一份分子动力学模拟资源-lammps+MS-适合初学者---
lammps msd 单位 -回复
lammps msd 单位-回复LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) 是一种优秀的分子动力学模拟软件，可用于模拟材料的不同性质和行为。
在分子动力学模拟中，一个重要的参数是Mean Squared Displacement (MSD)（均方位移），它用于描述原子或分子在一定时间范围内的位移，进而提供有关材料物理特性的重要信息。
首先，让我们了解一下MSD 的单位。
在LAMMPS 中，默认长度单位是埃（Angstrom），时间单位是飞秒（femtosecond）。
所以，MSD 的单位是埃的平方（Angstrom squared，简写为"A^2"）。
接下来，我们将逐步介绍如何使用LAMMPS 计算和分析MSD。
第一步，准备LAMMPS 输入文件：要进行MSD 计算，首先需要准备一个输入文件（例如：input.in）来描述模拟系统和模拟参数。
该文件应包括分子结构的定义、原子的势能和相互作用以及模拟的时间范围和步长。
第二步，运行LAMMPS 模拟：打开命令行界面，导航到包含输入文件和相关数据的目录，并运行LAMMPS：lmp_serial -in input.in或者如果你的计算机支持并行计算：lmp_mpi -in input.inLAMMPS 将使用输入文件中的设置和参数自动运行模拟，并计算原子的位置和速度。
第三步，分析模拟结果：完成模拟后，将生成一个或多个轨迹文件，其中包含每个原子的位置和速度信息。
在LAMMPS 中，最常见的轨迹文件格式是随时间变化的XYZ 文件。
使用一种分析工具（如Python 或Matlab）打开轨迹文件，并计算MSD。
MSD 的计算公式如下：MSD(t) = 1/N * Σ[i=1,N] (r(i,t) - r(i,0))^2其中，MSD(t) 是时间t 的MSD，N 是原子数量，r(i,t) 是原子i 在时间t 的位置，r(i,0) 是原子i 的初始位置。
lammps20版使用手册
LAMMPS 20版：分子动力学模拟的全新体验LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款开源的分子动力学模拟软件，广泛应用于材料科学、化学、生物学、地球物理学等多个领域。
随着科技的不断发展，LAMMPS也在不断更新迭代，最新版本为LAMMPS 20版。
我们将以LAMMPS 20版使用手册为中心，介绍LAMMPS 20版的新特性、应用场景以及使用技巧，带您一起探索分子动力学模拟的全新体验。
新特性：更高效、更精确LAMMPS 20版相较于旧版有了很多改进和升级。
LAMMPS 20版支持更多的硬件平台，包括GPU、MPI、OpenMP等，大大提高了计算效率。
LAMMPS 20版新增了一些功能模块，如新的分子力场、新的计算器、新的输出格式等，使得模拟更加精确、更加方便。
LAMMPS 20版还优化了一些算法和数据结构，如改进的Lennard-Jones势函数、新的动态网格算法等，使得模拟更加稳定、更加准确。
应用场景：多领域研究工具LAMMPS 20版作为一款通用的分子动力学模拟软件，被广泛应用于多个领域的研究中。
在材料科学领域，LAMMPS 20版可以用于模拟材料的物理性质，如弹性模量、热膨胀系数、热导率等。
在化学领域，LAMMPS 20版可以用于模拟化学反应的动力学过程，如溶剂化、化学反应速率等。
在生物学领域，LAMMPS 20版可以用于模拟蛋白质的结构和动力学性质，如蛋白质折叠、蛋白质-蛋白质相互作用等。
在地球物理学领域，LAMMPS 20版可以用于模拟地球内部的物理和化学过程，如岩石的形成、地震的发生等。
LAMMPS 20版是一款功能强大、通用性强的分子动力学模拟软件，适用于多个领域的研究。
使用技巧：从入门到精通LAMMPS 20版使用手册详细介绍了LAMMPS的安装、使用、参数设置等方面的内容，对于初学者来说是一个很好的入门指南。
lammps分子模拟石墨烯建长键角
LAMMPS是一款用于进行分子动力学模拟的软件，广泛应用于材料科学、化学、生物学等领域。
在模拟石墨烯的生长过程中，键角的控制是至关重要的。
在模拟中，石墨烯的生长通常是从单个碳原子开始的。
随着时间的推移，这些碳原子会通过化学键连接在一起，形成石墨烯的二维结构。
在这个过程中，控制键角是关键。
键角的大小决定了石墨烯的最终结构和性质。
使用LAMMPS进行模拟时，可以通过调整模拟参数来控制键角。
例如，可以调整碳原子之间的相互作用力，或者改变模拟的温度和压力条件。
这些参数会影响碳原子之间的相对位置，从而影响键角的大小。
通过精细调整这些参数，可以尝试生成具有特定键角大小的石墨烯结构。
这种模拟方法有助于深入了解石墨烯的生长机制，并为实验提供指导。
同时，模拟结果也可以用于预测石墨烯在不同条件下的性质和行为，为实际应用提供理论支持。
总之，使用LAMMPS进行分子模拟是一种有效的方法，可以用来研究石墨烯的生长过程中键角的控制。
通过调整模拟参数，可以深入了解石墨烯的生长机制，并为实验和应用提供有价值的指导。
全原子分子动力学模型 lammps
全原子分子动力学模型 lammps全原子分子动力学模型LAMMPS，是一款非常优秀的分子模拟软件。
它是一款免费的并依托开源社区共同开发的分子模拟软件，在学术界和工业界都具有广泛的应用。
LAMMPS包含许多强大的功能和工具，能够模拟分子、多体相互作用、材料能量和温度等方面，是材料科学、化学、生物学等领域研究的重要工具之一。
下面我们来具体了解一下如何使用LAMMPS进行分子模拟。
第一步：软件安装与配置首先，我们需要前往LAMMPS的官方网站进行下载和安装。
下载的版本可以根据自己的需要选择，一般来说最新的版本越稳定也越实用。
安装之后，我们需要配置环境变量，以便在终端或命令行中可以直接使用LAMMPS。
第二步：建立分子模型在使用LAMMPS进行分子模拟之前，我们需要首先建立分子模型。
这可以通过算法或者数据实验等方式实现。
具体来说，我们需要确定分子的数目、类型、位置等信息。
对于这些信息，可通过多种科学方法获取。
我们建立好分子模型之后，需要将其写入到LAMMPS的输入文件中。
输入文件包含了我们的模型、模拟参数、计算方式和输出等信息，是LAMMPS模拟的核心。
第三步：设置模拟参数LAMMPS除了支持模型参数输入外，还提供了一个非常强大的用户交互机制，以便更灵活地控制模型。
在这里，我们可以设置温度、压力、能量、力场、约束等不同的模拟参数。
不同的模型需要根据具体应用需求进行不同参数的调整，比如需要考虑不同的温度、压力等等。
第四步：运行模拟当我们设置好了LAMMPS的输入文件和模拟参数之后，就可以开始利用LAMMPS进行模拟了。
一般来说，我们可以采用命令行操作，以便更精确地控制模拟进程。
模拟完成之后，我们可以根据之前设置的输出选项进行相应的结果分析。
LAMMPS支持多种输出格式，方便进行分析和后续处理。
总结：通过以上步骤，我们可以看到使用LAMMPS进行分子模拟的过程非常清晰和简单。
LAMMPS强大的功能和灵活性，可以帮助我们快速、准确地获取分子的性质和行为，是当今分子模拟研究领域的重要工具之一。
份分子动力学模拟资源lammps+MS适合初学者
完成安装
配置环境变量
下载LAMMPS和MS安装包 运行安装程序
选择安装选项
测试安装是否成功 验证安装是否成功
LAMMPS和MS配置参数
• LAMMPS配置参数： - 内存需求：根据模拟系统大小和精度要求进行配置 - 输入文件：包含系统参数、初始 构型等信息的文件 - 输出文件：模拟过程中的轨迹、能量等信息的输出文件 - 命令行参数：用于控制模拟过 程的各种参数
MS：Materials Studio，一款材料科学模拟软件，用于模拟材料的物理和化学性质
LAMMPS和MS的共同点：都可以进行分子动力学模拟，但LAMMPS更侧重于模拟分子和 原子的运动，而MS更侧重于模拟材料的物理和化学性质
LAMMPS和MS的区别：LAMMPS更适用于初学者，因为它的界面更简洁，操作更简 单，而MS则更适合有一定基础的用户，因为它的功能更丰富，可以模拟更复杂的材料 性质。
LAMMPS和MS应用领域
材料科学：模拟材 料微观结构，研究 材料性能
生物物理：模拟生 物大分子，研究蛋 白质折叠、DNA 复制等
化学物理：模拟化 学反应，研究化学 反应机理
纳米科学：模拟纳 米材料，研究纳米 材料的性质和应用
LAMMPS和MS安装与配置
LAMMPS和MS安装步骤ຫໍສະໝຸດ 解压安装包输入安装路径
• MS常用命令： - create：创建分子 - add：添加分子 - delete：删除分子 - move：移动分子
• - create：创建分子 • - add：添加分子 • - delete：删除分子 • - move：移动分子
• MS常用参数： - atom_style：原子类型 - bond_style：键类型 - angle_style：角类型 - dihedral_style：二面角类型 - improper_style：非平面角类型
vasp与lammps学习资料2020年
LAMMPS分子动力学模拟技术与应用课程内容一、LAMMPS基础1分子动力学模拟入门理论——掌握lammps的in文件中各命令的意义1.1系综理论1.2主要算法介绍1.3积分步长的选取1.4温度和压力控制1.5周期性边界条件1.6分子动力学模拟流程二、LAMMPS入门学习2LAMMPS入门操作基础2.1Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令2.2LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装2.3LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——掌握LAMMPS的编译方法，针对自己体系编译可执行文件。
2.4LAMMPS的in文件结构格式、基本语法及常用命令讲解、data文件格式。
2.5LAMMPS实例讲解。
实例操作：在linux系统编译安装自己的LAMMPS可执行程序。
三、LAMMPS进阶学习MMPS各种参数计算3.1颗粒模拟3.2可视化快照3.3弹性常数模拟3.4计算热导率3.5计算粘度3.6计算均方位移3.7计算径向分布函数3.8计算扩散系数3.9计算能量数据3.10Lammps常见错误及解决途径实例操作：学员结合自己的科研方向，选择运行契合自己研究方向的例子四、Lammps的建模4LAMMPS建模——掌握基本操作流程4.1掌握lattice命令建立晶体模型4.2Packmol建模语法学习及实操4.3Material Studio建模学习及实操4.4VMD建模学习及实操实例操作：把上述实操模型转换成lammps的data文件五、从examples的简单例子，到完成自己的科研课题5通过examples中的例子，理解要模拟对象的物理意义5.1运行examples\flow到建立水分子在石墨烯片层(碳纳米管)内的流动模拟5.2运行examples\shear到石墨烯力学性质模拟5.3运行examples\friction到金属/合金的摩擦模拟5.4特殊结构的模拟建模（C60系列模型）实例操作：学员探索由简单例子到自己科研课题的模拟过程六、环氧树脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力场)6环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响模拟过程6.1创建构型文件6.2建立输入脚本6.3运行能量最小化及体系的预松弛6.4压缩盒子达到指定的密度（针对不同研究体系掌握压缩方法的不同，并掌握判断方法和依据）6.5模拟步骤：包括能量最小化-NVT 平衡-NPT 平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。
lammps分子动力学 能量 平衡
lammps分子动力学能量平衡
摘要：
MMPS 分子动力学简介
MMPS 的应用范围
MMPS 能能量平衡计算
MMPS 与其他软件的结合使用
MMPS 的培训与学习资源
正文：
LAMMPS 分子动力学是一种经典的分子动力学软件，免费开源，广泛应用于模拟液态、固态或气态的粒子的系综。
它采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，固态（金属、陶瓷，氧化物），粒状和粗料化体系。
LAMMPS 可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿。
LAMMPS 的应用范围非常广泛，它可以用于研究材料的力学性能、热力学性质、分子动力学过程等。
此外，LAMMPS 还可以进行能量平衡计算，为研究体系的稳定性和反应途径提供重要依据。
在实际应用中，LAMMPS 可以与其他软件（如Gaussian 量子化学软件）结合使用，以提高计算的准确性和可靠性。
通过与这些软件的结合，LAMMPS 能够更好地模拟化学反应过程，并预测材料的性质。
对于有兴趣学习和使用LAMMPS 的用户，可以通过参加培训课程或查阅相关学习资源来提高自己的技能。
一些专业的培训机构会定期举办LAMMPS 分子动力学计算、Gaussian 量子化学计算、REAXFF 反应力场开发等系列专
题培训，为广大用户提供学习机会。
总之，LAMMPS 分子动力学软件在材料科学、化学反应等领域具有广泛的应用前景。
一份分子动力学模拟资源-lammps-MS-适合初学者---..
region 2 block 29 INF INF INF INF INF 定义了一个叫2的区域
group right region 2 义此区域里的原子叫right
group boundary union left right 义left+ right = boundary
#定义变量
pressz=c_p[3],c_p[3]的意思是p里第三个值
thermo_style custom step temp etotal press v_pressx v_pressy v_pressz vol
1，直接把msi2lmp.exe拷贝到指定文件夹下（最好单独 一个）；
2，在ms中建立好结构模型后，在ds模块或者forcite模块 中指定力场类型，如对xxx结构指定为cvff力场（这一块 看你需要，人工或自动指定），并根据你的需要删除或者
energy is $E" fix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系综，原子数、 体积和温度保持不变;T=100K timestep 0.005 # 步长 0.005fs run 1000 # 运行 1000 步
print "nvt performed, temperature up: $N atoms, total
#dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 将信息写入dump.atom
dump 1 all custom 1 mmpstrj id xs ys zs c_3
c_4 c_5
min_style sd minimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 # 再次能量最小 化
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region 2 block 29 INF INF INF INF INF 定义了一个叫2的区域
group right region 2 义此区域里的原子叫right
group boundary union left right 义left+ right = boundary
energy is $E" fix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系综，温度由 100K 到0.0001K run 1000 # 运行 1000 步
print "nvt performed, temperature down: $N atoms,
total energy is $E" compute 3 all pe/atom # 计算每个原子的势能 compute 4 all ke/atom # 计算每个原子的动能 compute 5 all coord/atom 3.0 # 计算每个原子的近邻原 子数
1、建模练习
软件materials stuidio 5.5 Fe晶体练习
H2O练习
Fe-H2O-Fe 练习
1、建模练习
软件lammps编程
units metal # 单位为lammps 中的metel 类型 boundary p p p # 周期性边界条件 atom_style atomic # 原子模式 lattice fcc 3.61 # Cu 的晶格常数3.61 region box block 0 4 0 4 0 4 # x,y,z 各方向上 的晶胞重复单元数，也即区域大小 create_box 1 box # 将上述区域指定为模拟的 盒子 create_atoms 1 box # 将原子按晶格填满盒子 pair_style eam # 选取 Cu 的EAM 势作为模型 pair_coeff * * Cu_u3.eam # EAM 势文件名称 run 0 # 运行0 步，仅为启动lammps 的热力学 数据计算 variable E equal pe # 定义变量 E 为系统总势 能 variable N equal atoms # 定义变量 N 为系统 总原子数
group mobile subtract all left 义mobile= all - left
#定 #定
# #定 #定 #定
# initialvelocities
velocity left set 0.0 0.0 0.0
#设
置原子初速度为0
compute p all pressure thermo_temp # 计算应力，
create_atoms 1 single 2.45 2.05 2.05 # 在该位置插入一 个原子 min_style sd # 能量最小化模式，sd minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 # 能量最小化参数， 指数越大最小化程度越深
print "interstitial introduced, minimized: $N atoms,
计算结果记为p
variable pressx equal c_p[1]
#定义变量
pressx=c_p[1],c_p[1]的意思是p里第一个值
variable pressy equal c_p[2]
#定义变量
pressy=c_p[2],c_p[2]的意思是p里第二个值
variable pressz equal c_p[3]
#dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 将信息写入dump.atom
dump 1 all custom 1 mmpstrj id xs ys zs c_3
c_4 c_5
min_style sd minimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 # 再次能量最小 化
Thank you for your attention！
# 邻近原子
#create geometry
lattice fcc 3.61 fcc，晶格常数3.61A
region box block 0 30 0 3 0 3 方体区域叫box，长30，宽和高是3
create_box 1 box 一个box
create_atoms 1 box 建了一种原子
# 定义晶胞为 #定义一个长 #创建了这样 #在box里创
分子动力学模拟：金属晶体建模与计算 模拟
作者：ECJTU MingMu
0、分子动力学介绍 1、建模练习 2、编程练习 3、结果分析
0、分子动力学介绍
分子动力学的原理&步骤
原理：多体问题的严格求解，需要建立并求解体系
的薛定谔方程，根据波恩-奥本海默近似，原子核 的运动可以用经典动力学方法处理
薛定谔方程ຫໍສະໝຸດ #定义变量pressz=c_p[3],c_p[3]的意思是p里第三个值
thermo_style custom step temp etotal press v_pressx v_pressy v_pressz vol
1，直接把msi2lmp.exe拷贝到指定文件夹下（最好单独 一个）；
2，在ms中建立好结构模型后，在ds模块或者forcite模块 中指定力场类型，如对xxx结构指定为cvff力场（这一块 看你需要，人工或自动指定），并根据你的需要删除或者
牛顿运动方程（简化计算）
步骤
建立一个由N 个粒子（分子）组成的模型体系
解N 个粒子（分子）组成的模型体系的牛顿运动方程直至平 衡
平衡后，进行材料性能的计算，对模拟结果进行分析
分子动力学方法工作框图
分子动力学运行流程图
进行分子动力学运算的几 个必备步骤：
✓首先建立计算模型 ✓设定计算模型的初始坐标和 初始速度 ✓选定合适的时间步长 ✓选取合适的原子间相互作用 势函数，便于进行力的计算 ✓选择合适的算法、边界条件 和外界条件 ✓计算 ✓对计算数据进行统计处理
mass 1 63.546
#定义这种原
子的质量是63.546
# potentials
pair_style eam 数是EAM
pair_coeff * * Cu_u3.eam 的参数在此文件里
# 定义势函 #势所需要
#define groups
region 1 block INF 1 INF INF INF INF 义了一个叫1的区域
boundary p s s
# 边界条件，
拉伸方向是周期性，其余是自由边界；如果是薄膜
拉伸则是两个周期性，块体则是三个周期性
units metal
#单位制定义
为metal
atom_style atomic 动
#原子类型自
neighbor 2.0 bin 关的东西
#截断半径相
neigh_modify delay 1 check yes 列表更新速度
改变一些结构信息（如删除键长，改变某些原子的力场类 型，在ms中比较容易实现）（这样做的目的是为了少在 lammps的data文件中做修改），export结构保存为.car 格式，同时自动有.mdf格式的文件生成（mdf文件中保存 有对应的力场参数信息，如上面的cvff力场）； 3，将xxx.car和xxx.mdf文件拷贝到msi2lmp.exe所在的 文件夹，并将tools/msi2lmp/biosym_frc_files文件中对 应的力场文件拷贝到这个文件夹中（如上面的cvff.frc） （很多朋友在转化过程中报错找不到力场信息就是这个原 因，没有力场文件来解释.mdf文件，lmp自带的力场文件 和ms中的力场文件一模一样，所以这一步很关键，一定 记住你在ms中给结构指定力场时用的那种力场，在这就 拷贝那种力场，我一般就用cvff，呵呵足够了）； 4，在这个文件目录下，通过终端命令行./msi2lmp.exe xxx -class I -frc cvff > data.xxx 运行程序，运行成功生 成data.xxx文件和mmps05文件，data.xxx是空的 可以直接删除，数据在mmps05文件中。5，在 mmps05文件中修改力场参数（把自己的数据加进 去），ok！
energy is $E" fix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系综，原子数、 体积和温度保持不变;T=100K timestep 0.005 # 步长 0.005fs run 1000 # 运行 1000 步
print "nvt performed, temperature up: $N atoms, total