efla内参基因
内参基因使用方法
内参基因使用方法
内参基因是在分子生物学和基因表达研究中常用的实验技术。
它是一种可以用作对比和标准化基因表达水平的参考基因。
以下是内参基因的使用方法。
首先，选择一个合适的内参基因。
内参基因应该具有以下特征：在不同样本中表达稳定，不受研究条件的影响，并且其表达水平与感兴趣的基因相对稳定。
常用的内参基因包括β-actin、GAPDH和18S rRNA等。
其次，设计合适的实验方案。
确定研究目的和实验条件，并选择适当的实验方法。
例如，可以使用实时定量PCR（qPCR）技术来测量内参基因和感兴趣的基因的表达水平。
接下来，实施实验。
收集样本，并提取RNA或DNA。
使用逆转录酶将RNA 转录成cDNA，然后用qPCR技术测量内参基因和感兴趣基因的表达水平。
在实验过程中，应该设置技术重复和生物重复来保证实验结果的可靠性。
最后，分析实验结果。
使用合适的统计方法对实验数据进行分析，比较不同样本中内参基因和感兴趣基因的表达水平。
根据实验结果，可以确定内参基因的表达水平，并将其用作标准化感兴趣基因的表达水平。
需要注意的是，在使用内参基因时，应该选择多个内参基因进行验证，以确保结果的可靠性。
此外，内参基因的选择应该根据研究对象和实验条件进行优化，并与其他研究结果进行比较。
总结一下，内参基因是基因表达研究中常用的参考基因。
通过选择合适的内参基因、设计合理的实验方案、实施实验和分析实验结果，可以准确使用内参基因来标准化和对比感兴趣基因的表达水平。
这种方法有助于我们更深入地了解基因的功能和调控机制。
关于内参基因的选择
关于内参基因的选择展开全文关于内参基因的选择实验内参，即是在检测细胞内分子表达变化时选择的参照物，其在细胞内的表达相对恒定，在处理因素作用条件下不会发生表达改变的基因。
内参同样可以校正上样量、上样过程中存在的实验误差，保证实验结果的准确性。
1、管家基因最普通的内参是内源性参照基因，也就是管家基因（持家基因，house keeping gene）。
管家基因是一类始终保持着低水平的甲基化并且一直处于活性转录状态的基因，高度保守并且在大多数情况下持续表达。
其表达水平受环境因素影响较小，而且是在个体各个生长阶段的大多数，或几乎全部组织中持续表达，或变化很小，因此常存在于生物细胞核的常染色质中。
它的表达只受启动序列或启动子与RNA聚合酶相互作用的影响，而不受其他机制调节。
管家基因维持细胞最低限度功能所不可少的基因, 如编码组蛋白基因、编码核糖体蛋白基因、线粒体蛋白基因、糖酵解酶的基因等。
这类基因在所有类型的细胞中都进行表达，因为这些基因的产物对于维持细胞的基本结构和代谢功能是必不可少的。
部分人类管家基因列表2、内参基因选择的条件1、不存在假基因，以免基因组DNA的扩增；2、高度或中度表达，避免太高或太低的丰度；3、稳定表达于不同类型的细胞和组织中，表达量无明显差异；4、表达水平与细胞周期、活化等无关；5、不受外源性或内源性因素的影响。
3、不同管家基因在选择管家基因作为内参时，首先要按不同类型的分子选择正确的内参。
曾看到有人用检测miRNA时选择了GAPDH作为内参呢。
a、检测mRNA时的内参通常使用的是GAPDH、beta-actin、tubulin•GAPHDGAPDHGAPDH是糖酵解反应中的一个酶，由4个30－40kDa的亚基组成，分子量146kDa。
该酶基因为管家（house keeping）基因，几乎在所有组织中都高水平表达，在同种细胞或者组织中的蛋白质表达量一般是恒定的，且不受含有的部分识别位点、佛波脂等的诱导物质的影响而保持恒定，故被广泛用作抽提total RNA，poly(A)+ RNA，Western blot等实验操作的标准化的内参。
PCR内参：选还是不选？,PCR内参,RT
PCR内参：选还是不选？,PCR内参,RT生物帮> 专题> 实验技术> 分子> PCR内参：选还是不选？导读：内参即是内部参照，它们在各组织和细胞中的表达相对恒定，在检测基因的表达水平变化时常用它来做参照物。
常用的PCR内参有GAPDH 、β- actin 、18sRNA、28sRNA 、B2M、ACTB、SDHA、HPRT1、ARBP内参基因等。
本专题就PCR实验中遇见的有关于内参的一些问题作出总结，以供读者参考。
PCR内参基因介绍GAPDH简介内参基因β-Actin简介实时荧光定量PCR 中内参基因的选择内参基因的概念和作用PCR内参基因介绍基因表达转录分析中内参基因的选择目前基因表达的转录分析多采用单一看家基因作为内参来校正目标基因的表达量.实验中以人肝癌BEL-7402细胞为研究对象，应用[详细]海带配子体18S rRNA 基因作为内参基因的应用通过基因克隆和序列测定,获得了海带( Laminaria japonica) 配子体的18S rRNA 基因序列,其长度为1 716bp ,GenBank 登录号为EU293553。
以蓝[详细]白纹伊蚊β2肌动蛋白基因片段作为基因表达内参目的获取白纹伊蚊β2肌动蛋白基因序列并探讨其作为基因表达内参照的作用。
方法根据昆虫β2肌动蛋白核苷酸序列[详细]常用的内参基因及其使用范围包括GAPDH 、β- actin(BETA-actin) 、18sRNA、28sRNA 、B2M、ACTB、SDHA、HPRT1、ARBP内参基因等。
[详细]常用的β-actin 引物序列常用的β-actin 引物序列[详细]RT-PCR常用引物序列引物应该用TE稀释。
oligo在酸性条件下是不稳定的，容易降解，如果用水溶解引物，无法保证pH值，如果合成引物纯化不好，造[详细]PCR内参常见问题汇总内参能跑出来但为何我的cDNA总是不稳定？我要做荧光定量试验，师姐做的定性，我能共用RT-PCR电泳照片有问题qPCR 目的基因与内参是不是要在同样体系里扩增斑马鱼的内参基因组怎么选择啊绝对定量需要用到内参基因吗选择内参基因的原则PCR内参常见问题汇总RT-PCR内参基因选择：除了β-actin还能用什么？实时定量PCR试验中，内参对于实验具有重要意义。
松墨天牛分子生物学研究综述
松墨天牛分子生物学研究综述作者：刘琪司陈敬祥林同来源：《湖北农业科学》2017年第07期摘要：松墨天牛（Monochamus alternatus Hope）是危害马尾松等林木的重大森林害虫，是松材线虫的主要传播媒介。
从松墨天牛的分子生物学基础研究、分子分类及鉴定、cDNA文库与转录组的构建、基因克隆、药剂胁迫对基因表达的影响等5个方面综述其在分子生物学领域的最新进展，以促进松墨天牛基础研究，并为探索松墨天牛安全有效的防治方法提供参考。
关键词：松墨天牛（Monochamus alternatus Hope）；分子生物学；基因克隆；基因表达；农药胁迫中图分类号：S763.38；Q785 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2017）07-1201-05DOI：10.14088/ki.issn0439-8114.2017.07.001Reviews on Molecular Biology of Monochamus alternatus HopeLIU Qi-si， CHEN Jing-xiang， LIN Tong（College of Forestry and Landscape Architecture， South China Agricultural University，Guangzhou 510642， China）Abstract： Monochamus alternatus is a major forest pest that damages trees such as Pinus massoniana and is the main medium of pine wood nematode. In the paper，the latest progresses in the field of molecular biology were reviewed from five aspects including fundamental research of molecular biology，molecular classification and identification，construction of cDNA library and transcriptome analyses，gene cloning and insecticides stress on gene expression of M. alternatus et al，which may provide new references for fundamental research and the control of M. alternatus.Key words： Monochamus alternatus Hope； molecular biology； gene cloning； gene expression； pesticide stress松墨天牛（Monochamus alternatus Hope），又名松褐天牛、松天牛，隶属于鞘翅目（Coleoptera）天牛科（Cerambycidae）沟胫天牛亚科（Lamiinae），分布于中国的西藏自治区以东，河北省以南、东至台湾省、南至广东省区域；国外分布于日本、朝鲜、老挝等[1]。
不同浓度盐胁迫下枸杞实时荧光定量PCR内参基因的筛选
不同浓度盐胁迫下枸杞实时荧光定量PCR内参基因的筛选张得芳;于倩;史文君【期刊名称】《沈阳农业大学学报》【年(卷),期】2022(53)5【摘要】合适的内参基因是实时荧光定量PCR反应准确与否的重要前提。
选择茄科植物常用的5个内参基因(GAPDH、Actin、EF1α、UBI、18S)为候选基因,以不同浓度NaCl胁迫后的宁夏枸杞(Lycium barbarum)和黑果枸杞(Lycium ruthenicum)幼苗叶片为试验材料进行qRT-PCR反应,通过GeNorm、Normfinder和BestKeeper软件对这些内参基因的稳定性进行分析排序,从而筛选出最适合枸杞试验研究的内参基因。
结果表明:利用GeNorm软件分析荧光定量结果后发现宁夏枸杞和黑果枸杞中都是Actin和GAPDH基因作为内参基因的表达较稳定;NormFinder软件分析结果发现宁夏枸杞中UBI稳定性最好,而在黑果枸杞中Actin基因最稳定;BestKeeper软件分析得出,在宁夏枸杞和黑果枸杞中均为Actin基因的稳定性最好。
综合以上结果,在不同浓度的盐胁迫处理条件下,Actin基因的表达稳定性最好,是最适合用于钠离子胁迫下宁夏枸杞、黑果枸杞qRT-PCR分析研究的内参基因,有利于保证后续试验结果的准确性和可靠性。
【总页数】9页(P581-589)【作者】张得芳;于倩;史文君【作者单位】青海大学农林科学院【正文语种】中文【中图分类】S718;S567.19【相关文献】1.不同浓度Cd2+胁迫下烟草实时荧光定量PCR内参基因的筛选2.不同浓度Cd^2+胁迫下烟草实时荧光定量PCR内参基因的筛选3.实时荧光定量PCR分析中不同铁浓度处理下玛氏骨条藻内参基因的筛选4.盐胁迫下蚕豆不同组织实时荧光定量PCR内参基因的筛选5.盐胁迫下蚕豆不同组织实时荧光定量PCR内参基因的筛选因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
植物实时荧光定量PCR内参基因的选择_胡瑞波
中国农业科技导报,2009,11(6):30-36Journa l o f Ag ricu ltura l Sc ience and T echno l ogy收稿日期:2009-03-25;修回日期:2009-10-28基金项目:国家863计划项目(2006AA10A111,2007AA10Z119);国家转基因重大专项(2008ZX0809-001);/十一五0国家科技支撑计划项目(2007BAD59B02)资助。
作者简介:胡瑞波,博士研究生,研究方向为植物发育分子生物学。
E-m ai:l rayhu@yahoo .cn 。
通讯作者:傅永福,研究员,主要研究方向为植物发育分子生物学。
Te:l 010-********;E -ma i :l f u f u19c n@163.co m植物实时荧光定量PCR 内参基因的选择胡瑞波, 范成明, 傅永福(中国农业科学院作物科学研究所,国家农作物基因资源与遗传改良重大科学工程,北京100081)摘 要:实时荧光定量RT-PCR (rea -l ti m e quantitati ve reverse transcripti on PCR,qRT-PCR )具有定量准确、灵敏度高和高通量等特点,已被广泛应用于基因的表达分析。
常规q RT-PCR 采用相对定量进行分析,其关键步骤是选择合适的稳定内参基因进行校正和标准化。
持家基因被广泛用作内参基因,但在所有生理条件下均稳定表达的理想内参基因并不存在。
大多数传统内参基因已不能满足qRT-PCR 准确定量的要求。
基于基因芯片表达数据和EST 数据库并结合qRT-PCR,可以筛选稳定性好的新的内参基因。
简要综述了植物qRT-PCR 内参基因的研究进展,并就内参基因的选择中应注意的问题进行了探讨。
关键词:实时荧光定量RT -PCR;内参基因;ge N o r m;基因表达中图分类号:Q 789 文献标识码:A 文章编号:1008-0864(2009)06-0030-07R eference G ene Selecti on i n P l ant R ea-l ti m e QuantitativeR everse Transcri pti on PCR (q RT -PCR )HU Ru-i bo ,FAN Cheng -m i n g ,F U Yong -fu(Instit u t e of C rop Science ,N ati on alKey Facilit y of C rop Gen e Res ou rce and Genetic I m prove m en t ,Ch i n ese Acade m y ofAgricultura lS ci en ces ,B eiji ng 100081,Ch i na)Abstract :R ea-l ti m e quantitati v e RT-PCR (q RT-PCR )techno l ogy ,w ith quantitati ve accuracy ,h i gh sens i tiv it y andhi gh -throughput character i sti cs ,has been w i de l y used in gene expression analysis .Based on t he re l a tive quan tita ti ve ana l ys i s ,q RT-PCR data must be norma li zed w ith one o r mo re proper and stab le i n ternal reference genes .H ouse -keepi ng genes are custo m ar il y used as endogenous references for re lati ve quan tificati on .But no t a si ng le g ene can act as a un i v ersal reference reported so far .M ost o f the trad iti ona l housekeepi ng genes a re unab le to ensure accurate norma li zati on i n q RT-PCR.Based on t he trem endous gene -chip expressi on da ta and public deposited EST data ,ne w reference genes w ith superior stab ilit y w ere selected and ver ifi ed w ith q RT-PCR.T he research progress of reference genes in plant q RT-PCR w as rev ie w ed and aspects t o be consi dered i n f u t ure reference gene se lecti on were a lso discussed .K ey words :rea-l ti m e quanti tati ve reverse transcr i pti on PCR;reference genes ;ge N o r m;gene expression实时荧光定量RT-PCR (rea-l ti m e quantitative reverse transcri p ti o n PCR,qRT-PC R )是在传统PCR 技术基础上发展起来的一种新的核酸定量技术,具有定量准确、灵敏度高、重复性好、高通量等特点,已被广泛应用于基因的表达分析[1,2]。
【实验资源】qPCR 内参基因选择
➢内参基因使用总结
RT-PCR和qPCR
Western blot
GAPDH Actin Tubulin
涉及代谢及ATP合成和消耗，在组织下如 缺氧，骨骼肌（肌肉组织）等情况GAPDH 不适合作mRNA为内参
涉及代谢及ATP合成和消耗，在组织下如缺氧，B细 胞和T细胞，血浆，组织液及部分肿瘤中不用作内 参。膜蛋白，多组织和多细胞水平western ，适 合选择GAPDH作为内参
➢内参基因18S rRNA
rRNA的合成是由RNA聚合酶I合成，而mRNA是由RNA聚合酶II合成，因此 18S和28S rRNA合成的调节独立于mRNA，在影响mRNA表达的各种条件下， 18S和28S rRNA水平很少发生变化，常用作内参基因。
➢内参基因18S rRNA
18S rRNA内参基因的应用和注意事项
➢内参基因Actin
内参基因Actin选择和注意事项
1).研究模型是心肌，骨骼肌或者平滑肌 (这些组织有特异的actin) 2).肌肉组织 (由于肌肉组织中β-actin分布很少，不易检测) 3).在缺氧条件（哮喘）下，β-actin表达不稳定 4).某些特殊组织（T和B淋巴细胞，血液），β-actin不适合作内参
不用做western内参
其他
细胞核内蛋白或转录因子，可用组蛋白H3和组蛋白 H2A为内参，此外还有Lamin，K70， K80等
本节内容结束
涉及代谢及ATP合成和消耗，GAPDH一般不能用，此外在特定环境及组织下 如缺氧，骨骼肌（肌肉组织）等GAPDH 不适合作mRNA为内参。
➢内参基因Actin
Actin 是是横纹肌肌纤维中的一种主要的蛋白成分，也是肌肉细丝及细胞骨架微丝的主 要成分，存在于所有的真核细胞中并且高度保守。Actin基因具有组织特异性。
一种丝瓜内参基因EF-1α及其引物和应用[发明专利]
专利名称：一种丝瓜内参基因EF-1α及其引物和应用
专利类型：发明专利
发明人：陈敏氡,王彬,朱海生,李永平,温庆放,刘建汀,叶新如,曾美娟,裘波音
申请号：CN202010643149.7
申请日：20200707
公开号：CN111676230B
公开日：
20220408
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种丝瓜内参基因EF‑1α及其引物和应用。
丝瓜内参基因EF‑1α核苷酸序列如SEQIDNo.1所示。
利用该基因序列设计的丝瓜实时荧光定量PCR引物如SEQIDNo.2‑3所示。
本发明利用BestKeeper，GeNorm，NormFinder和RefFinder分析软件和DeltaCt法对EF‑1α基因的稳定性进行评价，内参基因EF‑1α在高温、低温和ABA胁迫条件下最稳定。
本发明所设计的实时荧光定量PCR引物特异性强，具有很高的稳定性、可靠性和重复性，为丝瓜温度胁迫和ABA胁迫等逆境胁迫下相关功能基因的精确定量提供有力支持，提高了研究的稳定性、重复性和可靠性。
申请人：福建省农业科学院作物研究所
地址：350001 福建省福州市鼓楼区五四路247号
国籍：CN
代理机构：福州元创专利商标代理有限公司
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内参基因
何为内参基因1、我记得常用的就是[color=magenta]GAPDH[/color]（3-磷酸甘油醛脱氢酶）和actin，至于什么是内参，可以打个比方，比如我们要比较两个不一样大的西瓜的含糖量，不好直接比较，那就找他们都有的东西来比较，就拿西瓜子嘛，假设西瓜子是均匀分布的，而且随着西瓜的变大，糖分的增多，西瓜子也变多，那么这个西瓜子就可以作为内参了！不知比方准确否，请高手指教，共同进步！2、内参基因一般会选管家基因，是维持细胞基本代谢活动所必须的基因，在各组织和细胞中的表达相对恒定，如：GAPDH、Actin、18S rRNA等3、内参基因,表达稳定，通常用的有GAPDH,beta-actin，18s rRNA等内参即是内部参照，它们在各组织和细胞中的表达相对恒定，在检测基因的表达水平变化时使用绝对标准品，也可以使用相对标准品，而且相对标准品在实验操作上更为简便易行。
相对标准品是只知道样品中DNA或RNA的稀释比例而不需要知道其分子数目的标准品，典型的做法是将一个已知pg数的样品做一系列梯度稀释。
CT值比较法是利用CT值与起始DNA浓度的对数成反比的数学关系，来计算不同样本之间的相对百分比，其计算公式是绝对定量的数据易于理解，但是绝对标准品的制备和测定其DNA含量比较困难。
有许多商业性的标准品试剂盒供选购，可以解决这种困难。
相对定量的标准品容易在实验室里自己制备，但是数据处理比较麻烦，对实验数据的解释有一定难度。
定量PCR问题--标准曲线法相对定量的数据应该怎么处理？假设实验的目标是研究药物处理后0、24、48小时IL-2基因在某种组织中的表达量的变化，所用的内对照是18S RNA基因。
IL-2和18S RNA的测定结果都是总RNA的pg数，数据的处理方法见下表：定量PCR问题--什么是CT值比较法？数据怎么处理？CT值与起始DNA浓度的对数成反比：如果(1)不同管之间的PCR反应效率相同；(2)这些PCR的反应效率接近100%，可以从上面的公式推出相对含量(X01/X02) = 2 -ΔΔCT假设实验的目标是研究药物处理后0、24、48小时IL-2基因在某种组织中的表达量的变化，所用内对照是18S RNA基因。
efla内参基因
影响荧光PCR的因素很多，但从操作和技术上来讲应该要注意一下几点：1. RNA的完整性因为RNA一旦降解所定量的结果就不能正确反映样品中mRNA的量，所得的结果也是错误的。
所以在RNA提取过程中要严格遵守操作规范，避免RNA酶的污染。
2. RNA样品中的基因组DNA污染提取的RNA样品中不可避免地混有少量的基因组DNA。
基因组DNA对试验有两个影响：一是影响对RNA的精确定量；二是影响PCR扩增的特异性。
3. PCR反应体系的优化PCR扩增过程必须保证扩增产物只有特异的目标产物，为此，首先要保证PCR反应体系达到最优。
目前许多公司都有用于实时定量PCR反应的试剂盒，可以方便PCR反应的操作。
4. 反转录反转录所得cDNA的量必须精确地等于相应的mRNA的量，反转录对于实时定量PCR来说是非常关键的一步。
目前常用的反转录酶有2种：AMV-RT和MMLV-R。
反转录常用的引物有随机引物、Oligo-dT和特异引物。
相比之下Oligo-dT和特异性引物更适合实时定量PCR。
5.利用实时定量PCR研究基因表达时，一般用相对定量的方法相对定量必须用到内标基因。
可靠的内标基因应是在不同细胞类型、不同试验条件下都稳定表达的持家基因。
常用的内标基因有β-tublin、actin、GAPDH、18sRNA、efla和Cyclophilin等。
尽管在大多数情况下这些持家基因的表达非常稳定，但是最近有报道认为这些持家基因的表达在某些情况下会发生变化。
也就是说并不是任何内标基因都适合任何试验。
在选择内标基因时，应仔细考虑各种因素，选择合适的内标基因或内标基因组合。
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影响荧光PCR的因素很多，但从操作和技术上来讲应该要注意一下几点：
1. RNA的完整性
因为RNA一旦降解所定量的结果就不能正确反映样品中mRNA的量，所得的结果也是错误的。
所以在RNA提取过程中要严格遵守操作规范，避免RNA酶的污染。
2. RNA样品中的基因组DNA污染
提取的RNA样品中不可避免地混有少量的基因组DNA。
基因组DNA对试验有两个影响：一是影响对RNA的精确定量；二是影响PCR扩增的特异性。
3. PCR反应体系的优化
PCR扩增过程必须保证扩增产物只有特异的目标产物，为此，首先要保证PCR反应体系达到最优。
目前许多公司都有用于实时定量PCR反应的试剂盒，可以方便PCR反应的操作。
4. 反转录
反转录所得cDNA的量必须精确地等于相应的mRNA的量，反转录对于实时定量PCR来说是非常关键的一步。
目前常用的反转录酶有2种：AMV-RT和MMLV-R。
反转录常用的引物有随机引物、Oligo-dT和特异引物。
相比之下Oligo-dT和特异性引物更适合实时定量PCR。
5.利用实时定量PCR研究基因表达时，一般用相对定量的方法相对定量必须用到内标基因。
可靠的内标基因应是在不同细胞类型、不同试验条件下都稳定表达的持家基因。
常用的内标基因有β-tublin、actin、
GAPDH、18sRNA、efla和Cyclophilin等。
尽管在大多数情况下这些持家基因的表达非常稳定，但是
最近有报道认为这些持家基因的表达在某些情况下会发生变化。
也就是说并不是任何内标基因都适合
任何试验。
在选择内标基因时，应仔细考虑各种因素，选择合适的内标基因或内标基因组合。