肝癌的基因表达谱与生物标志物
循环miRNA：一种新的癌症诊断和预后的潜在生物标记物
循环miRNA：一种新的癌症诊断和预后的潜在生物标记物miRNA的正常表达调控对于维持细胞机能处于一种稳定状态至关重要。
最近，科学家们发现尽管人体血液中存在大量核糖核酸酶（RNA酶），但在健康人和患者的细胞外血液中均存在着游离的miRNA。
大多数这些循环miRNA被包含于与脂质或脂蛋白复合物之中，如凋亡小体（apoptotic bodies）、微泡（microvesicles）、外来体（exosomes）等，因此在血液中能耐RNA酶，具有良好的稳定性。
癌症患者血液中的循环miRNA有可能成为一种新的潜在生物标志物，用于癌症的诊断和预后。
本篇文章总结了一些在癌症患者中具有诊断、预后及治疗意义的miRNAs，同时期待更多关于循环miRNA分泌和纳入机制的研究Abstract：In the past several years，the importance of microRNA（miRNA）in can-cer cells has been recognized.Proper control of miRNA expression is essential for maintaining a steady state of the cellular machinery.Recently，it was discovered that extracellular miRNAs circulate in the blood of both healthy and diseased patients，although ribonuclease is present in both plasma and serum.Most of the circulating miRNAs are included in lipid or lipoprotein complexes，such as apoptotic bodies，microvesicles，or exosomes，and are highly stable.The existence of circulating mi-RNAs in the blood of cancer patients has raised the possibility that miRNAs may as a novel diagnostic marker.However，the secretory mechanism and biological function，as well as the meaning of the existence of extracellular miRNAs，remain largely unc-ear.In this review，the usefulness of circulating miRNA for cancer diagnosis，progno-sis，and therapeutics were summarized.Furthermore，a mechanism for the secretion and incorporation of miRNA into the cells are expected.Key words：miRNA；Biomarker；Cancer1933年，Ambros[1]等在秀丽隐杆线虫中发现了一种定时调控胚胎后期发育的基因lin-4，它的转录产物是一种非蛋白编码RNA，称为microRNA（miRNA）。
肝癌的预后评分和预后模型
肝癌的预后评分和预后模型肝癌 (Hepatocellular carcinoma, HCC) 是一种常见的恶性肿瘤，其预后评估对于患者的治疗和管理至关重要。
为了对肝癌患者的生存期进行预测和评估，研究人员开发了多种预后评分和预后模型。
本文将介绍肝癌预后评分和预后模型的相关信息。
一、BCLC分期系统巴塞罗那临床诊断和治疗肝癌 (Barcelona Clinic Liver Cancer, BCLC) 分期系统是目前临床应用最广泛的肝癌预后评估工具之一。
该系统根据肿瘤特征、肝功能和肝硬化程度将患者分为五个不同的分期，并针对每个分期推荐了相应的治疗方案。
BCLC分期系统能够帮助医生确定适合每个分期患者的最佳治疗策略，有助于预测患者的预后。
二、MELD评分肝脏疾病严重程度评分 (Model for End-Stage Liver Disease, MELD) 是一种通过检测患者的肝功能、肌酐和胆红素水平来评估肝病患者预后的系统。
MELD评分可以在手术前预测患者的死亡风险，对于决定是否进行手术以及选择合适的手术方式具有重要意义。
肝癌患者常常合并有肝硬化，因此MELD评分在肝癌预后评估中具有一定的临床应用价值。
三、CLIP分级系统中国肝癌微小转移灶分级系统 (Chinese University Prognostic Index, CLIP) 是一种针对肝癌患者预后评估的指标体系。
CLIP系统根据患者的肿瘤特征（肿瘤大小、转移情况）、肝功能、AFP水平以及血清总胆红素水平等指标进行评估，将患者分为不同的转移风险组。
CLIP分级系统可以帮助医生对肝癌患者的预后进行精细化评估，并选择合适的治疗方案。
四、AFP-L3和 DCP生物标志物α-胚胎相关抗原(L3浓度/全部甲型胚胎相关抗原浓度比值, AFP-L3%)和蛋白酶抗原 (Des-γ-carboxy prothrombin, DCP) 是目前被广泛研究的肝癌预后评估的血液生物标志物。
肿瘤生物标志物的筛选与应用
肿瘤生物标志物的筛选与应用随着生物技术的不断发展，人们对肿瘤的认识也越来越深入。
现在，越来越多的研究者开始关注肿瘤生物标志物的筛选与应用。
这些生物标志物可以通过血液、尿液、组织等样本来检测，可以作为肿瘤诊断、预测和治疗监测的重要依据。
本文将从生物标志物的筛选和应用两个方面来探讨。
生物标志物的筛选生物标志物的筛选需要满足一定的条件，包括具有良好的特异性、敏感性、重复性等。
目前常用的方法主要包括基因芯片技术、蛋白质质谱技术、DNA测序技术、免疫学技术等。
其中，基因芯片技术可以用来检测RNA或DNA的表达谱，从而筛选肿瘤相关的生物标志物。
这种技术的优点在于可以检测大量的基因，但同时也存在着误差较大的问题。
蛋白质质谱技术则可以对样本中的蛋白质进行分析，寻找与肿瘤相关的生物标志物。
这种技术的优点在于对于蛋白质的检测很精准，但是也存在较大限制，因为不同样本中的蛋白质种类和数量不同。
DNA测序技术可以用来检测肿瘤基因突变等特征，但是目前还存在着技术复杂和昂贵的问题。
免疫学技术则可以根据肿瘤标志物的免疫学反应来筛选，如PSA（前列腺特异性抗原）等。
此外，肿瘤生物标志物的筛选还需要考虑到不同的癌症种类，并根据肿瘤的生长、代谢等特性来选择标志物。
例如，血清中CA125和CA15-3是用来监测卵巢癌和乳腺癌的标志物，CEA是用来诊断结直肠癌的标志物，AFP是用来诊断肝癌的标志物等。
生物标志物的应用肿瘤生物标志物的应用广泛，包括肿瘤的诊断、预测和治疗监测等方面。
在肿瘤诊断方面，肿瘤生物标志物已经成为常规检查项目之一。
对于一些肿瘤类型如乳腺癌、卵巢癌等，临床医生通常会选择检测特定的生物标志物，以辅助诊断。
例如血浆中CA125和HE4的检测可以提高卵巢癌患者的检出率。
而对于其他癌症类型，也需要根据具体情况来选取适合的生物标志物进行检测。
肿瘤生物标志物的应用不仅可以用于诊断，还可以用于预测疾病的进展。
临床上通常采用多种生物标志物的组合，通过对比检测前后的生物标志物水平来预测疾病的进展。
利用基因表达谱预测肝癌术后复发：机遇与挑战
术后复发是延长肝癌患者术后生存时 间最 大的障碍 ， 肝 癌根治 切 除 术
７ ％ 。 因此 ， 防 和 治 疗 肝 癌 术 后 复 发 是 改 善 肝 癌 患者 预 ０ 预 后 的重 中之 重 。 目前 ， 然行 之有 效 的 预 防 肝 癌 复 发 的措 施 虽
发转移的分子机制都较乳腺癌等肿瘤复杂 ， 构建预测肝癌复 发预后的模型也许需要 更大 的样本量 。而现有 的文献 报道 中， ｓｉａ等 的研究使用 的样本量最大 ， Ｈｏｈ ｄ 模型训练组 和检
部 自然科 学奖一等 奖 １项， 中华 医学科技 奖二等 奖 １项 。２ ０ ０ ５年
获得 肝 癌 疫 苗 专 利 １项 ，０６年 获 得 了 Ｓ Ｄ 的 Ｉ期 临 床 试 验 批 ２０ Ｆ Ａ
兰 Ａ ｅｄａ 司 的 Ｍａ ｍａｒ ｔ 因 表 达 谱 芯 片 。这 是 世 界 ｇｎｉ 公 ｍ Ｐｉ 基 ｎ
步的探 索 ， 研究得 出的复发相 关基 因之间很 少有重 叠 ， 复发 预测模 型很难在独立 的实验 或者样本 中得到 重复 Ｊ 。要开
发 出 临床 可 行 的 预 测 模 型 ， 有 许 多 的 问 题 和 挑 战 有 待 解 还
决。
上首个被 Ｆ Ａ批 准上市 的用于预 测疾病 预后 的芯片产 品。 Ｄ
［ 者 简 介 ］陈 红松 ， 医 学博 士 、 究 员 。 主 要 从 事 肝 病 免 疫 作 男， 研 学研 究 。 国 家“ 五 ” “ 一 五 ” 间 ， 担 了 “ ７ ” “ ６ ”等 八 至 十 期 承 ９ ３ 、 ８３ ２ 项 国 家级 和 省 部 级科 研 项 目。 国 内外 专 业 杂 志 上 已发 表 论 Ｏ余 文 ９ 篇 。１９ 获 卫 生部 科 技 进 步 一 等 奖 ，０ ７年 获 得 教 育 ０余 ９ ７年 ２０
人类肝癌的基因组学研究
人类肝癌的基因组学研究近年来，人类基因组研究已经成为了科学研究的热点之一。
人类肝癌的基因组学研究更是近年来备受关注的重点研究之一。
肝癌是世界上最常见的癌症之一，也是最常见的死亡原因之一。
而人类肝癌的基因组学研究能够帮助我们更好地了解肝癌的形成机制，从而更好地预防和治疗肝癌。
一、肝癌的基因组学研究背景肝癌是一种常见的恶性肿瘤。
随着年龄的增长，患肝癌的风险也随之增加。
肝癌的发病率和死亡率在世界范围内都居高不下，是一种极为严重的疾病。
因此，对肝癌的研究变得越来越重要，而肝癌的基因组学研究正是其中的一个重点研究方向。
二、肝癌的基因变异分析人类肝癌的基因组学研究通常包括两个方面的内容：一方面是对肝癌相关基因的识别和分析，另一方面是对肝癌发生机制的研究。
而肝癌的基因变异分析则是其中比较重要的一部分。
基因变异指基因序列的改变，包括点突变、插入、缺失等多种形式。
基因变异是导致肝癌发生的主要因素之一。
因此，通过基因变异分析，可以为肝癌的早期诊断和预防提供一定的帮助。
三、肝癌的基因表达谱分析肝癌的基因表达谱分析也是肝癌基因组学研究的重要内容之一。
基因表达谱是指细胞或组织中基因的表达水平的全面描述。
通过分析肝癌与正常组织的基因表达谱差异，可以确定肝癌相关基因，同时了解肝癌分子生物学机制。
还可以分析基因调控网络、信号转导途径等，揭示肝癌的发生和发展机制。
四、肝癌的全基因组测序目前，通过高通量测序技术可对肝癌全基因组进行测序。
这种方法可以在理论上覆盖整个基因组，并发现全部的突变、插入和缺失等变异。
通过全基因组测序技术，可以得到肝癌基因变异的全貌，进一步研究肝癌的转录组、蛋白质组、代谢组等，从而探索肝癌致病机制。
五、肝癌免疫治疗的基因组学研究随着肝癌基因组学研究的不断深入，肝癌的免疫治疗方向逐渐得到了研究者的认可。
研究表明，肝癌患者的免疫系统与正常人群有不同的表达谱，这种差异直接影响肝癌患者的疗效。
因此，对肝癌免疫治疗的基因组学研究也成为了一种新的治疗思路。
miR-122在Ⅲ期肝癌细胞中的表达及其与血清肿瘤标志物AFP水平的关系
miR-122在Ⅲ期肝细胞癌中的表达及其与血清肿瘤标志物AFP水平的关系[摘要] 目的探讨miR-122在Ⅲ期肝细胞癌表达水平及其与血清肿瘤标志物AFP水平的关系。
方法用荧光定量PCR分别检测24例Ⅲ期肝细胞癌患者肝癌组织中miR-122的表达水平，电化学发光免疫分析法检测Ⅲ期肝癌患者术前血清AFP水平，分析miR-122的表达水平与血清AFP的关系。
结果肝癌细胞中miR-122表达水平是癌旁组织的(30.84±22.56)%，血清AFP水平范围为38~1523μg /L，均值为（782±446）μg /L，miR-122在肝癌组织和癌旁组织中的表达差异与血清AFP水平相关。
结论miR-122在肝癌细胞的表达水平下降，这种下降与血清AFP水平增高程度呈现正相关关系。
[关键词] 肝细胞癌；miR-122；表达；甲胎蛋白；[中图分类号] R737.9[文献标识码] A[文章编号]Expression of miR-122 in stage Ⅲhepatocellular carcinoma cells and its correlations with the levels of tumor marker AFP in serum[Abstract] Objective To investigate and analyze the expression of miR-122 in stage Ⅲhepatocellular carcinoma cells and its correlations with the levels of tumor marker AFP in serum. Methods The quantitative reverse transcription –PCR were used to detect the expression of miR-122 in 24 cases of primary stage Ⅲhepatocarcinoma，and electrochemical immunoassay was used to detect the levels of AFP in serum before operation. Results The expression of miR-122 in hepatocarcinoma was (30.84±22.56)% of liver tissues，the range of serum AFP level was 38 ~ 1523μg / L, the mean of serum AFP level was (782 ± 446) μg / L, the low expression of miR-122 in stage Ⅲliver cancer was positively correlated with serum AFP level of the patients.Conclusion Downregulation of miR-122 in hepatocarcinoma was positively correlated with the increase of serum AFP level.[Key Words] Hepatocellular carcinoma; miR-122; Expression; AFP0 引言miRNA (microRNA)是一类广泛存在于真核生物长度为21~25nt 的非蛋白质编码小RNA。
基于生物信息学方法筛选和验证肝癌预后标志物
DOI:10.16605/ki.1007-7847.2021.11.0219基于生物信息学方法筛选和验证肝癌预后标志物米宁宁1,白明圳1,高龙1,马海东1,付文康1,林延延1,2,孟文勃1,2*(1.兰州大学第一临床医学院,中国甘肃兰州730099;2.兰州大学第一医院普外科,中国甘肃兰州730099)摘要:运用生物信息学方法探究肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)发生发展的核心基因及预后标志物。
下载GEO (Gene Expression Omnibus)数据库中的GSE112790芯片数据及癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的肝癌数据,分析得到151个差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)并筛选出10个核心基因。
生存分析表明,BUB 1B 、CDC 20、ASPM 和DLGAP 5基因高表达显著影响患者预后。
Oncomine 数据库分析结果证实,BUB 1B 、CDC 20和DLGAP 5的表达水平与肿瘤分级和血管浸润明显相关。
HPA 数据库及肝癌组织芯片的免疫组织化学实验结果均显示,相对于正常肝组织,肝癌组织中CDC20和DLGAP5蛋白高表达。
Cox 分析结果提示,CDC 20和DLGAP 5可作为肝癌患者预后的独立危险因素。
此外,CDC 20甲基化水平是影响其表达水平的重要因素,并且和多种免疫细胞的表达相关。
上述研究结果表明,CDC 20可作为肝癌患者预后评估的潜在生物标志物或治疗靶点。
关键词:肝细胞癌(HCC);核心基因;预后;生物信息学;免疫细胞中图分类号:Q811.4,R735.7文献标识码:A文章编号:1007-7847(2022)06-0538-11收稿日期:2021-11-03;修回日期:2022-01-05;网络首发日期:2022-11-09基金项目:国家自然科学基金资助项目(82060551,32160255);甘肃省自然科学基金项目(20JR10RA676,0JR10RA674);兰州市城关区项目(2019JSCX0092,2019RCCX0038,2019SHFZ0033)作者简介:米宁宁(1995—),男,甘肃天水人,博士研究生;*通信作者:孟文勃(1978—),男,河北景州人,博士,主任医师,教授,硕/博士研究生导师,主要从事肝胆胰外科、消化道肿瘤、内镜外科研究,Tel:************,E-mail:**************.cn 。
《2024年基于生物信息学发现肝细胞癌标志性miRNA及作用与机制研究》范文
《基于生物信息学发现肝细胞癌标志性miRNA及作用与机制研究》篇一一、引言肝细胞癌（Hepatocellular Carcinoma，HCC）是一种常见的恶性肿瘤，其发病率和死亡率均较高。
由于HCC的早期诊断困难，治疗手段有限，因此寻找有效的诊断标志物和治疗方法成为当前研究的重点。
近年来，随着生物信息学的发展，microRNA （miRNA）在肿瘤发生、发展及转移中的作用逐渐受到关注。
miRNA是一种非编码单链小分子RNA，能够通过调控基因表达参与多种生物学过程。
本研究基于生物信息学方法，旨在发现肝细胞癌标志性miRNA及其作用与机制。
二、研究方法1. 数据收集与处理我们首先从公共数据库中收集了肝癌患者的miRNA表达谱数据，并进行了预处理，包括数据清洗、归一化等。
2. 差异表达分析通过比较肝癌组织与正常肝组织中miRNA的表达水平，我们使用生物信息学软件分析了差异表达的miRNA，并筛选出在肝癌组织中显著上调或下调的miRNA。
3. 靶基因预测与功能注释利用生物信息学工具，我们预测了差异表达miRNA的靶基因，并对靶基因进行了功能注释和富集分析，以揭示其在肝癌发生、发展中的作用。
4. 实验验证为了验证生物信息学分析结果的可靠性，我们设计了实验，包括细胞实验和动物实验，以进一步研究筛选出的miRNA在肝癌中的作用及机制。
三、结果与分析1. 差异表达miRNA的筛选通过生物信息学分析，我们筛选出在肝癌组织中显著上调的miRNA和显著下调的miRNA。
其中，miR-XXX和miR-YYY在肝癌组织中的表达水平最高。
2. 靶基因预测与功能注释我们预测了miR-XXX和miR-YYY的靶基因，并进行了功能注释和富集分析。
结果显示，这些靶基因主要参与细胞增殖、凋亡、侵袭和转移等生物学过程。
其中，某些靶基因与肝癌的发生、发展密切相关。
3. 实验验证通过细胞实验和动物实验，我们验证了miR-XXX和miR-YYY在肝癌中的作用及机制。
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肝癌的基因表达谱与生物标志物肝癌是全球范围内常见的恶性肿瘤之一，其发病率和死亡率较高，给患者和社会带来了巨大负担。
在肝癌的预防、诊断和治疗中，基因表达谱和生物标志物的研究起到了至关重要的作用。
本文将探讨肝癌的基因表达谱与生物标志物，并对其在肝癌研究中的应用进行梳理和总结。
一、基因表达谱分析在肝癌研究中的应用
基因表达谱是指在特定条件下细胞内各个基因的表达水平。
通过对肝癌组织与正常组织的基因表达谱进行比较分析，可以发现与肝癌发生相关的基因变化，从而揭示肝癌的发病机制和疾病进展过程。
肝癌的基因表达谱研究主要包括以下几个方面。
1. 基因的上调与下调
通过对肝癌组织与正常组织进行基因表达谱分析，可以发现大量的与肝癌相关的基因在表达水平上发生明显变化。
一些促癌基因（如c-Myc、Ras等）可能会表达升高，而一些抑癌基因（如p53、p16INK4a 等）则可能会表达降低。
这些基因的变化，既反映了肿瘤细胞的异常生长特点，同时也为肝癌的治疗提供了新的靶点。
2. 细胞信号通路的异常激活
肝癌的发生发展与多个细胞信号通路的异常激活有关。
基因表达谱分析可以揭示肝癌细胞中细胞周期调控、凋亡逃逸、血管新生等信号
通路的异常激活情况。
例如，Wnt/β-catenin、PI3K/AKT、Raf/MAPK 等信号通路在肝癌中的激活与肿瘤的增殖、侵袭和转移密切相关。
3. 生物学分类的建立和预后指标的发现
通过对不同基因表达谱的聚类分析，可以将肝癌患者分为不同的亚型，并进一步探索每个亚型的疾病特点和预后表现。
例如，Shibuya等通过基因表达谱分析将肝细胞癌分为三个亚型，发现不同亚型在转录因子活性、癌干细胞特性以及分子靶向治疗敏感性方面存在差异。
这种分类和预后指标的研究有助于个体化治疗策略的制定。
二、生物标志物在肝癌研究中的应用
生物标志物是指在生物体内可以测定的特定分子或指标，可用于诊断、疾病进展监测和预后评估等方面。
肝癌的生物标志物研究主要包括以下几个方面。
1. 血清标志物
血清标志物是肝癌研究中最常用的生物标志物之一。
例如，癌胚抗原（CEA）和α-胎蛋白（AFP）是诊断肝癌最常用的标志物，但其在肝癌筛查和早期诊断中的敏感性和特异性较低。
近年来，一些新的血清标志物如抗肝细胞生长因子受体（anti-HCCR）和抗视黄醇结合蛋白（anti-RBP）等已被发现，并被证明在肝癌的早期诊断和预后评估中具有较高的准确性。
2. 组织标志物
组织标志物是指在肝癌组织中特异性表达的分子。
通过对肝癌组织
进行免疫组化染色等方法，可以检测一些可能与肝癌发生发展相关的
标志物。
例如，热休克蛋白70（HSP70）、磷酸鸟苷酸环化酶（PHPH）等在肝癌组织中的高表达与预后不良相关。
3. 微小RNA标志物
微小RNA（miRNA）是一类长度约为20-24个核苷酸的非编码
RNA分子，参与了多种生物学过程的调控。
肝癌的研究证实，一些miRNA在肝癌中的表达水平发生明显变化，并且与肝癌的发生、转移
和预后密切相关。
例如，miR-21在肝癌中的高表达与肿瘤的侵袭和转
移相关，miR-122的降低则与肝癌的发生和预后恶化相关。
综上所述，肝癌的基因表达谱和生物标志物的研究为肝癌的预防、
诊断和治疗提供了重要的依据。
基因表达谱的分析能够揭示肝癌的发
病机制和疾病进展过程，而生物标志物的研究则为肝癌的早期诊断和
预后评估提供了新的方法和手段。
未来，随着基因组学和生物技术的
不断发展，肝癌基因表达谱和生物标志物的研究将进一步深入，为肝
癌的治疗和管理提供更加精准的策略和指导。