
生物信息学题库
■一、选择题: 1.以下哪一个是mRNA条目序列号： A. J01536■. NM_15392 C. NP_52280 D. AAB134506 2.确定某个基因在哪些组织中表达的最直接获取相关信息方式是：■. Unigene B. Entrez C. LocusLink D. PCR 3.一个基因可能对应两个Unigene簇吗？■可能 B. 不可能 4.下面哪种数据库源于mRNA信息：■dbEST B. PDB C. OMIM D. HTGS 5.下面哪个数据库面向人类疾病构建： A. EST B. PDB ■. OMIM D. HTGS 6.Refseq和GenBank有什么区别： A. Refseq包括了全世界各个实验室和测序项目提交的DNA序列B. GenBank提供的是非冗余序列 ■. Refseq源于GenBank，提供非冗余序列信息D. GenBank源于Refseq 7.如果你需要查询文献信息，下列哪个数据库是你最佳选择： A. OMIM B. Entrez ■PubMed D. PROSITE 8.比较从Entrez和ExPASy中提取有关蛋白质序列信息的方法，下列哪种说法正确：A. 因为GenBank的数据比EMBL更多，Entrez给出的搜索结果将更多B. 搜索结果很可能 一样，因为GenBank和EMBL的序列数据实际一样■搜索结果应该相当，但是ExPASy中的SwissProt记录的输出格式不同 9.天冬酰胺、色氨酸和酪氨酸的单字母代码分别对应于：■N/W/Y B. Q/W/Y C. F/W/Y D. Q/N/W 10.直系同源定义为：■不同物种中具有共同祖先的同源序列B. 具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源序列 C. 同一物种中由基因复制产生的同源序列 D. 同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列 11.下列那个氨基酸最不容易突变： A. 丙氨酸B. 谷氨酰胺 C. 甲硫氨酸■半胱氨酸 12.PAM250矩阵定义的进化距离为两同源序列在给定的时间有多少百分比的氨基酸发生改变： A. 1% B. 20%■. 80% D. 250% 13.下列哪个句子最好的描述了两个序列全局比对和局部比对的不同：A. 全局比对通常用于比对DNA序列，而局部比对通常用于比对蛋白质序列B. 全局比对允许间隙，而局 部比对不允许C. 全局比对寻找全局最大化，而局部比对寻找局部最大化■全局比对比对整体序列，而局部比对寻找最佳匹配子序列 14.假设你有两条远源相关蛋白质序列。为了比较它们，最好使用下列哪个BLOSUM和PAM矩阵：■BLOSUM45和PAM250 B. BLOSUM45和PAM 1 C. BLOSUM80和PAM250 D. BLOSUM10和PAM1 15.与PAM打分矩阵比较，BLOSUM打分矩阵的最大区别是：A. 最好用于比对相关性高的蛋白B. 它是基于近相关蛋白的全局多序列比对 ■它是基于远相关蛋白的局部多序列比对D. 它结合了全局比对和局部比对 16.如果有一段DNA序列，它可能编码多少种蛋白质序列： A. 1 B. 2 C. 3 ■. 6 17.要在数据库查询一段与某DNA序列编码蛋白质最相似的序列，应选择： A. blastn B. blastp C. tblastn D. tblastp■blastx 18.为什么ClustalW（一个采用了Feng-Doolittle渐进比对算法的程序）不报告E值：A. ClustalW报告E值■使用了全局比对 C. 使用了局部比对 D. 因为是多序列比对 19.Feng-Doolittle方法提出“一旦是空隙，永远是空隙”规则的依据是：A. 保证空隙不会引物序列加入而填充B. 假定进化早期分歧的序列有较高优先级别■假定最近序列空隙应 该保留 D. 假定最远序列空隙应该保留 20.根据分子钟假说：A. 所有蛋白质都保持一个相同的恒定进化速率 B. 所有蛋白质的进化速率都与化石记录相符合C. 对于每一个给定的蛋白质，分子进化的速率是逐 渐减慢的，就如同不准时的钟■对于每一个给定的蛋白质，其分子进化的速率在所有的进化分支上大致是恒定 21.系统发生树的两个特征是： A. 进化分支和进化节点■树的拓扑结构和分支长度C. 进化分支和树根D. 序列比对和引导检测方法 22.下列哪一个是基于字母特征的系统发生分析的算法：A. 邻位连接法（NJ法）B. Kimura算法■最大似然法（ML）D. 非加权平均法（UPGMA） 23.基于字母特征和基于距离的系统发生分析的算法的基本差异是：■基于字母特征的算法没有定义分支序列的中间数据矩阵 B. 基于字母特征的算法可应用于DNA或者蛋白质序列，而基于距离仅能用于DNA C. 基于字母特征的算法无法运用简约算法 D. 基于字母特征的算法的进化分支与进化时间无关 24.一个操作分类单元（OTU）可指：A. 多序列比对■蛋白质序列C. 进化分支D. 进化节点 25.构建进化树最直接的错误来源是：■多序列比对错误B. 采样的算法差异C. 假设进化分支是单一起源D. 尝试推测基因的进化关系 26.第一个被完整测定的基因组序列是：A. 啤酒酵母的3号染色体B. 流感病毒■ФX174 D. 人类基因组 27.普通的真核生物线粒体基因组编码大约多少个蛋白质：■10 B. 100 C. 1000 D. 10000 28.根据基因组序列预测蛋白质编码基因的算法的最大问题是：A. 软件太难使用■. 假阳性率太高，许多不是外显子的序列部分被错误指定C. 假阳性率太高，许 多不是外显子功能未知 D. 假阴性率太高，丢失太多外显子位点 29.HIV病毒亚型的系统演化研究可以：A. 证实HIV病毒是由牛病毒演化而来■. 用于指导开发针对保守蛋白的疫苗C. 证实哪些人类组织最容易遭受病毒侵染 30.一个典型的细菌基因组大小约为多少bp：A. 20000■. 200000 C. 2000000 D. 20000000
生物信息学题库说课材料
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■一、选择题: 1.以下哪一个是mRNA条目序列号： A. J01536■. NM_15392 C. NP_52280 D. AAB134506 2.确定某个基因在哪些组织中表达的最直接获取相关信息方式是：■. Unigene B. Entrez C. LocusLink D. PCR 3.一个基因可能对应两个Unigene簇吗？■可能 B. 不可能 4.下面哪种数据库源于mRNA信息：■ dbEST B. PDB C. OMIM D. HTGS 5.下面哪个数据库面向人类疾病构建： A. EST B. PDB ■. OMIM D. HTGS 6.Refseq和GenBank有什么区别： A. Refseq包括了全世界各个实验室和测序项目提交的DNA序列B. GenBank提供的是非冗余序列 ■. Refseq源于GenBank，提供非冗余序列信息D. GenBank源于Refseq 7.如果你需要查询文献信息，下列哪个数据库是你最佳选择： A. OMIM B. Entrez ■ PubMed D. PROSITE 8.比较从Entrez和ExPASy中提取有关蛋白质序列信息的方法，下列哪种说法正确：A. 因为GenBank的数据比EMBL更多，Entrez给出的搜索结果将更多B. 搜索结果很可 能一样，因为GenBank和EMBL的序列数据实际一样■搜索结果应该相当，但是ExPASy中的SwissProt记录的输出格式不同 9.天冬酰胺、色氨酸和酪氨酸的单字母代码分别对应于：■ N/W/Y B. Q/W/Y C. F/W/Y D. Q/N/W 10.直系同源定义为：■不同物种中具有共同祖先的同源序列B. 具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源序列 C. 同一物种中由基因复制产生的同源序列 D. 同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列 11.下列那个氨基酸最不容易突变： A. 丙氨酸 B. 谷氨酰胺 C. 甲硫氨酸■半胱氨酸 12.PAM250矩阵定义的进化距离为两同源序列在给定的时间有多少百分比的氨基酸发生改变： A. 1% B. 20%■. 80% D. 250% 13.下列哪个句子最好的描述了两个序列全局比对和局部比对的不同：A. 全局比对通常用于比对DNA序列，而局部比对通常用于比对蛋白质序列B. 全局比对允许间隙，而 局部比对不允许C. 全局比对寻找全局最大化，而局部比对寻找局部最大化■全局比对比对整体序列，而局部比对寻找最佳匹配子序列 14.假设你有两条远源相关蛋白质序列。为了比较它们，最好使用下列哪个BLOSUM和PAM矩阵：■ BLOSUM45和PAM250 B. BLOSUM45和PAM 1 C. BLOSUM80和PAM250 D. BLOSUM10和PAM1 15.与PAM打分矩阵比较，BLOSUM打分矩阵的最大区别是：A. 最好用于比对相关性高的蛋白B. 它是基于近相关蛋白的全局多序列比对 ■它是基于远相关蛋白的局部多序列比对D. 它结合了全局比对和局部比对 16.如果有一段DNA序列，它可能编码多少种蛋白质序列： A. 1 B. 2 C. 3 ■. 6 17.要在数据库查询一段与某DNA序列编码蛋白质最相似的序列，应选择： A. blastn B. blastp C. tblastn D. tblastp■ blastx 18.为什么ClustalW（一个采用了Feng-Doolittle渐进比对算法的程序）不报告E值：A. ClustalW报告E值■使用了全局比对 C. 使用 了局部比对 D. 因为是多序列比对 19.Feng-Doolittle方法提出“一旦是空隙，永远是空隙”规则的依据是：A. 保证空隙不会引物序列加入而填充B. 假定进化早期分歧的序列有较高优先级别■假定最近序列空 隙应该保留 D. 假定最远序列空隙应该保留 20.根据分子钟假说： A. 所有蛋白质都保持一个相同的恒定进化速率 B. 所有蛋白质的进化速率都与化石记录相符合C. 对于每一个给定的蛋白质，分子进化的速率是逐渐 减慢的，就如同不准时的钟■对于每一个给定的蛋白质，其分子进化的速率在所有的进化分支上大致是恒定 21.系统发生树的两个特征是： A. 进化分支和进化节点■树的拓扑结构和分支长度C. 进化分支和树根D. 序列比对和引导检测方法 22.下列哪一个是基于字母特征的系统发生分析的算法： A. 邻位连接法（NJ法）B. Kimura算法■最大似然法（ML）D. 非加权平均法（UPGMA） 23.基于字母特征和基于距离的系统发生分析的算法的基本差异是：■基于字母特征的算法没有定义分支序列的中间数据矩阵 B. 基于字母特征的算法可应用于DNA或者蛋白质序列，而基于距离仅能用于DNA C. 基于字母特征的算法无法运用简约算法 D. 基于字母特征的算法的进化分支与进化时间无关 24.一个操作分类单元（OTU）可指：A. 多序列比对■蛋白质序列C. 进化分支D. 进化节点 25.构建进化树最直接的错误来源是：■多序列比对错误B. 采样的算法差异C. 假设进化分支是单一起源D. 尝试推测基因的进化关系 26.第一个被完整测定的基因组序列是： A. 啤酒酵母的3号染色体B. 流感病毒■ФX174 D. 人类基因组 27.普通的真核生物线粒体基因组编码大约多少个蛋白质：■ 10 B. 100 C. 1000 D. 10000 28.根据基因组序列预测蛋白质编码基因的算法的最大问题是： A. 软件太难使用■. 假阳性率太高，许多不是外显子的序列部分被错误指定C. 假阳性 率太高，许多不是外显子功能未知 D. 假阴性率太高，丢失太多外显子位点 29.HIV病毒亚型的系统演化研究可以： A. 证实HIV病毒是由牛病毒演化而来■. 用于指导开发针对保守蛋白的疫苗C. 证实哪些人类组织最容易遭受病毒侵染 30.一个典型的细菌基因组大小约为多少bp： A. 20000■. 200000 C. 2000000 D. 20000000
生物信息学考试试卷修订稿
生物信息学考试试卷 WEIHUA system office room 【WEIHUA 16H-WEIHUA WEIHUA8Q8-
一、名词解释(每小题4分,共20分) 1、生物信息学 广义：生命科学中的信息科学。生物体系和过程中信息的存贮、传递和表达；细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程的中各种生物信息。 狭义：生物分子信息的获取、存贮、分析和利用。 2、人类基因组计划 人类基因组计划准备用15年时间，投入30亿美元，完成人类全部24条染色体的3×109脱氧核苷酸对(bp)的序列测定，主要任务包括作图(遗传图谱、物理图谱的建立及转录图谱的绘制)、测序和基因识别。其中还包括模式生物(如大肠杆菌、酵母、线虫、小鼠等)基因组的作图和测序，以及信息系统的建立。作图和测序是基本的任务，在此基础上解读和破译生物体生老病死以及和疾病相关的遗传信息。 3、蛋白质的一级结构 蛋白质的一级结构是指多肽链中氨基酸的序列 4、基因 基因--有遗传效应的DNA片断,是控制生物性状的基本遗传单位。 5、中心法则 是指遗传信息从传递给，再从RNA传递给，即完成遗传信息的转录和翻译的过程。也可以从DNA传递给DNA，即完成DNA的复制过程。这是所有有细胞结构的生物所遵循的法则。 6 、DNA序列比较 序列比较的根本任务是：（1）发现序列之间的相似性；（2）辨别序列之间的差异 目的： 相似序列相似的结构，相似的功能 判别序列之间的同源性 推测序列之间的进化关系 7、一级数据库 数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释 8、基因识别 基因识别，是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因，也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和调控因子。 9、系统发生学 系统发生学(phylogenetics)——研究物种之间的进化关系。 10、基因芯片 基因芯片（gene chip），又称DNA微阵列（microarray），是由大量cDNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息。
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生物信息学课后习题及答案 （由10级生技一、二班课代表整理） 一、绪论 1.你认为，什么是生物信息学？ 采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋 白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。2.你认为生物信息学有什么用？对你的生活、研究有影响吗？（1）主要用于： 在基因组分析方面：生物序列相似性比较及其数据库搜索、基因预测、基因组进化和分 子进化、蛋白质结构预测等 在医药方面：新药物设计、基因芯片疾病快速诊断、流行病学研究：SARS 、人类基因组计划、基因组计划：基因芯片。 （2）指导研究和实验方案，减少操作性实验的量；验证实验结果；为实验结果提供更多的支持数据等材料。 3.人类基因组计划与生物信息学有什么关系？ 人类基因组计划的实施，促进了测序技术的迅猛发展，从而使实验数据和可利用信息急剧增加，信息的管理和分析成为基因组计划的一项重要的工作 。而这些数据信息的管理、分析、解释和使用促使了生物信息学的产生和迅速发展。 4简述人类基因组研究计划的历程。 通过国际合作，用15年时间（1990-2005）至少投入30亿美元，构建详细的人类基因组遗传图和物理图，确定人类DNA 的全部核苷酸序列，定位约10万基因，并对其他生物进行类似研究。 1990，人类基因组计划正式启动。 1996，完成人类基因组计划的遗传作图，启动模式生物基因组计划。 1998完成人类基因组计划的物理作图，开始人类基因组的大规模测序。Celera 公司加入，与公共领域竞争启动水稻基因组计划。 1999，第五届国际公共领域人类基因组测序会议，加快测序速度。 2000，Celera 公司宣布完成果蝇基因组测序，国际公共领域宣布完成第一个植物基因组——拟南芥全基因组的测序工作。 2001，人类基因组“中国卷”的绘制工作宣告完成。 2003，中、美、日、德、法、英等6国科学家宣布人类基因组序列图绘制成功，人类基因组计划的.目标全部实现。2004，人类基因组完成图公布。 2.我国自主知识产权的主要基因组测序计划有哪些？水稻（2002），家鸡（2004），家蚕（2007），家猪（2012），大熊猫（2010） 2．第一章 、管路敷设技术通过管线不仅可以解决吊顶层配置不规范高中资料试卷问题，而且可保障各类管路习题到位。在管路敷设过程中，要加强看护关于管路高中资料试卷连接管口处理高中资料试卷弯扁度固定盒位置保护层防腐跨接地线弯曲半径标高等，要求技术交底。管线敷设技术包含线槽、管架等多项方式，为解决高中语文电气课件中管壁薄、接口不严等问题，合理利用管线敷设技术。线缆敷设原则：在分线盒处，当不同电压回路交叉时，应采用金属隔板进行隔开处理；同一线槽内，强电回路须同时切断习题电源，线缆敷设完毕，要进行检查和检测处理。、电气课件中调试对全部高中资料试卷电气设备，在安装过程中以及安装结束后进行 高中资料试卷调整试验；通电检查所有设备高中资料试卷相互作用与相互关系，根据生产工艺高中资料试卷要求，对电气设备进行空载与带负荷下高中资料试卷调控试验；对设备进行调整使其在正常工况下与过度工作下都可以正常工作；对于继电保护进行整核对定值，审核与校对图纸，编写复杂设备与装置高中资料试卷调试方案，编写重要设备高中资料试卷试验方案以及系统启动方案；对整套启动过程中高中资料试卷电气设备进行调试工作并且进行过关运行高中资料试卷技术指导。对于调试过程中高中资料试卷技术问题，作为调试人员，需要在事前掌握图纸资料、设备制造厂家出具高中资料试卷试验报告与相关技术资料，并且了解现场设备高中资料试卷布置情况与有关高中资料试卷电气系统接线等情况，然后根据规范与规程规定，制定设备调试高中资料试卷方案。 、电气设备调试高中资料试卷技术电力保护装置调试技术，电力保护高中资料试卷配置技术是指机组在进行继电保护高中资料试卷总体配置时，需要在最大限度内来确保机组高中资料试卷安全，并且尽可能地缩小故障高中资料试卷破坏范围，或者对某些异常高中资料试卷工况进行自动处理，尤其要避免错误高中资料试卷保护装置动作，并且拒绝动作，来避免不必要高中资料试卷突然停机。因此，电力高中资料试卷保护装置调试技术，要求电力保护装置做到准确灵活。对于差动保护装置高中资料试卷调试技术是指发电机一变压器组在发生内部故障时，需要进行外部电源高中资料试卷切除从而采用高中资料试卷主要保护装置。
诊断学试题及答案
一、选择题 1.正常人腋测法体温为: A.36.5～37℃ B.36～37℃ C.36.3～37.2℃ D.36.5～37.5℃ E.36.5～37.7℃ 2.6岁男孩，发病第1天体温为37.5度，伴咽痛，未予治疗，第2天体温达41度，伴神志恍惚及抽搐。经输液，抗生素等治疗，第3天体温降至38.2度，其体温变化过程： A.低热→过高热→中等热 B.中等热→高热→中等热 C.低热→高热→高热 D.中等热→过高热→中等热 E.低热→高热→中等热 3.发热最常见的原因是： A. 颅脑损伤 B.变态反应 C. 无菌性坏死物质的吸收 D.内分泌与代谢障碍 E.感染 4.伤寒的常见热型为： A.张弛热 B.波状热 C.稽留热 D.间歇热 E.不规则热 5.感染性发热最常见的病原体是： A.病毒 B.肺炎支原体 C.真菌 D.细菌 E.立克次体 6.引起发热的病因中，下列哪项属非感性发热： A.立克次体 B.变态反应 C.肺炎衣原体 D.螺旋体 E.病毒 7.男30岁，淋雨后出现寒战高热，呼吸困难，右侧胸痛，咳铁锈色痰，口唇处可见疱疹，最可能的诊断是：
A.伤寒 B.急性肾盂肾炎 C.急性胆囊炎 D.急性支气管炎 E.大叶性肺炎 8.出现持续压榨性或窒息性胸部闷痛，最可能的诊断是： A.急性心肌梗死 B.肋间神经痛 C.食管炎 D. 自发性气胸 E.心包炎 9.胸痛并向左肩左前臂放射，最可能的诊断是： A.急性心包炎 B.纵膈疾病 C. 急性胸膜炎 D.心绞痛 E. 食管炎 10.腹痛位于右上腹部，并向右肩部放射，提示： A.肠炎 B.阿米巴痢疾 C.胃炎 D.胆囊炎 E.胰腺炎 11.反复发作的上腹部饭后疼痛，服碱性药物可缓解，提示： A. 胃溃疡 B.十二指肠溃疡 C. 食道炎 D.胰腺炎 E.胆囊炎 12.女性病人停经后突发剧烈腹痛应首先想到： A.急性肾盂肾炎 B.肝破裂 C.脾破裂 D. 异位妊娠破裂 E.急性膀胱炎 13.头面部阵发性电击样或撕裂样疼痛多见于： A.脑供血不足 B. 三叉神经痛 14.阑尾炎的疼痛特点： A．上腹痛 B．转移性右下腹痛 C．左下腹痛 D．右下腹痛 E．下腹痛 C.偏头痛 D.肌紧张性头痛 E.高血压病 15.上腹进行性疼痛伴黄疸可见于：． A．消化性溃疡 B．胰腺癌 C．胆囊炎 D．胰腺炎 E．慢性胃炎 16．下列哪项是引起头痛的全身性疾病？
生物信息学试题整理
UTR的含义是（B ） A.编码区 B. 非编码区 C. motif的含义是（D ）。 A.基序 B. 跨叠克隆群 C. algorithm 的含义是（B ）。 A.登录号 B. 算法 C. RGR^ （D ）。 A.在线人类孟德尔遗传数据 D.水稻基因组计划 下列Fasta格式正确的是（B） 低复杂度区域 D. 幵放阅读框 碱基对 D. 结构域 比对 D. 类推 B. 国家核酸数据库 C. 人类基因组计划 A. seql: agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta B. >seq1 agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta C. seq1:agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta D. >seq1agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta 如果我们试图做蛋白质亚细胞定位分析，应使用（D） A. NDB 数据库 B. PDB 数据库 C. GenBank 数据库 D. SWISS-PROT 数
据库 Bioinformatics 的含义是（A ）。 A. 生物信息学 B. 基因组学 C. 蛋白质组学 D. 表观遗传学 Gen Bank中分类码PLN表示是（D ）。 A.哺乳类序列 B. 细菌序列 C.噬菌体序列 D. 植物、真菌和藻类序列 ortholog 的含义是（A）0 A.直系同源 B.旁系同源 C.直接进化 D.间接进化 从cDNA文库中获得的短序列是（D ）o A. STS B. UTR C. CDS D. EST con tig的含义是（B ）o A.基序 B. 跨叠克隆群 C. 碱基对 D. 结构域 TAIR （AtDB）数据库是（C）o A.线虫基因组 B. 果蝇基因组 C. 拟南芥数据库 D. 大肠杆菌基因组ORF的含义是（D ）o A.调控区 B. 非编码区 C.低复杂度区域 D. 幵放阅读框
诊断学内容整理
题型名词解释，单选，填空，改错，简答，分析病例(具体分值未定) 重点：基本概念，大题方向，1.腹部检查，2.呼吸系统，3.循环系统，4心脏检查，病例分析心电图（不会特别难的心电图） 老师上课提过的重点：名解：发热、水肿、咯血、三凹征、呕血、语音震颤、奔马律、开瓣音（P156） 其他：病历书写，稽留热、弛张热、全身性水肿（心肾肝，及鉴别）、心源性呼吸困难、呕血病因、失血性周围衰竭指标（P30）、便血临床表现、黄疸分型及临床应用、胸廓扩张度（P130）四种呼吸音特征（P137）心尖搏动（P145）5个听诊区（P151）杂音强度分级（P159）生理性与器质性收缩期杂音鉴别（P160）※二尖瓣狭窄及关闭不全、主动脉狭窄及关闭不全、心力衰竭的症状和体征、肠梗阻体征（P198） 课件上重点及思考题： 1.腹痛伴随的症状不同提示疾病不同：（P35） 伴发热：多见于急性细菌性痢疾、伤寒、副伤寒、肠结核、肠道恶性淋巴瘤 伴里急后重：细菌性痢疾、直肠炎、直肠肿瘤 伴明显消瘦：胃肠道恶性肿瘤，肠结核、吸收不良综合征 伴皮疹或皮下出血：败血症，伤寒、副伤寒、麻疹 伴腹部包块：胃肠道恶性肿瘤、肠结核、 伴重度失水：分泌性腹泻、霍乱、细菌性食物中毒 2.咳嗽伴随症状：（P17） 3.掌握咯血与呕血的鉴别（P18） 咯血呕血 病因肺TB、支扩、肺炎、肺脓消化性溃疡、肝硬化、 肿、肺癌、心脏病出血性胃炎、胆道疾病 先兆咽喉痒感、胸闷、咳嗽上腹不适、恶心、呕吐 出血方式咯血呕血 血色鲜红、有凝块棕色.咖啡样.多无凝块 血中混合物痰、泡沫食物残渣、胃液 PH 碱性酸性 黑便或血痰多无黑便、血痰数日多有黑便、无血痰 4.发热热型与疾病诊断的相关性 ①、稽留热：continued fever ?持续高热（T>39°C~40°C）达数天或数周 ?２４小时内波动≤１°C。如：大叶性肺炎，伤寒 ②弛张热（败血症热）：remittent fever ?高热常>39°C ，最低时也高于正常 ?２４小时内波动≥２°C。如：败血症，重症结核 ③、间歇热：intermittent fever ?骤升与骤降型，波幅大似尖峰状 ?高热期与无热期短期内反复交替。如：疟疾急性肾盂肾炎 ④、波状热：undulant fever 体温逐渐上升≥39°C ，数天后逐渐下降正常（缓升与缓降型，似波浪状），持续数天
最新生物信息学考试复习
——古A．名词解释 1. 生物信息学：广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取，加工，储存，分配，分析和解释。狭义是指综合应用信息科学，数学理论，方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据的科学。 2. 基因芯片：将大量已知或未知序列的DNA片段点在固相载体上，通过物理吸附达到固定化（cDNA芯片），也可以在固相表面直接化学合成，得到寡聚核苷酸芯片。再将待研究的样品与芯片杂交，经过计算机扫描和数据处理，进行定性定量的分析。可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。 3. NCBI：National Center for Biotechnology Information.是隶属于美国国立医学图书馆（NLM）的综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 4. EMBL：European Molecular Biology Laboratory.EBI为其一部分，是综合性数据库，提供生物信息学方面的研究和服务。 5. 简并引物：PCR引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。 6. 序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。
7. BLAST：Basic Local Alignment Search Tool.是通过比对(alignment)在数据库中寻找和查询序列(query)相似度很高的序列的工具。 8. ORF：Open Reading Frame.由起始密码子开始，到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列，一个未知的基因，理论上具有6个ORF。 9. 启动子：是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA序列。原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成，核心启动子包括-35区（Sextama box）TTGACA，-10区（Pribnow Box）TATAAT，以及+1区。真核生物启动子包括远上游序列和启动子基本元件构成，启动子基本元件包括启动子上游元件（GC岛，CAAT盒），核心启动子（TATA Box，+1区帽子位点）组成。 10. motif：模体，基序，是序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。 11. 分子进化树：通过比较生物大分子序列的差异的数值重建的进化树。 12. 相似性：序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相似DNA碱基或氨基酸残基序列所占的比例。 13. 同源性：两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论。
诊断学填空试题卷
问诊内容包括：一般项目、主诉、现病史、既往史、系统回顾、个人史、婚姻史、月经及生育史、家族史。现病史内容:1.起病情况与患病的时间；2.主要症状的特点；3.病因与诱因；4.病情的发展与演变；5.伴随症状；6.诊治经过；7.病程中一般情况。 1.正常人腋窝温度为 36-37 ；口腔温度为 36.3-37.2 ；直肠温度为 36.5-37.7 。任何原因导致体温升高超过正常范围称为发热。 2.临床上常见的热型有：弛张热、稽留热、回归热、间歇热、波状热、不规则热。 3.多数患者的发热是由致热源所致，致热源包括外源性和内源性两大类。 4.发热的分度是：低热 37.3-38 ；中等度热 38.1-39 ；高热 39.1-41 ；超高热 41以上。 5.非致热源性发热见于：①体温调节中枢受损；②产热过多；③散热减少。 6.根据病因发热可分为感染性发热和非感染性发热两大类。 7.发热的临床经过一般分为以下三个阶段：①体温上升期；②高热期；③体温下降期。 8.体温升高1℃，脉搏每分钟增加 10 次左右，呼吸每分钟增加约 3-4 次。 9.稽留热常见于大叶性肺炎、斑疹伤寒、伤寒高热期等疾病。弛张热见于败血症、风湿热、重症肺结核及化脓性炎症等。 10.头痛同时伴随有剧烈呕吐者提示为颅内压增高，头痛伴发热者常见感染性疾病，头痛伴视力障碍者可见于青光眼或脑肿瘤；头痛伴脑膜刺激征提示脑膜炎或蛛网膜下腔出血。 11.某患者胸部发现成簇水泡沿一肋间分布，并有剧烈灼样胸痛，提示带状疱疹。 12.某患者胸骨后压窄性窒息感，发作时间短暂，休息或含服硝酸甘油可缓解，提示该患者为心绞痛。 13.疼痛按发生的部位及传导途径不同可以分为皮肤痛、内脏痛、牵涉痛、深部痛。 14.咳嗽无痰或痰量甚少称为干性咳嗽；咳嗽伴有痰液称为湿性咳嗽。咳嗽声音嘶哑多为声带的炎症或肿瘤压迫喉返神经所致；鸡鸣样咳嗽见于百日咳、会厌、喉部疾患或气管受压；金属音咳嗽常见于纵隔肿瘤、主动脉瘤或支气管癌直接压迫气管所致；咳嗽声音低微或无力，见于严重肺气肿、声带麻痹及极度衰弱者。 15.咳砖红色胶冻样血痰见于克雷伯杆菌肺炎。 16.“三凹征”即锁骨上窝、胸骨上窝、肋间隙凹陷在吸气时明显凹陷，见于严重的吸气性呼吸困难。 17.急性腹泻起病急，病程在两个月以内；慢性腹泻病程超过两个月。 18.集体中暴发或多人短期内先后发生腹泻，提示为食物中毒。 19.阿米巴痢疾粪便呈暗红色果酱样,细菌性痢疾粪便呈粘液脓血便，霍乱粪便呈米泔水样. 20.呕血最常见的病因是消化性溃疡；咯血最常见的病因是肺结核。 21.腹泻的发生机制，按病理生理角度分析为分泌性腹泻（胃肠道分泌大量液体超过肠系膜吸收能力，见于阿米巴肠炎、细菌性痢疾、溃疡性结肠炎、crohn病、肠结核、胃泌素瘤）、消化功能障碍性腹泻（慢性胰腺炎、慢性萎缩性胃炎、胃大部切除术后）、渗透性腹泻（乳糖酶缺乏、服用甘露醇或盐类泻剂）、动力性腹泻（肠蠕动亢进，如肠炎、甲亢、糖尿病、胃肠功能紊乱）和吸收不良性腹泻（小肠大部分切除、吸收不良综合征、小儿乳糜泻、成人热带及非热带脂肪泻）。 22.幽门以上部位出血一般既有呕血又有黑便。幽门以下部位出血一般无呕血而仅有黑便。 23.呕吐物含多量胆汁提示梗阻平面在十二指肠乳头以下。 24.黄疸分为溶血性黄疸、肝细胞性黄疸、阻塞性黄疸、先天性非溶血性黄疸。溶血性黄疸以非结合性 胆红素升高为主；胆汁淤积性黄疸以结合性胆红素升高为主。 25.呕血量多且在胃内停留的时间短则血色鲜红或暗红；呕血量少或在胃内停留时间长，呕出物为 咖啡渣样棕褐色。
生物信息学期末考试重点
1、生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解 释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计 算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技 术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。 2、数据库（Database）是按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库，它产生于 距今六十多年前，随着信息技术和市场的发展，特别是二十世纪九十年代以后， 数据管理不再仅仅是存储和管理数据，而转变成用户所需要的各种数据管理的方 式。数据库有很多种类型，从最简单的存储有各种数据的表格到能够进行海量数 据存储的大型数据库系统都在各个方面得到了广泛的应用。 3、表达序列标签从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短 的cDNA 部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。EST 来源于一定环境下一个组织总 mRNA 所构建的cDNA 文库，因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。 4、开放阅读框是基因序列中的一段无终止序列打断的碱基序列，可编码相应的蛋白。 ORF识别包括检测六个阅读框架并决定哪一个包含以启动子和终止子为界限的 DNA序列而其内部不包含启动子或终止子，符合这些条件的序列有可能对应一个 真正的单一的基因产物。ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编 码基因的部分或全部的先决条件。 5、蛋白质的一级结构在每种蛋白质中氨基酸按照一定的数目和组成进行排列，并进 一步折叠成特定的空间结构前者我们称为蛋白质的一级结构，也叫初级结构或基 本结构。蛋白质一级结构是理解蛋白质结构、作用机制以及与其同源蛋白质生理 功能的必要基础。 6、基因识别是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别 DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因， 也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和调控因子。基因识别是基 因组研究的基础。
2019版国科大生物信息学期末考试复习题
中科院生物信息学期末考试复习题 陈润生老师部分： 1.什么是生物信息学，如何理解其含义？为什么在大规模测序研究中，生物信息学至关重要？ 答：生物信息学有三个方面的含义： 1)生物信息学是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和 解释的所有方面，是基因组研究不可分割的部分。 2)生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，破译隐藏在DNA序列中的遗传语 言，特别是非编码区的实质；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测；其本质是识别基因信号。 3)生物信息学的研究目标是揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”。它 是当今自然科学和技术科学领域中“基因组、“信息结构”和“复杂性”这三个重大科学问题的有机结合。 2.如何利用数据库信息发现新基因，其算法本质是什么？ 答：利用数据库资源发现新基因，根据数据源不同，可分2种不同的查找方式： 1)从大规模基因组测序得到的数据出发，经过基因识别发现新基因： （利用统计，神经网络，分维，复杂度，密码学，HMM，多序列比对等方法识别特殊序列，预测新ORF。但因为基因组中编码区少，所以关键是“数据识别”问题。）利用大规模拼接好的基因组，使用不同数据方法，进行标识查找，并将找到的可能的新基因同数据库中已有的基因对比，从而确定是否为新基因。可分为：①基于信号，如剪切位点、序列中的启动子与终止子等。②基于组分，即基因家族、特殊序列间比较，Complexity analysis，Neural Network 2)利用EST数据库发现新基因和新SNPs： （归属于同一基因的EST片断一定有overlapping，通过alignment可组装成一完整的基因，但EST片断太小，不存在数据来源，主要是拼接问题） 数据来源于大量的序列小片段，EST较短，故关键在正确拼接。方法有基因组序列比对、拼接、组装法等。经常采用SiClone策略。其主要步骤有：构建数据库；将序列纯化格式标准化；从种子库中取序列和大库序列比对；延长种子序列，至不能再延长；放入contig库①构建若干数据库：总的纯化的EST数据库，种子数据库，载体数据库，杂质、引物数据库，蛋白数据库，cDNA数据库； ②用所用种子数据库和杂质、引物数据库及载体数据库比对，去除杂质； ③用种子和纯化的EST数据库比对 ④用经过一次比对得到的长的片段和蛋白数据库、cDNA数据库比较，判断是否为已有序列，再利用该大片段与纯化的EST数据库比对，重复以上步骤，直到序列不能再延伸； ⑤判断是否为全长cDNA序列。 （利用EST数据库：原理：当测序获得一条EST序列时，它来自哪一个基因的哪个区域是未知的（随机的），所以属于同一个基因的不同EST序列之间常有交叠的区域。根据这种“交叠”现象，就能找出属于同一个基因的所有EST序列，进而将它们拼接成和完整基因相对应的全长cDNA序列。而到目前为止，公共EST数据库(dbEST)中已经收集到约800万条的人的EST序列。估计这些序列已覆盖了人类全部基因的95%以上，平均起来每个基因有10倍以上的覆盖率。）