pbs作业管理系统
HPC作业调度系统openPBS说明
认的设置就行，这里说一下要注意的几个选项。 --enable-docs 这个选项是用来安装 PBS 的文档的，默认是 disable 的。 --enable-debug 这个选项允许 PBS 进行 debug,默认也是 disable 的。 --set-default-server=your_server_name,指定默认的 server --set-server-home=your_pbs_Home_path, 指 定 PBS_HOME 的 路 径 ， 默 认 是 在 /usr/spool/PBS
openpbs 的安装及使用
【一】 简介 PBS是Portable Batch System的简称，是一个管理任务和计算机资源的系统。它能接受由shell
脚本和控制属性组成的任务，并且保存任务直到任务被运行，运行完任务后会把结果送回提交作 业的用户。
openpbs就是开源可以免费使用的PBS。 openpbs既可以运行在单机系统上，也可以运行在机群上，适应性很强。
set queue medium max_running = 10 set queue medium resources_max.cput = 02:00:00 set queue medium resources_min.cput = 00:20:01 set queue medium resources_default.cput = 02:00:00 set queue medium enabled = True set queue medium started = True # # Create and define queue small # create queue small set queue small queue_type = Execution set queue small Priority = 100 set queue small max_running = 10 set queue small resources_max.cput = 00:20:00 set queue small resources_default.cput = 00:20:00 set queue small enabled = True set queue small started = True # # Create and define queue default # create queue default set queue default queue_type = Route set queue default max_running = 10 set queue default route_destinations = small set queue default route_destinations += medium set queue default route_destinations += long set queue default route_destinations += verylong set queue default enabled = True set queue default started = True # # Set server attributes. # set server scheduling = True set server max_user_run = 6 set server acl_host_enable = True set server acl_hosts = * set server default_queue = default set server log_events = 63 set server mail_from = adm set server query_other_jobs = True set server resources_default.cput = 01:00:00 set server resources_default.neednodes = 1 set server resources_default.nodect = 1 set server resources_default.nodes = 1
pbs作业管理系统
scheduling = True max_user_run = 20 default_queue = default query_other_jobs = True
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Scheduler调度行为配置 Scheduler调度行为配置
• Scheduler的行为由配置目录下的 sched_priv/sched_config文件进行控制 • Sort_by关键字控制调度算法可以选择的选项为
Server端设置 Server端设置
• 初始化server: (第一次运行或者重新配置) /usr/local/sbin/pbs_server –t create • Server配置目录 /var/spool/pbs/server_priv/ • 节点属性声明：/var/spool/pbs/server_priv/nodes node2 R220A np=2 node3 R220A np=2 node4 dualcore np=4 node5 dualcore np=4 node6 R4280A np=4 node7 R4280A np=4
create queue default set queue default set queue default set queue default set queue default set set set set server server server server queue_type = execution max_running = 20 enabled = True started = True
内 容
• 任务管理系统概述 • PBS作业调度系统 • 作业调度系统的使用
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PBS作业调度系统 PBS作业调度系统
pbs使用手册
pbs使用手册PBS（Portable Batch System）是一种用于管理和调度作业的软件系统，广泛应用于高性能计算和云计算环境。
以下是PBS使用手册的简要介绍：1. 作业提交：用户可以使用PBS命令行工具或脚本提交作业。
提交作业时，需要指定作业的名称、脚本文件、执行所需的资源等信息。
作业提交后，PBS会将作业放入队列中等待调度。
2. 作业调度：PBS使用作业调度器来决定作业的执行顺序。
调度器会根据作业的优先级、资源需求和可用资源的情况来选择合适的作业执行。
3. 作业执行：一旦作业被调度器选中，PBS会将作业分配到指定的计算节点上执行。
在作业执行期间，PBS会监控作业的运行状态，确保资源的正确使用和管理。
4. 作业管理：用户可以通过PBS命令行工具或Web界面查看作业的状态、资源使用情况、执行日志等信息。
用户还可以对作业进行控制，如暂停、恢复、杀死等操作。
5. 资源管理：PBS提供了一套完整的资源管理机制，包括对计算节点、存储设备和网络资源的管理。
用户可以通过PBS来申请和释放资源，以满足作业的资源需求。
6. 用户认证和权限管理：PBS支持用户认证和权限管理功能，以确保只有授权用户才能提交和管理作业。
用户需要使用有效的用户名和密码登录系统，并具有相应的权限来执行特定的操作。
7. 日志和监控：PBS提供了详细的日志记录和监控功能，以便用户了解作业的执行情况和系统的运行状态。
用户可以通过查看日志文件来获取作业的执行日志、系统事件等信息。
以上是PBS使用手册的简要介绍，具体的操作细节和配置选项可能因版本和实际应用而有所不同。
建议查阅具体版本的PBS文档或向专业人员咨询以获得更详细的信息和使用指导。
pbs原理
pbs原理
PBS原理是在计算机科学中，用于实现并发计算的一种技术，也是一个在集群环境下实现任务调度的标准。
PBS即Portable Batch System，又称为PBS Pro。
PBS Pro最初由NASA的Ames研究中心开发，目前由Oracle公司维护。
PBS系统是一个分布式、可扩展、模块化的任务调度与管理系统，提供了高效的作业提交和进程管理方式，可以控制大规模并行计算环境中的作业分配和资源分配。
PBS Pro 主要用于处理大规模计算机群，例如超级计算机。
它可以让用户和管理人员对计算机群的使用和资源进行管理。
PBS系统可以被用于处理一个以上的任务或作业，这些作业可以在集群中的任何节点上运行。
PBS系统提供了一个统一的接口来管理所有的作业，并为用户提供了对系统资源的访问控制。
此外，PBS系统还提供了可扩展性和可靠性，这使得它可以在不同的操作系统和处理器体系结构上运行，并提供全天候的操作。
在PBS系统中，任务提交可以通过一个命令行工具或脚本来完成。
这个命令指定了所需的资源（包括节点数、处理器数、内存大小和磁盘空间），以及任务的执行脚本。
PBS 系统会将任务放置在系统的计算节点上执行，并可持续跟踪和报告任务的状态。
用户可以在系统中直接提交作业，也可以使用PBS Pro的Web界面来完成这个任务。
PBS系统提供了强大的资源管理和作业调度功能。
当有新的作业到达时，PBS系统会为其分配可用的资源，并安排适当的执行顺序。
此外，系统还能够自动处理失败的任务，并重新开始运行。
LMT NEW PBS作业排队运算系统对批处理作业的调度
LMT NEW PBS作业排队运算系统对批处理作业的调度LMT NEW PBS作业排队调度程序从后备作业中选取若干个作业到内存并投入运行。
它为选中作业建立进程并分配必要的资源，这时，这些被选中的作业处于执行状态。
PBS作业调度的功能是记录系统中各作业的状况，从后备作业队列中挑选一批作业进入执行状态，以及为被选中作业分配资源建立进程和在作业执行结束后释放所占用的资源等。
其中最主要的是从后备作业队列中选取一批作业进入执行状态。
根据不同的目标，将会有不同的调度算法。
一般来说，调度目标主要是以下四点：①对作业应该是公平合理的；②应使设备有高的利用率；③每天执行尽可能多的作业；④有短的响应时间。
由于这些目标的互相冲突，任一调度算法要想同时满足上述目标是不可能的。
例如，要想执行尽可能多的作业，调度算法就应选择短作业优先，而这对那些预计执行时间长的作业又是不公平的，甚至有可能永远得不到运行；要想对所有作业公平合理，调度算法就应选择先来先服务。
如果考虑的因素过多，调度算法就会变得非常复杂，会使系统开销增加，资源利用率下降。
作业调度和进程调度的区别：一个作业从进入系统到最后完成，一般至少要经历两级调度：作业调度和进程调度。
作业调度是宏观上的高级调度，它的主要功能是根据一定的算法，从输入井中选中若干个作业，分配必要的资源，如主存、外设等，为它们建立初始状态为就绪的作业进程。
进程调度是微观上的低级调度，它的主要功能是根据一定的算法将CPU分派给就绪队列中的一个进程。
一般的操作系统都必须有进程调度。
可见在多道系统中，作业调度与进程调度是相互配合来实现多道作业的并行执行的。
两者的关系可用下图表示。
批处理作业的调度作业调度的功能作业调度程序作为一个系统进程在系统中运行，它是在系统初始化时被创建的，具有如下功能：①记录系统中各作业的情况。
为此，系统为每个作业建立一个作业控制块，在块中登记作业的有关信息。
作业控制块是作业调度程序用来实现作业调度和管理的数据结构。
PBS管理系统--torque
PBS 管理系统（一）作业提交系统Torque 个人安装总结(PBS)PBS 是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。
PBS 的目前包括openPBS，PBS Pro 和Torque 三个主要分支。
其中OpenPBS 是最早的PBS 系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro 是PBS 的商业版本，功能最为丰富。
Torque 是Clustering 公司接过了OpenPBS，并给与后续支持的一个开源版本。
下面是本人安装torque 的过程。
一、Torque 安装在master（管理结点上）1、解压安装包[root@master tmp]# tar zxvf torque-2.3.0.tar.gz2、进入到解压后的文件夹./configure --with-default-server=mastermakemake install3、（1）[*********************.0]#./torque.setup<user><user>必须是个普通用户（2）[*********************.0]#makepackages把产生的 tpackages , torque-package-clients-linux-x86-64.sh,torque-package-mom-linux-x86-64.sh 拷贝到所有节点。
（3）[root@mastertorque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install[*********************.0]#./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install（4）编辑/var/spool/torque/server_priv/nodes （需要自己建立）加入如下内容master np=4node01 np=4........node09 np=4（5）启动pbs_server,pbs_sched,pbs_mom,并把其写到/etc/rc.local 里使其能开机自启动。
PBS管理系统
PBS管理系统1、引言本文档旨在提供关于PBS（Project-Based System，项目管理系统）的详细说明和使用指南。
PBS是一款用于项目管理的系统，通过集成各种功能和工具，提供项目计划、资源分配、进度跟踪、任务分配等管理功能。
2、系统概述2.1 系统目的PBS管理系统的目的是提供一个统一的平台，以便项目经理和团队成员能够更好地协作、交流，实现项目的高效管理。
2.2 系统特性- 项目计划管理：包括项目的定义、范围、目标、阶段和任务的制定以及任务间依赖关系的建立。
- 资源管理：管理项目所需的人力、物力和资金等资源，包括资源的分配、调度和优化。
- 进度跟踪：实时监控项目的进展情况，及时发现和解决潜在问题，确保项目按时完成。
- 任务分配与协作：将项目任务分配给团队成员，并提供协作工具，方便成员之间的沟通和合作。
- 报告与分析：各类报告，帮助管理层进行决策分析和项目评估。
3、系统功能详细说明3.1 用户管理- 用户注册与登录：用户通过注册账号并登录系统，才能使用系统的功能。
- 用户权限管理：根据用户角色的不同，赋予不同的系统访问权限和操作权限。
3.2 项目管理- 项目创建：项目经理根据项目需求，创建项目并设置项目基本信息。
- 项目计划制定：制定项目计划，包括项目范围、里程碑和任务的设定。
- 项目进度跟踪：实时跟踪项目进展情况，记录实际完成情况并与计划进行比较。
- 项目风险管理：识别和管理项目的潜在风险，采取相应的措施进行风险防范和应对。
3.3 资源管理- 资源录入：录入项目所需的人员信息、设备信息、材料信息等。
- 资源分配：根据项目需求，对资源进行合理分配和调度，确保资源的最优利用。
- 资源报表：资源使用情况报表，用于资源的监控和分析。
3.4 任务管理- 任务分配：项目经理将项目任务分配给对应的团队成员，并设定任务的优先级和截止日期。
- 任务进度追踪：团队成员实时更新任务的完成情况，与项目计划进行对比。
PBS作业调度系统
#PBS -N ansys_job #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -q low INPUTFILE=test.inp OUTPUTFILE=test.log hosts=`cat $PBS_NODEFILE | uniq -c | awk '{print $2":"$1}' | tr '\n' ':' | sed 's/:$//'` cd $PBS_O_WORKDIR ansys121 -dis -machines $hosts -i $INPUTFILE -o $OUTPUTFILE
指定节点特性
# 这是一个并行作业脚本的例子 #PBS -N vasp.Hg #PBS -j oe #PBS -l nodes=2:ppn=12:amd #PBS -q low echo "This jobs is "$PBS_JOBID@$PBS_QUEUE NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFIL
qsub提交的作业的绝对路径 作业被PBS系统指定的作业号 用户指定的作业名，可以在作业提交的时候用qsub –N <作业名> 指定，或者在PBS脚本中加入#PBS –N <作业名>。 PBS系统指定的作业运行的节点名。该变量在并行机和机群中使 用。当在PBS脚本中用#PBS –l nodes=2:ppn=2指定程序运行的 节点数时，可以使用$PBS_NODEFILE在脚本中引用PBS系统 指定的作业运行的节点名。比如： #PBS –l nodes=2:ppn=2 mpirun –np 4 –machinefile $PBS_NODEFILE <程序名> PBS脚本在执行时的队列名
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当为1是表示守护进程启动，0为守护进程不启动
start_mom=1
• 系统启动脚本 /etc/init.d/openpbs
• Server的系统启动脚本 /etc/init.d/pbs_server
• Scheduler系统启动脚本 /etc/init.d/pbs_sched
• Mom系统启动脚本 /etc/init.d/pbs_mom
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PBS 作业脚本举例
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详细示例
编辑PBS脚本内容如下：（注意，#PBS行不是注释，所有说明行均 以###开始，即红色字体部分）
###声明作业名为mpi
#PBS -N mpi ###申请资源数为10个节点，每个节点16个cpu
#PBS -l nodes=10:ppn=16 ###将标准输出信息与标准错误信息合并输出到文件中
• 编译安装
[root@node1 /public/OpenPBS_2.3.16]# make [root@node1 /public/OpenPBS_2.3.16]# make install
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PBS在机群上安装
由于节点系统相同，因而可以用如下SHELL script在 node2~node8上安装；
• 编译设置Leabharlann [root@node1 /public/OpenPBS_2.3.16]＃./configure --disable-gui -set-server_home=/var/spool/pbs --enable-docs --xlibraries=/usr/X11R6/lib64
其中，--x-libraries=/usr/X11R6/lib64是在X86_64 (AMD64或 EM64T)上安装时，需要指明系统64位库的位置。
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术语
• 节点(node)
一个单一的操作系统映像，一个统一的虚拟内存映像一个或多个 cpu，一个或多个IP地址的计算机系统被称之为一个节点。通常执 行主机(execution host)也被称之为节点。
• 节点属性
队列、服务器和节点都有与自己相关的属性，这些属性提供控制 信息。与节点相关的属性有：状态、类型、虚拟处理器的个数、 作业列表(本节点被分配给的作业)以及节点的特性。……
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Server端设置
• 初始化server: (第一次运行或者重新配置) /usr/local/sbin/pbs_server –t create
• Server配置目录 /var/spool/pbs/server_priv/
• 节点属性声明：/var/spool/pbs/server_priv/nodes
• 修改这个文件后重新启动scheduler即可。
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内容
• 任务管理系统概述 • PBS作业调度系统 • 作业调度系统的使用
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PBS的使用步骤
1. 准备：编写描述改作业的脚本，包括作业名，需要的资 源等。
2. 提交：使用qsub命令将该作业提交给PBS服务器 3. 排队：服务器将该任务排入适当的队列 4. 调度：服务器检查各工作节点的状态是否符合该作业的
ansys
• 单节点计算 ansys110 -np 4 -i wing.inp • 跨节点计算： ansys110 -dis -machines node22:4:node23:4 -i
wing.inp
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ansys.pbs
• #!/bin/bash • #PBS -N ansys_wing • #PBS -l nodes=1:ppn=8 • #PBS -j oe
– 管理员和用户还可以在机群中查询并预订符合要求的资源， 从而实现对作业和资源的全程交互控制。
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任务管理系统的比较
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内容
• 任务管理系统概述 • PBS作业调度系统 • 作业调度系统的使用
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PBS作业调度系统
• PBS最初由NASA的Ames研究中心开发， 为了提供一个能满足异构计算网络需要的 软件包。它力求提供对批处理的初始化和 调度执行的控制，允许作业在不同主机间 的路由。
要求，并进行调度。
5. 执行：当条件满足时，作业被发给相应的执行服务器执 行。程序运行时执行服务器会收集程序的标准输出和标 准错误流，等程序结束时，将这些信息返回给用户。
6. 查询和调整：当作业在运行时，用户可以使用qstat进行 状态查询。用户发现作业提交错误时，可以使用qdel删 除正在运行的作业。
###进入作业调度目录
cd $PBS_O_WORKDIR ###计算申请的cpu数目
NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` ###设置计算所需要的环境变量，如使用GNU版OpenMPI运行程序
source /public/software/mpi/openmpi1.4-gnu.sh ###程序运行部分，使用infiniband网运行此程序
#PBS -j oe ###指定作业提交到low队列
#PBS –q low ###估计最大运算时间为1000小时，若没有设置这项，系统为自动按
所在队列默认walltime处理
#PBS -l walltime=1000:00:00
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###在作业结束时，给用户发邮件 #PBS -m e ###声明邮箱地址，如test@ #PBS -M test@
mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFILE --mca btl self,openib cpi-openmpi
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一个复杂的PBS作业脚本
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查询和取消作业
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查询作业运行的位置
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qsub运行参数
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PBS 作业脚本
• 注释,以“#”开头 • PBS指令,以“#PBS”开头 • SHELL命令
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PBS的环境变量
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PBS 作业脚本
• 注释,以“#”开头 • PBS指令,以“#PBS”开头 • SHELL命令
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Server端的动态设置
• PBS要能正常运行还需要通过qmgr命令的server进行 配置，设置一些属性。输入qmgr命令进入配置交互命 令。下面是让PBS可以正常运行的一些步骤。
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qmgr命令（管理员使用）
• 输入qmgr进入交互式模式后即可输入各种命令 • qmgr动作：
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任务管理系统的简史
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任务管理系统的分类
• 基于进程级别的调度
– 由机群中的操作系统或者运行时Runtime内部支持，对运行的 作业进行监控；以实现机群内的透明调度、以及自动优化进 程的分配和平衡负载
• 基于作业级别的调度
– 这种方式由独立的作业管理系统实现。该系统通过专门的入 口，接收用户提交的任务，送入相应的队列等待调度；并在 适当的时机分配资源，为任务创建作业，将作业提入运行， 在作业运行结束后完成收尾工作，并提供记帐功能。
7. 查看结果：使用文本编辑软件vi或者系统命令cat, less等 查看输出及错误信息显示。
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PBS 的基本命令
在PBS系统中，用户使用qsub 命令提交用户程序。用户运行程序的命令及 PBS环境变量设置组成PBS作业脚本，作业脚本使用如下格式提交到PBS系 统运行：
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PBS的技术特色
• 力求控制对批处理的初始化和调度执行，允许作业在不同主机间 的路由。
• 独立的调度模块存有各个可用的排队作业、运行作业和系统资源 使用信息，并且允许系统管理员定义资源和每个作业可使用的数 量。
• 在作业调度策略上，PBS提供了默认的公平共享和独占FIFO调度 策略，还提供了TCL、BACL、C三种过程语言和调度类，并定义 了一些调度需要的函数和完整的API，方便实现新的调度策略。
• 提供文件传送，File Stage-in 和Stage-out。 • 满足POSIX1003.2d 标准，支持作业依赖，和完整的安全认证。 • 提供用户映射功能，使PBS 能用于用户不一致的系统中。
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PBS的结构
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PBS 的组成
• 服务器:pbs_server • 调度器:pbs_sched • 执行器:pbs_mom • 命令行:用户脚本，管理命令等
• rm host.list -rf • for node in `cat $PBS_NODEFILE` • do • echo "-e MPI_REMSH=/usr/bin/rsh -h $node -np 1
/home/demo/fluent/bin/ansys_inc/v110/ansys/bin/ansysdis110 -dis mpi HPMPI" • done > host.list • ansys110 -mpifile ./host.list -i wing.inp
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Scheduler调度行为配置
• Scheduler的行为由配置目录下的 sched_priv/sched_config文件进行控制