教程—RasMol使用详解
Rasmol使用详解一、简介Rasmol 2.7是计算化学与分子图形学以及信息产业的同步高速发展的成果，使一个普通的科研工作人员，在自己的个人电脑上，就可以从Internet上的各种免费数据库中，下载所需观察与研究的分子坐标文件，进而通过Rasmol 2.7以各种模式、各种角度，甚至按照自己的意愿旋转着，观察此分子神秘的微观三维立体结构，进而了解化合物分子结构和各种微观性质与宏观性质之间的定量关系。
Rasmol 的作者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大制药公司）研发中心的科学家Roger Sayle，它于1922年发明了此软件,可观看如蛋白质、核酸和微分子以及制作出版质量的图片。
二、软件特点Rasmol 2.7最大的特点是界面简单，基本操作简单，运行非常迅速，对机器的要求较低，对小的有机分子与大分子，如蛋白质、DNA或RNA, 均能适用，且显示模式非常丰富。
而且它程序短小，功能强大。
尚无在功能上出其右者。
其显示窗口（如下图）可以很简单通过选择相应的菜单来显示分子的三维结构。
用命令行窗口（如下图），通过输入命令可以执行和显示复杂和要求极高的三维图形。
三、下载RasmolRasmol的最新版本可到该网站下载（）。
在Software Distributions可见到如下图所示部分：点击图中指示条目可出现下图：点击圆圈处即可下载最新版的适合广大windows操作系统用户的Rasmol 2.7.2.1.1。
现提供该软件的下载链接与此处，方便用户立即下载。
点击下载四、使用Rasmol双击名为raswin的图标即可启动Rasmol。
启动的Rasmol分为前面介绍过的两部分：显示主窗口和行命令窗口。
Rasmol能打开pdb类型的文件，所需pdb文件可在该网站下载。
（/pdb）可在如下图所示的搜索框中输入所要查找的物质名称：点击search即可查到所需物质的pdb文档。
我们以PTEN蛋白为例：输入PTEN,点search 查找，可得到如下搜索页。
点击图中箭头所示处即可打开如下页面：点击圆圈处即可下载该蛋白的pdb文档。
要打开刚才下载的文档，先选择File，再选择Open。
如下图：然后在弹出的选择框中选择刚才保存的名为1d5r的文档，如下图：打开之后即在显示主窗口中显示了PTEN的结构，如下图：特别提示：在已经打开一个pdb文档的情况下，要想打开另一个，必须先关闭前一个。
点击File，选择Close，才能打开后一个，否则后一个无法显示，如下图：五、Rasmol各项指令及演示1．Display菜单下面以一个小分子有机物尿素为例。
打开尿素的pdb文档出现下图：一般打开的文档Rasmol会以默认的显示方式wireframe，显示出原子之间的键，若想以其他方式观看该物质的结构，可在Display中选择。
包括下图所示的几种：如下图选择Sticks模式则原子连键会以圆柱显示：选择Spacefill模式则可以实心球体来显示分子的立体结构：选择Ball&Stick模式则以球-棒表示分子，原子以球表示，连键以棒表示：由于尿素分子为小分子，所以用于显示大分子的Backbone,Ribbons,Strands和Cartoons 模式无法显示，我们以一种大分子alpha螺旋为例来说明。
打开alpha螺旋文档并选择Backbone模式，则可看到分子的主链以圆柱模式显示：选择Ribbons模式，用丝带表示其结构：选择Strands模式，用绳丝带表示其结构：最后一种Cartoons模式主要用于表示大分子的某些特殊结构，如α螺旋、β折叠等，该模式是我们教科书上图片常常采用的格式。
2．Colours菜单Rasmol在此菜单下可以选择多种颜色模式，以human amylase为例。
在Monochrome 模式只是用单色显示分子结构，如下图：CPK模式是表示立体分子最常用、最传统的颜色模式，该模式配色以原子为基本单位：Shapely模式每一种氨基酸或核酸的残基都有一个特定的颜色来表示，如下图：Group模式是根据氨基酸与核酸残基在分子链中的位置进行上色，每条链从蓝色、绿色、黄色、橙色到红色，如果一条链含有大量异族分子，则颜色变化不一定从蓝色显示到红色，如下图：Chain模式对蛋白质与核酸的每一根大分子链均以单独的颜色显示，在显示蛋白质亚基和DNA双链结构非常有用，如下图：Temperature模式表示不同原子在分子中的不同温度值，衡量给定原子的热运行性。
数值越高越偏于暖色（红），否则越偏于冷色（蓝）。
如下图：Structure模式主要用来表示蛋白质二级结构，α螺旋表示为深红色，β折叠表示为黄色，转角表示为淡蓝色，其他残基为白色。
如下图：User模式适用用户储存在pdb文件中的颜色方案显示三维分子。
3．Options菜单此菜单中的一些选项如Hydrogens和Hetro Atoms均为默认选中的，前者选中时程序的任何操作均对氢原子有效，后者选中时对大分子中的异族原子均显示。
我们以DNA为例：Options中的Slab Mode设定了一个与显示屏垂直的Z轴，自动形成一个垂直于Z周的不可见平面，此平面以外的分子结构不显示。
如下图：Specular可以将所选择的分子表面形成打光效果，如下图： Shadows可以在分子表面产生阴影效果，如下图：Stereo在主窗口上显示左右两个立体分子影像，如下图：Labels可在显示立体分子的同时，将各原子或片断相应的信息标注在上面，如下图：4．Settings菜单Pick ident和pick off是作为以鼠标在主窗口点选原子的开/关键，其中pick ident 是程序默认打开的。
开关的选择也可以在命令行窗口输入：set picking ident/set picking off来操作。
Pick distance是显示分子中两个原子间距离的，选择此项可以通过手动选取或在命令行窗口输入：set picking distance来完成。
然后在主窗口中任意点取两个原子，即可显示它们间的距离，如下图：Pick monitor和pick distance作用相同，也可以通过命令：set picking monitor打开，然后选取原子，如下图：Pick angle用于显示三个原子间的夹角，如图依次选取三个原子，即可显示其角度：Pick torsion可以显示四个原子间的扭曲力，如图依次选取四个原子：Pick label可选择一个或多个原子并显示其信息，选取图中原子可得如下结果：Pick certre可以选取一个原子为中心，使整个分子可以绕其做各种旋转活动。
Pick coord可在显示过程增加原子的坐标。
六、鼠标操作小常识按住左键---移动鼠标可以使分子绕中心旋转按住右键---使分子在x-y平面内平移按住shift和鼠标左键---鼠标上移放大图像，下移缩小图像按住shift和鼠标右键---鼠标左移以分子中心为中点在平面内顺时针旋转，右移逆时针旋转按住ctrl和鼠标左键---上移使z平面向远离视线的方向移动并显示z平面以内的结构，下移向靠近视线的方向移动七、命令行窗口的使用虽然Rasmol的一些主要操作可以通过鼠标在主窗口操作来完成，但有些有用的操作还是必须通过命令行窗口来完成，而且有时以命令行窗口操作比鼠标操作更为便捷。
下面我们来熟悉一些常用的命令：1．想要打开一个分子文件，可输入：load [format] <filename>。
(注意：此处“[ ]”中的format 可以省略，但“< >”中的filename不能省略。
即凡是以“[ ]”标注的项都可省略，“< >”标注的项都不能省略。
)该操作同鼠标操作的file→open。
如我们要打开位于D盘的DNA文件，可在命令行输入：load d:\pdb\DNA.pdb，也可省略为：load d:\DNA.pdb。
2．退出程序的执行可输入：exit或quit命令。
3．想查看在线帮助主题可输入：help [topic[subtopic]]。
4．想关闭当前查看的分子文件，可输入：zap命令。
操作同file→close。
5．下面我们详细介绍两个常用的命令：select <expression>命令。
该命令可以特定的选择分子中的某些原子或片断，借以color [object] <color>命令给选定的原子显示指定的颜色，可以在整个分子中寻找所要的原子。
我们以DNA为例来说明上面几个命令。
在命令行中输入load d:\Rasmol\dna.pdb,打开文件，如下图：然后输入select all选取整个分子，输入color green使整个分子显示绿色，如下图：下面输入select backbone选择DNA的骨干，然后输入color white显示成白色，如下图：6．下面将一些常用命令做一下系统的归纳：Wireframe [Boolean]：显示wireframe模式，其中boolean项为on或off,下同Wireframe <value>：value为一数值不可省略，改变棒状键的粗细程度Set bondmode all：标记所有原子Set bondmode none：不标记任何原子Set bondmode not bonded：标记不成键的原子Spacefill [Boolean]：显示实心球模式Spacefill <valur>：指定原子的半径值Star [Boolean]：把原子显示成星状Backbone [Boolean]：显示α碳主链Backbone <value>：指定主链的半径值Ribbons [Boolean]：显示实心的丝带Ribbons <value>：指明丝带的宽度Strands [Boolean]：把丝带显示为绳丝带Strands <value>：指明绳丝带的宽度Set strands <value>：指明绳丝带的绳的条数Label [Boolean]：为原子标上标签Ssbonds [Boolean]：显示二硫键Ssbonds <value>：制定二硫键的半径Set ssbonds backbone：在半胱氨酸的α碳之间绘制二硫键Set ssbonds sidechain：在半胱氨酸的硫原子之间绘制二硫键Hbonds [Boolean]：显示氢键Hbonds <value>：制定氢键的半径Set hbonds backbone：在主链α碳之间绘制氢键Set hbonds sidechain：在供体和受体之间绘制氢键Dots [Boolean]：显示点表面Dots <value>：指明点表面的点密度Set picking off/ident/distance/angle/torsion/label/monitor/centre/coord一系列命令同主窗口settings菜单中的相关操作八、PDB文件格式说明Protein Date Bank（蛋白质数据银行，简称PDB）是一个以计算机为基础的大分子结构的文档数据库。
分子绘图
分子绘图7.51 2001年9月RasMol 和 PDB文件Athena上最简单的制图程序叫RasMol。
为了使用该程序，须将包含分子坐标（称为PDB文件）的文件拷贝到你的目录下。
一些这样的文件放在7.51 locker中。
目前，他们包括：BPTI.pdb (牛胰胰蛋白酶抑制剂)bDNA.pdb (B型DNA的模型)1PAR.pdb (结合操纵子DNA的Arc阻遏蛋白)5rsa.pdb (核糖核酸酶A)256b.pdb (细胞色素b562)1mbn.pdb (抹香鯨肌红蛋白)4gcr.pdb (γ-晶状体蛋白)1rbp.pdb (维生素A结合的蛋白)1tim.pdb (磷酸丙糖异构酶)4fxn.pdb (黄素氧还蛋白)2cro.pdb (抗菌素434Cro阻遏子)lake.pdb (带抑制剂的腺苷酸激酶)lhgj.pdb (流感病毒红血球凝聚素)lhtm.pdb (流感病毒红血球凝聚素胞外结构域)loel.pdb (GroEL，大肠杆菌中的热激蛋白Hsp60)lrno.pdb (核糖核酸酶A)lrpg.pdb (带抑制剂的核糖核酸酶A)2zta.pdb (亮氨酸拉链)4ake.pdb (腺苷酸激酶)6cha.pdb (带抑制剂的α－胰凝乳蛋白酶)trp_apo.pdb (色氨酸阻遏子)trp_rep.pdb (色氨酸阻遏子)trypsin_bpti.pdb (胰蛋白酶-牛胰胰蛋白酶抑制剂复合物)要拷贝一个或多个文件，登录Athena（例如在66号楼的地下室中)），Athena提示后(Athena %)，输入：add 7.51要将文件列表，输入：ls /mit/7.51要将文件bDNA.pdb拷贝到你的目录下，输入：cp /mit/7.51/bDNA.pdb .注意句末的句点非常重要，它表示将文件拷贝到当前目录下。
拷贝所有pdb文件，输入：cp /mit/7.51/*.pdb .启动RasMol制图程序，输入：add rasmol然后输入：rasmol这时出现RasMol窗口。
生物专业软件介绍
是Pov-Ray非官方编译版本，三维渲染效果更好。需要安装Pov-Ray。
Mol2Mol 5.6.2 Demo
主要用来进行各种分子文件的转换，支持30种主要分子格式，也可以用来进行3维分子的简单显示。
MolPOV 2.0.8
MolPOV是PDB格式至POV格式转化工具。
ProteinShader beta 0.9.4
蛋白三维分子显示渲染工具
PDB Editor 090203
界面友好的PDB文件编辑器
Zodiac 0.65
用于药物设计的分子三维建模软件包
mmPDBViewer 2009.3.20.4
PDB分子三维显示软件
Avogadro 1.0.1
免费三维分子编辑器。
Jmol 12.0.12
java语言写成的开放源代码的免费三维分子显示程序。
Ramachandran Plot Explorer 1.0
蛋白分子显示软件。
ProteinScope LE 1.0.5
免费PDB蛋白三维显示软件，需要系统支持DirectX 9.0b。
CHIME 2.6 SP8
IE与NetScape浏览器插件,安装后,可以直接用浏览器观看PDB格式的文件。
生物专业的软件介绍
三维分子类
RASMOL 2.7.5
观看生物分子3D微观立体结构的软件。
RasTop 2.2
为RasMol的图形用户界面软件，免费，简化RASMOL的使用。
DS Visualizer 3.0
3维分子浏览工具，30天试用版，功能也十分强大。
ICM-Browser 3.7 2a
3维分子浏览工具，并具有序列比对显示功能，免费推出。
SRIM中文教程2
教程#2——靶的混合和溅射前一个教程介绍了如何设置TRIM 、如何确定一个n 型井的注入离子和能量以及如何估算在注入过程中的损伤。
这个教程将介绍其它离子与固体的相互作用。
界面混合和溅射界面混合是原子从一层靶被输运到另一层靶的过程。
通常这是不希望产生的效应。
我们已经看到了离子如何将大量的能量转移给反冲原子并使其移动很长的距离，产生显著的级联碰撞（参阅四教程）。
当一个反冲原子穿过一个靶层进入另一个时，该靶层就被污染了。
然而有一些特例是特意应用反冲混合进行材料改性，这个过程被叫做“反冲注入”。
这个技术用于一些操作起来很难或者具有危险性的材料的注入。
一个例子是包含放射性物质材料的合成。
例如将很薄的一层钙沉积在硅靶上，然后将其放置在一个核反应堆中使钙转化成射性同位素。
之后硅靶被放置在离子注入机中并将大剂量的氙（Xe ）注入到钙层中去。
氙离子就会将一些放射性物质撞击到硅靶中去并使其停留于其中。
在移除所有剩余在表面的钙原子后，含有放射性钙的硅靶就可以被安全地处理了。
若需要提供一个能释放出放射性离子（此处来自于钙原子）而危险性又远低于纯的放射性钙靶的样品，这样的一个靶是很合适的。
溅射是和反冲注入相反的一个过程。
表面原子通过产生的级联反冲往回冲出靶，并具有足够的能量能够离开靶并脱离靶表面。
表面会施加给原子一种结合力，即所谓表面结合能E surf 。
由于靶表面的原子并不是在一个面上被束缚住的，因而要使它从其晶格中移位所需的能量比它在固体内部被其他原子围绕时要小。
一个表面原子所受到的电子约束更小。
对固体而言，E surf 通常小于移位能E disp 。
● 点击桌面上的图标打开SRIM 软件。
● 在操作界面上点击键打开TRIM 设置窗口。
● 点击键。
窗口将生成12个例子的输入，它们展示了在不同的应用中TRIM 可以如何被使用。
点击按键：查看TRIM 计算的各种输入参数。
然后点击窗口将会关闭，而TRIM 将会马上开始进行计算。
三维分子类RASMOL
1.三维分子类RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示CN3D：3D分子结构观察软件WPDB：PDB文件检索显示分析软件DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构及其特性POV-Rayv：生成三维图像工具软件MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件Mol2Mol：分子文件格式转换软件PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图PLATON：通用结晶学软件工具Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件JMVC：使用JAVA技术编写的三维分子查看器ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin：分子构建与观察软件Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模Biodesigner：免费的分子建模与显示软件MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件Viewer Activex Control：三维分子显示控件MarvinView：JAVA语言编写的化学分子二维与三维显示程序ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件Amira：高等三维显示建模系统AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件2.DNA分析DNAClub：DNA处理软件JaMBW：分子生物学软件包DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具DNAssist：DNA序列分析工具DNAProbe：核苷酸序列设计工具DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件DFW：DNA分析软件Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具’ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具GBuilder：JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件3.RNA分析RNAdraw：RNA二级结构分析软件RNAstructure：预测RNA 级结构图RnaViz：RNA二级结构图绘制程序4.蛋白质分析ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包pSAAM：蛋白序列分析软件包VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包5.生化教学mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip：线性酶反应模拟软件protlab：蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序Biochem：生化教学文件photo：光合作用教学程序Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序6.生化工程brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件BioStat：BioStatB发酵罐控制程序PenSimv：青霉素发酵模拟软件BioProSim：发酵实时模拟软件7.序列格式转换vised：序列输入分析和格式转换软件ForCon：多序列文件格式转换软件SeqVerter：序列格式转换软件GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件RevComp：序列格式转换软件8.引物分析primer Premier 5.0：引物设计工具Oligo：引物分析著名软件Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序9.序列综合分析pcgene：分子生物应用软件MACAW：多序列构建与分析软件Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件Clustal X：ClustalWWindows界面程序FASTA：数据库中查找同源序列软件GeneDoc：对序列进行相关分析等操作BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit：序列编辑器与分析工具软件DAMBE：综合性序列工具软件LaserGene：综合性序列工具软件SeaView：图形化多序列队列编辑器Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器DNASIS：序列综合分析工具Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具Vector NTIViewer：载体查看软件Jellyfish：多功能序列分析软件ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件Staden：综合序列分析工具软件包Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件10.进化树分析phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树TreeView：进化树处理软件GeneTree：比较基因与种系进化树的程序NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件Phyltools：计算与处理进化树数据的软件tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具ATV：JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件TREECON：构建和绘制进化树的软件包ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件11.质粒绘图Plasmid Processor：绘制质粒图软件Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者WinPlas：质粒绘图软件商业版DMUP：环状质粒绘图软件测试版Plasmid Toolkit：质粒绘制软件pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版SimVector：质粒图绘制软件12.图像处理Image Tool：科学用途的处理图像软件Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件Cross Checker：基因指纹图分析软件ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件Band Leader：凝胶图像处理软件Scion lmage：图像处理与分析工具OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器Smart Draw：流程图绘制软件演示版GIMPWin：图像处理自由软件ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版SigmaGel：凝胶图像分析软件TotalLab：图像分析软件Lablmage：凝胶图像分析软件GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JAVA软件QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件13.数据处理CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件Cliekh Graph：实验数据作图软件Statistica：专业统计软件GraphPad PRISM：著名的数据处理软件NoSA：中文非典型数据统计分析系统CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件DATb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件14.检索与阅读PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件NetRoseBrowser：PDG格式浏览器Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件EndNote：专业参考文献查询软件Reference Manager：专业参考文献查询软件Procite：参考资料检索管理软件Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件MiniViewer：数图阅览器Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件Refs：参考文献管理软件Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件paperworks：免费的参考文献管理软件KD：知识仓库建库管理系统15.基因芯片AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件AMAD：微数组数据库ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件16.其他功能软件digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式Graph Paper：坐标纸打印软件DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序arlequin：人口遗传学软件正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件FBAT：家族遗传相联检验的统计程序GGT32：图形化基因型表示软件CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件Jarnac：代谢过程模拟软件包Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件BCT：微生物趋向性模拟程序StochSim：随机生物化学反应模拟软件Bio_MW：生物化学分子量计算软件MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件Canvas：绘图软件免疫室管理系统：中文免疫室综合软件Cyrillic：家谱绘图软件Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件boxit：管理生物样品的数据库系统GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件健康药霸：药典类的软件AceDB：基因组数据库软件MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件PED：系谱(Pedigree)绘制软件PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件MestRe-C与MestRe-CnD：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式Viewer：磁共振图谱文件的免费软件WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件生物五笔：生物医学专业输入法17.化学绘图ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版ACD/ChemSketch及ChemBasic：绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版Chemfont：化学符号与TureType字体，可以在Word中直接插入文章中clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件AutoNom：ISIS／Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规则的化合物名称) ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件MarvinSketch：JAVA语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JAVA小程序ChemPen：绘制化学结构式软件ChemPen+：绘制化学结构式软件ChemPen：绘制化学结构式软件18.化学应用mmcalc.exe：分子量计算器hxfc.zip：化学方程式配平软件cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器alkne.exe：有机化学命名练习程序chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序periodic.zip：小巧的元素周期表ptab32.zip：高级元素周期表CAF：计算机辅助配方软件CFT：化学式教师元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等CRS：化学反应方程式配平器Model ChemLabv：化学实验教育软件及其汉化版periodic.exe：免费的元素周期表化学品电子手册：一个综合性的化学品手册19.在线综合工具Biology Workbench：基于WEB的生物学综合工具sewer：网上常用在线工具集合，本地版20.在线蛋白工具BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等TMpred：预测蛋白序列跨膜区TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务CoPreThi：基于INTERNET的JAVA程序，预测蛋白的跨膜区TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务21.RNA analysisPattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具解链温度计算器：JAVA语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。
pymol使用教程中文
pymol使用教程中文PyMOL是一款用于分子建模的强大工具，许多化学生物学和生物化学研究人员使用它来可视化蛋白质、核酸和其他生物分子的三维结构。
本文将介绍PyMOL的基本用法，包括如何加载分子结构、调整视图和颜色、创建图片和动画等功能。
### 1. 安装与启动首先，您需要下载PyMOL软件并安装到您的计算机上。
安装完成后，双击图标启动PyMOL。
您可以在终端中输入`pymol`命令启动PyMOL。
### 2. 加载分子结构在PyMOL中加载分子结构非常简单。
点击菜单栏中的“File”，然后选择“Open”或者直接拖拽您的分子结构文件到PyMOL窗口中即可加载。
常见的分子结构文件格式包括PDB、XYZ、MOL等。
### 3. 调整视图与颜色PyMOL提供了丰富的功能来调整分子的视图和颜色。
您可以使用鼠标滚轮缩放、移动视图，也可以通过菜单栏中的“Edit”来选择不同的视图模式。
同时，您还可以通过选择不同的颜色方案为分子上色，以突出不同的氨基酸或核苷酸。
### 4. 选择和操作分子在PyMOL中，您可以使用鼠标来选择分子中的原子、氨基酸或核苷酸等部分。
通过单击可以选择一个原子，通过按住Shift键加单击可以选择多个原子。
您还可以使用命令行来选择特定的部分，例如`select resi 10`选择氨基酸编号为10的氨基酸。
### 5. 创建图片与动画PyMOL还支持创建高质量的图片和动画。
您可以调整分子的角度和视角，然后点击菜单栏中的“File”-“Save Image”来保存图片。
如果您想要创建动画，可以使用PyMOL的命令行来逐帧绘制动画，并将其导出为视频文件。
### 总结在本教程中，我们介绍了PyMOL的基本用法，包括加载分子结构、调整视图和颜色、选择和操作分子、创建图片和动画等功能。
希望这些内容能够帮助您更好地使用PyMOL进行分子建模和可视化工作。
如果您想进一步了解PyMOL的高级功能，可以查阅PyMOL的官方文档或参考其他教程。
pymol教程
pymol教程
Pymol是一种用于分子可视化的软件工具，它可以让科学家和
研究人员更好地理解和展示分子结构和相互作用。
本教程将引导您使用Pymol进行一些基本的分子可视化操作。
1. 安装Pymol
在开始之前，您需要在计算机上安装Pymol软件。
您可以从
官方网站上下载适用于您的操作系统的最新版本。
安装完成后，启动Pymol。
2. 加载分子数据
在Pymol中，您可以加载各种不同格式的分子数据文件，包
括PDB、MOL2、XYZ等。
您可以从菜单栏中选择“File”-
>“Open”来加载一个分子文件。
3. 调整分子的显示样式
一旦分子文件加载完成，您可以使用Pymol的各种工具来调
整分子的显示样式。
例如，您可以选择隐藏或显示原子、调整原子的颜色和大小等。
4. 旋转和平移分子
Pymol允许您通过鼠标来旋转和平移分子。
按住鼠标左键并
拖动可以旋转分子的视角，按住鼠标右键并拖动可以平移分子的位置。
5. 添加和调整分子的标签
Pymol还支持添加和调整分子上的标签。
您可以选择一个原
子或残基，并在菜单栏中选择“Label”->“Atom”或“Residue”，然后在弹出的对话框中输入您想要显示的标签。
6. 创建和编辑分子图形
Pymol还提供了一些工具来创建和编辑分子图形。
您可以使用线条、球棒、面片等工具来可视化分子的结构和相互作用。
以上是使用Pymol进行基本分子可视化的简要教程。
希望这对您有所帮助！。
RasMol 2.6使用说明
观察生物分子的窗口——RasMol 2.6组成自然界中各类生命的最重要的物质是蛋白质，而核酸是揭示生命遗传与变异的主要物质。
它们是生命科学与生物化学中，最重要的两类生物分子。
了解蛋白质与核酸的三维结构，及其与功能的关系，对一个生物化学家来说，是非常重要的。
RasMol 2.6正是这样的一个软件，它利用计算化学与分子图形学以及信息产业的同步高速发展的成果，使一个普通的科研工作人员，在自己的个人电脑上，就可以从Internet上的各种免费数据库中，下载所需观察与研究的分子坐标文件，进而通过RasMol 2.6以各种模式、各种角度，甚至按照自己的意愿旋转着，观察此分子神秘的微观三维立体结构，进而了解化合物分子结构和各种微观性质与宏观性质之间的定量关系。
RasMol 2.6是一个观看分子三维立体结构的软件，其作者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大制药公司）研发中心的科学家Roger Sayle。
它有适用于不同机器、不同操作系统的各种版本。
从PC机到Macintosh（苹果）机，从DOS到WINDOWS到UNIX系统，均有不同的版本运行。
同时，作者与Glaxo&Wellcome公司作出了一个非常了不起的决定，将软件与程序源代码免费发布给大家，便于大家共同使用与改进此软件，进而提高计算机在生物化学方面的应用。
RasMol 2.6最大的特点是界面简单，基本操作简单，运行非常迅速，对机器的要求较低，对小的有机分子与大分子，如蛋白质、DNA或RNA,均能适用，且显示模式非常丰富。
以前同类的分子图形软件，对计算机硬件的要求非常高，常常要求的硬件环境为图形工作站，虽然功能较多，但作为商业软件，自身价格极为昂贵，所以，只能为少数拥有大量科研经费的科研单位的科研人员所用。
RasMol 2.6则克服了这些缺点，使任何一个人，应用普通廉价的计算机，为了科研、出版甚至仅仅为了教育的目的，就可以方便地显示一个分子的微观三维立体结构。
ras操作手册
一．配置服务器1.管理应用程序1）.应用程序管理功操作：【配置管理】－【应用程序】，如图：应用程序管理功能：2）. 添加应用程序步骤1、执行：【配置管理】－> 【应用程序】－> 【添加应用程序】，如图说明：添加应用时，RAS控制台模拟了Windows的开始菜单，并列出其中大部分程序组及其程序，管现员可以从菜单中选择需要发布的应用程序。
如果您要添加的程序在此模拟开始菜单中找不到，可以手工输入应用程序的信息。
步骤2、指定连接设置RAS可以为不同的应用程序指定不同的连接设置。
通常选择：“默认设置”即可，如图步骤3、指定快捷方式开始菜单快捷方式：用户通过WEB方式登入RAS客户端后，会自动在Windows开始菜单中创建应用程序快捷方式。
桌面快捷方式：用户通过WEB方式登入RAS客户端后，会自动在Windows桌面创建应用程序快捷方式。
步骤4、单击【下一步】，选择需要分配此应用程序的“用户组”，依次单击【下一步】－【确定】，完成应用程序添加。
2.管理用户1）.用户管理功能2）.基本用户管理操作：添加用户：【配置管理】—【用户】—【添加用户】修改用户：【配置管理】—【用户】—【修改用户】删除用户：【配置管理】—【用户】—【删除用户】克隆用户：【配置管理】—【用户】—【克隆用户】添加用户举例：执行【配置管理】—【用户】—【添加用户】，如图：注意：用户名区分大小写，不支持中文用户名和密码。
点击下一步，选择应用程序，如图：点击确定，完成操作。
二．客户端管理1.客户端WEB登录WEB登入外网使用：http://域名或公网IP局域网使用：http://局域网IPl 第一次登入，会提示下载RAS客户端，下载并安装，点击“完成”，输入管理员分配的RAS 用户名和密码进行登入，登入之后可以看到发布的应用程序，单击应用程序的图标打开程序，如下图所示。
2.输入法6.4. 输入法（1）使用本地输入法右击桌面右下角的RAS托盘程序，选择使用本地输入法，如图：注意事项：本地输入法不支持微软拼音输入法。
RasMal使用介绍
特殊命令：
输入ssbonds，可以显示分子中的双硫键； 输入hbonds，可以显示氢键；
附：在命令行后加上数值，可以改变这些键显示的尺寸
谢 谢！
6)CHARMm文件格式
7)MOPAC文件格式
8)CIF文件格式
以显示牛胰岛素（2KVA）三微结构为例： 导入2KVA.pdb文件，即可显示其三维结构
上图显示的是蛋白质二级结构。α螺旋表示为深红色；β折迭表示为 黄色；转角（Turn）表示为淡蓝色；其它残基的颜色为白色。 1.显示模式[Display]： 1)细线模式[Wireframe]： 2)骨架模式[Backbone]： 3)棒状模式[Sticks]： 4)球体模式[Spacefill]： 5)球棒模式[Ball&Stick]：用球-棒模式表示分子； 6)丝带模式[Ribbons]：用带状表示大分子； 7)网带模式[Strands]：用网状带子表示大分子； 8)卡通模式[Catein Database（PDB）格式[默认]
2)Tripos Associate’Alchemy 格式
3)Sybyl Mol2格式、 4)Molecular Design Limited’s (MDL) Mol格式、
5)Minnesota Supercomputer Center’s （MSC） XYZ格 式
RasMol
1.观看生物分子3D微观立体结构的软件,可以旋 转,可以以多种模式观看，并可以存成普通图形文件.
2.可以使用RasMol命令行
1.点击工具栏中“文件”——“打开”，然后选中需 打 开的分子pdb格式文件,就可以显示其三维结构。 2.或者利用RasMol命令行中文件载入命令。 命令格式：RasMol> load [文件格式] 文件名
pymol使用指南
pymol使用指南Pymol是一款用于可视化蛋白质和分子的开源软件。
它提供了许多功能和工具，使用户能够准确而美观地展示和分析分子结构。
下面是Pymol的使用指南。
1. 下载和安装：首先，从Pymol的官方网站（2. 打开Pymol：安装完成后，打开Pymol软件。
界面会显示一个空白画布，以及菜单栏和工具栏。
用户可以使用菜单栏中的各个选项，通过命令行或者Python 脚本来控制Pymol的操作。
3. 导入分子结构：使用Pymol之前，需要导入要分析的分子结构。
用户可以将分子结构从PDB（蛋白质数据库）文件中导入，或者使用命令行或Python脚本导入其他文件格式，如XYZ或MOL。
4. 显示分子结构：在Pymol中，用户可以调整和控制分子结构的显示方式。
例如，用户可以选择显示线框模型、球棍模型、表面模型或半透明模型。
通过菜单栏中的"Display"选项，用户可以调整颜色、透明度、线宽和渲染方式等参数。
5. 选择和标记：Pymol提供了各种选择和标记分子结构的方法。
用户可以通过命令行、Python脚本或图形界面来选择分子中的特定原子、残基或链。
用户还可以给分子中的特定部分添加标签、箭头或球。
6. 组合和编辑：Pymol允许用户组合多个分子结构，并进行编辑。
用户可以使用命令行或Python脚本来操作和修改分子结构的位置、旋转、缩放和翻转等。
此外，Pymol还提供了多种对称操作和变换功能，如对称翻转和镜像。
7. 分析和计算：Pymol还提供了一些强大的分析和计算工具，用于分析分子结构的性质和相互作用。
例如，用户可以计算蛋白质的二级结构、表面积、分子对接能力和相互作用能量等。
通过菜单栏中的"Analyze"选项，用户可以选择所需的分析功能。
8. 创建动画和图片：使用Pymol，用户可以创建分子结构的动画和图片。
用户可以通过命令行或Python脚本来设置动画的帧数、速度和循环次数等参数。