分子模拟软件简介
分子模拟软件简介
3D分子图形显示工具 (RasMol and OpenRasMol)(免费)AMBER (分子力学力场模拟程序)autodock (分子对接软件)(免费)GROMACS (分子动力学软件)(免费)GULP (General Utility Lattice Program)(免费)NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web) X-PLOR (大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D结构解析)(免费)高通量筛选软件PowerMV (统计分析、分子显示、相似性搜索等)(免费)化合物活性预测程序PASS(部分免费)计算材料科学MathubC4：Cabrillo学院化学可视化项目以及相关软件(免费)Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment(三维蛋白质结构对比)(免费)Democritus (分子动力学原理演示软件)DPD应用软件cerius2(免费)EMSL Computational Results DataBase (CRDB)MARVIN'S PROGRAM (表面与界面模拟)(免费)XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)(免费)量子化学软件中文网美国斯克利普斯研究院：金属蛋白质结构和设计项目(免费) /(免费)3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术)3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D分子对接)(免费)AMSOL (半经验量子化学计算)(免费)Amsterdam Density Functional (ADF, 第一原理电子结构计算) Bilbao晶体学服务器(免费)BOSS (蒙特卡罗模拟软件)CADPAC (剑桥量子化学计算软件)(免费)Car-Parrinello分子动力学(CPMD, ab-initio分子动力学计算软件)(免费)CHARMM (大分子分子力学模拟计算软件)(部分免费)Chem2Pac package (A computational Chemistry Integrator)(免费) ChemTK Lite (QSAR软件)(免费)Chemweb计算化学在线工具：GAMESS(免费)Clebsch-O-Matic (在线计算器)(免费)Collaborative Computational Projects (协同计算计划) COLUMBUS (量化从头计算分子电子结构程序集)(免费) CrystalMaker Software (晶体结构可视化软件)DL_POLY (分子动力学模拟软件)(免费)DockVision (分子对接程序)(部分免费)DPMTA (分子动力学并行模拟软件)(免费)Dr. Pablo Wessig 研究小组开发的计算化学软件(免费)eHiTS: Electronic High Throughput ScreeningEMSL Gaussian Basis Set Order Form(免费)GAMESS-UK (分子电子结构计算软件)GAMESS: The General Atomic and Molecular Electronic Structure System(免费)Genebrowser (生物技术、基因治疗资源导航)Glide (分子对接程序)GROMOS (通用分子动力学软件包)(部分免费)HyperChem (分子模拟)Interprobe Chemical Services (分子模型化软件)Jmol (分子可视化软件)(免费)List of Computationally Sick Species (ab initio计算出现问题的物质、方法)MacroModel (分子力学计算程序)MARDIGRAS和CORMA (弛豫矩阵分析)(免费)MCPRO (用于蛋白质和核酸的蒙特卡罗模拟软件)MDRANGE (分子动力学计算ion ranges)(免费)MDynaMix (分子动力学计算软件)(免费)MidasPlus (分子建模软件, 美国加利福尼亚大学旧金山分校计算机图形实验室开发)MOE(分子模拟应用环境、方法开发平台)MOLMOL (生物大分子3D结构分析和显示、NMR结构解析)(免费) MolPOV 2.0.8 (一个将PDB文件转为POV-Ray文件的软件)(免费) MOLPRO 量子化学软件包 (用量化从头方法计算分子电子结构)(免费) Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序)NAMD (并行分子动力学计算软件)(免费)Norgwyn Montgomery (化学软件公司)NWChem (计算化学软件包)OpenEye (快速计算分子的静电性质、形状)ORAC (用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序, 意大利佛罗伦萨大学)(免费)ORTEP-III (美国橡树岭国家实验室晶体结构可视化--热椭圆体绘图程序)(免费)OSIRIS Property Explorer (LogP, 溶解度、成药可能性预测)(免费) PAPA (计算粒状物料的三维并行分子动力学计算程序)(免费) PETRA (反应性参数预测，包括生成焓、键离解能等)(部分免费) PharmTree (3D药效团生成和化合物分类)Pipeline Pilot (药物发现集成平台)PMDS (并行分子动力学模板库)(免费)PreADMET (ADMET预测)Protein Domain Motion Analysis Software: DynDom （蛋白质分析软件）(免费)ProtoMol (分子动力学并行计算软件)(免费)PSI3量子化学软件包(量化从头计算)(免费)Q-Chem (量子化学计算软件包)SGI应用于化学、生物信息学的软件、硬件产品SIGMA (分子动力学相关软件)SimBioSys (药物设计软件SPROUT)SMILECAS 数据库 (描述分子结构、子结构和复合结构的线性编码系统)SURFNET (量子化学计算程序)(免费)Sweet (依据标准命名方法和分子顺序建立糖类三维模型)Swiss PDB Viewer (PDB蛋白质结构可视化软件)SYBYL/Base(分子模拟和药物发现平台)TINKER (分子设计软件)(免费)UCSF Chimera (可扩展的, 交互式分子图形程序)(免费)VAMP/VASP (采用从头计算量子力学的分子力学)(免费)VHMPT (螺旋膜蛋白拓扑结构显示与编辑程序)(免费)Virtual Molecular Dynamics Laboratory (分子动力学软件)(免费) voidoo(空腔探测软件)(免费)WAM: Web Antibody Modeling (抗体模型构建)(部分免费) WebMO (基于3W界面的计算化学软件包)(免费)并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD(免费)大分子对接程序Hex(免费)大规模原子(分子)并行模拟器 LAMMPS(免费)单晶和粉末衍射合作计算项目开发的免费软件(CCP14)(免费)蛋白质分子动力学模拟软件：CONCOORD(免费)蛋白质模拟资源导航，美国橡树岭国家实验室ORNL分子的物理化学性质在线计算 (用在基于结构的药物设计, 可计算logP, PSA,等)(免费)化合物3D结构VRML文件的自动生成(免费)化学中的常用计算机软件与资源(免费)化学资源工具箱(免费)计算机模拟的分子运动图像集(DSMM)(免费)可下载的教学软件(伦敦大学玛丽女王学院化学系提供)(免费)量子化学网美国华盛顿州立大学化学系：无机化学教学资源美国加州大学圣地亚哥分校所开发的化学软件 (化学反应计算、分子建模和可视化)美国康奈尔大学理论中心计算生物服务单元提供的免费软件 (计算生物与化学方面)(免费)美国马里兰大学：生物技术研究所Gilson研究小组美国能源部Ames实验室：经典分子动力学软件AL_CMD(免费)免费远程计算：贵州大学GHPCC量子化学从头计算系统(免费)模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序EGO(免费)牛津大学：抗癌药物分布式计算项目 Screensaver Lifesaver欧洲科学基金资助项目：分子模拟所面临的挑战 (Simu: Challenges in Molecular Simulations)生物大分子结构分析和确认系列软件(美国加州大学圣地亚哥分校大分子结构计算研究中心开发)(免费)牙买加西印度大学Mona分校化学系所开发的免费软件(免费)应用于双原子分子的数值Hartree-Fock程序(免费)原子轨道3维模拟演示。
分子模拟方法及模拟软件MaterialsStudio在高分子材料中的应用
分子模拟方法及模拟软件MaterialsStudio在高分子材料中的应用高分子材料是当今工业界和科学界中的一种重要材料，广泛应用于各个领域。
为了进一步了解高分子材料的性质和行为，探究人员接受了许多不同的方法进行探究。
其中，分子模拟方法是一种有效的工具，可用于猜测高分子材料的结构、动力学和性质。
二、分子模拟方法1. 分子动力学模拟分子动力学模拟是分子模拟方法中最常用的方法之一。
它通过模拟分子系统中原子之间的互相作用，通过求解牛顿方程来探究粒子在给定势场中的运动行为。
这种方法可以模拟高分子材料的力学性质、热力学性质和动态行为。
2. 蒙特卡洛模拟蒙特卡洛模拟是一种基于概率统计方法的模拟方法。
它通过随机生成分子的构象，计算系统的能量，然后依据一定的概率准则来决定是否接受这个构象。
通过大量的随机试验，蒙特卡洛模拟可以得到高分子材料的平衡态性质和相变行为。
三、MaterialsStudio软件介绍MaterialsStudio是由Accelrys公司（此刻是Biovia公司的一部分）开发的一款功能强大的分子模拟软件。
它提供了许多用于高分子材料模拟的工具和模块，包括分子动力学模拟、蒙特卡洛模拟、量子力学计算等。
通过MaterialsStudio软件，探究人员可以模拟高分子材料的结构、性质和行为。
四、MaterialsStudio在高分子材料中的应用1. 高分子材料的结构模拟MaterialsStudio软件可以进行高分子材料的结构模拟。
通过分子动力学模拟，探究人员可以了解高分子材料的构象分布、空间排布和互相作用。
通过蒙特卡洛模拟，探究人员可以得到高分子材料的稳定结构和相变行为。
这些模拟结果可以援助探究人员理解高分子材料的结构特征，指导高分子材料的设计和合成。
2. 高分子材料的热力学性质模拟MaterialsStudio软件可以进行高分子材料的热力学性质模拟。
通过分子动力学模拟，探究人员可以计算高分子材料的力学性质、热胀缩性和热导率等热力学性质。
vmd的名词解释
vmd的名词解释VMD是分子可视化软件Visual Molecular Dynamics的简称，它是一款功能强大的计算机模拟软件，主要用于研究生物分子的结构和动态行为。
本文将对VMD进行详细解释，从其功能特点、应用领域以及优点等方面展开阐述。
VMD的功能特点VMD是由美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校的理论与计算生物物理学研究所开发的一款分子可视化工具。
它的功能主要包括三个方面：分子预处理、分子建模和分子动力学模拟。
在分子预处理方面，VMD提供了多种有效的方法，如去除水分子、溶剂剥离、离子和指定原子的添加等。
这些操作可以帮助研究者准确地建立分子系统，为后续的模拟做好准备。
分子建模是使用VMD进行结构组装的过程。
VMD提供了丰富而灵活的工具，可以通过分子编辑器创建、修改和加载分子结构。
研究人员可以根据实际需要，灵活地调整原子位置、键长和角度等参数，以达到理想的分子构型。
分子动力学模拟是利用VMD对分子体系的运动进行模拟和分析的过程。
VMD 支持多种分子力场和算法，可以模拟分子的能量优化、分子动态行为、溶剂效应等。
通过可视化的结果，研究人员可以观察到分子的结构演化和相互作用，深入了解分子系统的物理化学性质。
VMD的应用领域VMD在生物、化学等学科领域中得到了广泛的应用。
首先，VMD被用于研究蛋白质的结构和功能。
通过VMD的散射模拟和能量优化等功能，研究人员可以揭示蛋白质的折叠机制、配体结合位点以及反应过程等重要信息。
此外，VMD也常用于药物设计与优化。
通过结合分子动力学模拟和虚拟筛选等技术，研究人员可以在VMD中对候选分子进行评估和优化，提高药物研发的效率和成功率。
VMD还广泛应用于纳米材料和杂化材料的研究。
通过模拟和可视化，研究人员可以观测纳米颗粒的尺寸、形状、表面性质等特征，以及杂化材料中不同组分的分布和相互作用。
这对于材料科学领域的研究和应用具有重要意义。
VMD的优点VMD作为一款成熟的分子可视化软件，具有许多优点。
分子模拟方法及模拟软件Materials
Materials是一款功能强大的分子模拟软件，广泛应用于材料科学、化学、物理和生物科学等领域。该软件以用户友好的界面和丰富的功能集于一身，为科研人员提供了进行分子模拟实验的便捷工具。Materials模拟软件基于先进的算法和理论模型，可以对各种材料的结构和性质进行精确计算，从而指导实验设计和材料优化。
二、分子模拟方法概述
分子模拟，也被称为计算模拟，是利用计算机软件模拟分子的运动和相互作用的科学方法。它是理论化学、物理学、生物学、材料科学和工程学等多个领域的交叉学科，通过数学模型和计算机程序，可以在原子和分子尺度上理解和预测材料的性质、行为和性能。分子模拟在材料科学中尤其重要，因为它可以提供实验难以获取或成本高昂的信息，如分子结构、相互作用、动力学行为等。
我们详细介绍了多种分子模拟方法，包括分子力学、量子力学、蒙特卡洛模拟和分子动力学等。这些方法各有优势，可以根据具体的研究问题选择最适合的方法。同时，我们也对模拟软件Materials进行了介绍，它提供了丰富的模拟工具和功能，使得分子模拟变得更加容易和高效。
通过分子模拟，我们可以在实验室条件无法达到的情况下，研究材料的各种性质，如热力学性质、力学性质、电子性质等。这不仅可以节省大量的实验时间和成本，还可以为我们提供丰富的数据和信息，帮助我们更好地理解材料的本质。
高精度计算：软件内置了高效的计算算法，能够处理大规模分子体系的模拟任务，并保证计算结果的准确性。
丰富的材料库：Materials内置了广泛的材料数据库，用户可以直接调用材料参数，大大简化了模拟准备过程。
强大的分析能力：软件提供了多种数据分析工具，能够直观地展示模拟结果，帮助用户深入理解材料性能。
计算资源需求高：由于Materials软件能够处理复杂的分子模拟任务，因此其对计算资源的需求也相对较高。对于个人用户或者资源有限的研究机构，可能会面临计算资源瓶颈。
(完整版)三种常用分子模拟软件介绍
三种常用分子模拟软件介绍一、NAMDNAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。
NAMD用经验力场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。
1. 软件所能模拟的体系的尺度，如微观，介观或跨尺度等微观。
是众多md 软件中并行处理最好的，可以支持几千个cpu 运算。
在单机上速度也很快。
模拟体系常为为10,000-1,000,000 个原子。
2. 软件所属的类型，如MD，DPD，DFT，MC，量化，或交叉等全原子md，有文献上也用它做过cgmd。
3. 软件能研究的相关领域，使用者的背景最好是？使用的力场有charmm,x-plor,amber 等，适合模拟蛋白质，核酸，细胞膜等体系。
也可进行团簇和CNT 系统的模拟软件原理经典，操作简单。
但需要对体系的性质足够了解。
4. 软件中主要涉及的理论方法范畴经典的md，以及用多种方法计算自由能和SMD模拟。
数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理，但知道一些最好。
5.软件主要包含的处理工具namd 是计算部分，本身不能建模和数据分析（unix 的哲学kiss）。
但vmd 同namd 系出同门，已同namd 实现无逢链接。
vmd 的tcl 脚本一定要搞懂，别的就不多介绍了。
[2]6.与此软件密切相关的软件vmd，及其他数据统计分析软件（excel，OOo-calc 等足够了）NAMD在window环境下的编译安装1.下载NAMD_2.7b2_Win322.解压到任意目录下（建议最好直接是C：或D：下）3.添加windows的环境变量：右键单击我的电脑----属性-----高级-----环境变量(在右下角)-----在系统的Path变量里添加你NAMD所在文件夹，比如我的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\Syste m32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan \Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32注意：添加的变量名称要和文件夹得名称一致（如果文件夹得名称你改为namd，那么变量名称为C：NAMD）4.namd2.7需要后面跟conf 文件才可以正确运行，并且要在conf 文件所在目录执行命令。
gromacs使用手册
gromacs使用手册【原创实用版】目录1.Gromacs 简介2.Gromacs 的功能和应用领域3.Gromacs 的使用方法和技巧4.Gromacs 的安装与配置5.Gromacs 的常见问题与解决方案6.Gromacs 的未来发展趋势正文1.Gromacs 简介Gromacs 是一个开源的生物大分子模拟软件，主要用于分子动力学模拟和静态模拟。
Gromacs 可以模拟各种生物大分子，如蛋白质、核酸和多糖等，被广泛应用于生物学、化学、材料科学等领域的研究中。
2.Gromacs 的功能和应用领域Gromacs 具有以下主要功能：(1) 分子动力学模拟：Gromacs 可以使用不同的力场和算法进行分子动力学模拟，以研究分子结构和功能的关系。
(2) 静态模拟：Gromacs 可以进行静态模拟，以研究分子的静态结构。
(3) 计算化学：Gromacs 可以进行量子化学计算和分子轨道计算。
(4) 溶剂模型：Gromacs 提供了多种溶剂模型，以模拟不同环境下分子的行为。
Gromacs 的应用领域包括：(1) 蛋白质结构和功能研究(2) 药物设计(3) 材料科学(4) 生物物理学3.Gromacs 的使用方法和技巧(1) 安装 Gromacs：Gromacs 的安装过程相对简单，只需按照官方提供的安装指南进行即可。
(2) 配置 Gromacs：Gromacs 需要配置一些环境变量和参数文件，以保证其正常运行。
(3) 使用 Gromacs：Gromacs 提供了命令行界面和图形界面两种使用方式。
(4) 技巧：在进行模拟时，需要注意选择合适的力场和算法，以及合理设置模拟参数。
4.Gromacs 的安装与配置(1) 安装 Gromacs：可以从 Gromacs 官网下载最新版本的安装包，然后按照官方提供的安装指南进行安装。
(2) 配置 Gromacs：需要配置环境变量和参数文件，以保证 Gromacs 正常运行。
Materialstudio软件介绍
Materialstudio软件介绍单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版文本样式第二级第三级第四级第五级Materials Studio分子模拟软件Version 2011Copyright ?2010, Neotrident T echnology Ltd. All rights reserved.虚拟“实验”（分子模拟技术）C R E A T V I T Y决定依据单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式虚拟设计表征材料结构，以及与结构相关的性质——解释设计材料结构，以及与结构相关的性质——预测Materials Studio是整合的计算模拟平台可兼顾科研和教学需求? 可在大规模机群上进行并行计算? 客户端-服务器计算方式– Windows Linux Windows, –最大限度的使用已有IT资源–––––––– DFT及半经验量子力学线形标度量子力学分子力学 QM/MM方法介观模拟统计方法分析仪器模拟…… ? 全面的应用领域 - 固体物理与表面化学 - 催化、分离与化学反应 - 半导体功能材料 - 金属与合金材料 - 特种陶瓷材料 - 高分子与软材料 - 纳米材料 - 材料表征与仪器分析 - 晶体与结晶 - 构效关系研究与配方设计- ……单击此处编辑母版标题样式 ? 包含多种计算方法单击此处编辑母版副标题样式Materials Studio?Menu Toolbar单击此处编辑母版标题样式 PropertyView单击此处编辑母版副标题样式Job s us statusProjectMaterials Studio?Materials VisualizerCastep ? Dmol3 ? Onetep ? Qmera ?VAMP ?Forcite plus ? Gulp ? COMPASS ?A Amorphous C ll h Cell ? Equilibria ? Sorption ?Adsorption Locator Ad ti L t ? DPD ? MesoDyn ? Mesocite ?QSAR ? Reflex plus ? Xcell ? Polymorph Predictor ? Morphology ……单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式模块介绍CASTEP 是领先的固态DFT程序使用平面波赝势 ? 由Cambridge大学Mike Payne教授发布 ? 每年发表的数百篇论文其研究领域包括：晶体材料结构优化性质究半导体陶瓷金属分子筛等晶体材料结构优化及性质研究（半导体、陶瓷、金属、分子筛等）? 表面和表面重构的性质、表面化学? 电子结构（能带、态密度、声子谱、电荷密度、差分电荷密度及轨道波函分析等）? 晶体光学性质? 点缺陷性质（如空位、间隙或取代掺杂）、扩展缺陷（晶体晶界、位错）? 磁性材料研究 ? 材料力学性质研究 ? 材料逸出功及电离能计算 ? STM图像模拟 ? 红外/拉曼光谱模拟；声子谱和声子态密度；EELS谱图； ? 反应过渡态计算 ? 动力学方法研究扩散路径单击此处编辑母版标题样式单击此处编辑母版副标题样式MS5.5 —CASTEP的新功能的新功能1. 用于提高计算效率的Express参数设置；用于提高计算效率的 p 参数设； 2. 用于修正范德瓦耳斯力的DFT+D技术； 3. LDA+U用于结构优化； 3 LDA U用于结构优化单击此处编辑母版标题样式4. Norm-conserving赝势的正式更新；5. Raman光谱分析中引入对入射光源波数的设定；单击此处编辑母版副标题样式6. EELS分析中引入spin-orbital coupling修正 6 EELS分析中引入spin orbital coupling修正；7. CPU 数目的动态调整功能。
lammps化合物建模方法
lammps化合物建模方法LAMMPS(一种大分子模拟软件)是一种基于蒙特卡罗和分子动力学的分子模拟程序。
LAMMPS是一个高度可扩展的分子动力学软件，支持多种计算方法、潜伏势和扩展输入输出等功能，可以通过简单的脚本进行灵活的自定义。
本文介绍了LAMMPS在化合物建模方面的方法。
1. 分子结构构建在使用LAMMPS模拟任何化合物之前，必须构建化合物的分子结构。
在构建化合物分子结构时，最常用的方法是使用化学软件如Gaussian、Chem3D等。
这些软件可以通过在电脑上绘制格子结构或输入化学方程式来构建分子结构。
其他方法包括：（1）在实验室中使用实验技术来确定化合物的分子结构，例如X射线衍射或核磁共振光谱。
（2）通过现有的文献或数据库获取如CCDC等获得分子结构。
2. 分子结构的力场参数设定LAMMPS使用力场参数将分子描述为一系列粒子（原子、分子等）和它们之间相互作用的简单函数形式。
在使用LAMMPS进行分子动力学模拟之前，必须先选择并设定化合物的力场参数。
常用的力场参数有Amber、OPLS-AA和GROMOS。
选择和设定适当的力场参数对于生成可靠结果是至关重要的。
3. 分子结构的几何最优化在分子动力学模拟之前，必须将分子结构进行几何最优化。
几何最优化旨在确定化合物最稳定的可行构象。
最简单的方法是使用化学软件工具如Gaussian、DFT等进行几何优化。
在LAMMPS中也可以使用CGMIN，L-BFGS和FIRE算法等进行几何最优化。
4. 分子动力学模拟的设定在模拟开始之前，必须设定一系列模拟参数，其中最重要的参数是温度、压力和模拟时间步长。
还要确定如何将能量耗散在模拟系统中。
常见的能量消耗方法是把模拟系统与恒温和恒压散热浴或NPT等相互作用。
5. 模拟后的数据处理模拟后，必须对数据进行处理，以确定模拟系统的性质，例如密度、热容等。
数据处理主要包括：（1）使用能量、负荷或其他物理量对模拟系统进行可视化，以评估模拟结果的内容和准确性。
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3D分子图形显示工具 (RasMol and OpenRasMol)(免费)
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NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web) X-PLOR (大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D结构解析)(免费)
高通量筛选软件PowerMV (统计分析、分子显示、相似性搜索
等)(免费)
化合物活性预测程序PASS(部分免费)
计算材料科学Mathub
C4：Cabrillo学院化学可视化项目以及相关软件(免费)
Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment(三维蛋白质结构对比)(免费)
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DPD应用软件cerius2(免费)
EMSL Computational Results DataBase (CRDB)
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XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)(免费)
量子化学软件中文网
美国斯克利普斯研究院：金属蛋白质结构和设计项目(免费) /(免费)
3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术)
3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D
分子对接)(免费)
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CHARMM (大分子分子力学模拟计算软件)(部分免费)
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Chemweb计算化学在线工具：GAMESS(免费)
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Collaborative Computational Projects (协同计算计划) COLUMBUS (量化从头计算分子电子结构程序集)(免费) CrystalMaker Software (晶体结构可视化软件)
DL_POLY (分子动力学模拟软件)(免费)
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DPMTA (分子动力学并行模拟软件)(免费)
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GAMESS: The General Atomic and Molecular Electronic Structure System(免费)
Genebrowser (生物技术、基因治疗资源导航)
Glide (分子对接程序)
GROMOS (通用分子动力学软件包)(部分免费)
HyperChem (分子模拟)
Interprobe Chemical Services (分子模型化软件)
Jmol (分子可视化软件)(免费)
List of Computationally Sick Species (ab initio计算出现问题的物质、方法)
MacroModel (分子力学计算程序)
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MCPRO (用于蛋白质和核酸的蒙特卡罗模拟软件)
MDRANGE (分子动力学计算ion ranges)(免费)
MDynaMix (分子动力学计算软件)(免费)
MidasPlus (分子建模软件, 美国加利福尼亚大学旧金山分校计算机图形实验室开发)
MOE(分子模拟应用环境、方法开发平台)
MOLMOL (生物大分子3D结构分析和显示、NMR结构解析)(免费) MolPOV 2.0.8 (一个将PDB文件转为POV-Ray文件的软件)(免费) MOLPRO 量子化学软件包 (用量化从头方法计算分子电子结构)(免费) Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序)
NAMD (并行分子动力学计算软件)(免费)
Norgwyn Montgomery (化学软件公司)
NWChem (计算化学软件包)
OpenEye (快速计算分子的静电性质、形状)
ORAC (用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序, 意大利佛
罗伦萨大学)(免费)
ORTEP-III (美国橡树岭国家实验室晶体结构可视化--热椭圆体绘图
程序)(免费)
OSIRIS Property Explorer (LogP, 溶解度、成药可能性预测)(免费) PAPA (计算粒状物料的三维并行分子动力学计算程序)(免费) PETRA (反应性参数预测，包括生成焓、键离解能等)(部分免费) PharmTree (3D药效团生成和化合物分类)
Pipeline Pilot (药物发现集成平台)
PMDS (并行分子动力学模板库)(免费)
PreADMET (ADMET预测)
Protein Domain Motion Analysis Software: DynDom （蛋白质分析软件）(免费)
ProtoMol (分子动力学并行计算软件)(免费)
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SimBioSys (药物设计软件SPROUT)
SMILECAS 数据库 (描述分子结构、子结构和复合结构的线性编码系统)
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UCSF Chimera (可扩展的, 交互式分子图形程序)(免费)
VAMP/VASP (采用从头计算量子力学的分子力学)(免费)
VHMPT (螺旋膜蛋白拓扑结构显示与编辑程序)(免费)
Virtual Molecular Dynamics Laboratory (分子动力学软件)(免费) voidoo(空腔探测软件)(免费)
WAM: Web Antibody Modeling (抗体模型构建)(部分免费) WebMO (基于3W界面的计算化学软件包)(免费)
并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD(免费)
大分子对接程序Hex(免费)
大规模原子(分子)并行模拟器 LAMMPS(免费)
单晶和粉末衍射合作计算项目开发的免费软件(CCP14)(免费)
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美国马里兰大学：生物技术研究所Gilson研究小组
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模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序EGO(免费)
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生物大分子结构分析和确认系列软件(美国加州大学圣地亚哥分校大分子结构计算研究中心开发)(免费)
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应用于双原子分子的数值Hartree-Fock程序(免费)
原子轨道3维模拟演示。