药物治疗后肾癌EMT相关基因表达谱分析及对预后的影响
CYP27A1基因表达与肝癌患者临床表型相关性及其预后作用

CYP27A1基因表达与肝癌患者临床表型相关性及其预后作用瞿兵The prognostic relevance of CYP27A1 in patients with hepatocarcinomaBing Qu摘要目的:从基因表达水平探讨肝癌患者的独立预后因素,为开发新的治疗肝癌靶向药物奠定基础。
方法:本研究通过在GEO数据下载肝癌基因表达数据GSE14520,分析CYP27A1与肝癌患者年龄、性别、 PRMS分类、血清ALT水平、肿瘤大小、结节数目、肝硬化、TNM分期、BCLC分期、CLIP分期以及血清AFP水平等临床表型的相关性,以及CYP27A1与肝癌患者临床预后指标(无进展生存期、总生存期)的关系,明确CYP27A1在对肝癌细胞的作用机制。
结果:相较于正常肝脏组织,CYP27A1在肝癌中表达明显下调;CYP27A1高表达组和CYP27A1低表达组患者在年龄和性别分布上及血清ALT水平和肝硬化情况无明显差异,CYP27A1高表达组患者中PRMS分类、肿瘤大小、肿瘤类型、TNM分期、BCLC分期、CLIP分期、血清AFP水平等临床表型均明显优于CYP27A1低表达组肝癌患者,CYP27A1高表达组肝癌患者的无进展生存期和总生存期明显优于CYP27A1低表达肝癌患者。
CYP27A1可能在细胞分裂、DNA复制及肿瘤增殖相关信号通路等生物学过程影响肝癌细胞增殖。
结论:CYP27A1或可作为肝癌患者独立预后因素,高表达CYP27A1的肝癌患者的临床预后明显优越与CYP27A1低表达肝癌患者。
关键词:肝癌;CYP27A1;临床表型;预后;AbstractBackground:hepatocarcinoma is one of most common cancers worldwide, and the prognosis of patients with hepatocarcinoma remains poor. Investigating the independent prognostic factors of hepatocarcinoma at gene-expression level might facilitate the development of novel agent for treating hepatocarcina. Methods: In the present study, we analyzed the correlation between the expression of CYP27A1 and the characteristics of hepatocarcina patients including age, gender, PRMS classification, ALT, main tumor size, multinodular, cirrhosis, TNM staging, BCLC staging, CLIP staging and AFP. Meanwhile, the progression free survival and overall survival of hepatocarcina patients were also analyzed. Gene set enrichment analysis (GSEA) was conducted to characterize the potential mechanisms regarding the impact of CYP27A1 on hepatocarcina cells. Results: Compared with normal liver tissues, the CYP27A1 was downregulated in tumor cells. No significant differences could be found between CYP27A1 high expression group and CYP27A1 low expression group regarding the age, gender and the serum ALT level of hepatocarcina patients. Patients with higher expression of CYP27A1 turned out to have better PRMS classification, tumor size, tumor type, TNM staging, BCLC staging, CLIP staging and serum AFP level (P<0.0001, P=0.003, P=0.071, P=0.01, P=0.007, P=0.004 and P=0.009, respectively), and patients in CYP27A1 high expression group proved to have better progression free survival and overall survival compared with patients in CYP low expression group. Our GSEA results suggested that CYP27A1 might influence the proliferation of hepatocarcinomathrough participating the mitotic spindle, spermatogenesis, G2M checkpoint, DNA repair, E2F target, MYC target, PI3K-AKT-mTOR signaling and unfolded protein response. Conclusions: CYP27A1 might be an independent prognostic factor for hepatocarcinoma patients, and patients with higher expression of CYP27A1were proved to have better survival than patients with lower expression of CYP27A1, while the exact mechanisms regarding the impact of CYP27A1 on the hepatocarcinoma cells remained to be elucidated.Keywords: hepatocarcinoma; CYP27A1; clinical phenotype; prognosis原发性肝胞癌(primary liver cancer)是起源于肝细胞或肝内胆管细胞的恶性肿瘤。
肾癌的基因表达谱及其临床意义的研究进展

肾癌的基因表达谱及其临床意义的研究进展张守波1,2△,肖耀军1(综述),廖贤平1,2※(审校)(1.武警广东省总队医院泌尿外科,广州510507;2.河北医科大学,石家庄050001)中图分类号:R737.11文献标识码:A文章编号:1006-2084(2012)14-2194-03摘要:基因芯片技术是近年来形成和发展的一项新的分子生物学技术。
基因芯片技术能在转录水平高通量、大规模、平行地处理大量基因信息,尤其是近来全基因组基因芯片技术的出现,使全面、综合分析某些生命现象成为可能。
应用基因芯片技术检测肾肿瘤组织获得其基因表达谱,通过对表达谱的分析处理,发现肾肿瘤相关的特征性分子标志物,为肾癌的临床诊断、治疗、预后评估、病理分型,以及新药开发等方面提供帮助。
它的作用越来越巨大,正日益受到人们的重视。
关键词:肾癌;肾肿瘤;基因芯片;基因表达谱;原蛋白转化酶Research Progress of Gene Expression Profiling in Renal Carcinoma and the Clinical Significance ZHANG Shou-bo1,2,XIAO Yao-jun1,LIAO Xian-ping1,2.(1.Department of Urology,Chinese People's Armed Police Forces Guangdong Provincial Corps Hospital,Guangzhou510507,China;2.Hebei Medical University,Shijiazhuang050001,China)Abstract:Gene microarray is a new molecular biological technique developed in recent years,which can simultaneously deal with lots of gene information by high throughput,especially that the emergence of ge-nome-wide gene-chip technology in recent years makes it possible to analyze some phenomenon of life com-prehensively.The profile of measured samples of renal tumor tissue can be gained,then through the analysis of he expression profile,characteristic molecular markers of the disease can be discovered to help the clinical diagnosis,treatment,prognosis assessment,pathological classification and new medicine development,which displays a growing function drawing more attention nowadays.Key words:Renal cell carcinoma;Kidney tumor;Gene microarray;Gene expression profiling;Pro-protein convertase肾癌又称肾细胞癌,是成人最常见的一种肾实质恶性肿瘤。
肾细胞癌Ki67、p53、FHIT蛋白表达与临床病理指标及预后的关系

COL6A1高表达对肾透明细胞癌患者预后的影响

J J锦inz州hou医M科edi大cal学U学niv报ersity2021 Jun. 42(3)
COL6A1 高表达对肾透明细胞癌患者预后的影响
张元, 曹庆飞, 佟明
( 锦州医科大学附属第一医院, 辽宁 锦州 121000)
摇 摇 摘要: 目的摇 利用生物信息学方法探究胶原蛋白 VI琢1 [ Collagen 琢-1 ( VI) gene, COL6 A1] 基因表达量与肾透明细 胞癌患者临床病理特征及生存预后之间的关系。 方法摇 所有数据均使用 R 软件进行分析, 利用 R 语言的生存包构建生存预 后模型, 利用基因集富集分析预测肾透明细胞癌中与 COL6A1 相关的信号通路。 结果摇 肾透明细胞癌组织中 COL6A1 表达 显著高于正常肾组织。 COL6A1 表达量与肾透明细胞癌患者的年龄、 病理分级、 T 分期、 N 分期、 临床分期显著相关。 COL6A1 高表达组的患者预后较差且 COL6A1 高表达是肾透明细胞癌患者不良预后的独立风险因素。 C 指数、 校准曲线和 ROC 曲线均证明 3 年和 5 年总生存率预测模型与实际基本相符。 基因集富集分析显示许多关键通路被富集到 COL6A1 高表 达表型。 结论摇 本研究结果表明 COL6A1 可能是肾透明细胞癌不良预后的潜在生物标志, 且 COL6A1 可能通过与许多关键 信号通路相互作用参与肾透明细胞癌的进展。
利用 R 语言的生存包建立包含年龄、 病理分 级、 临床分期、 TNM 分期、 COL6A1 表达的预后模 型来预测肾透明细胞癌患者 3 年和 5 年的生存率。
采用一致性指数 ( c -index) 、 校准曲线和 ROC 曲 线评价模型性能。 1郾 3摇 基因集富集分析
将 KEGG 基 因 集 数 据 和 表 型 标 签 文 件 ( COL6A1 - high 和 COL6A1 - low) 上传至 GSEA 软 件。 我们对每个分析进行 1000 次基因集排列, 将 正常 P< 0郾 05 和 FDR < 0郾 25 的基因集定义为显著 差异表达的基因集。 1郾 4摇 统计学方法
LncRNA在肾癌的诊断、治疗以及预后方面的研究进展

肾癌又称肾细胞癌(Renal cell carcinoma,RCC),在我国RCC发病率呈现逐年上升趋势,男女比例为2.6:1[1]。
肾透明细胞癌(Renal clear cell carcinoma,ccRCC)是RCC中最常见的一种,约占RCC的75%~80%[2]。
目前肾脏CT和B超是国内诊断肾癌最常用的辅助检查方法。
RCC早期缺乏明显的临床症状,而且没有典型的肿瘤标志物供其早期诊断,部分RCC患者初次就诊时即为RCC晚期,无法进行手术,预后较差[3]。
随着分子生物学的进展,越来越多的LncRNA被证实参与了RCC细胞内多种重要的调控过程。
LncRNA是一类特殊类型的RNA,是指长度大于200bp的非编码RNA,主要存在于核内,研究表明,LncRNA参与了基因调控的基本过程,包括染色质的修饰和直接的转录调控,同时也调控转录后事件,根据LncRNA功能和涉及的分子机制可将其分为信号分子、诱饵分子、引导分子和支架分子等四类[4]。
LncRNA虽然不具有编码蛋白质的功能,但能在不同的肿瘤组织中过度表达或表达不足,在特定类型的癌症中,许多LncRNA已被证明是有效的潜在生物标志物[5]。
本文综述了LncRNA在肾癌分子领域发挥的作用,并探讨LncRNA作为肿瘤标志物在肾癌的诊断、治疗以及预后方面的研究进展。
1LncRNA用于RCC的诊断目前RCC的诊断金标准主要依赖于肾组织活检,但活检本身具有创伤性,难以重复检测且不适合用于大规模人群筛查[6],因此需要更加简便的诊断手段。
由于LncRNA可以在几种体液中检测到并可以抵抗核糖核酸酶介导的降解,因此它们有希望成为用于筛查肾癌的生物标志物。
无创血清学和尿液指标用于早期筛查诊断具有重要的临床价值。
研究表明,5-Ln⁃LncRNA在肾癌诊治及预后方面的研究进展程波1,邹菊2,向碧兰2,王倩2,刘威2,叶涛21.西南医科大学附属医院泌尿外科(泸州646000);2.西南医科大学临床医学院(泸州646000)【摘要】肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)是泌尿系统常见的肿瘤之一,且发病率逐年上升。
非小细胞肺癌组织中EMA表达水平与疾病预后的关系

非小细胞肺癌组织中E M A表达水平与疾病预后的关系宁宇(解放军第21医院,河北张家口 07000)[摘要]观察非小细胞肺癌组织中上皮膜抗原(E M A)表达水平与疾病预后的关联性。
选择行肿瘤根治术的非小细胞肺癌患者84例(肿瘤组织标本84个),通过病理检查确诊,肺腺癌40例,肺鱗癌44例。
采 用免疫组化法测定E M A在84个肿瘤组织中表达水平,运用肯德尔等级相关系数(Kendall)、非参数Kaplan -m e i e r 法等分析非小细胞肺癌组织中E M A表达水平与病理类型、疾病预后的关系。
40例肺腺癌患者中E M A高表达率为70.0%,44例肺鱗癌患者中E M A高表达率为34. 1%,肺腺癌E M A高表达率明显高于肺鱗癌(P <0.05);E M A表达水平与曱状腺转录因子(T T F-1)表达水平呈正相关关系(=0.439,/?<0.05);运用非参数的Kaplan - m e i e r法分析显示,I I B〜1期肺鱗癌、肺腺癌组织中E M A表达水平与疾病预后没有明显的相关性(尸均>0. 05),而I〜H A期肺鱗癌组织中E M A高表达,预后相对于中晚期明显较差(P<0.05)。
E M A表达水平与肺癌的临床分型、肿瘤细胞侵袭、分化以及2年内复发或转移密切相关,尤其是E M A表达水平对I〜n A肺鱗癌预后有着较高的预示作用,可能是以后临床研究早期肺鱗癌疾病预后的新焦点。
[关键词]非小细胞肺癌;疾病预后;上皮膜抗原;曱状腺转录因子doi:10.3969/j. issn. 1008 -8849.2018.27.014[中图分类号]R734.2[文献标识码]B[文章编号]1008 -8849(2018)27 -3009 -04非小细胞肺癌(N SCLC)是肺癌最常见的临床类型,癌细胞的侵袭能力较强,手术后极易复发或转 移,导致预后差,因而目前肺癌研究的重点是了解NSCLC临床侵袭及转移的机制,探寻与NSCLC预散结之功;枳实可化痰散结,穿心莲、白花蛇舌草可 解毒散结,夏枯草、郁金、香附行气活血,桔梗宣肺利 咽、理气活血,甘草清热解毒、调和诸药;诸药合用共 奏理气解毒、活血散瘀之功。
miR-30b-5p作为肾癌预后标志物的回顾性队列研究共3篇

miR-30b-5p作为肾癌预后标志物的回顾性队列研究共3篇miR-30b-5p作为肾癌预后标志物的回顾性队列研究1miR-30b-5p作为肾癌预后标志物的回顾性队列研究肾癌是一种常见的恶性肿瘤,由于其亚型多样性以及预后差异,使得肾癌治疗方案的选择变得非常困难。
因此,寻找预后标志物已成为肾癌研究的重要方向之一。
miRNA (MicroRNA)作为一种短链RNA 分子,参与了很多细胞生物学过程,对于许多肿瘤的发生和发展有着重要的影响。
近年来,越来越多的研究表明miRNA在肾癌治疗中具有重要的生物学意义,而miR-30b-5p是其中一个具有很大潜在价值的miRNA。
miR-30b-5p是一种保守的miRNA,其在人类和哺乳动物中均有表达。
研究显示,miR-30b-5p在许多经典肿瘤中的表达水平通常比正常组织低。
因此,研究人员开始着重关注miR-30b-5p在肾癌中的作用。
有些研究表明,肾癌中miR-30b-5p的表达水平与肿瘤的生长和转移有着密切的联系。
在miR-30b-5p水平被下调的患者中,肿瘤的侵袭性更强,转移风险也更高。
为了更好地了解miR-30b-5p在肾癌中的作用,一些研究人员进行了大规模回顾性队列研究。
他们从多个来源收集了大量肾癌组织样本和临床数据,将患者按照miR-30b-5p的表达水平进行分类,然后进行各种生存分析。
研究结果显示,miR-30b-5p的低表达水平与肾癌患者生存率的降低密切相关。
在低miR-30b-5p表达水平的患者中,肿瘤的侵袭性更强,转移风险也更高。
另外,低表达的患者更容易出现肾癌复发情况,且其疗效也不如高表达的患者显著。
此外,研究人员进一步明确了miR-30b-5p的作用机制。
miR-30b-5p通过与多个靶点结合,调节了多种信号通路的激活状态。
例如,miR-30b-5p可以与恶性肿瘤细胞的增殖、凋亡、血管生成等过程相关的关键基因结合,并影响这些基因的表达量。
这些研究表明,miR-30b-5p在肾癌的发生和发展中发挥着非常重要的作用。
肾细胞癌组织中TOP2α mRNA、蛋白表达变化及意义

除 肾细胞 癌组织 标本 为观 察组 ,9例癌 旁 正 常组 织 1 标本作 为 对 照 。所 涉 及 4 0例 肾 细 胞 癌 患 者 男 2 6
例、 1 女 4例 ; 龄 2 年 8—7 9岁 , 平均 5 . 2 9岁 。T ~期 。:
床病 理参数 的关 系见 表 1 。肾细 胞癌 组织 中 T P o O 2L
E p e so n l ia inf a c f x r s in a d ci c I g i n e o n s i c T0P ( i r n I el a cn ma 2: n e a lc rio x e
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药物治疗后肾癌EMT相关基因表达谱分析及对预后的影响南宁;寨旭;王宇;陈琦【摘要】目的通过对相关数据库数据分析,探究EMT相关调节因子的异常表达与肾癌的相关性.方法对NCBI中GEO数据库中的若干数据集数据进行表达量分析、生存分析和相关性分析.结果①研究分析表明,Snai1等EMT相关调节因子在肾癌中存在明显的高表达,而E-cadherin(CDH1)等则表现为明显的低表达.②Twist1等的高表达会导致肾癌患者的总生存率和无疾病生存率明显降低(P =0.0186;P <0.0015).③VIM和SIP1在药物治疗后的肾癌患者中有明显的高表达情况(VIM,P<0.001;SIP1,P=0.0021),而CDH1和TJP1在药物治疗后的肾癌患者中则表现为低表达(CDH1,P<0.0002;OCLN,P<0.0001).④VIM和SIP1在肾癌患者中的表达情况呈正相关(P<0.0001,γ=0.573);而其与OCLN呈负相关(P=0.0017,γ=-0.3316).结论通过对EMT指标在肾癌患者中的表达相关性分析表明,EMT调节因子的异常表达与肾癌患者疾病的发展存在一定的相关性,并且对其药物耐受和预后都有一定的影响.%Objective To study relevant database data analysis,and explorethe correlation of the abnormal expression of EMT related factors and renal cell carcinoma.Methods Based on some data sets of GEO in the NCBI database,to perform express analysis,survival analysis and correlation analysis.Results ①The results showed that Snaill and other EMT-related regulatory factors in renal cell carcinoma patients were significantly higher expression,while the E-cadherin (CDH1)and so the performance was significantly lower expression.②Twist1 and other high expression of renal cancer patients will lead to the overall survival and disease-free survival was significantly reduced(P =0.0186;P <0.0015).③VIM and SIP1 weresignificandy higher in patients with renal cancer after drugtreatment(VIM,P < 0.001;SIP1,P =0.0021),while CDH1 and TJP1 showed low expression in renal cancer patients after drug treatment (CDH1,P <0.0002;OCLN,P <0.0001).④There was a positive correlation between the expression of VIM and SIP1 in renal cell carcinoma(P <0.0001,γ=0.573)and negative correlation with OCLN(P =0.0017,γ =-0.3316).Conclusion The correlation analysis between the EMT index and the expression of RCC in RCC patients showed that the abnormal expression of EMT regulatory factor is correlated with the development of RCC and has certain influence on drug tolerance and prognosis.【期刊名称】《实用癌症杂志》【年(卷),期】2017(032)004【总页数】5页(P548-552)【关键词】肾癌;表达谱;EMT;预后【作者】南宁;寨旭;王宇;陈琦【作者单位】710004 西安交通大学第二附属医院;710004 西安交通大学第二附属医院;710004 西安交通大学第二附属医院;710004 西安交通大学第二附属医院【正文语种】中文【中图分类】R737.11肾癌是常见的致死率位于前十的恶性肿瘤之一,其患者仍然在逐年增加[1]。
约有30%的肾癌患者在诊断初期就已经发生了转移,且由于耐药性的存在,转移性肾癌患者5年生存率仅为5%[2]。
虽然目前一些靶向治疗药物可以在一定程度上改善预后,但对于很多恶性肾癌仍然无法治愈[3]。
所以鉴定驱动肾癌生长转移的分子生物学事件对于发展最佳的治疗策略是至关重要的。
上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)是一种上皮样细胞向间质样的细胞转分化的过程,与上皮细胞恶性肿瘤的发生发展关系密切[4]。
实验证据表明EMT在多种癌症的原发性浸润和继发性转移中起着举足轻重的作用[5],其相关基因的表达还对于肿瘤的耐药起着非常重要的作用[6]。
有研究提示EMT相关的基因,如Twist的表达与肾癌的转移以及耐药有着密切的关系[7]。
而完整的EMT信号网络是由细胞外信号触发,如转化生长因子(transforming growth factor β,TGF-β)信号[8-9],这些转录因子同肿瘤的侵袭和转移以及肿瘤耐药性的发展密切关联[10]。
目前仍没有研究直接证明他们之间的联系,故在本研究中我们探究了肾癌病例中相关EMT调节因子的异常表达情况,并分析了EMT调节因子的异常表达与肾癌耐药的相关性及对肾癌预后及生存的影响。
1.1 研究材料本研究所用到的材料均来自于NCBI的GEO数据库,具体信息如下。
1.2 方法1.2.1 表达量分析基于数据库特定研究样本数据集中特定目标基因的表达量的相对值进行表达量的分析,所有数据都经过对数转换和中位数中心化处理。
根据表达量处理后数据进行聚类和差异分析。
文中热图由HemI软件制作,比较差异分析图由GraphPad Prism 5软件制作。
(* P<0.05,** P<0.01,***P<0.001表示差异有统计学意义)。
1.2.2 生存分析基于数据库特定研究样本数据集中特定目标基因的表达量的相对值及对应样本的总生存(OS)和无疾病生存(DFS)信息进行生存分析,所有数据都经过对数转换和中位数中心化处理,并采用Kaplan-Meier分析方法进行分析。
1.2.3 相关性分析基于数据库特定研究样本数据集中特定目标基因的表达量的相对值进行相关性分析,所有数据都经过对数转换和中位数中心化处理。
(P<0.05表示差异有统计学意义,γ<0表示负相关,γ>0表示正相关)。
2.1 EMT相关指标在肾癌患者中的表达分析为了评估EMT与肾癌发生发展的关系,我们选取了6个EMT相关的调节因子,分别为Snai1、Twist1、vi mentin(VIM)、SIP1、E-cadherin(CDH1)和occludin (OCLN),据以往的相关研究表明,其中Snai1、Twist1、vimentin(VIM)和SIP1在EMT的过程中表达量上调,而E-cadherin(CDH1)和occludin(OCLN)在EMT 的过程中表达量下调。
据此,我们对研究数据集中的肾癌样本和正常肾组织样本的相关基因的表达进行了表达谱的聚类分析,结果表明Snai1、Twist1、VIM和SIP1在肾癌样本中均存在高表达,而E-cadherin和occludin在肾癌中均表现为低表达,这也与以往的类似研究结果相一致,表明EMT对于肾癌的发生发展有着重要的作用。
2.2 EMT相关指标对肾癌患者生存及预后的影响据以往的研究报道,EMT过程对于肾癌的发生发展以及肾癌患者的生存状态具有重要作用。
所以,为了进一步探究EMT相关调节因子的表达对肾癌患者的生存状态的影响,我们对上述部分基因进行了相关研究,结果表明,在肾癌患者中,SANI1的高表达会导致肾癌患者的总生存率明显降低(P<0.0001),并且在肾癌患者中,SANI1的高表达也同样会导致肾癌患者的无疾病生存率明显降低(P=0.0071)。
与此类似,我们也在同样的数据集中对Twist1的高表达对非小细胞肺癌患者的总生存率和无疾病生存率进行了分析,结果表明,Twist1的高表达同样也会导致肾癌患者的总生存率和无疾病生存率明显降低(P=0.0186;P<0.0015)(图1)。
2.3 EMT相关指标在药物治疗后肾癌患者中的表达分析在上述的研究中,我们分析了EMT相关指标在肾癌患者中的表达异常情况,以及部分基因的高表达对肾癌患者总生存率和无疾病生存率的影响。
为了研究药物治疗后肾癌患者中EMT相关调节因子的表达情况,我们在相关数据集中对部分上述高表达(VIM和SIP1)和低表达(CDH1和OCLN)的基因进行了表达量的比较分析。
结果表明,与在肾癌患者中的表达情况相似,VIM和SIP1在药物治疗后的肾癌患者中也有明显的高表达情况(VIM,P<0.001;SIP1,P=0.0021),而CDH1和OCLN在药物治疗后的肾癌患者中则同样表现为低表达(CDH1,P<0.0002;OCLN,P<0.0001)(图2)。
这一结果说明,EMT过程不仅对肾癌的发生发展有着重要的影响,而且其在药物治疗后肾癌患者中也表现出同样差异表达情况,暗示其在肾癌的耐药性发展过程中也发挥着同样重要的作用。
2.4 EMT相关指标在肾癌患者中表达的相关性分析为了进一步探究,EMT的相关基因的差异表达与肾癌耐药发展的相关性,我们在耐药性肾癌患者样本中进行了EMT的相关基因的表达的相关性分析。
结果表明,VIM和SIP1在肾癌患者中的表达情况呈正相关(P<0.0001,γ=0.573);而其与OCLN的相关性分析显示呈负相关(P=0.0017,γ=-0.3316)(图3)。