TYMS基因在64例肝癌患者中的表达
m6A甲基化修饰识别蛋白YTHDF2在肝癌组织中的表达及临床意义

现代生物医学进展 Progress in Modern Biomedicine VoL21 NO.9 MAY.2021•1601 •doi: 10.1324 l/j.c n k i.p m b.2021.09.001•基础研究•m6A甲基化修饰识别蛋白YTHDF2在肝癌组织中的表达及临床意义*王月帆1葛春梅1尹昊瓒1戴智慧1董峻鹏1季曼1李雯2杨富1△(1海军军医大学医学遗传学教研室上海200433 ;2东方肝胆外科医院肝外-科上海200438)摘要目的:探讨m6A 甲基化修饰结合蛋白YTHDF2(YTH domain-containing family protein 2)在肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达及临床意义。
方法:1)采用Western b lo t和实时焚光定量PCR(Quantitative Real Time PCR,qRT-PCR)检测20对肝癌和癌旁组织中Y TH DF2在蛋白和m R N A水平的表达情况。
2)通过免疫组织化学(Immunochemistry,IHC)检测40对肝癌和癌旁组织芯片Y TH D F2的表达情况,并以H-score评分法进行半定量分析。
3)通过基因表达谱数据动态分析数据库GEPIA (/)分析YTH DF2在肝癌组织中的表达及对患者生存预后的影响;通过胖瘤免疫评估资源数据库TIMER (https://cistrome.shinyapps.io/timer/)分析YTHDF2与肝癌免疫微环境的相关性:结果:相比于癌旁肝组织,YTHDF2在肝癌组织中蛋白和m R N A水平均显著高表达(/><0.05);G E P IA数据库分析验证:YTHDF2肝癌组织表达水平高于正常肝组织,且YTHDF2在肝癌不同分期中表达水平均高于正常肝组织(P=0.0206),Stage III期最为明显;Y TH D F2高表达患者的总体生存率(Overall Survival, OS) 和无复发生存率(Disease Free Survival, DFS) 均较差(卢0.00027 和 P=0.013);TIMER 数据库分析表明:YTHDF2 在肝癌免疫微环境中与各类免疫细胞呈正相关(P C0.05),但肝癌患者的累积存活率不受免疫细胞的影响(P>0.05),Y T H D F2高表达对患者的生存预后具有不良影响(P=0.007)。
TYMS

TYMS基因氟类药物是尿嘧啶的氟代衍生物,该类药物包括5-氟尿嘧啶(5-FU)、替加氟、卡莫氟、氟尿苷、脱氧氟尿苷以及具有化疗靶向性的卡培他滨(希罗达)等。
这类药物在细胞内转变为5-氟尿嘧啶脱氧核苷酸(5F-dUMP)从而抑制脱氧胸苷酸合成酶,阻止脱氧尿苷酸(dUMP)甲基化为脱氧胸苷酸(dTMP),从而影响DNA的合成。
另外,也能掺入RNA 中干扰蛋白质合成,从而起到抑制肿瘤细胞生长的作用。
TYMS(thymidylate synthase)基因编码的胸苷酸成酶(TS)是嘧啶核苷酸合成的限速酶,是肿瘤生长的重要因子。
同时它是5-FU发挥细胞毒性作用的目标酶。
5-Fu在体内须转化为相应的核苷酸类似物才能发挥细胞毒作用,其主要机制为转化为一磷酸氟代脱氧尿苷(F dUMP),后者与TYMS、5,10-亚甲基四氢叶酸形成三联复合物,并抑制TYMS,阻碍dTMP的从头合成;并且以FdUTP或FUTP的形式掺入到DNA或RNA分子中,破坏其结构和功能。
在结直肠癌等多种肿瘤的临床研究中,都显示TYMS 基因mRNA表达水平与5-FU疗效密切相关。
临床研究结果表明,TYMS mRNA表达水平低的肿瘤患者接受氟类化疗的效果较好,中位生存期较长;反之,TYMS高表达的患者对氟类疗效较差。
所以,检测肿瘤患者中TYMS的基因表达水平可以预测氟类药物的疗效。
TYMS的mRNA表达水平与5-FU/奥沙利铂治疗的疗效相关。
TYMS低表达的患者生存期显著长于TYMS高表达的患者[参考文献][1] Rho JK, Choi YJ, Jeon BS, Choi SJ, Cheon GJ, Woo SK, Kim HR, Kim CH, Choi CM, Lee JC (2010) Combined treatment with silibinin and epidermal growth factor receptor tyrosine kinase inhibitors overcomes drug resistance caused by T790M mutation. Mol Cancer Ther 9: 3233-3243.[2] Rosell R, Moran T, Cardenal F, Porta R, Viteri S, Molina MA, Benlloch S, Taron M (2010) Predictive biomarkers in the management of EGFR mutant lung cancer. Ann N Y Acad Sci 1210: 45-52.[3] Taus A, V ollmer I, Arriola E (2011) Activating and resistance mutations of the epidermal growth factor receptor (EGFR) gene and non-small cell lung cancer: a clinical reality. Arch Bronconeumol 47: 103-105.[4] Xu Y, Liu H, Chen J, Zhou Q (2010) Acquired resistance of lung adenocarcinoma to EGFR-tyrosine kinase inhibitors gefitinib and erlotinib. Cancer Biol Ther 9: 572-582.[5] De Luca A, Normanno N (2010) Predictive biomarkers to tyrosine kinase inhibitors for the epidermal growth factor receptor in non-small-cell lung cancer. Curr Drug Targets 11: 851-864.。
TYMS mRNA

T Y M S m R N A表达 水平对 中晚期大肠癌 患者化疗疗效和预后 的影 响
颜 伟 黄 忠诚 。 1 . 湖 南省 人 民医 院 湖南 长沙 4 2 1 0 0 0 湖南 长沙 4 2 1 0 0 0 2 . 湖 南师 范大 学第 一 附属 医 院普外 科
早 期 大 肠 癌 患者 在 手 术 之 后 5年 生 存 几 率 比较 高 ,大约 为 8 8 % 左 右 , 中晚 期 大 肠 癌 患者 比较 多 , 患者 的 预后 差 , 由 此 可 见 针 对 中晚 期 大 肠 癌 患 者 的治 疗 非 常 重 要 [ 1 ] 。本 文 选 取5 O例 中晚期大肠癌患者资料进行回顾性分析 ,5 O例患者
T U B B 3 、R R M I表 达 及 E G F R( E l 9 / E 2 1 ) 突 变 率 的检 测 [ J ] . 中 华 临 床 医师 杂 志 : 电子 版 , 2 0 1 1 ,5( 5 ) :1 4 4 7 — 1 4 5 0 . [ 2 ] V a n O u t s e m E ,M o i s e y e n k o V M ,T j u I a n di n S ,e t a I .
P h a s e I I I s t u d y o f d o c e t a x eI a n d c; s DI a ti n pl L I S
f uor o ur aci I co mp ar e d Wi th Ci s pI a ti n an df uor o ur aci I a s fr s t—I i ne t her a py f or a d van c ed ga s tr i C c an cer:a r ep or t
TMEM64在肝癌组织中高表达并促进肝癌细胞的增殖和侵袭

TMEM64is highly expressed in hepatocellular carcinoma and promotes tumor cell proliferation and invasionCAO Danping 1,CAI Juan 2,LI Yanna 1,DONG Runyu 1,WANG Zhixiong 1,ZUO Xueliang 11Department of Gastrointestinal Surgery,2Department of Oncology,First Affiliated Hospital of Wannan Medical College (Yijishan Hospital),Wuhu 241001,China摘要:目的分析TMEM64在肝癌中的表达情况及对肝癌患者预后评估价值,探讨TMEM64对肝癌细胞增殖和侵袭能力的影响。
方法采用癌症基因组图谱(TCGA )数据库和基因型组织表达项目(GTEx )分析TMEM64在肝癌中表达水平。
采用Wilcoxon 秩和检验方法比较分析TMEM64基因在肝癌和癌旁组织中的表达差异。
利用Kaplan-Meier 曲线和Cox 回归分析评估TMEM64的表达水平对肝癌患者总生存期的影响及预后预测价值。
通过单样本基因富集分析评估TMEM64的表达与免疫细胞浸润水平之间的相关性。
依据TMEM64表达水平及相关临床变量构建基于总体生存率的nomogram 图并进行验证。
细胞实验中,在HCCLM3细胞中敲低TMEM64,分为si-NC (对照组)、si-TMEM64#1(敲低组1)、si-TMEM64#2(敲低组2)3个组;在Huh7细胞中过表达TMEM64,并分为vector (对照组)和TMEM64(过表达组),采用CCK-8、EdU 和克隆形成实验检测TMEM64对肝癌细胞增殖的影响,使用Transwell 和细胞划痕实验验证TMEM64对肝癌细胞迁移和侵袭能力的改变。
生物信息学分析鉴定肝细胞癌中的关键基因和信号通路

基因组学与应用生物学,2020年,第39卷,第9期,第4345-4352页研究报告Research Report生物信息学分析鉴定肝细胞癌中的关键基因和信号通路殷松娜张翔*杜娟陈雅慧延安大学医学院,延安,716000*通信作者,**********************摘要肝细胞肝癌是死亡率较高的癌种之一。
本研究旨在为HCC的发生发展机制研究提供更多数据支持,从而对HCC的基因治疗提供一定的理论基础。
从GEO数据库检索下载肝癌患者芯片数据GSE62232,包括10个正常肝脏样本,81个HCC患者的肿瘤样本。
用Limma包分析HCC肿瘤组织中与正常肝组织中差异表达基因。
随后进行基因本体论(GO)和信号通路(KEGG)富集分析。
Cytoscape的MCODE插件用于分析差异基因的蛋白质相互作用关系。
并筛选出Hub基因并应用Kaplan-Meier分析其在肝癌患者中的总体存活率情况。
筛选得到237个DEGs(82个上调基因和155个下调基因),主要富集在视黄醇代谢通路,P53信号通路和PPAR信号通路。
从PPI网络中鉴定出2个关键子网络和29个Hub基因;并得到与肝癌患者预后不良相关的8个基因的生存曲线。
本研究可为HCC的发生发展的机制研究和药物靶点提供新的研究方向。
关键词肝细胞癌(HCC),差异基因,KEGG信号通路,蛋白质-蛋白质相互作用,Hub基因Identification of Key Genes and Pathways in Hepatocellular Carcinoma Using Bioinformatics AnalysisYin Songna Zhang Xiang*Du Juan Chen YahuiYan'an University Medical College,Yan'an,716000*Corresponding author,**********************DOI:10.13417/j.gab.039.004345Abstract Hepatocellular carcinoma(HCC)is one of the cancers species with high mortality rates.The purpose of this study is to provide more data for the underlying mechanism of HCC,which could be useful for the research of gene therapy.The array data of GSE62232was downloaded from GEO database,including10normal liver samples,and81HCC liver tumors corresponding to81patients.The differentially expressed genes(DEGs)in the HCC tumor tissues compared with the normal liver tissue were analyzed with limma package.The gene ontology(GO)and Kyoto Encyclopedia of Gene and Genomes pathway(KEGG)enrichment analyses were performed subsequently. The Molecular Complex Detection(MCODE)plug-in in Cytoscape was applied to identify protein-protein interaction (PPI)network of the DEGs.Hub genes were picked out and the Kaplan-Meier analysis for overall survival was also applied.237DEGs were identified(82up-regulated and155down-regulated genes),which were enriched in retinol metabolism,P53signaling pathway and PPAR signaling pathway.The top2modules and top29hub genes were identified from the PPI network;survival curves of8genes associated with poor prognosis in patients with liver cancer.This study could provide more data for the underlying mechanism and drug-target for HCC.Keywords Hepatocellular carcinoma(HCC),DEGs,KEGG pathway,PPI,Hub gene基金项目:本研究由陕西省教育厅专项项目(18JK0863)、陕西省教育厅专项项目(18JK0869)、延安大学博士科研启动项目(20504-0136)和延安大学校级引导项目(205100114)共同资助引用格式:Yin S.N.,Zhang X.,Du J.,and Chen Y.H.,2020,Identification of key genes and pathways in hepatocellular carcinoma using bioinformatics analysis,Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue(Genomics and Applied Biology),39(9):4345-4352(殷松娜,张翔,杜娟,陈雅慧,2020,生物信息学分析鉴定肝细胞癌中的关键基因和信号通路,基因组学与应用生物学,39(9):4345-4352)基因组学与应用生物学肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)在全球男性常见恶性肿瘤中占第5位,在全球女性中占第9位,每年约有500000和200000例新病例(Bray et al.,2013)。
TYMS基因在前列腺癌细胞中的表达水平及其临床预后意义

TYMS基因在前列腺癌细胞中的表达水平及其临床预后意义宋章兴;崔应东;饶雪飞【期刊名称】《现代泌尿生殖肿瘤杂志》【年(卷),期】2018(010)001【摘要】Objective To make sure the prognostic relevance of TYMS for patients with pros-tate cancer (PCa)and lay the foundation for the early diagnosis and target therapy for PCa. Meth-ods PCa gene expression studies GSE32448,GSE16560,GSE17951 and GSE79957 were analyzed to make sure the difference of the expression of TYMS between PCa and normal prostate tissue,to determine the correlation between the expression of TYMS and the clinical features (age,TNM stag-ing,Gleason score,and serum PSA level)of PCa patients,and to investigate potentially relevant mechanisms. Results TYMS was significantly increased in PCa cells compared with normal pros-tate tissues (P=0.044 8).PCa patients in the TYMS low expression group had better T staging,Gl-eason score compared with PCa patients in the TYMS high expression group (P=0.002 andP<0.000 1,respectively).The overall survival favored patients with lower expression of TYMS com-pared with those with higher expression of TYMS.TYMS might promote the growth of PCa cells through several biological processes and signaling pathways including E2F signaling,MYC signaling, mitotic spindle,DNA repair,G2M checkpoint,and glycolysis. Conclusions TYMS predicted poor clinical features of patients with PCa andmight be an independent risk factor for patients with PCa.%目的探讨胸苷酸合成酶(TYMS)基因在前列腺癌(PCa)患者中的表达水平及其临床预后意义,为PCa 的早期诊断和靶向治疗奠定基础.方法通过在 GEO(gene expression om-nibus)数据库下载并分析 PCa 基因表达数据集 GSE32448、GSE16560、GSE17951以及 GSE79957,明确TYMS基因在PCa和正常前列腺组织中的表达差异,明确TYMS基因表达与 PCa患者年龄、分期、Gleason评分以及总生存期的相关性,并探讨TYMS基因对于 PCa 细胞可能的作用机制.结果 TYMS在PCa中的表达水平明显高于其在正常前列腺组织中的表达水平(P=0.0448),高表达TYMS的PCa患者T分期、Gleason评分明显差于低表达 TYMS基因的 PCa 患者(P 值分别为0.002和<0.0001).低表达 TYMS 基因的 PCa 患者总生存期明显优于高表达 TYMS 基因的PCa患者(P=0.0056).基于 TYMS基因集富集分析表明,TYMS 可能通过多种信号通路(E2F、MYC)、细胞周期(有丝分裂、G2M检查点)以及细胞代谢(糖酵解)等途径影响PCa细胞增殖.结论 TYMS与PCa患者的不良预后密切相关,可作为PCa 的独立危险因素.【总页数】4页(P32-35)【作者】宋章兴;崔应东;饶雪飞【作者单位】445000 湖北恩施土家族苗族自治州民族医院;445000 湖北恩施土家族苗族自治州民族医院;445000 湖北恩施土家族苗族自治州民族医院【正文语种】中文【相关文献】1.婆罗双树样基因4在人前列腺癌细胞和组织中的表达及其与临床预后之间的关系[J], 赖义明;李金;王淦平;郭正辉;黄海;凌逸虹;曾乐祥;陈杰青;曹亿;余永晟;张思敏;张一鸣2.多靶标检测平台分析肺腺癌患者不同分化程度中ERCC1、TYMS、RRM1、TUBB3基因表达及意义 [J], 伍青;朱彦君;徐彪;郭延林;吴科;阳晓波3.晚期肺腺癌组织中 TYMS基因表达水平判定及其临床意义验证 [J], 张志豪;朱有才;邬冬强;肖怀清;郭大为;王细勇;陈华飞;李晓峰;杜开齐4.EGFR野生型NSCLC患者ERCC1、RRM1、TYMS和TUBB3 mRNA表达水平对化疗效果和预后的影响 [J], 石琴;陈群;谢强;肖松;林江平;王成辉5.ERCC1 BRCA1 TYMS 的 mRNA 表达水平和 UGT1A1多态性检测在结直肠癌患者个体化化疗中的临床意义 [J], 曾令海;王亚旭;谢凯;张灵敏因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
胰腺癌细胞TYMS基因表达与化疗敏感性的关系

胰腺癌细胞TYMS基因表达与化疗敏感性的关系张强;何涛;张彤【期刊名称】《内蒙古医科大学学报》【年(卷),期】2014(036)001【摘要】目的:探讨胸苷酸合成酶( thymidylate synthase,TYMS)在胰腺癌细胞中mRNA表达差异及其表达水平与胰腺癌细胞化疗敏感性的关系。
方法:使用Real-time PCR及Taqman探针法检测其TYMS mRNA表达水平,利用CCK-8试剂盒检测6株胰腺癌细胞(AsPC-1,MIAPaCa-2,Capan-1,SU 86.86,PANC-1与COLO 357)对5-FU的化疗敏感性。
结果:在6株人胰腺癌细胞中TYMS基因mRNA表达水平各不相同,TYMS基因mRNA表达水平相比较发现,细胞株AsPC-1,MIAPaCa-2,Capan-1,SU 86.86中TYMS mRNA水平低(低TS表达组),而PANC-1与COLO 357中TYMS mRNA表达水平较高(高TS表达组),低TS表达组的细胞在低中高3个不同药物浓度下对5-FU抑制率分别为0.692依0.137,0.781依0.102与0.885依0.083。
同浓度下高TS表达组的细胞对5-FU 抑制率分别为0.370依0.157,0.548依0.018与0638依0.020。
TYMS mRNA 表达低的细胞对5-FU化疗敏感性明显高于TS表达高的细胞,差异有统计学意义(P〈0.05)。
结论:在胰腺癌细胞株中,TYMS mRNA表达水平与其对5-FU的化疗敏感性密切相关。
【总页数】5页(P19-23)【作者】张强;何涛;张彤【作者单位】内蒙古医科大学附属医院;普外科,内蒙古呼和浩特010050【正文语种】中文【中图分类】R657.5【相关文献】1.人乳腺癌细胞化疗敏感性与相关基因表达的关系2.DPYD、TYMS及MTHFR基因表达与直肠癌放化疗敏感性的关系3.胰腺癌细胞TYMS基因表达与化疗敏感性的关系4.IRF-2在胰腺癌中的功能及其对胰腺癌细胞化疗敏感性的影响5.人肺癌细胞株化疗敏感性与基因表达的关系因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
一文读懂靶向药、化疗药的检测靶标

西妥昔单抗、帕尼单抗
ABL1
白血病
达沙替尼
2.基因重排
基因重排
瘤种
靶向药物
EML4-ALK
〔非小细胞肺癌
色瑞替尼
3.基因多态性
基因多态性
瘤种
靶向药物
UGT1A1
结直肠癌、非小细胞肺癌
尼罗替你、帕唑替尼
4.蛋白表达
蛋白表达
瘤种
靶向药物
ER受体
乳腺癌
他莫西芬
ER/PgR
乳腺癌
来曲唑
G6PD
黑色素瘤
达拉非尼ห้องสมุดไป่ตู้
P D-L1
非小细胞肺癌
P embrolizumab
HER2
乳腺癌
拉帕替尼、T-DM1
5.基因多态性
基因多态
性
瘤种
化疗药物
TGT1A1
结直肠癌、非小细胞肺癌
伊立替康
TPMT
急性白血病
铂类药物、巯嘌呤、硫鸟嘌呤
DPYD
结直肠癌
5-Fu、卡培他滨
ESR1
乳腺癌
来曲唑、阿那曲唑
6.化疗药基因重排
基因重拍
瘤种
化疗药物
P ML-RAR
A急性髓细胞白血病
三氧化一砷、维甲酸
临床试验证明
1. mRNA表达
mRNA表达
瘤种
靶向药物
P TEN
结直肠癌
曲妥珠单抗
P DGFIR VEGFF
肝癌
索拉非尼、舒尼替尼
2.基因突变
基因突变
瘤种
靶向药物
PIK3CA
结直肠癌
西妥昔单抗、厄洛替尼、帕尼单抗
3.化疗药与检测位点
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福 建中医药大学附属厦 门第三 医院, 福建 厦 门 3 6 1 1 0 0
摘要 : 目的 分析胸 苷酸合成 酶( T h y m i d y l a t e s y n t h e t a s e , T Y MS ) 基 因在原发 性肝 癌 中的表 达及 其临床 意义 。方 法
应用荧光定量 P C R技术 , 对6 4 例 原发性肝 癌 T Y MS 基 因进行 扩增 , 免疫组化对 照 。结果 在6 4 例肝癌 中有 2 8 例表达
T Y MS , 占4 3 . 8 %, 拷 贝数 中位数 M= 3 . 5 5 x l o 4 c o p i e s / mL , T YMS 基 因拷 贝数对数 ( L o g c o p i e s ) 与免疫组化分值有 相关 性 , r =
Me t h o d s F 1 u o r e s c e n c e q u a n t i t a t i v e P C R( F Q — P C R) w a s u s e d t o d e t e c t T Y MS i n 6 4 h e p a t o c e l l u l a r c a r c i n o m a c a s e s a n d t h e
Z HOU Z h i — z h o n g , L I Xi - me i , HUANG Do n g - l i a n, HONG Ha i — we i , GE L i n g , HUANG S h u i — f a , Z HANG C h u n - me i ,
关键词 : 原发性肝癌 ; 荧光定量 P C R; 胸苷 酸合 成酶 ( T Y MS ) 中图分类号 : R 7 3 5 . 7 文献标识码 : A 文章编 号 : 1 0 0 9 — 9 7 2 7 ( 2 0 1 4 ) 1 0 — 1 1 7 5 — 0 3
E x p r e s s i o n o f t h y mi d y l a t e s y n t h e t a s e g e n e i n 6 4 p r i ma r y h e p a t i c c a n c e r p a t i e n t s
P. R. C h i n a
A b s t r a c t : Ob j e c t i v e T o a n a l y e t h e e x p r e s s i o n o f t h y m i d y l a t e s y n t h e t a s e ( T Y MS) g e n e i n p r i ma r y h e p a t i c c a n c e r c a s e s .
c a s e s , o c c u p i e d 4 3 . 8 %, a n d t h e me d i a n c o p y n u mb e r wa s M= 3 . 5 5x 1 0 c o p i e s / m1 , b e i n g c o r r e l a t e d wi t h i mmu n o h i s t o c h e mi c a l
YE Ba o —qi ng
X i a me n Mu n i c i p a l T h i r d H o s p i t a l A f il f i a t e d t o F u j i a n U n i v e r s i t y o f T r a d i t i o n a l C h i n e s e Me d i c i n e , X i a m e n , 3 6 1 1 0 0 , F u j i a n
r e s u l t s we r e a s c e r t a i n e d wi t h i mmu n o h i s t o c h e mi c a l me t h o d .Re s u l t s T YM S s wa s e x p r e s s e d i n 6 4 p i r ma r y l i v e r c a n c e r
中国热带医学 2 0 1 4 年第 1 4 卷第 1 O 期
C h i n a T o r p i c a l M e d i c i n e , O c t o b e r 2 0 1 4 , V o 1 . 1 4 , N o . 1 0
・1 1 7 5 ・
・
论
著
T Y MS 基 因在 6 4 例肝癌贝( > 1 . 0 x l 0 ) 表达有 7 例( 1 0 . 9 %) , 中拷 贝( ( 1 . 0 ~1 0 ) x 1 0 ) 表达有 1 0 例( 1 5 . 6 %) , 低拷贝 ( < l O x l O ) 表达有
1 1 例( 1 7 . 2 %) , T Y MS的表达与肿瘤大小 、 生存期 ( 术后 1 年) 、 是否癌旁组织差异有统计学意义( P< 0 . 0 5 ) , 而与病 理类 型、 A F P水平 、 H B V — D N A差异无统计学意义 ( P> 0 . 0 5 ) 。结论 荧光定量 P C R技术可替代免疫组化方法检测 T YM S 基 因的 表达, T YM S 基 因在原发性肝癌有表达 , 对肿瘤生长 和转 移中有 促进 作用 , 可作为原发性肝癌的靶向治疗证据 。