临床肿瘤基因检测简介
肿瘤组织基因检测不合格-概述说明以及解释
肿瘤组织基因检测不合格-概述说明以及解释1.引言1.1 概述概述肿瘤组织基因检测在近年来得到了广泛的应用和关注。
通过对肿瘤组织的基因检测，可以了解肿瘤的发生机制、遗传变异情况以及患者可能的治疗反应。
然而，随着肿瘤组织基因检测的普及，也出现了一些不合格的检测结果。
本文将对肿瘤组织基因检测不合格的问题进行探讨和分析。
首先，我们将介绍肿瘤组织基因检测的重要性，包括其在个体化治疗中的作用以及对临床决策的影响。
然后，我们将详细介绍肿瘤组织基因检测的流程和方法，以帮助读者更好地理解该技术的应用和潜在问题。
接下来，我们将探讨肿瘤组织基因检测不合格的可能原因。
这些原因包括样本采集和处理的问题、测试方法和设备的选择以及数据分析和解读的误差等。
我们将通过分析这些问题，帮助读者了解为何会出现不合格的检测结果，以及如何避免这些问题的发生。
最后，我们将探讨肿瘤组织基因检测不合格可能对临床治疗和患者带来的影响，并提出解决肿瘤组织基因检测不合格的方法。
这些方法包括对检测流程的优化、技术设备的升级以及专业人员的培训和规范化等。
通过采取这些措施，我们可以提高肿瘤组织基因检测的准确性和可靠性，为患者提供更加有效的个体化治疗策略。
本文的目的是希望引起人们对肿瘤组织基因检测不合格问题的重视，并提出相应的解决方案。
通过更好地了解和解决这些问题，我们可以更好地利用肿瘤组织基因检测的优势，为患者提供更好的治疗效果，并推动个体化医疗的发展。
1.2文章结构文章结构本文将从肿瘤组织基因检测的重要性、检测的流程和方法以及可能导致不合格结果的原因三个方面进行论述。
首先，我们将介绍肿瘤组织基因检测的重要性，说明其在肿瘤诊断、治疗选择以及预后评估中的作用。
其次，我们将详细介绍肿瘤组织基因检测的流程和方法，包括样本采集、DNA/RNA提取、基因检测技术的选择和数据分析等方面的内容。
最后，我们将探讨肿瘤组织基因检测不合格的可能原因，如技术问题、样本质量、数据解读等因素可能导致检测结果的不准确性。
基因检测报告深度综合解读 肿瘤临床NGS检测报告解读与精准诊疗
提纲
• 肿瘤NGS检测报告临床解读的必要性！ • 如何进行NGS检测报告的临床解读？ • 展望
Department of Pathology
病例一: 肺腺癌病史
简要病史
• 男性患者，86岁，2018年5月咯血，发现右上肺 病灶1.1cm，抗炎2周出院，自服中药。
肿瘤基因组处于动态进化过程
• 1.肿瘤基因组进化极为复杂，存在明 显时空差异性
• 2.肿瘤治疗过程促进产生新的变异-赋 予肿瘤生命体更为顽强的生命力，产 生治疗抵抗。
晚期肿瘤细胞克隆复杂进化
PLOS Genetics | DOI:10.1371/journal.pgen.1005778 FeBruary 18, 2016
人类基因 组计划
人类基因组 计划完成
基因组医学 概念提出
全民健康计划
Department of Pathology
肿瘤是“基因组”疾病
人类基 因组计 划完成
1953年 DNA双螺 旋结构发
表
逆转录 酶发现
癌基因
抑癌基 因发现
单克隆 抗体发
明
限制性 内切酶
PCR技术 发明
20世纪生命科学 与医学新成就
➢ 至少年20万人死于用药不当。
Department of Pathology
肿瘤进化、高度复杂
大众健康需求呼唤精准医学
控制癌症 降低成本
治疗困境、成本高昂 专业精准、患者期待
促进健康
图片来自网络 Department of Pathology
PCR技术发明
DNA 双螺旋 结构发表
基因组科学发展是精准医学的基础
肿瘤基因检测行业分析报告
肿瘤基因检测行业分析报告肿瘤基因检测行业分析报告一、定义肿瘤基因检测是通过对体内肿瘤抽检物质采取一定技术手段分析肿瘤细胞中的基因结构，以确定肿瘤的类型、分级、预后等诊断指标的一项检测技术。
其主要目的是早期发现肿瘤并及时采取诊疗措施。
二、分类特点（1）按检测方式分类传统检测方法：根据患者的病史、体检、实验室检查等手段来判断是否有肿瘤。
缺点是检测精度低，不能确定肿瘤的种类。
分子生物学检测方法：根据肿瘤细胞分子水平上的特征来确定肿瘤的种类、分级。
这种检测方法具有高精度、准确性高的特点。
（2）按检测对象分类外周血液检测：通过分析外周血中的肿瘤细胞，检测肿瘤的种类、分级和预后。
组织检测：通过肿瘤组织中的分子变化来确定肿瘤的种类、分级和预后。
（3）按检测数据分类静态检测：采集患者肿瘤组织或外周血液样本，解析得到患者固有的基因突变情况。
动态监测：对已知肿瘤患者进行定期检测，判断患者病情发展和治疗效果，同时提供个性化治疗的指导。
（4）按检测对象分类癌前期：即癌前病变，对此进行检测，可以有效预测患者发展为癌症的概率，有利于早期干预和治疗。
癌中期/后期：这时患者已经确诊患有癌症，可以通过基因检测确定治疗方案和预后情况。
三、产业链肿瘤基因检测产业链主要包括医院、诊断机构、检测机构、生产厂商、信息化服务等部分。
医院是肿瘤基因检测的主要场所，诊断机构主要负责客户的引流和检测解读，检测机构则是执行者，生产厂商则提供基因检测产品、技术支持和推广服务，信息化服务则是将所有厂商联系起来实现全面协调和配合，构成完整的产业链。
四、发展历程肿瘤基因检测在上世纪90年代至今在世界各地逐渐发展壮大。
中国的肿瘤基因检测事业比较晚起步，到2008年才开始得到政府的资助，随着国家发展战略，肿瘤基因检测业发展也逐渐得到重视，国内多家厂商和机构推出了基因检测产品。
五、行业政策文件及其主要内容1. 《国家癌症防治规划（2012-2015年）》该文件对推动肿瘤基因检测的重要性进行了强调，明确提出要推动癌症早筛、提高早筛覆盖率、推广基因检测，以便更好地贯彻早诊断早治疗的目标。
临床上最常用的基因检测技术
临床上最常用的基因检测技术肿瘤基因检测是指应用分子生物学技术，从基因水平检测细胞和组织的肿瘤分子靶标变化，以协助病理诊断和分型、指导靶向治疗、预测治疗反应及判断预后的一种病理诊断技术，也称为肿瘤分子病理。
目前，临床上最常用的检测技术平台有：荧光PCR技术、ARMS-PCR 技术、Sanger测序技术、高通量测序技术（NGS）、FISH技术等。
◎荧光PCR技术荧光定量PCR（realtime-PCR）技术是几年基于普通PCR技术发展的一种新技术。
它借助荧光信号来检测PCR产物，通过荧光染料或荧光标记的特异探针，对PCR产物进行标记跟踪，在扩增过程中，每经过一次循环，荧光定量PCR法检测目的基因仅需检测样本是否具有扩增信号即可，且PCR反应具有核酸扩增的高效性，可检测出微小突变。
根据探针标记不同可分为TaqMan探针法和ARMS法，ARMS法的灵敏度比TaqMan探针法更高，更容易从大量野生型DNA中选择富集低浓度的DNA突变。
◎ARMS-PCR技术扩增阻碍突变系统（ARMS）是PCR技术应用的发展，也称等位基因特性PCR（AS-PCR）等，用于对已知突变基因进行检测。
该法通过设计两个5'端引物，一个与正常 DNA互补, 一个与突变 DNA互补, 对于纯合性突变，分别加入这两种引物及3'端引物进行两个平行PCR, 只有与突变DNA完全互补的引物才可延伸并得到PCR 扩増产物。
如果错配位于引物的3'端则导致PCR不能延伸。
ARMS-PCR是目前实验室常用的基因突变检测方法。
ARMS-PCR 法检测灵敏度高，可检测肿瘤细胞中突变比例为 l %甚至更低的突变基因。
◎ Sanger测序技术Sanger测序法的基本原理是在DNA聚合酶的作用下, 将dNTP/ddNTP的混合物加到特异性引物的末端, 产生长短不等的寡核苷酸链, 并带有与四种碱基对应荧光标记。
当带有荧光标记的寡核苷酸链混合物通过基因分析仪毛细管进行电泳分离时, 软件就能根据荧光颜色判断对应碱基, 而根据荧光信号出現的先后顺序, 判断对应碱基在序列中所处的位置, 以此获得特定基因特定位点及片段的 DNA序列, 从而达到鉴别诊断疾病的分子发病机制、指导临床疾病治疗的目标。
肿瘤个体化治疗基因检测.doc
第一部分项目背景一、肿瘤临床转化医学背景21世纪伊始，人类基因组研究成果斐然，在循证医学的浪潮推动下，基因组学、RNA组学和反应组学等生命科学与医学领域交融，转化，率先在肿瘤个体化靶向治疗领域进入了NCCb和ASCO CSCO各种肿瘤临床治疗规范。
在一系列转化应用中，使患者明显获益，各种基于循证医学的肿瘤多中心、大样本、随机性双盲的前瞻性研究结果，共同提示基因检测用于肿瘤转化医学靶向治疗和个体化化疗，不仅是肿瘤医药学领域里程碑式的革命，也将诊断病理学科带入了分子病理、个体化治疗的新时代。
美国Kalorama In formation 公司在2007年发表了关于分子诊断的专题市场调查报告“分子诊断：全球主要市场”（Molecular Diag nostics: Major World Market ）。
报告预计从2006年到2016年分子诊断市场的平均年增长率达到41.5%。
药物基因组学在这10年间将有184%勺平均年增长率，预计癌症相关基因的检测平均年增长率将达到68%据我国卫生部统计，20世纪90年代我国肿瘤发病率已上升为127例/10万人。
近年来我国每年新增肿瘤患者160〜170万人，总数估计在600万人左右，肿瘤已经成为我国的第一死亡原因。
肿瘤患者对治疗有效性的提高需求迫切，2007年我国医院肿瘤用药销售额累计约为158.7亿元人民币，同比上一年增长高达61.2%，大大高于其它医疗药品的市场增长幅度。
但抗肿瘤药物广泛应用的同时，给患者带来严重的问题：治疗的有效率不高、针对性不强、副反应较多、费用昂贵等。
基于药物基因组学临床检测的肿瘤个体化治疗为上述问题解决带来曙光，美国ASCO已公布的多个临床实验已证实，通过检测肿瘤患者肿瘤组织中的基因突变靶点及基因SNP分型、mRNA基因定量表达，为临床提供靶向及个体化化疗的依据，能显著提高治疗的有效率，降低药物毒副作用。
如：2009年1月美国ASCO消化肿瘤会议总结：选择K-ras野生基因型患者应用EGFR单抗使美国2008年节约了601亿美金，并把这一晚期患者生存期提高了11.5个月。
肿瘤个体化治疗基因检测教程课件
需要建立完善的法律框架来规范肿瘤个体化治疗基因检测 的相关活动，保护患者的权益和隐私，同时也保障技术的 正常发展。
监管体系的完善
为了确保基因检测的准确性和可靠性，需要建立完善的监 管体系，对相关机构和实验室进行严格的认证和监管。
05
肿瘤个体化治疗基因检测 案例分析
肺癌基因检测案例
患者情况
患者为52岁男性，长期吸烟史，诊断为肺腺 癌。
个体化治疗方案
针对T790M突变，采用第三代EGFR抑制剂 奥希替尼进行治疗。
基因检测结果
检测到EGFR基因突变，为T790M突变。
治疗效果
患者病情得到有效控制，肿瘤缩小，生活质 量提高。
结直肠癌基因检测案例
01
患者情况
患者为45岁女性，有家族遗传史， 诊断为结直肠癌。
肿瘤个体化治疗基因检测教 程课件
目 录
• 肿瘤个体化治疗基因检测概述 • 肿瘤个体化治疗基因检测的方法与技术 • 肿瘤个体化治疗基因检测的应用领域 • 肿瘤个体化治疗基因检测的挑战与前景 • 肿瘤个体化治疗基因检测案例分析
01
肿瘤个体化治疗基因检测 概述
定义与重要性
定义
肿瘤个体化治疗基因检测是指通过检测肿瘤组织或血液样本 中的基因变异情况，为患者提供针对性的治疗方案。
基因表达谱分析的结果有助于临床医生深入了解肿瘤的生 物学特征，为制定更加精准的治疗方案提供科学依据。
03
肿瘤个体化治疗基因检测 的应用领域
靶向治疗
靶向治疗是一种针对特定基因突变的治疗方法，通过抑制肿 瘤细胞的生长和扩散来达到治疗目的。基因检测可以检测出 与靶向治疗相关的基因突变，为患者提供更精准的治疗方案 。
个体化治疗方案
肿瘤基因检测
EGFR
ALK
ROS1
B-RAF
PD-L1
NCCN指南
EGFR是肺癌靶向治疗成功的关键
Gefitinib EGFR M+ (n=132) Gefitinib EGFR M- (n=91) Carboplatin / paclitaxel EGFR M+ (n=129) Carboplatin / paclitaxel EGFR M(n=85)
蛋白水平(过表达): 细胞表面HER2蛋白受体表达大量增加 基因水平(扩增): HER2编码基因于细胞核内拷贝增加
IHC
FISH
HER-2阳性危害
1、对早期乳腺癌预后不利：
2、降低乳腺癌转移/复发患者的存活率：
HER-2阳性与靶向治疗
100 80
HER2阳性, 曲妥珠单抗 (n=191) HER2阴性 (n=1782) HER2阳性, 无曲妥珠单抗 (n=118)
存活率 (%)
60 40 20
0 0
12
24
36
48
60
确诊后时间 (月)
一项回顾性研究数据显示，与HER2阴性乳腺癌相比，HER2阳性乳腺 癌患者接受曲妥珠单抗治疗后的死亡率下降44%
Dawood S et al. J Clin Oncol 2010;28:92–98.
HER-2阳性
1、含蒽环类药物耐药：
低复发风险者（RS<18） 从化疗中的获益极微
3、胃/食管癌个性化用药基因检测
HER-2
NCCN指南-胃癌
NCCN指南-食管癌
HER-2阳性判断
4、结直肠癌个性化用药基因检测MMR/MSI来自RASB-RAF
NCCN指南
肿瘤基因检测技术的理论与实践
肿瘤基因检测技术的理论与实践随着生物技术的迅速发展和深入应用，现代医学科学已经进入了基因检测技术的时代。
肿瘤基因检测技术是通过免疫组织化学、蛋白质芯片、荧光原位杂交、DNA芯片等技术手段实现对癌症相关基因的检测，从而为临床治疗和防治奠定了重要基础。
本文将从肿瘤基因检测技术的原理、应用场景、检测方法和未来发展等多个角度，理论和实践相结合地为各级医疗工作者及广大读者详细介绍肿瘤基因检测技术。
一、肿瘤基因检测技术的原理肿瘤形成的原因，是正常细胞生长变异和异常增殖导致细胞的恶性分化和不可控增殖。
肿瘤发生过程中，往往伴随着许多基因的异常表达和突变，这些基因的表达变化与肿瘤细胞的转化和发展有着密切关系。
因此，肿瘤基因检测技术是以肿瘤特异性基因为目标，在病变组织中检测出相应的基因表达和突变，进而帮助医生更准确地诊断肿瘤类型、判断病变程度、制订适宜的治疗方案。
肿瘤基因检测的原理就是利用现代分子生物学的技术手段，对人类基因组、肿瘤相关基因进行一定范围的检测和分析，从而发现在肿瘤发生、发展、转移等过程中有哪些基因会出现异常改变，根据这些结果为患者提供精准、个体化的诊疗方案。
肿瘤基因检测技术融合了基因芯片、PCR、测序技术等多种技术手段，是一种多层次、多要素的综合性检测技术。
二、肿瘤基因检测技术的应用场景肿瘤基因检测技术具有广泛的应用场景，可用于肿瘤的早期诊断、治疗方案制定、预后评估等方面。
1、早期诊断：肿瘤基因检测技术可用于肿瘤的早期筛查和检测。
通过检测某些特异基因的表达以及一些新发现的肿瘤相关基因的突变情况，可发现目前临床上没有症状或者体征的早期肿瘤病变，从而及时制定治疗方案，增加治愈率和生存期。
2、治疗方案制定：肿瘤基因检测技术可为肿瘤患者制定个性化的治疗方案。
因为不同基因的变异导致的肿瘤发展机制不同，对于相同的外部治疗手段，不同的患者可能有着不同的治疗效果。
通过肿瘤基因检测，可以实现对基因及变异情况的研究，并根据其特异性为不同患者分别制定个性化的治疗方案。
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该检测者在上海肺科医院行胸腔 镜手术，取出病理为肺腺癌。
病理：肺腺 癌
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案例二：辅助诊断癌症，
个人不相信，不愿面对， 没有采取必要干预措施 2年半后诊断大肠癌中晚期
案例三：癌症复发监控
检测者女性，确诊宫颈癌，术后、放、 化疗后，经基因检测发现 FHIT和HLA-A有突变，确诊为术后复发。
7
肿瘤早期检查与治疗方法
Mutation frequency vs CT
监测肝转移： A：手术前检测到KRAS mutation (Gly13Asp) B ： 术 后 一 周 该 Mutation检测不到了 C ： 12 个月后又检测到 ，CT发现了肝转移。
Mutation vs CEA
和CEA相比，ctDNA更能反 映生存期： 监测不到ctDNA的病人一直 存活； 监测不到CEA的依然会死。
《新英格兰 医学杂志》
2004年
药物类型
检测基因 EGFR
突变位点 Exon 20 Insertion c.2369C>T (T790M) c.34 (G12C、G12R、G12S) c.35 (G12A、G12D、G12V) c.37 (G13C、G13R、G13S) c.38 (G13A、G13D) c.181 (Q61K) c.182 (Q61L、Q61R) c.183 (Q61H) Amplification c.2156 (G719A) c.2155 (G719C、G719S) Exon 19 Deletion Exon 19 Insertion c.2290_2291ins (A763_Y764insFQEA) c.2573 (L858R) c.2582 (L861Q) 1151Tins L1152R C1156Y F1174L L1196M G1202R S1206Y G1269A fusion Fusions
耐药
KRAS
My cancer genome 上的TKI 类药物相 关药敏/ 耐药信息
EGFR TKI MET
药敏
EGFR
耐药 ALK TKI
ALK
药敏
ALK ROS1
EGFR TKI治疗的选择
对象
不加选择的中国患者 根据临床特征选择优势人群 根据EGFR敏感基因选择 +耐药基因（T790M，KRAS、EML4-ALK etc）排除
肿瘤分子诊断产品
肿瘤易感性评估 肿瘤早期筛查 个体化用药指导 筛查遗传性癌症高危人群 及早预知肿瘤发生风险，辅助诊断早期癌症。 预测用药效果，为患者选择最合适的药物
肿瘤疗效评估
评估肿瘤治疗效果
预测癌症术后复发风险及辅助化疗必要性
肿瘤复发监控
预测肿瘤复发或转移的风险
基因检测 用于临床 Hotspot检测呈 阴性的患者 少发癌种、起 源未知的患者 恶性肿瘤，治 疗无效的患者 全 面 的 基 因 变 异 信 息 有钱，理念先进 的患者 用于科研
LOGO
临床肿瘤基因检测简介
肿瘤早期筛查简介
肿瘤早期筛查
正常DNA
DNA突变 （肿瘤驱动基因 ）
肿瘤细胞
肿瘤
分子阶段 （8-10年） 细胞阶段 （3-5年） 早期癌症 （1-3年）
中晚期癌症
肿瘤标志物、影像学
肿瘤早期筛查
案例一：协助确诊早癌
体检发现肺内有6mm孤立影，不能确定其 性质，经基因检测检测发现EGFR突变。
科研需求
更 全 面 的 基 因 检 测
临 床 试 验 药 物 信 息
异 病 同 治 的 思 路
临 床 试 验 药 物 信 息
更 多 的 治 疗 方 案
全 面 的 基 因 变 异 信 息
个 性 化 系 统 治 疗 方 案
Case Study
回 顾 性 研 究
临 床 数 据 库
山东人群癌症临床信息数据库内容
ctDNA超标，但 未检测到肿瘤
免疫干预，增强 免疫力 手术、放疗、化 疗、免疫治疗…
再次基因检测
肿瘤早期基因检测
确诊肿瘤
精准医疗
个体化用药
个体化用药指导
个体化用药——解决肿瘤盲目治疗的关键
分 子 分 型
11
J Guillermo Paez
《科学》 杂志
2004年 Thomas Lynch
• 药物敏感性突变 G719X, exon 19 del, L858R, L861Q • 药物继发性耐药 （1年） exon 20 dup •药物继发性耐药 （2年） L747S, D761Y, T854A, T790M、 MET amplification
的药物靶点以及细胞治疗靶点。 2、将患者的分子指纹与治疗方案、疗效记录下来，为医生提供参考 3、基于临床数据库构建交互式查询平台，提供患者与医生交流的平台 4、基于基因检测的细胞治疗数据
LOGO
有效率
30％ 50％ 80% 90-95%
报告示例
肿瘤个体化用药指导产品（筛药指导）
一、靶向用药+化疗药物指导 二、靶向用药+化疗药物+通路用药指导
检测报告示例
肿瘤疗效监测产品
1、疗效监测 2、耐药监测 3、干预效果监测 4、复发监测
癌症术后复发监测
高发实体瘤： 男性：肺癌、胃癌、肝癌、食管癌、结直肠癌； 女性：胃癌、乳腺癌、肝癌、肺癌、食管癌。 1、手术仍然是很多实体瘤治疗的第一选择； 2、术后复发率居高不下，据估计在90%以上； 3、目前术后主要采取随访的办法跟踪病情，现有监测手 段（CT和血清抗原等），分辨率低，灵敏度低。
患者基本信息
性别
癌症信息
样本来源器官 首次确诊时间 临床分期 转移情况
临床治疗信息
检测前治疗情况 检测后治疗情况 基于基因检测的 细胞治疗情况 治疗效息
出生日期
癌种 样本类型
变异信息
序列信息 用药提示信息
细胞治疗信息 基因与肿瘤信息
临床数据库
1、跨癌种大样本量肿瘤临床数据积累，便于进行回顾性研究，发现新