功能基因组学研究概述
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功能基因组学研究概述
2.牛基因组学
研究进展
2.1牛基因组遗传图谱
遗传图谱(Genetic map)又称遗传连锁图谱 (Genetich linkage map)，是指通过遗传重组所得到的基因
在具体染色体上的线性排列图。通过计算连锁的遗传标记 之间的重组频率，一般用厘摩(cM)确定标记基因或者位点 间的相对距离，即每次减数分裂的重组频率来表示。
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
基因的功能主要包括:生物化学功能，细胞学功 能及发育的功能。目前， 基因功能的研究方法 主要包括: 新基因的生物信息学分析 体内表达规律分析（转录和翻译水平）、 功能获得（基因转染和转基因）研究、 功能失活（基因沉默和基因敲除）研究、 基因编码产物相互作用蛋白的研究（免疫共沉淀 和酵母双杂交） 基因多样性研究（SNPs分析）等。
2.2牛基因组物理图谱
物理图谱是在DNA分子水平上描述染色体中标记位点 间顺序和物理距离的图谱。常用的物理图谱构建方法有三 种，分别基于辐射杂交、限制性酶切指纹图谱和大量的 BAC的末段测序。
功能基因组学研究概述
2.牛基因组学 研究进展
2.3 牛基因组转录图谱 转录图谱(Transcript map)是用基因表达的各种
体上并作图。
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
3.1新基因的生物信息学分析（基因结构及编码产物功能预测) 3.1.2新基因的结构区域预测:
①对编码区进行统计特性分析 ②启动子分析 启动子是基因表达所必需的重要序列信号 ,
识别出启动子对认识基因组功能、基因表达调控机制以及人 类疾病与启动子多态性或突变有很大的帮助。 ③内含子 /外显子剪接位点(GT/AG规则) ④翻译起始位点（“Kozak规则 ”） ⑤翻译终止信号
2.牛基因组学 研究进展
1.最新的牛遗传连锁图谱由4585个标记组成，平均图距精 确到1.2cM，是研究牛数量性状位点、定位并克隆生产性 状相关基因，进行分子辅助育种的蓝图。
2.基于限制性酶切指纹图与末端测序技术对294651个BAC 克隆分析拼接成的物理图谱，覆盖约15.8倍的基因组，为 牛全基因组测序和组装提供了框架。
或全长 cDNA, 称为 Contig; ④ Contig输入 nr数据库通过BLAST查新选留新颖 Contig; ⑤再通过 GenBank完整 EST数据库比对确定最终 cDNA Contig; ⑥分析开放阅读码框 (ORF)、Kozak规则、加尾信号、多聚腺苷酸 (PolyA) 等; ⑦获得新基因全序列 [包括内含子 ( intron)和外显子 (exon) 序列 ], 定位于染色
（功能）基因组学研究概述 Summary on （Functional ）Genomics
报告人: 2008年5月
功能基因组学研究概述
目录
基因组学相关概念 牛基因组学研究进展 功能基因组学研究的内容及方法 本人在牛基因组研究方面做的一点工作
功能基因组学研究概述
1.基因组学相关概念
功能基因组学研究概述
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
3.1新基因的生物信息学分析（基因结构及编码产物功能预测) 3.1.1新基因的电子克隆:
利用表达序列标签 (EST) 数据库发现新基因也被称为基因的电子克隆。 ①从数据库或 PubMed寻找感兴趣的 cDNA或氨基酸序列; ②相同 Unigene或cluster的 EST片段归类在一起 , 并初步拼接和校对; ③基于 GenBank完整 EST数据库的 EST拼接、校对并尽可能延长获得的大片段
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
3.1新基因的生物信息学分析（基因结构及编码产物
功能预测)
3.1.3新基因的功能预测:序列同源比较:主要方法有同源检索
(NCBI数据库的 Blastn)和多序列对齐 (multiple sequence alignment,MSA)
3.1.4蛋白质结构与功能预测：从氨基酸组成辨识蛋白质、蛋
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
RNA产物做路标，将各器官中表达的mRNA转化 成cDNA，利用其3’或5’非翻译区构建短的，具有 代表性的cDNA片段，也即表达序列标签 (Expressed sequence－Tag， EST)。 2.4牛基因组DNA的全序列测定
2.5基因功能的鉴定研究
功能基因组学研究概述
功能基因组学研究概述wk.baidu.com
白质物理性质预测(如等电点、分子量、酶切特性、疏水性 等)。蛋白质结构预测（蛋白质二、三级结构及特殊结构预 测）、蛋白质功能的预测（通过相似序列的数据库比对确定 功能、确定序列特性、通过序列模体数据库等的比对确定功 能）
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
3.融合了全基因组鸟枪法和逐步克隆法绘制的牛基因组草 图，包含了个可用测序读长，覆盖约7.0倍基因组，拼接 成2.87Gb的基因组序列。
功能基因组学研究概述
2.牛基因组学
研究进展
截止到 2006年 6月 15日为止，GenBank 中牛的mRNA、EST等序列数目达到 914 944条，这些序列拼接得到 37 225 个 clusters，是转录水平获得序列最多的家 养动物。目前已经建成了牛的各类组织器 官的特异性 cDNA 文库有100个。这些文 库的建立为研究特定组织细胞的基因表达 情况奠定了基础。
1.基因组学相关概念
功能基因组学研究概述
1.基因组学相关概念
功能基因组学研究概述
2.牛基因组学 研究进展
牛基因组计划始于2003年12月，内容包括绘制遗 传图谱、物理图谱，获得全面的转录图谱，并对基 因进行识别，鉴定其功能。
牛的基因组据估计由大约30亿个碱基对组成，与 人和其他哺乳动物基因组规模相当。绘制牛的基因 组图谱，不仅在改进乳品和肉制品质量等领域有潜 在用途，也有助于加深对人类基因组的理解。
2.牛基因组学
研究进展
2.1牛基因组遗传图谱
遗传图谱(Genetic map)又称遗传连锁图谱 (Genetich linkage map)，是指通过遗传重组所得到的基因
在具体染色体上的线性排列图。通过计算连锁的遗传标记 之间的重组频率，一般用厘摩(cM)确定标记基因或者位点 间的相对距离，即每次减数分裂的重组频率来表示。
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
基因的功能主要包括:生物化学功能，细胞学功 能及发育的功能。目前， 基因功能的研究方法 主要包括: 新基因的生物信息学分析 体内表达规律分析（转录和翻译水平）、 功能获得（基因转染和转基因）研究、 功能失活（基因沉默和基因敲除）研究、 基因编码产物相互作用蛋白的研究（免疫共沉淀 和酵母双杂交） 基因多样性研究（SNPs分析）等。
2.2牛基因组物理图谱
物理图谱是在DNA分子水平上描述染色体中标记位点 间顺序和物理距离的图谱。常用的物理图谱构建方法有三 种，分别基于辐射杂交、限制性酶切指纹图谱和大量的 BAC的末段测序。
功能基因组学研究概述
2.牛基因组学 研究进展
2.3 牛基因组转录图谱 转录图谱(Transcript map)是用基因表达的各种
体上并作图。
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
3.1新基因的生物信息学分析（基因结构及编码产物功能预测) 3.1.2新基因的结构区域预测:
①对编码区进行统计特性分析 ②启动子分析 启动子是基因表达所必需的重要序列信号 ,
识别出启动子对认识基因组功能、基因表达调控机制以及人 类疾病与启动子多态性或突变有很大的帮助。 ③内含子 /外显子剪接位点(GT/AG规则) ④翻译起始位点（“Kozak规则 ”） ⑤翻译终止信号
2.牛基因组学 研究进展
1.最新的牛遗传连锁图谱由4585个标记组成，平均图距精 确到1.2cM，是研究牛数量性状位点、定位并克隆生产性 状相关基因，进行分子辅助育种的蓝图。
2.基于限制性酶切指纹图与末端测序技术对294651个BAC 克隆分析拼接成的物理图谱，覆盖约15.8倍的基因组，为 牛全基因组测序和组装提供了框架。
或全长 cDNA, 称为 Contig; ④ Contig输入 nr数据库通过BLAST查新选留新颖 Contig; ⑤再通过 GenBank完整 EST数据库比对确定最终 cDNA Contig; ⑥分析开放阅读码框 (ORF)、Kozak规则、加尾信号、多聚腺苷酸 (PolyA) 等; ⑦获得新基因全序列 [包括内含子 ( intron)和外显子 (exon) 序列 ], 定位于染色
（功能）基因组学研究概述 Summary on （Functional ）Genomics
报告人: 2008年5月
功能基因组学研究概述
目录
基因组学相关概念 牛基因组学研究进展 功能基因组学研究的内容及方法 本人在牛基因组研究方面做的一点工作
功能基因组学研究概述
1.基因组学相关概念
功能基因组学研究概述
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
3.1新基因的生物信息学分析（基因结构及编码产物功能预测) 3.1.1新基因的电子克隆:
利用表达序列标签 (EST) 数据库发现新基因也被称为基因的电子克隆。 ①从数据库或 PubMed寻找感兴趣的 cDNA或氨基酸序列; ②相同 Unigene或cluster的 EST片段归类在一起 , 并初步拼接和校对; ③基于 GenBank完整 EST数据库的 EST拼接、校对并尽可能延长获得的大片段
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
3.1新基因的生物信息学分析（基因结构及编码产物
功能预测)
3.1.3新基因的功能预测:序列同源比较:主要方法有同源检索
(NCBI数据库的 Blastn)和多序列对齐 (multiple sequence alignment,MSA)
3.1.4蛋白质结构与功能预测：从氨基酸组成辨识蛋白质、蛋
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
RNA产物做路标，将各器官中表达的mRNA转化 成cDNA，利用其3’或5’非翻译区构建短的，具有 代表性的cDNA片段，也即表达序列标签 (Expressed sequence－Tag， EST)。 2.4牛基因组DNA的全序列测定
2.5基因功能的鉴定研究
功能基因组学研究概述
功能基因组学研究概述wk.baidu.com
白质物理性质预测(如等电点、分子量、酶切特性、疏水性 等)。蛋白质结构预测（蛋白质二、三级结构及特殊结构预 测）、蛋白质功能的预测（通过相似序列的数据库比对确定 功能、确定序列特性、通过序列模体数据库等的比对确定功 能）
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
功能基因组学研究概述
3. 功能基因组学研究的内容及策略
3.融合了全基因组鸟枪法和逐步克隆法绘制的牛基因组草 图，包含了个可用测序读长，覆盖约7.0倍基因组，拼接 成2.87Gb的基因组序列。
功能基因组学研究概述
2.牛基因组学
研究进展
截止到 2006年 6月 15日为止，GenBank 中牛的mRNA、EST等序列数目达到 914 944条，这些序列拼接得到 37 225 个 clusters，是转录水平获得序列最多的家 养动物。目前已经建成了牛的各类组织器 官的特异性 cDNA 文库有100个。这些文 库的建立为研究特定组织细胞的基因表达 情况奠定了基础。
1.基因组学相关概念
功能基因组学研究概述
1.基因组学相关概念
功能基因组学研究概述
2.牛基因组学 研究进展
牛基因组计划始于2003年12月，内容包括绘制遗 传图谱、物理图谱，获得全面的转录图谱，并对基 因进行识别，鉴定其功能。
牛的基因组据估计由大约30亿个碱基对组成，与 人和其他哺乳动物基因组规模相当。绘制牛的基因 组图谱，不仅在改进乳品和肉制品质量等领域有潜 在用途，也有助于加深对人类基因组的理解。