引物设计软件oligo应用简介
primer5和oligo使用技巧概况
一、Primer Premier 5.0 的使用技巧简介1. 功能“Premier”的主要功能分四大块,其中有三种功能比较常用,即引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA 基元(motif查找。
“Premier”还具有同源性分析功能,但并非其特长,在此略过。
此外,该软件还有一些特殊功能,其中最重要的是设计简并引物,另外还有序列“朗读”、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。
有时需要根据一段氨基酸序列反推到DNA 来设计引物,由于大多数氨基酸(20 种常见结构氨基酸中的18 种的遗传密码不只一种,因此,由氨基酸序列反推DNA 序列时,会遇到部分碱基的不确定性。
这样设计并合成的引物实际上是多个序列的混和物,它们的序列组成大部分相同,但在某些位点有所变化,称之为简并引物。
遗传密码规则因物种或细胞亚结构的不同而异,比如在线粒体内的遗传密码与细胞核是不一样的。
“Premier”可以针对模板DNA 的来源以相应的遗传密码规则转换DNA 和氨基酸序列。
软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择,有纤毛虫大核(Ciliate Macronuclear、无脊椎动物线粒体(Invertebrate Mitochon drion、支原体(Mycoplasma、植物线粒体(Plant Mitochondrion、原生动物线粒体(P rotozoan Mitochondrion、一般标准(Standard、脊椎动物线粒体(Vertebrate Mitochondr ion和酵母线粒体(Yeast Mitochondrion。
2. 使用步骤及技巧“Premier”软件启动界面如下:其主要功能在主界面上一目了然(按钮功能如上述。
限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单,点击该功能按钮后,选择相应的限制性内切酶或基元(如-10 序列,-35 序列等,按确定即可。
常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到。
你还可以编辑或者添加新限制性内切酶或基元。
oligo使用说明
oligo使用说明一、介绍oligo是一款功能强大的软件，用于处理DNA或RNA序列的设计和分析。
本文档提供了oligo的使用说明，包括软件安装、功能介绍和操作指南等内容。
二、安装1、软件包在oligo官方网站（）上oligo软件的安装包。
2、安装软件双击安装包，按照安装向导的指示完成软件的安装过程。
三、功能介绍oligo拥有以下主要功能：1、序列设计- DNA或RNA序列的快速设计和合成。
- 引物和探针的设计。
- 引物二聚体和杂交结构的模拟。
2、序列分析- 序列的一致性和变异性分析。
- 序列的限制酶切位点分析。
- 序列的物理性质和二级结构预测。
四、操作指南1、序列设计a：创建新项目：在菜单栏中选择“文件”，然后选择“新建项目”。
b：输入序列：在新建项目中，输入待设计的序列。
c：设计引物：选择“设计引物”功能，根据需要设置引物的参数，“开始设计”按钮。
d：查看设计结果：设计完成后，查看引物设计的结果，根据结果选择合适的引物。
2、序列分析a：导入序列：在菜单栏中选择“文件”，然后选择“导入序列”。
b：分析序列：选择“分析序列”功能，根据需要选择相应的分析方法，“开始分析”按钮。
c：查看分析结果：分析完成后，查看分析结果，进行相关的数据分析和解释。
五、附件本文档涉及的附件包括：oligo软件安装包、示例项目文件等。
六、法律名词及注释1、DNA（脱氧核糖核酸）：一种存在于细胞中的生物大分子，携带遗传信息。
2、RNA（核糖核酸）：一种通过转录过程从DNA中合成的分子，参与蛋白质的合成。
3、引物（primer）：DNA或RNA序列，在PCR等实验中用于引导扩增或反向转录。
4、探针（probe）：DNA或RNA序列，通过与目标序列特异性结合，进行检测或识别。
七、结束。
Oligo引物设计使用手册
引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列二级结构。
点击查看生.物.秀实验频道与引物设计相关的文章Oligo使用方法介绍作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。
在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：1，直接用键盘输入：a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence 命令，进入序列展示窗口；b，此时即可键入DNA序列；c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。
wpe.mB0A .点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。
引物设计软件oligo应用简介
引物设计软件oligo应用简介在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。
它的使用并不十分复杂，但初学者容易被其复杂的图表吓倒。
Oligo 5.0的初始界面是两个图：Tm图和ΔG图；Oligo 6.0的界面更复杂，出现三个图，加了个Frq图。
“Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。
但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。
oligo的下载和安装我就不多说了，打开oligo相信也无需多讲。
打开oligo的页面如下：单击file菜单再点open或点击“打开”快捷图标或者用快捷键“CTrl＋O”可打开下面的窗口在打开的OPEN窗口内选择FreqSeq再点“打开”选择drosfr或者其它一个文件点击“打开”出现以下窗口，点击“window”再点击“Tile”出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG和Frq，其中Frq是6.0版本的新功能，为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。
该频率高则可增加错误引发的可能性。
因为分析要涉及多个指标，起动窗口的cascade排列方式不太方便，可从windows菜单改为tile方式。
如果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如Frq，这样界面的结构同于Oligo 5.0，只是显示更清楚了。
∆G值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的∆G值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低（如图：）Tm值曲线以选取72℃附近为佳，5’到3’的下降形状也有利于引物引发聚合反应。
Frq曲线为“Oligo 6”新引进的一个指标，揭示了序列片段存在的重复机率大小。
选取引物时，宜选用3’端Frq值相对较低的片段再点击Search再点“For Primers and probes”或使用快捷键F3出现以下窗口，点OK就OK了。
当然你也可以点击“Prameters”和“Search Range”选择你要的参数和你上下游引物的位置及你扩增产物的长度。
Oligo_6_Primer_Premier_5__中文说明书王
使用Oligo 6和Primer Premier 5.0等软件设计PCR引物张新宇（中国医科院肿瘤研究所，北京100021）电子邮件: zhangxy@在当今分子生物学研究中，PCR技术已成为使用最多，最广泛的技术之一。
而引物设计是PCR技术中至关重要的一环。
在PCR扩增以前，一般模板序列已被全部或部分确定。
要想扩增出理想的目的片断，一般都得通过正确设计PCR 引物。
也有的人不经过设计直接取模板序列的两个片断作为引物，这样很可能导致实验失败，如扩增出多条带（引发错配所致），不出目的带或出目的带很弱（引物引发效率低下），引物二聚体带（引物与引物之间形成稳定二聚体）等等。
现在PCR引物设计都通过计算机软件进行。
生物信息学发展至今日，具有引物设计功能的软件有很多，其中大部分是免费软件，可直接从网上下载，安装并运行。
这类软件大都简单易用，但其引物设计功能一般不很强，通过它们设计的引物常常不尽如人意，而专门进行引物设计的商业版软件功能强大，但使用起来不太容易。
本文就这一问题进行探讨。
引物设计的原则引物设计有几条基本原则：首先引物要跟模板紧密结合，其次引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹结构存在，再次引物不能在别的非目的位点引起DNA聚合反应(即错配)。
围绕这几条基本原则，设计引物需要考虑诸多因素，如引物长度（primer length），产物长度（product length），序列Tm值 (melting temperature)，ΔG值(internal stability)，引物二聚体及发夹结构（duplex formation and hairpin），错误引发位点（false priming site），引物及产物GC含量（composition），有时还要对引物进行修饰，如增加限制酶切点，引进突变等。
以使用Oligo软件分析设计引物为例，笔者总结出以下的要点：1.引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不能大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，即Taq酶的最适温度。
oligo软件使用方法介绍
oligo软件使用方法介绍在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法:1，直接用键盘输入：a，点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口；b，此时即可键入DNA序列；c，如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2，利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3，如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。
点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退火温度窗口,以及序列内部碱基稳定性窗口.其中的退火温度窗是我们引物设计的主窗，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍高于3’端等。
一，普通引物对的搜索：以Mouse 4E（cDNA序列）为例。
我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。
1，点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令，进入引物搜索对话框；2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上Compatible pairs.在Oligo默认的状态下，对此引物对的要求有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，GC含量有限定，d，去除错误引发引物等。
引物设计软件Oligo使用方法介绍荧光定量PCR仪
引物设计软件Oligo使用方法介绍荧光定量PCR仪|荧光定量PCR基因扩增仪作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一些主要功能，如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对质量等等。
在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：1、直接用键盘输入：a、点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New Sequence命令，进入序列展示窗口；b、此时即可键入DNA序列；c、如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Edit菜单中的“Readback on”即可。
2、利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open的文件格式，如word文件。
html 格式，这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。
当序列输入或粘贴完成后，点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。
3、如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA,GenBank格式时，oligo就可以直接打开序列文件。
点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6-碱基频率窗口，碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6-碱基频率窗口可以使我们很直观地看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合DNA 时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5‘端稳定性是否稍高于3’端等。
一、普通引物对的搜索：以Mouse 4E（cDNA序列）为例。
Oligo引物设计软件使用方法
作为目前最好、最专业得引物设计软件,Oliｇo得功能很强,在这里我们介绍它得一些主要功能:如:普通引物对得搜索、测序引物得设计、杂交探针得设计以及评估引物对质量等等。
ﻫﻫ在正式进行引物设计前,我们首先面临得一个任务就就是向Ｏligo程序导入模板序列,根据不同得实验情况，导入模板有三种方法：1，直接用键盘输入：a, 点击fｉｌe菜单中得Ｎew Seqｕence 浮动命令,或直接点击工具栏中得New Seqｕence命令，进入序列展示窗口;b，此时即可键入DNA序列；ﻫｃ, 如果需要得话,Oliｇo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错误。
点击Ediｔ菜单中得“Readｂaｃｋon”即可。
ﻫ２, 利用复制与粘贴:当我们序列已经作为ＴＸT文件存在或其它oｌigo不能直接ｏpen得文件格式,如word文件、html格式,这个功能就显得很有用了。
在相应文件中复制序列后在序列展示窗口粘贴，ｏligo会自动去除非碱基字符.当序列输入或粘贴完成后,点击Aｃcept/Ｄｉｓcard菜单中得Acｃepｔ浮动命令，即可进入引物设计模式。
3ﻫ，如果序列已经保存为Se ｑ格式或者FAＳＴA,GenＢanｋ格式时，ｏligo就可以直接打开序列文件.点击Filｅ菜单中得“Ｏpen”浮动命令，找到所需文件，打开即可。
进入引物设计模式后,oｌigo一般会弹出三个窗口,分别就是６－碱基频率窗口,碱基退火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中得退火温度窗口就是我们引物设计得主窗口，其它得两个窗口则在设计过程中起辅助作用,比如6—碱基频率窗口可以使我们很直观地瞧到所设计引物在相应物种基因组中得出现频率，如果我们得模板就是基因组DＮＡ或混合ＤＮA时,该信息就显得有用了,而内部稳定性窗口则可以显示引物得5'端稳定性就是否稍高于3’端等。
ﻫ一，普通引物对得搜索：ﻫ以Ｍousｅ４E(cDNＡ序列）为例。
我们得目得就是以Moｕse 4E（2361 ｂp）为模板，设计一对引物来扩增出600－800ｂp长得pcr产物.1，点击“Seａrｃh“菜单中得"FoｒＰrｉmｅrｓand Ｐroｂeｓ“命令,进入引物搜索对话框；2ﻫ，由于我们要设计得就是一对PCR引物，因此正、负链得复选框都要选上,同时选上ｐatibｌe pairs.在Oligｏ默认得状态下，对此引物对得要求有:a，无二聚体；b，３’端高度特异，GC含量有限定,d,去除错误引发引物等。
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引物设计软件oligo 应用简介
作者： 来源： 时间： 2007-03-07 字体： [大 中 小]
在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。
它的使用并不十分复杂，但初学者容易被其复杂的图表吓倒。
Oligo 5.0的初始界面是两个图：Tm 图和ΔG 图；Oligo 6.0的界面更复杂，出现三个图，加了个Frq 图。
“Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。
但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。
oligo 的下载和安装我就不多说了，打开oligo 相信也无需多讲。
打开oligo 的页面如下：
单击file 菜单再点open 或点击“打开”快捷图标或者用快捷键“CTrl＋O”可打开下面的窗口
在打开的OPEN窗口内选择FreqSeq再点“打开”
选择drosfr或者其它一个文件点击“打开”
出现以下窗口，点击“window”再点击“Tile”
出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG和Frq，其中Frq是6.0版本的新功能，
为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。
该频率高则可增加错误引发的可能性。
因为分析要涉及多个指标，起动窗口的cascade排列方式不太方便，可从windows菜单改为tile方式。
如果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如Frq，这样界面的结构同于Oligo 5.0，只是显示更清楚了。
∆G值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的∆G值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低（如图：）
Tm值曲线以选取72℃附近为佳，5’到3’的下降形状也有利于引物引发聚合反应。
Frq曲线为“Oligo 6”新引进的一个指标，揭示了序列片段存在的重复机率大小。
选取引物时，宜选用3’端Frq值相对较低的片段
再点击Search再点“Fo'r Primers and probes”或使用快捷键F3
出现以下窗口，点OK就OK了。
当然你也可以点击“Prameters”和“Search Range”选择你要的参数和你上下游引物的位置及你扩增产物的长度。
出现Search Status窗口，点“OK”
出现Primer pairs窗口，
＃代表引物对的编号，
依次为引物对所处的位置、
产物的长度、最适合的退火温度
和GC的百分含量
点击任一行出现“PCR”窗口，告知你扩增片断的位置，最合适的退火温度等等信息。
关掉“PCR窗口”和“primer Pairs窗口”回到原来的窗口你就能看到你引物的序列和位置，图中手型鼠标所指即为引物序列。
至此引物设计已经完成，你可以用“Analyse”菜单分析你的引物：有无引物二聚体、发卡结构等等。
当上下游引物全选好以后，需要对引物进行评价并根据评价对引物进行修改。
首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。
需要注意的是，引物二聚体有可能是上游或下游引物自身形成，也有可能是在上下游引物之间形成（cross dimer）。
二聚体形成的能值越高，越不符合要求。
一般的检测（非克隆）性PCR，对引物位置、产物大小要求较低，因而应尽可能选取不形成二聚体或其能值较低的引物。
第二项检查是发夹结构（hairpin）；与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好。
一般来说，这两项结构的能值以不超过4.5为好。
当然，在设计克隆目的的PCR引物时，引物两端一般都添加酶切位点，必然存在发夹结构，而且能值不会太低。
这种PCR需要通过灵活调控退火温度以达到最好效果，对引物的发夹结构的检测就不应要求太高。
第三项检查为GC含量，以45-55％为宜。
有一些模板本身的GC含量偏低或偏高，导致引物的GC含量不能被控制在上述范围内，这时应尽量使上下游引物的GC含量以及Tm值保持接近，以有利于退火温度的选择。
好了，oligo使用的简单介绍到此结束。
谢谢各位！。