DNAMAN_的使用方法
序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介
序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下：Sequence &Composition 显示序列和成分Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列3．DNA 序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）Target DNA （目标DNA 特性）circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。
dnaman使用方法
dnaman使用方法使用DNAMAN的方法DNAMAN是一款功能强大的生物信息学软件，广泛应用于DNA 和蛋白质序列分析、比对、编辑和可视化等领域。
本文将介绍DNAMAN的使用方法，帮助读者快速上手并熟练运用该软件。
一、安装和启动DNAMAN1. 下载软件安装包：在DNAMAN官方网站上下载适用于您的操作系统的安装包，并保存到本地。
2. 安装软件：双击安装包，按照提示完成软件的安装过程。
3. 启动软件：安装完成后，双击桌面上的DNAMAN图标，即可启动软件。
二、导入和编辑序列1. 导入序列：在DNAMAN的主界面，点击"文件"菜单，选择"导入序列"，然后选择您要导入的序列文件（支持FASTA、GenBank 等格式）。
2. 编辑序列：在序列编辑界面，您可以对序列进行添加、删除、替换等操作。
点击"编辑"菜单，选择相应的编辑功能，然后在弹出的对话框中进行操作。
三、序列比对和分析1. 序列比对：点击"工具"菜单，选择"序列比对"，然后选择比对算法和参数设置，点击"开始比对"按钮即可进行序列比对。
2. 序列分析：DNAMAN提供了丰富的序列分析工具，如ORF预测、限制酶切位点分析、引物设计等。
点击"工具"菜单，选择相应的分析工具，按照提示进行操作。
四、序列可视化和输出1. 序列可视化：DNAMAN提供了多种序列可视化方式，如线性图、环形图、比对图等。
点击"视图"菜单，选择相应的可视化方式，即可查看序列的结构和特征。
2. 输出结果：完成序列分析后，您可以将结果导出为文本文件或图像文件。
点击"文件"菜单，选择"导出结果"，然后选择输出格式和保存路径，点击"保存"按钮即可导出结果。
五、保存和管理项目1. 保存项目：在使用DNAMAN进行序列分析时，建议您保存项目以便后续操作。
序列分析软件DNAMAN的使用方法
序列分析软件DNAMAN的使用方法
2． 以不同形式显示序列
通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，
根据不同的需要，可以选择显示不同的 序列转换形式。
菜单说明如下： Position 当前位置 Add Site 添加酶切位点 Add Element 添加要素 Add Text 添加文字 Insert Fragment 插入片断 Copy Fragment 复制片断 Cut Fragment 剪切片断 Remove Fragment 清除片断 Frame Thickness序边列框分析线软粗件细DNA调MA节N的使用方法
序列分析软件DNAMAN的使用方法
Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数， 其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许
可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项，
参数说明如下： Results 分析结果显示 其中包括： Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点） Draw restriction map（显示限制性酶切图） Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）
是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点 表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
序列分析软件DNAMan
序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示第二栏为工具栏：如下所示：第三栏为浏览器栏：如下所示：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，如左所示：点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel ，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（1）通过File|Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（2）通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
序列分析软件DNAMAN的使用方法
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析 软件。由于它功能强大，使用方便，已 成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个 常用主菜单， 第二栏为工具栏： 第三栏为浏览器栏： 在浏览器栏下方的工作 区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提 供20 个Channel，点击Channel 工具条上相 应的数字，即可击活相应的Channel。 每个Channel 可以装入一个序列。将要分析 的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入 Channel 中可以节约存取序列时间，加快分 析速度。
Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数， 其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许 可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项， 是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点 表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
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选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下 列对话框： 参数说明如下： Enzyme 代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮， 出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz， 如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文 件名。 其中restrict.enz 数据文件包含180 种限制酶， dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。 选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中 列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则 对应的酶被选中，在右边空白框中列出。
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿第一部分：软件介绍1.DNAMAN是什么？-DNAMAN是一款用于DNA和蛋白质序列分析的软件。
-它提供多种功能，包括序列比对、引物设计、限制酶分析和进化树构建等。
2.DNAMAN的应用领域-DNAMAN广泛应用于生物学、生物技术和医药领域。
-它可以帮助研究人员进行序列分析、设计实验方案和解读实验结果。
第二部分：基本序列比对1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入序列-点击“导入”按钮，选择需要比对的序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将序列导入到项目中。
3.序列比对-选择需要比对的序列，点击“比对”按钮进行序列比对。
-系统会自动比对序列并生成比对结果。
4.结果解读-比对结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的比对算法和调整参数来优化比对结果。
第三部分：引物设计1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入标记序列-点击“导入”按钮，选择需要设计引物的标记序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将标记序列导入到项目中。
3.引物设计-点击“引物设计”按钮，选择设计引物的参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动生成引物设计结果。
4.结果解读-引物设计结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的参数和算法来优化引物设计结果。
第四部分：限制酶分析1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入限制酶序列-点击“导入”按钮，选择需要分析的限制酶序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将限制酶序列导入到项目中。
3.限制酶分析-点击“限制酶分析”按钮，选择分析参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动进行限制酶分析。
4.结果解读-限制酶分析结果以图形和文本形式展示。
dnaman基因序列的比对方法
dnaman基因序列的比对方法
DNAMAN是用于多序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等的高度集成化的分子生物学综合应用软件。
以下是使用DNAMAN进行基因序列比对的步骤：
1. 打开DNAMAN，点击“Sequence-Alignment-Multiple sequence alignment”，进入比对页面。
2. 点击“File”，上传序列文件（fasta格式），选择序列类型，点击“Next”。
3. 这一步和下一步默认即可。
4. 参数默认即可，点击“Finish”，即可得到比对结果。
5. 若需要导出图，点击“Output-Graphic file”，保存EMF格式图片。
随后在画图工具中另存为需要的照片格式即可。
以上步骤仅供参考，建议查阅DNAMAN软件使用说明或咨询专业人士，
获取更准确的信息。
如何使用DNAMAN软件制作序列比对图发表论文用
选择序列文件所 在位置
然后一直点击下一步
注意输入的序列是 DNA或者是蛋白质序 列,打勾相应的选项
选项不需要修 改,默
序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记
注意,由于是用了免费的版本,它 会在这里加上了一段标记,手工 去除它.
这是去除后的序 列情况
点击这个按钮, 出现下拉菜单
保持EMF格式的文件即 可,然后用图片查看器打 开可以放大缩小而不改 变像素
前面软件演 示所用的序 列比对后做 出来的图
注意:由于前面软件自 动加了约为几十个bp 长度的标记,因此在所 获得的图中,会在尾部 出现N多个点,不影响图 片的质量与美观!
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第五章DNAMAN 的使用方法DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示：第二栏为工具栏：如下所示：第三栏为浏览器栏：如下所示：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，如左所示：点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。
本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File|Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列默认装入的Channel。
（２）通过Sequence|Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
如果只想分析序列的一部分，或者给待分析的序列添加批注，点击激活该序列所在的Channel，通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination命令打开一个对话框，如下所示：对话框选项说明如下：Name 序列名称Circular DNA 环形DNAStart pos 待分析序列起点End pos 待分析序列终点根据需要，可以设定上述选项的内容，如果要分析整个序列，可以点击按钮，如果当前序列不是DNA，则可点击按钮，如果要添加或修改批注，可以使用（添加），（移除），和（清除全部）三个按钮进行操作。
如果要检查序列的正确性，可以点击按钮，则弹出如下对话框：设定阅读速度后，点击按钮，软件将按顺序语音读出序列，方便检查。
2．以不同形式显示序列通过Sequence|Display Sequence命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下：Sequence &Composition 显示序列和成分Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA序列Annotations 批注Include 显示内容中包含批注Lowercase 显示内容中包含批注（小写字母形式）Only 显示内容中仅包含批注Exclude 显示内容中不包含批注3．DNA序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction|Analysis命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary（显示概要）Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略切点多于设定的切点个数的酶）Ignore enzymes with less than（忽略切点少于设定的切点个数的酶）Target DNA （目标DNA特性）circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。
选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列酶选择对话框：参数说明如下：Enzyme代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。
其中restrict.enz 数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。
选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。
要创建酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites），然后点击按钮出现下列对话框：输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。
自制酶列表可以方便分析一段序列是否含有特定的酶切位点群。
Cutter 酶切识别序列长度End 酶切产生的末端类型其中包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合全部设定条件的酶。
最后，点击按钮执行操作。
4．DNA序列比对分析（Dot Matrix Comparision）要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision（点矩阵比较）通过Sequense|Dot matrix comparision命令打开比对界面，如下图：点击对比界面左上角的按钮，出现下列对话框：参数说明如下：Sequence type 序列类型Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在Channel 中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File选择框上点击即可。
通过Length 选择参加比对的序列片段。
Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；（此功能未见）Annotations 是否显示批注Comparision 比对参数，其中Window代表Window size（单位比对长度），Mismatch代表Mismatch size（单位比对长度中许可的错配值），如果在单位比对长度中，错配值小于Mismatch中设定的值，则划出一个点。
注意，Mismatch值必须小于Window size 值的1/2。
如果两个序列相同的区域较长，在结果中，则可显示为一条线。
要快速比对，需将Mismatch 值设为0。
Both stran代表Both strand（双链比对）选择此项，是指用Sequence 2中的序列的正链和负链分别和Sequence 1 比较。
Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
Plot box 点阵图表显示参数，可以分别对Position（坐标起点），Width（宽度值）Height（高度值）Frame size（边框线粗度值）Dot size（点粗度值）Gridline（网格线）这些参数进行设定。
设定好所有参数后，点击按钮执行操作。
结果如下：如果想对局部区域仔细观察，可以脱动鼠标左键，框住结果图中某一部分，松开鼠标即可看到局部放大的图像。
双击鼠标可恢复原来结果。
5．序列同源性分析（1）两序列同源性分析通过Sequence|Two Sequence Alignment命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Best alignment of dsDNA 当参与比对序列是DNA时，可以根据需要选中此项，则软件将用第一个序列同第二个序列的正负链分别进行比较，以得分较高的那条链作为比对的结果。
Alignment method 比对方法，有四种方法可以选择，当选择Quick比对方法时，有两个参数可以设置，K-tuple值和Gap(Gap penalty)值。
增加K-tuple值会降低比对灵敏度，但会稍微加快比对速度。
对于DNA序列，K-tuple值可选范围1—7，默认值是4；对于蛋白质序列，K-tuple值可选范围1—3，默认值为2。
当选择Smith&Waterman （Dynamic alignment）比对方法时，有两个参数Gap open(Gap open penalty缺口罚分)和Gap(gap extension penalty缺口延伸罚分)可以设定（2）多序列同源性分析通过打开Sequence|Multiple Sequence Alignment命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：File 从文件中选择参加比对的序列Folder 从文件夹中选择参加比对的序列Channel 从channel中选择参加比对的序列Dbase 从数据库中选择参加比对的序列Remove 清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列名选择）Clear 清除全部序列点击按钮，出现方法选择对话框：选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框：如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中选择Quick alignment,否则选择Dynamic alignment 即可。
其它参数不必改变，点击对话框中间的使其它参数取原始默认值。
点击按钮，出现下列对话框：点击对话框中间的，然后点击执行操作。
结果如下所示：点击左上角按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。
点击按钮下的按钮，出现下列选择项：可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如Tree|homology tree命令）。
显示蛋白质二级结构（Protein Secondary Structure命令），绘制限制性酶切图（Restriction Analysis命令）等。
同源关系图举例如下：（Tree|Homology Tree命令）6.PCR引物设计首先，将目标DNA片段装入Channel,并激活Channel。