ChIP常见问题汇总
ChIP实验常见问题解析
ChIP实验常见问题解析ChIP实验常见问题解析1.染色质免疫共沉淀(ChIP)实验中使用超声方法断裂染色质温度不易控制，可能会使蛋白变性，如何进行优化？染色质免疫共沉淀(ChIP)实验中超声的优化一般从如下几个方面考虑:（1）重复已发表文献中的剪切方案时建议进行优化。
尤其是当仪器不同于文献中所使用的仪器时。
（2）使用基于探头的超声破碎仪时，探头要适于样品体积。
（3）在任何情况下，剪切参数都应当根据样品体积、细胞密度和细胞类型而优化。
（4）优化应当包括功率设置（超声时间 vs. 间隙时间/休息时间）以及获得长度为200 – 1000 bp的DNA片段所需的剪切循环数，每个优化实验只优化一种参数；（5）注意时间和功率设置。
过度破碎和太高功率设置会损害在免疫沉淀步骤中的表位。
降低染色质免疫共沉淀（ChIP）信号。
（6）始终保持裂解液冰冷，间断超声（而非连续），因为超声处理产生热量会使染色质变性。
（7）在超声破碎过程中避免气泡。
泡沫会导致蛋白质的表面变性，可能使染色质损失在气泡中。
为了避免这种情况，一开始设为较低功率，再逐步提高。
（8）在优化条件时，每个超声破碎循环后通过琼脂糖凝胶电泳分析DNA片段的长度。
剪切不足所产生大的不溶复合物可能堵塞琼脂糖凝胶的孔，并延缓电泳过程。
通过消化蛋白质、逆转交联、酚:氯仿提取和沉淀来纯化DNA。
2.染色质免疫共沉淀（ChIP）实验研究转录因子，调控因子结合的DNA和组蛋白结合的DNA操作上最大的区别是什么？染色质免疫共沉淀（ChIP）实验中由于组蛋白在染色质中表达相对较高且较稳定，转录调控因子表达水平很低，往往是瞬时表达。
所以组蛋白相对研究起来更为容易，一般需要105-106个细胞即可完成一个染色质免疫共沉淀（ChIP）反应。
研究起始样本量（细胞，组织）要是组蛋白的10倍，一般每个反应至少需要107个细胞。
另外有些转录因子比较大，往往结合多个核小体，因此在染色质断裂的时候，不太适合使用酶法的处理方式，建议使用超声断裂染色质的方法。
芯片技术应用中常见问题及解决方案解析
芯片技术应用中常见问题及解决方案解析随着科技的不断发展，芯片技术在各个领域都得到了广泛的应用，从智能手机到汽车控制系统，从医疗设备到工业自动化，芯片技术的应用无处不在。
然而，在芯片技术的应用过程中，我们也会面临一些常见问题。
本文将对这些问题进行解析，并提供相应的解决方案。
首先，一个常见的问题是芯片的散热。
由于芯片在工作过程中会产生大量的热量，如果散热不良，会导致芯片温度过高，进而影响芯片的性能和寿命。
解决这个问题的方法有很多，例如使用散热片、风扇或液冷系统来提高散热效果。
此外，还可以通过优化芯片的设计，减少功耗，从而降低芯片的温度。
另一个常见的问题是芯片的功耗管理。
随着芯片功能的不断增加，功耗管理变得尤为重要。
高功耗不仅会导致芯片发热，还会消耗大量的电能，降低设备的续航时间。
为了解决这个问题，可以采取一系列的措施，如优化芯片的电源管理策略，采用低功耗的设计技术，以及使用智能功耗管理算法等。
通过这些措施，可以有效降低芯片的功耗，提高设备的续航时间。
此外，芯片的安全性也是一个重要的问题。
随着互联网的普及，越来越多的设备通过网络连接，这也使得芯片的安全性面临更多的挑战。
黑客可以通过漏洞攻击芯片，窃取用户的个人信息或者控制设备。
为了保护芯片的安全，可以采取一系列的安全措施，如加密算法、访问控制机制、漏洞修复等。
此外，及时更新芯片的固件也是保护芯片安全的重要手段。
还有一个常见的问题是芯片的可靠性。
芯片作为设备的核心部件，其可靠性直接影响设备的性能和寿命。
在芯片设计和制造过程中，需要采取一系列的措施来提高芯片的可靠性。
例如，采用可靠的材料和工艺，进行严格的测试和验证，以及建立完善的质量控制体系等。
此外，还可以通过冗余设计和故障检测机制来提高芯片的可靠性。
最后，芯片技术应用中还存在着一些其他的问题，如芯片的集成度、性能的提升、成本的控制等。
解决这些问题需要综合考虑各种因素，并采取相应的措施。
例如，可以采用先进的封装技术来提高芯片的集成度，使用新的材料和工艺来提升芯片的性能，以及优化设计和生产流程来降低芯片的成本。
主板芯片维修
主板芯片维修主板芯片是计算机中最重要的部件之一，它负责连接和管理各个硬件设备，并且控制整个计算机系统的运行。
由于主板芯片的复杂性和其在计算机中的关键作用，一旦出现问题，就需要及时修复。
本文将介绍主板芯片的常见问题及维修方法。
主板芯片的常见问题主要包括以下几种：1. 引脚接触不良：主板芯片的引脚用于连接其他硬件设备，如果接触不良，就会导致设备无法正常工作。
这个问题通常是由于长时间使用导致的，可以通过使用电子清洁剂来清洁引脚，或者使用酒精擦拭来修复。
2. 芯片损坏：主板芯片由于长时间的使用和外部环境的影响，可能会损坏。
损坏的主板芯片会导致计算机无法启动，或者运行缓慢。
此时，需要更换损坏的芯片，通常需要将主板整体送到专业的维修中心，由技术人员进行更换。
3. 主板芯片过热：主板芯片在长时间高负载的情况下，由于没有足够的散热设计，可能会过热。
过热的芯片会导致计算机性能下降，甚至无法正常工作。
解决这个问题的方法是增加散热装置，如风扇、散热片等，以提高芯片的散热效果。
4. BIOS设置错误：BIOS是电脑开机自检的一个环节，如果设置错误，就会导致主板芯片无法正常工作。
解决这个问题的方法是进入BIOS设置界面，检查和修正错误的设置。
对于上述问题，我们可以采取以下几种维修方法：1. 清洁与保养：定期清洁主板芯片的引脚，以确保良好的接触；同时，可以使用风扇、散热片等散热装置来保证芯片运行在适宜的温度范围内。
2. 更换芯片：如果主板芯片损坏，需要更换损坏的部分。
这个过程需要专业的技术人员进行操作，因为芯片替换是一项复杂的工作。
3. 修复BIOS设置错误：如果主板芯片由于错误的BIOS设置而无法正常工作，可以进入BIOS设置界面，检查和修正错误的设置。
这个过程需要一定的计算机知识，如果不确定，可以咨询专业人士的建议。
4. 升级主板芯片：如果主板芯片无法满足需求，可以考虑升级主板芯片。
这个过程需要购买合适的芯片，并由专业技术人员进行安装。
芯片技术应用中常见问题解决指南
芯片技术应用中常见问题解决指南在现代科技发展的浪潮中，芯片技术的应用越来越广泛。
无论是电子产品还是智能设备，芯片都是其核心组成部分。
然而，由于芯片技术的复杂性和多样性，常常会出现一些问题。
本文将针对芯片技术应用中常见的问题进行解决指南，帮助读者更好地应对和解决这些问题。
1. 芯片过热问题芯片在长时间工作或高负载情况下容易产生过热问题，这可能导致设备性能下降甚至损坏芯片。
解决这个问题的方法有多种。
首先，可以通过增加散热装置来提高芯片的散热效果。
例如，可以在芯片上安装散热片或风扇，增加散热面积和风流，有效降低芯片温度。
其次，可以通过优化设备的工作环境来减少芯片的温度。
例如，保持设备通风良好，避免将设备放置在封闭的空间或堆放物体上，以免影响散热。
最后，可以通过降低设备的工作负载来减少芯片的发热量。
例如，关闭一些不必要的程序或功能，减少芯片的计算压力，从而降低芯片温度。
2. 芯片兼容性问题在使用芯片时，有时会遇到兼容性问题，即芯片与其他硬件或软件不兼容，导致设备无法正常工作。
解决这个问题的方法如下。
首先，可以通过更新设备的驱动程序或固件来解决兼容性问题。
驱动程序或固件的更新通常包含了对新硬件或软件的兼容性优化，可以解决设备与芯片之间的兼容性问题。
其次，可以尝试调整设备的设置或参数，以适应芯片的要求。
例如，某些芯片可能对电压或频率有特定的要求，可以通过调整设备的设置来满足这些要求，从而解决兼容性问题。
最后，如果以上方法无法解决兼容性问题，可以考虑更换芯片或设备。
有时，不同品牌或型号的芯片具有不同的兼容性，选择合适的芯片或设备可能会解决兼容性问题。
3. 芯片安全性问题随着互联网的普及和信息安全的重要性日益凸显，芯片的安全性问题也备受关注。
在芯片技术应用中，如何保护芯片的安全性成为一个重要的问题。
以下是一些建议。
首先，可以通过加密技术来保护芯片的安全性。
加密技术可以对芯片中的数据进行加密，防止未经授权的访问和窃取。
芯片技术的使用中常见问题解析
芯片技术的使用中常见问题解析随着科技的不断发展，芯片技术在各个领域得到了广泛的应用。
从智能手机到电脑、汽车，再到工业控制系统，芯片技术无处不在。
然而，由于其复杂性和特殊性，芯片技术的使用中常常会遇到一些问题。
本文将针对芯片技术的使用中常见问题进行解析，帮助读者更好地理解和应对这些问题。
一、芯片过热问题在长时间运行或高负载情况下，芯片可能会出现过热的问题。
这会导致设备性能下降、甚至损坏芯片。
造成芯片过热的原因有很多，例如散热系统不良、环境温度过高等。
解决芯片过热问题的方法有很多，最常见的是增加散热系统，如风扇、散热片等。
此外，合理使用设备、避免长时间高负载运行也是预防芯片过热的重要措施。
二、电源管理问题芯片技术在使用中对电源的需求非常高，因此电源管理问题也是常见的。
例如，电源供应不稳定、电池寿命短等。
为了解决这些问题，可以采取一些措施。
首先，选用质量好、稳定性高的电源供应设备，如电源适配器。
其次，合理使用电池，避免频繁充放电，延长电池寿命。
另外，合理的电源管理策略也是重要的，如设置节能模式、合理分配电源负载等。
三、兼容性问题芯片技术的应用范围广泛，不同设备之间的兼容性问题也是常见的。
例如，某些软件或硬件可能无法与芯片兼容，导致设备无法正常工作。
解决兼容性问题的方法有很多，首先可以通过升级软件或固件来解决一些已知的兼容性问题。
其次，可以寻找替代的软件或硬件设备，以满足兼容性要求。
此外，及时更新芯片驱动程序也是解决兼容性问题的重要措施。
四、安全性问题随着芯片技术的应用越来越广泛，设备的安全性问题也变得越来越重要。
例如，芯片可能存在漏洞，被黑客利用进行攻击。
为了解决安全性问题，可以采取一些措施。
首先，及时更新设备的软件和固件，以修补已知的安全漏洞。
其次，加强设备的物理安全措施，如使用密码、指纹识别等。
另外，定期进行安全性评估和漏洞扫描也是保障设备安全的重要手段。
五、故障排除问题在芯片技术的使用中，设备可能会出现各种故障，例如系统崩溃、设备无法启动等。
常见芯片不良原因
常见芯片不良原因常见芯片不良原因包括以下几个方面：1. 设计问题：当芯片设计中存在错误、缺陷或不完善时，可能会导致芯片的不良。
设计问题可能包括电路逻辑设计错误、时序设计错误、电磁兼容性设计不足等。
这些问题可能会导致芯片无法正常工作、性能不稳定或者容易出现故障。
2. 制造工艺问题：芯片制造过程中存在的问题也是常见的芯片不良原因之一。
制造工艺问题可能包括晶圆加工不当、掩膜制作错误、金属线连接不良、氧化层问题等。
这些问题可能会导致芯片的物理结构不符合要求，影响芯片的性能和可靠性。
3. 材料问题：芯片的性能和可靠性也与所使用的材料密切相关，如果芯片中使用的材料质量不良或者不符合要求，可能会导致芯片的不良。
例如，材料的纯度不高、杂质含量过高，都会对芯片的性能产生负面影响。
4. 温度问题：芯片工作时的温度也是影响芯片性能和可靠性的重要因素。
过高或过低的温度可能导致芯片工作不稳定，甚至达到熔点或烧毁。
因此，合适的散热措施和温度管理对芯片的工作稳定性至关重要。
5. 静电放电：静电放电是导致芯片不良的常见原因之一。
静电放电可能在生产过程中或使用过程中发生，会对芯片产生瞬间高压电流冲击，导致芯片损坏。
为了避免静电放电对芯片造成不良影响，需要进行适当的静电防护和处理。
6. 过电流或过压：过电流或过压也是常见的芯片不良原因。
当电流或电压超过芯片的额定值时，芯片可能无法承受这些过大的电流或电压，从而出现不良。
过电流或过压可能由于电路设计缺陷、电源质量问题或外部电力环境突变等引起。
7. 机械应力：芯片在使用过程中，很容易受到机械应力的影响。
例如，芯片过度弯曲、挤压或撞击等，都可能导致芯片内部结构损坏或器件接触不良，从而导致芯片的不良。
8. 使用环境问题：芯片的使用环境可能对其性能和可靠性产生重要影响。
例如，高温、高湿度或者强磁场等恶劣的使用环境可能导致芯片的不良。
9. 测试问题：芯片的制造过程中，需要进行各种测试以保证其质量。
芯片技术使用中的常见困扰与解决方法
芯片技术使用中的常见困扰与解决方法近年来，随着科技的不断进步，芯片技术在各个领域得到了广泛应用。
然而，在芯片技术使用过程中，也经常会遇到一些困扰。
本文将探讨芯片技术使用中的常见困扰，并提供一些解决方法。
一、芯片选型困扰在芯片技术使用之初，首先要面临的问题就是芯片选型。
市场上有各种各样的芯片，如何选择适合自己应用需求的芯片成为了一项重要任务。
在面对众多芯片选项时，我们可以从以下几个方面进行考虑：1. 应用需求：首先要明确自己的应用需求，包括性能要求、功耗要求、接口要求等。
根据这些需求，筛选出符合要求的芯片。
2. 可靠性和稳定性：芯片的可靠性和稳定性对于应用来说至关重要。
可以通过查阅相关的技术文档、参考用户评价等方式来评估芯片的可靠性和稳定性。
3. 供应链和技术支持：供应链和技术支持也是选择芯片时需要考虑的因素。
选择有稳定供应链和提供良好技术支持的芯片厂商，能够帮助我们解决后期使用中的问题。
二、芯片设计与调试困扰在芯片技术使用过程中，芯片设计与调试是一个非常重要的环节。
以下是一些常见的芯片设计与调试困扰及其解决方法：1. 电源管理：芯片的电源管理是一个关键问题。
在设计过程中，需要考虑电源的稳定性和效率。
此外，还需要注意电源管理与其他模块的相互影响。
解决这一问题的方法是合理设计电源电路，进行电源噪声抑制和滤波。
2. 时钟设计：芯片中的时钟设计也是一个重要的方面。
时钟信号的稳定性和精确性对于芯片的性能至关重要。
在设计过程中，需要合理布局时钟线路，减小时钟抖动和时钟偏移。
3. 信号完整性：芯片中的信号完整性问题也是一个常见的困扰。
信号完整性指的是信号在传输过程中是否能够保持原有的波形和功率。
解决这一问题的方法包括合理布局信号线路，增加信号层次，减小信号串扰等。
三、芯片测试与验证困扰在芯片技术使用过程中，芯片测试与验证是必不可少的环节。
以下是一些常见的芯片测试与验证困扰及其解决方法：1. 功耗测试：芯片的功耗测试是一个重要的环节。
芯片故障处理方法及设备
芯片故障处理方法及设备一、引言芯片是现代电子设备中不可或缺的核心组成部分，它的功能和性能直接影响着整个设备的运行。
然而，由于各种原因，芯片故障时有发生。
为了保证设备的正常运行，需要掌握一些芯片故障处理方法及相应的设备。
二、常见芯片故障类型及处理方法1. 电压不稳定电压不稳定是芯片故障的常见原因之一。
处理方法是通过使用稳压器来稳定电压，保证芯片正常工作。
稳压器根据不同的芯片类型和工作电压选择合适的型号和参数。
2. 温度过高温度过高会导致芯片性能下降甚至损坏。
处理方法是使用散热器来降低芯片温度。
散热器通过增加散热面积和利用风扇进行强制风冷来提高散热效果。
另外，合理的布局和散热设计也能有效降低芯片温度。
3. 过电流过电流是指芯片工作时电流超过设计范围，可能导致芯片烧毁。
处理方法是使用电流保护器或保险丝来限制电流。
电流保护器可根据芯片的额定电流选择合适的型号和参数，起到保护芯片的作用。
4. 静电击穿静电击穿是芯片故障的常见原因之一，可能会导致芯片失效。
处理方法是使用静电保护设备来防止静电对芯片的影响。
常见的静电保护设备包括静电手环、静电垫等，使用时应注意正确接地，避免静电对芯片的损害。
5. 异常信号干扰异常信号干扰是芯片工作异常的原因之一，可能导致芯片无法正常运行。
处理方法是使用滤波器或屏蔽设备来抑制干扰信号。
滤波器可根据信号频率和干扰类型选择合适的型号和参数，起到净化信号的作用。
三、常用芯片故障处理设备1. 稳压器稳压器是用来稳定电压的设备，常见的稳压器有线性稳压器和开关稳压器。
线性稳压器适用于对电压稳定性要求较高的场合，开关稳压器适用于对效率要求较高的场合。
2. 散热器散热器是用来降低芯片温度的设备，常见的散热器有散热片、散热风扇等。
散热器的选择应根据芯片的功耗和散热要求进行。
3. 电流保护器电流保护器是用来限制电流的设备，常见的电流保护器有电流限制器和保险丝等。
电流保护器可根据芯片的额定电流选择合适的型号和参数。
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ChIP常见问题汇总1． ChIP是什么？答：染色质免疫沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，简称ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的一种技术。
它利用抗原抗体反应的特异性，可以真实地反映体内蛋白因子与基因组DNA结合的状况。
2． ChIP有哪些应用？答：近年来由于该技术不断的发展和完善，其应用范围已经从研究目的蛋白与已知靶序列间的相互作用，发展到研究目的蛋白与整个基因组的未知序列的相互作用；从研究一个目的蛋白与DNA的相互作用，发展到研究两个蛋白与DNA共同结合的相互作用；从研究启动子区域的组蛋白的修饰，发展到研究结合在DNA序列上的蛋白复合物。
3． ChIP技术的原理？答：生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起，通过超声或酶处理将染色质切为小片段后，利用抗原抗体的特异性识别反应，将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来。
染色质免疫沉淀技术一般包括细胞固定，染色质断裂，染色质免疫沉淀，交联反应的逆转，DNA的纯化，以及DNA的鉴定。
因为ChIP实验涉及的步骤多，结果的重复性较低，所以对ChIP实验过程的每一步都应设计相应的对照，而且对结果的分析也需要有一定的经验。
4．做ChIP试验，必须做甲醛固定么？答：不一定，视样品及试验方案而定。
做甲醛固定的为X-ChIP，而不需要固定的为N-ChIP。
甲醛能有效的使蛋白质-蛋白质，蛋白质-DNA，蛋白质-RNA交联，形成生物复合体，防止细胞内组分的重新分布。
甲醛的交联反应是完全可逆的，便于在后续步骤中对DNA和蛋白质进行分析。
甲醛的交联反应可被加入的甘氨酸终止。
5．为什么必须将DNA切碎至少于1000bp大小（大约3个核小体~400-500bp）?答：为确保ChIP实验有良好精度。
若您的平均片段长度大于1000bp，您将会分离获得包含您目标序列的DNA，但所要研究的蛋白会离您目标序列有700个核苷酸的距离。
6．为什么使用鲑鱼精子DNA来封闭琼脂糖珠子？为什么我的样品中鲑鱼精子DNA不会发生PCR反应？答：鲑鱼精子用于降低降低染色质DNA与琼脂糖珠子的非特异性结合。
实验者不太可能对鲑鱼组织做ChIP实验，所以此DNA不会因交叉杂交而被PCR引物扩增。
7．引物最佳设计是什么样的？答：引物长度应为24个核苷酸，应含有50%GC碱基对，Tm值为60°C。
不要扩增大于600-800个核苷酸的序列。
不必考虑基因组内不独一序列。
8．您推荐下如何从琼脂糖（或琼脂糖凝胶）中洗脱抗体-蛋白-DNA复合物，用来做re-ChIP试验？答：在ChIP分析试剂盒内可找到洗脱缓冲液，用它洗脱复合物。
对于re-ChIP，有必要添加蛋白酶抑制剂到免疫沉淀洗液和洗脱缓冲液，及第二轮实验用的稀释缓冲液。
请确定所有溶液处于低温，蛋白质不会因此而在收集第一次免疫沉淀的复合物或第二次免疫沉淀时降解。
9. 蛋白A琼脂糖能被用于小鼠IgM?答: 蛋白质A不能与小鼠IgM结合。
可以考虑用一个桥接抗体连接。
10. 在做ChIP之前，有办法纯化细胞核么？答: 在细胞与甲醛交联后，细胞核可通过“溶胀缓冲液”培育及剪刀细胞均质器（dounce homogenization）制备（至少10倍体积）。
溶胀缓冲液：25M Hepes, pH 7.81.5mM MgCl210mM KCl0.1% NP-401mM DTT0.5mM PMSF蛋白酶抑制剂混合剂然后按照protocol在SDS裂解液中裂解11: ChIP超声波的最佳条件？答: 1. 确定裂解物在冰上放置了至少10分钟。
不要震荡或者摇晃裂解物，避免有气饱（气泡产生）。
超声波仪会替你做这些。
2．脉冲应在~10秒（与体积一致）。
3. 样品量小于400 uL间隔应大于1分钟，在EP管中的更大体积间隔大于3分钟。
4. 避免泡沫。
请确定超声探头靠近液体底部（不能让探头碰到管壁）。
5．若发现泡沫，立即停止超声，置于冰上。
旋转EP管以去除泡沫，继续超声。
6. 在按“开始”键之前将探头置于液体中。
12: 客户能只用哺乳动物细胞的细胞核而不是整个细胞么？答: 是，实际上比起全细胞，细胞核更好。
我们用全细胞裂解物，因为它更简便，通常也能得到好结果。
此页有一些相关信息：/researchtools/protocol.php?protid=1013. 我是否可以改变逆转交联的时间和温度?答：并不推荐少于4个小时的逆转交联. 但是, 可以将样本在65度过夜逆转交联.需要注意的是,样品不能干掉。
14. 做组蛋白ChIP时, 什么时候不需要交联?答：native ChIP中, Histone H3 and Histone H4 都不需要交联反应, 因为它们本身来说和DNA结合的非常紧密. 组蛋白H2A和H2B并不是紧密联接,但是在native ChIP中依然可以不需要交联反应.请ChIP初学者尤其注意此条！15. 什么是input DNA? Output DNA?答：从染色质上获得的未做过IP的已经被逆转交联的DNA. 它是检查PCR是否有效的对照。
Output DNA是来自每次IP实验的DNA.其实就是genomic DNA. 在ChIP实验中, sonication 或酶解后, 样本取部分不做IP, 直接逆转交联. 它的最主要的作用就是检查PCR系统是否work. 通常情况下, 在该条道中,都可以看到条带的.如果没有,说明PCR系统不work.16. 通过改善交联是否能提高ChIP的enrichment?答：Not likely.Formaldehyde is a very reactive dipolar compound in which the carbon atom acts as a nucleophilic center for amino and imino groups of amino acids (Lys, Arg, and His) and of DNA (primarily A and C), leading to the formation of a Schiff base. This intermediate can further react with a second amino group, resulting in the final DNA–protein complex 1-3. Your protein, or the protein-DNA complex, also crosslink with other proteins and lipids, via the same mechanism,. Increasing formaldehyde concentration and/or the incubation time may adversely affect immunoprecipitation. It is recommended that you optimize other parts of the protocol for improvement.17. 如何来量化经IP后的DNA?答：DNA purified from ChIP experiments can be quantitated by PCR, providing the amplifying oligos meet specific criteria. Oligos should be 24 mers, with a GC content of 50% (+/- 4) and a Tm of 60.0C (+/- 2.0). You must be certain that the PCR reactions are within the linear range of amplification. Generally it takes time to achieve this. Too much input DNA will affect your results, so set up several tubes for each experiment to optimize the input DNA. Generally, this is about 1/25th to 1/100th for yeast, approximately 1/10 for mammalian cells, but depends on the amount of antibody and input chromatin. Also, do notuse more than 20 cycles, making sure that dNTP's always remain in excess. Also, include each reaction a control primer (to compare your experimental band against-make sure the sizes are sufficiently different to allow proper separation-75 base pairs is usually OK) set to a region of the genome that should not change throughout your experimental conditions. Also PCR from purified input DNA (no ChIP) and include no antibody control PCR's as well. PCR products should be no more than 500 base pairs and should span the area of interest (where you think you will see changes in acetylation or methylation of histones). All PCR products should be run on 7-8% acrylamide gels and stained with SYBR Green 1 (Molecular Probes) at a dilution of 1:10,000 (in 1X Tris-borate-EDTA buffer, pH 7.5) for 30 minutes-no destaining is required. Quantitation is carried out subsequent to scanning of the gel on a Molecular Dynamics Storm 840 or 860 in Blue fluorescence mode with PMT voltage at 900 with ImageQuant software. This has distinct advantages over ethidium bromide staining. SYBR Green is much more sensitive, and illumination of ethidium stained gels can vary across the gel based on the quality of UV bulbs in your in your light box. For further info, see Strahl-Bolsinger et al. (1997) Genes Dev. 11: 83-93. A radioactive quantitation method is described in Suka et al (2001) Molec. Cell, 8: 473-479.18. 为什么ChIP试验需要用经验证的抗体？答：抗原抗体之间的结合是通过抗体特异性的识别抗原表位并结合的，有的抗体识别的抗原表位比较小，不容易暴露，在ChIP实验中容易被DNA包裹，从而使抗体无法结合，因此用来做ChIP的抗体一般是需要经过chip实验验证的，商业化的抗体都应该是验证过的。